주 문

이 건 과세전적부심사청구는 불채택결정합니다.

이 유

1. 과세예고통지내용

가.청구법인은 미국 등 5개국에 12개 현지법인을 보유하고 있는 지주회사로서, 미국 현지법인 A(이하 “해외자회사”라 한다)으로부터 수취하는 배당소득 외에 다른 소득은 없는 법인이다.

나.청구법인은 2018∼2020사업연도 법인세 신고 시 해외자회사 주식인수 자금을 위한 차입금의 이자비용 및 상환손실(이하 “쟁점비용”이라 한다)을 외국납부세액 공제한도금액 계산상 국외원천소득에 대한 직접비용에 포함 하였으나, 한도초과로 인한 이월세액 계산 시에는 대응비용 관련 세액을 차기이월 배제대상에서 제외하지 않고 전액 이월하여 2020사업연도에 이를 공제받았다.

다. 통지관서는 쟁점비용이 국외원천 배당소득의 직접비용에 해당한다고 보아 「법인세법 시행령」 제94조 제15항에 따라 이월배제 외국납부세액을 재계산 하고, 청구법인이 2020사업연도에 외국납부세액을 과다하게 공제받은 것으로 보아 2025.11.15. 청구법인에게 2020사업연도 법인세 4,170,455,502원 (가산세 1,360,629,923원 포함)을 과세예고 통지하였다.

라.청구법인은 이에 대하여 2025.12.1. 이 건 과세전적부심사청구를 제기 하였다.

2. 청구주장

가. 2017∼2019사업연도 차기이월세액 경정은 부과제척기간 경과로 부적법한 처분이며, 중복조사 금지에 반한다.

1)청구법인은 2017∼2019사업연도의 법인세를 신고기한 내에 적절히 신고하였으므로 부과제척기간은 신고기한의 다음 날로부터 5년인바, 2017∼ 2019사업연도의 외국납부세액공제 차기이월액을 모두 재경정하고 2020사업연도 법인세를 과세하는 것은 부과제척기간이 도과한 2017∼2019사업연도에 대한 부적법한 처분이며 중복조사금지 규정에도 반하므로 본 건의 과세예고통지는 취소되어야 한다.

2)통지관서는 5년의 부과제척기간이 경과한 2017∼2019사업연도 세액공제액을 소급하여 변경하였으므로 이는 법적 근거 없이 부과권을 확장하여 과세 시도한 것으로 「국세기본법」제26조의2 (국세의 부과제척기간) 규정에 반하는 위법한 처분이다.

3)청구법인은 2017, 2018, 2019사업연도에 발생한 세액공제에 대하여 각 사업연도의 공제 가능한도 내에서 세액공제를 적용하고 한도초과분에 대해 이월하여 해당 사업연도의 다음 사업연도인 2018, 2019, 2020사업연도에 이미 공제를 적용받았는데, 통지관서는 2017, 2018, 2019사업연도에 이월공제 배제분이 존재한다고 보고 이를 모두 재경정한 후 2018, 2019, 2020사업연도에 이월하여 매년 공제받은 세액공제를 모두 부인하여 과세하고자 하므로 이는 위법한 부과권 행사라 할 것이다.

4)2024년 말 세법 개정 시 과세권 확보를 위하여 부과제척기간이 만료된 이후의 과세기간에 조특법상 세액공제를 이월하여 공제하는 경우 그 이월된 세액공제액이 발생한 과세기간의 법인세 부과제척기간을 해당 세액공제를 공제한 과세기간의 법정신고기한으로부터 1년으로 하는 부과제척기간 특례 규정을 신설(「국세기본법」제26조의2제3항)하였는데, 동 개정규정은 2025년 1월 1일 이후 개시하는 과세기간에 세액공제액이 발생하는 경우부터 적용된다. 따라서 청구법인은 2017∼2019사업연도에 발생한 법인세법상 세액공제를 이월하여 공제하는 경우이므로 동법 제26조의2제3항의 부과제척기간의 특례규정을 적용할 여지도 없다.

5)통지관서가 주장 근거로 들고 있는 서면-2021-법인-2874(2021.12.27.) 및 기준-2018-법령해석기본-0256(2019.3.8.) 해석은 「국세기본법」제45조의2에 따른 경정청구와 관련된 질의회신으로서 본질적으로 과세관청의 부과권과는 다르므로 본 사안에 원용하기에 부적절하다.

6)통지관서가 인용한 조세심판례(국심 2007서3165, 2008.3.20.)는 부과제척기간이 경과한 사업연도의 이월결손금을 재산정 가능하다는 심판례인데, 2009.12.31 법인세법 개정시 과세관청의 과도한 부과권행사방지 등 법적 안정성을 고려하여 과세표준에서 공제 가능한 이월결손금을 신고ㆍ결정ㆍ 경정 등을 통해 확정된 결손금으로 명확화하였으므로 동 심판례의 인용은 본 사건에 부적절하다.

7)특히 감사원 심사례(감심 2012-0121, 2012.7.19.)에서 처분청은 부과제척기간이 경과하지 않은 사업연도에 대해 조특법상 세액공제를 부인하는 과세처분을 하면서 부과제척기간이 이미 경과한 사업연도에 공제받은 세액공제에 대해서는 경정할 수 없었음이 확인되는데, 본 사건 또한 통지관서가 2020사업연도 통지세액에 부과제척기간이 이미 경과한 2018~2019사업연도에 이월공제받은 세액까지 모두 재계산하여 포함하였으므로 이는 국세기본법 제26조의 2 부과제척기간제도의 입법취지에 반한 위법한 통지이다.

8)청구법인은 통지관서로부터 2020.10.7.부터 2021.1.27.까지 2015∼2019 사업연도 법인세 통합조사를 받았으나 해당 조사에서는 세액공제에 관한 어떤 내용도 지적되지 않았는데, 조사를 통해 부과권을 이미 행사하였으므로 통지관서가 2025.11.11.에 이르러 2017∼2019사업연도에 발생한 세액공제를 대상으로 한 본 건 재조사 과세예고통지는 위법하다 할 것이다.

9)통지관서가 2017∼2019사업연도 차기이월세액을 재경정하여 2020 사업연도 법인세를 과세한 본 건 처분은 부과제척기간이 경과한 과세기간에 대한 위법한 처분이자 중복조사금지 원칙에 반하는 것으로서 위법하므로, 통지세액 총 4,170,455,503원은 전부 취소되어야 한다. <주위적청구>

10)<예비적청구> 가사, 통지관서의 주장대로 2020사업연도에 공제받은 2019 차기이월세액은 재경정할 수 있다 하더라도, 2017∼2018사업연도에 발생한 차기이월세액은 부과제척기간이 경과한 2018∼2019사업연도에 이미 공제받았으므로 이를 소급하여 재계산(재경정) 자체를 할 수 없으므로 통지세액 중 2017 및 2018 사업연도분 차기이월세액 2,526,087,808원은 취소되어야 한다.

나.주식인수 관련 국내에서 차입하여 발생한 쟁점비용은 배당소득에 대응되는 직접비용 등으로 볼 수 없다.

1)배당소득은 수동소득으로서 본질적으로 관련 대응비용이 존재하지 않으며, 청구법인이 해외자회사 주식인수를 위해 국내에서 차입하여 발생한 쟁점비용은 자산의 취득 관련하여 발생한 비용으로서 추후 국외원천 주식의 양도소득이 발생하는 경우 관련 대응비용에 해당하는 것이다.

2)일반적으로 배당소득에 대해서는 여러 국가에서 직접비용 등을 배부하지 않고 배당소득 총액을 기준으로 법인세를 원천징수 하도록 규정하고 있는데, 만약 통지관서의 주장대로 쟁점비용을 배당소득 대응경비로 보아 국내에서 외국납부세액 이월공제를 배제한다면 이는 국외원천 배당소득이 발생한 기업들에 대해 국제적 이중과세 문제를 온전히 해소하지 못하게 되어 결과적으로 이중과세방지를 위해 도입된 외국납부세액공제제도의 입법 취지에 반하게 된다.

3)통지관서는 청구법인이 최초 법인세 신고 시 쟁점비용을 국외원천소득 대응비용에 포함했었다는 사실을 근거로 본 청구에 이르러 이를 번복하는 것은 받아들이기 어렵다고 주장하나, 외국납부세액공제 이월배제규정이 신설될 당시 "국외원천소득의 대응비용"의 정의가 매우 불분명하였고 관련 유권해석사례도 전혀 없어 청구법인은 이를 보수적으로 신고한 것에 불과할 뿐 주장을 번복한 것이 아니다.

4)또한 통지관서는 청구법인이 수령한 배당소득이 유일한 영업수익 이라거나 비용 중 차입금 관련 비용이 대부분 차지한다는 등의 내용을 들어 수동소득인 배당소득의 대응비용에 해당한다는 주장을 하나, 이는 어떠한 논리적 귀결로도 납득하기 어려우며 배당소득에 대해 외국에서 적법하게 납부한 외국납부세액의 이월공제를 배제할 근거도 되지 못한다.

5)따라서 국내에서 차입하여 발생한 쟁점비용을 국외원천 배당소득의 대응비용으로 보아 외국납부세액공제를 제한하려는 통지관서의 법해석은 국제적 이중과세 조정을 목적으로 하는 외국납부세액공제 제도의 입법취지에 정면으로 반하므로 통지관서의 과세예고통지는 취소되어야 한다.

다.「법인세법 시행령」제94조제15항에 따라 계산된 이월배제 외국납부세액은 존재하지 않는다.

1)설령 통지관서의 주장대로 쟁점비용이 배당소득의 대응비용에 해당한다고 볼지라도, 이월공제배제대상 외국납부세액은 「법인세법 시행령」 제94조15항제1호및제2호에 따라 계산된 공제한도금액의 차액으로 규정하고 있으므로 청구법인과 같이 공제한도의 감소가 없는 경우에는 이월공제배제대상 외국납부세액이 산출되지 아니한다.

2)기존 기재부 유권해석(국제조세제도과-98, 2022.2.23)에서는 제1호 및 제2호의 공제한도금액 계산 시 「법인세법 시행규칙」 [별지 제8호서식 부표5의2] 국가별 외국납부세액공제 명세서의 작성방법을 참고하도록 회신한 바 있는데, 동 서식상 산출세액과 과세표준은 상수로서 확정된 금액이며, 공제한도를 계산할 때 국외원천소득은 과세표준을 초과할 수 없다고 명기하고 있는데 이는 공제한도가 산출세액을 초과할 수 없다는 것을 분명히 한 것이다.

3)「법인세법」 제57조제1항에서는 국제적 이중과세 조정의 일환으로 외국법인세액을 해당 사업연도의 법인세액에서 공제할 수 있도록 규정하면서, 공제한도를 ‘해당 사업연도의 법인세액에 국외원천소득이 해당 사업연도의 과세표준에서 차지하는 비율을 곱하여 산출한 금액’으로 하여 국외원천소득에 대하여 우리나라에 납부하여야 할 법인세액의 범위 내에서만 외국법인세액의 공제를 허용하고 있다.

이는 국외원천소득이 발생한 원천지국에서 우리나라보다 높은 법인세율을 규정하고 있는 경우, 그에 따른 외국법인세액을 전부 공제할 수 있도록 허용하게 되면 국내원천소득에 대하여 납부하여야 할 법인세의 일부로 외국법인세액을 납부하게 되는 결과가 초래되어 이를 방지하고자 공제한도를 규정하고 있는 것인바, 이를 달리 해석하여 공제한도금액이 산출세액을 초과할 수 있다고 보는 통지관서의 주장은 법문이나 법취지를 넘어선 확대해석으로서 타당하지 않다.

4)통지관서의 주장대로라면, 외국납부세액이 공제한도 내의 금액이라면 전액 공제가 되는 반면, 만약 국내 결손이 발생하여 한도초과로 이월액이 발생한 경우에는 「법인세법 시행령」제94조제15항에 따라 직접비용등에 대응하는 외국납부세액은 이월공제를 배제한다는 것인데, 이는 이미 공제의 한도를 줄여서 납세자가 공제적용을 받지 못하는 상황에서 이월공제까지 배제하겠다는 것이어서 이중으로 납세자에게 불이익을 주는 문제가 발생하게 된다.

5)청구법인의 경우 국외원천소득 자체가 각 사업연도 과세표준보다 커서 대응비용 차감 전후 공제한도액의 감소가 없으므로 이월공제배제액은 없으며, 과세표준보다 국외원천소득이 크더라도 국외원천소득 대응비용이 존재하면 이월공제배제를 적용하여야 한다는 통지관서의 주장은 법규정을 넘어선 확대해석이다.

3. 통지관서 의견

가.통지관서는 부과제척기간이 도과한 2017∼2019사업연도 법인세를 경정하려고 하는 것이 아니다.

1)통지관서의 과세예고통지는 부과제척기간이 도과하지 아니한 2020 사업연도 법인세의 과표 및 세액을 구성하는 당기 공제세액(신고서 부표 "국가별외국납부세액공제 명세서"의 "전기이월세액")을 적법하게 바로잡아 부과제척기간 내 고지하려는 것이다.

2)청구법인은 2017∼2019사업연도 동안 줄곧 외국납부세액공제 한도초과액¹⁾이 발생하였고 국외원천소득 대응비용이 있음에도 이월배제대상 외국납부세액을 "0"으로 하여 외국납부세액공제 한도초과액을 계속하여 과다하게 이월하였다.

3)통지관서는 부과제척기간이 도과한 2017∼2019사업연도 법인세의 과세표준 및 세액을 경정한 것이 아니라, 2020사업연도 법인세 경정 시 필요한 '외국납부세액 공제금액'을 산출해 내는 과정에서 과다하게 계산된 전기이월 공제대상 외국납부세액을 정정하였을 따름이다.

4)전기에서 이월된 세액은 이월세액이 반영되는 사업연도의 과세표준 구성요소로서 그 사업연도에서 독립적으로 검증할 수 있다. 또한 이월세액 공제는 납세자에게 부여된 확정적 권리가 아니라 과세관청이 다음연도에서 공제가 가능한 잠정적 항목으로, 법령 및 사실과 다르다면 공제를 하지 않을 수도 있다.

5)2025년 개정된 “이월세액공제에 대한 부과제척기간 특례 규정”은, 일반 부과제척기간 도과 이후에 이월결손금 등을 실제 세액공제하는 경우, 『해당 이월결손금 등이 발생한 과세기간의 법인세 부과제척기간』을 『실제 공제한 과세기한』의 법정신고기한으로부터 1년으로 하는 규정이다. 당해 사안은 일반부과제척기간(5년) 도과 전에 2020사업연도 법인세를 고지하는 경우로 ① 위 특례규정과 무관하며, 무엇보다 ②개정 특례규정은 외국납부세액의 이월공제를 규율대상으로 삼고 있지 않다.

6)부과제척기간이 경과된 사업연도에 발생한 외국납부세액의 이월공제금액을 부과제척기간이 경과되지 않은 사업연도에서 법령에 맞게 변경하여 외국납부세액공제금액을 경정한 것은 조세심판례(국심 2007서3165, 2008.3.20.)와 국세청 해석례(기준-2018-법령해석기본-0256, 2019.3.8.)에서도 어렵지 않게 찾아볼 수 있다.

나.지주회사가 해외자회사 주식인수를 위한 차입금에 대한 쟁점비용은 국외원천소득(해외자회사로부터 받은 배당소득)의 직접 대응비용에 해당한다.

1)청구법인이 수년간 손익계산서 상의 전체비용 중 영업외비용을 국외원천소득(해외자회사 배당소득)의 대응 비용으로 신고해 놓고, 본 청구에 이르러 이를 번복하는 취지의 주장은 받아들이기 어렵다.

2)법인세는 납세자의 신고로 그 세액이 일응 확정되는 신고확정 세목으로, 청구법인이 수년간 해외자회사 주식취득을 위한 차입금에 대한 쟁점비용을 국외원천소득의 대응비용에 해당한다고 신고를 하여놓고는, 경정청구에 이르러, 그 신고 내용을 유지하는 과세관청의 논리에 대해서는 도저히 납득하기 어렵다고 항변하고 있다.

3)청구법인은 다른 기업에 투자하고 경영, 감독, 관리 그리고 자금조달만을 수행하는 지주회사에 해당하며, 지주회사는 지분보유를 통한 배당소득 외에 다른 소득 창출을 위한 사업활동을 상정하기 어렵다.

4)청구법인은 종속법인인 해외자회사로부터 수령한 배당소득이 유일한 영업수익이면서 그 외에 다른 국외원천소득은 전혀 없고, 주식인수를 위한 쟁점비용이 전체 비용 중 대부분(2020사업연도 79.1%, 2019사업연도 90%, 2018사업연도 97%, 2017사업연도 97%)을 차지한다.

 * 2017사업연도는 다른 사업연도와 동일하게 이자비용 및 상환손실이 발생하였으나, 국외원천대응비용을 누락하여 손익계산서 상의 영업외비용 중 이자비용과 외환차손금액을 기재함

5)실제 차입금 전액을 지분 취득에 사용하였는데, 지주회사가 배당소득을 얻기 위한 전제활동(자회사 지분취득)에 수반되는 자금차용 행위는 배당수익 창출에 직접 대응되는 활동으로 봄이 타당하다.

6)설령, 청구인의 주장대로 청구법인의 손익계산서 상에 해당 쟁점비용이 국외원천소득(배당소득)에 대응되는 직접 비용이 아니라 할지라도, 존재하지도 않는 국내원천소득의 대응비용이 될 수는 없다. 비용의 구분이 명확하지 않다면 법령(「법인세법 시행규칙」제47조)에 따라 간접비용으로 보아 매출액 또는 개별 손금액에 비례하여 안분해야 하는데, 국내원천소득이 전무한 청구법인의 경우 쟁점비용은 전액 국외원천소득에 안분하게 된다.

다.국외원천소득(해외자회사 배당소득)이 과세표준보다 큰 경우에도 국외원천소득의 직·간접 대응비용이 있는 경우 이월배제를 적용해야 한다.

1)외국납부세액 공제는 하나의 소득발생에 대해 양 체약국이 과세하는 경우 발생하는 국제적 이중과세 문제를 해결하기 위한 것으로, 우리나라 법인세 과세표준에 산입되지 않은 어떠한 세원에 대해서 외국에서 설령 납부한 세금이 있더라도 이중과세 문제가 발생하지 않으므로 공제대상이 아니다.

2)외국납부세액이 공제한도를 초과하는 경우, 한도 초과되는 외국법인세액은 다음연도로 이월하여 공제할 수 있지만, 공제한도를 초과하는 외국법인세액 중에 국외원천소득 대응비용과 관련된 외국법인세액은 이월공제에서 배제된다. 이는 국외원천소득 중 그 원천소득에 대응되는 비용 부분은 법률 취지상 외국납부세액 공제 대상에서 제외되는 것이다.

3)2019.2.12.시행 「법인세법 시행령」 제94조제15항은 "「법인세법」 제57조 제1항 제1호에 따른 공제한도금액을 초과하는 외국법인세액 중 직간접비용과 관련된 외국법인세액(제1호에서 제2호의 금액을 뺀 금액)에 대해 이월공제를 적용하지 않는다"로 개정되었고, 이는 이월공제 배제 방법을 명확화하기 위함이다.

4)청구법인은 대응경비 차감 전·후의 국외원천소득이 과세표준보다 크다고 하여 이월배제 대상 외국납부세액을 "0"으로 주장하고 있으나, 국세청 예규(기준-2021-법령해석국조-0151)는 국외원천소득이 과세표준보다 큰 경우에도 국외원천소득 대응비용과 관련된 외국법인세액에 대해서는 법령상 이월공제를 적용하지 않는 것을 명백히 하고 있다.

5)분자가 분모보다 클 경우, 법인세액 중 1호의 "대응비용 차감전 국외원천소득"에서 2호의 "대응비용 차감후 국외원천소득"을 뺀 값이 과세표준에서 차지하는 만큼 이월배제 하는 것으로 해석하는 것이 이월배제 규정의 취지에 부합한다. 또한, 법령의 1호에서 2호를 차감하는 것을 수학적 계산방식으로 풀어보면 아래와 같은 수식의 결과가 도출되는 것은 지극히 합리적 방법에 해당된다.

라. 결론

통지관서가 청구법인에게 외국납부세액공제 금액이 과다하여 법인세 과세예고 통지한 사항은 법령등에 비추어 적법하므로 기각함이 타당하다.

(이 면 이하 여백)

4. 심리 및 판단

가. 쟁점

1)부과제척기간이 경과한 사업연도의 외국납부세액 이월공제액을 재계산하여 2020사업연도 법인세를 과세예고한 것은 부과제척기간이 경과한 부적법한 처분이라는 청구주장의 당부

2)쟁점비용은 국외원천소득(배당소득)의 대응비용에 해당하지 않는다는 청구주장의 당부

3)국외원천소득이 과세표준보다 큰 경우에는 이월공제 배제대상 외국납부세액이 산출되지 않는다는 청구주장의 당부

나. 관련법령

1) 국세기본법 제26조의2(국세의 부과제척기간)

① 국세를 부과할 수 있는 기간(이하 “부과제척기간”이라 한다)은 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년으로 한다. 다만, 역외거래[「국제조세조정에 관한 법률」 제2조제1항제1호에 따른 국제거래(이하 “국제거래”라 한다) 및 거래 당사자 양쪽이 거주자(내국법인과 외국법인의 국내사업장을 포함한다)인 거래로서 국외에 있는 자산의 매매ㆍ임대차, 국외에서 제공하는 용역과 관련된 거래를 말한다. 이하 같다]의 경우에는 국세를 부과할 수 있는 날부터 7년으로 한다. <개정 2019. 12. 31.>

③ 제1항 및 제2항제1호의 기간이 끝난 날이 속하는 과세기간 이후의 과세기간에 다음 각 호의 금액(이하 이 항에서 “이월결손금등”이라 한다)을 공제하는 경우 해당 이월결손금등이 발생한 과세기간의 소득세 또는 법인세의 부과제척기간은 제1항 및 제2항제1호에도 불구하고 이월결손금등을 공제한 과세기간의 법정신고기한으로부터 1년으로 한다. <신설 2019. 12. 31., 2024. 12. 31.>

1.「소득세법」 제45조제3항, 「법인세법」 제13조제1항제1호, 제76조의13제1항제1호 또는 제91조제1항제1호에 따른 이월결손금

2.「조세특례제한법」 제144조제1항에 따라 이월된 세액공제액

  ※ 국세기본법 부칙<제20611호,2024.12.31.> 제3조(이월세액공제 부과제척기간 특례에 관한 적용례)

  제26조의2제3항의 개정규정은 이 법 시행 이후 개시하는 과세기간에 세액공제액이 발생하는 경우부터 적용한다.

2) 국세기본법 제26조의2(국세의 부과제척기간) (2024.12.31. 법률 제20611호로 일부개정되기 전의 것)

③ 제1항 및 제2항제1호의 기간이 끝난 날이 속하는 과세기간 이후의 과세기간에 「소득세법」 제45조제3항, 「법인세법」 제13조제1항제1호, 제76조의13제1항제1호 또는 제91조제1항제1호에 따라 이월결손금을 공제하는 경우 그 결손금이 발생한 과세기간의 소득세 또는 법인세의 부과제척기간은 제1항 및 제2항제1호에도 불구하고 이월결손금을 공제한 과세기간의 법정신고기한으로부터 1년으로 한다. <신설 2019.12.31>

3) 법인세법 제57조(외국 납부 세액공제 등) (2020.12.22. 법률 제17652호로 일부개정되기 전의 것)

① 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 과세표준에 국외원천소득이 포함되어 있는 경우로서 그 국외원천소득에 대하여 대통령령으로 정하는 외국법인세액(이하 이 조에서 "외국법인세액"이라 한다)을 납부하였거나 납부할 것이 있는 경우에는 제21조제1호에도 불구하고 다음 각 호의 방법 중 어느 하나를 선택하여 적용할 수 있다. <개정 2014.12.23, 2018.12.24>

1. 외국납부세액의 세액공제방법: 다음 계산식에 따른 금액(이하 이 조에서 "공제한도금액"이라 한다) 내에서 외국법인세액을 해당 사업연도의 산출세액에서 공제하는 방법

2. 외국납부세액의 손금산입방법: 국외원천소득에 대하여 납부하였거나 납부할 외국법인세액을 각 사업연도의 손금에 산입하는 방법

② 제1항제1호를 적용할 때 외국정부에 납부하였거나 납부할 외국법인세액이 해당 사업연도의 공제한도금액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액은 해당 사업연도의 다음 사업연도 개시일부터 5년 이내에 끝나는 각 사업연도로 이월하여 그 이월된 사업연도의 공제한도금액 내에서 공제받을 수 있다. <개정 2018.12.24., 2019.12.31>

3-1) 법인세법 시행령 제94조(외국 납부 세액공제 등) (2019.2.12. 대통령령 제29529호로 일부 개정되기 전의 것)

②법 제57조제1항제1호에서 "대통령령으로 정하는 비율"이란 다음의 비율을 말한다. <개정 2008.2.29, 2011.6.3>

⑥제96조는 외국납부세액에 대한 세액공제의 한도액을 계산함에 있어서 이를 준용한다. <개정 2015.2.3>

⑮ 법 제57조제1항의 규정이 적용되는 국외원천소득은 국외에서 발생한 소득으로서 내국법인의 각 사업연도 소득의 계산에 관한 규정을 준용하여 산출한 금액으로 한다. 이 경우 법 제57조제1항제1호에 따라 외국법인세액의 공제가 적용되는 경우의 국외원천소득은 해당 사업연도의 과세표준을 계산할 때 손금에 산입된 금액으로서 국외원천소득에 직접 또는 간접으로 대응하는 금액이 있는 경우에는 이를 차감한 금액으로 하며, 그 차감된 금액에 대해서는 법 제57조제2항을 적용하지 아니한다. <신설 2013.2.15>

3-2) 법인세법 시행령 제96조(감면 및 세액공제액의 계산)

법 제59조제2항에 따라 감면 또는 면제세액을 계산할 때 각 사업연도의 과세표준계산 시 공제한 이월결손금ㆍ비과세소득 또는 소득공제액(이하 이 항에서 “공제액등”이라 한다)이 있는 경우 감면 또는 면제되는 소득은 다음 각 호의 금액을 공제한 금액으로 한다.

1. 공제액등이 감면사업 또는 면제사업에서 발생한 경우에는 공제액 전액

2. 공제액등이 감면사업 또는 면제사업에서 발생한 것인지가 불분명한 경우에는 소득금액에 비례하여 안분계산한 금액

3-3) 법인세법 시행령 제94조(외국납부세액의 공제) (2019.2.12. 대통령령 제29529호로 일부 개정된 것)

② 법 제57조제1항이 적용되는 국외원천소득은 국외에서 발생한 소득으로서 내국법인의 각 사업연도 소득의 과세표준 계산에 관한 규정을 준용해 산출한 금액으로 한다. 이 경우 법 제57조제1항제1호에 따라 외국납부세액의 세액공제방법이 적용되는 경우의 국외원천소득은 해당 사업연도의 과세표준을 계산할 때 손금에 산입된 금액(국외원천소득이 발생한 국가에서 과세할 때 손금에 산입된 금액은 제외한다)으로서 국외원천소득에 대응하는 다음 각 호의 비용(이하 이 조에서 "직ㆍ간접비용"이라 한다)을 뺀 금액으로 한다. <개정 2019.2.12>

1. 직접비용: 제2호에 따른 간접비용에 해당하지 않는 비용으로서 해당 국외원천소득에 직접적으로 관련된 비용

2. 간접비용: 해당 국외원천소득과 그 밖의 소득에 공통적으로 관련된 비용 중 기획재정부령으로 정하는 방법에 따라 계산한 국외원천소득 관련 비용

⑮ 법 제57조제1항제1호에 따른 공제한도금액을 초과하는 외국법인세액 중 직ㆍ간접비용과 관련된 외국법인세액(제1호의 금액에서 제2호의 금액을 뺀 금액을 말한다)에 대해서는 법 제57조제2항을 적용하지 않는다. <개정 2019.2.12>

1. 제2항 각 호 외의 부분 전단에 따라 산출한 국외원천소득을 기준으로 계산한 공제한도금액

2. 법 제57조제1항제1호에 따른 공제한도금액

  ※ 법인세법 시행령 부칙<대통령령 제29529호, 2019. 2. 12.> 제2조(일반적 적용례)

  이 영은 2019년 1월 1일 이후 개시하는 사업연도분부터 적용한다.

3-4) 법인세법 시행령 제94조(외국납부세액의 공제) (2020.2.11. 대통령령 제30396호로 일부 개정된 것)

② 법 제57조제1항이 적용되는 국외원천소득은 국외에서 발생한 소득으로서 내국법인의 각 사업연도 소득의 과세표준 계산에 관한 규정을 준용해 산출한 금액으로 한다. 이 경우 법 제57조제1항제1호에 따라 외국납부세액의 세액공제방법이 적용되는 경우의 국외원천소득은 해당 사업연도의 과세표준을 계산할 때 손금에 산입된 금액(국외원천소득이 발생한 국가에서 과세할 때 손금에 산입된 금액은 제외한다)으로서 국외원천소득에 대응하는 다음 각 호의 비용(이하 이 조에서 "국외원천소득 대응 비용"이라 한다)을 뺀 금액으로 하되, 내국법인이 연구개발 관련 비용 등 기획재정부령으로 정하는 비용에 대해 기획재정부령으로 정하는 계산방법을 선택하여 적용하는 경우에는 그에 따라 계산한 금액을 국외원천소득 대응 비용으로 한다. <개정 2019.2.12, 2020.2.11>

1. 직접비용: 해당 국외원천소득에 직접적으로 관련되어 대응되는 비용. 이 경우 해당 국외원천소득과 그 밖의 소득에 공통적으로 관련된 비용은 제외한다.

2. 배분비용: 해당 국외원천소득과 그 밖의 소득에 공통적으로 관련된 비용 중 기획재정부령으로 정하는 배분방법에 따라 계산한 국외원천소득 관련 비용

⑮ 법 제57조제1항제1호에 따른 공제한도금액을 초과하는 외국법인세액 중 국외원천소득 대응 비용과 관련된 외국법인세액(제1호의 금액에서 제2호의 금액을 뺀 금액을 말한다)에 대해서는 법 제57조제2항을 적용하지 않는다. <개정 2019.2.12, 2020.2.11>

1. 제2항 각 호 외의 부분 전단에 따라 산출한 국외원천소득을 기준으로 계산한 공제한도금액

2. 법 제57조제1항제1호에 따른 공제한도금액

  ※ 법인세법 시행령 부칙<대통령령 제30396호, 2020. 2. 11.> 제8조(외국납부세액의 공제에 관한 적용례)

  제94조제2항 각 호 외의 부분 후단(연구개발비용과 관련된 개정사항에 한정한다)의 개정규정은 2021년 1월 1일 이후 개시하는 사업연도분부터 적용한다.

3-5) 법인세법 시행규칙 제47조(외국납부세액공제) (2019.3.20. 기획재정부령 제730호로 일부개정된 것)

영 제94조제2항제2호에서 “기획재정부령으로 정하는 방법”이란 다음 각 호의 계산 방법을 말한다.

1. 국외원천소득과 그 밖의 소득의 업종이 동일한 경우의 공통손금은 국외원천소득과 그 밖의 소득별로 수입금액 또는 매출액에 비례하여 안분계산

2. 국외원천소득과 그 밖의 소득의 업종이 다른 경우의 공통손금은 국외원천소득과 그 밖의 소득별로 개별 손금액에 비례하여 안분계산

[전문개정 2019. 3. 20.]

다. 사실관계

1)국세청 전산망을 통해 확인되는 청구법인과 그 모회사인 주식회사 B²⁾(청구법인에 대한 지분율 100%, 코스피 상장법인)의 기본사항은 아래와 같다.

2)전자공시시스템에 공시된 청구법인 감사보고서의 관련내용은 다음과 같다.

가)청구법인은 타기업투자 및 경영, 감독, 관리업무와 자금조달 업무를 수행 하고 있고, 설립 이후부터 계속하여 주식회사 B가 현재 출자하고 있다.

나)청구법인은 2016년(회계연도 2기)에 해외자회사에 대한 지배력을 획득(지분율 53%, 장부가액 650,491,268,836원)하여 종속기업으로 분류하였다. 2024년(회계연도 10기) 기준으로 해외자회사에 대한 지분율은 51.23%, 공정가치는 3,282,265백만원이라고 공시하였다.

다)청구법인은 단일 영업부문이며 수익이 전액 해외자회사의 배당금 수익으로 구성되어 있음이 확인된다.

라)청구법인의 2016년(제2기) 내지 2020년(제6기)의 영업수익, 영업비용과 금융비용은 다음과 같다.

* 급여, 복리후생비, 세금과공과, 지급임차료, 보험료, 지급수수료 등

마)청구법인의 2016년(제2기) 내지 2020년(제6기)의 차입금 내역은 다음과 같다.

바)청구법인의 2016년(제2기) 현금흐름표 내용은 다음과 같다.

*법인세환급, 이자지급, 이자수취 현금흐름은 기재 생략

3)청구법인은 통지관서로부터 2020.10.7.부터 2021.1.27.까지 2015사업연도 부터 2019사업연도까지를 대상으로 법인세 통합조사를 받았으며, 조사결과 외국납부세액공제와 관련하여 적출되거나 사후관리할 사항으로 지적된 사항은 없는 것으로 확인된다.

4)청구법인의 세무조사 경정 후 외국납부세액공제 내역(청구법인의 법인세 신고 시 첨부한 국가별·소득종류별 외국납부세액공제 명세서를 청구법인에 대한 위 세무조사로 인한 과세표준 및 산출세액 경정 등을 반영하여 수정한 내용임 붙임 1-1 내지 1-4 참조) 및 통지관서의 재계산 내용은 다음과 같다.

* 청구법인은 ’17사업연도에 쟁점비용을 국외원천소득에 대한 대응경비로 신고하지 않았음
반면 ’18 내지 ’20사업연도에는 쟁점비용을 국외원천소득에 대한 대응경비로 신고

2019사업연도를 기준(청구법인이 2019사업연도 법인세 신고 시 제출한 국가별·소득종류별 외국납부세액공제 명세서에 세무조사로 인한 과세표준 및 산출세액 경정 등을 반영한 내용 기준, 붙임 1-3 참조)으로 청구법인과 통지관서가 외국납부세액공제한도 이월배제액을 계산한 방법을 정리하면 다음과 같다.

청구법인은 제1호 및 제2호 각 호의 금액은 산출세액을 초과할 수 없으므로 이 사건에서 제1호 및 제2호의 각 호의 금액은 산출세액으로 계산되어야 한다고 주장하고 있다.

반면, 통지관서는 국외원천소득 대응비용과 관련된 외국법인세액에 대하여 이월공제를 허용하지 않는 법령 취지와 이에 부합하는 국세청 예규(기준- 2021-법령해석국조-0151)에 따라 “제1호의 금액에서 제2호의 금액을 뺀 금액”을 산식으로 정리하면 다음과 같이 계산된다고 주장하고 있다.

이월공제 배제대상 외국납부세액 = 산출세액

5)관련법령의 개정세법 해설 내용은 다음과 같다.

가)「국세기본법」 제26조의2(국세의 부과제척기간) (2024.12.31. 법률 제20611호로 일부개정된 것)에 대한 개정세법 해설은 다음과 같다.

나)「법인세법 시행령」 제94조 제15항 관련 개정세법 해설은 다음과 같다.

(1)「법인세법 시행령」 제94조 제15항 신설에 대한 개정세법 해설

(2)「법인세법 시행령」 제94조 제15항 일부 개정에 대한 개정세법 해설

(3)「법인세법 시행령」 제94조 제15항 일부 개정에 대한 개정세법 해설

라.판단

1)쟁점①에 대한 판단

대법원은 “세무공무원이 법인의 각 사업연도의 익금과 손금을 산정하여 소득금액을 계산하고 이에 따라 과세표준을 결정하는 것은 항고소송의 대상이 되는 행정처분이 아니므로(대법원 1986. 1. 21. 선고 82누236 판결, 1996. 9. 24. 선고 95누12842 판결 등 참조), 그 결정에 잘못이 있는 경우 그에 따라 이루어진 과세처분의 효력을 다투는 절차에서 이를 주장할 수 있고, 또 어느 사업연도에 속하거나 속하게 될 손금의 총액이 그 사업연도에 속하게 될 익금의 총액을 초과하는 금액은 모두 법인세법상 결손금에 해당하고, 법인의 과세표준 등 확정신고나 정부의 조사·결정에 따른 과세표준 등 확정시에 결손금으로 조사된 금액만이 결손금에 해당하는 것이 아니다(대법원 1993. 11. 12. 선고 93누3677 판결 참조). 따라서 이월결손금이 공제되지 아니하고 과세표준이 결정된 뒤 이를 전제로 이루어진 어느 사업연도의 법인세 부과처분이 확정되어 더 이상 그 과세표준이나 세액을 다툴 수 없게 되었다고 하더라도, 납세의무자인 법인은 확정된 과세처분과는 독립한 별개의 처분인 그 뒤 사업연도의 법인세 부과처분의 효력을 다툼에 있어서는 종전의 과세표준 결정이 잘못되었다거나 법인세법의 관계 규정에 따라 소득에서 공제될 수 있는 이월결손금이 있다는 등의 주장을 다시 할 수 있다.”고 판시한 바 있다(대법원 2002.11.26. 선고 2001두2652 판결).

또한, 조세심판원은 위 대법원 판례를 인용하면서, “청구법인이 1999사업연도의 이월결손금을 잘못 계상함으로 인하여 부과제척기간이 경과한 2000사업연도 채무면제익의 이월결손금 보전시 과다 계상하였다 하더라도 처분청은 세무상 적정하게 계산된 이월결손금으로 부과제척기간이 경과하지 않은 사업연도의 법인소득금액을 재산정하여 그 과세표준이나 세액을 경정함이 타당하다 할 것이다.”고 결정한 바 있다(국심 2007서3165, 2008.3.20.).

위 법리 및 앞서 살펴본 사실관계를 종합하여 살펴보면, ①2024. 12. 31. 법률 제20611호로 개정된 「국세기본법」 제26조의2 (국세의 부과제척기간) 제3항은 이월결손금, 이월된 세액공제액이 발생한 과세기간의 소득세 또는 법인세의 부과제척기간에 대한 특례로 이 사건과 같이 공제하는 사업연도에 대한 부과제척기간에 대한 규정은 아닌 것이기는 하나, ②위 일부개정이 있기 전에도 이월결손금이나 이월세액공제 등은 해당 사업연도의 과세표준과 세액을 구성하는 요소로서, 그 자체는 독립적인 행정처분이라 할 수 없고, 그 계산에 잘못이 있는 경우 그에 따라 이루어진 과세처분의 효력을 다투는 절차에서 이를 주장할 수 있으므로, 비록 그 발생연도의 부과제척기간이 경과되었다 하더라도 이를 공제하는 사업연도의 과세처분 효력을 다툼에 있어서 과세관청이나 납세자 모두 이월결손금이나 이월세액공제액의 적법 여부를 다시 다툴 수 있다고 볼 것인 점, ③ 국세청 해석례(기준-2018-법령해석기본-256, 2019.3.8.)에서도 부과제척기간이 만료된 사업연도의 외국납부세액 변동 사항을 그 이후 사업연도에 반영할 수 있다고 보고 있는 점, ④한편, 청구법인은 2017∼2018사업연도에 발생한 차기이월세액은 부과제척기간이 경과한 2018∼2019사업연도에 이미 공제받아 이를 소급하여 재계산(재경정)할 수 없다고 주장하나, 통지관서의 과세예고통지는 2017∼2018사업연도 과세표준과 세액을 경정하는 내용이 아니고, 외국납부세액 차기이월세액의 발생과 공제는 법인세법 규정에 따라 계산되는 것이므로 그 자체가 독립적인 행정처분이라 할 수 없으므로 청구법인의 외국납부세액 차기이월세액의 발생과 공제에 관한 서식 기재사항에 확정력을 부여할 수 없는 점, ⑤청구법인은 과세예고통지가 중복조사 금지원칙에도 위반된다고 주장하나, 통지관서는 청구법인이 계산한 외국납부세액 이월공제액을 다시 계산하였을 뿐 2015사업연도부터 2019 사업연도에 대한 중복 세무조사를 한 바 없어 타당하지 않은 점 등에 비추어 보면 과세예고통지가 부과제척기간을 경과하거나, 중복세무조사에 해당하여 위법하다는 청구주장은 타당하지 않은 것으로 판단된다.

2)쟁점②에 대한 판단

「구 법인세법 시행령」(2019.2.12. 대통령령 제29529호로 일부 개정되기 전의 것) 제94조제15항은 외국납부세액공제 이월공제가 배제되는 금액에 대해 “국외원천소득에 직접 또는 간접으로 대응하는 금액”으로 규정하고, 이후 「구 법인세법 시행령」(2019.2.12. 대통령령 제29529호로 일부 개정된 것) 제94조제2항은 “국외원천소득에 대응하는 다음 각 호의 비용”이라고 규정한 후 간접비용은 “해당 국외원천소득과 그 밖의 소득에 공통적으로 관련된 비용”으로, 직접비용은 “간접비용에 해당하지 않는 비용으로 해당 국외원천소득에 직접적으로 관련된 비용”이라고 규정하고 있다.

위 규정과 앞서 살펴본 사실관계를 종합하여 살펴보면, ①외국납부세액공제 이월공제가 배제되는 금액(비용)은 해당 금액(비용)과 국외원천소득과의 관련성을 기준으로 삼고 있을 뿐, 국외원천소득의 성격을 기준으로 삼고 있지 않은 점, ②청구법인은 순수 지주회사로서 해외자회사로부터 수취하는 배당소득 외에 다른 영업수익이 없으며, 쟁점비용이 전체 비용의 대부분을 차지하고 있어 해당 비용은 실질적으로 유일한 수익원인 배당소득 획득 활동과 직접 관련된 것으로 판단되는 점, ③쟁점비용은 청구법인의 해외자회사 주식 취득을 위한 자금과 관련된 비용으로 그 주식으로부터 발생하는 배당소득과 직접적인 대응관계에 있다고 보는 것이 경제적 실질에 부합한다고 판단되는 점 등에 비추어 보면 쟁점비용은 국외원천소득의 대응비용에 해당하지 않는다는 청구주장은 타당하지 않은 것으로 판단된다.

3)쟁점③에 대한 판단

대법원은 “조세법률주의 원칙상 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 하고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 않는다. 그렇지만 법규 상호간의 해석을 통하여 그 의미를 명백히 할 필요가 있는 경우에는 조세법률주의가 지향하는 법적 안정성 및 예측 가능성을 해치지 않는 범위 내에서 입법 취지 및 목적 등을 고려한 합목적적 해석을 하는 것은 불가피하다”고 판시한 바 있다(대법원 2008.2.15. 선고 2007두4438 판결 등 참조).

한편, 「구 법인세법 시행령」(2019.2.12. 대통령령 제29529호로 일부 개정되기 전의 것) 제94조제15항은 외국납부세액공제 이월공제가 배제되는 금액에 대해 “국외원천소득에 직접 또는 간접으로 대응하는 금액”으로 규정하고, 이후 “외국법인세액 중 직‧간접비용과 관련된 법인세액(제1호의 금액에서 제2호의 금액을 뺀 금액을 말한다)”로 일부 개정(2019.2.12. 대통령령 제29529호)되었다.

위 법리와 앞서 살펴본 사실관계를 종합하여 살펴보면, ①외국납부세액공제 제도는 국내 과세표준에 포함된 국외원천소득에 대한 이중과세를 조정하는 것이므로 국외원천소득을 획득하기 위하여 국내에서 발생한 대응비용으로 인해 국내과세소득이 감소된 부분, 즉 손금산입된 부분에 상당하는 외국납부세액은 공제대상에서 제외하는 것이 제도의 근본 취지에 부합하는 점, ②“외국법인세액 중 직‧간접비용과 관련된 법인세액”은 그 문언상 산출세액 중 과세표준에서 직‧간접비용이 차지하는 비율“로 해석함이 상당한 점, ③괄호에 ”제1호의 금액에서 제2호의 금액을 뺀 금액을 말한다“라고 규정된 부분은 괄호 밖의 “외국법인세액 중 직‧간접비용과 관련된 법인세액”문언을 고려하여 해석할 수 밖에 없는 점, ④제1호의 금액과 제2호의 금액을 청구법인과 같이 계산하는 것으로 해석하면 외국법인세액 중 직‧간접비용과 관련된 법인세액의 이월공제를 허용하게 되어 입법취지 및 목적을 달성하지 못하게 되고, 괄호 밖 문언에 반하는 결과를 가져오게 되는 점, ⑤「법인세법 시행규칙」별지 제8호서식 부표 5호의2 작성요령 9에 기재된 내용은 “공제한도액을 계산할 때” 기준국외원천소득이 과세표준을 초과할 수 없다고 기재되어 있을 뿐, “이월배제 대상 외국납부세액을 계산할 때”에 관한 방법을 기재하고 있는 것으로 보이지는 않으며, 오히려 작성방법 11은 “이월배제 대상 외국납부세액은 「법인세법 시행령」제94조제15항에 따른 국외원천소득 대응 비용과 관련된 외국법인 세액을 의미합니다.”라고 기재되어 있어, 위 괄호 밖의 “외국법인세액 중 직‧간접비용과 관련된 법인세액”이라는 문언과 일치하는 점, ⑥국세청 해석례 (기준-2021-법령해석국조-0151, 2021.9.3.)도 국외원천소득이 과세표준보다 큰 경우에도 대응비용과 관련된 외국법인세액에 대해서는 이월공제를 적용하지 않는다고 유권해석하고 있는 점에 비추어 보면 국외원천소득이 과세표준보다 큰 경우에는 이월공제배제대상 외국납부세액이 산출되지 않는다는 청구주장은 타당하지 않은 것으로 판단된다.

5. 결론

 이 건 과세전적부심사청구는 청구주장이 이유 없다고 인정되므로 「국세기본법」제81조의15제5항제1호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.