주 문

1. 원고의 항소를 기각한다.

2. 항소비용은 원고가 부담한다.

1. 기초사실

가. 원고는 2017. 8. 31.부터 2020. 3. 24.까지 주식회사 ○○○○○○○(이하 ‘이 사건 법인’이라 한다)의 발행주식 총수 중 60%인 ○○○주를 소유하고 있다가 2020. 3. 25.경 박AA, 남AA에게 이 사건 법인 주식 전부(각 ○○○주씩)를 양도하였다.

나. 이 사건 법인이 2017년 2기부터 2020년 1기까지의 부가가치세 및 2018년부터 2020년까지의 각 사업연도 법인세를 체납하자, ○○세무서장은 2019. 11. 13.부터 2020. 12. 1.까지 원고가 이 사건 법인의 과점주주로서 제2차 납세의무가 있다고 보아 원고를 제2차 납세의무자로 지정하고 별지 목록 기재와 같이 원고에 대하여 근로소득세, 부가가치세 및 법인세에 대하여 납부통지를 하였다.

다. 원고는 2022. 10. 20. 위 납세의무자 납부통지 처분에 대하여 서울행정법원 2022구합00000호로 무효확인 소송을 제기하였는데(이하 ‘관련 소송’이라 한다), 서울행정법원은 2023. 12. 15. 납세의무가 종결되어 ○○세무서장이 제2차 납세의무자 납부통지처분을 취소하여 소멸한 부분(별지 목록 제1 내지 8, 10, 13 내지 16, 18번의 납부통지처분)에 대한 무효확인청구는 소의 이익이 없어 각하하고, 나머지 처분에 대하여는 하자가 중대․명백하다고 볼 수 없다는 이유로 기각하는 판결을 선고하였다.

라. 원고가 위 판결에 관하여 서울고등법원 2024누00000호로 항소하여 항소심이 계속 중이던 2024. 4.경 ○○세무서장은 2020년 1기 부가가치세에 관한 과세기간에 원고가 이 사건 법인의 과점주주의 지위에 있지 않았다는 점에 관한 증빙서류를 뒤늦게 확인하고 제2차 납세의무자 납부통지처분(별지 목록 기재 제12, 17번의 납부통지처분)을 직권으로 취소하였다. 서울고등법원은 2024. 7. 19. 별지 목록 기재 제12, 17번의 각 처분에 대한 무효확인 청구 부분을 각하하고 원고의 나머지 항소를 기각하는 판결을 선고하였고, 위 판결은 그 무렵 확정되었다.

마. 한편 원고는 2020. 12. 1. 2020년 귀속 법인세에 대한 제2차 납세의무자 납부통지처분(별지 목록 제18번 납부통지처분, 이하 ‘이 사건 처분’이라 한다)에 따라 고지된 세액 ○○○원을 납부하였다.

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 4, 7, 10호증, 을 제1, 2호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 당사자 주장의 요지

가. 원고

원고는 이 사건 법인의 2020년 귀속 법인세의 납세의무성립일 당시 이 사건 법인의 과점주주가 아니었는바, 이 사건 처분은 처분의 대상이 아닌 자에 대한 처분으로서 중대․명백한 하자가 있어 당연무효이므로 피고는 원고에게 원고가 납부한 ○○○원 및 이에 대한 지연손해금을 반환할 의무가 있다.

나. 피고

과세처분이 무효가 되기 위해서는 그 하자가 중대하고 명백하여야 하는데, ○○세무서장은 원고가 제출한 주식등변동상황명세서를 바탕으로 원고를 과점주주로 판단하고 제2차 납세의무자로 지정하였는바, 처분의 대상이 되는 것으로 오인할 만한 객관적인 사정이 있었다고 볼 수 있어 하자가 외관상 명백하다고 볼 수 없다. 따라서 이 사건 처분의 하자가 중대․명백하여 무효임을 전제로 한 원고의 부당이득반환 청구는 받아들일 수 없다.

3. 판단

가. 이 사건 처분의 하자

앞서 본 기초사실, 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고가 보유하던 이 사건 법인의 주식은 2020. 3. 25. 모두 양도되어, 원고는 이 사건 처분 당시 이 사건 법인의 과점주주에 해당하지 않은 사실을 인정할 수 있는바, 이 사건 처분에는 주주 아닌 사람을 과점주주로 오인하여 제2차 납세의무자로 지정한 하자가 있어 위법하다.

나. 이 사건 처분의 무효 여부

1) 관련 법리

과세처분이 당연무효라고 하기 위하여는 그 처분에 위법사유가 있다는 것만으로는 부족하고, 그 하자가 중요한 법규에 위반한 것일 뿐만 아니라 객관적으로 명백한 것이어야 하는바, 과세대상이 되지 아니하는 어떤 법률관계나 사실관계에 대하여 이를 과세대상이 되는 것으로 오인할 만한 객관적인 사정이 있어 그것이 과세대상이 되는지의 여부가 그 사실관계를 정확히 조사하여야 비로소 밝혀질 수 있는 경우라면 그 하자가 중대한 경우라도 외관상 명백하다고는 볼 수 없으므로 이처럼 과세요건사실을 오인한 과세처분을 당연무효라고 할 수는 없다. 그러나 과세대상이 되는 법률관계나 사실관계가 전혀 없는 자에 대하여 한 과세처분은 그 하자가 중대하고도 명백하다고 할 것이고(대법원 2024. 3. 12. 선고 2021다224408 판결 등 참조), 하자의 중대·명백 여부를 판별함에 있어서는 법규의 목적, 의미, 기능 등을 목적론적으로 고찰함과 동시에 구체적 사안 자체의 특수성에 관하여도 합리적으로 고찰함을 요한다(대법원 2004. 11. 26.선고 2003두2403 판결 등 참조).

2) 판단

갑 제3, 4호증, 을 제1, 2호증의 각 기재, 변론 전체의 취지에 의하면, 원고는 2020. 3. 25. 이 사건 법인 주식 전부를 박AA, 남AA에게 양도하면서 2020. 8. 7.경 증권거래세 신고를 한 사실, 관련 소송의 항소심 2024. 6. 14. 변론기일에서 ○○세무서장이 ‘이 사건 법인의 2020년 1기 부가가치세의 원고에 대한 납부통지를 직권취소한 것은 처분 당시 담당자가 원고가 과점주주의 지위를 벗어났다는 증빙서류로 제출한 주식양도소득세 신고서를 확인하지 못하고 처분한 것이 확인되어 직권취소한 것이므로 처분청의 잘못이 맞다’고 진술한 사실을 인정할 수 있다.

그러나 앞서 든 증거들, 변론 전체의 취지를 더하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사정들을 종합하여 보면, 원고가 제출한 증거들만으로는 이 사건 처분의 하자가 중대하다는 것을 넘어 외관상 명백하다고 보기 어렵고, 달리 이를 인정할 증거가 없다.

따라서 이 사건 처분이 당연무효임을 전제로 하는 원고의 부당이득반환 청구는 더 나아가 살필 필요 없이 이유 없다.

① ○○세무서장이 이 사건 처분을 할 무렵까지 이 사건 법인이 제출하였던 주식등변동상황명세서에는 원고가 이 사건 법인의 발행주식 총수 60%를 소유한 주주로 등재되어 있고 이 사건 법인이 2020. 3. 19. 제출한 2019년 귀속 법인세 과세표준 및 세액신고서 표지(을 제1호증)에도 주식변동이 없는 것으로 기재되어 있는바, 과세관청으로서는 2020. 12. 1. 이 사건 처분 당시 원고가 이 사건 법인의 과점주주로서 과세대상이 되는 것으로 오인할 만한 객관적인 사정이 있었다.

이 사건 법인은 이 사건 처분 후인 2021. 3. 24. 2020년 귀속 법인세 과세표준 및 세액신고서를 제출하면서 비로소 세액신고서 표지에 주식변동이 있는 것으로 기재하였다(을 제2호증)

② 앞서 본 것과 같이 원고가 양도한 이 사건 법인의 주식에 관하여 2020. 8. 7. 증권거래세 신고가 이루어졌다고 하더라도 그와 같은 사정만으로 과세관청인 ○○세무서장이 원고를 이 사건 법인의 과점주주가 아니라고 판단하기는 어려웠을 것으로 보이고, 과세관청으로서 기존 주주명부 및 주식등변동상황명세서 등으로 과점주주인지 여부를 판단하는 것을 넘어 주주의 주식 양도 여부를 개별적으로 조사하는 것은 사실관계를 정확히 조사하여야 과세대상이 되는지의 여부가 비로소 밝혀지는 경우에 해당한다 할 것이다.

③ 사업연도 중에 주식 등의 변동사항이 있는 법인은 사업연도 종료일이 속하는 달의 말일(이 사건 법인의 경우 사업연도 종료일은 매년 12월 31일)부터 3개월 이내(이 사건 법인의 경우 다음 해 3월 31일)까지 주식등변동상황명세서를 과세관청에 제출하여야 하는데(법인세법 제119조 제1항, 제60조), 원고의 주장과 같이 사업연도 중에 주식 등의 변동사항이 있으나 법인이 주식등변동상황명세서를 제출하기 이전에 종전 주식등변동상황명세서 및 주주명부 등을 바탕으로 이루어진 법인세 제2차 납세의무 지정 및 통지 처분을 모두 당연무효라고 한다면 법인세 관련 조세행정 전반이 불안정하게 될 뿐만 아니라, 국세기본법 제55조 제2항 제1호, 제56조 등 제2차 납세의무자의 구제절차를 따로 마련한 규정들의 의미가 퇴색하게 된다.

4. 결론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 없어 기각하여야 하는바, 제1심판결은 이와 결론을 같이 하여 정당하므로 원고의 항소를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.