주 문

1. 원고 aaaa 주식회사의 소 중 2017 사업연도 법인세 ×××원(가산세 포함), 2018 사업연도 법인세 ×××원(가산세 포함), 2019 사업연도 법인세 ×××원(가산세 포함), 2020 사업연도 법인세 ×××원, 2017년 1기분 부가가치세 ×××원(가산세 포함), 2017년 2기분 부가가치세 ×××원(가산세 포함), 2018년 1기분 부가가치세 ×××원(가산세 포함), 2018년 2기분 부가가치세 ×××원(가산세 포함), 2019년 1기분 부가가치세 ×××원(가산세 포함), 2019년 2기분 부가가치세 ×××원(가산세 포함), 2020년 1기분 부가가치세 ×××원(가산세 포함), 2020년 2기분 부가가치세 ×××원(가산세 포함)의 각 부과처분의 취소를 구하는 부분을 각하한다

2. 원고 AAA의 소 중 2017년 귀속 종합소득세에 대한 가산금 ×××원, 2018년 귀속 종합소득세에 대한 가산금 ×××원, 2019년 귀속 종합소득세에 대한 가산금 ×××원, 2017년 1기분 부가가치세에 대한 가산금 ×××원, 2017년 2기분 부가가치세에 대한 가산금 ×××원, 2018년 1기분 부가가치세에 대한 가산금 ×××원, 2018년 2기분 부가가치세에 대한 가산금 ×××원, 2019년 1기분 부가가치세에 대한 가산금 ×××원, 2019년 2기분 부가가치세에 대한 가산금 ×××원의 각 부과처분의 취소를 구하는 부분을 각하한다.

3. 원고들의 각 나머지 청구를 기각한다

4. 소송비용은 원고들이 부담한다.

청 구 취 지

1. 피고 aa세무서장이 원고 aaaa 주식회사(이하 ‘원고 회사’라 한다)에게,

 가. 2022. ×. ×. 한 2016년 2기분 부가가치세 ×××원(가산세 ×××원 포함)의 부과처분,

 나. 2022. ×. ×. 한 2017 사업연도 법인세 ×××원(가산세 ×××원 포함), 2018 사업연도 법인세 ×××원(가산세 ×××원 포함), 2019 사업연도 법인세 ×××원(가산세 ×××원 포함), 2020 사업연도 법인세 ×××원, 2017년 1기분 부가가치세 ×××원(가산세 ×××원 포함), 2017년 2기분 부가가치세 ×××원(가산세 ×××원 포함), 2018년 1기분 부가가치세 ×××원(가산세 ×××원 포함), 2018년 2기분 부가가치세 ×××원(가산세 ×××원 포함), 2019년 1기분 부가가치세 ×××원(가산세 ×××원 포함), 2019년 2기분 부가가치세 ×××원(가산세 ×××원 포함), 2020년 1기분 부가가치세 ×××원(가산세 ×××원 포함), 2020년 2기분 부가가치세 ×××원(가산세 ×××원 포함)의 각 부과처분을 각 취소한다.

2. 원고 AAA에게,

 가. 피고 bb세무서장이 2022. 5.경 고지한 2017년 귀속 종합소득세 ×××원 및 가산금 ×××원, 2018년 귀속 종합소득세 ×××원 및 가산금 ×××원, 2019년 귀속 종합소득세 ×××원 및 가산금 ×××원의 각 과세처분,

 나. 피고 cc세무서장이 2022. 5.경 고지한 2017년 1기분 부가가치세 ×××원 및 가산금 ×××원, 2017년 2기분 부가가치세 ×××원 및 가산금 ×××원, 2018년 1기분 부가가치세 ×××원 및 가산금 ×××원, 2018년 2기분 부가가치세 ×××원 및 가산금 ×××원, 2019년 1기분 부가가치세 ×××원 및 가산금 ×××원, 2019년 2기분 부가가치세 ×××원 및 가산금 ×××원의 각 과세처분을

각 취소한다

이    유

1. 처분의 경위

가. 당사자들의 지위

  원고 회사는 의류 제조 판매업 등을 영위하는 법인이고, 원고 AAA는 원고 회사의 대표이사이자 최대주주이다.

 나. 원고 회사에 대한 법인세 및 부가가치세 부과처분

   1) aa지방국세청장(이하 ‘조사청’이라 한다)은 2021. ×. ×. 부터 2021. ×. ×. 까지 원고 회사에 대한 세무조사(이하 ‘이 사건 법인 세무조사’라 한다)를 실시한 결과, 원고회사가 2016년부터 2020년까지 ➀ 특수관계인인 주식회사 bbbb(이하 ‘bbbb’이라 한다)에게 서울 ××구 ××동 ×××-1 건물(이하 ‘DD동 건물’이라 한다)을 전대하면서 전대보증금을 과소수취하고 제세공과금을 미수취하였고, ➁ 원고 AAA로부터 서울 ××구 ××로 ××× 건물(이하 ‘EE동 건물’이라 한다)을 임차하면서 임차료를 과다지급하였으며, ➂ 원고 AAA에 대한 대여금 미수이자를 익금에 산입하지 않고 누락하였고, ➃ 특수관계인인 계열사에게 용역을 제공하면서 용역수수료를 과소수취하였고, ➄ 원고 AAA로부터 화성시 ××읍 ××리 ×××-3, ×××-5, ×××-6, ×××-8 토지 및 그 지상 창고(이하 ‘FF리 부동산’이라 한다)를 실제 사용 목적 없이 임차하여 그 임차료를 업무무관 비용으로 지출하였다고 보아, 피고 aa세무서장에게 과세자료를 통보하였다.

   2) 피고 aa세무서장은 2022. ×. ×. 원고 회사에게 2016년 2기분 부가가치세 ×××원(가산세 포함)을 경정ㆍ고지하고, 2022. ×. ×. 원고 회사에게 2016 내지 2020 사업연도 법인세 합계 ×××원(가산세 포함) 및 2017년 1기분 내지 2020년 2기분 부가가치세 합계 ×××원(가산세 포함)을 경정ㆍ고지하였다.

   3) 원고 회사는 이에 불복하여 심판청구(이하 ‘이 사건 심판청구’라 한다)를 하였다. 조세심판원은 ‘2016 사업연도 법인세 부과처분을 취소하고, 2017 내지 2020 사업연도 법인세 부과처분 및 2017년 1기분 내지 2020년 2기분 부가가치세 부과처분 중 용역수수료를 과소수취한 것으로 보아 부과한 부분(위 1)의 ➃ 부분)을 제외하여 그 과세표준 및 세액을 경정하며, 나머지 청구는 기각한다’는 결정을 하였다.

   4) 이에 따라 피고 aa세무서장은 원고 회사에 대한 법인세 및 부가가치세를 감액경정하였고, 그 결과 남은 세액은 아래와 같다(이하 ‘이 사건 제1 과세처분’이라 한다).

(표 생략)

 다. 원고 AAA에 대한 종합소득세 및 부가가치세 부과처분

   1) 조사청은 2021. ×. ×.부터 2021. ×. ×.까지 원고 AAA에 대한 세무조사(이하 ‘이 사건 개인 세무조사’라 한다)를 실시한 결과, 원고 AAA가 특수관계인인 주식회사 cccc(이하 ‘cccc’이라 한다)에게 부산 ××구 ××로 ××× 건물(이하 ‘부산 건물’이라 한다)을 임대하면서 임대료를 과소수취하였다고 보아, 피고 bb세무서장, cc세무서장에게 과세자료를 통보하였다.

   2) 피고 bb세무서장은 2022. ×. ×. 원고 AAA에게 아래와 같이 2017년 내지 2019년 귀속 종합소득세 합계 ×××원을 경정ㆍ고지하였고, 피고 cc세무서장은 2022. ×. ×. 원고 AAA에게 아래와 같이 2017년 1기분 내지 2019년 2기분 부가가치세 합계 ×××원을 경정ㆍ고지하였다(이하 ‘이 사건 제2 과세처분’이라 한다).

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 4호증(가지번호 포함, 이하 같다), 을 제18, 22호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 원고 회사의 소 중 2017 내지 2020 사업연도 법인세 및 2017년 1기분 내지 2020년 2기분 부가가치세 부분의 적법 여부

 가. 피고 aa세무서장의 본안전 항변

   원고 회사는 피고 aa세무서장의 2017 내지 2020 사업연도 법인세 및 2017년 1기분 내지 2020년 2기분 부가가치세 부과처분(이하 ‘이 사건 쟁점 과세처분’이라 한다)을 2022. 3. 24. 통지받았음에도 심판청구기간을 도과한 2022. 7. 1. 이 사건 심판청구를 하였다. 따라서 이 사건 심판청구는 부적법하고, 원고 회사의 소 중 이 사건 쟁점 과세처분의 취소를 구하는 부분은 전심절차를 거치지 않은 것이어서 부적법하다.

 나. 본안전 항변에 대한 판단

   1) 관련 법리

행정소송법 제18조 제1항 본문은 ‘취소소송은 당해 처분에 대한 행정심판을 거치지 아니하고도 제기할 수 있다’고 규정하면서, 그 단서에서 ‘다른 법률에 당해 처분에 대한 행정심판의 재결을 거치지 아니하면 취소소송을 제기할 수 없다는 규정이 있는 때에는 그러하지 아니하다’고 규정하고 있다. 한편, 구 국세기본법(2022. 12. 31. 법률 제19189호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제56조 제2항, 제3항은 ‘국세기본법 또는 세법에 따른 위법한 처분에 대한 행정소송은 국세기본법에 따른 심사청구 또는 심판청구와 그에 대한 결정을 통지받은 날부터 90일 이내에 제기하여야 한다’고 규정하고, 같은 법 제61조 제1항과 제68조 제1항은 ‘심사청구 또는 심판청구는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내에 제기하여야 한다’고 규정하고 있다. 그러므로 국세기본법 또는 세법에 따른 처분의 취소를 구하는 항고소송은 심사청구 또는 심판청구를 거쳐서 제기하여야 하고, 전심절차인 심사청구나 심판청구가 기간을 넘겨 부적법한 경우에는 그 항고소송은 전심절차를 거치지 아니한 것이 되어 부적법하다(대법원 2014. 4. 30. 선고 2013두24297 판결 참조).

   2) 구체적 판단

     을 제1, 2호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하면, 원고 회사는 2022. 3. 24. 이 사건 쟁점 과세처분의 납부고지서를 송달받고 2022. 7. 1. 조세심판원에 이 사건 쟁점 과세처분의 취소를 구하는 이 사건 심판청구를 제기한 사실이 인정된다. 위 인정사실에 의하면, 원고 회사가 납부고지서를 송달받은 날부터 90일의 심판청구기간이지나서 제기한 이 사건 심판청구는 부적법하므로, 원고 회사의 소 중 이 사건 쟁점 과세 처분의 취소를 구하는 부분은 특별한 사정이 없는 한 부적법하다.

 다. 원고 회사의 절차적 하자로 인한 무효 주장에 대한 판단

   1) 원고 회사의 주장

    이 사건 쟁점 과세처분은 과세전적부심사 결정이 원고 회사에게 통지되기 전에 이루어진 것이어서 무효이므로, 이 사건 쟁점 과세처분의 납부고지서 송달일을 심판청구기간의 기산점으로 삼는 피고 aa세무서장의 본안전 항변은 이유 없다.

   2) 관련 규정

    구 국세기본법 제81조의15 제2항 제1호는 ‘제81조의12에 따른 세무조사 결과에 대한 서면통지를 받은 자는 통지를 받은 날부터 30일 이내에 통지를 한 세무서장 등에게 통지 내용의 적법성에 관한 심사를 청구할 수 있다‘고 규정하고, 같은 조 제4항은 ’과세전적부심사 청구를 받은 세무서장 등은 국세심사위원회의 심사를 거쳐 결정을 하고 그 결과를 청구를 받은 날부터 30일 이내에 청구인에게 통지하여야 한다‘고 규정하며, 같은 조 제9항의 위임에 따른 국세기본법 시행령 제63조의15 제4항은 본문에서 ’과세전적부심사 청구를 받은 세무서장 등은 그 청구부분에 대한 결정이 있을 때까지 과세표준 및 세액의 결정이나 경정결정을 유보하여야 한다‘고 규정하면서, 단서에서 과세전적부심사를 거치지 않아도 되는 예외사유를 규정한 국세기본법 제81조의15 제3항 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 또는 국세기본법 제81조의15 제8항에 따른 과세표준 및 세액의 조기결정신청이 있는 경우에는 그러하지 아니하다고 규정하고 있다.

   3) 구체적 판단

    을 제1 내지 5호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하면, ➀ 원고 회사는 2021. 12. 30. 이 사건 법인 세무조사 결과를 통지받고, 2022. 2. 3. 조사청에게 과세전적부심사(이하 ‘이 사건 과세전적부심사’라 한다)를 청구한 사실, ➁ 조사청은 2022. 3. 18. 이 사건 과세전적부심사에 대해 불채택 결정을 하고, 2022. 3. 22. 이 사건 과세전적부심사 결정서를 발송한 사실, ➂ 피고 aa세무서장도 2022. 3. 22. 이 사건 쟁점 과세처분을 하고, 같은 날 납부고지서를 발송한 사실, ➃ 원고 회사는 2022. 3. 24. 이 사건 쟁점 과세처분의 납부고지서를, 2022. 4. 4. 이 사건 과세전적부심사 결정서를 각 송달받은 사실이 인정된다.

   위 인정사실에 의하면, 이 사건 쟁점 과세처분은 이 사건 과세전적부심사 결정서가 송달되기 전에 납부고지서의 송달이 이루어진 절차상 하자가 있다고 할 것이나, 앞서 본 관련 규정의 내용 및 변론 전체의 취지에 의하여 알 수 있는 다음과 같은 사정에 비추어 보면, 원고 회사가 이 사건 과세전적부심사 결정서보다 이 사건 쟁점 과세처분의 납부고지서를 먼저 송달받았다는 사정만으로 이 사건 쟁점 과세처분의 하자가 중대하다고 보기는 어렵다. 따라서 이 사건 쟁점 과세처분이 무효임을 전제로 한 원고

회사의 주장은 이유 없다.

     가) 과세전적부심사제도는 과세처분 이후의 사후적 구제제도와는 별도로 과세처분 이전의 단계에서 납세자의 주장을 반영함으로써 권리구제의 실효성을 높이기 위하여 마련된 사전적 구제제도이기는 하지만, 일정한 경우에는 이를 생략할 수 있는 등 과세처분의 필수적 전제가 되는 것은 아니다(대법원 2012. 10. 11. 선고 2010두19713 판결 참조).

     나) 조사청은 2022. 3. 18. 이 사건 과세전적부심사에 대해 불채택 결정을 하고 2022. 3. 22. 이 사건 과제전적부심사 결정서를 발송하였고, 피고 aa세무서장도 2022. 3. 22. 이 사건 쟁점 과세처분을 하고 같은 날 납부고지서를 발송하였으므로, 과세전적부심사 청구에 대한 ‘결정이 있을 때까지’ 과세표준 및 세액의 결정을 유보하여야 한다고 규정한 국세기본법 시행령 제63조의15 제4항을 위반하였다고 볼 수 없다(이 점에서 과세전적부심사 청구나 그에 대한 결정이 있기 전에 행해진 과세처분의 효력이 문제된 대법원 2016. 12. 27. 선고 2016두49228 판결 등과는 사안을 달리 한다).

     다) 원고 회사는 이 사건 과세전적부심사 청구를 통해 의견진술의 기회를 가졌으므로, 과세전적부심사 결정서의 송달이 납부고지서의 송달보다 늦게 이루어졌다는 사정만으로 사전 권리구제를 위한 원고 회사의 절차적 권리가 중대하게 침해되었다고 보기는 어렵다.

    라) 만약 과세전적부심사 결정서가 송달된 이후에만 과세처분을 할 수 있다고 보게 되면, 납세자가 과세전적부심사 결정서의 송달을 고의로 회피하거나 지연함으로써 부과제척기간을 도과시키는 수단으로 악용할 여지도 있다.

 라. 소결론

   위와 같이 이 사건 쟁점 과세처분에 중대한 절차상 하자가 있다고 보기 어려운 이상 이 사건 쟁점 과세처분에 대한 심판청구기간은 원고 회사가 이 사건 과세처분의 납부고지서를 송달받은 2022. 3. 24.부터 기산된다고 봄이 타당하므로, 그로부터 90일이 지난 2022. 7. 1. 제기된 이 사건 심판청구는 부적법하다. 따라서 원고 회사의 소 중 이 사건 쟁점 과세처분의 취소를 구하는 부분은 적법한 전심절차를 거치지 않은 것이어서 부적법하고, 이를 지적하는 피고 aa세무서장의 본안전 항변은 이유 있다.

3. 원고 AAA의 소 중 가산금 부분의 적법 여부

 가. 관련 법리

   구 국세징수법(2018. 12. 31. 법률 제16098호로 개정되기 전의 것) 제21조가 규정하는 가산금은 국세가 납부기한까지 납부되지 않는 경우 미납분에 관한 지연이자의 의미로 부과되는 부대세의 일종으로서, 과세권자의 확정절차 없이 국세를 납부기한까지 납부하지 아니하면 위 법규정에 의하여 당연히 발생하고 그 액수도 확정되는 것이며, 그에 관한 징수절차를 개시하려면 독촉장에 의하여 그 납부를 독촉함으로써 가능한 것이므로, 그 납부독촉이 부당하거나 절차에 하자가 있는 경우에는 그 징수처분에 대하여 취소소송에 의한 불복이 가능할 것이나, 과세관청이 가산금을 확정하는 어떤 행위를 한 바 없고, 다만 국세의 납세고지를 하면서 납기일까지 납부하지 아니하면 납기 후 1개월까지는 가산금으로 얼마를 징수하게 된다는 등의 취지를 고지하였을 뿐이고, 납부기한 경과 후에 그 납부를 독촉한 사실이 없다면 가산금의 부과처분은 존재하지 않는다고 할 것이므로, 그러한 가산금 부과처분의 취소를 구하는 소는 부적법하다(대법원 2000. 9. 22. 선고 2000두2013 판결 등 참조).

 나. 직권 판단

   갑 제3호증의 기재 및 변론 전체의 취지에 의하면, 피고 bb세무서장이 2022. 5. 12. 원고 AAA에게 2017년 내지 2019년 귀속 종합소득세 및 그에 대한 가산금의 납세고지를 한 사실, 피고 cc세무서장이 2022. 5. 16. 원고 AAA에게 2017년 1기분 내지 2019년 2기분 부가가치세 및 그에 대한 가산금의 납세고지를 한 사실은 인정된다. 그러나 위 가산금은 원고 AAA가 위 종합소득세 및 부가가치세를 납부하지 않아 법률규정에 의하여 당연히 발생한 것일 뿐, 과세관청이 가산금의 액수를 확정하고 독촉장에 의하여 납부를 독촉하는 등 징수처분을 하였다고 볼 만한 자료는 없다. 따라서 원고 AAA의 소 중 위 종합소득세 및 부가가치세에 대한 가산금 부과처분의 취소를 구하는 부분은 존재하지 않는 부과처분의 취소를 구하는 것이어서 부적법하다.

4. 원고 회사에 대한 2016년 2기분 부가가치세 부과처분의 위법 여부¹⁾

 가. DD동 건물에 관한 전대보증금 과소수취 및 제세공과금 미수취 여부

   1) 원고 회사의 주장

    원고 회사는 DD동 건물을 주식회사 dddd기업구조조정부동산투자회사(이하 ‘이 사건 매수인’이라 한다)에게 매도하는 동시에 이 사건 매수인으로부터 이를 임차하여 bbbb에게 전대하였다. 그런데 원고 회사의 DD동 건물 매매는 사실상 차입거래로서 원고 회사가 bbbb으로부터 전대보증금을 부당하게 과소수취하거나 제세공과금을 경제적 합리성 없이 부담하였다고 볼 수 없다.

   2) 인정사실

     가) 원고 회사는 특수관계인인 bbbb에게 DD동 건물을 임대하던 중, 2014. ×. ×. 이를 이 사건 매수인에게 매도함과 동시에 이 사건 매수인으로부터 임차하여 (이하 ‘이 사건 임대차’라 한다) bbbb에게 전대하였다(이하 ‘이 사건 전대차’라 한다).

     나) 이 사건 임대차 및 전대차에서 정한 2016년도 보증금, 차임과 위 보증금을상가건물 임대차보호법 제12조에 따라 월 차임으로 전환하여 계산한 연간 차임은 아래와 같다.

(단위: 천 원)

     다) 이 사건 임대차계약 제5조 제3항은 ‘임차인은 임대차목적물의 소유자 또는 임대차목적물 자체에 제세공과금을 부담한다’고 정하였고, 이에 따라 원고 회사는 2016년에 DD동 건물에 관한 재산세, 교통유발부담금 등 합계 428,927,970원을 부담하였다.

     라) 피고 aa세무서장은, 원고 회사가 2016년 DD동 건물과 관련하여, ➀ bbbb으로부터 전대보증금을 과소수취하고 전대보증금과 임대보증금의 차액만큼 자금을 대여한 것으로 보아 인정이자 243,800,000원을 익금산입하고 지급이자 227,019,332원을 손금불산입하고, ➁ bbbb으로부터 제세공과금 428,927,970원을 미수취하였다고 보아 이를 익금산입하여, 원고 회사에게 2016년 2기분 부가가치세 부과처분(이하 ‘이사건 쟁점 부가가치세 부과처분’이라 한다)을 하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제4호증, 을 제6, 7호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

   3) 구체적 판단

    위 인정사실 및 변론 전체의 취지에 의하여 알 수 있는 다음과 같은 사정, 즉 ➀ 원고 회사는 특수관계인인 bbbb에게 DD동 건물을 제공할 목적으로 이 사건 임대차계약을 체결한 점, ➁ 이 사건 임대차계약에서 정한 임대료는 원고 회사가 특수관계인이 아닌 이 사건 매수인과 사이에 계속적으로 거래한 가격으로서 시가로 인정될 수 있는 점(부가가치세법 시행령 제62조 제1호 참조), ➂ 이 사건 임대차 및 전대차에서 정한 보증금, 차임 액수에 비추어 볼 때 원고 회사가 DD동 건물의 제세공과금을 전부 부담하는 것은 상관행에 부합한다고 보기 어려운 점 등을 종합하면, 원고 회사는 경제적 합리성 없이 bbbb으로부터 전대보증금을 과소수취하고 제세공과금을 미수취하였다고 봄이 타당하다. 따라서 원고 회사의 이 부분 주장은 이유 없다.

나. 논현동 건물에 관한 임차료 과다지급 여부

   1) 원고 회사의 주장

    피고 aa세무서장이 이 사건 쟁점 부가가치세 부과처분의 근거로 삼은 EE동 건물에 관한 임료 감정평가는 합리성이 없다.

   2) 인정사실

     가) 원고 회사는 대표이사인 원고 AAA 소유의 EE동 건물 중 일부를 2013년 경부터 임차하였는데, 2016년도 임차료로 1,884,000,000원(＝ 임차료 1,180,000,000원 + 관리비 704,000,000원, 이하 ‘이 사건 EE동 건물 임차료’라 한다)을 지급하였다.

     나) 원고 AAA는 이 사건 법인 세무조사 기간 중 주식회사 에이원감정평가법인(이하 ‘에이원감정평가법인’이라 한다)에게 EE동 건물의 임료 감정평가(이하 ‘이 사건 제1 감정평가’라 한다)를 의뢰하였다. 이 사건 제1 감정평가 결과 EE동 건물의 2016. 1. 1. 기준 연간 실질 임료 990,069,000원, 연간 관리비 672,300,000원으로 평가되었다.

     다) 피고 aa세무서장은, 원고 회사가 2016년 원고 AAA에게 EE동 건물의 임차료를 262,775,302원(＝ 이 사건 EE동 건물 임차료 1,884,000,000원 － 이 사건 제1 감정평가 결과에 따른 임료 및 관리비를 EE동 건물 전체 면적 중 원고 회사가 임차한 면적 비율로 안분한 1,621,224,698원) 과다지급하였다고 보아 이를 손금불산입하여, 이 사건 쟁점 부가가치세 부과처분을 하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제4호증, 을 제7 내지 10호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

   3) 구체적 판단

     위 인정사실 및 변론 전체의 취지에 의하여 알 수 있는 다음과 같은 사정, 즉 ➀ 이 사건 제1 감정평가는 원고 회사의 대표이사인 원고 AAA가 의뢰하여 이루어진 것인 점, ➁ eeee감정평가법인은 적산법에 따라 시산가액을 산정하고 이를 임대사례비교법에 따라 산정한 시산가액과 비교하여 합리성을 검토하는 방식으로 감정가액을 산정하였는데, 그 과정에서 적용된 기대이율, 수치 등이 현저히 잘못되었다고 보기 어려운 점, ➂ 감정평가에 관한 규칙은 ‘임대료를 감정평가할 때에 임대사례비교법을 적용해야 한다’고 규정하면서도(제22조) ‘제14조부터 제26조까지의 규정에서 대상물건별로 정한 감정평가방법을 적용하는 것이 곤란하거나 부적절한 경우에는 다른 감정평가방법을 적용할 수 있다’고 규정하고 있으므로(제12조 제1항), eeee감정평가법인이 이 사건 제1 감정평가를 하면서 대상물건의 특성을 고려하여 적산법을 적용한 것 자체가 위법하다고 볼 수 없는 점 등에 비추어 보면, 이 사건 제1 감정평가 결과는 감정방법 등이 경험칙에 반하거나 합리성이 없다고 인정하기 어렵다. 따라서 원고 회사의 이 부분 주장은 이유 없다.

다. 원고 AAA에 대한 대여금 미수이자 세무조정 누락 여부

   1) 원고 회사의 주장

     원고 회사는 원고 AAA에게 금전을 대여하고 수시로 변제받았는데, 그 충당 순서에 관하여 별도로 합의하지 않았으므로, 원고 AAA의 변제금은 민법 제479조에 따라 이자에 충당되었다. 그런데 피고 aa세무서장은 원고 AAA의 변제금이 원본에 충당되었다는 전제에서 이 사건 쟁점 부가가치세 부과처분을 하였으므로 위법하다.

   2) 인정사실

     가) 원고 회사는 2014년경부터 원고 AAA와 당좌대출이자율에 따른 이자약정이 포함된 금전소비대차계약을 체결하고 금전 대여 및 변제의 거래를 반복하였는데, 원고 AAA에 대한 대여금을 업무무관 가지급금으로 보아 그 인정이자를 미수이자로 계상한 후 각 사업연도 말에 가지급금 원본에 산입하는 회계처리를 하였다.

     나) 피고 aa세무서장은, 원고 AAA의 변제금이 원본에 충당되었다고 보아 2016년에 발생한 미수이자 304,351,526원을 익금산입하여, 이 사건 쟁점 부가가치세 부과처분을 하였다.

 [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제4호증, 을 제11, 12호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

   3) 구체적 판단

     위 인정사실 및 변론 전체의 취지에 의하여 알 수 있는 다음과 같은 사정, 즉 ➀ 원고 회사는 2014년경부터 2020년경까지 원고 AAA와 금전소비대차계약에 따른 거래를 반복해오면서 2020. 3. 10. 760,000,000원을 미수이자 회수로 회계처리한 것을 제외하고 모두 가지급금 원본의 회수로 회계처리한 점, ➁ 원고 회사로서는 원고 AAA의 변제금을 가지급금 원본의 회수로 회계처리함으로써 가지급금을 과소계상할 수 있었고, 원고 최병오는 원고 회사의 대표이사로서 위와 같은 회계처리 내역을 충분히 인식하였을 것으로 보이는 점 등에 비추어 보면, 원고 회사와 원고 AAA 사이에 변제금을 원본에 우선 충당하기로 하는 묵시적 합의가 있었다고 봄이 타당하다. 따라서 원고 회사의 이 부분 주장은 이유 없다.

라. FF리 부동산에 관한 임차료의 업무무관 비용 해당 여부

   1) 원고 회사의 주장

     원고 회사는 멱우리 부동산을 재고 보관 용도로 사용하였고, FF리 부동산 중 창고 부지 외의 토지까지 임차한 목적은 창고 진입로를 확보하고 추후 창고를 확장하기 위함이었다. 따라서 원고 회사가 FF리 부동산의 임대보증금 및 임차료로 지급한 비용은 업무무관 비용에 해당하지 않으므로 이 사건 쟁점 부가가치세 부과처분은 위법하다.

   2) 인정사실

     가) 원고 회사는 아래와 같이 원고 AAA와 FF리 부동산에 관한 임대차계약을 체결하고, FF리 부동산을 사용하였다.

 (표 생략)

     나) 피고 aa세무서장은, 원고 회사가 2016년 원고 AAA에게 FF리 부동산 임차료 명목으로 지급한 비용은 업무무관 비용에 해당한다고 보아 임차료 267,600,000원을 손금불산입하고 임대보증금에 대한 인정이자 124,200,000원을 익금산입하고 지급이자 115,335,366원을 손금불산입하여, 이 사건 쟁점 부가가치세 부과처분을 하였다.

 [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제4호증, 을 제13, 14호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

   3) 구체적 판단

     위 인정사실 및 변론 전체의 취지에 의하여 알 수 있는 다음과 같은 사정, 즉 ➀ FF리 부동산은 그 현황에 비추어 실제로 창고 용도로 사용되었다고 보기 어려운 점, ➁ 원고 회사는 FF리 부동산의 임차 기간 중 2018. 1. 31. 1회에 한하여 재고자산을 운송하였다는 인수증, 거래명세표, 화물기사 확인서 등을 제출하였을 뿐인 점 등 에 비추어 보면, 원고 회사가 FF리 부동산의 임차료 명목으로 지급한 비용은 원고 회사의 사업과 관련하여 지출되었다고 인정하기 어렵다. 따라서 원고 회사의 이 부분 주장도 이유 없다.

5. 원고 AAA에 대한 이 사건 제2 과세처분의 위법 여부

 가. 원고 AAA의 주장

   피고 bb세무서장, cc세무서장이 이 사건 제2 과세처분의 근거로 삼은 부산 건물에 관한 임료 감정평가는 합리성이 없고, 오히려 원고 AAA와 cccc이 약정한 임대료는 경제적 합리성이 인정된다.

 나. 인정사실

   1) 원고 AAA는 자신 소유의 부산 건물에 관하여 특수관계인인 cccc과 아래와 같이 임대차계약을 체결하고 임대료를 수취하였다.

[임대차계약 내용] (표 생략)

[원고 AAA의 임대료 수취 내역] (표 생략)

   2) 원고 AAA는 eeee감정평가법인에게 부산 건물의 임료 감정평가(이하 ‘이사건 제2 감정평가’라 한다)를 의뢰하였다. 이 사건 제2 감정평가 결과는 아래와 같다.

(표 생략)

   3) 피고 bb세무서장, cc세무서장은 이 사건 제2 감정평가 결과에 근거하여 원고 AAA가 cccc으로부터 부산 건물의 임차료를 아래와 같이 과소수취하였다고 보아 이 사건 제2 과세처분을 하였다.

(표생략)

 (이 사건 제2 감정평가 결과에 따른 월 임대료 + 월 관리비) × 12개월 (2017년의 경우 3월부터 12월까지 10개월)

 (이 사건 제2 감정평가결과에 따른 보증금 － 실제 수취한 보증금) × 월세 전환율(2017년 8.2%, 2018년 8.2%, 2019년 8.7%)

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제4호증, 을 제15 내지 21호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

 다. 구체적 판단

   위 인정사실 및 변론 전체의 취지에 의하여 알 수 있는 다음과 같은 사정, 즉 ➀ 이 사건 제2 감정평가는 모두 원고 AAA가 의뢰하여 이루어진 것인 점, ➁ eeee감정평가법인은 이 사건 제2 감정평가를 하면서 모두 임대사례비교법을 적용하고(감정평가에 관한 규칙 제22조 참조) 이를 적산법에 따라 산정한 시산가액과 비교하여 합리성을 검토하는 방식으로 감정가액을 산정한 점(같은 규칙 제12조 제2항 참조), ➂ 이 사건 제2 감정평가는 모두 부산 건물 인근의 물적 유사성이 높은 부동산을 비교사례로 선정하였으며 그 과정에서 적용한 수치가 현저히 잘못되었다고 보기도 어려운 점 등에 비추어 보면, 이 사건 제2 감정평가 결과는 감정방법 등이 경험칙에 반하거나 합리성이 없다고 인정하기 어렵다. 따라서 원고 AAA의 주장은 이유 없다.

6. 결론

 그렇다면, 원고 회사의 소 중 이 사건 쟁점 과세처분의 취소를 구하는 부분 및 원고 AAA의 소 중 가산금 부과처분의 취소를 구하는 부분은 부적법하므로 이를 각하하고 원고들의 각 나머지 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.