1. 피고가 20xx. xx. xx. 원고에게 한 별지 1 목록 기재 부과처분을 모두 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다.

 가. 원고는 20xx. xx. xx. 개업하여 화장품 도·소매업을 영위하는 법인이다.

 나. 원고는 20xx년 제1기부터 20xx년 제1기 부가가치세 과세기간동안 상AA(이하 '상AA'라 한다), 양BB국제(이하 '양BB'라 한다), 주식회사 나CC(이하 '나CC'라 하고, 통틀어 '이 사건 매입처'라 한다)로부터 화장품을 매입하면서, 아래와 같이 세금계산서를 수취하였다(이하 '이 사건 세금계산서'라 한다).

(단위: 백만 원)

 다. 피고는 원고에 대한 세무조사 결과 이 사건 세금계산서가 사실과 다른 세금계산서에 해당한다는 이유로 그 매입세액을 불공제하여, 20xx. xx. xx. 원고에게 20xx년 제1기분 부가가치세 x.xxx,xxx,xxx원, 20xx년 제2기분 부가가치세 x,xxx,xxx,xxx원, 20xx년 제1기분 부가가치세 xxx,xxx,xxx원(각 가산세 포함)을 경정ㆍ고지하였다(이하 '당초 처분'이라 한다).

 라. 피고는 당초 처분 중, 20xx. xx. xx. 20xx년 제2기분 xxx,xxx,xxx원 및 20xx년 제1기분 xx,xxx,xxx원을, 20xx. xx. xx. 20xx년 제1기분 xxx,xxx,xxx원, 20xx년 제2기분 xx,xxx,xxx원 및 20xx년 제1기분 xx,xxx,xxx원을 각 감액경정하였다(이하 감액되고 남은 당초 처분을 '이 사건 처분'이라 하고, 그 내용은 별지 1 목록 기재와 같다).

[인정근거] 다툴 없는 사실, 갑 제1, 2호증(가지번호 포함, 이하 같다), 을 제1, 3, 5호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 관계 법령

 별지 2 관계 법령 기재와 같다.

3. 이 사건 처분의 위법 여부

가. 원고의 주장

   1) 주위적으로, 원고는 실제로 이 사건 매입처에서 화장품을 매입하여 원고의 매출처에 공급하는 거래를 하였으므로, 이 사건 세금계산서는 사실과 다른 세금계산서가 아니다.

   2) 예비적으로, 설령 이 사건 세금계산서가 사실과 다른 세금계산서라고 하더라도, 원고는 선의ㆍ무과실의 거래당사자이다.

나. 관계 법리

부가가치세법 제32조 제1항은 세금계산서의 기재사항으로 '공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭(제1호)', '공급받는 자의 등록번호(제2호)', '공급가액과 부가가치세액(제3호)', '작성 연원일(제4호)'를 들고 있고, 제39조 제1항 제2호는 발급받은 세금계산서에 제32조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 필요적 기재사항의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니하도록 규정하고 있다. 여기에서 '사실과 다르다'는 의미는, 세금계산서의 필요적 기재사항의 내용이, 재화 등에 관한 당사자 사이에 작성된 거래계약서 등 형식적인 기재내용에도 불구하고, 그 재화 등을 실제로 공급하거나 공급받는 주체나 가액, 시기 등과 서로 일치하지 아니하는 경우를 가리킨다(대법원 1996. 12. 10. 선고 96누 617 판결 등 참조).

 어느 일련의 거래과정 가운데 특정 거래가 부가가치세법 소정의 재화의 공급에 해당하는지 여부는 각 거래별로 거래당사자의 거래의 목적과 경위 및 태양, 이익의 귀속 주체, 대가의 지급관계 등 제반 사정을 종합하여 개별적ㆍ구체적으로 판단하여야 하며, 그 특정 거래가 실질적인 재화의 인도 또는 양도가 없는 명목상의 거래라는 이유로 그 거래과정에서 수취한 세금계산서가 매입세액의 공제가 부인되는 '사실과 다른 세금계산서'에 해당한다는 점에 관한 증명책임은 과세관청이 부담함이 원칙이다(대법원 2011. 2. 10. 선고 2010두2685 판결 등 참조).

다. 인정사실

   1) 원고 및 이 사건 매입처의 세금계산서 매입 구조는 아래와 같다.

   2) 이 사건 매입처 및 그 하위 매입처의 사업자등록 내역 등은 아래와 같다.

     가) 상AA는 20xx. xx. xx. 화장품 도소매를 주업종으로 하여 개업하였다가 서울지방국세청장의 세무조사 과정에서 직권 폐업되었다. 상AA에 대하여 부가가치세 세무조사가 이루어지던 20xx. xx.경 세무공무원이 상AA의 사업장에 방문하였으나 빈 책상과 의자만 있었다. 상AA의 대표자 J○○○(19xx. xx. xx.생)는 중국 국적의 동포로서 20xx. xx. xx. 입국하여 사업자등록 후 20xx. xx. xx. 출국하였다. 원고의 대표이사 김영진은 조세범처벌법위반 혐의로 조사받을 당시 'J○○○를 직접 만난 적은 없고, 상AA의 직원인 이○○이나 한○○과 연락하여 거래하였다'고 진술하였다.

     나) 양BB는 20xx. xx. xx. 화장품 도소매를 주업종으로 하여 개업하였다가 ○○세무서장의 세무조사 과정에서 직권 폐업되었다. 양BB에 대하여 부가가치세 세무조사가 이루어지던 20xx. xx.부터 xx.까지 사이에 세무공무원이 3차례에 걸쳐 양BB의 사업장에 방문하였으나 모두 폐문부재 상태였다. 양BB의 대표자 L○○○(19xx. xx. xx.생)은 중국 국적의 동포로서 20xx. xx. xx. 입국하여 사업자등록 후 20xx. xx. xx. 출국하였다. 원고의 대표이사 김영진은 조세범처벌법위반 혐의로 조사받을 당시 ' L○○○과는 영상통화만 하였을 뿐 직접 만난 적은 없고, 양BB의 직원인 박○○과 연락하여 거래하였다'고 진술하였다.

     다) 나CC는 20xx. xx. xx. 화장품 도소매를 주업종으로 하여 개업하였다가 20xx. xx. xx. 폐업하였다.

     라) 준DD는 20xx. xx. xx. 화장품 수출업을 주업종으로 하여 개업하였다가 잠실세무서장의 세무조사 과정에서 직권 폐업되었다. 준DD의 대표자 L○○○(19xx. xx. xx.생)은 중국 국적의 동포로서 20xx. xx. xx. 입국하여 사업자등록 후 20xx. xx. xx. 출국하였다.

     마) 뮤EE는 20xx. xx. xx. 화장품 도소매를 주업종으로 하여 개업하였다가 ○○세무서장의 세무조사 과정에서 직권 폐업되었다 뮤EE의 대표자 P○○○(19xx. xx. xx.생)은 중국 국적의 동포로서 20xx. xx. xx. 입국하여 사업자등록 후 20xx. xx. xx. 출국하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제2, 5, 6, 48, 49, 51, 52호증, 을 제3, 6, 7, 12, 16호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

라. 판단

 위 인정사실에 의하면, 상AA, 양BB, 준DD, 뮤EE 등의 개업 및 운영 행태가 통상적인 것으로 보이지는 않는다.

 그러나 앞서 든 증거, 갑 제3, 4, 8, 14, 15, 30 내지 46, 59호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하여 알 수 있는 다음 사정들을 고려하면, 피고가 제출한 증거만으로는 이 사건 세금계산서가 사실과 다른 세금계산서에 해당한다고 인정하기 부족하다. 이 사건 처분은 위법하다(원고의 주위적 주장을 받아들이는 이상 나머지 주장에 대하여는 판단하지 않는다).

   1) 원고와 이 사건 매입처 사이에 작성된 각 물품공급계약서, 원고가 이 사건 매입처의 직원과 화장품 주문 및 대금 지급에 관하여 주고받은 문자메시지, 원고가 이 사건 매입처로부터 매입한 화장품을 다시 매출처에 판매하고 발급한 세금계산서 및 이에 부합하는 물품대금 입 출금 내역 등을 전체적으로 보면, 원고가 실제로 이 사건 매입처로부터 화장품을 공급받았다고 인정할 수 있다.

   2) 일련의 거래과정 가운데 특정 거래가 부가가치세법에서 정한 재화의 공급에 해당하는지는 각 거래별로 판단하여야 한다. 화장품 도매업의 특성상 반드시 대규모의 물적ㆍ인적 시설이 필요하다고 보이지 않는 점, 원고와 이 사건 매입처 사이에 체결된 계약에 따라 화장품이 인도되고 대금이 지급된 점, 실물거래가 이루어졌다면 물품의 인도 장소는 부차적 요소인 점 등을 고려하면, 앞서 본 사정만으로 원고가 발급받은 세금계산서가 허위라고 보기는 어렵다.

   3) 특히 원고의 대표이사 김○○은 나CC의 대표이사 구○○를 직접 만나 물품공급계약서를 작성하고 나CC와 거래를 시작하였다. 한편 피고는 나CC의 매출거래는 모두 정상거래로 인정하였고, 나CC의 대표자 구○○에 대하여는 별도 조사를 하지 않은 것으로 보인다.

   4) ○○지방검찰청 검사는 20xx. xx. xx. 원고의 대표이사 김○○이 20xx. xx.경부터 20xx. xx.경까지 상AA로부터 허위 세금계산서를 수취하였다는 특정범죄가중처벌등에관한법률위반(허위세금계산서교부등) 피의사실에 대하여 '증거 불충분하여 혐의 없다'는 불기소결정을 하였다(이에 대하여 ○○지방국세청장이 항고하였으나 20xx. xx. xx. 기각되었다). ○○경찰서 사법경찰관은 20xx. xx. xx. 김○○이 20xx. xx. xx.경부터 20xx. xx. xx.경까지 xxx매의 허위 세금계산서를 수취하였다는 특정범죄가중처벌등에관한법률위반(허위세금계산서교부등) 피의사실에 대하여 '증거 불충분하여 혐의 없다'는 불송치결정을 하였다. 위 불기소결정 및 불송치결정의 취지도 원고가 화장품을 실제로 거래하였을 가능성을 배제할 수 없다는 것이다.

   5) 피고는, 원고가 국내에 불법적으로 유통되고 있는 면세 화장품을 이 사건 매입처를 공급자로 하여 매입하였다는 전제에서 이 사건 세금계산서의 필요적 기재사항인 공급자의 상호가 사실과 다르다는 취지로도 주장한다. 그러나 원고가 당시 매입하여 판매한 화장품이 면세품이었다고 인정할 만한 객관적인 자료가 없는 점, 원고가 이 사건 매입처로부터 시중보다 저렴하게 화장품을 매입하면서 일부 매입처의 대표자와 직접 만나지 않았다거나 매입경로를 구체적으로 확인하지 않았다는 등의 사정만으로 곧바로 그 화장품이 면세품이었고 원고도 이를 알고 있었다는 것이 추단된다고 볼 수 없는 점, 원고가 이 사건 매입처와 화장품 거래를 개시 또는 중단하게 된 경위가 상거래 관행에 비추어 이례적이라고 보기 어려운 점 등에 비추어 보면, 피고가 제출한 증거만으로는 원고가 이 사건 매입처로부터 매입한 화장품이 면세품이었다고 인정하기 어렵다.

4. 결론

 원고의 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.