사 건 2025구합53469 양도소득세등부과처분취소

원 고 AAA

피 고 ○○세무서장

변 론 종 결 2026. 1. 14.

판 결 선 고 2026. 2. 11.

주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2023. **. **. 원고에게 한 2022년 귀속 양도소득세 ********원(가산세 포함)의 부과처분을 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 2013. *. **. XX시 X동 XXX-XX 대 ****㎡(이하 ‘이 사건 토지’라 한다) 및 그 지상 **층(연면적 ****㎡) 규모의 근린생활시설 용도의 건물(이하 ‘이 사건 건물’이라 한다)을 **억 원에 함께 취득하여 ‘XXXXX관광호텔’이라는 상호로 호텔업을 영위하였던 사람이다.

나. 원고는 2022. *. **. 주식회사 XXXX(이하 ‘이 사건 양수인’이라 한다)에게 이 사건 토지와 이 사건 건물을 ***억 원에 함께 양도하였는데, 부동산매매계약서의 특약사항에는 ‘토지가액은 ***억 원, 건물가액은 **억 원으로 한다’고 기재되어 있다.

다. 원고는 2023. *. **. 이 사건 토지의 양도가액을 ***억 원, 이 사건 건물의 양도가액을 **억 원으로 계산하고, 주식회사 XX산업개발(이하 ‘XX개발’이라 한다)에 대한 컨설팅 비용 *억 ****만 원(이하 ‘이 사건 컨설팅 비용’이라 한다)을 필요경비에 산입하여 2022년 귀속 양도소득세 ******원을 신고ㆍ납부하였다.

라. 피고는 ① 이 사건 토지와 이 사건 건물을 구분 기장한 가액(***억 원, **억 원)이 양도 당시의 기준시가로 안분 계산한 가액(*******원, *******원)과 30% 이상 차이가 있다는 이유로, 구 소득세법(2024. 12. 31. 법률 제20615호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제100조 제3항, 제2항, 구 소득세법 시행령(2023. 2. 28. 대통령령 제33267호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제166조 제6항, 부가가치세법 시행령 제64조 제1항에 따라 기준시가로 안분 계산한 가액을 양도가액으로 하고, ② 이 사건 컨설팅 비용을 필요경비에서 제외하여, 2023. **. *. 원고에게 2022년 귀속 양도소득세 *******원(가산세 포함)을 경정ㆍ고지하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).

마. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2024. *. **. 이의신청을 거쳐 2024. *. **. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2024. **. **. 원고의 심판청구를 기각하는 결정을 하였다.

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 8호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함, 이하 같다), 을 제1, 2호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 관계 법령

별지 기재와 같다.

3. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

1) 구분 기장한 가액(***억 원, **억 원)에 따른 양도가액 계산 주장

가) 구 소득세법 시행령 제166조 제6항은 ‘구 소득세법 제100조 제2항의 규정을 적용함에 있어서 토지와 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 때에는 부가가치세법 시행령 제64조에 따라 안분계산 한다’고 규정하고 있고, 부가가치세법 시행령 제64조 제2항 제2호는 ‘토지와 건물등을 함께 공급받은 후 건물등을 철거하고 토지만 사용하는 경우에는 건물등의 실지거래가액을 공급가액으로 한다’고 규정하고 있다.

나) 이 사건 양수인은 주택신축사업을 영위하는 회사로서, 이 사건 토지와 이 사건 건물을 함께 공급받은 후 이 사건 건물을 철거하고 이 사건 토지 지상에 주상복합건물을 신축하고 있으므로, 앞서 본 규정에 따라 이 사건 토지와 이 사건 건물의 양도가액은 구분 기장한 가액(***억 원, **억 원)에 따라 계산하여야 한다.

2) 이 사건 컨설팅 비용의 필요경비 인정 주장

가) 구 소득세법 제97조 제1항 제3호는 ‘양도비 등으로서 대통령령으로 정하는 것’을 양도가액에서 공제할 필요경비로 규정하고 있고, 그 위임을 받은 구 소득세법 시행령 제163조 제5항 제1호는 다목에서 자산을 양도하기 위하여 직접 지출한 비용으로서 ‘소개비’를, 마목에서 ‘다목의 비용과 유사한 비용으로서 기획재정부령으로 정하는 비용’을 필요경비로 규정하고 있다.

나) 이 사건 컨설팅 비용은 이 사건 토지와 이 사건 건물을 양도하기 위하여 직접 지출한 비용으로서 소개비 내지 이와 유사한 비용에 해당하므로, 앞서 본 규정에 따라 필요경비로 인정되어야 한다.

나. 판단

1) 구분 기장한 가액(***억 원,**억 원)에 따른 양도가액 계산 주장에 관한 판단

가) 구 소득세법 제100조는 제2항에서 ‘양도가액을 실지거래가액에 따라 산정하는 경우로서 토지와 건물을 함께 양도한 경우에는 이를 각각 구분하여 기장하되(이하 ‘구분 기장한 가액’이라 한다), 토지와 건물의 가액 구분이 불분명할 때에는 양도 당시의 기준시가 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분 계산한다(이하 ‘안분계산한 가액’이라 한다)‘고 규정하고 있고, 제3항에 ’토지와 건물을 구분 기장한 가액이 안분 계산한 가액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우에는 토지와 건물의 가액 구분이 불분명한 때로 본다‘는 간주 규정을 두고 있다.

나) 구 소득세법 제100조 제2항의 위임을 받은 구 소득세법 시행령 제166조 제6항은 ’토지와 건물의 가액 구분이 불분명한 때에는 부가가치세법 시행령 제64조에 따라 안분 계산한다‘고 규정하고 있고, 부가가치세법 시행령 제64조는 ‘토지와 건물 등을 함께 공급하는 경우 건물 등의 공급가액 계산’이라는 표제 아래, 부가가치세법 제29조 제9항 각 호 외의 부분 단서 및 같은 항 제2호 본문의 위임을 받은 제1항에서 안분 계산의 방식을 규정하고, 부가가치세법 제29조 제9항 제2호 단서의 위임을 받은 제2항에서 안분 계산한 가액에 의하지 않는 경우 다른 법령에서 정하는 바에 따라 토지와 건물의 가액을 구분한 경우(제1호), 토지와 건물을 함께 공급받은 후 건물을 철거하고 토지만 사용하는 경우(제2호) 를 규정하고 있다.

다) 부가가치세법 시행령 제64조 제2항은 2021. 12. 8. 신설된 부가가치세법 제29조 제9항 제2호 단서의 위임에 따라 2022. 2. 15. 신설된 것으로 구 소득세법 시행령 제166조 제6항이 개정된 2016. 3. 31.에는 존재하지 않았고, 2023. 2. 28. 개정된 소득세법 시행령 제166조 제6항은 ‘토지와 건물의 가액 구분이 불분명한 때에는 부가가치세법 시행령 제64조 제1항에 따라 안분 계산한다’고 규정하여 부가가치세법 시행령 제64조 제2항이 준용되지 않음을 분명히 하고 있기도 하다.

라) 이러한 규정 형식, 체계, 입법 연혁 등에 비추어 볼 때, 구분 기장한 가액이 안분 계산한 가액과 100분의 30 이상 차이가 있어 토지와 건물의 가액 구분이 불분명한 경우에 해당한다고 간주되어 구분 기장한 가액이 아닌 안분 계산한 가액에 의하는 이상, 부가가치세법 시행령 제64조 제1항에 따라 안분 계산한 가액을 계산하면 되는 것이지, 구 소득세법 시행령 제166조 제6항 개정 당시 예상할 수 없었던 부가가치세법 시행령 제64조 제2항을 준용하여 안분 계산한 가액이 아닌 구분 기장한 가액에 의한다고 할 수는 없다.

원고의 주장과 같이 2024. 12. 31. 신설된 소득세법 제100조 제3항 단서의 위임에 따라 2025. 2. 28. 신설된 소득세법 시행령 제166조 제8항이 구분 기장한 가액이 안분 계산한 가액과 100분의 30 이상 차이가 있음에도 안분 계산한 가액에 의하지 않는 경우 다른 법령에서 정하는 바에 따라 토지와 건물의 가액을 구분한 경우(제1호),토지와 건물을 함께 공급받은 후 건물을 철거하고 토지만 사용하는 경우(제2호) 를 규정하고 있기는 하나, 이는 소득세법 제100조 제3항 단서에 따라 같은 항 본문(= 구 소득세법 제100조 제3항)의 간주 규정이 적용되지 않아 구분 기장한 가액에 의하게 되었기 때문이지, 안분 계산을 전제로 한 것이 아니다.

마) 따라서 원고의 이 부분 주장은 받아들이기 어렵다. 나아가 살피더라도, 앞서든 증거, 을 제6 내지 8호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하여 알 수 있는 다음과 같은 사정, 즉 ① 이 사건 토지와 이 사건 건물의 가액과 관련하여 어떠한 감정평가도 실시되지 않은 것으로 보이는 점, ② 원고와 이 사건 양수인, XX개발은 이 사건 토지와 이 사건 건물의 가액을 ***억 원과 **억 원으로 구분 기장한 근거에 관하여 어떠한 설명도 하지 못하고 있는 점, ③ 원고는 이 사건 양수인에게 양도하기 직전까지 이 사건 건물에서 호텔업을 영위하고 있었던 것으로 보일 뿐만 아니라, 이 사건 건물의 대수선공사 등을 위하여 약 **억 원을 지출하였고, 2021년 재무상태표에 이 사건 건물의 장부가액을 약 ***억 원으로 계상하였으므로, 이 사건 양수인에게 이 사건 건물을 철거할 의사가 있다고 하여 이 사건 건물의 객관적인 가치가 **억 원에 불과하다고 보기 어려운 점 등에 비추어 볼 때, 이 사건 토지와 이 사건 건물을 구분 기장한 가액(***억 원, **억 원)이 통상의 거래 관행에 따른 합리적인 의사합치의 결과라고 단정하기도 어렵다.

2) 이 사건 컨설팅 비용의 필요경비 인정 주장에 관한 판단

가) 갑 제7, 12호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하면, 원고와 XX개발 사이에 2022. *. **. 자 부동산컨설팅계약서와 2022. *. **. 자 부동산컨설팅연장계약서가 작성된 사실, XX개발이 2022. **. **. 원고에게 품목을 ‘부동산컨설팅’, 공급가액을 ******원으로 하는 세금계산서를 발급해준 사실, XX개발의 대표자인 XXX이 2026. *. *. 원고에게 ‘평소 알고 지내던 원고로부터 이 사건 토지와 이 사건 건물 매각을 의뢰받고 부XXXXX, 네XX 부동산 및 지인들에게 연락하는 등의 방법으로 광고를 하였다’는 사실확인서를 작성해준 사실이 인정되기는 한다.

나) 그러나 앞서 든 증거, 을 제9호증의 기재 및 변론 전체의 취지에 의하여 알 수 있는 다음과 같은 사정, 즉 ① 이 사건 토지와 이 사건 건물의 중개를 맡은 공인중개사 XXX은 ‘이 사건 양수인 측 컨설팅 업체인 주식회사 XX으로부터 연락을 받고 중개업무를 하였고, XX개발 측과 만나거나 통화를 한 적이 없다. 이 사건 양수인은 XX시 X동 XXX-XX에 위치한 이 사건 토지와 이 사건 건물(XX관광호텔) 이외에도 같은 동 XXX-XX에 위치한 XXX호텔(부지 포함, 이하 같다), 같은 동XXX-XX에 위치한 XXX호스텔, 같은 동 XXX-XX에 위치한 XXX호텔, 같은 동 XXX-XX에 위치한 XXX호텔(이하 통틀어 ’이 사건 인접 호텔들‘이라 한다)을 철거 후 주상복합 건물 신축 목적으로 취득하였다’고 진술하고 있는 점, ② 공인중개사법 제18조의2 제3항에 따르면 개업공인중개사가 아닌 자는 중개대상물에 대한 표시ㆍ광고를 하여서는 아니 되는데, XX개발은 개업공인중개사가 아닌 점, ③ 이 사건 양수인은 XX개발에 관하여 들어본 적 없다고 진술하고 있고, XX개발이 실제로 광고를 하였다거나 컨설팅 용역을 제공하였다고 볼 만한 객관적인 자료가 없는 점, ④ 피고는 원고가 공인중개사 XXX에게 지출한 중개수수료 ****만 원을 이미 필요경비로 인정하여 주었고, 이 사건 인접 호텔들의 양도인 중에서 원고와 같이 컨설팅 비용을 지출하였다고 주장하는 사람이 없는 점, ⑤ 원고는 구 소득세법 시행령 제163조 제5항 제1호 마목(가목부터 라목까지의 비용과 유사한 비용으로서 기획재정부령으로 정하는 비용)을 원용하고 있으나, 원고가 주장하는 비용은 구 소득세법 시행규칙(2024. 12. 31. 기획재정부령 제1098호로 개정되기 전의 것) 제79조 제2항 각 호에서 열거된 비용에 해당하지 않는 점(별지 참조) 등에 비추어 볼 때, 이 사건 컨설팅 비용이 소개비 등 구 소득세법 제97조 제1항 제3호에 따라 양도가액에서 공제되는 필요경비에 해당한다고 보기 어렵다.

다) 따라서 원고의 이 부분 주장 역시 받아들이기 어렵다.

4. 결론

그렇다면, 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.