주 문

1. 피고가 0000. 00. 00. 원고에 대하여 한 별지1 목록 ‘법인세 경정청구액’란 기재 각 법인세에 대한 경정거부처분 중 각 ‘인용금액’란 기재 금액 부분을 모두 취소한다.

2. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

3. 소송비용 중 1/5은 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다.

청 구 취 지

피고가 0000. 00. 00. 원고에 대하여 한 별지1 목록 ‘법인세 경정청구액’란 기재 각 사

업연도 법인세 합계 0원의 경정거부처분을 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고의 주식회사 E, 주식회사 O에 대한 금전 대여

1) 원고 대표자는 C이고, 주식회사 E(이하 ‘E’라 한다)와 주식회사 O(이하 ‘O’이라 한다)의 대표자는 J이며, C과 J는 형제지간이다(이하 E와 O을 통틀어 ‘특수관계법인들’이라 한다).

2) 원고는 0000. 00. 00.부터 0000. 0. 0.까지 별지2 제1항 표 ‘대여일’란 기재 각 일자에 E에게, 0000. 00. 00.부터 0000. 0. 00.까지 별지2 제2항 표 ‘대여일’란 기재 각 일자에 O에게 각 돈을 빌려주었고, 그중 변제되지 않고 남은 각 대여금 채권은 별지2 제1, 2항 표 기재와 같다(이하 원고의 E 및 O에 대한 각 대여금채권을 통틀어 ‘이 사건 각 대여금 채권’이라 한다).

나. 이 사건 각 대여금에 대한 법인세 신고 및 세무조정

원고는 0000 내지 0000 사업연도 법인세를 신고하면서 이 사건 각 대여금을 업무무관 가지급금으로 보아 그에 대한 지급이자를 손금불산입하고, 인정이자를 익금산입 하였다.

다. 관련 민사소송의 경위

1) E는 0000. 00. 00. 원고를 상대로 E의 원고에 대한 0000. 0. 0.자 0원의 채무(이하 ‘0000. 0. 0.자 채무’라 한다)가 소멸시효 완성으로 소멸하였다고 주장하며 채무부존재확인의 소를 제기하였다. 위 소송에서 E의 청구를 인용하는 판결이 선고되었고, 그 판결이 0000. 00. 00. 확정되었다(서울중앙지방법원 0000가단0000호, 서울중앙지방법원 0000나0000호, 대법원 0000다0000호).

2) O은 0000. 00. 00. 원고를 상대로 O의 원고에 대한 0000. 00. 00.자 0원의 채무(이하 ‘0000. 0. 00.자 채무’라 한다)가 소멸시효 완성으로 소멸하였다고 주장하며 채무부존재확인의 소를 제기하였다. 제1심은 O의 청구를 기각하였으나, 항소심은 O의 항소를 받아들여 그 청구를 인용하였고, 위 판결은 0000. 00. 00. 확정되었다(서울중앙지방법원 0000가단0000호, 서울중앙지방법원 0000나0000호, 이하 원고와 E 사이의 위 판결과 통틀어 ‘관련 판결’이라 한다).

라. 이 사건 경정거부처분

1) 원고는 0000. 00. 00. 피고에게, 관련 판결에 따라 이 사건 각 대여금 채권 중 E에 대한 대여금채권은 0000. 00. 00. 이전에, O에 대한 대여금채권은 0000. 00. 00. 이전에 각 소멸시효 완성으로 소멸한 사실이 확정되었으므로, 소멸시효가 완성된 채권은 인정이자 익금산입 및 지급이자 손금불산입의 대상에서 제외되어야 한다고 주장하면서 0000 내지 0000 사업연도 법인세 과세표준 및 세액의 감액을 구하는 경정청구를 하였다(이하 '이 사건 경정청구'라 한다).

2) 그러나 피고는 이 사건 경정청구가 ‘국세기본법 제45조의2 제2항 제1호에 따른 소송에 의한 판결에 의하여 다른 것으로 확정되었을 때’에 해당하지 않는다고 보아, 0000. 00. 00. 이 사건 경정청구를 각하하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 5호증, 을 제1 내지 12호증(각 가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 관련 법령

별지3 기재와 같다.

3. 이 사건 처분의 위법 여부

가. 원고의 주장 요지

1) 관련 판결에서는 원고와 E, O 사이의 이 사건 각 대여금 채권 중 가장 마지막에 발생한 채권의 소멸시효 완성 여부가 다투어졌는데, 위 채권들에 대하여 소멸시효 완성이 확정됨에 따라 그 이전에 발생한 이 사건 각 대여금 채권 역시 모두 소멸시효 완성으로 소멸하였음이 확정되었다. 따라서 이는 구 국세기본법(2024. 12. 31. 법률 제20611호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제45조의2 제2항 제1호에서 정한 후발적 경정청구 사유인 ‘판결에 의하여 거래 또는 행위 등이 다른 것으로 확정된 경우’에 해당한다.

2) 설령 위와 같은 사정이 후발적 경정청구 사유에 해당하지 않는다고 하더라도, 이 사건 각 대여금 채권은 실체법상 이미 소멸시효 완성으로 소멸하였으므로, 이를 전제로 한 인정이자 익금산입 및 지급이자 손금불산입은 결과적으로 과세표준을 과다하게 산정한 것이다. 따라서 경정청구일 당시 통상적 경정청구기간이 경과하지 아니한 0000 내지 0000 사업연도에 대하여는 통상적 경정청구 사유 역시 인정된다.

나. 후발적 경정청구 사유 해당 여부에 관한 판단

1) 관련 법리

구 국세기본법 제45조의2 제2항 제1호에서 정한 후발적 경정청구 사유 중 '거래 또는 행위 등이 그에 관한 소송에 대한 판결에 의하여 다른 것으로 확정된 때'란, 최초의 신고 등이 이루어진 후 과세표준 및 세액의 계산근거가 된 거래 또는 행위 등에 관한 분쟁이 발생하여 그에 관한 소송에서 판결에 의하여 그 거래 또는 행위 등의 존부나 그 법률효과 등이 다른 내용의 것으로 확정됨으로써 최초의 신고 등이 정당하게 유지될 수 없게 된 경우를 의미한다(대법원 2011. 7. 28. 선고 2009두22379 판결 등 참조).

2) 구체적 판단

가) 위에서 본 사실과 증거, 을 제15 내지 35호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 보면, 관련 판결에서는 0000. 0. 0.자 채무 및 0000. 0. 00.자 채무의 소멸시효 완성 여부가 실제로 다투어졌고, 위 각 채무가 소멸시효 완성으로 소멸하였다는 내용의 판결이 확정되었다. 이에 따라 위 각 채무는 소멸시효 완성 이후 사업연도부터는 인정이자 익금산입 및 지급이자 손금불산입의 계산 대상이 되는 채권으로 볼수 없다. 따라서 관련 판결에 의하여 과세표준 및 세액의 계산근거가 된 법률관계가 당초와 다른 내용으로 확정되었으므로, 이는 구 국세기본법 제45조의2 제2항 제1호에서 정한 후발적 경정청구 사유에 해당한다. 따라서 이 사건 처분 중 이와 다른 전제에선 부분은 위법하다.

나) 한편 원고는, 관련 판결이 이 사건 각 대여금 채권 중 가장 마지막에 발생한 채권에 대하여만 확정되었더라도 그 채권의 소멸시효가 완성된 이상 그 이전에 발생한 채권들 역시 모두 시효가 완성되었음이 명백하므로, 이 사건 각 대여금 채권 전부에 대하여 후발적 경정청구가 허용되어야 한다고 주장한다.

그러나 구 국세기본법 제45조의2 제2항 제1호에서 말하는 ‘판결에 의하여 다른 것으로 확정된 경우’란, 판결의 기판력에 의하여 과세의 기초가 된 거래 또는 행위 등에 관하여 당사자나 법원이 이에 저촉되는 주장이나 판단을 할 수 없게 된 경우를 의미한다고 봄이 타당하다. 그런데 관련 판결의 심판대상은 0000. 0. 0.자 채무 및 0000. 0. 00.자 채무의 존부에 한정되고, 관련 판결 역시 그 이유에서 위 각 채무의 소멸시효 완성 여부만을 판단하였을 뿐이다. 따라서 관련 판결의 기판력은 위 각 채무의 존부에만 미칠 뿐, 이 사건 각 대여금 채권 전체의 소멸시효 완성 여부에까지 미친다고 볼 수는 없다. 결국 나머지 대여금 채권에 관하여는 별도의 소송 및 판단이 가능하므로, 원고의 위 주장은 받아들이지 않는다.

다) 이에 대하여 피고는, 원고가 관련 소송에서 소극적으로 대응하여 패소판결이 확정된 것에 불과하므로, 후발적 경정청구 사유에 해당하지 않는다고 주장한다.

그러나 원고가 이 사건 각 대여금 채권에 관하여 소멸시효 중단을 위한 조치를 취하지 않은 것으로 보이기는 하나, 피고가 주장하는 사정만으로 원고가 소멸시효 중단 사유가 존재함에도 이를 의도적으로 주장·입증하지 않았다거나 특수관계법인들과 사전에 공모하여 소극적으로 소송을 수행하였다고 단정하기는 어렵다. 따라서 피고의위 주장은 받아들이지 않는다.

다. 통상적 경정청구 사유 해당 여부에 관한 판단

1) 이 사건 각 대여금 채권은 원고와 특수관계법인들 사이의 상행위로 인한 채권으로서 5년의 소멸시효가 적용된다. 또한 이행기의 정함이 없는 채권은 채권이 성립한 때부터 소멸시효가 진행되는데, 이 사건 각 대여금 채권에 관하여 이행기를 정하였음을 인정할 자료가 없다. 따라서 이 사건 각 대여금 채권은 각 채권이 성립한 때부터 5년이 경과함에 따라 모두 소멸시효가 완성되었다고 봄이 타당하다. 그렇다면 이 사건 각 대여금 채권은 소멸시효 완성으로 소멸하였고, 각 채권의 소멸시효가 완성된 이후 사업연도부터는 그 채권의 존재를 전제로 한 인정이자 익금산입 및 지급이자 손금불산입을 할 수 없다. 그럼에도 이를 전제로 인정이자를 익금에 산입하고, 지급이자를 손금불산입하여 신고한 이상, 이는 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과하여 신고한 경우로서 구 국세기본법 제45조의 제1항에 의한 통상적 경정청구 사유에 해당한다.

다만 구 국세기본법 제45조의2 제1항에 따르면 통상적 경정청구는 법정신고기한이 지난 후 5년 이내에 할 수 있으므로, 이 사건 경정청구일 당시 위 경정청구기간이 경과하지 아니한 0000 내지 0000 사업연도에 한하여 통상의 경정청구가 허용된다.

2) 이에 대하여 피고는, O이 2016년경 원고에게 0원을 변제한 행위는 이 사건 각 대여금채무 전부에 대한 승인에 해당하므로, 시효이익의 포기 또는 소멸시효 중단의 효과가 발생하였다고 주장한다.

그러나 시효완성 후 소멸시효 중단사유에 해당하는 채무승인 행위가 있었더라도 그것만으로는 채무자가 시효완성의 사실을 알고 그 이익을 포기한 것으로 추정된다고 볼 수 없다(대법원 2025. 7. 24. 선고 2023다240299 전원합의체 판결 참조). 피고가 주장하는 사정들, 즉 원고와 O이 특수관계에 있는 점, O이 이 사건 각 대여금의 변동 내역을 회계장부에 기재하여 온 점 등을 고려하더라도, O이 위 변제행위를 통하여 시효이익을 포기하겠다는 효과의사를 표시하였다고 보기에는 부족하다. 따라서 위 변제행위를 시효이익 포기의 의사표시라고 단정할 수 없으므로, 피고의 위 주장은 받아들이지 않는다.

3) 피고는, 소멸시효의 완성은 당사자의 항변이 있어야 비로소 효력이 발생하므로, 특수관계법인들이 소송 대상이 된 채권 외의 채권들에 대하여 별도로 소멸시효 완성을 주장하였다는 점이 증명되지 않는 이상 통상적 경정청구 사유는 인정될 수 없다고 주장한다.

그러나 소멸시효가 완성되면 채권은 실체법상 당연히 소멸하고(민법 제167조), 소멸시효 항변에 관한 주장이 있어야 법원이 이를 판단할 수 있다는 것은 변론주의에 따른 소송법상의 원칙에 불과하다(대법원 2017. 3. 22. 선고 2016다258124 판결 참조). 따라서 실체법상 이미 소멸시효가 완성된 채권은 소송에서 실제로 시효항변이 이루어졌는지 여부와 관계없이 소멸한다고 보아야 한다. 따라서 피고의 위 주장도 받아들이지 않는다.

라. 취소의 범위

앞서 본 바와 같이, 후발적 경정청구와 관련하여 관련 판결에 의하여 0000. 0. 0.자 채무 및 0000. 0. 00.자 채무가 소멸시효 완성으로 소멸하였으므로, 0000 내지 0000년 사업연도에 대하여는 위 각 채무를 인정이자 익금산입 및 지급이자 손금불산입 계산 대상에서 제외하여야 한다. 또한, 통상적 경정청구와 관련하여 이 사건 각 대여금 채권 전부가 소멸시효 완성으로 소멸하였으므로, 0000 내지 0000년 사업연도에 대하여는 이 사건 각 대여금 채권 전부를 위 계산 대상에서 제외하여야 한다. 이에 따라 정당세액과 그에 따른 차감고지세액을 계산한 결과는 별지4 세액 계산표 각 기재와 같으므로, 이 사건 처분 중 별지1 목록 각 ‘인용금액’란 기재 금액 부분은 위법하므로 취소되어야 한다(다만, 원고의 법인세 경정청구액이 차감고지세액보다 적은 경우에는 그 경정청구액의 범위 내에서만 취소한다).

4. 결론

그렇다면, 원고의 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있으므로 이를 인용하고 나머지 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.