주 문

이 건 심사청구 중 2022년 제1기 부가가치세에 대한 제2차 납세의무자 납부고지에 대한 부분은 각하하고, 나머지 부분은 기각합니다.

이 유

1. 처분개요

가.청구인은 오랜 기간 단역배우로 활동하며 직장생활 및 아르바이트를 병행해 온 자이며, 청구외 주식회사 쟁점법인(이하 “쟁점법인”이라 한다)는 경상북도 울진군에서 케이블카 운영업을 영위하는 법인이다.

나.A세무서장 및 B세무서장(이하 “처분청”이라 한다. 다만, 처분청 중 일부를 지칭할 경우 “처분청(A)”, “처분청(B)”이라 한다)은 쟁점법인의 2022사업연도 법인세 신고서 및 수정신고된 주식변동상황 명세서, 주주명부 등을 근거로 청구인을 실질적인 과점주주로 판단하고, 청구인을 쟁점법인의 발행주식 182,000주(지분율 91%, 이하 “쟁점주식”이라 한다)를 소유한 과점주주인 것으로 보아, 쟁점법인의 국세 체납액에 대하여 청구인을 제2차 납세의무자로 지정하고 2025.9.4., 2025.9.17. 각각 제2차 납세의무자 지정 및 납부고지를 하였다.

다.청구인은 이에 불복하여 2025.11.26., 2025.12.2. 이 건 심사청구를 제기하였다. 다만, 쟁점법인의 2022년 제1기 부가가치세에 대한 제2차 납세의무자 납부고지 중 17,547,560원(이하 “쟁점고지서”라 한다)에 대한 것은 2026.1.2. 심사청구를 제기하였다.

2. 청구주장

가.2022년 제1기 부가가치세에 대한 제2차 납세의무자 납부고지 부분

청구인은 2022.9.4. 피청구인으로부터 7건의 납세고지서를 수령한 후 피청구인과 통화를 하는 과정에서 총 8건의 납세고지가 있었다는 것을 인지하게 되었는데 그 이후에도 납세고지서를 팩스, 우편 기타 어떠한 방법으로도 송달받지 못했다. 이후 이 사건 처분에 관한 심사청구서를 제출하고 피청구인으로부터 심사청구에 관한 답변서를 송달받은 후에야 1건의 고지서를 수령하지 못하였다는 사실을 다시금 깨닫게 되었고, 2025.12.24.에서야 팩스를 통해 쟁점고지서를 수령했다.

대법원 판례(96누5094 판결, 1997.5.23. 참조)에서는 납세고지서의 송달이 불필요 하다고 할 수는 없는 것이라고 정하고 있다. 위와 같은 법리에 따르면 청구인은 2025.12.24.에서야 쟁점고지서를 수령한 것이므로, 불복신청기한은 2025.12.24.로부터 90일 내로 보는 것이 타당할 것인바, 청구인은 2026.1.2. 쟁점고지서에 대한 심사청구서를 추가로 제출한 것이다. 따라서, 이 부분 심사청구는 불복청구기한을 도과하지 않아 적법하다.

나.주식 양도담보의 경위와 실질

1) 자금 대여 및 담보 설정 과정

2020년 11월 청구인은 청구인의 큰 오빠인 개인I로부터 금전을 대여해달라는 부탁을 받게 되었다. 개인I가 요구한 2억여원은 청구인에게는 무척이나 큰 돈이었으나 큰 오빠인 개인I가 사업가로서 투자를 통해 적게는 수억원, 많게는 수십억원의 수익을 얻는 것을 보아 왔던 청구인은 개인I를 신뢰하여 개인I에게 210,000,000원을 대여해 주었다.

개인I은 혹시라도 쟁점법인이 채무를 변제하지 않는다면 쟁점법인의 대표인 개인H으로부터 회사주식을 받아 오면 된다며, 적은 금액으로 수익성 높은 회사의 주식을 받아 오는 것이니 엄청난 투자기회라고 청구인을 설득했다. 이에 청구인은 개인I, 그리고 쟁점법인의 대표이사이자 100% 주주인 개인H과 채권양수도계약을 체결하고, 개인H이 가진 주식 일체에 관하여 양도담보를 설정하게 되었다.

2) 법적 성격: 정산 절차 없는 양도담보

쟁점주식의 양도는 당초 개인H가 개인I에 대한 차용금 채무를 담보할 목적으로 이루어졌고, 청구인이 개인H으로부터 차용금 채무 및 담보를 함께 양수하면서 이루어졌다. 대법원 판례 등에서는 채권의 담보 목적으로 재산권을 채권자에게 이전한 경우 다른 특약이 인정되지 아니하는 경우에는 당사자 사이에 정산절차를 요하는 약한 의미의 양도담보로 추정된다고 판시하고 있다.

금전소비대차계약서에 따르면 개인I와 쟁점법인, 개인H 및 개인M 사이 금전소비대차계약에는 변제기가 도과한 경우에 담보물의 처분이나 그 귀속에 관한 약정만 있을 뿐 그 정산 여부에 관하여는 아무런 약정이 없으므로 쟁점주식에 관한 양도담보 역시 정산절차를 요하는 약한 의미의 양도담보로 추정되며, 정산절차를 마치지 않은 이상 위 주식의 실질 권리자는 청구인이 아닌 개인H이다. 「소득세법 시행령」제151조 제1호에서도 양도담보의 경우에는 이를 ‘양도’로 보지 않는다고 정하고 있으므로, 청구인은 단순히 쟁점법인 발행 주식에 관한 양도담보권자일 뿐 청구인이 쟁점주식의 실질 소유자임을 전제로 한 이 사건 처분은 부당하다.

다. 실질적 주주권 부존재 및 허위 신고 정황

1) 경영 관여 사실 부존재

청구인은 오랜 기간 배우 활동을 하거나 평범한 직장인 내지 아르바이트생으로 일했을 뿐 회사의 경영과는 전혀 무관한 인생을 살아왔는바, 개인H은 외부에 회사의 자금 사정이 어려워 주식을 담보로 잡힌 것이 알려지면 사업에 악영향이 갈 수 있으므로 당장 주주명부에 명의개서를 해줄 수는 없으나 양도담보의 증거로 청구인을 이사로 등기시켜 주겠다고 했다.

청구인은 현재까지도 쟁점법인 내지 개인H으로부터 단 한 차례도 금원을 변제받은 사실이 없으며, 등기이사로서 급여를 수령하거나 쟁점법인의 주주로서 주주총회에 참석하는 것은커녕 주주총회 개최 통보조차 받은 사실이 없다. 개인I, 개인H과의 채권양수도계약 이후에도 청구인은 이전과 다를 바 없는 일상을 영위하였고, 쟁점법인에 관한 모든 의사결정과 주주로서의 권리 행사는 개인H에 의하여 이루어졌는바, 이 사건 납세의무 성립일 당시 쟁점법인에 대하여 ‘발행주식 총수의 100분의 50을 초과하는 주식에 관한 권리를 실질적으로 행사하는 자’의 지위에 있었던 것은 청구인이 아닌 개인H이다. 청구인은 쟁점법인으로부터 급여, 배당금 기타 어떤 명목을 불문하고 한 차례도 금원을 지급받지 못했다.

2) 주주명부 및 제3자(개인A, 개인M) 관련 허위 신고

개인H에 따르면 청구인이 확보하였다는 주주명부는 임원 변경 등기 시에 제출된 것으로 보이는데, 청구인이 주식의 양도담보권자라는 점에 대해 확실한 증거를 남겨두고자 법인 임원 변경 시에 첨부하는 주주명부에 청구인의 지분을 100%로 기재하여 차후 발생할지 모르는 분쟁에 대비하고자 하였다고 한다.

개인M는 청구인 모르게 허위의 주식양수도계약서를 만들고 주권발행대장을 제작하는 방법으로 개인A(개인M의 지인)이 2022.3.2. 쟁점법인의 주식 81%를 양수한 것처럼 주식변동상황을 신고했다. 개인A에 대하여 제2차납세의무자 지정이 이루어졌고, 이에 개인A은 개인H에게 격하게 항의하면서 본인에 대한 제2차납세의무자지정은 부당하다며 원상복구하라고 강력히 항의하였는데, 때마침 개인H이 별건으로 구속되어 적극적으로 대응하지 못하고 있었던 때였기에 2022.3.2. 청구인에게 주식이 양도된 것처럼 거짓으로 꾸며내 본인에 대한 납세의무를 회피하기에 이른 것이다.

3. 처분청 의견

가.2026.1.2. 심사청구(쟁점고지서에 대한 것)는 불복청구기간이 경과되었다.

「국세기본법」제61조제1항은 ‘심사청구는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내에 제기하여야 한다’고 규정하고 있다. 청구인은 해당 처분이 있음을 안 날(쟁점고지서 송달 효력 발생일 2025.9.8.)로부터 90일 이내에 심사청구를 제기하였어야 하나 이 건 심사청구는 2026.1.2.에 제기하였기에 불복청구기간이 경과되어 부적법하므로 본안 심리대상이 아니다.

나.청구인에 대한 제2차 납세의무자 지정 경위

당초 처분청은 2022년 귀속 쟁점법인의 법인세 정기신고서에 첨부된 주식변동상황명세서에 따라 2024.2.29. 청구외 개인A을 과점주주로 보고 제2차 납세의무자로 지정했다. 쟁점법인의 관할인 B세무서로부터 2025.8.29. 「주식변동상황명세서 수정신고로 인한 주주변동 통보」 공문을 통보받아 주주현황 검토한바 주주명부 및 주식변동상황명세서(수정)에 의해 청구인이 과점주주인 사실이 확인되어 당초 개인A에게 지정된 제2차 납세의무를 취소하고 2025.9.4. 청구인에게 제2차 납세의무를 재지정 통지했다.

다.공부상 자료에 따른 반박

청구인은 쟁점법인의 대표 개인H에 대한 채권을 담보하기 위해 양도담보로 주식을 양수한 것으로 실질적 주주가 아니라고 주장하나, 사내이사(2021.7.1.∼ 2021.10.15. 2022.1.27. ∼ 2024.3.29.) 및 대표이사(2023.9.4.∼2024.3.29.)로 등재된 사실이 법인등기부등본에 의해 확인되는바, 2022.3.2. 청구인의 인장이 날인된 쟁점법인의 주주명부에 의하면 쟁점주식의 소유권이 청구인으로 변경되었음을 명백하게 알 수 있다. 청구인은 주주명부, 법인등기부등본 등 객관적인 자료로 보아 언제라도 주주로서의 권리를 행사할 수 있는 권능을 보유하고 있는 주주의 지위에 있었음은 분명하고, 청구인은 쟁점법인의 발행주식에 관한 권리를 실질적으로 행사할 수 있는 과점주주에 해당되므로 제2차 납세의무자 지정은 정당하다.

(이 면 이하 여백)

4. 심리 및 판단

가. 쟁점

1)2022년 제1기 부가가치세 제2차 납세의무자 납부고지에 대한 심사청구가 불복청구기한을 도과하지 않았다는 청구주장의 당부

2)청구인이 쟁점주식을 차용금 채무 담보 목적으로 양수한 양도담보권자에 불과할 뿐, 쟁점법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하는 과점주주가 아니라는 청구주장의 당부

나. 관련법령

1) 국세기본법 제61조【청구기간】

① 심사청구는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내에 제기하여야 한다.

2) 국세기본법 제21조【납세의무의 성립시기】

② 제1항에 따른 국세를 납부할 의무의 성립시기는 다음 각 호의 구분에 따른다.

4. 부가가치세: 과세기간이 끝나는 때. 다만, 수입재화의 경우에는 세관장에게 수입신고를 하는 때를 말한다.

③ 다음 각 호의 국세를 납부할 의무의 성립시기는 제2항에도 불구하고 다음 각 호의 구분에 따른다.

1. 원천징수하는 소득세 또는 법인세에 있어서는 소득금액 또는 수입금액을 지급하는 때

3) 국세기본법 제39조 【출자자의 제2차 납세의무】(2020.12.22. 법률 제17650호로 일부개정되기 전의 것)

법인의 재산으로 그 법인에 부과되거나 그 법인이 납부할 국세 및 체납처분비에 충당하여도 부족한 경우에는 그 국세의 납세의무 성립일 현재 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 그 부족한 금액에 대하여 제2차 납세의무를 진다. 다만, 제2호에 따른 과점주주의 경우에는 그 부족한 금액을 그 법인의 발행주식 총수(의결권이 없는 주식은 제외한다. 이하 이 조에서 같다) 또는 출자총액으로 나눈 금액에 해당 과점주주가 실질적으로 권리를 행사하는 주식 수(의결권이 없는 주식은 제외한다) 또는 출자액을 곱하여 산출한 금액을 한도로 한다.

2. 주주 또는 유한책임사원 1명과 그의 특수관계인 중 대통령령으로 정하는 자로서 그들의 소유주식 합계 또는 출자액 합계가 해당 법인의 발행주식 총수 또는 출자총액의 100분의 50을 초과하면서 그에 관한 권리를 실질적으로 행사하는 자들(이하 “과점주주”라 한다)

4) 국세기본법 제39조 【출자자의 제2차 납세의무】(2020.12.22. 법률 제17650호로 일부개정된 것)

법인(대통령령으로 정하는 증권시장에 주권이 상장된 법인은 제외한다. 이하 이 조에서 같다)의 재산으로 그 법인에 부과되거나 그 법인이 납부할 국세 및 강제징수비에 충당하여도 부족한 경우에는 그 국세의 납세의무 성립일 현재 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 그 부족한 금액에 대하여 제2차 납세의무를 진다. 다만, 제2호에 따른 과점주주의 경우에는 그 부족한 금액을 그 법인의 발행주식 총수(의결권이 없는 주식은 제외한다. 이하 이 조에서 같다) 또는 출자총액으로 나눈 금액에 해당 과점주주가 실질적으로 권리를 행사하는 주식 수(의결권이 없는 주식은 제외한다) 또는 출자액을 곱하여 산출한 금액을 한도로 한다.

2. 주주 또는 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 사원 1명과 그의 특수관계인 중 대통령령으로 정하는 자로서 그들의 소유주식 합계 또는 출자액 합계가 해당 법인의 발행 주식 총수 또는 출자총액의 100분의 50을 초과하면서 그 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하는 자들(이하 “과점주주”라 한다)

가. 합자회사의 유한책임사원

나. 유한책임회사의 사원

다. 유한회사의 사원

4-1) 국세기본법 시행령 제20조 【출자자의 제2차 납세의무의 적용 범위】(2022.2.15. 대통령령 제32424호로 일부개정된 것)

② 법 제39조 제2호에서 "특수관계인 중 대통령령으로 정하는 자"란 해당 주주 또는 법 제39조 제2호 각 목의 어느 하나에 해당하는 사원과 제18조의2 각 호의 어느 하나에 해당하는 관계에 있는 자를 말한다

 ※ 국세기본법 기본통칙 39-0…1 【주주】

  법 제39조에서 “주주”라 함은 주식의 소유자로서 주주명부등에 기재유무와 관계없이 사실상 주주권을 가진 자를 말하며, 주권의 발행 전에 주식 또는 주주권이 양도된 경우에는 그의 양수인을 말한다

 ※ 국세기본법 기본통칙 39-0…2 【과점주주의 요건】

  ① 법인의 주주에 대하여 제2차납세의무를 지우기 위해서는 과점주주가 주금을 납입하는 등 출자한 사실이 있거나 주주총회에 참석하는 등 운영에 참여하여 그 법인을 실질적으로 지배할 수 있는 위치에 있음을 요하며, 형식상 주주명부에 등재되어 있는 것만으로는 과점주주라 할 수 없다

 ※ 국세기본법 기본통칙 39-0…3 【과점주주의 판정】

  과점주주의 판정은 국세의 납세의무성립일 현재 주주 또는 유한책임사원과 그 친족 기타 특수관계에 있는 자의 소유주식 또는 출자액을 합계하여 그 점유비율이 50％를 초과하는지를 계산하는 것이며, 이 요건에 해당되면 당사자 개개인을 전부 과점주주로 본다.

다. 사실관계

1) 국세청 전산자료를 통해 확인되는 쟁점법인에 대한 제2차 납세의무자 지정·납부고지 내역, 송달일자, 불복청구 내역은 다음과 같다.

가) 처분청(A)은 청구인에 대한 납부고지서와 송달증명 서류를 제출하였다.

* 국내우편(등기/소포) 배송조회 화면상 각 청구인 본인 수령인으로 기재됨

이 중 쟁점고지서와 송달증명 서류는 다음과 같다.

나) 청구인은 처분청(A)으로부터 2025.11.26. 제2차 납세의무자 지정· 납부고지를 7건 수령하였다고 주장하며, 녹취록을 제출하였다.

다) 청구인의 대리인에게 녹취록 원본 녹음파일 제출을 요청하였으나, 원본 녹음파일이 삭제되어 제출이 어렵다고 회신하였다.

라) 처분청(A)에서 2차 납세의무자 지정·납부고지 송달 업무를 담당한 직원을 통해 확인해 보니, 해당 고지서는 개별출력해서 발송한 것이 아니고, 우편물센터를 통해서 발송한 것이라고 진술하였다.

2) 국세청 전산자료를 통해 확인되는 쟁점법인과 쟁점법인 울진지점의 기본 사항은 다음과 같다.

*대표자변경:개인F(개업일부터2021.6.9.까지)→개인O(2021.6.10.부터 2021.10.19.까지)→개인H(2021.10.20.부터 2021.3.23.까지)→개인J(2022.3.24.부터 2022.7.19.까지)→개인H, 개인P(2022.7.20.부터 2022.7.28.까지)→개인H, 개인L (2022.7.28.부터 2025.12.15.)→개인H, 개인J(2025.12.16.부터 현재까지)

*대표자변경:개인F(개업일부터2021.6.14.까지)→개인O(2021.6.15.부터 2021.11.18.까지)→개인H(2021.11.19.부터 2022.7.12.까지)→개인H, 개인P(2022.7.13.부터 2022.7.27.까지)→개인H, 개인L (2022.7.28.부터 2022.8.24.)→개인H, 개인P(2022.8.24.부터 폐업까지)

3) 쟁점법인의 현 대표자 개인H, 개인J의 총사업내역은 다음과 같다.

4) 청구인의 가족관계와 청구인의 총 사업내역은 다음과 같다.

가) 청구인은 개인I(1970년생), 개인J(1975년생)과 형제자매관계에 있는 것으로 확인된다.

나) 청구인의 총사업내역은 다음과 같다.

5) 쟁점법인의 주주현황은 쟁점법인이 법인세 신고 시 첨부한 주식등변동 상황명세서, 처분청이 제출한 주식등변동상황 명세서, 청구인 제출 증거 (주주명부, 사실확인서)의 내용이 각 상이한 바, 그 내용을 정리하면 다음과 같다.

가) 쟁점법인이 2020∼2022 사업연도 법인세 신고 시 첨부한 주식변동상황 명세서(국세청 전상망에서 확인)

나) 처분청이 제출한 쟁점법인 2022사업연도 귀속 주식변동상황명세서 수정신고 내용과 첨부된 주주명부

(1) 쟁점법인의 2022사업연도 귀속 주식변동상황명세서 수정신고 제출 경위

(가) 처분청은 2023사업연도 쟁점법인이 법인세 신고 시 제출한 주식등 변동상황명세서의 내용(개인H이 개인A에게 2022.3.2. 쟁점법인에 대한 주식 162,000주를 양도)에 따라 2024.2월 및 4월경 개인A에게 제2차 납세의무를 지정하여 통지한 사실이 확인된다.

(나) 처분청(B)은 2025.3.25. “쟁점법인 ‘과점주주 2차납세의무 관련 과점주주 당사자 민원신청을 이유로” 서울중앙지방법원 등기국에 쟁점법인이 제출한 이사회의사록 및 주주명부 사본을 요청하였고, 위 등기국으로부터 회신받은 서류 중 청구인이 사내이사, 대표이사, 또는 주주로서 인장을 날인한 주주총회 의사록, 이사회 회의록 및 인감증명서 등을 제출하였다.

① 2022.12.28. 각 개인J의 대표이사 사임, 개인H의 사내이사 및 대표이사 취임, 개인P의 대표이사 취임 변경등기 신청서(2022.6.3. 접수)에 첨부된 임시주주총회의사록(2022.5.31.)과 공증인가 법인의 인증서 (붙임 6)

② 2022.12.28. 각 개인P의 대표이사 사임, 황설의 대표이사 취임에 관한 변경등기 신청서(2023.1.2. 접수)에 첨부된 주주총회의사록(2022.12.28.)과 공증인가 법인의 인증서 (붙임7)

③ 2023.9.4. 각 *의 대표이사 사임, 청구인의 대표이사 선임에 관한 변경등기 신청서(2023.9.5. 접수)에 첨부된 이사회 회의록과 공증인가 법인의 인증서, 청구인의 대표이사 취임 승낙서와 청구인의 인감증명서, 주민등록초본, 대표이사 청구인 명의 쟁점법인 인감·개인 신고서 (붙임 8)

④ 2024.3.29. 각 청구인의 대표이사 사임, 개인J, 개인I, *의 각 사내이사 선임, 개인J의 대표이사 취임에 관한 변경등기 신청서(2024.4.2. 접수)에 첨부된 주주총회 의사록(2024.3.29.)과 공증인가 법인의 인증서, 이사회 의사록(2024.3.29.)과 공증인가 법인의 인증서, 청구인의 사내이사 및 대표이사직 사임서와 청구인 인감증명서 (붙임 9)

(다) 쟁점법인 대표 개인H은 2025.8.26. B세무서에 2022.3.2. 개인H이 개인A이 아닌 청구인에게 쟁점법인에 대한 주식을 양도한 것으로 정정하는 내용의 주식등변동상황명세서를 제출하고, 개인H에서 청구인으로 쟁점법인 주식이 양도된 내용의 주주명부를 함께 첨부하였다. 처분청(B) 당시 담당직원의 진술과 제출 서류에 따르면 2025.8.26. 대표이사 개인H이 직접 방문하였고,. 신분증사본 및 대표이사 날인을 수령하였다.

(라) 처분청은 2025.9월경 개인A에 대한 2차 납세의무 지정을 취소하고, 청구인에 대한 제2차 납세의무 지정을 통지하였다.

처분청(B)의 당시 담당직원은 등기소에 제출된 공증서류(이사회 회의록 등) 상에는 주주 1인 (청구인 100%)으로 되어있었으나, 개인H으로부터 주주명부 수정신고 시 제출받은 쟁점법인 주주명부 상 2022사업연도 주식변동상황 명세서 수정신고와 같은 주주현황이 확인되어, 청구인에게 유리한 지분율 90%로 정정한 2022사업연도 주식변동상황 명세서 수정 신고서 제출을 인정하여 준 것이라 확인하였다.

한편, 개인H 사실확인서(작성일자는 기재되어 있지 않으나, 2025.12.26.자 인감증명서가 첨부되어 있음)에 따르면, 위 주식등변동상황명세서 수정신고 경위에 대해 다음과 같이 진술하고 있다.

개인H 사실확인서에는 개인A이 2022.3.2. 청구인에게 주식이 양도된 것처럼 꾸며낸 것으로 기재되어 있다.

(2) 청구인 제출 증거 중 쟁점법인의 주주현황 관련 내용 검토

(가) 청구인은 2023.1.3., 2024.1.3., 2025.1.3. 각 쟁점법인 명의로 작성된 것으로 기재되어 있는 주주명부를 제출하였다. 주주명부에는 개인H의 지분율이 100%인 것으로 기재되어 있다.

(나) 청구인이 제출한 개인H 사실확인서 기재 내용에 따르면, 2022사업연도 주식변동상황 신고(2022.3.2. 개인H이 개인A에게 쟁점법인 주식 162,000주 양도) 경위에 대해 다음과 같이 진술하고, 같은 내용의 주주 명부를 첨부하였다.

(다) 한편, 개인H 사실확인서에 따르면, 청구인에 대한 임원변경 등기 시 첨부한 주주명부에 청구인을 100% 지분권자로 기재한 적도 있다고 기재하고 있다.

(3) 쟁점법인의 주주현황에 관한 위 내용을 간략히 표로 정리하면 다음과 같다.

6) 쟁점법인 등기사항증명서 내용 중 임원에 관한 사항을 정리하면 다음과 같다.

7) 청구인은 쟁점법인으로부터 급여, 배당 등을 지급받은 바 없다면서 청구인 소득금액 증명(2022년∼2024년)과 원천징수영수증(2022년)을 제출하였다.

8) 청구인은 쟁점법인(본점) 급여대장 내역을 제출하였다. 이에 따르면, 개인H과 개인C이 같은 급여(5백만원, 6백만원)의 급여를 지급받는 것으로 확인되고, 청구인에 대한 급여 지급 내용은 확인되지 않는다.

9)청구인은 차용증, 금전소비대차계약서, 금전이체내역, 채권양수도계약서를 제출하였다.

가) 차용증에 따르면 청구인은 2020.11월 오빠인 개인I에게 210,000,000원을 2021.12.31.까지 5%의 이율로 대여하는 계약을 체결한 것으로 기재되어 있다. 차용증에는 2020.2.7.자 발급 개인I 인감증명서 첨부되어 있다.

나) 금전소비대차계약서에 따르면 2022.1.26. 청구인의 오빠인 개인I은 쟁점법인에 220,000,000원을 대여하는 계약을 체결한 것으로 기재되어 있다. 변제기일은 2022. 2.28. 이자율은 연 20%로 설정되어 있으며, 개인H과 개인M가 연대보증인으로 날인하였다. 해당 계약서 제2조(상환일자)에는 “대여 약정기일의 오후 4시까지 입금이 되지 않을 시 개인I이 등기를 위해 맡겨 놓은 서류를 서류 혹은 도장을 보관하는 법무사는 즉시 등기 처리하고 집행한다.”라고 기재되어 있다.

같은 날 작성된 개인H 작성 확인서에는 “쟁점법인의 주주와 이사진 전원은 경영권 담보제공에 동의했음을 확인하고, 만약 이행지체 등의 경우로 쟁점법인의 변경등기가 집행되더라도 어떤 이유로도 이의를 제기치 않을 것을 확인합니다.”라고 기재되어 있다.

같은 날 작성된 개인H 작성의 다른 확인서에는 개인H이 쟁점법인 대표이사로서 다른 사내이사들의 위임을 받아 쟁점법인과 개인I간의 금전소비대차계약서, 쟁점법인 사내이사들의 임원사임서, 부속 서류(주총의사록, 이사회의사록 등)를 작성하였다는 취지로 기재되어 있다.

위 금전소비대차계약서와 확인서에는 2021.12.13.자 발급 법인 인감증명서, 2022.3.2.자 발급 개인H 인감증명서, 2022.1.26.자 발급 개인M 인감증명서가 첨부되어 있다.

다) 금전이체내역에 따르면, 2022.1.27. 쟁점법인의 남서울농협 교대역지점 계좌에 200,000,000원 [㈜법인I컴퍼 160,000,000원, 개인I 40,000,000원]이 입금된 것으로 확인된다.

국세청 전산자료에 따르면, ㈜법인I컴퍼니는 2014.7.7. 개업하여 서울 강남구에서 교육컨설팅업을 하는 법인으로 청구인의 둘째 오빠 개인J이 공동대표이사 중 1인이고, 첫째 오빠인 개인I이 지분 50%를 소유하고 있는 것으로 확인된다.

라)2022.3월경 개인I, 청구인, 개인H은 채권양도양수계약서를 체결하였다.

채권양도양수계약서에는 2021.10.15.자 발급된 개인I 인감증명서, 2022.3.24.자 발급된 청구인 인감증명서, 2022.1.24.자 발급된 인감증명서가 첨부되어 있다.

10) 청구인은 오빠 개인I이 2025.9월경 개인H과 개인M를 사기죄로 고소한 고소장을 제출하였다. 그 내용은 피고소인들(개인H, 개인M)이 분식회계를 통하여 쟁점법인의 재무재표를 수익이 나는 것처럼 기재하는 등 자금을 편취할 목적으로 고소인(개인I)을 속여 금전을 차용해 갔다는 내용이다.

라.판단

1) 2022년 제1기 부가가치세 제2차 납세의무자 납부고지에 대한 부분(쟁점1 관련)

심사청구는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내에 제기하여야 한다(「국세기본법」제61조제1항).

위 규정과 앞서 본 사실관계를 종합하여 살펴보면, ①우편물 배달조회에 따르면, 2022년 제1기 부가가치세 제2차 납세의무자 납부고지서는 2025.9.5. 청구인의 주소지로 발송되어 2025.9.8. 청구인 본인에게 배달완료된 것으로 확인되는 점, ②우편법 등 관계규정의 취지에 비추어 볼 때 우편물이 등기우편의 방법으로 발송된 후 반송되지 않는 이상 그 무렵 수취인에게 배달되었다고 보아야 할 것인 점(대법원 1992.12.11.선고 92누13127 판결 참조), ③청구인은 녹취록을 제출하였으나, 녹음파일 원본을 제출 요구에 응하지 않아 통화일시, 통화 당사자, 통화 내용을 확인할 수 없고, 청구인의 고지서 수령 시점 주장(2025.12.24. 팩스로 고지서를 수령)과 상당한 간격이 있어 청구인의 주장을 그대로 신뢰하기 어려운 점, ④청구인은 같은 날 송달된 총 8건의 고지서 중 쟁점고지서 1건만이 누락되었다고 주장하면서도 이를 입증할 수 있는 객관적인 자료는 제시하지 못하고 있는 점 등에 비추어 보건대 쟁점고지서는 다른 고지서와 같이 2025.9.8. 송달된 것이라고 봄이 타당하다고 판단되는바 쟁점고지서에 대한 심사청구는 불복청구기한을 도과하여 부적법한 청구라고 판단된다.

2) 쟁점법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하는 과점주주가 아니라는 청구주장의 당부(쟁점2 관련)

채무자가 채무담보 목적으로 주식을 채권자에게 양도하여 채권자가 주주명부상 주주로 기재된 경우, 그 양수인이 주주로서 주주권을 행사할 수 있고 회사 역시 주주명부상 주주인 양수인의 주주권 행사를 부인할 수 없다(대법원 1992. 5. 26. 선고 92다84 판결, 대법원 2017. 3. 23. 선고 2015다248342 전원합의체 판결 참조).

위 법리와 앞서 본 사실관계를 종합하여 살펴보면, ①청구인은 회사와의 관계에서 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사할 수 있는 과점주주의 지위에 있고, 단순히 양도담보권자라는 이유만으로 과점주주라 아니라고 해석할 수 없는 점, ②청구인은 임원 변경과 관련해 주주총회 및 이사회에서 사내이사, 대표이사 또는 주주로서 그 권한을 행사한 것으로 보이는 점, ③청구인이 직접적인 경영 활동을 하지 않았다 하더라도 과반수 지분권자이자 등기 임원으로서 언제든지 이사 해임청구, 주주총회 소집 등 법률상 권리를 행사하여 법인의 경영에 지배적인 영향력을 행사할 수 있는 지위에 있었던 점, ④법원을 통해 확인한 임원변경 등기 신청 첨부서류 상 청구인이 임원 또는 주주로서 그 권한을 행사한 것으로 기재되어 있는 이사회 회의록, 주주총회 의사록, 청구인의 인감, 인감증명서가 확인되어 청구인이 쟁점법인의 경영과 전혀 무관하다고 보기는 어려운 점, ⑤개인H의 사실확인서는 개인H이 직접 접수한 것으로 보이는 2022사업연도 주식변동상황 명세서 수정신고를 개인A 탓으로 돌리는 등 객관적인 사실과 배치되는 내용이 담겨 있어 그대로 신빙하기 어려운 점 등에 비추어 보면 청구인은 쟁점법인의 경영에 지배적인 영향력을 행사하는 과점주주가 아니라는 청구주장은 받아들이기 어렵다.

5. 결론

이 건 심사청구 중 2022년 제1기 부가가치세에 대한 제2차 납세의무자 납부고지에 대한 부분은 불복청구기간이 경과되어 적법한 청구가 아니며, 나머지 부분은 청구주장을 받아들일 수 없으므로 ｢국세기본법｣ 제65조제1항 제1호및제2호의 규정에 의하여, 주문과 같이 결정한다.