1. 피고는 원고에게 1,716,992,560원 및 이에 대하여 2024. 6. 14.부터 2025. 3. 20.까지는 연 3.5%의, 2025. 3. 21.부터 2025. 5. 13.까지는 연 3.1%의, 그다음 날부터 다 갚는 날까지는 연 12%의 각 비율로 계산한 돈을 지급하라.

2. 소송비용은 피고가 부담한다.

3. 제1항은 가집행할 수 있다.

청 구 취 지

주문과 같다.

이 유

1. 기초사실

가. 원고의 지위 등

 1) 원고는 부동산의 신탁 및 이와 관련된 부동산개발업, 주택건설업 등을 영위하는 회사이고, 주식회사 ○○○○피에프브이(이하 ‘○○○○피에프브이’라 한다)는 ○○시 ○○구 ○○동 000 일대 000㎡ ○○마을 도시개발사업(이하 ‘이 사건 사업’이라 한다)을 목적으로 설립된 프로젝트금융투자회사(Project Financing Vehicle, PFV)이다.

 2) 2019년도 종합부동산세 과세기준일(2019. 6. 1.) 당시 이 사건 사업부지 중 별지1 ‘이 사건 부과처분’ 표 ‘필지’란 기재 각 토지(이하 ‘이 사건 토지’라 한다)에 관하여 원고를 수탁자로 하는 신탁법상 신탁을 원인으로 하는 소유권이전등기가 각 마쳐져있었다.

나. 이 사건 각 선행처분 및 그 취소

1) ○○○○피에프브이는 2006. 7.경 이 사건 사업부지 내 토지소유자들로부터 이 사건 토지를 매수하였는데, 그중 일부에 대해서는 직접 소유권이전등기를 넘겨받지 않은 채 ○○○○피에프브이를 우선수익자로 하여 신탁회사 앞으로 등기를 이전하기로 정하였다. 이에 따라 이 사건 토지에 관하여, 위 매도인들을 위탁자로, 원고를 수탁자로, ○○○○피에프브이를 우선수익자로 각 지정하는 신탁계약 또는 ○○○○피에프브이가 직접 소유권이전등기를 마친 토지1)에 대해서는 ○○○○피에프브이를 위탁자로 하는 신탁계약(이하 통칭하여 ‘이 사건 신탁계약’이라 한다)이 체결되어 원고 명의로 신탁등기가 이루어졌다.

 2) 이 사건 토지는 2013. 5. 24. 토지거래허가구역에서 지정 해제되었고, 이에 ○○○○피에프브이는 2013. 7. 18. 취득세를 신고하면서 이 사건 토지가 구 조세특례제한법(2016. 1. 19. 법률 제13805호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제104조의19 제1항의 ‘주택건설사업자가 주택을 건설하기 위하여 취득한 토지로서 취득일부터 5년 이내에 주택법에 따른 사업계획의 승인을 받을 토지’임을 전제로 종합부동산세 과세표준합산배제대상으로 신고하였다.

 3) 피고 산하 ○○세무서장은 2020. 4. 1. ○○○○피에프브이가 이 사건 토지를 취득한 날(이 사건 토지의 토지거래 허가구역 지정해제일인 2013. 5. 24.)로부터 5년이내에 주택법에 따른 사업계획승인을 받지 못하여서 이 사건 토지가 과세특례 대상에 해당하지 않음을 이유로, 구 조세특례제한법 제104조의19 제3항에 따라 이 사건 토지에 관하여 2015년 귀속 종합부동산세 2,973,146,180원 및 농어촌특별세 410,103,270원을 경정·고지하였고(이하 ‘이 사건 제1 선행처분’이라 한다), 2020. 8. 10. 및 2020. 11. 26. 아래 표 기재와 같이 2016년 귀속분부터 2020년 귀속분까지 각 종합부동산세 및 농어촌특별세를 경정·고지(이하 ‘이 사건 제2 선행처분’이라 한다)하였다.

 4) ○○○○피에프브이는 ○○세무서장을 상대로 ○○행정법원 2022구합00000호로 이 사건 제1 선행처분의 취소를 구하는 소를 제기하였고, 위 법원은 2023. 9. 8. ‘신탁법에 따라 수탁자 명의로 신탁등기가 마쳐진 신탁재산으로서 위탁자별로 구분된 재산에 관하여는 구 지방세법(2020. 12. 29. 법률 제17769호로 개정되기 전의 것, 이하 같다)2) 제107조 제1항 단서 제3호에 따라 그 수탁자가 재산세 또는 종합부동산세 납세의무자가 되는데, 원고는 이 사건 사업부지 내 토지소유자들과 체결한 이 사건 신탁계약에 따라 신탁법상 신탁을 원인으로 소유권이전등기를 마쳤으므로 종합부동산세 납세의무자인 수탁자는 원고이다’라는 이유로 ○○○○피에프브이의 청구를 인용하는 판결을 선고(이하 ‘이 사건 선행 판결’이라 한다)하였으며, 위 판결이 그대로 확정되었다.

 5) ○○○○피에프브이는 ○○세무서장을 상대로 이 사건 제2 선행처분의 취소를 구하는 조세심판을 청구(이하 ‘이 사건 조세심판’이라 한다)하였고, 조세심판원 또한 2024. 3. 18. 이 사건 선행 판결을 인용하면서, ‘구 지방세법 제107조 제1항 단서 제3호에 따라 그 수탁자가 재산세 또는 종합부동산세의 납세의무자가 되므로, 이 사건 토지에 관하여 수탁자의 지위에 있는 원고가 종합부동산세의 납세의무자이다’는 취지로 판단하여 ○○○○피에프브이의 심판청구를 인용하는 결정을 하였다.

다. 이 사건 부과처분

 1) 이 사건 조세심판 결정에 따라 ○○세무서장은 2024. 3. 26. 피고 산하 ○○세무서장에게 원고에 대한 2019년 귀속 종합부동산세 과세자료를 통보하였다.

 2) ○○세무서장은 이 사건 토지에 관하여 2019년 귀속 종합부동산세 및 농어촌특별세를 산정하여 2024. 5. 27. 원고에게, 별지1 이 사건 부과처분 표 기재와 같은 부과처분(이하 별지1 ‘이 사건 부과처분’ 표 기재 각 처분을 통틀어 ‘이 사건 부과처분’이라한다)을 하였다.

라. 세액 납부 및 그 귀속

 이 사건 부과처분 고지서는 2024. 5. 28. 원고에게 송달되었고, 원고는 2024. 6. 13. 이 사건 부과처분에 따른 종합부동산세 및 농어촌특별세 합계 1,716,992,560원을 전액 납부하였는데, 종합부동산세 및 농어촌특별세는 국세기본법 제2조 제1호 (차), (카)목에 따라 피고에 귀속되었다.

마. 관련 법령

 별지2 ‘관련 법령’ 기재와 같다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 6호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함, 이하 같다), 을 제1, 11호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 피고의 본안전 항변에 대한 판단

피고는 원고의 이 사건 소가 국세기본법상 전심절차를 거치지 아니한 소로써 부적법하다는 취지의 본안전 항변을 하나, 필요적 전심절차에 관한 국세기본법 제56조 제2항의 규정은 행정소송에 적용되는 것으로서 원고가 피고에 대하여 부당이득의 반환을 구하는 이 사건에는 적용된다 할 수 없으므로 위 본안전 항변은 이유 없다.

3. 부당이득반환청구권의 성립여부에 대한 판단

가. 당사자 주장의 요지

 1) 원고

  과세예고통지는 과세처분에 앞서 이행되어야 할 절차로서 과세관청이 적법한 과세예고통지를 거치지 않고 과세처분을 하였다면 그 과세처분에는 중대한 절차적 하자가 있다고 보아야 한다. 그런데 피고는 이 사건 부과처분에 앞서 구 국세기본법(전후로 세부적인 개정 내용이 있으나 이 사건과 직접 관련된 부분은 없으므로 이하 ‘구 국세기본법’이라 하면 2024. 12. 31. 법률 제20611호로 개정되기 전의 것을 의미한다) 제81조의15 제1항에 따른 과세예고통지를 하지 아니하였는바, 이 사건 부과처분은 원고의 절차적 권리를 침해한 중대·명백한 하자가 있어 당연무효이다. 따라서 피고는 원고에게 부당이득으로 이 사건 부과처분에 따라 기납부한 오납세액과 그에 대한 환급가산금 및 지연손해금을 반환할 의무가 있다.

 2) 피고

  가) 원고는 이 사건 부과처분에 대한 사전통지를 하였다. 피고는 원고의 위임을 받은 세무대리인에게 과세예고통지에 따른 처분의 사전통지 내용이 포함된 ‘종합부동산세 과세표준 및 세액결정결의서(을 제4호증)’를 송부하였으므로, 이는 과세예고와 같은 사전통지의 성질을 가진다.

  나) 아래와 같이 피고의 귀책사유 없이 부득이한 사정으로 부과제척기간의 만료일이 임박하여 피고가 이 사건 부과처분 전에 과세예고통지를 할 시간적 여유가 거의 없었으므로 이 사건 부과처분이 위법하다거나 중대·명백한 하자가 있다고 할 수 없다. ① 이 사건 조세심판 결정일은 2024. 3. 18.이고, ○○세무서장은 2024. 3. 28. 처분청인 ○○세무서장에게 과세자료를 통보하였는데, 이는 부과제척기간인 2024. 5. 31.이 3개월 미만으로 임박한 시점이다. ② 피고는 고의로 검토나 처리를 지연하지 아니하였고 이 사건 조세심판 결정 이후 지체없이 행정 처리를 하였음에도 방대한 과세자료의 양, 원고의 위탁자 명부 제공 지체 등으로 인해 부득이하게 세액 산출이 지연되었다.

  다) 아래와 같이 과세예고통지를 하더라도 원고가 누릴 절차적 이익이 거의 없어 이 사건 부과처분이 위법하다거나 중대·명백한 하자가 있다고 할 수 없다. ① 이 사건 조세심판 결정일은 부과제척기간인 2024. 5. 31.이 3개월 미만으로 임박한 시점이므로 구 국세기본법 제81조의15 제3항 제3호에 따라 과세전적부심사 예외사유가 된다. ② 원고의 세무대리인이 2024. 5. 24. 세액결정 내역에 이의가 없다고 유선상 통보하는 등 의견을 표명할 기회가 보장되었고, 원고는 불복기간 내 불복하지 아니하였다. ③ 이 사건 부과처분은 부과과세방식의 조세로 가산세 및 이자 상당액이 부과되지 아니하였으므로 원고가 조기결정신청권을 행사하지 못한 절차적 불이익이 없다.

나. 이 사건 부과처분의 위법성

 1) 관련 법리

  구 국세기본법 제81조의15 제3항은 각호에서 과세전적부심사를 거치지 않아도 되는 예외사유를 규정하고 있는데, 제3호(이하 ‘제3호 규정’이라 한다)에서 ‘과세예고통지를 하는 날부터 국세부과 제척기간의 만료일까지의 기간이 3개월 이하인 경우’를 들고 있다. 다만 조세법규에 대한 엄격해석의 원칙, 구 국세기본법 제81조의15 제1항, 제2항 제2호, 제4항, 제8항, 제9항, 국세기본법 시행령 제63조의15 제4항의 문언과 체계, 과세예고통지의 기능 등에 비추어 보면 제3호 규정을 과세전적부심사를 넘어 과세예고통지에 대한 예외사유로까지 확장해석할 수는 없으므로, 과세관청은 구 국세기본법 제81조의15 제1항이 정한 과세예고통지 대상에 해당하는 경우에는 국세부과 제척기간 만료일까지 기간이 3개월 이하인 때에도 과세예고통지를 하여야 하고, 과세예고통지 없이 이루어진 과세처분은 이로 인하여 절차적 정당성이 상실되지 않았다고 볼 만한 특별한 사정이 없는 한 위법하다고 보아야 한다.

  다만 과세관청의 귀책사유 없이 부득이한 사정으로 국세부과 제척기간의 만료일이 매우 임박하게 되었고, 이로 인하여 과세처분에 앞서 과세예고통지를 할 시간적 여유가 거의 없고 과세예고통지를 하더라도 납세자가 누릴 절차적 이익도 거의 없는 등 과세예고통지를 생략하더라도 절차적 정당성이 상실되지 않았다고 볼 만한 특별한 사정이 있는 경우에는 과세예고통지를 하지 않았다는 점만으로 과세처분이 위법하게 된다고 평가하기는 어렵다. 이러한 특별한 사정의 존재는 과세관청이 증명하여야 한다(대법원 2025. 2. 13. 선고 2023두41659 판결 참조).

 2) 구체적 판단

  위 법리에 비추어 이 사건에 관하여 보건대, 피고가 이 사건 부과처분에 앞서 원고에게 국세청훈령인 구 과세전적부심사사무처리규정(2025. 7. 1. 국세청훈령 제2690호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제3조 제3항 및 별지 제2호의 형식에 따른 과세예고통지서를 송부하지 아니한 사실은 당사자 사이에 다툼이 없는데, 앞서 든 증거 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정들을 고려하면, 피고가 이 사건 부과처분에 앞서 과세예고통지 또는 그에 준하는 사전통지를 하였다고 볼 수 없고, 피고가 주장하는 사정 및 을 제2내지 10호증의 각 기재만으로 과세예고통지를 생략할 만한 특별한 사정이 인정된다고 보기 부족하고 달리 이를 인정할 증거가 없다. 따라서 이 사건 부과처분은 과세예고통지를 거치지 않은 채 이루어져 납세자인 원고의 절차적 권리를 침해한 것으로서 위법하다.

  가) 구 국세기본법은 과세예고통지서에 관해 제81조의15 제1항에서 ‘세무서장 또는 지방국세청장은 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 미리 납세자에게 그 내용을 서면으로 통지하여야 한다.’고 규정하는 외에 과세예고통지의 방식 등에 관하여 따로 규정하고 있지는 아니하다. 그러나 ① ‘과세예고통지를 받은 날’은 구 국세기본법 제81조의15 제2항 제2호에 따라 과세전적부심사를 청구할 수 있는 기산점에 해당하게 되는 점, ② 이에 국세청훈령인 구 과세전적부심사사무처리규정 제3조 제3항 및 별지 제2호는 과세예고통지서의 양식을 정하면서 ‘신고 과세표준, 결정 과세표준, 산출세액, 예상 고지세액, 세목, 수정신고·납부기한, 과세기간, 산출명세, 권리구제 절차’ 등을 모두 기재하도록 정한 점, ③ 과세예고통지는 납세자가 통지를 받은 날로부터 30일 이내에 과세전적부심사청구를 할 수 있도록 하는 등 절차적 이익을 보장하기 위한 독립된 제도이므로 납세자가 그것이 과세예고통지임을 명확히 인식할 수 있는 형태로 교부되어 적법하게 도달하여야 하는 점, ④ 따라서 과세관청이 내부적으로 작성한 문서인 과세표준 및 세액결정결의서를 세무대리인에게 이메일 등으로 송부하였다는 사정만으로 구 국세기본법 제81조의15 제1항에 의하여 법정된 제도인 과세예고통지가 있었다고 당연히 갈음하기 어려운 점 등을 종합하면, 피고가 이 사건 부과처분에 앞서 구 국세기본법 제81조의15 제1항, 제2항에서 정한 과세예고통지 또는 그에 준하는 사전통지를 하였다고 볼 수 없다.

  나) 이 사건 조세심판 결정일은 2024. 3. 18.이고 ○○세무서장의 ○○세무서장에 대한 과세자료 통보일은 2024. 3. 26.이므로, 이 사건 조세심판 결정일부터 부과제척기간 만료일인 2024. 5. 31.까지는 74일이, 과세자료 통보일부터 부과제척기간 만료일까지는 66일이 남아 있었으므로 부과제척기간까지 3개월이 남지 않았다고 하더라도 과세관청이 과세예고통지를 할 시간적 여유가 거의 없는 경우라고 보기는 어렵다.

  다) ○○○○피에프브이는 2013. 7. 18. 이 사건 토지의 취득세를 신고하면서 종합부동산세 과세표준 합산배제대상으로 신고하였고, 피고 산하 ○○세무서장은 2020. 8. 10. 2019년도 귀속분에 관한 이 사건 제2 선행처분을 하였으므로, 이 사건 부과처분을 위한 과세자료는 그 당시 대부분 확보되었을 것으로 보인다. 뿐만 아니라 신탁의 공시는 신탁원부로 이루어지고 신탁원부는 등기기록의 일부로 취급되므로, 이 사건 신탁계약에 따른 수탁자인 원고가 위탁자 명부를 제출하였는지 여부와 무관하게 피고는 등기기록상 자료로 위탁자를 확인해 과세할 수 있다.

  라) 한편 피고는 ‘이 사건 토지가 사실상 위탁자별로 구분된 신탁재산에 해당하는지 여부가 불분명하여 원고에게 이 사건 토지에 대한 위탁자별 명세를 구분하여 제출할 것을 요청하였고, ○○○○피에프브이를 사실상 위탁자로 보아 2019년 및 2020년 귀속 종합부동산세의 과세표준 및 세액을 산정·통지하였으나, 원고가 2024. 5. 3.에서야 위탁자 명세를 제출함에 따라 2024. 5. 22. 감면 후 공시가액 5억 이상자 72명에 대한 예상 세액이 산출되었다’는 취지로 주장한다(피고 2025. 10. 13.자 준비서면 6쪽). 즉 피고의 주장은, 당초에는 ○○○○피에프브이를 사실상 단일한 위탁자로 보아 원고를 1인의 납세의무자로 전제하여 과세표준 및 세액을 산정·통지하였다가, 원고로부터 위탁자 명세를 제출받은 후에는 구 지방세법 제107조 제1항 단서 제3호 제2문에 따라 72인의 위탁자별로 구분되는 부분마다 각각 다른 납세의무자가 되는 것으로 보아 이 사건 부과처분을 하였다는 취지이다.

   그러나 이 사건 선행 판결은 피고가 이 사건 제1, 2 선행처분을 하며 ‘이 사건 토지를 사실상 소유하고 있는 자는 ○○○○피에프브이에 해당한다’라고 보아 구 지방세법 제107조 제1항 단서 제3호가 아닌 제1항 본문을 적용하여 과세한 데 대하여, ‘○○○○피에프브이가 이 사건 토지의 위탁자가 되는 것이 이 사건 신탁계약 당사자들의 의사라고 볼 수 없다는 등 사정에 비추어 구 지방세법 제107조 제1항 단서 제3호가 적용된다’고 명시적으로 판단한 바 있고, 이 사건 조세심판 결정 또한 같은 취지로 판단하였으므로, 이 사건이 납세의무자 단위에 대한 판단이 불분명한 경우에 해당한다고 할 수 없다.

   뿐만 아니라 원고가 이 사건 토지에 대하여 1인의 납세의무자에 해당하는지 또는 수개의 각각 다른 납세의무자에 해당하는지는 과세요건사실 확정 및 과세표준·세액의 결정에 관한 과세관청의 책임 있는 판단의 영역에 속한다. 따라서 과세관청의 내부적 판단 변경으로 처분이 지연되었다면 그로 인한 불이익을 납세자에게 전가하기는 어렵고, 피고에게 귀책사유가 없다고 단정하기 어렵다.

  마) 피고는 ‘○○○○피에프브이는 이 사건 조세심판 진행 중인 2023년에 이르러서야 자신이 납세의무자가 아님을 주장하였고, 피고는 서초구청장의 재산세 과세내역 및 의견조회 등에 비추어 이 사건 조세심판 결정시까지 이 사건 선행처분을 유지하여야 하였으며, ○○세무서장의 과세자료 통보일은 2024. 3. 28.에서야 이루어졌다’는 취지로 주장하나, 세법상 과세관청은 단일한 행정주체이고 기관별로 업무가 분장되어 있을 뿐이므로 과세관청의 내부적 업무분장을 이유로 피고에게 과세권 행사의 가능성이 없었다거나 과세권 행사 지연의 책임이 없다고 볼 수 없고, 나아가 이와 같은 과세관청 측의 사유로 인하여 납세자가 누릴 수 있는 과세예고통지의 절차적 이익이 생략되어도 좋다고 볼 수 없다.

  바) 나아가 과세예고통지에 관한 절차적 권리가 주로 과세전적부심사에 결부된 것임을 감안하더라도 과세예고통지를 받은 납세자는 과세처분 전에 과세관청에 자신의 의견을 사실상 전달함으로써 과세처분의 오류를 미리 바로잡을 기회를 가질 수 있다. 피고는 원고의 세무대리인이 2024. 5. 24. 이의가 없다고 유선상 통보하였다는 취지로 주장하나 이를 인정할 만한 아무런 증거가 없고, 가산세가 부과되지 아니하였다고 하여 처분의 사전통지로서 과세예고통지 실익이 전혀 없다고 할 수 없다.

다. 이 사건 부과처분의 당연무효 여부

 1) 관련 법리

  가) 조세의 과오납이 부당이득이 되기 위해서는 납세 또는 조세의 징수가 실체법적으로나 절차법적으로 전혀 법률상의 근거가 없거나 과세처분의 하자가 중대하고 명백하여 당연무효이어야 한다. 과세처분의 하자가 단지 취소할 수 있는 정도에 불과할 때에는 과세관청이 이를 스스로 취소하거나 항고소송절차에 의하여 취소되지 않는한 그로 인한 조세의 납부가 부당이득이 된다고 할 수 없다(대법원 1994. 11. 11. 선고 94다28000 판결 등 참조).

   나아가 과세처분이 당연무효라고 하기 위해서는 그 처분에 위법사유가 있다는 것만으로는 부족하고 그 하자가 법규의 중요한 부분을 위반한 중대한 것으로서 객관적으로 명백한 것이어야 한다. 하자가 중대하고 명백한지 여부를 판별할 때에는 그 과세처분의 근거가 되는 법규의 목적·의미·기능 등을 목적론적으로 고찰함과 동시에 구체적 사안 자체의 특수성에 관하여도 합리적으로 고찰하여야 한다. 그리고 어느 법률관계나 사실관계에 대하여 어느 법령의 규정을 적용하여 과세처분을 한 경우에 그 법률관계나 사실관계에 대하여는 그 법령의 규정을 적용할 수 없다는 법리가 명백히 밝혀져서 해석에 다툼의 여지가 없음에도 과세관청이 그 법령의 규정을 적용하여 과세처분을 하였다면 그 하자는 중대하고도 명백하다고 할 것이다. 그러나 그 법률관계나 사실관계에 대하여 그 법령의 규정을 적용할 수 없다는 법리가 명백히 밝혀지지 아니하여해석에 다툼의 여지가 있는 때에는 과세관청이 이를 잘못 해석하여 과세처분을 하였더라도 이는 과세요건사실을 오인한 것에 불과하여 그 하자가 명백하다고 할 수 없다(대법원 2018. 7. 19. 선고 2017다242409 전원합의체 판결 등 참조).

  나) 사전구제절차로서 과세예고통지와 통지 내용의 적법성에 관한 과세전적부심사 제도가 가지는 기능과 이를 통해 권리구제가 가능한 범위, 제도가 도입된 경위와 취지, 납세자의 절차적 권리 침해를 효율적으로 방지하기 위한 통제방법 등을 종합적으로 고려하면, 국세기본법 및 국세기본법 시행령이 과세예고통지의 대상으로 삼고 있지 않다거나 과세전적부심사를 거치지 않고 곧바로 과세처분을 할 수 있는 예외 사유로 정하고 있는 등의 특별한 사정이 없는 한, 과세관청이 과세처분에 앞서 필수적으로 행하여야 할 과세예고통지를 하지 아니함으로써 납세자에게 과세전적부심사의 기회를 부여하지 아니한 채 과세처분을 하였다면, 이는 납세자의 절차적 권리를 침해한 것으로서 과세처분의 효력을 부정하는 방법으로 통제할 수밖에 없는 중대한 절차적 하자가 존재하는 경우에 해당하므로, 그 과세처분은 절차상 하자가 중대하고도 명백하여 무효라고 할 것이다(대법원 2016. 4. 15. 선고 2015두52326 판결, 대법원 2016. 12. 27. 선고 2016두49228 판결 취지 참조).

 2) 구체적 판단

살피건대, 앞서 든 증거들과 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사정을 종합하면, 과세예고통지를 누락한 이 사건 부과처분에는 중대하고 명백한 절차상 하자가 존재하므로 이 사건 부과처분은 무효라고 봄이 타당하다.

  가) 구 국세기본법 제81조의15 제1항 제3호 본문은 납부고지하려는 세액이 100만 원 이상인 경우 과세예고통지를 하여야 한다고 명확히 규정하고 있고, 그 단서에서 ‘감사원법 제33조에 따른 시정요구에 따라 세무서장 또는 지방국세청장이 과세처분하는 경우로서 시정요구 전에 과세처분 대상자가 감사원의 지적사항에 대해 소명안내를 받은 경우’를 규정한 외에는 과세예고통지를 생략할 수 있는 예외 조항을 두고 있지않다. 이 사건 부과처분은 감사원법 제33조에 따른 시정요구에 따라 과세처분하는 경우에 해당하지 아니하므로, 이 사건 부과처분의 경우 납부고지하려는 세액이 100만 원이상인 경우로서 과세예고통지의 대상이 된다는 점은 위 문언에 비추어 해석에 다툼의 여지가 있다고 할 수 없다.

  나) 구 국세기본법 제81조의15 제2항 본문 및 제2호는 ‘과세예고통지를 받은 날부터 30일 이내’에 과세전적부심사를 청구할 수 있다고 규정하면서 제3항 제3호에서 ‘세무조사 결과 통지 및 과세예고통지를 하는 날부터’ 부과제척기간의 만료일까지 기간이 3개월 이하인 경우 과세전적부심사를 거치지 않아도 된다는 취지로 규정하고 있다. 즉 제3항 제3호에서는 ‘과세예고통지를 하는 날’을 기산일로 명시하고 있어 위 규정에 따른 과세전적부심사를 거치지 않아도 되는 예외에 해당하기 위해서는 과세예고통지 실시가 전제되어야 하므로, 부과제척기간 만료일까지 기간이 3개월 이하인 때에도 과세예고통지를 하여야 한다는 점은 위 규정의 문언상 명백하다.

  다) 국세기본법에 따른 과세예고통지 제도는 의견진술권 및 사후구제절차 준비등 납세자의 알 권리와 방어권을 보장하는 것을 목적으로 하는 제도로서, 과세전적부심사와 더불어 과세처분에 대한 사전구제제도로서 기능한다. 이와 같은 과세예고통지의 목적과 의미, 기능에 비추어 과세예고통지 없이 이루어진 과세처분은 특별한 사정이 없는 한 그 자체로 하자가 중대하다 할 것이고, 과세관청이 귀책사유가 없다는 점 또는 정당한 사유를 증명하는 예외적 경우에 한하여 경미한 하자로 평가할 수 있을 것이다. 그런데 앞서 살핀 바와 같이 절차적 정당성이 상실되지 않았다고 볼 만한 특별한 사정이 과세관청에 의하여 증명되었다 할 수 없으므로, 과세예고통지 누락에 따른 이 사건 부과처분의 하자는 중대한 절차적 하자에 해당한다.

  라) 한편 피고는 원고가 불복기간 내에 불복하지 아니하였음을 들어 이 사건 부과처분이 당연무효는 아니라는 취지로도 주장하나, 하자의 명백성은 처분의 하자가 객관적으로 분명한지 여부에 따라 판단하는 것이지 납세자가 처분에 대해 불복기간 내에 불복하였는지에 따라 판단하는 것이 아니므로 구 국세기본법 제81조의15 제1항 제3호 본문, 제2항 본문 및 제2호, 제3항 제3호에 관한 해석에 다툼의 여지가 있었다거나 이 사건 부과처분의 하자가 경미한 하자에 해당한다고 볼 수도 없다.

라. 소결론

 원고가 2024. 6. 13. 피고에게 이 사건 부과처분에 따른 세액 합계 1,716,992,560원을 납부한 사실은 앞서 인정한 바와 같다. 따라서 이 사건 부과처분이 앞서 본 바와 같이 무효인 이상 원고가 위 금원을 법률상 원인 없이 납부한 경우에 해당하므로, 피고는 종합부동산세 및 농어촌특별세의 귀속 주체로서 원고에게 위 1,716,992,560원을 부당이득으로 반환함과 아울러 국세 환급가산금 또는 지연손해금 등을 가산하여 지급할 의무가 있다.

4. 부당이득반환청구권의 범위에 대한 판단

가. 환급가산금 및 지연손해금

 조세환급금은 조세채무가 처음부터 존재하지 않거나 그 후 소멸하였음에도 불구하고 국가가 법률상 원인 없이 수령하거나 보유하고 있는 부당이득에 해당하고, 환급가산금은 그 부당이득에 대한 법정이자로서의 성질을 가진다(대법원 2008. 1. 10. 선고 2007다79534 판결 참조).

 이때 환급가산금의 내용에 대한 세법상의 규정은 부당이득의 반환범위에 관한 민법 제748조에 대하여 그 특칙으로서의 성질을 가진다고 할 것이므로, 환급가산금은 수익자인 국가의 선의·악의를 불문하고 그 가산금에 관한 각 규정에서 정한 기산일과 비율에 의하여 확정된다. 한편 부당이득반환의무는 일반적으로 기한의 정함이 없는 채무로서, 수익자는 이행청구를 받은 다음날부터 이행지체로 인한 지연손해금을 배상할 책임이 있다. 그러므로 납세자가 조세환급금에 대하여 이행청구를 한 이후에는 법정이자의 성질을 가지는 환급가산금청구권 및 이행지체로 인한 지연손해금청구권이 경합적으로 발생하고, 납세자는 자신의 선택에 좇아 그 중 하나의 청구권을 행사할 수 있다(대법원 2009. 9. 10. 선고 2009다11808 판결 참조).

나. 최종적인 인용금액

 따라서 피고는 원고에게 앞서 인정한 부당이득금 1,716,992,560원 및 이에 대하여 원고가 구하는 바에 따라 위 세액 납부일 다음날인 2024. 6. 14.부터 2025. 3. 20.까지는 국세기본법 제52조 제1항, 국세기본법 시행령 제43조의3 제1항 제1호, 구 국세기본법 시행규칙(2025. 3. 21. 기획재정부령 제1122호로 개정되기 전의 것) 제19조의3에서 정한 연 3.5%의, 2025. 3. 21.부터 이 사건 소장 부본이 피고에게 송달된 날임이 기록상 명백한 2025. 5. 13.까지는 국세기본법 제52조 제1항, 국세기본법 시행령 제43조의3 제1항 제1호, 구 국세기본법 시행규칙(2026. 1. 2. 재정경제부령 제1호로 개정되기 전의 것) 제19조의3에서 정한 연 3.1%의 각 비율로 계산한 환급가산금을, 그다음 날부터 다 갚는 날까지는 소송촉진 등에 관한 특례법이 정한 연 12%의 비율로 계산한 지연손해금을 지급할 의무가 있다.

5. 결 론

 그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 있어 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.