주 문

A세무서장이 2025.8.26. 청구인에게 한 2024년 과세연도 종합소득세 경정청구 거부처분은, 청구인의 사업 개시를 창업으로 인정하여 직전 과세연도 상시근로자 수를 0명으로 보고, 청구인으로부터 4대보험 가입내역 확인서, 사업장 가입자 명부, 소득자별 근로소득 원천징수부, 근로계약서 등 제반 증빙서류를 제출받아 2022년부터 2024년까지 각 과세연도의 실제 상시근로자 수를 산정한 후, 그 결과에 따라 통합고용세액공제 금액을 재계산하여 과세표준 및 세액을 경정한다.

이 유

1. 처분개요

가.청구인은 2024년 과세연도 종합소득세와 관련하여 2025.8.20. 처분청에 창업중소기업 등에 대한 세액감면 118,235,844원과 창업에 따른 통합고용 세액공제 119,412,618원의 경정청구를 하였다.

나.처분청은 2025.8.26. 청구인이 새로운 자산을 취득하지 않고 기존 사업장을 임차하였으므로 '창업'에 해당하지 않으며, 이에 따라 창업중소기업 등에 대한 세액감면은 인정되지 않는다고 보아 기각하였다. 또한 창업 시 직전 과세연도 상시근로자 수를 0명으로 적용하는 통합고용세액공제 특례 역시 적용할 수 없다고 보아 해당 경정청구를 모두 기각하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2025. 9. 25. 기각 처분 중 통합고용세액공제에 대한 기각 처분의 취소를 구하는 이 건 심사청구를 제기하였다.

2. 청구주장

가.청구인은 임대인(상호C 개인B, 이하 “임대인”이라 한다)으로부터 공장 일부(2층)와 시설 장치 일부를 임차(이하 “쟁점사업장”이라 한다)하여 2022년 11월부터 임대인의 종전 사업과 유사한 업종(제조, 자동차, 전자제품 도장업)의 사업을 개시하여 영위하고 있다.

나.유사한 업종의 사업을 영위하는 임대인의 사업장 일부 및 시설 장치를 임차하여 청구인이 신규 사업을 개시한 경우 창업중소기업세액감면을 적용할 수 없다는 처분청의 결정은 수긍할 수 있다.

그러나 통합고용세액공제를 적용할 때 직전 연도 상시근로자 수를 0명이 아닌 종전 사업의 직전 과세연도를 기초로 계산하여야 한다고 적시한 부분은 납득하기 어렵다.

다.청구인은 신규 사업을 개시하면서 임대인의 사업장과 기계장치 일부를 임차한 경우로, 과세관청이 주장하는 「조세특례제한법」 제6조제10항에 해당하는 '합병, 분할, 현물출자 또는 사업의 양수를 통하여 종전의 사업을 승계' 또는 '종전에 사용하던 임대인의 자산을 인수하거나 매입한 것'으로 볼 수 없다.

또한 청구인은 사업장(공장건물)과 기계장치를 임차하였으므로 사업 양수도에 해당하지 않고, 사업 개시 연도인 2022년부터 종업원을 신규 채용하였으므로 기존 사업장의 근로자를 승계한 경우에도 해당하지 않는다.

라.따라서 처분청에서 주장하는 사업의 승계 등에 해당하지 않으므로 「조세특례제한법」 제29조의8 규정에 의거 통합고용세액공제를 받을 수 있다고 판단된다. 당초 종합소득세 계산 시 공제하지 않은 통합고용세액 공제액의 경정청구 기각을 취소하여야 한다.

3. 처분청 의견

가.청구인은 새로운 자산을 취득하지 않고 기존 사업장을 임차한 사업자로서 「조세특례제한법」 제6조제10항제4호에 따른 "새로운 사업을 최초로 개시하는 것으로 보기 곤란한 경우"에 해당하므로 "창업"에 해당하지 않는다. (이 부분은 청구인도 수긍함)

나. 청구 취지 중 통합고용세액공제 시 직전 과세연도 상시근로자 수 0명 적용의 건은 「조세특례제한법 시행령」 제27조의4제7항에 따른 "창업" 기업에 대한 특례의 경우이다. 동항 제1호에 따라 실질적으로 "창업"한 경우에만 0명으로 계산하도록 규정되어 있으므로 청구 주장을 받아들일 수 없다.

다. 관련 해석 사례를 보더라도 사업용 자산을 새로 취득하여 사업을 개시하는 경우에 해당하지 않으면 창업중소기업 세액감면을 적용할 수 없는 것으로 해석된다(국세청 서면-2023-소득-3921 등 참조).

4. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점사업장의 직전 과세연도 상시근로자 수를 0명으로 볼 수 없다는 사유로 통합고용세액공제 경정청구를 거부한 처분은 위법하다는 청구주장의 당부

나. 관련법령

1) 조세특례제한법 제29조의8 (통합고용세액공제) (2025.3.14. 법률 제20778호로 일부개정 되기 전의 것)

① 내국인(소비성서비스업 등 대통령령으로 정하는 업종을 경영하는 내국인은 제외한다. 이하 이 조에서 같다)의 2025년 12월 31일이 속하는 과세연도까지의 기간 중 해당 과세연도의 대통령령으로 정하는 상시근로자(이하 이 조에서 "상시근로자"라 한다)의 수가 직전 과세연도의 상시근로자의 수보다 증가한 경우에는 다음 각 호에 따른 금액을 더한 금액을 해당 과세연도와 해당 과세연도의 종료일부터 1년(중소기업 및 중견기업의 경우에는 2년)이 되는 날이 속하는 과세연도까지의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다.

1.청년 정규직 근로자, 장애인 근로자, 60세 이상인 근로자 또는 경력단절 여성 등 대통령령으로 정하는 상시근로자(이하 이 조에서 "청년등상시근로자"라 한다)의 증가 인원 수(전체 상시근로자의 증가 인원 수를 한도로 한다)에 400만원[중견기업의 경우에는 800만원, 중소기업의 경우에는 1,450만원(중소기업으로서 수도권 밖의 지역에서 증가한 경우에는 1,550만원)]을 곱한 금액

2.청년등상시근로자를 제외한 상시근로자의 증가 인원 수(전체 상시근로자의 증가 인원 수를 한도로 한다) × 0원(중견기업의 경우에는 450만원, 중소기업의 경우에는 다음 각 목에 따른 금액)

가. 수도권 내의 지역에서 증가한 경우: 850만원

나. 수도권 밖의 지역에서 증가한 경우: 950만원

⑧ 제1항부터 제4항까지의 규정을 적용할 때 청년등상시근로자 및 전체 상시근로자 수의 계산 방법과 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

1-1) 조세특례제한법 시행령 제26조의8 (통합고용세액공제) (2025.6.30. 대통령령 제35609호로 일부개정되기 전의 것)

⑥ 법 제29조의8제1항부터 제4항까지의 규정을 적용할 때 상시근로자 수 및 청년등상시근로자 수는 다음 각 호의 구분에 따른 계산식에 따라 계산한 수(100분의 1 미만의 부분은 없는 것으로 한다)로 한다.

1. 상시근로자 수:

2. 청년등상시근로자 수:

⑧ 제6항을 적용할 때 해당 과세연도에 창업 등을 한 내국인의 경우에는 제23조제13항을 준용한다. 이 경우 "상시근로자 수"는 "상시근로자 수 또는 청년등상시근로자 수"로 본다.

1-2) 조세특례제한법 시행령 제23조 (고용창출투자세액공제)

⑬ 제7항 및 제8항을 적용할 때 해당 과세연도에 창업 등을 한 내국인의 경우에는 다음 각 호의 구분에 따른 수를 직전 또는 해당 과세연도의 상시근로자 수로 본다.

1. 창업(법 제6조제10항제1호부터 제3호까지의 규정에 해당하는 경우는 제외한다)한 경우의 직전 과세연도의 상시근로자 수: 0

2. 법 제6조제10항제1호(합병·분할·현물출자 또는 사업의 양수 등을 통하여 종전의 사업을 승계하는 경우는 제외한다)부터 제3호까지의 어느 하나에 해당하는 경우의 직전 과세연도의 상시근로자 수: 종전 사업, 법인전환 전의 사업 또는 폐업 전의 사업의 직전 과세연도 상시근로자 수

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우의 직전 또는 해당 과세연도의 상시근로자 수: 직전 과세연도의 상시근로자 수는 승계시킨 기업의 경우에는 직전 과세연도 상시근로자 수에 승계시킨 상시근로자 수를 뺀 수로 하고, 승계한 기업의 경우에는 직전 과세연도 상시근로자 수에 승계한 상시근로자 수를 더한 수로 하며, 해당 과세연도의 상시근로자 수는 해당 과세연도 개시일에 상시근로자를 승계시키거나 승계한 것으로 보아 계산한 상시근로자 수로 한다.

가. 해당 과세연도에 합병·분할·현물출자 또는 사업의 양수 등에 의하여 종전의 사업부문에서 종사하던 상시근로자를 승계하는 경우

나. 제11조제1항에 따른 특수관계인으로부터 상시근로자를 승계하는 경우

2) 조세특례제한법 제6조 (창업중소기업 등에 대한 세액감면) (2024.12.31. 법률 제20617호로 일부개정되기 전의 것)

① 대통령령으로 정하는 중소기업(이하 “중소기업”이라 한다) 중 2024년 12월 31일 이전에 제3항 각 호에 따른 업종으로 창업한 중소기업(이하 이 조에서 “창업중소기업”이라 한다)과 「중소기업창업 지원법」 제53조제1항에 따라 창업보육센터사업자로 지정받은 내국인(이하 이 조에서 “창업보육센터사업자” 라 한다)에 대해서는 해당 사업에서 최초로 소득이 발생한 과세연도(사업 개시일부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 해당 사업에서 소득이 발생하지 아니하는 경우에는 5년이 되는 날이 속하는 과세연도를 말한다. 이하 제6항에서 같다)와 그 다음 과세연도의 개시일부터 4년 이내에 끝나는 과세연도까지 해당 사업에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세에 다음 각 호의 구분에 따른 비율을 곱한 금액에 상당하는 세액을 감면한다.

1. 창업중소기업의 경우: 다음 각 목의 구분에 따른 비율

가.수도권과밀억제권역 외의 지역에서 창업한 대통령령으로 정하는 청년창업중소기업(이하 “청년창업중소기업”이라 한다)의 경우: 100분의 100

나.수도권과밀억제권역에서 창업한 청년창업중소기업 및 수도권과밀억제권역 외의 지역에서 창업한 창업중소기업의 경우: 100분의 50

2. 창업보육센터사업자의 경우: 100분의 50

⑩ 제1항부터 제9항까지의 규정을 적용할 때 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우는 창업으로 보지 아니한다.<개정 2017. 12. 19., 2018. 5. 29.>

1.합병ㆍ분할ㆍ현물출자 또는 사업의 양수를 통하여 종전의 사업을 승계하거나 종전의 사업에 사용되던 자산을 인수 또는 매입하여 같은 종류의 사업을 하는 경우. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우는 제외한다.

가.종전의 사업에 사용되던 자산을 인수하거나 매입하여 같은 종류의 사업을 하는 경우 그 자산가액의 합계가 사업 개시 당시 토지ㆍ건물 및 기계장치 등 대통령령으로 정하는 사업용자산의 총가액에서 차지하는 비율이 100분의 50 미만으로서 대통령령으로 정하는 비율 이하인 경우

나.사업의 일부를 분리하여 해당 기업의 임직원이 사업을 개시하는 경우로서 대통령령으로 정하는 요건에 해당 하는 경우

2.거주자가 하던 사업을 법인으로 전환하여 새로운 법인을 설립하는 경우

3.폐업 후 사업을 다시 개시하여 폐업 전의 사업과 같은 종류의 사업을 하는 경우

4.사업을 확장하거나 다른 업종을 추가하는 경우 등 새로운 사업을 최초로 개시하는 것으로 보기 곤란한 경우

3) 조세특례제한법 시행령 제27조의4(중소기업 사회보험료 세액공제 적용 시 상시근로자의 범위 등)

⑦ 제3항 및 제4항에 따라 청년등 상시근로자 또는 상시근로자 증가인원을 계산할 때 해당 과세연도에 창업 등을 한 기업의 경우에는 다음 각 호의 구분에 따른 수를 직전 또는 해당 과세연도의 청년등 상시근로자 수 또는 상시근로자 수로 본다. <개정 2013. 2. 15., 2014. 2. 21., 2017. 2. 7., 2018. 2. 13., 2019. 2. 12.>

 1. 창업(법 제6조제10항제1호부터 제3호까지의 규정에 해당하는 경우는 제외한다)한 경우의 직전 과세연도의 상시근로자 수: 0

 2. 법 제6조제10항제1호(합병ㆍ분할ㆍ현물출자 또는 사업의 양수 등을 통하여 종전의 사업을 승계하는 경우는 제외한다)부터 제3호까지의 어느 하나에 해당하는 경우의 직전 과세연도의 상시근로자 수: 종전 사업, 법인전환 전의 사업 또는 폐업 전의 사업의 직전 과세연도 청년등 상시근로자 수 또는 상시근로자 수

 3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우의 직전 또는 해당 과세연도의 상시근로자 수: 직전 과세연도의 상시근로자 수는 승계시킨 기업의 경우에는 직전 과세연도 청년등 상시근로자 수 또는 상시근로자 수에 승계시킨 청년등 상시근로자 수 또는 상시근로자 수를 뺀 수로 하고, 승계한 기업의 경우에는 직전 과세연도 청년등 상시근로자 수 또는 상시근로자 수에 승계한 청년등 상시근로자 수 또는 상시근로자 수를 더한 수로 하며, 해당 과세연도의 상시근로자 수는 해당 과세연도 개시일에 상시근로자를 승계시키거나 승계한 것으로 보아 계산한 청년등 상시근로자 수 또는 상시근로자 수로 한다.

   가. 해당 과세연도에 합병ㆍ분할ㆍ현물출자 또는 사업의 양수 등에 의하여 종전의 사업부문에서 종사하던 청년등 상시근로자 또는 상시근로자를 승계하는 경우

   나. 제11조제1항에 따른 특수관계인으로부터 청년등 상시근로자 또는 상시근로자를 승계하는 경우

다. 사실관계

1)국세청 전산자료를 통해 확인되는 청구인과 임대인의 사업자 기본사항과 개인별총사업내역은 다음과 같다.

*청구인의 개인별총사업내역 확인해 본바, 청구인의 사업내역은 위 사업만 확인된다.

2)청구인은 임대인으로부터 C의 사업장 일부(2라인 도장 설비 및 2라인 공간 전체)를 임차한 것으로 확인된다.

3)청구인은 쟁점사업장의 현황 사진을 제출하였다(붙임 1-1 내지 1-7).

4)근로소득지급명세서를 통해 쟁점사업장과 임대인의 종업원 현황을 비교한 결과 임대인으로부터 승계한 종업원은 없는 것으로 파악된다.

5)국세청 전산자료를 통해 확인되는 청구인의 쟁점사업장 사업소득 명세와 주요 매출처 및 주요 매입처 현황은 다음과 같다.

청구인의 성실신고확인서의 성실신고확인 결과 주요항목 명세서의 주요 매출처(전체 매출액 대비 5%이상의 금액의 매출처 중 상위5개) 및 주요 매입처(전체 매입액 대비 5%이상 금액의 매입처 중 상위5개) 현황은 다음과 같다.

임대인의 2022년 내지 2024년 종합소득세 신고시 첨부된 성실신고확인서의 성실신고확인 결과 주요항목 명세서의 주요 매출처, 주요 매입처와 일치하는 거래처는 없는 것으로 확인된다.

6)청구인이 경정청구 시 제출한 통합고용세액공제 계산 내역을 정리하면 다음과 같다. 쟁점사업장은 수도권 밖 중소기업에 해당하므로 1인당 세액공제액은 청년 등은 1,550만원, 청년 등 외는 950만원이 적용된다.

*2024사업연도에 청년 등 종업원은 0.84명(1.91명→2.75명) 증가하였으나, 세법상 전체 상시근로자 총 증가인원(0.17명)만 공제대상인원으로 산정

한편, 처분청은 직전 과세연도 상시근로자 수에 대한 청구인 주장이 타당한 것을 전제하더라도, 국세청 전산자료를 이용하여 청구인 상시근로자 수를 산정한 결과 2022년 0.83명(청년 외 0.83명), 2023년 6.91명(청년 1.91명, 청년 외 5명), 2024년 △0.75명(청년 0.09명, 청년 외 △0.84명)으로 청구인 주장과 상이하다는 입장이다.

7)처분청이 2025.8.28. 청구인에게 경정청구 처리 결과 통지 시 기재한 거부 사유는 다음과 같다.

라. 판단

「조세특례제한법 시행령」제23조제13항은 직전 과세연도 상시근로자수를 0명으로 보는 사유를 「조세특례제한법」제6조제10항 제1호 내지 제3호에 따라 합병, 분할, 사업양수, 법인전환으로 규정하고 있다.

위 규정과 앞서본 사실관계 및 ①청구인은 임대인의 사업장 및 시설장치 일부만을 임차하여 사업자등록을 하고, 독자적인 영업을 한 것으로 확인되는 점, ②청구인은 사업개시 연도인 2022년부터 종업원 전원을 신규로 채용한바 임대인 사업장의 근로자를 승계한 사실이 없는 것으로 확인되는 점, ③｢조세특례제한법 시행령｣ 제23조제13항에서 처분청의 경정거부 사유인 ｢조세특례제한법｣ 제6조제10항제4호는 규정하고 있지 않은 점 등에 비추어 보건대 청구인의 사업 개시는 실질적인 고용 창출에 해당한다고 판단되므로 직전 과세연도 상시근로자 수는 0명이라고 봄이 타당하다 할 것이나, 청구인이 계산한 각 과세연도 상시근로자 수와 처분청이 국세청 전산망을 근거로 계산한 각 과세연도 상시근로자 수가 상이하므로 쟁점사업장의 4대보험 가입내역 확인서, 사업장 가입자명부, 소득자별 근로소득 원천징수부, 근로계약서 등을 근거로 상시근로자 수를 산정한 후 통합고용세액공제를 재계산하여야 할 것으로 판단된다.

5. 결론

이 건 심사청구는 사실관계 확인 등 추가적인 조사가 필요하므로 ｢국세기본법｣ 제65조제1항제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.