주 문

이 건 과세전적부심사청구는 불채택결정합니다.

이 유

1. 감사결과통지 내용

가.청구법인은 2014.9.25. 개업하여 식품가공업을 영위해오고 있으며, 2022.3.31. 경기도 남양주시 A 소재 토지(4,050.9㎡, 이하 “쟁점토지” 라 한다)를 양도하고, 2022사업연도 법인세 신고 시 손익계산서에 유형자산 처분이익 7,477,635,783원(=양도가액 17,000,000,000원-장부가액 9,522,364,217원)을 계상하였으나, 이에 대한 토지 등 양도소득에 대한 법인세는 신고하지 않았다.

나. B지방국세청 감사관실(이하 “감사관실”이라 한다)은 통지관서에 대한 종합감사를 실시하면서, 쟁점토지에서 착공하였다고 인정하기는 어렵다고 판단되는바, 쟁점토지를 비사업용토지로 보아 청구법인에 토지등 양도소득에 대한 법인세를 부과할 것을 처분지시 하였다.

다. 통지관서는 2025.8.25. 감사관실의 처분지시에 따라 청구법인에 2022 사업연도 토지등 양도소득에 대한 법인세 972,900,235원(가산세 225,136,657원 포함)을 과세예고 통지하였다.

라.청구법인은 이에 대하여 2025.9.26. 이 건 과세전적부심사청구를 제기하였다.

2. 청구주장

가.사실관계 및 거래경위

1)청구법인 사업 현황 및 쟁점토지 취득 경위

가) 청구법인의 일반 현황

청구법인은 2013년 설립된 식자재 유통 전문 기업으로, 냉동·냉장 식품 및 각종 가공식품을 전국의 소상공인 및 외식업자영업자에게 공급해 왔다. 2014년 법인전환을 완료하고, 자사몰인 C를 오픈하여 사업을 본격화 하였다. 청구법인의 사업은 냉장·냉동이 필요한 식품에 대한 콜드체인 물류서비스를 기반으로 하므로, 물류창고와 물류센터의 확보 및 유지가 사업의 핵심 요소이다.

청구법인의 사업 확장에 따라 물류거점의 확보가 필수적이었으나, 기존 임차하여 사용하던 경기도 남양주시 D등에 있던 물류창고(이하 “D 물류창고”라 한다)는 누수·결로 등 시설 노후화가 심각하였고, 본사와 물류창고가 물리적으로 분리되어 있어 업무 비효율이 발생하고 있었다. 이에 청구법인은 본사와 물류창고를 통합한 사옥 신축을 중장기 핵심 과제로 설정하게 되었다.

나) D 물류창고의 도시개발구역 편입 및 대체부지 확보 필요성

더욱이 2019.3.28. 남양주 양정역세권 도시개발구역 지정으로 D 물류창고 부지가 해당 도시개발구역에 포함되면서 D 물류창고의 장기 사용가능성이 급격히 낮아졌다. 따라서 청구법인은 더 이상 임차에만 의존하지 않고, 사업의 안정성을 위해 직접 소유 형태의 물류센터 및 사옥 부지를 확보해야 하는 상황에 처하게 되었다. 이에 청구법인은 D 물류창고 인근에서 투기 목적이 아닌 기존 창고를 대체하고 본사와 물류센터를 통합할 '사옥 신축'이라는 분명한 사업상 목적을 가지고 쟁점토지(남양주시 A)를 선택하였다.

다) 쟁점토지의 분양계약 및 취득

청구법인은 2019.3.13. E주택공사(이하 “E”라 한다)와 매매계약을 체결하였다. 매매대금은 5년 분할 납부가 가능했음에도 불구하고 청구법인은 대금 선납 시 발생하는 이자비용 할인액(4.39억원)을 감안해 시설자금대출금 으로 조기에 대금을 완납하였다. 이는 쟁점토지를 단기 매매 목적이 아니라 장기 사업용 자산으로 인식하고 있음을 보여준다. 2020.5.25. 청구법인은 매매대금 잔금을 완납하고 쟁점토지에 대한 소유권이전등기를 완료하였다.

2)사옥 및 물류센터 신축을 위한 설계·적산, 인·허가 진행 및 코로나19

청구법인은 쟁점토지 취득 이전부터 사옥 신축을 위해 구체적이고 실질적인 노력을 기울였다. 즉, 청구법인은 쟁점토지 취득 이전부터 이미 사옥·물류센터 신축을 위한 설계 절차에 착수하였으며, 쟁점토지 취득 이후 인·허가 절차를 진행하였다. 해당 절차와 함께 당시 코로나19 현황을 요약하면 아래 표와 같다.

청구법인이 진행한 위 행위들은 모두 단순한 계획을 넘어, 실제 공사 수행을 전제로 한 법률상 계약관계를 형성한 것이다. 한편 청구법인의 경영진은 사옥 신축을 위한 활동으로 다양한 미팅을 수행하였다. 설계 및 설비 관련자들과의 회의, 자금조달을 위한 투자사·은행 및 신용보증기금 미팅 등으로 2019년 51회, 2020년 58회, 2021년 9회에 이르는 외부활동을 수행하였으며, 이는 쟁점토지를 사업목적에 적합하기 사용하기 위한 끊임없는 청구법인의 노력이 있었다는 방증이다.

또한 2020.10.12. (주)L엔지니어링에 신축공사 지반조사 및 흙막이 설계용역을 의뢰하고, 굴토·기초공사에 필수적인 선행 토목공사를 준비하였다. 이 과정에서 굴착을 위한 지반조사가 실제로 수행되었고, 이는 「건축물착공 통계조사 시행규칙」에서 말하는 “건축물의 건축을 위한 굴토공사에 착수”하기 위한 실질적 단계에 해당한다.¹⁾ 설계·적산·허가· 도급·지반조사 및 흙막이 설계까지 일련의 행위는 모두 쟁점토지를 사옥 및 물류센터로 사용하기 위한 착공 준비 및 실질적인 착공 단계에 해당하는 것으로, 토지를 투기 목적으로 단순 보유한 경우와 명백히 구별된다.

3)사내 커뮤니케이션 및 전사 참여 형태의 신축 프로젝트 진행

청구법인은 사옥 신축과 관련하여 사내 게시판 공지, 워크숍, 설문조사, 경영발표, 노사협의 회의 등 다양한 내부 커뮤니케이션을 통해 전 임직원이 참여하는 프로젝트로 추진하였다(붙임 3 참조). 2017년부터 2019년까지 청구법인 매출액은 66.85억원 → 110.94억원 → 154.87억원으로 성장하였고, 고용보험 가입자 수 역시 24명 → 42명 → 68명으로 증가하는 등 사업이 확대되는 상황에서, 노후한 기존 물류창고를 대체하고 본사와 물류창고를 통합할 사옥 확보는 필수적인 과제였다.

만일 청구법인이 쟁점토지를 투기 목적으로 보유하였다면, 이와 같이 고액의 설계용역 계약(1.79억원), 적산용역, 도급계약(77억원), 지반조사 및 흙막이 설계 의뢰, 전사적 참여를 통한 사옥 신축 프로젝트를 진행할 합리적 이유가 없다.

4)코로나19 팬데믹, 건축비 폭등 및 재무구조 악화

쟁점토지 소유권을 이전받은 2020.5.25. 전후로, 코로나19 팬데믹이 본격화되었다. 수도권 사회적 거리두기 2.5단계, 4단계 등 각종 방역조치로 인해 외식업 자영업자(청구법인의 주 고객층)는 심각한 매출 감소와 폐업 위기에 직면하였고, 이에 따라 청구법인의 매출 역시 코로나 확산 시기마다 급감하는 양상을 보였다. 특히, 2020.12.24. 에는 전국 식당 ‘5인 이상 사적 모임 금지’로 자영업자를 상대로 한 청구법인의 매출에 직접적인 타격이 있었다. 참고로, 코로나 기간을 포함하여 2020년부터 2024년까지 폐업한 자사몰 고객수는 2,841곳에 달한다.

청구법인의 2020사업연도 재무제표에 따르면, 2020년 당기순손실은 24.94억원 으로, 그간 축적된 이익잉여금이 모두 잠식되었고, 차입금은 약 110억원으로 순자산이 (-)7.95억원이 되어 완전자본잠식 상태에 이르게 되었다.

2021년에도 코로나19 여파가 계속되면서 청구법인은 31.09억원의 당기 순손실을 추가 기록하였고, 연속된 영업손실과 자본잠식(-39억원), 이자비용 부담 등으로 인해 회사 존속 자체가 위협받는 상황이었다. 청구법인은 권고사직, 임금조정 및 휴업, 고용안정협약지원금 신청 등 각종 자구책을 시행하였다.

이러한 시기, 국제유가 및 원자재 가격 상승으로 건설자재 및 건축비가 폭등하여, 당초 적산 시 공사비 66억원이었던 것이 불과 수개월 사이 94억원 수준으로 28억원 이상 증가하였다. 이후 지하주차장 삭제 등 설계 변경을 거쳐 (주)K과의 도급계약을 77억원으로 체결했으나, 향후 추가 공사비 부담과 자금조달 위험을 감안할 때 신축공사를 강행하기는 사실상 불가능한 상황에 이르렀다.

5)쟁점토지 매각 결정 및 건축허가 자진 취소

청구법인은 2020∼2021년 연속된 대규모 적자, 자본잠식, 건축비 폭등 등 복합 위기를 고려하여, 회사 존속과 채무상환을 위해 쟁점토지를 매각할 수밖에 없다고 판단하였다. 특히, 2021.7.12.에는 델타 변이 확산으로, 18시 이후 사적모임이 2인까지만 가능하게 됨에 따라, 자영업자를 대상으로 사업을 영위하는 청구법인의 사업전망이 불투명해지게 되었다. 이에 2021년 하반기부터 부동산플래너 등과 토지 매각 상담을 시작하였고, 2021.10.1. ㈜M과 쟁점토지에 대한 매매계약을 체결하였다. 이후 2021.12.15. 중도금(17억원), 2022.3.31. 잔금(136억원)을 수령하고 소유권이전등기를 완료하였다.

한편, 건축을 더 이상 진행하지 않겠다는 의사를 명확히 하기 위해 2021. 11.16. 남양주시에 건축허가 취소원을 제출하였고, 2021.11.22. 건축허가 취소원 수리 안내를 통보받았다. 이는 관할 행정청의 입장에서 불필요한 허가가 장기간 존속하지 않도록 납세자가 능동적으로 정리한 조치다.

이와같이 쟁점토지는 애초부터 사업용 사옥·물류센터 신축을 위해 취득· 준비되었으나, 코로나19 및 건축비 폭등이라는 예측 불가능한 외부적 사유로 인해 부득이 매각에 이른 것이며, 토지를 투기 목적으로 보유하다 시세차익을 얻기 위해 양도한 사례와는 본질적으로 구별된다.

나. 법률 해석

1) '착공'의 개념에 대한 해석

통지관서는 착공계가 제출되지 않았다는 형식적인 이유만으로 쟁점토지를 비사업용 토지로 판단하고 있다. 그러나 「법인세법」 자체는 ‘착공’의 정의를 두고 있지 않으나, 「건축물착공통계조사 시행규칙」 제2조제3항은 “건축물의 건축을 위한 굴토공사(증축 또는 개축으로서 굴토가 필요 없는 경우에는 건축물을 축조하는 공사)에 착수하는 것”을 착공으로 정의하고 있다.

국세청 유권해석(법인세과-416, 2009.4.17.)은 비사업용 토지 판정과 관련하여, 건축물 신축을 위한 필수적인 선행공사로서 실질적인 토목공사 (형질변경)를 개시한 경우 그 시점을 건설에 착공한 시점으로 볼 수 있으며, 실제 사업용으로 사용하기 위한 건설 착공 여부는 토지 취득·착공　사용현황 등에 따라 사실판단 할 사항이라고 밝히고 있다.

이러한 법리와 해석을 종합하면, 비사업용 토지 판정에서의 착공이란 건축허가, 설계, 도급계약 등과 결부되어, 굴토·기초공사에 직접 선행하는 지반조사·흙막이 설계 등 실질적 토목공사를 위한 필수 작업에 착수한 시점까지 포함하는 개념으로 보아야 한다. 단순한 착공계 제출 여부만을 기준으로 축소 해석하는 것은 타당하지 않다.

청구법인은 건축허가를 받고 도급계약을 체결하였으며, 굴착을 위한 지반조사까지 실제 수행하였다. 이러한 과정은 국세청 유권해석(법인세과 -416)에서 말하는 “건축물 신축을 위한 필수적인 선행공사로서 실질적인 토목공사(형질변경)를 개시한 경우”에 해당하며, 대법원 판례(2016두58406, 2017. 3. 15.)에서 인정한 “건물 신축에 필수적으로 전제되는 작업에 착수한 경우”에 해당한다.

따라서 쟁점토지는 「법인세법 시행규칙」 제46조의2제1항제5호에 따라 '사업용으로 사용하기 위하여 건설에 착공한 토지'에 해당하며, 취득일로부터 2년 및 건설 중단 기간은 비사업용 기간에서 제외되어야 한다.

2) '정당한 사유' 및 불가항력의 인정

설령 형식적인 착공계 미제출을 이유로 착공을 인정하지 않는다 하더라도, 청구법인에게는 공사를 진행할 수 없었던 '정당한 사유'가 존재한다. 「법인세법 시행규칙」 제46조의2제1항제13호 및 관련 법리는 천재지변이나 법령상·사실상 장애 등 납세자의 지배 영역 밖에서 발생한 사유로 사업에 사용하지 못한 경우를 구제하고 있다. 국토교통부와 대한전문건설협회는 코로나19로 인한 공사 지연을 표준도급계약서상 '불가항력' 및 '천재지변'에 준하는 사유로 유권해석한 바 있다. 조세심판원 선결정례(조심2025서0123) 또한 코로나19와 같은 국가적 재난 상황을 예측 불가능한 정당한 사유로 인정하고 있다.

서울행정법원은 “감염병이 확산되고 있다는 사정은 이 사건 조례 제10조 제2항제3호에서 정한 서면심의의 사유인 ‘천재지변이나 그 밖의 부득이한 사유로 위원회의 의사 정족수 충족이 어려운 경우’에 충분히 해당한다고 볼 수 있다.”고 판시하여 코로나19의 확산을 천재지변으로 명확히 판단하였다 (서울행정법원 2024.1.18. 선고 2023구합1828, 2024.1.18. 판결 참조). 청구법인이 쟁점토지 매수 계약을 2019년 2월에 맺은 이후 공교롭게도 정부는 2020.2.23.에 코로나19 위기 단계를 최고 단계인 ‘심각’(Red) 단계로 격상시켜 천재지변에 해당하는 부득이한 사유가 이미 발생하였고, 청구법인이 소유권을 이전 받아 취득한 시점인 2020.5.25.에는 이미 천재지변인 상태로 착공을 진행하는 것이 불가능했기 때문에, 착공을 전제로 한 법문 해석은 타당하지 않다.

유권해석(기준-2021-법령해석기본-0160,[법령해석과-3826])에서는 코로나 19의 대유행과 이에 따른 감염병 확산 방지를 위한 장기간의 영업제한 등의 조치가 있는 경우를 ‘납세자가 재난 또는 도난으로 재산에 심한 손실을 입은 경우’ 또는 ‘납세자가 경영하는 사업에 현저한 손실이 발생하거나 부도 또는 도산의 우려가 있는 경우’에 준하는 사유가 있는 경우로 해석하는바, 코로나19의 반복적 재확산으로 거리두기 연장·강화 등 사회 전반에 걸쳐 경제 활동이 크게 위축되어 소상공인, 영세자영업자 등 대다수의 국민과 납세자의 경제적 타격이 큰 상황에서 통지관서의 쟁점토지에 대한 중과세는 투기적 행위를 통해 재산증식을 방지하고자 하는 해당 법령의 취지 등에 반(反)하는 처분에 해당한다.

청구법인은 코로나19로 인한 전례 없는 매출 타격과 자본잠식, 그리고 예측 불가능한 건축비 폭등이라는 이중고를 겪었다. 이는 청구법인이 통상의 주의와 노력을 다하였어도 회피할 수 없었던 명백한 외부적 장애 사유다. 따라서 이러한 기간은 정당한 사유가 있는 기간으로서 비사업용 토지 기간에서 제외되어야 마땅하다.

3) 비사업용 토지 중과세 입법 취지의 고려

비사업용 토지 중과세 제도는 토지를 생산적인 용도로 사용하지 않고 재산 증식의 수단으로만 보유하는 투기수요를 억제하기 위한 것이다. 청구법인은 투기가 아닌 실제 사업 목적(물류센터 및 사옥)으로 토지를 취득하였고, 구체적인 신축 절차를 밟았으나 재난적 상황으로 인해 뜻을 이루지 못하고 매각한 것이다. 이러한 사정을 도외시하고 단지 착공계라는 종이 한 장이 제출되지 않았다는 이유만으로 징벌적 성격의 중과세를 부과하는 것은, 실질과세의 원칙에 반하며 입법 취지에도 부합하지 않는 가혹하고 위법한 처분에 해당한다.

다. 결론

청구법인은 쟁점토지를 사업용으로 사용하기 위한 실질적인 착공 단계에 이르렀으며, 공사의 중단 및 토지의 매각은 코로나19와 경제 위기라는 정당한 사유에 기인한 것이다. 따라서 쟁점토지는 비사업용 토지에 해당하지 아니하므로, 처분청의 이 건 법인세 부과 처분은 취소되어야 한다.

(이 면 이하 여백)

3. 통지관서 의견

가.조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다(대법원 2003.1.24. 선고 2002두 9537 판결 참조).

나.「법인세법」 제55조의2제3항에서는 “제1항제3호를 적용할 때 토지를 취득한 후 법령에 따라 사용이 금지되거나 그 밖에 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있어 비사업용 토지에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 비사업용 토지로 보지 아니할 수 있다.”라고 규정하고 있다.

「법인세법」 제55조의2제3항의 위임을 받은 「법인세법 시행령」제92조의 11제1항제3호는 공익 또는 불가피한 사유로 인한 법령상의 제한, 토지의 현황·부득이한 사유에 해당되는 토지는 기획재정부령으로 정하는 기간에는 비사업용에 해당하지 아니하는 토지로 보아 비사업용 토지 해당 여부를 판정하도록 하였고,

다시 그 위임을 받은 「법인세법 시행규칙」 제46조의2제1항제5호(이하 “쟁점규정”이라 함)는 지상에 건축물이 정착되어 있지 아니한 토지를 취득하여 사업용으로 사용하기 위하여 건설에 ‘착공’(착공일이 불분명한 경우에는 착공신고서 제출일을 기준으로 한다)한 토지는 당해 토지의 취득일부터 2년 및 착공일 이후 건설이 진행 중인 기간(천재지변, 민원의 발생 그 밖의 정당한 사유로 인하여 건설을 중단한 경우에는 중단한 기간을 포함한다) 동안을 비사업용에 해당하지 아니한 토지로 보아 비사업용 토지 해당 여부를 판정하도록 하고 있다.

다.쟁점규정의 취지는, 건축물이 정착되어 있지 아니한 토지를 취득하여 사업용으로 사용하기 위하여 건설에 착공하려면 각종 인․허가를 받고 건축 설계를 하는 등의 준비 작업을 하는데 상당한 시간이 소요되므로 토지 취득일로부터 2년 동안은 건설에 착공하기 이전이라도 비사업용이 아닌 것으로 의제하는 것에 있고, 사회 통념상 특정 토지에서 건물을 신축하기 위한 공사에 ‘착공’하였다고 인정하기 위해서는, 건물을 착공하기 위하여 필요한 준비 행위, 즉 토지의 측량이나 지반조사, 건물신축도급계약의 체결, 기존 건물의 철거나 착공 신고서를 제출하는 것만으로는 부족하고, 건축 공정상 일련의 행정절차를 마친 다음 건물 신축을 위한 실질적인 공사의 실행이라 볼 수 있는 행위로서 신축할 건물을 유지할 수 있는 최소한의 정도로 부지를 파내는 정도의 굴착공사나 터파기공사에 착수하는 경우에 비로소 공사에 ”착공”하였다고 볼 수 있다 할 것이다(대법원 1994.12.2. 선고 94누7058 판결 참조).

라.청구법인은 건축설계 용역, 신축공사 적산용역, 지반조사 및 흙막이 설계용역을 제공받고, 건설도급계약을 체결하였으므로 쟁점토지에서 착공이 이루어졌다고 주장하나, 청구법인은 2020.9.11. 쟁점토지에 대한 건축허가를 받은 후, 착공신고를 하지 않아 건축허가가 취소된 것으로 확인되고, 쟁점토지의 위성사진상 건축공사뿐만 아니라 부지 조성을 위한 토목공사조차 하지 않은 것으로 나타난다. 또한, 쟁점토지의 재산세 부과내역을 보면 쟁점토지는 ‘공지(나대지)’로서 종합합산과세된 것으로 확인되며, 청구법인이 제출한 자료(지반조사 현장 사진) 및 매입세금계산서 수취 내역을 고려할 때 쟁점토지에서 착공하였다고 인정하기는 어렵다고 판단된다.

마.청구법인은 신축공사를 더 이상 진행하지 못한 것은 천재지변 또는 그 밖의 정당한 사유로 인하여 건설을 중단한 경우에 해당하므로, 쟁점규정에 따라 건설을 중단한 기간 동안을 비사업용에 해당하지 아니한 토지로 보아 비사업용 토지 해당 여부를 판정해야 한다고 주장하나, 쟁점규정은 착공일 이후 건설이 진행 중인 기간에 천재지변, 민원의 발생 그 밖의 정당한 사유로 인하여 건설을 중단한 경우에는 중단한 기간을 포함한다는 것으로, 쟁점토지에서 착공을 하지 않은 청구법인의 경우 착공일 이후 건설이 진행 중인 기간이 없고 건설을 중단한 기간 또한 존재하지 아니하므로 위 청구주장은 이유 없다고 판단된다.

바. 청구법인은 쟁점토지 양도에 대해 추가적인 과세가 발생하는 것은 관련법령의 취지에도 부합하지 않는 과한 처분에 해당한다고 주장하나, 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하는바 위 청구주장 또한 이유 없다고 판단된다.

사. 청구법인은 대법원 판례(2016두58406, 2017. 3. 15.)를 원용하며 비사업용 토지 판정 시 건축물 신축을 위한 필수적인 선행공사로서 실질적인 토목공사를 개시한 경우 그 시점을 건설에 착공한 시점으로 할 수 있다고 주장하나, 위 판례는 종합합산과세대상으로 구분하여 재산세 등을 경정·고지한 사건에서 규준틀 설치 후 통상적인 일정에 따라 흙막이 작업, 터파기, 구조물 공사 등을 거쳐 건축물이 완공되었으므로 규준틀 작업 시점에 이미 건축물 신축공사를 시작한 것으로 보아 건축물 부속토지의 재산세 종합합산 여부를 결정해야 한다는 것으로 이 건에 직접 원용하기는 어렵다고 판단되며, 지반조사 후 건축물에 관한 굴착이나 축조 등의 공사에 착수하지 않은 이 건에서 지반조사를 했다는 사정만으로 착공하였다고 인정하기는 어렵다고 판단된다.

(이 면 이하 여백)

4. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점토지는 사업용으로 사용하기 위하여 건설에 착공하였고, 이후 공사 중단 및 매각은 정당한 사유에 기인한 것이므로 비사업용토지에 해당하지 않는다는 청구주장의 당부

나. 관련법령

1) 법인세법 제55조의2(토지등 양도소득에 대한 과세특례)

① 내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지, 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다), 주택을 취득하기 위한 권리로서 「소득세법」 제88조제9호에 따른 조합원입주권 및 같은 조 제10호에 따른 분양권(이하 이 조 및 제95조의2에서 “토지등”이라 한다)을 양도한 경우에는 해당 각 호에 따라 계산한 세액을 토지등 양도소득에 대한 법인세로 하여 제13조에 따른 과세표준에 제55조에 따른 세율을 적용하여 계산한 법인세액에 추가하여 납부하여야 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호의 규정 중 둘 이상에 해당할 때에는 그 중 가장 높은 세액을 적용한다.

3.비사업용 토지를 양도한 경우에는 토지등의 양도소득에 100분의 10(미등기 토지등의 양도소득에 대하여는 100분의 40)을 곱하여 산출한 세액

②제1항제3호에서 “비사업용 토지”란 토지를 소유하는 기간 중 대통령령으로 정하는 기간 동안 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다.

4.농지, 임야 및 목장용지 외의 토지 중 다음 각 목을 제외한 토지

가.「지방세법」이나 관계 법률에 따라 재산세가 비과세되거나 면제되는 토지

나.「지방세법」 제106조제1항제2호 및 제3호에 따른 재산세 별도합산과세대상 또는 분리과세대상이 되는 토지

다.토지의 이용상황, 관계 법률의 의무이행 여부 및 수입금액 등을 고려하여 법인의 업무와 직접 관련이 있다고 인정할 만한 상당한 이유가 있는 토지로서 대통령령으로 정하는 것

 ③ 제1항제3호를 적용할 때 토지를 취득한 후 법령에 따라 사용이 금지되거나 그 밖에 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있어 비사업용 토지에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 비사업용 토지로 보지 아니할 수 있다.

1-1)법인세법 시행령 제92조의3(비사업용 토지의 기간기준)

법 제55조의2제2항 각호 외의 부분에서 “대통령령으로 정하는 기간”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기간을 말한다. <개정 2009. 2. 4., 2011. 6. 3., 2015. 2. 3.>

3.토지의 소유기간이 3년 미만인 경우에는 다음 각 목의 모두에 해당하는 기간. 다만, 소유기간이 2년 미만이면 가목은 적용하지 아니한다.

가.토지의 소유기간에서 2년을 차감한 기간을 초과하는 기간

나.토지의 소유기간의 100분의 40에 상당하는 기간을 초과하는 기간. 이 경우 기간의 계산은 일수로 한다.

1-2)법인세법 시행령 제92조의11(부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 않는 토지의 판정기준 등)

①법 제55조의2제3항에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지는 해당 각 호에서 규정한 기간동안 법 제55조의2제2항 각 호의 어느 하나에 해당하지 않은 토지로 보아 같은 항에 따른 비사업용 토지(이하 이 조에서 “비사업용 토지”라 한다)에 해당하는지를 판정한다.

3.그 밖에 공익, 기업의 구조조정 또는 불가피한 사유로 인한 법령상 제한, 토지의 현황ㆍ취득사유 또는 이용상황 등을 고려하여 기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유에 해당되는 토지: 기획재정부령으로 정하는 기간

1-3) 법인세법 시행규칙 제46조의2(부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 아니하는 토지의 판정기준 등)

①영 제92조의11제1항제3호에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지는 해당 각 호에서 규정한 기간동안 법 제55조의2제2항 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 토지로 보아 같은 항에 따른 비사업용 토지에 해당하는지 여부를 판정한다. 다만, 부동산매매업(한국표준산업분류에 따른 건물건설업 및 부동산공급업을 말한다)을 영위하는 자가 취득한 매매용부동산에 대하여는 제1호 및 제2호를 적용하지 아니한다.

1.토지를 취득한 후 법령에 따라 해당 사업과 관련된 인가ㆍ허가(건축허가를 포함한다. 이하 같다)ㆍ면허 등을 신청한 자가 「건축법」제18조 및 행정지도에 따라 건축허가가 제한됨에 따라 건축을 할 수 없게 된 토지 : 건축허가가 제한된 기간

2.토지를 취득한 후 법령에 따라 당해 사업과 관련된 인가ㆍ허가ㆍ면허 등을 받았으나 건축자재의 수급조절을 위한 행정지도에 따라 착공이 제한된 토지 : 착공이 제한된 기간

3.사업장(임시 작업장을 제외한다)의 진입도로로서 「사도법」에 따른 사도 또는 불특정다수인이 이용하는 도로 : 사도 또는 도로로 이용되는 기간

4.「건축법」에 따라 건축허가를 받을 당시에 공공공지(公共空地)로 제공한 토지 : 당해 건축물의 착공일부터 공공공지로의 제공이 끝나는 날까지의 기간

5.지상에 건축물이 정착되어 있지 아니한 토지를 취득하여 사업용으로 사용하기 위하여 건설에 착공(착공일이 불분명한 경우에는 착공신고서 제출일을 기준으로 한다)한 토지 : 당해 토지의 취득일부터 2년 및 착공일 이후 건설이 진행 중인 기간(천재지변, 민원의 발생 그 밖의 정당한 사유로 인하여 건설을 중단한 경우에는 중단한 기간을 포함한다)

6.저당권의 실행 그 밖에 채권을 변제받기 위하여 취득한 토지 및 청산절차에 따라 잔여재산의 분배로 인하여 취득한 토지 : 취득일부터 2년

7.당해 토지를 취득한 후 소유권에 관한 소송이 계속(係屬) 중인 토지 : 법원에 소송이 계속되거나 법원에 의하여 사용이 금지된 기간

8.「도시개발법」에 따른 도시개발구역 안의 토지로서 환지방식에 따라 시행되는 도시개발사업이 구획단위로 사실상 완료되어 건축이 가능한 토지 : 건축이 가능한 날부터 2년

9.건축물이 멸실ㆍ철거되거나 무너진 토지 : 당해 건축물이 멸실ㆍ철거되거나 무너진 날부터 2년

10.법인이 2년 이상 사업에 사용한 토지로서 사업의 일부 또는 전부를 휴업ㆍ폐업 또는 이전함에 따라 사업에 직접 사용하지 아니하게 된 토지 : 휴업ㆍ폐업 또는 이전일부터 2년

11.다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 기관이 「금융산업의 구조개선에 관한 법률」제10조의 규정에 따른 적기시정조치 또는 같은 법 제14조제2항의 규정에 따른 계약이전의 결정에 따라 같은 법 제2조제2호에 따른 부실금융기관으로부터 취득한 토지 : 취득일부터 2년

가.「예금자보호법」제3조의 규정에 따른 예금보험공사

나.「예금자보호법」제36조의3의 규정에 따른 정리금융기관

다.「금융산업의 구조개선에 관한 법률」제2조제1호의 규정에 따른 금융기관

12. 「자산유동화에 관한 법률」에 따른 유동화전문회사가 같은 법 제3조의 규정에 따른 자산유동화계획에 따라 자산보유자로부터 취득한 토지 : 취득일부터 3년

13.당해 토지를 취득한 후 제1호 내지 제12호의 사유 외에 도시계획의 변경 등 정당한 사유로 인하여 사업에 사용하지 아니하는 토지 : 당해 사유가 발생한 기간

2) 건축법 제11조(건축허가)

⑦ 허가권자는 제1항에 따른 허가를 받은 자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하면 허가를 취소하여야 한다. 다만, 제1호에 해당하는 경우로서 정당한 사유가 있다고 인정되면 1년의 범위에서 공사의 착수기간을 연장할 수 있다.

1. 허가를 받은 날부터 2년(「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」제13조에 따라 공장의 신설ㆍ증설 또는 업종변경의 승인을 받은 공장은 3년) 이내에 공사에 착수하지 아니한 경우

3) 건축법 제21조(착공신고 등)

① 제11조ㆍ제14조 또는 제20조제1항에 따라 허가를 받거나 신고를 한 건축물의 공사를 착수하려는 건축주는 국토교통부령으로 정하는 바에 따라 허가권자에게 공사계획을 신고하여야 한다.

3-1) 건축법 시행규칙 제14조(착공신고등)

①법 제21조제1항에 따른 건축공사의 착공신고를 하려는 자는 별지 제13호서식의 착공신고서(전자문서로 된 신고서를 포함한다)에 다음 각 호의 서류 및 도서를 첨부하여 허가권자에게 제출해야 한다.

2. 별표 4의2의 설계도서. 다만, 법 제11조 또는 제14조에 따라 건축허가 또는 신고를 할 때 제출한 경우에는 제출하지 않으며, 변경사항이 있는 경우에는 변경사항을 반영한 설계도서를 제출한다.

4)건축물착공통계조사시행규칙 제2조(정의)

이 규칙에서 사용하는 용어의 정의는 다음과 같다.

③“착공”이라 함은 건축물의 건축을 위한 굴토(땅파기)공사(증축 또는 개축으로서 굴토가 필요없는 경우에는 건축물을 축조하는 공사)에 착수하는 것을 말한다.

다. 사실관계

1)청구법인 기본사항은 다음과 같다.

*2013.8.1. 개인사업(상호명 : J, 계속, 주업태: 도매 및 소매업, 주종목: 식품)

2)청구법인은 D 물류창고가 노후화가 심각하여 누수·결로 및 시설 하자 등의 증거로 사진을 제출하였다(붙임1 참조).

3)쟁점토지 등기권리증에 첨부된 토지매매계약서에 따르면 2019.3.13. 매도인 한국토지주택공사, 매수인 주식회사 J, 대금완납일 : 2020.5.25., 매매대금 9,080,025,120원 원금 9,519,615,000원, 선납할인 439,589,880원으로 확인된다.

4) 청구법인이 제출한 공사원가계산서(공사명 : N 창고시설 신축공사, 작성일자는 기재되어 있지 않음)에 따르면 총 공사금액이 66억원에서 94.6억원으로 증가한 것으로 확인된다. 청구법인은 2020.10.5. ㈜K와 77억원에 건설공사계약을 체결한 것으로 확인된다.

5) 통지관서가 제출한 청구법인이 2020.5.25. 쟁점토지를 매수하여 2022.3.31. 양도하기까지 창고시설 신축공사와 관련하여 수취한 매입세금계산서 내역은 아래와 같다(청구법인도 다툼 없음).

6)청구법인은 쟁점토지에 굴착을 위한 지반조사가 실제로 수행된 근거로 사진을 제출하였다(붙임 2 참조). 사진에 보이는 건설기계는 시추기로 지반조사 목적으로 사용하는 장비로 확인된다. 「건축법 시행규칙」제14조는 건축공사의 착공신고 시 별표 4의2의 설계도서를 첨부하도록 하고 있고, 별표 4의2는 지반조사 보고서를 포함하고 있다. 지반조사 보고서는 시추조사 결과, 지반분류, 지반반력계수 등 구조설계를 위한 지반자료를 내용으로 한다.

7)청구법인은 사옥 신축과 관련하여 사내 게시판 공지, 워크숍, 설문조사, 경영발표, 노사협의회 회의 등 다양한 내부 커뮤니케이션의 증거로 사내게시판 게시물을 증거로 제출하였다(붙임 3 참조).

8)청구법인은 코로나19로 수도권 사회적 거리두기 등 각종 방역조치로 청구법인의 매출이 급감하였다고 주장하며, 2020, 2021사업연도 재무제표를 제출하였다. 청구법인이 법인세 신고 시 제출한 표준손익계산서를 정리하면 다음과 같다. 청구법인은 2020, 2021사업연도에 각 24.94억원, 31.09억원 가량의 당기순손실을 기록하였고, 2020, 2021사업연도에 순자산이 각 –7.96억원, -39.05억원으로 확인된다.

(이 면 이하 여백)

이에 대하여 통지관서는 코로나19 발병(2020년) 이후 청구법인의 매출액은 오히려 증가하였으며, 코로나19의 발병으로 인해 청구법인의 경영이 악화 되었다는 주장을 받아들이기 어렵다는 의견이다.

9)청구법인이 제출한 “J사옥 휴업시행 설명회”문건에 따르면 2020.12.23. 전략기획파트에서 전임직원을 대상으로 부분휴업(주1일)을 시행할 것을 예고 하고 이를 설명한 것으로 확인된다(붙임 4 참조).

10)청구법인이 제출한 “고용안정 협약지원금 참여신청서”에 따르면, 2020.12.29. 위 휴업시행에 따른 임금감소분에 대한 고용안전 협약 지원금을 신청하였다(붙임 4 참조).

11)청구법인이 제출한 “피보험자 이직 확인서”에 따르면 2021년 4월과 7월 “경영상필요 및 회사불황으로 인한 인원감축에 따른 퇴사”를 사유로 3인에 대한 권고사직을 시행하였다.

12)청구법인은 남양주시로부터 쟁점토지 지상의 사옥 신축공사에 대해 2020.9.11. 건축허가를 받았고²⁾, 이후 2021.11.16. 건축허가 취소원을 제출하여 2021.11.22. 건축허가 취소원이 수리(남양주시 건축과-28957) 되었다.

13)통지관서는 청구법인이 쟁점토지를 보유한 기간의 항공사진을 제출 하였다. 항공사진상 굴토(땅파기)공사의 흔적은 보이지 않는다(붙임 5 참조).

14)청구법인은 국토교통부에서 코로나19를 천재지변 및 불가항력의 사태에 해당하는 것으로 해석하였다고 주장하며, 2020.3.9. 국토교통부의 “건축공사 표준계약서 법령해석 안내” 문서를 제출하였다. 이는 「건축공사 표준계약서」 (국토교통부고시 제2016-193호) 제13조(공사기간의 연장) 제1항, 제23조(지체상) 제1항의 내용 중 천재지변 등 공사지연에 대한 수급인의 면책에 관한 규정의 해석에 관한 것이다.

15)국세청 전산망에 따르면 청구법인이 쟁점토지를 보유한 기간의 재산세 부과내역은 아래와 같다.

* 2022과세연도의 납세자명은 ㈜M로 확인됨

라. 판단

1)조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 조세감면요건에 대하여는 엄격하게 해석하는 것이 조세 공평의 원칙에 부합한다(대법원 2008. 2. 15. 선고 2006두8969 판결 등 참조).

2)위 법리와 앞서 인정한 사실관계 및 아래와 같은 점으로 볼 때, 쟁점토지는 사업용으로 사용하기 위하여 건설에 착공하였다고 볼 수 없고, 이후 공사 중단 및 매각은 정당한 사유에 기인한 것으로 보기 어려워 비사업용토지에 해당하지 않는다는 청구주장은 타당하지 않는 것으로 판단된다.

가) 쟁점 규정에서 말하는 건설에 “착공”은 당해 토지에서 굴착공사 등과 같은 토목공사를 포함하여 건설공사가 시작된 경우를 의미하고, 특별한 사정이 없는 한 건물을 신축하기 위한 착공에 필요한 준비 작업을 하는 경우까지 포함한다고 보기는 어렵다고 해석함이 타당하므로(대법원 1995.9.26. 선고 95누7857 판결, 대법원 1997.9.9. 선고 96누15558 판결 참조), 비록 청구법인이 쟁점토지에 건설할 사옥에 대한 건축설계 용역 계약을 체결하고, 인·허가 협의, 관계기관 심의 등 개발을 위한 준비행위를 진행하여 왔더라도, 쟁점 토지에서 굴착공사 등과 같은 토목공사를 포함하여 건설공사가 시작된 것으로 보기 어려운 점,

나) 비록 코로나19라는 사정이 있었기는 하나, 청구법인이 경기 악화 등으로 인한 매출 감소 등으로 인하여 쟁점토지에 대한 착공을 포기하고 양도한 것은 더 나은 경제적 이익을 위한 개별 법인의 선택일 뿐 공익, 법령 등 청구법인이 책임질 수 없는 사유로 인하여 통상의 범위를 넘어 토지의 사용이 특별히 제한됨에 따른 부득이한 사유가 있다고 볼 수 없는 점,

3) 따라서, 통지관서가 쟁점토지가 사업용으로 착공되었음을 인정하기 어렵다는 이유로 쟁점토지를 비사업용토지로 보아 청구법인에 토지등 양도소득에 대한 법인세를 과세예고한 통지는 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

5. 결론

이 건 과세전적부심사청구는 청구주장이 이유 없다고 인정되므로「국세기본법」제81조의15제5항제1호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2) 청구법인이 건축허가 시 받은 것으로 보이는 “건축이행(안내)사항” 문서에 따르면 건축허가일로부터 2년 이내에 착공신고 및 공사에 착수해야 하며, 공사에 착수하지 않을 경우 건축허가가 취소된다고 기재되어 있다. 이는 건축법 제11조 제7항 제1호의 내용과 같다.