주 문

이 건 과세전적부심사청구는 불채택결정합니다.

이 유

이 유

1. 사실관계 및 세무조사결과 통지내용

가.청구법인은 2005.9.13. 부산 사하구에 주택재개발사업(이하 “쟁점사업”이라 한다)을 목적으로 설립된 정비사업조합 으로, 총 13개동 1,643세대 (조합원 256세대, 일반분양 1,387세대)를 건축하여 2024.9. 준공 및 입주 하였으며, 「조세특례제한법」에 따라 일반분양 부분을 수익사업으로, 조합원 분양 부분을 비수익사업으로 영위하였다.

나.청구법인은 2024 사업연도 법인세 신고 시 공통손금을 분양가액(수입금액) 비율에 따라 안분(수익사업 87.96%, 비수익사업 12.04%)하여 신고하였으며, 조합원에게 무상으로 제공한 옵션 등의 특별제공품(이하 “쟁점특별제공품” 이라 한다)과 대납한 이주비 및 중도금 대출이자 등(이하 “쟁점금융비용”이라 한다. 쟁점특별제공품과 쟁점금융비용을 모두 지칭할 경우 “쟁점조합원 제공비용”이라 한다)을 공통손금으로 계상하여 법인세를 신고납부하였다.

다.조사청은 2025.8.19.부터 2025.10.27.까지 청구법인의 2020사업연도부터 2024사업연도에 대한 법인통합조사를 실시한 결과, 2024사업연도 법인세 신고 시 공통손금을 분양가액(수입금액)비율로 안분계산하고 조합원에게 제공된 쟁점특별제공품 및 대납한 쟁점금융비용을 공통손금으로 계상하여 법인세 신고 한 것에 대하여 수익사업 분양면적비율(84.01%)에 해당하는 12,786,394,751원은 손금불산입하고, 동 금액 중 사망자 등을 제외한 금액을 조합원의 배당으로 소득처분하면서 원천징수 누락한 배당소득세 및 관련 가산세 등에 관하여 2025.10.28. 법인세 9,597,113,230원(가산세 1,278,417,204원 포함) 및 원천세 (배당소득세) 1,759,790,284원을 예상고지세액으로 세무조사결과를 통지하였다.

라. 청구법인은 이에 대하여 2025.11.26. 이 건 과세전적부심사청구를 제기하였다.

2. 청구주장

가. [쟁점 1] 청구법인이 「법인세법 시행규칙」 제76조제6항(이하 “쟁점시행규칙”이라 한다)본문제2호에 따라 분양가액비율 방식을 적용하여 공통손금을 안분한 것이 '불합리'하다고 볼 근거가 없다.

1) '원칙'에 해당하는 분양가액비율을 적용하는 것이 불합리하다는 점이 구체적으로 증명된 경우에 한하여 '예외'에 해당하는 분양면적비율을 적용할 수 있다.

쟁점시행규칙 본문은 비영리법인이 수익사업과 비수익사업의 손익을 구분경리하는 경우 공통되는 익금과 손금은 각호의 규정에 의하여 구분계산한다고 하면서, 제2호에서 수익사업과 비수익사업의 업종이 동일한 경우 공통손금은 수입금액 또는 매출액에 비례하여 안분계산한다고 정하고 있다. 그러면서 쟁점시행규칙 단서는 "각호의 규정을 적용할 수 없거나 불합리한 경우"에는 국세청장이 정하는 사용면적등의 기준에 의하여 안분계산한다고 정하고 있다. 위와 같은 쟁점시행규칙의 문언에 따르면, 공통익금이나 공통손금을 안분함에 있어서는 ① 원칙적으로 쟁점시행규칙 본문 각호의 안분계산 방식을 따라야 하는 것이며, ② 다만 쟁점시행규칙 본문 각호를 따르는 것이 불가능하거나 불합리한 것으로 인정되는 예외적인 경우에만 쟁점시행규칙 단서 규정에 의하여 사용면적등의 기준을 따를 수 있다. 그러므로 공통손금은 쟁점시행규칙 본문 제2호에 따라 분양가액비율 방식으로 안분하는 것이 원칙이고, 이러한 원칙을 적용하는 것이 불가능하거나 불합리한 것으로 인정되는 경우에만 예외적으로 쟁점시행규칙 단서에 따라 분양면적비율 방식을 적용할 수 있다.

2) 법원은 쟁점시행규칙 단서의 적용을 주장하는 자가 쟁점시행규칙 본문 적용의 불합리함을 증명하지 못하는 한, 쟁점시행규칙 단서를 적용할 수 없다고 판시하였다.

서울행정법원은 “쟁점시행규칙 단서를 적용해야 한다고 주장하는 자는 쟁점시행규칙 본문을 적용하는 것이 불합리하다는 점을 증명해야 하고, 이에 대한 구체적인 증명 없이는 쟁점시행규칙 단서를 적용할 수 없다”는 취지로 판시하였다(서울행정법원 2023구합75621, 2025.9.19.). 해당 판결 사안에서는 원고인 정비사업조합이 쟁점시행규칙 본문에 따라 분양가액비율을 토대로 공통손금을 안분하는 방식으로 법인세를 신고납부한 다음, 경정청구를 하면서 쟁점시행규칙 단서에 따라 분양면적비율을 적용할 것을 주장하였으나 거부처분을 받았다. 서울행정법원은 쟁점시행규칙 단서가 본문에 대한 예외규정에 해당한다는 점을 명시적으로 밝혔고, 예외인 쟁점시행규칙 단서의 적용을 주장하는 원고가 원칙인 분양가액비율을 적용하는 것이 불합리하다는 점을 증명할 필요가 있다고 보았다. 그리고 원고가 주장하는 사정들만으로는 분양가액비율을 적용하는 것이 불합리하다고 단정할 수 없다고 하면서, 경정청구 거부처분이 적법하다고 판시하였다. 쟁점시행규칙의 규정 체계가 '원칙'과 '예외'의 구조로 되어 있다는 점은 문언 그 자체로 명백하므로, 공통손금에 대하여 원칙이 아닌 예외를 적용해야 한다고 주장하는 조사청이 원칙 적용의 불합리성을 구체적으로 밝혀야 한다. 아울러 과세처분의 적법성과 과세요건사실의 존재에 대한 증명책임은 과세관청에게 있으며 분양가액비율 방식을 적용하는 것이 불가능하거나 불합리한 경우로서 분양면적비율 방식을 적용할 수 있는지 여부는 과세요건사실에 해당한다. 그러므로 쟁점사업에 분양가액비율을 적용하는 것이 ‘불합리’하다고 볼 수 있는 구체적인 이유에 대하여 당연히 조사청이 증명할 책임이 있으며, 그러한 구체적인 증명 없이 예외인 분양면적비율을 적용한다면 이는 위법하다.

3) 세금이 적게 나온다는 이유만으로 분양가액비율이 '불합리'하다고 볼 수는 없다.

조사청은 공통손금을 분양가액비율로 안분할 경우 "수익사업부문의 분양이익이 과소하게 산출되는 불합리한 결과"가 발생하므로 분양면적비율을 적용해야 한다고 주장하나, 이는 결국 분양가액비율을 적용하면 분양면적비율에 비해서 법인세 세액이 낮게 산출되기 때문에 불합리하다는 취지에 불과하다. 그러나 이는 '세수 확보의 유불리'를 '합리성의 척도'로 오인한 것으로서 본말이 전도된 주장이다. 쟁점시행규칙 단서가 규정한 '불합리한 경우'란 해당 안분 기준을 적용했을 때 수익과 비용의 대응이 왜곡되는 경우를 의미하는 것이지, 단순히 과세관청이 원하는 만큼의 세액이 산출되지 않는 경우를 의미하는 것이 아니다. 만약 조사청의 논리대로라면, 납세자에게 가장 높은 세금을 부과하는 방법만이 유일하게 합리적인 기준이고 그보다 세금이 적게 산출되는 모든 방법은 불합리하다는 잘못된 결론에 도달하게 된다.

4) 세금을 극대화하지 못하면 불합리한 안분 기준이라는 조사청 논리에 따를 경우, 안분 기준의 선택이 '일반분양 시점의 부동산 시황'에 좌우되게 된다.

조사청의 주장처럼 세액의 크기를 기준으로 안분 방식의 적정성을 판단한다면 납세자의 예측가능성이 현저히 침해된다. 예를 들어 공사를 진행하는 과정에서 일대의 부동산 가격이 폭등하여 일반분양가액이 상승하게 되면 과세관청은 법인세를 극대화하기 위하여 분양면적비율을 적용해야 한다고 주장할 것이고, 반대로 일반분양 시점에 부동산 시장이 침체되어 조합원분양가보다 일반분양가를 낮추어 할인분양을 할 수밖에 없는 경우에는 분양가액비율 방식을 적용해야 한다고 주장할 것인데, 이는 도저히 합리적인 기준이라고 볼 수 없다. 청구법인의 경우, 일대의 부동산 가격이 5년에 걸쳐 꾸준히 상승한 결과 일반분양가액이 상승하였고 이에 따라 분양수입이 상승하여 이미 그 영향만으로도 법인세 세액이 대폭 늘어나게 되어 있다. 단순히 시장 상황이 우호적으로 변하게 되면서 자연스럽게 일반분양가액이 상승하게 된 것뿐임에도 불구하고, 이미 일반분양가 상승으로 법인세가 늘어난 상황에서 원가배분 방식까지 바꾸어 이중으로 법인세를 증액해야 할 이유가 없다.

5) 대법원 판결(대법원 2008두17479, 2011.7.14.)은 조합원분양가에 대한 공법적 통제가 도입되기 전의 사안으로, 본건에 적용될 수 없다.

조사청이 원용하는 대법원 2008두17479 판결의 원고 재건축조합은 「도시 및 주거환경정비법」(이하 '도시정비법')이 도입되기 이전에 시행되었던 구 「 주택건설촉진법」에 따라 사업계획승인을 받은 경우로, 행정청의 관여가 사실상 종료되어 조합원분양가가 자의적으로 정해졌기 때문에 분양가액비율을 적용하는 것이 합리적이라 할 수 없다고 본 것이다. 구 「주택건설촉진법」 하에서 조합원들이 임의대로 가격 왜곡이 가능했던 과거의 재건축 환경을 전제로 한 위 법리는, 도시정비법 하에서 엄격한 감정평가와 행정청의 관리처분계획인가라는 중첩적 통제를 거쳐 분양가액의 객관성이 담보되는 현행 재건축 사업에 기계적으로 적용될 수 없다. 현행법 하에서 조합원분양가는 2인 이상의 감정평가법인들이 평가한 금액을 산술평균하여 결정되며, 일반분양가 역시 관할 구청의 입주자모집공고 승인 및 주택도시보증공사(HUG)의 분양보증을 통해 이중의 가격 통제를 받는다. 이처럼 적법하고 객관적인 절차를 거쳐 분양가가 결정된 본건에 쟁점 판례를 적용하는 것은 타당하지 않다.

6) 분양면적비율을 적용할 경우 수익사업과 비수익사업의 수익 구조 및 손익 귀속시기가 불합리하게 왜곡된다.

조사청이 주장하는 분양면적비율을 적용할 경우, 공사원가가 수익사업인 일반분양분에 과소하게 배분되고 비수익사업인 조합원분양분에 과다하게 배분된다. 이에 따라 과세사업에서는 <표11>에서 확인되는 바와 같이 막대한 이익이 나고 비과세사업에서는 막대한 손실이 발생하는 등 수익 구조가 왜곡된다.

다음으로 조사청이 주장하는 분양면적비율 방식은 '기간 손익 계산'의 원칙을 위반하여, 수익사업의 손익 귀속 시기를 인위적으로 왜곡한다. <표11>에서 확인되는 바와 같이 대규모 분양이익이 산출되는 반면, <표12>에서 산출된 내역과 같이 사업 후반기에 처분될 임대주택, 상가, 보류지 미판매 잔여분에서는 사업 말기에 약 12억원의 손실이 확정되는 기형적인 구조가 나타난다. 이는 사업 초기에는 비용 배부를 억제하여 세금을 선취하고 후반기로 비용 배부를 이연하여 손실을 발생시키겠다는 편의주의적 발상이다.

7) 쟁점시행규칙의 하위규정에 대한 입법불비로 인하여, 분양면적비율은 애당초 적용이 불가능한 기준이다.

쟁점시행규칙 단서는 "국세청장이 정하는 작업시간·사용시간·사용면적등의 기준"에 의하여 안분계산한다고 정하고 있으나, 위임을 받은 국세청장이 아무런 구체적인 기준도 정하지 않아서 이에 관한 규정 자체가 존재하지 않는다. 이처럼 하위 규정이 부존재하는 상황에서, 조사청이 자의적으로 '분양면적'이라는 잣대를 끌어와 과세 근거로 삼는 것은 조세법률주의에 위반된다.

8) 일반분양분과 조합원분양분의 단위면적당 분양가액이 상이하다거나, 양자의 단위면적당 공사비가 동일하다는 이유를 들어 분양가액비율을 적용하는 것이 불합리하다고 볼 수 없다.

조사청은 ① 일반분양과 조합원분양의 ‘단위면적당 분양가액’이 1.4배가량 차이가 난다는 점, ② 일반분양과 조합원분양의 ‘단위면적당 공사비’가 동일하다는 점을 들어 ‘분양가액비율’을 적용할 수 없다고 주장하나, 이는 서울행정법원 2025. 9. 19. 선고 2023구합75621 판결에 반할 뿐만 아니라, 원칙적 안분 기준에 해당하는 분양가액비율을 사문화(死文化)하는 주장으로서 타당하지 않다.

먼저 ① 일반분양과 조합원분양의 ‘단위면적당 분양가액’이 상이하다는 사실만으로 원칙적 안분 기준인 ‘분양가액비율’의 적용이 불합리하다고 볼 수 없다. 위 서울행정법원 판결 사안의 경우, 일반분양과 조합원분양의 '단위면적당 분양가액'이 1.22배가량 차이가 났음에도 불구하고, 원칙인 분양가액비율을 적용하는 것이 불합리하다고 볼 수 없다고 판단되었다. 위 판결에서 원고 조합은 "조합원분양가와 일반분양가를 원칙적으로 동일하게 하는 것으로 관리처분계획 내용을 변경"하기는 하였으나, 실제로 원고 조합의 단위면적당 분양가액을 계산해보면 아래 <표1>와 같이 양자 간에 ㎡당 약 110만 원, 비율로 따지면 약 1.22배의 명백한 단가 차이가 존재함을 알 수 있다. 따라서 조사청이 단순히 ‘단위면적당 분양가액이 다르다’는 점만을 내세워 분양가액비율 적용을 배제하려는 것은 위 판례의 결론에 반하는 주장이다.

또한, 위와 같은 조사청 주장은 일반분양과 조합원분양의 단위면적당 분양가액이 동일한 경우에만 분양가액비율을 적용할 수 있고, 양자가 상이한 경우에는 분양면적비율을 적용해야 한다는 취지이다. 그런데 아래의 예시와 같이, 일반분양과 조합원분양의 단위면적당 분양가액이 동일할 때에는 수학적으로 분양가액비율과 분양면적비율의 수치가 완전히 일치하게 되므로, 결국 항상 분양면적비율만 적용되는 것과 마찬가지인 결과가 된다. 즉, 단위면적당 분양가액이 동일한 경우든 상이한 경우든, 항상 분양면적비율만 적용하는 셈이 되어 원칙인 분양가액비율은 사문화되고, 예외인 분양면적비율만 남게 되는 것이다.

나아가, 현행 도시정비법 체계하에서 조합원분양가는 감정평가액 산술평균으로 결정되고, 일반분양가는 관할 구청과 주택도시보증공사(HUG)의 행정적 통제를 거쳐 산정되므로 양자의 단위면적당 분양가액이 일치하는 것은 현실적으로 불가능하다. "단위면적당 분양가액이 상이하므로 분양가액비율을 배제해야 한다"는 조사청의 논리는 불가능한 조건하에서만 원칙을 허용하겠다는 억지 주장이다.

다음으로 ② 일반분양과 조합원분양의 ‘단위면적당 공사비’가 동일하다는 사정만으로는 분양가액비율 적용이 불합리하다고 볼 수 없다. 서울행정법원 판결 사안에서 원고가 “공통손금이 고르게 투입”된다는 점을 들어 분양가액비율 적용이 불합리하다고 주장하였으나 법원은 이를 정면으로 배척하였다.

9) 분양면적비율이 원칙에 해당한다는 주장의 근거로 조사청이 제시한 선례들은 쟁점과 무관하거나, 오히려 분양가액비율이 원칙에 해당한다는 점을 확인한 것들이다.

조사청은 대법원 2008두17479 판결을 인용하나, 현행 도시정비법상 조합원 분양가액은 자의적으로 산정되는 것이 아니며 감정평가법인의 평가를 통해 객관적으로 산정된다. 따라서 조사청이 원용하는 위 판례의 핵심 전제(조합원 분양가액이 조합원 자의에 따라 인위적으로 낮게 산정된다는 사실관계) 자체가 본건에는 전혀 존재하지 않는다.

또한 조사청이 원용하는 하급심 판결들(서울고등법원 2012누18617 등)은 애당초 공통손금의 안분 기준이 쟁점이 된 적조차 없으며, 단지 일반분양 수익이 과세 대상에 해당한다는 취지에서 쟁점 판례를 원용했을 뿐이다.

조사청이 원용하는 조심 2022서5937 결정¹⁾은 공통손금 안분 시 분양가액비율 적용이 원칙이라고 판시하며 분양면적비율의 적용을 배척한 사례로서 오히려 청구법인에게 유리한 결정례이다.

조사청이 원용하는 국심 2000중1236 결정 역시 ‘분양가액비율’이 원칙적으로 타당함을 확인하였으나, 납세자가 미분양분의 분양예정가액을 임의로 과소 평가한 특수한 사실관계가 존재했기에 예외적으로 분양면적비율 적용을 허용했을 뿐이다. 본건은 감정평가 및 공법적 통제를 통해 분양가액이 산정되어 임의적인 조작이 불가능하므로 이 결정례를 근거로 분양면적비율을 적용할 수 없다.

이외의 심사법인 2000-0012 등의 결정례들은 비영리법인이 아닌 일반 부동산 매매업자의 사안으로 쟁점 시행규칙이 적용될 여지가 애초에 존재하지 않아 본 건에 원용할 수 없다.

나. [쟁점 2] 쟁점조합원제공비용은 청구법인의 법인세법상 손금으로 인정되어야 하며, 청구법인 조합원들의 배당소득에 해당하지 않는다.

1) 쟁점조합원제공비용은 청구법인의 법인세법상 손금으로 인정되어야 한다.

청구법인이 부담한 쟁점조합원제공비용은 쟁점사업 전체를 원활하게 수행하기 위해 필연적으로 수반되는 비용으로서 일반적인 통상성 요건 및 사업관련성을 모두 충족한다. 이주비 대출이자는 사실상 '토지를 사용 가능한 상태로 만들기 위한 비용'으로서 사업과 직접적인 관련이 있고, 중도금 대출이자 대납 역시 사업 진행에 필요한 동의를 확보하기 위한 경영 판단의 결과이자 널리 통용되는 관행이다. 쟁점특별제공품 역시 단순한 시혜적 혜택이 아닌, 조합원들의 반대를 최소화하고 신속한 이주 및 착공 동의를 유도하여 막대한 경제적 손실을 방지하기 위한 유효한 수단이자 필수불가결하게 지출된 사업관련 비용이므로 손금으로 인정되어야 함이 타당하다.

2) 정비사업조합의 이주비 대출이자 대납액을 조합원들의 배당소득으로 단정할 수 없다는 점은 법원에 의하여 확립된 법리이다.

가) 서울고등법원 판결(서울고등법원 2023누35359, 2024.4.24.)의 법리

주택재개발정비사업조합의 이주비 대출이자 대납액을 조합원들의 배당소득으로 단정할 수 없다는 법리는 서울고등법원 판결(서울고등법원 2023누35359, 2024.4.24.)에서 이미 확인되었으며, 해당 판결은 대법원에서 확정되었다. 서울고등법원은 ① 주택재개발정비사업조합은 연도별 배분이 아니라 청산 단계에서 배분이 이루어지는데 이러한 배분을 주주 등에 대한 배당으로 볼 법령상의 근거는 없다는 점, ② 주식회사 등을 기본으로 하여 규정된 조세법령을 제한 없이 주택재개발정비사업조합이나 그 조합원들에게 유추적용할 수 없다는 점을 지적하였다.

아울러 ③ 다수의 조합원들이 스스로 이자 부담을 하면서 임시 주거를 마련하여야 한다고 볼 법률이나 헌법상의 근거가 없는 점, ④ 배분으로 인정되기 위해서는 관리처분계획 등에 분명한 근거가 있어야 하는 점, ⑤ 비용 지출 전부를 분배로 볼 수 없고 분배로 보더라도 배당으로 볼 수는 없다는 점을 지적하여 배당소득세 과세처분이 위법하다고 판단하였다.

나) 위 서울고등법원 판결의 해석에 관한 조사청 주장의 부당성

조사청은 위 서울고등법원 판결이 조합원들이 분담금을 납부한 경우에만 이주비 대출이자를 배당소득으로 취급할 수 없고, 납부하지 않은 경우에는 배당소득으로 취급할 수 있다는 취지인 것처럼 주장하나, 이는 판시 내용을 왜곡하는 것이다. 위 서울고등법원은 조합원들의 분담금 납부 여부와 무관하게 애초부터 이주비 대출이자 지원을 배당소득으로 취급할 법률상 근거가 없다고 판시하였다. 분담금 납부 사정은 추가적인 근거들 중 하나로 언급되었을 뿐 결정적인 이유가 된 것이 아니다.

3)청구법인의 조합원들도 관리처분계획에 의하여 분담금을 납부하였으므로, 쟁점조합원제공비용은 분담금으로 충당된 것으로 볼 수 있다.

앞서 언급한 바와 같이 청구법인의 조합원들이 분담금을 납부하였는지 여부와 무관하게, 쟁점조합원제공비용은 조합원들의 배당소득으로 볼 수 없다는 것이 청구법인의 주위적 주장이다. 다만 조사청은 위 서울고등법원 판결이 조합원들의 분담금 납부 여부에 따라 배당소득 해당 여부를 달리 판단한 것이라고 주장하고 있는바, 청구법인은 예비적 주장으로서 조합원들이 실제로 분담금을 납부하였으므로 조사청의 논리에 따르더라도 여전히 쟁점조합원제공비용을 배당소득으로 볼 수 없다는 취지로 이하와 같이 주장한다.

청구법인의 관리처분계획에 따르면, 조합원들은 분양받을 아파트(상가 등)의 분양가에서 분양기준가액을 차감한 금액만큼의 부담금을 납부해야 한다. 실제로 청구법인들의 조합원들은 관리처분계획에 따라 분담금을 납부하였다. 이처럼 청구법인의 조합원들도 관리처분계획에 의하여 분담금을 납부하였으므로, 쟁점조합원제공비용은 분담금으로 충당된 것으로 볼 수 있고 이를 조합원들의 배당소득으로 취급할 수는 없다.

4) 정비사업조합의 조합원들이 환급금을 받는 경우에도 배당소득세를 과세하지 않는 것과 마찬가지로, 이주비 대출이자에 대해서도 배당소득세를 과세할 수는 없다.

사업성이 좋은 재건축조합의 조합원들이 분담금을 내지 않고 현금으로 환급금을 돌려받는 경우조차 양도소득세를 과세할 뿐 배당소득으로 과세하지는 않는 것이 실무이다. 현금으로 환급금을 지급받는 경우조차 배당소득으로 과세하지 않는데, 유독 이주비 대출이자 등을 지원받은 금원에 대해서만 배당소득으로 과세하는 것은 이치에 맞지 않는다.

조사청은 ‘현금으로 환급금을 지급받는 경우는 그 실질이 자산의 양도에 해당하기 때문에, 이주비 대출이자를 지원받는 경우와는 본질적으로 다르다’고 주장하나, 이는 경제적 실질에 반하는 주장이다.

사업성이 우수한 정비사업에서 조합원에게 ‘환급금’이 발생하는 근본적인 이유는, 신축 아파트를 건축하는 데 소요되는 총비용보다 일반분양을 통해 벌어들인 수익이 훨씬 커서 조합에 막대한 이익이 남기 때문이다. 즉, 관리처분계획상 조합원들의 종전 권리가액과 종후 조합원분양가액의 차액으로 환급금을 정산하는 것은 법률이 정한 표면적인 ‘계산의 형식’에 불과할 뿐이다.

이들에게 환급금이 지급되는 본질적인 원리는 ‘조합의 수익사업 (일반분양)에서 발생한 막대한 이익을 조합원들에게 돌려주는 것’이다. 이러한 경우조차 배당소득으로 과세하지 않으면서, 유독 이주비 대출이자를 지원받은 금원에 대해서만 배당소득으로 과세하는 것은 이치에 맞지 않는다.

5) 기획재정부는 정비사업조합이 수익사업 손금으로 계상한 비수익사업의 손비를 손금불산입하는 경우 '기타'로 소득처분해야 한다고 해석한바, 이주비 대출이자의 경우에도 동일한 기준이 적용되어야 한다.

기획재정부는 유권해석을 통하여, 정비사업조합이 수익사업의 손금으로 계상한 비수익사업의 손비가 세무조사 등을 통해 손금불산입될 경우 그 소득처분 방법을 '조합원에 대한 배당'이 아닌 '기타사외유출 또는 기타' 중 '기타'로 하는 것이 타당함을 명시적으로 회신한 바 있다(법인세제과-319, 2021.7.8.). 이러한 유권해석은 정비사업조합의 공익적 성격과 사업 구조를 고려할 때 안분 기준의 차이로 발생하는 손금불산입액을 주식회사의 이익 유출과 동일하게 보아 배당소득세를 부과하는 것이 부적절하다는 취지이다.

조사청은 해당 유권해석에 비수익사업 손비의 구체적인 성격이나 비율에 대한 사실관계가 명시되어 있지 않으므로 본 건에 적용할 수 없다고 주장하나, 이는 타당하지 않다. 정비사업 조합의 세무 처리 과정에서 비수익사업에 속하는 비용을 수익사업의 손금으로 잘못 계상하였다가 적발되어 손금불산입되는 항목은 매우 다양한 명목으로 발생할 수 있는데, “수익사업 재원으로 조합원을 지원한 셈”이라는 조사청의 논리를 수용한다면 다른 모든 명목의 비수익사업 손비 역시 배당으로 소득처분해야 마땅할 것이나, 기획재정부는 이를 기타로 처리해야 한다고 확인하였다.

그렇다면 다른 모든 명목의 비수익사업 손비가 손금불산입될 때는 기획재정부 예규에 따라 '기타'로 처분하면서, 유독 이주비 대출이자 대납액에 대해서만 위 예규의 적용을 배제하고 '배당'으로 소득처분할 아무런 합리적 이유나 법리적 근거가 없다.

다) 쟁점 선행판례 사안에서 일반분양수익이 거의 없었다는 조사청 주장은 사실과 다르다.

조사청은 서울고등법원 2023누35359 판결 사안의 경우 ‘수익사업에서 발생하는 일반분양수익이 거의 없어서 조합원이 추가 분담금을 출자하여 이주비 대출이자 등을 지급하게 된 사례’라고 주장하나, 이는 사실과 다르다.

해당 사안의 아파트 입주자모집공고 상 분양가격 표를 확인해 보면, 전체 일반분양 207세대 중 임대주택 등을 제외한 나머지 109세대의 분양가액 합계만 하더라도 583억 원에 달한다. 반면, 해당 사안에서 문제된 이주비 대출이자는 약 88억 원에 불과하므로, 조사청이 주장하는 것처럼 일반분양수익이 거의 없었기 때문에 배당으로 보지 않았다는 주장은 객관적 사실에 반한다²⁾

3. 통지관서(조사청) 의견

가. [쟁점 1] 「법인세법 시행규칙」 제76조제6항제2호에 따라 공통손금 안분기준을 수입금액(분양가액)으로 적용한 것은 불합리하며, 분양면적 기준으로 안분하는 것이 타당하다.

1) 일반분양과 조합원분양 간 분양가액 산정기준 및 금액 차이가 크고 동일한 공사원가가 투입되었으므로 수입금액 기준 안분은 불합리하다.

가) 일반분양 아파트의 분양가액은 조합원분양분 아파트의 분양가액에 비해 높게 책정되어 공통손금을 수입금액 비율로 안분할 경우 수익사업부문의 분양이익이 과소하게 산출되는 불합리한 결과가 발생하므로 분양면적을 기준으로 안분하는 것이 타당하다.

나) 청구법인이 시공사와 2019년 체결한 도급계약서에 따르면 쟁점 아파트의 ㎡당 공사비는 4,490,000원이며 도급금액은 사업시행 인가된 건축연면적에 해당 단가를 곱하여 확정되므로 조합원 분양분과 일반 분양분의 구분 없이 동일한 공사원가가 투입된 것으로 확인된다.

다) 청구법인의 2024년 관리처분계획변경(안)에 따르면 조합원분양가는 부산시 조례에 따르되 감정평가액을 기준으로 산정하고, 일반분양가는 인근 부동산 시세 및 최근 분양 사례 등을 통하여 산정하여 그 산정기준이 서로 다르다.

라) 청구법인의 일반분양가액은 조합원분양가액에 비해 1.4배 이상 높고 조합원 분양분은 전부 10층 이상의 선호도가 높은 위치에 우선 분양받았음에도 분양가액이 동일평형 대비 일반분양가액보다 1.4배 이상 낮게 책정되어 있다. 조합원분양가액과 일반분양가액이 1.4배 이상 차이가 남에도 공통손금을 수입금액 기준으로 안분할 경우, 구분 없이 동일하게 투입된 공사원가가 일반분양분 원가에 40% 이상 높게 분배되는 결과를 초래하므로 수입금액 기준은 합리적인 분배 기준이 될 수 없다.

2) 대법원 판례 및 다수의 심판례에서도 분양면적 비율로 안분계산하는 것이 합리적이라고 일관되게 판시하고 있다.

가) 대법원은 일반분양가액의 경우 사전에 감독관청의 승인을 얻어 적정하게 산정되는 반면, 조합원 분양가액은 조합원들의 의결을 거쳐 비교적 낮게 산정되는 사정이 있어, 공통손금을 일률적으로 재건축아파트의 분양가액에 비례하여 안분계산하는 것은 합리적인 계산방법이라 할 수 없으므로 그 공통손금을 분양면적에 비례하여 안분계산하였다고 하여 이를 위법하다고 할 수는 없다고 판시하였다(대법원 2008두17479, 2012.7.14. 참조).

나) 청구법인은 위 판결이 「도시 및 주거환경정비법」 시행 이전의 사안이라고 주장하나, 해당 판결은 2003년에 시행된 동법에 따라 재개발조합 등이 공법적 통제를 받은 이후의 판례(서울고등법원 2012누18617, 수원지방법원 2013구합4287, 서울행정법원 2013구합13532) 및 최근의 심판례(조심 2022서5937 등 참조)에도 원용되고 있어 「도시 및 주거환경정비법」의 시행과는 별개의 사안이다.

다) 또한 상기 대법원 판결 이전의 심판, 심사례(조심 2000중1236, 심사법인 2000-0012, 심사법인 2012-0038)에서도 재개발조합 등의 공통손금을 계산함에 있어 수익사업(일반분양)의 분양가액과 비수익사업(조합원분양)의 분양가액이 합리적으로 산정되었음이 입증되지 않는다면 분양면적을 기준으로 공통손금을 안분계산하는 것이 타당하다고 일관되게 판단하고 있다.

라) 청구법인이 언급한 서울행정법원 판결(서울행정법원 2023구합75621, 2025.9.19.)은 피고가 합리적인 공통손금 안분방식을 검토하기 위해 11차례에 걸쳐 보정을 명하였음에도 원고가 자료를 제출하지 않자 경정청구를 거부한 것이지, 단순히 공통손금의 안분기준을 수입금액 기준이 원칙인 것으로 보아 경정청구를 거부한 것이 아니다.

3) 세금을 극대화하기 위한 자의적 기준 적용이 아니며, 수입금액 기준이 오히려 시장상황에 따라 변동 가능성이 커 불합리하다.

가) 조사청은 기존의 대법원 판례 및 심판, 심사례 등에 근거하여 일반분양분에 공통손금이 과다하게 안분되는 결과가 초래되었으므로 분양면적을 기준으로 공통손금을 재계산한 것일 뿐, 세무조사에 따른 추징세액의 극대화를 염두에 둔 결정을 한 것이 아니다. 세수확보의 유불리를 합리성의 척도로 오인하였다는 주장은 억측에 불과하며, 청구법인이 당초부터 분양가액을 합리적으로 결정하고자 했다면 일반분양분과 조합원분양분에 차등을 두지 않고 동일한 기준을 적용하였으면 되었을 것이다.

나) 일반분양가액은 시장상황에 따라 상승과 하락의 위험이 있는 반면 조합원 분양가액은 당초 관리처분계획 등에 의해 고정되어 있는 가격이라면, 오히려 수입금액 기준으로 공통손금을 안분하는 것이 시장의 상황에 따라 변동 가능성이 커지므로 합리적인 안분기준이 될 수 없다는 것을 반증하는 주장에 불과하다.

4) 법인세법 시행규칙 하위규정은 입법불비가 아니다.

가) 청구법인은 「법인세법 시행규칙」 제76조제6항 단서가 입법불비 조항이라고 주장하나, 단서 자체에서 이미 '공통익금의 수입항목 또는 공통손금의 비용항목에 따라 (중략) 작업시간·사용시간·사용면적을 기준으로 안분'한다는 것은 인건비의 경우 작업시간, 임대료의 경우 사용면적과 같이 해당 손금의 성격에 맞게 안분해야 하는 것으로 이해되며, 별도의 고시 없이 해당 조항 내에서 안분기준을 직접 규정하고 있다고 봄이 타당하다.

나) 현재까지 개정된 내용 없이 43년 이상의 세월이 지나는 동안 다수의 판례, 심판례 등에서 해당 단서규정에 따라 안분기준을 해석하고 있으므로 일반 납세자들에게도 적정한 안분기준으로 받아들여졌다고 봄이 타당하며, 별도의 고시가 없다는 주장만으로 '분양면적'을 배제할 이유는 없다.

5) 분양면적비율을 적용할 경우 수익사업과 비수익사업의 수익구조가 불합리하게 왜곡된다는 주장은 옳지 않다.

가) 청구법인은 수익구조 왜곡을 주장하나, <표10> 및 <표11>에서 산출된 바와 같이 수입금액을 기준으로 공통손금을 안분하여 분양이익을 계산하더라도 조합원 분양분은 여전히 손실이 발생하는 구조이며, 수입금액기준과 분양면적기준 간 수익·비수익사업의 분양이익의 차이도 거의 일치한다. 분양면적을 기준으로 안분하였기 때문에 수익구조가 왜곡되었다는 주장은 옳지 않다.

나. [쟁점 2] 쟁점조합원제공비용은 공통손금에 해당하지 않으며, 청구법인 조합원의 소득세법상 배당소득에 해당한다.

1) 소요자금의 대부분은 수익사업에서 발생한 재원으로 충당되었으므로 쟁점 비용은 배당소득에 해당한다.

가) 청구법인의 관리처분계획 상 자금조달계획 <표18>을 살펴보면 총 소요자금 5,855억원 중 쟁점금융비용 포함 전체 금융비용은 약 597억원으로 확인되는데, 전체 수입 추산액 6,359억원 중 조합원수익은 717억원으로 11%에 불과하여 소요자금의 대부분은 수익사업에서 발생한 재원으로 충당하였음을 확인할 수 있다.

나)자금조달계획 중 일반분양수익금이 5,155억원 이상으로 대부분을 차지하고 있고, 조합원 분담금은 208억원에 불과하여 사업자금의 상당부분은 일반분양수익금에서 지출된 것으로 확인된다. 따라서 쟁점금융비용 중 이주비 대출이자가 분담금으로 충당된 것으로 볼 수 있다는 청구주장은 타당하지 않다.

다)수익사업에서 발생한 재원을 이용하여 청구법인이 부담한 쟁점조합원제공비용은 쟁점사업의 공통손금에 해당하지 않으며, 면적기준 수익사업 비율 84.01% 상당액은 조합원의 배당소득에 해당한다.

2) 청구법인이 근거로 제시한 판례들은 본 건에 직접 비교·적용하기 어렵다.

가) 서울고등법원 판결(서울고등법원 2023누35359, 2024.4.24.)의 재개발조합은 면적기준 수익사업 비율이 35.42%로 청구법인(84.01%)에 비하여 과소하고 수익사업에서 발생하는 이익이 거의 없어, 조합원이 추가 분담금을 출자하여 이주비 대출이자 등을 지급하게 된 경우이다. 이러한 경우 조합원의 이주비 대출이자비용은 수익사업 이익이 아닌 조합원들의 추가 분담금으로 충당되었을 가능성이 높으므로 배당된 것으로 단정할 수 없다는 취지이므로, 청구법인과는 사실관계와 수익·비수익 사업 비율 등이 상이하여 직접 비교하기 어렵다.

나) 서울고등법원 판결(서울고등법원 2023누35359, 2024.4.24.)에서는 배분을 주주 등에 대한 배당으로 볼 법령상의 근거가 없다고 설시하였으나, 「소득세법」제17조제1호에서는 '내국법인으로부터 받는 이익이나 잉여금의 배당 또는 분배금'을 규정하고 있다.

다) 소득세법에서는 배당소득을 지급하는 주체가 반드시 주식회사일 것을 요하지 않으며, 분배금 형태의 이익을 받는다면 상법상 주식회사의 주주가 받는 배당이 아니라 하더라도 배당소득에 해당하는 것으로 열거하고 있으므로 법령 상의 근거가 없지 않다. 따라서 청산 단계 이전이라 하더라도 해당 과세기간에 조합원이 주택재개발정비조합으로부터 분배금 형태의 이익을 받는다면 「소득세법」 제17조에 따라 조합원의 배당소득을 구성하는 것이다.

3) 쟁점 금융비용에 대한 배당소득세 과세는 조세형평성에 부합한다.

가) 해당 고등법원 판결은 현금청산을 받는 소유자가 금융이익을 향유함에도 주거를 상실한 다수의 조합원들이 스스로 이자를 부담하는 것은 부당하다는 취지로 설시하였으나, 매매대금을 받은 소유자 또한 금융이익에 대한 이자소득세는 당연히 부담하여야 하는 것이다.

나) 매매대금을 받은 자가 이자소득세를 부담하고 있음에도 조합원들의 대출이자 상당액에 대하여 배당소득세를 부과하지 못하게 된다면 조세형평성을 해치는 결과가 초래된다. 이러한 논리에 따라 다수의 판례, 심판례, 국세청 예규에서도 배당소득으로 판단하고 있다.

다) 이에 더해 청구법인은 이주비 대출을 하지 않고 자력으로 이주를 실행한 조합원에 대하여는 입주 시까지의 은행이자에 상응하는 금원을 지급하였으므로, 쟁점금융비용 중 이주비대출이자 지급액은 주거를 상실한 조합원들에게 최소한의 주거를 지원하겠다는 목적을 넘어 사실상 수익사업에서 발생한 이익의 일부를 조합원에게 분배한 것이므로 배당소득으로 보아야 하는 것이다.

4) 조합원 환급금 관련 사례 및 기획재정부 예규는 본 건과 직접 비교할 수 없다.

가) 조합원이 재개발정비사업조합에 출자하고 그 평가액과 신규 취득 주택가격과의 차이를 현금으로 정산하는 경우 배당소득세가 아닌 양도소득세를 부과하는 것은, 그 실질이 자산의 양도에 해당하기 때문인 것이지 재개발정비사업에 따른 분배금을 지급받는 것이 아니기 때문이다.

나) 기획재정부 법인세제과-319(2021.7.8.) 예규의 경우 수익사업의 손금으로 계상한 비수익 사업의 손비가 어떤 성격의 비용인지와 그 비율에 대한 사실관계가 명시되어 있지 않으므로 본 쟁점에 직접 비교할 수 있는 예규에 해당하지 않는다.

(이 면 이하 여백)

4. 심리 및 판단

가. 쟁점

1) 청구법인이 분양가액비율 방식을 적용하여 공통손금을 안분한 것은 적법하며 이를 불합리하다고 보아 분양면적비율로 재계산하는 것은 부당하다는 청구주장의 당부

2) 쟁점조합원제공비용을 비수익사업 관련 개별손금으로 보아, 이 중 수익사업비율에 해당하는 금액을 손금불산입하고, 조합원들의 배당소득으로 소득처분하여 과세하는 것은 부당하다는 청구주장의 당부

나. 관련법령

1)조세특례제한법 제104조의7(정비사업조합에 대한 과세특례)

②다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 조합(이하 이 조에서 “정비사업조합”이라 한다)에 대해서는 「법인세법」 제2조에도 불구하고 비영리내국법인으로 보아 「법인세법」(같은 법 제29조는 제외한다)을 적용 한다. 이 경우 전환정비사업조합은 제1항 단서에 따라 신고한 경우만 해당한다.

1.「도시 및 주거환경정비법」 제35조에 따라 설립된 조합(전환정비 사업조합을 포함한다)

⑤ 제2항을 적용할 때 정비사업조합에 대한 「법인세법」 제4조에 따른 과세소득의 범위에서 제외되는 사업의 범위 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

1-1)조세특례제한법 시행령 제104조의4(정비사업조합의 수익사업의 범위)

법 제104조의7제2항을 적용할 때 정비사업조합이 「도시 및 주거환경정비법」 또는 「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」에 따라 해당 정비사업에 관한 관리처분계획에 따라 조합원에게 종전의 토지를 대신하여 토지 및 건축물을 공급하는 사업은 「법인세법」 제4조제3항에 따른 수익사업이 아닌 것으로 본다.

2) 법인세법 제113조(구분경리)

① 비영리법인이 수익사업을 하는 경우에는 자산ㆍ부채 및 손익을 그 수익사업에 속하는 것과 수익사업이 아닌 그 밖의 사업에 속하는 것을 각각 다른 회계로 구분하여 기록하여야 한다.

2-1) 법인세법 시행규칙 제76조(비영리법인의 구분경리)

⑥비영리법인이 법 제113조제1항의 규정에 의하여 수익사업과 기타의 사업의 손익을 구분경리하는 경우 공통되는 익금과 손금은 다음 각호의 규정에 의하여 구분계산하여야 한다. 다만, 공통익금 또는 손금의 구분계산에 있어서 개별손금(공통손금외의 손금의 합계액을 말한다. 이하 이 조에서 같다)이 없는 경우나 기타의 사유로 다음 각호의 규정을 적용할 수 없거나 적용하는 것이 불합리한 경우에는 공통익금의 수입항목 또는 공통손금의 비용항목에 따라 국세청장이 정하는 작업시간ㆍ사용시간ㆍ사용면적등의 기준에 의하여 안분계산한다.

1. 수익사업과 기타의 사업의 공통익금은 수익사업과 기타의 사업의 수입금액 또는 매출액에 비례하여 안분계산

2. 수익사업과 기타의 사업의 업종이 동일한 경우의 공통손금은 수익사업과 기타의 사업의 수입금액 또는 매출액에 비례하여 안분계산

3. 수익사업과 기타의 사업의 업종이 다른 경우의 공통손금은 수익사업과 기타의 사업의 개별 손금액에 비례하여 안분계산

3) 법인세법 제19조(손금의 범위)

① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손실 또는 비용[이하 “손비”(損費)라 한다]의 금액으로 한다.

② 손비는 이 법 및 다른 법률에서 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다. <개정 2018. 12. 24.>

4) 법인세법 시행령 제106조(소득처분)

①법 제67조에 따라 익금에 산입한 금액은 다음 각 호의 구분에 따라 처분한다. 비영리내국법인과 비영리외국법인에 대해서도 또한 같다.

1. 익금에 산입한 금액(법 제27조의2제2항에 따라 손금에 산입하지 아니한 금액을 포함한다)이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각 목에 따라 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 할 것. 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자(소액주주등이 아닌 주주등인 임원 및 그와 제43조제8항에 따른 특수관계에 있는 자가 소유하는 주식등을 합하여 해당 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 30 이상을 소유하고 있는 경우의 그 임원이 법인의 경영을 사실상 지배하고 있는 경우에는 그 자를 대표자로 하고, 대표자가 2명 이상인 경우에는 사실상의 대표자로 한다. 이하 이 조에서 같다)에게 귀속된 것으로 본다.

가. 귀속자가 주주등(임원 또는 직원인 주주등을 제외한다)인 경우에는 그 귀속자에 대한 배당

나. 귀속자가 임원 또는 직원인 경우에는 그 귀속자에 대한 상여

다. 귀속자가 법인이거나 사업을 영위하는 개인인 경우에는 기타 사외유출. 다만, 그 분여된 이익이 내국법인 또는 외국법인의 국내사업장의 각 사업연도의 소득이나 거주자 또는 「소득세법」 제120조에 따른 비거주자의 국내사업장의 사업소득을 구성하는 경우에 한한다.

라. 귀속자가 가목 내지 다목외의 자인 경우에는 그 귀속자에 대한 기타소득

2. 익금에 산입한 금액이 사외에 유출되지 아니한 경우에는 사내유보로 할 것

5) 소득세법 제17조(배당소득)

① 배당소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.

1. 내국법인으로부터 받는 이익이나 잉여금의 배당 또는 분배금

2. 법인으로 보는 단체로부터 받는 배당금 또는 분배금

2의2.「법인세법」 제5조제2항에 따라 내국법인으로 보는 신탁재산(이하 “법인과세 신탁재산”이라 한다)으로부터 받는 배당금 또는 분배금

3. 의제배당(擬制配當)

4. 「법인세법」에 따라 배당으로 처분된 금액

5. 국내 또는 국외에서 받는 대통령령으로 정하는 집합투자기구로부터의 이익

5의2.국내 또는 국외에서 받는 대통령령으로 정하는 파생결합증권 또는 파생결합사채로부터의 이익

5의3.금전이 아닌 재산의 신탁계약에 의한 수익권이 표시된 수익증권으로서 대통령령으로 정하는 수익증권으로부터의 이익

5의4.「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」 제4조제6항에 따른 투자계약증권으로서 대통령령으로 정하는 투자계약증권으로부터의 이익

6. 외국법인으로부터 받는 이익이나 잉여금의 배당 또는 분배금

7. 「국제조세조정에 관한 법률」 제27조에 따라 배당받은 것으로 간주된 금액

8. 제43조에 따른 공동사업에서 발생한 소득금액 중 같은 조 제1항에 따른 출자공동사업자의 손익분배비율에 해당하는 금액

9.제1호, 제2호, 제2호의2, 제3호부터 제5호까지, 제5호의2부터 제5호의4까지, 제6호 및 제7호에 따른 소득과 유사한 소득으로서 수익분배의 성격이 있는 것

10.제1호, 제2호, 제2호의2, 제3호부터 제5호까지, 제5호의2부터 제5호의4까지 및 제6호부터 제9호까지 중 어느 하나에 해당하는 소득을 발생시키는 거래 또는 행위와 파생상품이 대통령령으로 정하는 바에 따라 결합된 경우 해당 파생상품의 거래 또는 행위로부터의 이익

(이 면 이하 여백)

다. 사실관계

1) 청구법인 기본 사항 및 쟁점사업 내용

청구법인은 2005.9.13. 부산광역시 사하구 일원에 쟁점사업을 목적으로 설립된 정비사업조합이다. 관리처분계획 (변경)인가서 및 준공인가증 등에 확인되는 쟁점사업의 구체적인 연혁과 건축 규모 등의 기초 현황은 아래와 같다.

가) 쟁점사업은 2006.7.12. 최초 사업시행인가를 득한 후, 2018.8.29. 사업시행(변경)인가 고시 및 2018.12.15.을 기준으로 조합원들의 분양대상 자격 및 권리가액을 확정(관리처분계획 기준일)하며 추진되었다. 이후 2020.11.26. 본 공사를 착공하였으며, 2024.9.26. 공사를 완료하여 관할구청(사하구청장)으로 부터 최종 준공인가를 받았다.

나) 건축물의 구체적인 설계 개요를 살펴보면, 대지면적 62,740.90㎡에 지하 2층에서 지상 최고 35층(18∼35층) 및 건축연면적 240,657.93㎡ 규모의 공동주택 (아파트)과 부대·복리시설을 신축하였다. 총 건축세대수는 1,643세대 이고, 이 중 조합원 분양 256세대, 일반 분양1,291세대, 임대주택 84세대, 보류지 12세대로 구분된다.

2) 쟁점 1(공통손금 안분기준) 관련

가) 공사도급계약서 상 공사비 투입 단가

조사청은 일반분양분과 조합원분양분에 동일한 공사원가가 투입되었음을 주장하며 다음과 같은 계약 자료를 제출하였다. 제출된 2019년 시공사와 체결한 ‘주택재개발정비사업 공사도급계약서’ 제6조(공사계약금액) 제1항에 따르면 3.3058㎡당 도급단가는 4,490,000원으로 명시되어 있어 일반분양분과 조합원분양분의 구분 없이 건축연면적 전체에 동일한 단가의 공사원가가 투입된 것으로 확인된다.

나)재개발사업 사업 관련 고시 정보, 2019년, 2024년 관리처분계획안 일반·조합원 간 분양가액 산정 내역, 2020년 분양공고 일반분양가액

청구인은 2019년, 2024년 관리처분계획안을 제출하였고, 토지e음(eum.go.kr)을 통해 확인해 보니 2019.8.21. 관리처분계획인가 고시, 2024.11.6. 관리처분 계획(변경) 인가 고시가 있었던 것으로 확인된다.

2024년 관리처분계획안 제7조에 기재된 ‘공통주택 조합원 및 일반분양 금액’ 내역을 살펴보면, 일반분양가는 조합원분양가 대비 평균 1.4배 이상 높게 책정되어 있는 것으로 확인된다.

*상기 조합원 및 일반분양 가격은 향, 층, 동·호별 차등액을 고려하지 않은 중층 평균금액이며, 향후 조합원 동·호수 추첨에 따라 조합원별 분양금액과 부담금이 변경됨

*조합원 및 일반분양 가격은 향, 층, 동·호별 차등액을 고려하지 않은 평균금액이며, 향후 조합원 동·호수 추첨에 따라 조합원별 분양금액과 부담금이 변경됨

A아파트의 최초 입주자모집공고일은 2020.12.4.이고, 2024년 관리처분계획안 제7조에 기재된 ‘공통주택 조합원 및 일반분양 금액’과 일치한다.

다) 공통손금 안분비율 산출을 위한 기초 데이터 현황

조사청은 수입금액 기준과 분양면적 기준에 따른 안분비율 차이를 보여주기 위하여 기초가 되는 면적 및 수입금액 산출 근거에 대해 다음과 같은 자료를 제출하였다.

조사청은 위 자료를 바탕으로 수익사업에 분배되는 공통손금 비율을 수입금액 기준 시 87.47%, 분양면적 기준 시 84.01%로 산출된다며 다음과 같은 안분비율 자료를 제출하였다.

라) 공통경비 안분기준별 분양이익 비교

공통경비를 수입금액 기준 및 분양면적 기준으로 각 안분했을 때 일반분양분(수익사업)과 비수익사업(조합원분양분)에 귀속되는 분양이익의 현황은 아래 <표10>와 같이 산출된다.

마) 미판매 잔여분에 대한 기간 수익 귀속 현황

청구법인이 제출한 2024.9.4. 체결된 ‘상가 일괄 매입 계약서'에 따르면, 청구법인은 매수인(주식회사 C)에게 단지 내 근린생활시설 총 61개 점포 중 조합원 계약 점포 등 18개를 제외한 43개 점포(1,983.6573㎡)를 총 10,400,000,000원(부가세 별도)에 일괄 매도하기로 약정하였다. 해당 매도 대금은 계약 체결 시 계약금 10%(1,040.000.00원), 2024.2.27. 중도금 10%(1,040,000,000원), 2025.4.30. 나머지 80%의 잔금 (8,320,000,000원)의 일정으로 분할 납부하는 것으로 기재되어 있다.

또한 청구법인이 제출한 ‘보류지 미분양 명세’자료에 따르면, 112동 1903호 등 아파트 총 14세대가 미분양 보류지로 남아있는 것으로 확인된다. 해당 14세대에 대한 분양매출 합계는 총 4,966,969,546원(아파트 가액 4,938,515,000원 및 확장비 가액 28,454,546원 포함, 부가세 별도)으로 기재되어 있다.

위 자료들을 바탕으로 청구법인이 사업 후반기에 처분될 임대주택, 상가 보류지 미판매 잔여분의 예상 분양이익을 분양면적비율 방식을 적용하여 미판매 잔여분에 배부된 공사원가를 계산하여 산출한 내역은 다음과 같다.

청구법인은 분양면적비율을 적용할 경우 사업 후반기에 미판매 잔여분에서 확정손실이 계상되어 손익 구조가 왜곡된다는 주장을 하면서 위 <표12>를 제시하였다.

사업 말기에 선분양 아파트(예약매출)는 공사 진행률에 따라 수익·비용을 인식할 수 있으나, 미판매분은 진행률을 적용할 수 없고, 실제 판매시점에 수익을 인식하고, 미판매분에 배분된 원가는 판매 전까지 재고자산 처리되다가 판매 시점에 일시 비용 처리된다.

바) 청구법인, 조사청 각 인용 판결의 사실관계, 법원의 판단 요지를 비교하면 다음과 같다.

3) 쟁점 2(쟁점조합원제공비용에 대한 배당 소득처분) 관련

가) 쟁점조합원제공비용 세부 명세

(1) 청구법인은 조사청이 2024사업연도 법인세 과세표준에서 손금불산입 하고 배당으로 소득처분하여 과세 예고한 쟁점조합원제공비용(총 12,786,394,759원) 항목을 다음과 같이 제출하였다.

(2) 조사청은 쟁점특별제공품 세부 내역 자료를 다음과 같이 제출하였다. 청구법인과 시공사 간 공사도급계약서에 따르면 당초 조합원에게 ‘발코니확장 등 6개 품목’을 무상으로 제공하였으며, ’21년 관리처분계획 변경인가를 위한 정기총회 때 ‘중문 등 5개 품목’을 추가 제공하기로 하였고 이후 ‘Trend-up 디자인’을 추가하여, 쟁점특별제공품은 총 12개 품목이며 관련 공사금액은 8,436,761,038원이다. 조사청은 이 중 일반분양분 면적비율 84.01%에서 부가가치세를 합한 7,796,495,243원을 배당처분하였다고 밝히고 있다.

(3) 조사청은 쟁점금융비용 5,939,649,457원의 세부내역과 이주비 및 중도금 이자 지원을 받지 않은 조합원은 잔금납입시 정산한다는 내용의 관련 정관을 제출하였다. 조사청은 이 중에서 일반분양분 면적비율 84.01%인 4,989,899,509원을 배당처분하였다고 밝히고 있다.

나) 공사도급계약서 상 특별제공품 및 이주비 관련 약정 내용

주택개개발정비사업 공사도급계약서에 따르면 조합원 특별무상 제공품목 및 이주비 대여 등에 관하여 아래와 같이 명시되어 있다.

다) 쟁점조합원제공비용의 재원(자금 출처)에 관한 조사내용

(1) 조사청은 총 소요자금의 상당부분이 수익사업(일반분양) 재원에서 지출되었으므로 쟁점조합원제공비용이 배당소득에 해당한다는 주장을 하면서 다음과 같은 2024관리처분계획안 자료를 제출하였다. 해당 자료에 따르면 전체 수입추산액 중 일반분양 수입이 약 81%, 조합원 분양수입은 약 11% 정도이다.

*수입추산액에서 차지하는 비중

*수입추산액에서 차지하는 비중

(2) 이에 대해 청구법인은 조합원들 역시 관리처분계획에 따라 계약금, 중도금, 잔금의 형태로 조합원 각자의 분담금을 납부할 의무가 구체적으로 규정되어 있고, 실제로도 다수의 조합원이 약정된 기일에 맞추어 분담금을 정기적으로 직접 납입하였으므로 쟁점조합원제공비용은 조합원 분담금으로 충당된 것으로 볼 수 있다는 주장을 하며 아래 자료와 일자별 조합원 분담금 납부현황 자료를 제출하였다.

(이 면 이하 여백)

제출된 일자별 조합원 분담금 납부 현황에 따르면, 2021년 6월경부터 2024년 12월경까지 다수의 조합원들이 관리처분계획에 명시된 납부 비율에 맞추어 계약금, 중도금, 잔금을 지속적으로 입금한 내역이 확인된다.

라) 서울고등법원 판결 적용 여부에 관한 조사내용

(1) 청구법인은 주택재개발정비사업조합의 이주비 대출이자 대납액 등을 주식회사 법리를 유추 적용하여 배당소득으로 단정하는 것은 법령상 근거가 없어 위법하다는 주장을 하며 다음과 같은 서울고등법원 판결(2024.4.24. 선고 2023누35359)의 핵심 판시내용 발췌 자료를 제출하였다.

(2) 처분청은 청구법인이 원용한 서울고등법원 판결의 경우 수익사업 비율이 낮아 분담금으로 이자를 지급했을 가능성이 높은 사안인 반면, 본 건은 일반분양 수익금이 총 소요자금의 대부분을 차지하고 있으며 자력이주자에게 이자에 상응하는 현금을 별도 지급한 사실이 확인되는 등 사실관계가 상이하므로 해당 판례를 직접 적용할 수 없다고 주장한다.

(3) 서울고등법원 판결 사안의 사실관계와 주요 판단 근거는 다음과 같다.

① 이주비 대출이자 지출 : 원고 재개발조합은 사업시행구역 안에 거주하고 있는 다수의 조합원들이 다른 지역으로 이주하는 것을 지원하기 위해 2011년부터 2018년까지 조합원들의 이주비 대출이자 합계 8,899,833,126원을 지출하였다.

② 관리처분계획의 변경 내역 : 원고의 2010년도 관리처분계획(안) 소요비용 추산액에는 '무이자 이주비 금융비용' 항목이 포함되어 있지 않았으나, 2014년 12월 24일 변경인가 고시된 관리처분계획의 소요비용 추산액에는 '무이자 이주비 금융비용' 10,783,251,013원이 새롭게 포함되었다.

③ 과세관청(피고)의 과세 처분 내역 : 과세관청은 조합이 2018년 정비사업 완료 시점에 조합원 이주비 대출이자 전액을 수익사업 비용으로 대체함과 동시에 손금불산입 처리하여 사외유출된 것으로 보아, 정비사업 완료 시점인 2018 사업연도에 이를 조합원들에 대한 '배당'으로 소득처분하였다.

④ 서울고등법원 판결의 주요 판시 문구

○ 고유목적사업 관련성 및 수익사업 비용 단정 불가

서울고등법원은 "사업시행으로 장기간 주거를 상실한 다수의 조합원들의 주거 지원과 보장 등을 위해 이주비에 더하여 대출이자를 지출하였고, 이는 어디까지나 원고의 고유목적사업인 '조합원에 대한 분양사업'을 위한 지출 등에 해당할 수 있고... 그러한 조합원들 이주비 대출이자 지출이 수익사업을 포함한 전체 재개발정비사업 진행을 위한 필수적인 지출이라는 사정만으로 관리처분계획에 의한 최종 청산 전에 그중 일부가 수익사업에 속하는 비용에 바로 해당한다고 보기도 어렵다"고 판시하였다.

○ 관리처분계획 변경에 따른 분담금 충당 가능성

서울고등법원은 "원고의 관리처분계획 변경에 따라 그 소요비용 추산액에 비로소 조합원들 이주비 대출이자비용이 포함된 점에 비추어 보면... 특별한 사정이 없는 한 조합원들 분담금으로 최종 충당되었을 가능성도 있어 보이는 반면, 그것이 조합원들 분담금으로 최종 충당되지 않았다는 사실이 객관적으로 확인되지도 않았다"고 판시하였다.

○ 과세관청의 증명책임 및 입증 부족

서울고등법원은 "과세처분의 적법성 및 과세요건사실의 존재에 관한 증명책임은 과세관청에게 있으므로, 설령 원고가 수많은 개개 조합원들별로 구체적인 이주비 대출이자 정산·회수내역을 일일이 완전하게 정리하여 제출하지 못하였다고 하더라도, 그것만을 근거로 하여 이 사건 처분의 적법성을 인정할 수는 없다"고 판시하였다.

⑤ 서울고등법원 판결 사안과 이 사건 사실관계를 비교하면 다음과 같다.

(이 면 이하 여백)

라. 판단

1)쟁점①에 대한 판단

「법인세법 시행규칙」 제76조 제6항에 따르면 수익사업과 기타 사업의 업종이 동일한 경우의 공통손금은 수입금액 비율로 안분하는 것이 원칙이나, 이를 적용하는 것이 불합리한 경우에는 예외적으로 사용면적 등의 기준에 의해 안분할 수 있다. 대법원은 재건축아파트의 조합원 분양가액이 조합원들의 의결을 거쳐 임의로 낮게 산정되는 특수한 사정이 있는 경우 분양가액 비율의 적용이 불합리하다고 판시한 바 있고(대법원 2011.7.14. 선고 2008두17479 판결 참조), 서울행정법원은 예외 규정(단서)의 적용을 주장하는 자가 원칙 규정(본문) 적용의 불합리성을 증명할 책임이 있다는 취지로 판시한 바 있다(서울행정법원 2025.9.19. 선고 2023구합75621 판결 참조)

가) 위 법리와 앞서 살펴본 사실관계 및 다음 내용으로 볼 때 분양가액비율 방식을 적용하여 공통손금을 안분 계산해야 한다는 청구주장은 타당하지 않은 것으로 판단된다.

(1) 2019년 시공사와 체결한 공사도급계약서 제6조에 따르면 조합원 분양분과 일반 분양분의 구분 없이 건축연면적 전체에 동일한 단가(3.3058㎡당 4,490,000원)의 공사원가가 일괄 투입된 것이 확인되는 점,

(2) 그럼에도 2024년 관리처분계획(변경)안에 따르면 조합원 분양가는 감정평가액으로, 일반 분양가는 부동산 시세 등으로 산정기준을 달리하여 일반 분양가가 조합원 분양가 대비 평균 1.4배 이상 높게 책정되었으므로, 이를 기준으로 안분할 경우 동일하게 투입된 공사원가가 수익사업(일반분양)에 약 40% 이상 과다하게 배분되는 결과를 초래하여 불합리한 점,

(3) 조합원 분양가액이 조합원들의 의결을 거쳐 비교적 낮게 산정되는 사정이 있어 공통손금을 분양가액에 비례하여 안분계산하는 것이 합리적이지 않은 경우 분양면적에 비례하여 안분계산하는 것이 타당하다는 법원 판례 및 심판례가 일관되게 확립되어 있는 점(대법원 2011.7.14. 선고 2008두17479 판결, 조심 2022서5937, 2023.5.30. 등 같은 뜻).

나) 따라서 통지관서가 공통손금을 분양면적비율로 재계산하여 안분하는 내용의 이 건 과세예고통지는 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

2)쟁점②에 대한 판단

「법인세법」 제19조 제2항에서 손금은 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 규정한다. 조합이 조합원들을 위해 부담한 비용과 관련하여, 법원은 일시적인 주거 보장을 위해 지출되는 비용 지출 전부를 바로 사단법인 밖으로의 유출이나 배당으로 단정할 법률상 근거가 없다고 본 판례가 있는 반면(서울고등법원 2024.4.24. 선고 2023누35359 판결 참조), 조세심판원에서는 무상 옵션 및 이주비 이자 대납액이 수익사업(일반분양)과 관련하여 반드시 필요한 지출이라 보기 어렵고, 일반분양에서 발생한 소득이 조합원의 공사비를 경감하는 방식으로 분배된 것이므로 배당소득 처분이 정당하다고 판단한 사례(조심 2024서5669, 2025.6.17., 조심 2025부2115, 2025.7.22. 결정 등)도 존재한다.

가) 위 법리와 앞서 살펴본 사실관계 및 다음 내용으로 볼 때 쟁점조합원 제공비용을 비수익사업 관련 개별손금으로 보아, 이 중 수익사업비율에 해당하는 금액을 손금불산입하고, 조합원들의 배당소득으로 소득처분하여 과세하는 것은 부당하다는 청구주장은 타당하지 않은 것으로 판단된다.

(1) 2024 관리처분계획안의 자금조달계획에 따르면 총 수입 추산액 6,358억 원 중 일반분양수입이 5,155억 원으로 80.69%의 매우 높은 비중을 차지하고 있어, 조합이 지출한 쟁점 비용 상당액의 실질적인 재원은 수익사업(일반분양) 이익에서 충당된 것으로 볼 수 있는 점(이 점에서 서울고등법원 2023누35359 판결과 사실관계를 달리해 이를 그대로 적용하기 어려운 것으로 판단된다),

(2) 정비조합이 청구법인의 조합원이 부담하였어야 할 무상 옵션비용 (특별제공품) 등을 총공사비에 포함하여 지급한 이상, 이는 수익사업(일반분양) 과 관련하여 발생한 소득을 조합원들이 부담하여야 할 공사비가 경감되는 방식으로 분배한 것으로 보아야 하는 점(조심 2024서5669, 2025.6.17. 결정 같은 뜻),

(3) 이주비 이자 대납액은 고유목적사업인 조합원 분양사업을 위한 지출일 뿐 일반분양을 수행함에 있어 장애가 되지 않으므로 수익사업과 관련된 필수 지출(공통손금)로 보기 어려우며(조심 2025부2115, 2025.7.22. 결정 같은 뜻), 청구법인 정관 제35조 제2항에 따라 이주비 대출을 받지 않고 자력 이주한 조합원에게는 은행 이자에 상응하는 현금을 입주 시 정산하여 지급하도록 규정하고 있는바, 이는 단순한 주거지원을 넘어 실질적인 수익 분배 성격의 배당소득으로 봄이 타당한 점.

나) 따라서 청구법인이 쟁점조합원제공비용을 공통손금으로 보고 이 중 비수입사업비율에 해당하는 금액만을 손금불산입한 것에 대해 통지관서가 쟁점조합원제공비용을 비수익사업 관련 개별손금으로 보아, 이 중 수익사업 비율에 해당하는 금액을 추가로 손금불산입하고, 조합원들의 배당소득으로 소득처분하는 내용의 이 건 과세예고통지는 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

5. 결론

 이 건 과세전적부심사청구는 청구주장이 이유 없다고 인정되므로 「국세기본법」제81조의15제5항제1호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.