1. 제1심 판결을 취소한다.

2. 원고의 청구를 기각한다.

3. 소송 총비용은 원고가 부담한다.

1. 청구취지

 피고가 원고에게 별지 1. 기재와 같이 한 2016년 1기 내지 2020년 2기 부가가치세 합계 1x,xxx,xxx,xxx원(가산세 포함)의 부과처분을 모두 취소한다.

2. 항소취지

 주문과 같다.

 이 법원이 이 부분에 관하여 적을 이유는 제1심 판결 이유 해당 부분 기재와 같으므로 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 의하여 약어를 포함하여 이를 그대로 인용한다.

2. 원고의 주장 요지

 이 사건 부품의 수입부가가치세액이 매입세액 불공제 대상이라는 판단하에 이루어진 이 사건 처분은 다음과 같은 이유로 위법하므로 취소되어야 한다.

 가. 원고의 설립 목적 및 사업 내용은 이 사건 판매회사와 사이에 체결된 서비스 계약에 따라 장비의 판매 지원이나 국내 고객사에 장비 설치 및 하자보증 용역을 제공하고 이 사건 판매회사로부터 용역 제공에 대한 수수료를 지급받는 것인데, 이 사건 부품은 원고의 이 사건 판매회사에 대한 용역 제공에 필요한 부품이고 이러한 사업 방식은 지극히 합리적이고 정상적인 거래 구조이므로, 이 사건 부품의 수입은 원고의 사업과 관련성이 인정된다. 따라서 이 사건 부품의 수입부가가치세액은 원고의 매입세액으로 공제되어야 한다.

 나. 원고가 용역계약 이행에 필요한 이 사건 부품을 수입하여 그에 대한 사용․수익권을 가지고 자기의 사업 활동에 실제 사용한 점, 세관장도 원고가 이 사건 부품의 수입자임을 반복하여 확인한 점, 상업서류(송품장, 선하증권, 항공화물운송장)․수입신고필증․계약서 등에 원고가 이 사건 부품의 수입자로 기재된 점 등에 비추어 보면 원고는 관세법 및 부가가치세법상 수입의 효과가 실질적으로 귀속되는 ‘수입자’에 해당한다. 따라서 이 사건 부품의 수입자를 원고로 기재하여 세관장이 발급한 수입세금계산서는 ‘사실과 다른 세금계산서’에 해당하지 않고, 원고가 형식상의 수입신고 명의인에 불과하다는 전제에서 이루어진 이 사건 처분은 위법하다.

 다. 전단계세액공제 제도를 취하고 있는 부가가치세법에 의하면 원고가 이 사건 부품의 수입부가가치세를 납부한 이상 부가가치세법 제38조 제1항에 따라 그 부가가치세액 상당액을 매입세액 공제를 통해 환급받도록 하여 재화의 수입자가 수입 단계에서 납부한 부가가치세액을 그 다음 단계에서 공제받도록 허용하여야 하므로, 이 사건 부품의 매입세액 공제를 부인하는 것은 전단계세액공제 제도에 반하여 위법하다.

3. 관계 법령

 별지 2. 기재와 같다.

4. 판단

 가. 관련 법리

  1) 현행 부가가치세 과세방법은 원칙적으로 사업자의 자기생산 부가가치에 대해서만 과세가 이루어지도록 하기 위하여 납부세액 산출방식에 있어 자기생산 부가가치와 매입 부가가치를 합한 금액을 공급가액으로 하고, 이에 대하여 징수할 매출세액에서 매입 부가가치에 대하여 지출된 매입세액을 공제하도록 하는 기본적 구조를 채택하고 있다. 이러한 구조하에서 부가가치세법 제38조는 매출세액에서 공제하는 매입세액에 관하여 제1항에서 ‘자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될’ 재화 또는 용역의 공급이나 수입에 대한 세액에 해당하는 이상 그 전부를 공제하도록 규정함으로써 그 기준을 사업 관련성에 두고 있으며, 제39조 제1항 제4호에서 공제하지 아니하는 매입세액의 하나로 들고 있는 ‘사업과 직접 관련이 없는 지출에 대한 매입세액’은 부가가치세의 원리상 당연히 매출세액에서 공제될 수 없는 경우를 규정하고 있는 것으로 이해된다(대법원 1995. 12. 21. 선고 94누1449 전원합의체 판결 등 참조). 따라서 사업 관련성이 없는 지출에 대한 매입세액은 부가가치세법 제38조 제1항, 제39조 제1항 제4호에 의하여 매출세액에서 공제될 수 없고, 여기에서 사업 관련성의 유무는 지출의 목적과 경위, 사업의 내용 등에 비추어 그 지출이 사업의 수행에 필요한 것이었는지를 살펴 개별적으로 판단하여야 한다(대법원 2012. 7. 26. 선고 2010두12552 판결 참조).

  2) 수입물품에 대한 관세의 과세가격은 구매자가 실제로 지급하였거나 지급하여야 할 가격에 수수료, 운임 등을 조정한 거래가격으로 한다(관세법 제30조 제1항). 그러므로 그 과세가격은 원칙적으로 물품의 수입자가 해외 수출자에게 지급한 수입가격을 기초로 결정하여야 한다. 다만 수입자가 해외 수출자의 국내 판매대리인에 불과하여 실질적으로는 국내 구매자가 해외 수출자로부터 직접 수입한 것과 동일하게 볼 수 있는 특별한 사정이 있는 때에는 실질에 따라 국내 구매자가 수입자에게 지급한 가격이 과세가격 결정의 기준이 될 수 있다. 이때 수입자가 국내 구매자에 대한 독립적인 판매자의 지위에 있는지 아니면 수출자의 판매대리인으로서 단순 보조자에 불과한지는 물품 수입계약 및 국내 구매자에 대한 판매계약의 각 계약당사자, 수입가격 및 국내 판매가격의 결정 방식, 국내 구매자에 대한 물품공급 과정, 수입물품에 관한 위험부담의 법적 귀속주체, 관세회피 목적의 유무 등을 종합적으로 고려하여 거래관념과 사회통념에 따라 합리적으로 판단하여야 한다(대법원 2017. 4. 7. 선고 2015두49320 판결 참조).

 나. 인정사실

  1) 이 사건 판매회사는 ○○전자, BBBBBB 등 국내 고객사와 사이에 반도체 제조장비 판매계약(이하 ‘이 사건 장비 판매계약’이라 한다)을 체결하였는데, 위 계약은 반도체 제조장비의 공급뿐만 아니라 판매된 장비가 약정된 성능에 적합하게 가동될 수 있도록 장비를 부착, 조율, 설치하는 등 각종 기술적 지원을 하는 것까지 포함한다.

   2) 이 사건 판매회사는 국내 관계 회사를 통하여 국내 고객사에 대한 판매지원 서비스, 설치 및 하자보증 서비스 등을 제공할 목적으로 2005. 3. 28. 한국AAAA 유한회사(이하 ‘한국AAAA’라 한다)와 사이에, 이 사건 판매회사가 한국AAAA에 기본 서비스 용역을 위탁하는 Intercompany Master Agreement(이하 ‘이 사건 마스터계약’이라 한다)를 체결하고, 그 하위 계약으로서 반도체 제조 장비의 판매 전후로 요구되는 각종 지원 서비스를 포괄적으로 수행하는 내용의 Non-Exclusive Sales Representative Sub-Agreement(이하 ‘이 사건 판매지원 서비스 계약’이라 한다), 제조장비의 설치 및 하자보증 서비스 등을 수행하는 내용의 Installation & Warranty　 Sub-Agreement(이하‘이 사건 설치 및 하자보증 서비스 계약’이라 하고, 위 각 계약을 통칭할 경우 ‘이 사건 서비스 계약’이라 한다)를 체결하였다

  3) 원고는 2012. 12. 31. 한국AAAA로부터 위 각 계약을 인수하였고, 이 사건 판매회사와 사이에 2014. 6. 2. 및 2017. 1. 27. 이 사건 판매지원 서비스 계약 내용을 일부 수정하는 변경계약을 체결하였다. 이를 반영한 이 사건 서비스 계약의 주요 내용은 아래와 같다.

[ 인정 근거 : 다툼 없는 사실, 갑 제2, 3호증, 을 제1 내지 3, 8호증의 각 기재, 변론 전체의 취지 ]

 다. 구체적 판단

  앞서 든 증거들, 갑 제4, 5, 8, 9, 13 내지 16, 20호증, 을 제5, 10호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사정들에 비추어 보면, 이 사건 부품의 수입과 원고 사업 사이의 관련성을 인정하기 어렵고, 원고는 이 사건 부품 수입의 효과가 실질적으로 귀속되는 자가 아니라 형식상의 수입신고 명의인에 불과하므로, 원고를 ‘수입자’로 기재한 수입세금계산서는 사실과 다르게 적힌 것으로서 이 사건 부품에 대한 수입부가가치세액을 매입세액으로 공제할 수 없다고 보는 것이 타당하다. 따라서 이 사건 처분은 적법하고, 이와 다른 전제에 선 원고의 주장은 받아들일 수 없다.

  1) 이 사건 부품은 원고의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 수입되는 재화에 해당한다고 보기 어려우므로 사업 관련성을 인정할 수 없다.

   ① 부가가치세법 제38조 제1항 제2호는 ‘사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 수입하는 재화의 수입에 대한 부가가치세액’을 매출세액에서 공제하는 매입세액으로 규정하여 그 기준으로 사업 관련성을 요구하고, 여기서 매입세액공제의 요건인 ‘자기의 사업’이란 ‘자기계산에 의한 즉, 경제적 손익이 자기에게 귀속되는 사업’을 말한다. 나아가 부가가치를 생산하여야 하므로 매입세액을 매출세액의 형태로 전가시키는 경우에만 ‘자기의 사업’에 해당한다.

   ② 이 사건 판매회사는 반도체 제조장비를 선적하기 이전에 출고지시서와 배송품을 최종 점검하는 과정에서 누락부품(Missing part)이나 사양오류부품(Wrong part)을 발견하게 되나, 그 시점에 누락부품이나 사양오류부품을 정정하게 되면 선적 일정이 지연되는 등으로 국내 고객사에 약속한 선적일정에 차질이 생기므로 누락부품이나 사양오류부품이 있는 상태에서 그대로 선적을 진행하고 이 사건 판매회사의 시스템에 누락부품이나 사양오류부품의 세부 정보를 입력하고 원고에 통보한 후 사후적으로 누락부품이나 사양오류부품을 추가적으로 국내로 배송하였다.

   ③ 원고는 이 사건 판매지원 서비스 계약에 따라 국내 고객사로부터 주문을 수령하여 이 사건 판매회사에 주문을 전달하고, 국내 고객사들의 각종 기술적 문의 및 요청에 응대하는 것을 포함한 고객관계 유지활동을 수행하며, 반도체 제조장비와 별도로 수입되는 부품, 구성품 등의 선적지원 활동(수입 및 인도를 지원하는 활동) 등을 수행하고, 그 용역의 대가로 이 사건 판매회사로부터 반도체 제조장비 매출의 4%에 해당하는 수수료를 수취한다. 또한 원고는 이 사건 설치 및 하자보증 서비스 계약에 따라 반도체 제조장비의 설치 및 하자보증 업무 등을 수행하고, 그 용역의 대가로 이 사건 판매회사로부터 발생운영비용 합계액의 105%에 해당하는 수수료를 수취한다.

   ④ 이 사건 부품은 이 사건 판매회사와 국내 고객사 사이에 체결된 이 사건 장비판매계약의 대상물인 반도체 제조장비에 당초 포함되어 있는 것으로 이 사건 장비판매계약의 이행을 위하여 수입되는 것이므로, 그 거래의 당사자는 이 사건 판매회사와 국내 고객사이고, 그 대금의 지급도 국내 고객사에서 이 사건 판매회사로 직접 지급되며, 원고는 다만 이 사건 판매지원 서비스 계약에 따라 이 사건 부품의 수입 및 인도를 지원하고, 이 사건 부품의 수입에 소요되는 관세 등 비용을 지출한 다음 이를 이 사건 판매회사에 청구하여 상환받게 된다.

   ⑤ 이 사건 판매회사는 반도체 제조장비에 관한 모든 권리와 의무를 가지고, 대금 청구 절차, 하자담보책임, 제조물책임, 침해소송, 저작권 관련 소송 등 관련된 모든 사항에 대하여 단독으로 책임이 있다[이 사건 판매지원 서비스 계약 제4조 (a)항]. 또한 이 사건 판매회사는 화물운송, 관세, 부가가치세 납부 및 보험료 지급을 포함하여 반도체 제조장비의 선적에 대한 단독 책임을 부담하고[이 사건 판매지원 서비스 계약 제4조 (f)항], 원고가 설치 및 하자보증 서비스에 사용한 부품 비용, 원고가 부품 수입시 지급한 환급불가능한 부가가치세, 관세, 부과금 및 운송비용도 최종적으로 이 사건 판매회사가 원고에게 상환한다[이 사건 설치 및 하자보증 서비스 계약 제5조 (a)항].

   ⑥ ○○회계법인이 작성한 2019 사업연도 원고의 개별기업보고서에 의하더라도 판매와 관련한 모든 의사결정(가격, 기타 중요 사항)은 이 사건 판매회사에 의해 이루어지고, 원고는 이 사건 판매회사와 국내 고객사 사이의 중개자 내지 의사전달 창구로서의 역할만을 수행할 뿐 아무런 의사결정 권한이 없다. 나아가 반도체 제조장비 판매, 설치, 하자보증 서비스와 관련된 신용 위험 및 대금회수 위험은 이 사건 판매회사에서 부담하고, 원고는 반도체 제조장비의 소유권을 보유하지 않으므로 이 사건 판매회사가 대부분의 재고위험을 부담한다. 원고는 부품(반도체 제조장비의 설치 이후의 무상 및 유상 하자보증에 소요되는 부품)의 재고를 보유하나, 부품의 주문은 고객의 요구에 근거한 as-need 주문방식을 따르고 있고, 원고의 수익이 일정 수준이 되지 않을 경우 이전가격 조정을 통해 보상받고 있으므로 재고의 진부화 및 불량과 관련하여 발생하는 모든 비용은 이 사건 판매회사로부터 변제되는 비용에 포함되어 원고는 부품에 관한 제한적인 재고위험만을 부담한다. 궁극적으로 원고는 신용, 재고, 외환, 보증 및 제조물 책임 위험 등을 부담하지 않는다(을 제1호증 39~46쪽 참조).

   ⑦ 결국 이 사건 장비 판매계약에 따라 이 사건 부품을 수입하여 국내 고객사에 인도할 의무는 이 사건 판매회사에 있고, 원고는 이 사건 판매회사의 계약상 의무 이행을 지원하는 역할을 수행하고 그 과정에서 발생하는 비용을 이 사건 판매회사로부터 상환받는 것이므로, 이 사건 부품이 원고의 사업을 위해 수입된 것으로 보기는 어렵다. 즉, 원고는 이 사건 판매회사의 이 사건 부품 수입 및 인도를 지원하고, 국내 고객사에 이 사건 부품이 포함된 반도체 제조장비의 설치 용역을 제공하는데, 이 사건 부품은 이 사건 판매회사와 국내 고객사 간의 이 사건 판매계약 이행을 목적으로 수입된 것으로, 이 사건 부품의 수입에 따른 경제적 손익은 원고가 아닌 이 사건 판매회사에 실질적으로 귀속되고, 이를 원고가 독립적인 사업자로서 자신의 계산과 책임에 의해 영위하는 사업 활동으로 보기 어렵다. 오히려 원고는 이 사건 판매회사가 국내 고객사에 대하여 부담하는 채무의 이행을 보조하는 지위에서 타인의 사업을 위하여 이 사건 부품의 수입 및 인도를 지원한다고 보는 것이 타당하므로, 원고가 발급받은 수입세금계산서상 매입세액은 원고의 사업과 직접적인 관련이 있는 지출에 대한 것이라 볼 수 없다.

   ⑧ 이 사건 부품의 수입과 관련된 매입세액이 매출세액의 형태로 전가되지 못한다는 측면에서도 이는 원고의 ‘자기의 사업’에 해당한다고 보기 어렵다.

      원고는 이 사건 판매지원 서비스계약에 따라 이 사건 판매회사에 이 사건 부품의 선적 지원(수입 및 인도 지원) 용역을 제공하고 그 용역의 대가로 반도체 제조장비 매출의 4%에 해당하는 수수료를 수취할 뿐인데, 이 수수료 금액은 이 사건 부품의 선적지원 용역의 유무와는 무관하게 이 사건 판매지원 서비스계약 제5조 (a)항에 의하여 정하여지는 것이므로 이 사건 부품 자체의 가치나 거래 위험과는 분리되어 있어 이 사건 부품의 수입과 관련된 매입세액이 원가 구성요소가 되어 매출세액으로 전가된다고 보기 어렵다. 이 사건 판매지원 서비스계약 제5조 (a)항에는 판매지원 수수료에 세무당국 등에 납부하는 직․간접세는 포함되지 않는 것으로 규정되어 있기도 하다.

       원고는 이 사건 설치 및 하자보증 서비스 계약에 따라 이 사건 판매회사에 이 사건 부품을 포함한 반도체 제조장비의 설치 용역을 제공하고 그 용역의 대가로 이 사건 판매회사로부터 발생 운영비용 합계액의 105%에 해당하는 수수료를 수취하는데, 이 사건 부품은 반도체 제조장비에 당초 포함된 것으로 이 사건 부품으로 인하여 발생 운영비용 합계액의 105%라는 설치 용역 수수료가 증가된다고 볼 수 없으므로, 이 사건 부품의 수입과 관련된 매입세액이 원가 구성요소가 되어 매출세액으로 전가된다고 볼 수 없다(이 사건 부품은 반도체 제조장비에 당초 포함된 것으로 반도체 제조장비의 설치 단계에 필요한 것으로서 반도체 제조장비의 설치 이후의 무상 및 유상 하자보증에 소요되는 것이 아니라는 점에서 하자보증 수수료의 증가에도 기여하지 않는다). 이 사건 부품은 원고의 판매지원이나 설치 용역 수수료 산정에 있어서 원가구성요소가 되지 않는다. 원고 주장처럼 이 사건 부품의 수입과 관련된 매입세액이 매입세액 공제의 대상에 해당한다고 보는 경우 이 사건 설치 및 하자보증 서비스계약 제5조 (a)항에 따라 이 사건 판매회사로부터 상환되는 비용에 포함되지 않게 되므로 매출세액으로 전가된다고 볼 수 없고, 이 사건 부품의 수입과 관련된 매입세액이 매입세액 공제의 대상에 해당하지 않는 경우에는 이 사건 설치 및 하자보증 서비스계약 제5조 (a)항에 따라 이 사건 판매회사로부터 상환되는 비용에는 포함되게 되나, 원고와 이 사건 판매회사 사이에 이를 상환하기로 약정하였다고 하더라도 이 사건 부품이 당초부터 반도체 제조장비에 포함된 것으로 설치 용역 수수료 증가에 기여한다고 볼 수 없는 점에서 그와 같은 점만으로 매출세액으로 전가된다고 할 수 없다.

     ⑨ 원고는 이 사건 설치 및 하자보증 서비스계약에 따른 하자보증에 사용되는 쟁점 외 부품은 하자보증기간 내의 하자보증에 사용되는 부품(이하 ‘쟁점 외 1 부품’이라 한다)이든 하자보증기간 후의 하자보증에 사용되는 부품(이하 ‘쟁점 외 2 부품’이라 한다)이든 이 사건 판매회사로부터 유상으로 수입하고, 유상수입 부품의 수입액과 매출원가를 원고의 회계장부상 재고자산으로 계상한다. 원고는 쟁점 외 1 부품의 경우 유상으로 수입하여 국내 고객사에 무상으로 제공하여 하자보증 서비스를 제공하고, 이 사건 판매회사로부터 쟁점 외 1 부품 비용을 포함하여 하자보증 서비스에서 발생하는 운영비용 합계액의 105%에 해당하는 하자보증 서비스 수수료를 지급받는다. 원고는 쟁점 외 2 부품의 경우 유상으로 수입하여 국내 고객사에 유상으로 판매하고, 이 사건 판매 회사로부터 하자보증 서비스에서 발생하는 운영비용 합계액의 105%에 해당하는 하자보증 서비스 수수료를 지급받는다.

       원고의 이 사건 설치 및 하자보증 서비스계약에 따른 하자보증 용역의 제공을 위한 쟁점 외 부품 관련 거래는 사업구조, 위험 부담, 경제적 손익의 귀속, 계약상 권한[원고는 하자보증기간 만료 제품에 대해서는 국내 고객사와 유상 서비스 및 연장 유지 보수 계약을 체결할 권한이 있다{을 제10호증 유상부품계약 제2조 (b), (d)항 참조}] 등의 측면에서 이 사건 부품 거래와는 뚜렷한 차이가 있고, 원고는 쟁점 외 부품을 이용하여 국내 고객사에 하자보증 용역을 제공한 후 이 사건 판매회사로부터 하자보증 서비스 수수료를 지급받는 점에서 원고의 쟁점 외 부품 관련 거래는 원고의 자기 계산에 의한 자기의 사업에 해당할 뿐만 아니라, 쟁점 외 부품과 관련된 매입세액이 매출세액의 형태로 전가된다고 할 수 있다(이와 같은 점에서 피고가 쟁점 외 1 부품에 대해서는 매입세액공제를 문제 삼지 않으면서도 그와 별다른 차이가 없는 이 사건 부품에 대해서만 매입세액공제를 부인하는 것은 모순된다는 취지의 원고의 주장은 받아들일 수 없다).

     ⑩ 원고는 전체 사업 규모, 매출액, 영업이익, 법인세 납부 실적 등에 비추어 이 사건 부품 수입과 사업 관련성이 있다고 주장하나, 2018년 및 2019년 원고의 제품/서비스군별 매출액 비중을 살펴보면 유상수입 부품 판매 관련 매출이 총 매출의 약 60% 이상을 차지하는 것으로 보이고(을 제1호증 21쪽 참조), 이 사건 부품 수입 관련 매출액이 원고 전체 사업에서 높은 비중을 차지한다고 보기도 어렵다.

  2) 원고가 이 사건 부품의 실질적 수입자라고 보기도 어려우므로 이 사건 부품을 수입하면서 발급받은 수입세금계산서는 부가가치세법 제39조 제1항 제2호의 사실과 다르게 적힌 수입세금계산서에 해당한다.

   ① 부가가치세법 제35조 제1항에 의하여 수입되는 재화에 대하여 세금계산서를 교부받아야 할 ‘수입자’라 함은 그 수입의 효과가 실질적으로 귀속되는 자를 의미한다고 할 것이므로 단지 형식상의 수입신고 명의인에 불과할 뿐 그 수입의 효과가 실질적으로 귀속되지 아니하는 자를 수입자로 하여 교부받은 세금계산서는 사실과 다른 세금계산서에 해당하여 그 매입세액은 매출세액에서 공제되지 아니한다[대법원 2011. 4. 28. 선고 2009두11539, 2009두11546(병합) 판결].

   ② 반도체 제조장비의 구성품인 이 사건 부품은 이 사건 판매회사와 국내 고객사사이의 이 사건 장비 판매계약에 따른 이행으로서 제공되는 것이므로, 그 대금 지급은 이 사건 판매회사와 국내 고객사 사이에서만 이루어지고, 이 사건 부품의 대가가 이 사건 판매회사가 국내 고객사에 판매한 반도체 제조장비의 가치에 이미 포함되어 있는 까닭에 원고는 이를 무상으로 수입하고 국내 고객사로부터 이 사건 부품 자체나 용역제공에 따른 대가를 별도로 받지 않는다.

   ③ 원고는 자신이 국내 고객사와의 관계에서 설치 및 하자보증 서비스 제공의무를 독자적으로 부담하는 지위에 있다는 취지로 주장하나, ㉠ 이 사건 판매회사의 요청이 있는 경우 원고가 이 사건 판매회사를 대신하여 설치 및 하자보증 서비스를 제공하는 것이고[이 사건 설치 및 하자보증 서비스 계약 제2조 (b)항], 원고는 국내 고객사로부터 어떠한 형식의 대가도 수령할 수 없는 점[이 사건 판매지원 서비스 계약 제3조 (e)항], ㉡ 이 사건 판매지원 서비스 계약 제2조는 원고를 ‘비독점적 판매대리인’으로 규정하고, 원고는 이 사건 판매회사를 대리하여 이 사건 판매회사의 이름으로 어떠한 약정이나 계약을 체결할 권한이 없는 점, ㉢ 이 사건 판매회사는 제품과 관련된 모든 사항(하자담보책임, 제조물책임 등)에 대하여 단독으로 책임을 부담하는 점, ㉣ 이 사건 서비스 계약에 따라 원고가 이 사건 판매회사의 요청으로 국내 고객사에 제공하는 각종 고객지원 서비스는 모두 이 사건 판매회사의 비용으로 제공되는 점, ㉤ 원고는 이 사건 판매회사에 주문을 전달하고, 국내 고객사에 이 사건 판매회사로부터 전달받은 가격, 배송일자 등 판매조건을 전달하는 등 이 사건 판매회사와 국내 고객사 사이의

지역 연락책(Local contact) 내지 의사 전달 창구의 기능만을 수행하는 점(을 제1호증 40~41쪽 참조), ㉥ 이 사건 서비스 계약은 이 사건 장비 판매계약에 따라 이 사건 판매회사가 국내 고객사에 대하여 부담하는 채무 이행을 위한 부수적 계약으로서 용역 제공을 내용으로 하는 계약일 뿐 이 사건 부품 자체에 관한 계약이 아닌 점, ㉦ 원고는 국내 고객사 또는 이 사건 판매회사와 사이에 이 사건 부품 자체에 관한 계약을 체결한 사실은 없는 점 등을 종합하면, 이 사건 부품에 관한 거래 내지 계약 체결 과정에서 원고가 주도적인 지위를 가진다거나 독자적인 서비스 제공자라고 보기는 어렵고, 오히려 이 사건 판매회사에 종속된 지위에 있다고 보인다.

   ④ 한편 원고는 과세관청에 우선하여 판단할 권한을 가진 세관장에 의하여 이 사건 부품의 수입자가 원고임이 확인되었고, 관세법상 납세의무자인 ‘수입자’는 부가가치세법상으로도 수입부가가치세의 납세의무자이므로, 원고가 이 사건 부품의 실질적 수입자라고도 주장한다.

   수입물품에 대하여 세관장이 부가가치세 등 내국세 본세를 부과․징수할 때 그 과세물건, 납세의무자, 과세표준, 세율 등 세액 산정을 위한 실체적 과세요건에 관해서는 부가가치세법 등 개별 내국세법의 관련 규정이 적용되어야 하고, 이와 관세법의 관련 규정이 상충된다고 하여 관세법의 규정이 우선 적용되지 않는다(대법원 2006. 3. 9. 선고 2005두10125 판결 참조). 또한 관세법은 원칙적으로 신고납세방식을 채택하고 있고, 신고납세방식 아래에서는 물품을 수입하고자 하는 자가 납세신고를 함에 있어서 수입신고서에 관세법 시행령 제32조 제1항에 따라 당해 물품의 품목분류․세율․세액 등을 기재하여 신고함과 아울러 관세를 납부할 의무가 있다. 이와 같은 신고납세방식의 조세에 있어서 과세관청이 납세의무자의 신고에 따라 세액을 수령하는 것은 사실행위에 불과할 뿐 이를 부과처분으로 볼 수는 없고(대법원 1997. 7. 22. 선고 96누8321 판결 참조), 세관장은 물품 수입과정에서 발생하는 경제적 거래의 직접 당사자가 아니기 때문에 수출자가 외국에 소재하는 상황에서 수입신고 및 통관 시 과세가격에 관한

근거자료를 쉽게 확보할 수 있는 지위에 있지 않는바, 납세자가 신고한 내용대로 수입세금계산서가 발급되었다는 사정만으로 그에 따른 매입세액 공제가 적법하다고 판단된 것은 아니고, 세관장이 발급한 수입세금계산서상 세액이 매입세액 공제 대상이 되는지는 부가가치세법령에 따라 독자적으로 판단되어야 한다.

   서울세관장은 2013년경 AAAAAA에 대하여 이 사건 서비스계약과 관련한 정기법인심사를 실시한 후 AAAAAA에 2009. 9. 18. ~ 2012. 12. 21. 부품 수입신고건에 대하여 과세전예고통지를 하였다가 AAAAAA가 과세전적부심사청구를 하자 2014년 9월경 ’쟁점물품(누락부품 및 사양오류부품) 선적 시 발행된 인보이스 상 “Bill To”가 국내 고객사인 ○○전자 및 BBBBBB로 되어 있다. 쟁점물품은 기존 수입물품의 일부 누락에 따라 나중에 별도 선적된 것에 불과하다. 실제 소유권자이자 수입자인 ○○전자 등은 장비대금을 이미 지급하였고, 쟁점물품의 대금은 기지급한 장비대금에 포함되어 있기 때문에 무상거래 건으로 볼 수 없다. 쟁점물품은 당초 장비의 구매자 겸 수입자인 ○○전자 등에게 수출되어야 하나, 수출자인 이 사건 판매회사의 귀책사유로 발생한 것으로 고객사에 대한 서비스 차원으로 한국AAAA를 통하여 처리된 사안이다.’라는 내용의 세관장 의견서를 제출하였다(갑 제8호증의 3).

   한국AAAA는 정기 법인심사 당시 서울세관장에 국내 고객사 소유인 쟁점물품을 한국AAAA가 통관하게 된 사유로 ‘㉠ 발생원인인 불완전한 선적의 귀책이 수출자인 이 사건 판매회사에 있음, ㉡ 국내 고객사는 원장비의 수입과 관련하여 관세 등의 납부를 포함한 모든 의무를 이행하였으므로 쟁점물품의 발생으로 인한 추가 부담을 국내고객사에 전가하는 것은 불합리함’을 제시하였고, 쟁점물품의 회계처리와 관련하여 ‘쟁점물품은 ○○전자 등에 전달하는 물품이므로 재고자산으로 처리하지 않고, 매출 등 회계처리가 발생하지 않으며, 수입통관 과정에서 발생한 비용은 이 사건 판매회사에 청구하여 회수하고 있다.’고 설명하였다(갑 제8호증의 3의 7․10쪽 참조). 원고의 재무담당 임원도 피고의 세무조사 당시 이와 동일한 취지로 진술하였다(을 제5호증 참조).

   나아가 ㉠ 관세법 시행규칙 [별지 제1호의3] 수입신고서 서식은 신고인, 수입자, 납세의무자를 별도로 기재하도록 되어 있는 점, ㉡ 부가가치세법상 매입세액 공제 여부는 관할 세무서장의 권한이므로 세관장의 견해와는 무관한 점, ㉢ 이 사건 부품에 관한 수입신고필증, 선적 서류, 수입세금계산서 등에 원고가 이 사건 부품의 수입자 내지 수하인(Consignee)으로 등재되어 있는 사실은 인정되나, 부가가치세법상 수입자가 누구인지는 수입의 효과가 실질적으로 귀속되는 자가 누구인지를 기준으로 판단되어야 하고 단순히 상업서류상 기재를 기준으로 판단할 수는 없는 점, ㉣ 서울세관장에 의한 2013년 정기 법인심사 및 이에 대한 한국AAAA의 과세전적부심사청구는 쟁점물품의 ‘과세가격’이 적정한지에 대하여 이루어졌고, 인천공항세관장은 2023. 8. 18.경 원고로부터 원고가 이 사건 부품 중 2019년 상반기에 수입통관한 부분에 관하여 납부세액을 0으로 하는 세액 경정청구를 받고, 2023. 9. 15. ‘제출된 수입신고서류상 납세의무자 과세가격 세액 등 변경 없음’을 사유로 과세가격 감액 경정청구가 이유 없다고 보아 이를 기각하였을 뿐, 이 사건 부품의 수입부가가치세를 납부해야 할 납세의무자가 누구인지에 관하여 세관장의 구체적․실질적인 판단이 이루어졌다거나, 세관장이 이 사건 부품의 수입자가 원고라는 입장을 명시적으로 표명하였다고 보이지 않는 점 등을 종합하면, 원고의 위 주장은 받아들일 수 없다.

   ⑤ 위 사정들에 더하여, 원고의 2019 사업연도 개별기업보고서(을 제1호증)에 의하면 이 사건 판매회사는 국내 고객사에 반도체 제조장비를 직접 판매하므로 원고는 반도체 제조장비에 대한 소유권을 보유하지 않는 점, 만일 원고가 이 사건 부품의 실질적 수입자이고 그에 따라 소유권이 원고에게 이전되었다면, 원고는 이 사건 부품을 자신의 재고자산으로 계상하였다가 그 소유권이 국내 고객사에 이전되는 시점에 이 사건 부품의 매출액을 원고 자신의 매출로 인식하여야 할 것인데, 원고는 현재까지 이 사건 부품에 대해 회계상 재고자산과 매출로 계상한 사실이 없는 점, 원고가 신고․납부한 매출세액은 이 사건 부품 자체에 관한 매출세액이 아니라 이 사건 판매회사에 제공한 용역에 관한 매출세액인 점 등에 비추어 보면, 원고는 형식상의 수입명의자 내지 수입대행자의 지위에서 선적지원, 설치 용역의 대가로 수수료만을 수취할 뿐 이 사건 부품에 대한 수익(매출)을 창출하지는 못한다. 따라서 이 사건 부품의 거래당사자는 반도체 제조장비의 거래당사자와 동일하게 이 사건 판매회사와 국내 고객사라고 보는 것이 타당하다.

   ⑥ 결국 원고는 이 사건 부품 수입에 관하여는 이 사건 판매회사의 요청에 따라 이 사건 판매회사의 의무를 이행하는 제3자(국내 고객사가 아닌 이 사건 판매회사와의 계약자)의 지위에 있고, 이 사건 부품 거래에 있어 원고가 실질적인 수입자라거나 국내고객사와 직접 계약한 선적지원, 설치 용역 서비스 제공자의 지위에 있다고 볼 수 없다. 원고를 ‘수입자’로 하여 작성된 수입세금계산서는 사실과 다르게 적힌 수입세금계산서에 해당하여 그에 대한 매입세액 불공제는 타당하다.

  3) 이 사건 부품에 대한 수입부가가치세액의 매입세액공제를 부인하더라도 부가가치세법상 전단계세액공제 제도에 반하지 않는다.

   ① 부가가치세는 재화 또는 용역을 공급하는 사업자가 그 공급을 받는 자에게 매출세액의 형태로 매입세액을 전가시키는 경우에만 공급받는 자의 매입세액으로 공제할 수 있다. 이 사건 부품의 수입과 관련된 매입세액이 거래구조상 매출세액의 형태로 전가되지 못함은 앞서 살펴본 바와 같다.

   ② 이 사건 부품에 대한 수입부가가치세를 매입세액 공제 대상으로 보게 될 경우 원고가 창출한 부가가치에 비하여 과다한 매입세액 공제를 받는 결과가 초래될 우려도 있다.

  ③ 국내 고객사는 이 사건 장비 판매계약에 따라 이 사건 판매회사에 이 사건 부품의 대가가 포함된 반도체 제조장비의 대가를 지급하고, 자기 명의로 반도체 제조장비를 수입하여 그에 따른 수입세금계산서를 발급받아 수입부가가치세를 납부한 후 이를 반도체 공급 시 매입세액으로 공제받고 있는데, 국내 고객사가 부담한 반도체 제조장비 관련 대금 및 부가가치세에는 이 사건 부품의 대가와 수입부가가치세가 포함되어 있다.

   ④ 이 사건 부품의 가치는 이 사건 판매회사가 국내 고객사에 판매한 반도체 제조장비의 가치에 이미 포함되어 원고는 국내 고객사로부터 어떠한 금전적 대가도 지급받지 않으므로[이 사건 판매지원 서비스 계약 제3조 (e)항] 원고가 이 사건 부품의 수입부가가치세를 매입세액으로 공제받는 경우, 하나의 재화에 대하여 국내 고객사와 원고가 이중으로 매입세액공제를 받는 불균형한 거래구조가 형성된다.

5. 결론

 그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 기각하여야 한다. 제1심 판결은 이와 결론을 달리하여 부당하므로 피고의 항소를 받아들여 제1심 판결을 취소하고 원고의 청구를 기각한다.