주 문

  C세무서장이 2025.11.19. 청구인에게 고지한 2021년 과세연도 종합소득세 135,046,283원 부과처분은 취소합니다.

이 유

1. 처분개요

가. 청구인은 2014.6.27. 설립되어 식품 도·소매업 등을 영위하는 주식회사 법인B(이하 “쟁점법인”이라 한다)에 대하여 2018.12.14.부터 사내이사 및 대표자로 등재된 자이다.

나. D세무서장(이하 "조사관서"라 한다)은 쟁점법인이 제출한 2021사업연도 법인세 기한후신고를 결정하는 과정에서, 손익계산서상 기초재고액을 당기매입원가로 차감 처리한 금액 중 실제 존재 여부가 확인되지 않는 자산(이하 “쟁점재고자산”)을 익금산입하고 그 귀속이 불분명한 것으로 보아 등기상 대표자인 청구인에게 상여 처분하였다. 또한 기한후신고 시 자진 상여 처분한 가지급금 인정이자를 합산하여 청구인에 대한 인정상여로 소득금액변동통지하고 관련 과세자료를 통보하였다.

다. 처분청은 통보받은 과세자료에 따라 2025.8.25. 청구인에게 2021년 귀속 종합소득세를 과세예고 통지하였고, 이후 과세전적부심사 불채택 결정에 따라 2025. 11. 19. 2021년 과세연도에 대한 종합소득세 135,046,283원을 결정·고지하였다.

라. 청구인은 이에 불복하여 2026. 2. 3. 이 건 심사청구를 제기하였다.

2. 청구주장

가.인정상여 처분과 실질과세 원칙

「법인세법 시행령」 제106조 제1항 제1호에 따른 대표자 인정상여 처분은, 비록 회사의 대표이사로 법인등기부상에 등재되어 있다고 하더라도 회사를 실질적으로 운영한 사실이 없다면 그 명의상 대표자에게 귀속시킬 수 없다(대법원 2010. 12. 23. 선고 2008두10461 판결 등 참조). 국세기본법 제14조 제1항의 실질과세 원칙에 따라, 소득의 귀속 명의와 실질적인 귀속 주체가 다르다는 점에 관하여 명의자가 상당한 의문을 갖게 할 정도로 입증한다면, 궁극적인 증명책임은 과세관청에 돌아간다. 청구인은 오랜 친분이 있던 개인E의 간곡한 부탁을 거절하지 못해 명의를 대여해 준 자에 불과할 뿐 실질 경영자는 청구외 개인E이므로 이 건 과세처분은 위법하다.

나. 쟁점법인의 실질경영자가 청구외 개인E임을 입증하는 구체적 정황

1) 청구외 개인E과 쟁점법인을 상대로 한 사기 피소 사건의 경찰서 불송치 결정서 및 민사사건 판결문을 살펴보면, 개인E 스스로가 쟁점법인의 경영자라고 진술하였고, 쟁점법인에 대한 자금조달 및 중대한 계약 업무를 개인E이 독단적으로 행사하였다. 특히 고소인이 쟁점법인으로 입금한 자금을 개인E이 개인 채무 변제에 자유롭게 사용하였으며, 쟁점법인 운영에 필수적인 인감도장을 개인E 측 ㈜법인F에서 관리한 점을 볼 때, 청구인은 대표자로서의 권한을 전혀 행사할 수 없었다.

2) 이 사건 부과처분의 귀속시기 무렵인 2000년도부터 청구인은 개인E에게 쟁점법인의 주식과 대표자 명의를 원상회복해달라고 지속적으로 항의했었고 이에 개인E은 거듭 미안하다고 하거나 해결하겠다고 답변하였다.

3) 청구인은 쟁점법인으로부터 어떠한 경제적 이득도 취하지 않았다. 국세청에 신고된 급여는 명의차용에 따른 형식적 이체였을 뿐 즉시 쟁점법인의 실질 업무보조자인 개인G에게 전액 반환되었고, 법인의 주요 자산인 벤츠 차량과 법인카드 역시 개인E이 전적으로 사용하고 연체 대금까지 관리하였다.

4) 쟁점법인의 거액의 대부계약과 유상증자 역시 청구인의 개입이나 자금출처 없이 개인E 측의 주도로 이루어졌다. 대부금은 입금 직후 개인E의 ㈜법인F로 유출되었고, 증자 대금 역시 실질적으로 개인E 측이 납입하였으며, 주주권 확인의 소 판결을 통해서도 청구인은 주식 양수대금을 지급한 사실이 없는 명의상 주주임이 법적으로 확인되었다.

5) 쟁점법인 관할인 조사관서는 이 건 부과 이전부터 이미 개인E을 실질 대표자로 인지하고 있었다. 조사관서는 쟁점법인의 대물변제 사건 조사 시 개인E만을 조사하여 사실확인서를 받고 매입자발행세금계산서를 직권 교부하였으며, 부당행위계산부인 규정을 적용하여 개인E에게 배당 처분을 하기도 하였다. 또한 청구인이 제기한 고충민원에서도 청구인이 경영에 지배적인 영향을 행사하였다고 보기 어렵다는 이유로 제2차납세의무자 지정을 인용(취소)해 주었다.

다. 처분청 과세 논리의 부당성 및 소극행정 지적

1) 처분청은 대표자 인정상여제도는 그 대표자에게 그러한 소득이 발생한 사실에 바탕을 두는 것이 아니라 세법상의 부당행위를 방지하기 위하여 그러한 행위로 인정될 수 있는 일정한 사실에 대하여 그 실질과 관계없이 무조건 대표자에 대한 상여로 간주하도록 하는데 그 취지가 있으므로(대법원 2008. 9. 18. 선고 2006다49789판결 등 다수) 사외 유출된 귀속불분명한 금액은 위 법령에 따라 법인등기부상은 물론 사업자 등록상 대표이사인 청구인에게 상여 처분한 것은 적법하다고 주장한다. 또한 처분청은 법인세법 시행령 제106조 제1항 제1호에서 '귀속이 불분명한 경우에는 대표자(소액주주등이 아닌 주주등인 임원 및 그와 제43조 제8항에 따른 특수관계가 있는 자가 소유하는 주식등을 합하여 해당 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 30 이상을 소유하고 있는 경우의 그 임원이 법인의 경영을 사실상 지배하고 있는 경우에는 그 자를 대표자로 하고, 대표자가 2명 이상인 경우에는 사실상의 대표자로 한다. 이하 이 조에서 같다)에게 귀속된 것으로 본다'라고 규정하고 있는바, 이는 발행주식총수의 30% 이상을 소유하는 등의 경우 그 '임원'을 대표자로 한다는 취지인 바, 개인E은 해당 과세기간 중 쟁점법인의 법인등기부상 '임원'으로 등기되어 있지 아니하므로, 위 규정상 대표자에 해당한다고 볼 수 없다고 주장한다.

그런데, 일반적으로 주주명부에 주주로 등재되어 있는 사람은 그 회사의 주주로 추정되지만, 그 주주권을 부인하는 측이 이를 입증하면 그 추정은 번복되는 것이므로(대법원 2010. 3. 11. 선고 2007다51505 판결 등 참조), 어떤 사람을 주주로 인정하기 위해서는 그 사람이 반드시 주주명부에 등재되어 있어야 하는 것은 아니라 할 것이고, 이러한 법리를 구 법인세법 시행령 제106조 제1항 제1호 소정의 소득처분제도에 적용하지 않아야 할 특별한 이유가 있다고 보기도 어려운 점 등에 비추어 보면, 위 규정에서 말하는 "주주"에 해당하기 위해서는 주주명부 등에 주주로 등재되어 있어야만 하는 것으로 해석할 것은 아니고, 타인 명의로 주식을 사실상 소유하는 자도 이에 해당한다고 해석하여야 한다(서울고등법원 2013.01.10.선고 2011누42170 판결). 또한 구 법인세법 시행령은 제43조 제6항에서 '제1항 내지 제5항의 규정에 의한 임원(이하 "임원"이라 한다)은 다음 각 호의 1에 규정하는 직무에 종사하는 자로 한다. 1. 법인의 회장·사장·부사장·이사장·대표이사·전무이사·상무이사 등 이사회의 구성원 전원과 청산인, 2. 합명회사·합자회사 및 유한회사의 업무집행사원 또는 이사, 3. 감사, 4. 기타 제1호 내지 제3호에 준하는 직무에 종사하는 자'라고 규정하여 '임원'에 대한 정의규정도 두고 있는바, 구 법인세법 시행령 제106조 제1항 제1호 단서 소정의 "임원"을 이와 다르게 볼 이유가 없고, 임원에 관한 위 정의규정에서 '기타 제1호 내지 제3호에 준하는 직무에 종사하는 자'도 임원에 포함시키고 있는 점, 구 법인세법 시행령 제106조 제1항 제1호 단서에서 '법인의 경영을 사실상 지배하고 있는 자를 대표자로 한다'는 취지로 규정하고 있는 점 등에 비추어 보면, 법인등기나 정관에 기재된 임원은 아니나 사실상 경영에 참여하여 경영전반의 의사결정과 집행에 적극적으로 참여 하거나 회계와 업무에 관한 감독권을 행사하는 자는 구 법인세법 시행령 제106조 제1 항 제1호 단서 소정의 "임원"에 포함된다(대법원 2011. 7. 28.자 2011두 8802 판결, 대법원 2012. 9. 13.자 2012누11799 판결 등 참조). 따라서, 법인세법시행령 제106조 제1항 1호 단서조항에서 정하는 주주 및 대표자는 형식상 주주나 형식적 대표자를 의미하는 것은 아니다.

2) 처분청은 주주권 확인의 소가 무변론으로 종결되었다는 이유로 그 증명력을 부인하나, 당해 소송은 이 건 부과와 관련된 조사가 이루어졌던 시기에 처분청 담당자가 소송 자료라도 있어야 선처가 이루어질 가능성이 있다고 언급한 점을 고려하여, 개인E로부터 명확한 사실확인을 받기 위한 취지에서 제기되었던 것이다. 해당 소장에 명시된 명의신탁 사실 및 개인E 스스로 실질 경영자임을 자인한 내용은 다른 제반 증거들과 정확히 일치하므로 당해 판결이 무변론 판결이라는 이유만으로 막연히 믿을 수 없다는 것은 부당하다.

3) 처분청은 쟁점법인이 직접 제출한 법인세 기한후신고서를 근거로 청구인이 실질 대표자임을 자인했다고 주장한다. 그러나 당해 기한후신고는 처분청이 직권폐업의 불이익을 언급하며 신고를 독촉함에 따라 이루어진 것이다. 당시 실질 경영자인 개인E은 교도소에 수감 중이라 협조를 받을 수 없었고, 부득이하게 과거 세무대리인에게 도의적으로 부탁하여 진행되었다. 세무대리인 역시 청구인과 상의 없이 개인E 측 직원과 개략적인 내용으로만 신고를 진행하였음이 명백히 확인된다.

4) 처분청은 청구인이 명의 회복을 위해 다투어온 사실, 개인G 및 개인E의 사실확인서, 사법기관의 결정 등 수많은 객관적 입증자료가 있음에도 이를 건건이 부인하며, 위와 같이 개략적인 내용으로만 기한후신고를 진행할 수 밖에 없는 상황이기에 실제로도 개인E 입장에서는 쟁점재고자산이 얼마로 계상하여 신고되었는지 알 수 없었다고 답변할 수 밖에 없었던 정황은 배제하고 이러한 일부 전화통화내역을 근거로 하여 청구인을 실질 대표자로 몰아가고 있다. 이는 세무공무원의 재량권을 넘어 납세자의 권익을 침해하는 전형적인 소극행정이다.

5) 2021년 내지 2023년 귀속 쟁점법인의 손익계산서를 살펴보면 2021년 이후로는 쟁점법인에서 재고자산매입이 전혀 없었으며, 개인E(또는 쟁점법인)과 제3자간의 민사소송사건으로 2023.7.6. 개인E에 의하여 대물변제된 쟁점법인의 쟁점재고자산과 관련하여 이를 인지한 조사관서의 직권으로 2023년에 발행된 매입자발행세금계산서건으로 발생한 매출(약 104백만원)이외에 쟁점법인은 무실적상태였으므로 2021년도 이후 쟁점법인은 현재까지 사실상 휴업 또는 폐업상태였음을 알 수 있으므로 2023.7.6.에 쟁점법인 또는 청구외 개인E의 채무불이행으로 대물변제된 쟁점재고자산은 2021년 당시부터 쟁점법인에 있었던 재고자산으로 보아야 하며, 따라서 2021년도부터 2023년까지도 쟁점법인의 재고자산은 청구외 개인E이 관리하였다고 봄이 타당하다.

6) 소득 등의 귀속 명의와 실질적인 귀속주체가 다르다는 점에 관하여는 과세처분을 받은 명의자가 법관으로 하여금 상당한 의문을 갖게 할 정도로 주장ㆍ증명할 필요가 있으나, 그 결과 소득 등의 실질이 명의자에게 귀속되었는지가 불분명하게 되어 법관이 확신할 수 없게 되었다면, 그로 인한 불이익은 과세요건사실의 존부 및 과세표준에 관하여 궁극적인 증명책임을 지는 과세관청에 돌아간다(대법원 2014. 5. 16. 선고 2011두9935 판결 참조). 따라서, 청구인이 명의상 주주이자 대표자였음에 관한 입증책임은 우선적으로 청구인에게 있다고 볼 수 있기에 청구인은 이 건 부과대상 상여처분의 귀속시기를 전후로 하여 청구인과 개인E이 사실상 명의신탁관계였던 점, 청구인과는 달리 개인E은 쟁점법인의 계약관리, 재고관리, 회계관리 및 자금관리 등 법인의 경영에 실질적으로 영향을 행사했었던 점, 청구인은 쟁점법인으로부터 어떠한 이익을 취하거나 법인자산을 사용 하지 않은 반면 개인E은 법인차량과 법인카드를 전적으로 사용하고 10억원 이상 금액의 법인자금을 유용한 점, 조사관서에서도 개인E을 실질주주로 보아 배당으로 소득처분 및 부당행위계산부인규정에 의한 소득금액 변동통지하였고 개인E을 실질대표자로 보아 매입자발행세금계산서건을 조사하였던 점, 쟁점법인의 2차납세의무자로 지정된 청구인이 조사관서에 고충민원을 제기하여 인용된 점 등을 감안하면 위 판례에서와 같이 청구인을 실질 주주 또는 실질대표자로 보기에는 상당히 의문이 있는 경우로 보아야 하므로 처분청도 청구인을 실질대표자로 보기위한 최소한의 입증노력을 하여야 한다.

라. 결어

청구인이 명의를 빌려주는 것을 가벼이 여겨 이러한 상황을 만든 것은 오로지 청구인의 불찰이다. 그러나 이 건 부과와 관련된 조사가 이루어진 이후 부모님이 거주하고 있는 집과 생계와 관련된 통장이 압류되는 등 1년이 넘도록 고통스러운 시간을 보내고 있으며, 깊은 후회와 반성을 하고 있다. 차후에는 두 번 다시 명의를 함부로 빌려주는 일이 없도록 할 것이다. 부디 실질과세원칙에 어긋나는 이 건 과세를 취소하여, 청구인이 평생을 바쳐왔던 문화사업에 전념할 수 있는 기회를 주시기를 간곡히 요청한다.

3. 처분청 의견

가.인정상여 제도 취지와 증명책임

「법인세법 시행령」 제106조제1항제1호 단서에 따른 대표자 인정상여 제도는, 익금에 산입한 금액 중 사외유출된 것이 분명하나 귀속이 불분명한 경우, 세법상의 부당행위를 방지하기 위하여 그 실질과 관계없이 무조건 대표자에게 상여로 간주하도록 하는 데 그 취지가 있다(대법원 2008. 9. 18. 선고 2006다49789 판결 등 참조). 과세관청은 대표자 상여로 소득처분할 수밖에 없고, 그 귀속이 분명하다는 점에 관한 증명책임은 이를 주장하는 납세의무자에게 있는바, 청구인은 쟁점재고자산의 실제 귀속자를 밝히지 못하였으므로 법인 등기상 대표이사인 청구인에게 한 이 건 상여 처분은 적법하다.

나. 청구인 제시 입증자료에 대한 반박

청구인은 경영권을 행사하지 않은 명의상 대표자에 불과하다고 주장하나, 다음과 같은 이유로 그 주장을 받아들일 수 없다.

1) 청구인은 2018.12.14.부터 약 7년간 쟁점법인의 단독 사내이사 및 대표이사로 등재되어 있었으며, 본인의 의사에 반하여 등재되었다거나 명의대여에 대해 적극적인 민형사상 법적 조치를 취한 사실이 전혀 확인되지 않는다.

2) 청구인이 실질 대표의 증거로 제시한 ‘고소장과 불송치결정서’(붙임1 참조)의 진술 내용은 해당 단편적 차용 사건에 국한된 것이지 이를 확대 해석하여 쟁점법인의 경영 전반에 대한 지배력으로 보기 어렵다. 또한 인감도장을 개인E 측에서 대리 발급이 가능하다는 것이지, 청구인이 이를 발급 및 사용하지 못한다는 취지도 아니므로 대표자 권한 상실의 객관적 증빙이 될 수 없다.

3) 청구인이 제출한 ‘주주권 확인의 소' 판결 역시, 유상증자 시 주식대금 납입증명서나 명의신탁계약서 등 실질적으로 입증할 객관적 자료가 없는 상태에서 피고(청구인)의 '무변론'으로 종결된 사건이므로 판결 내용 자체가 진정한 사실관계에 부합한다고 인정하기 어렵다.

4) 청구인은 개인E이 거액의 대부 계약을 주도하고 자금을 ㈜법인F로 유출했다고 주장하나, 계약 대금을 해당 법인 계좌가 아닌 별개 법인 명의의 계좌로 지급받은 행위는 오히려 정당한 대표자임을 부정하는 강력한 근거이다. 자금을 법인 운영 자금으로 귀속시키지 않고 개인적으로 소비한 점은 '법인의 업무 집행'이 아닌 '개인의 위법 행위(횡령 등)'에 불과하여 해당 자금이 쟁점법인의 수익을 향유한 것으로 볼 수 없다.

5) 청구인은 쟁점법인으로부터 어떠한 대가도 받지 않았다고 하나, 쟁점법인이 제출한 2020년 근로소득 지급명세서에 따르면 청구인에게 급여가 지급된 것으로 명백히 확인된다. 증자 대금 역시 개인E이 아닌 개인G의 계좌에서 이체되어 개인E이 주금을 납입했다고 볼 수도 없다.

다. 타 세목 과세처분의 독립성 및 쟁점재고자산 귀속의 불분명

1) 청구인은 과거 조사관서가 개인E을 실질 대표자로 보아 조사를 진행하여 쟁점법인에 부가가치세를 과세한 사실, 대여금 인정이자를 개인E에게 배당처분 한 사실을 들어 처분청이 개인E을 이미 실질 대표자를 인지했다고 주장한다. 그러나 부가가치세는 사업자가 행하는 개별 거래를 단위를 과세대상으로 하는 세금으로 세무조사 당시 문제가 된 거래 사실 확인을 위해 개인E로부터 사실확인서를 징구한 것이다. 반면, 인정상여는 사업의 지배·관리 관계, 대외적 귀속 관계 및 책임의 외형 등을 종합적으로 고려하여 판단하여야 하는 것으로 과거의 단편적인 조사 사건만으로 개인E을 전체 과세기간의 총괄적 '대표이사'로 인정할 수는 없다. 세목 간 과세요건에 따른 독립적 판단일 뿐 모순된 행정이 아니다.

2) 가장 중요한 과세의 원인이 된 '2021년 기한후신고 및 쟁점재고자산'과 관련하여, 쟁점법인 스스로 기한후신고서를 통해 청구인에게 인정상여 소득처분을 하였으며, 처분청이 진위 확인을 위해 개인E과 유선 통화한 결과, 개인E은 자신이 실제 운영자임은 인정하면서도 "창고 등 관리는 본인이 했으나 당해 쟁점재고자산이 있었다거나 신고된 사실은 전혀 모른다"며 쟁점 재고자산에 대한 관리 책임을 전면 부인하였다.

3) 법인세 기한후신고가 세무대리인을 통해 이루어졌다는 사정만으로 법인의 대표자인 청구인의 책임을 배제할 수 없으며, 개인E의 사실확인서 어디에도 쟁점재고자산의 귀속 책임을 지겠다는 내용은 확인되지 않는다.

라. 결론

결국 청구인은 법인 등기부상 대표이사로서의 추정을 뒤집고, 실질 대표자가 개인E이라는 점과 쟁점 금액의 실질 귀속자가 따로 존재한다는 점을 입증할 만한 결정적이고 절대적인 객관적 증빙(내부 결재서류, 이사회의사록 등)을 제시하지 못하였다. 귀속 불분명 사유로 법인 등기상 대표자인 청구인에게 상여 처분한 이 건 과세예고 통지는 적법하다.

4. 심리 및 판단

가. 쟁점

청구인은 명의상 대표자에 불과하므로, 귀속이 불분명한 사외유출금액 등을 포함하여 청구인에게 상여 처분한 것은 부당하다는 청구주장의 당부

나. 관련법령

1) 법인세법 제67조 【소득처분】

다음 각 호의 법인세 과세표준의 신고ㆍ결정 또는 경정이 있는 때 익금에 산입하거나 손금에 산입하지 아니한 금액은 그 귀속자 등에게 상여(賞與)ㆍ배당ㆍ기타사외유출(其他社外流出)ㆍ사내유보(社內留保) 등 대통령령으로 정하는 바에 따라 처분한다.

1. 제60조에 따른 신고

2. 제66조 또는 제69조에 따른 결정 또는 경정

3. 「국세기본법」제45조에 따른 수정신고

[전문개정 2018.12.24]

1-1) 법인세법 시행령 제106조【소득처분】

①법 제67조에 따라 익금에 산입한 금액은 다음 각 호의 구분에 따라 처분한다. 비영리내국법인과 비영리외국법인에 대해서도 또한 같다.

1. 익금에 산입한 금액(법 제27조의2제2항에 따라 손금에 산입하지 아니한 금액을 포함한다)이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각 목에 따라 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 할 것. 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자(소액주주등이 아닌 주주등인 임원 및 그와 제43조제8항에 따른 특수관계에 있는 자가 소유하는 주식등을 합하여 해당 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 30 이상을 소유하고 있는 경우의 그 임원이 법인의 경영을 사실상 지배하고 있는 경우에는 그 자를 대표자로 하고, 대표자가 2명 이상인 경우에는 사실상의 대표자로 한다. 이하 이 조에서 같다)에게 귀속된 것으로 본다.

가. 귀속자가 주주등(임원 또는 직원인 주주등을 제외한다)인 경우에는 그 귀속자에 대한 배당

나. 귀속자가 임원 또는 직원인 경우에는 그 귀속자에 대한 상여

다. 귀속자가 법인이거나 사업을 영위하는 개인인 경우에는 기타 사외유출. 다만, 그 분여된 이익이 내국법인 또는 외국법인의 국내사업장의 각 사업연도의 소득이나 거주자 또는 「소득세법」제120조에 따른 비거주자의 국내사업장의 사업소득을 구성하는 경우에 한한다.

라. 귀속자가 가목 내지 다목외의 자인 경우에는 그 귀속자에 대한 기타소득

2) 법인세법 제68조【추계에 의한 과세표준 및 세액계산의 특례】 (2023.12.31. 법률 제19930호로 일부개정되기 전의 것)

제66조제3항 단서에 따라 법인세의 과세표준과 세액을 추계하는 경우에는 제13조제1항제1호 및 제57조를 적용하지 아니한다. 다만, 천재지변 등으로 장부나 그 밖의 증명서류가 멸실되어 대통령령으로 정하는 바에 따라 추계하는 경우에는 그러하지 아니하다. <개정 2018.12.24>

(이 면 이하 여백)

다. 사실관계

1) 국세청 전산자료 등에서 확인되는 기본 사실관계

가) 쟁점법인의 기본사항

쟁점법인은 2014. 6. 27. 식품유통을 주종목으로 설립되어 서울 서초구에 본점을 두고 있다.

*대표이사변경:개인E(’78년, 개업일부터 2018.12.23.까지)→청구인(2018.12.24.부터 현재까지)

나)쟁점법인의 주주현황은 다음과 같다.

*①개인E로부터 9,800주 양수, ②80,000주 유상증자, ③2024년 주식 등 변동상황명세서는 2025.6.18.에 접수됨, 2024년 주식 양도에 대한 양도소득세 및 증권거래세는 무신고임

다)쟁점법인의 임원 중 사내이사에 관한 사항을 정리하면 다음과 같다.

쟁점법인의 법인등기부등본상 청구인은 2018. 12. 14. 사내이사로 등재된 후 2025.11.4. 과세전적부심사 결정 직후인 2025.11.12. 사내이사를 개인E로 교체하는 내용의 변경등기를 한 것으로 확인된다.

라)쟁점법인이 사업자등록정정신고(대표자 정정) 당시 제출한 서류는 다음과 같다.

마)쟁점법인이 제출한 근로소득지급명세서는 다음과 같다.

쟁점법인이 청구인을 소득자로 하여 제출한 근로소득지급명세서는 2020년 과세연도에 한차례 제출되었고, 급여 8,836,640원, 인정상여 1,539,053원 총 10,375,693원으로 확인된다.

바)국세청 전상망에서 확인되는 청구인의 근로소득내역은 다음과 같다.

사)국세청 전산망에서 확인되는 청구인의 총사업내역은 다음과 같다.

아)쟁점법인의 2021 사업연도 법인세 기한후 신고(2024. 12. 5.) 내용과 처분청의 법인세 경정내역은 다음과 같다.

처분청은 쟁점법인의 법인세 기한후 신고 검토 결과 손익계산서(표6 참조) 기초재고액을 당기매입원가(-)처리한 403,052,193원 중 확인되지 않은 288,961,285원에 대하여 익금산입하고 상여처분하였다.

자)쟁점법인의 2021∼2023 사업연도 법인세 기한후신고서상 손익계산서는 다음과 같다.

※2023사업연도 국내상품매출:매입자발행 세금계산서로 거래처:㈜법인S, 공급가액: 104,874,200원, 거래일자: 2023.07.06., 주요거래품목: 에어팟프로

차)처분청은 청구인에게 2025.11.19. 2021년 과세연도에 대한 종합소득세를 다음과 같이 결정하고 고지하였다.

*가산세 : 일반무신고가산세 18,265,047원, 납부지연가산세 25,455,997원

2)청구인은 쟁점법인의 명의상 대표자에 불과하며 실질 경영자 및 주주는 개인E이라는 주장을 하며, 다음 자료를 제출하였다.

가)경기부천원미경찰서 불송치 결정서

청구인과 개인E이 2020.12.16.자 금전소비대차계약(200,000,000원) 관련 사기죄로 고소(고소인 : ㈜법인S 대표이사 개인T)당한 사건에서, 경찰은 쟁점법인의 실제 경영을 개인E이 한다는 점, 200,000,000원이 개인E의 개인 채무 변제에 사용된 점을 들어 청구인에게 혐의없음(불송치) 처분한 것으로 확인된다.

나)서울남부지방법원 판결문

㈜법인S는 개인E에게 계약금반환 등을 청구한 사건에서 서울남부지방법원은 개인E이 쟁점법인의 실제 경영자라는 점을 판시 이유 중 인정사실에 기재한 것으로 확인된다.

다)청구인과 개인E, 개인G과의 카카오톡메시지 내역

청구인은 쟁점법인의 실질 대표자는 개인E이라고 주장하며 다음과 같은 카카오톡 메시지 내역을 제출하였다. 해당 자료에 따르면, 청구인이 2020년 12월경 개인E에게, 2021년 4월경 개인G에게 각각 쟁점법인의 주식과 대표자 명의를 원상회복시켜 줄 것과 체납세액을 해결해 줄 것을 요청한 사실이 확인된다.

라)서울중앙지방법원 판결문

원고 개인E이 2024.4.23. 피고 청구인에게 제기한 쟁점법인 89,800주에 대한 주주권 확인의 소로, 청구인이 답변서를 제출하지 않아 무변론 원고 승소 판결(2024.9.11.)하였다. 개인E이 제출한 소장 청구원인에는 개인E이 청구인에게 쟁점법인 주식 89,800주를 명의신탁하였다는 내용이 기재되어 있다.

마)조사관서의 고충민원 처리결과 통지

청구인은 2022.9.27. 조사관서에 의해 쟁점법인의 제2차 납세의무자로 지정되었고, 2025.10.16. 제2차 납세의무 지정 처분을 취소해 달라는 고충민원을 청구하였다. 조사관서 납세자보호위원회는 2025.11.20. 청구인이 법인경영에 지배적인 영향을 행사하였다고 보기 어렵고, 실질 주주 또한 개인E로 보는 것이 타당하다며 청구인의 고충민원을 인용하였다.

바)개인E 작성 사실확인서

청구인은 조사관서가 쟁점법인의 매입자발행세금계산서 관련조사를 진행할 당시, 개인E이 작성하여 제출한 2024.2.19. 자 사실확인서, 청구인에 대한 이 사건 종합소득세 부과처분과 관련하여 개인E이 작성하여 제출한 2025. 10.13. 자 사실확인서를 제출하였다.

2024.2.19.자 사실확인서는 개인E이 쟁점법인의 실제 대표자로서 관련 거래 및 업무를 본인의 책임하에 진행하였음을 명시하고, 2023.7.6. 자 법원 판결에 따라 쟁점법인이 담보 목적으로 인도한 상품(약 1억 1,500만 원 상당)이 대물변제로 확정된 사실을 확인한다는 내용이다.

2025.10.13.자 사실확인서는 쟁점법인은 개인E이 설립하여 운영한 회사로 청구인에게 명의만 빌려달라고 부탁하여 대표자 및 주주로 등재시킨 것일 뿐, 실질적인 모든 회사 운영, 업무, 자금 관리는 개인E 본인이 수행하였으며 청구인은 이에 관여하거나 어떠한 이득도 취한 바 없다는 사실을 확인하는 내용이다.

사)개인G 작성 사실확인서와 유상증자 대금을 송금한 개인G의 금융거래 내역 및 쟁점법인의 금융거래 내역

배현정의 사실확인서에는 쟁점법인의 모든 사업과 업무 및 자금관리를 개인E이 수행하였으며, 청구인은 법인 등기상 대표자로서 개인E의 지시에 따라 서류적인 협조를 하였을 뿐 쟁점법인의 운영에 관여하거나 이득을 취한 적이 없음을 확인하는 내용이 기재되어 있다.

아)개인G과의 카카오톡 대화 및 금융거래내역

청구인은 쟁점법인으로부터 급여 명목으로 지급받은 금액을 개인G의 계좌로 반환하였다고 주장하며 개인G과의 카카오톡 대화 및 금융거래내역을 제출하였다. 청구인의 계좌로 입금된 2020.03.10.∼2020.06.10. 기간의 급여 4건(합계 9,073,110원)은 입금 직후 개인G의 계좌로 전액 이체된 것이 확인된다.

자)청구인은 2020사업연도 쟁점법인의 벤츠 차량 2대에 대한 리스료 등 61,949,920원이 리스 차량의 실사용자가 개인E이고 임직원 전용 자동차보험에 가입할 수 없어 ‘누구나 보험’에 가입하여 전액 손금불산입 하였다고 주장하며, 2020사업연도 법인세 소득금액조정명세서 및 업무용승용차 관련비용 명세서를 제출하였다.

차)청구인은 쟁점법인의 법인카드를 개인E이 실제 사용하였다고 주장하며 개인E, 개인G과의 카카오톡 대화내용을 제출하였다.

(

카)청구인은 쟁점법인 명의로 차입한 거액의 자금을 개인E이 본인의 회사로 유출하여 유용하였음을 주장하며 다음과 같은 자료를 제출하였다. 해당 자료에 따르면 2020.8.18. 쟁점법인이 대부회사로부터 300,000,000원을 차용할 당시 개인E이 3억 6천만 원을 한도로 연대보증을 제공하였고, 해당 차입금이 쟁점법인 계좌에 입금된 직후 당일, ㈜법인F 계좌로 2억 9천만 원이 즉각 이체된 금융거래내역이 확인된다.

타)청구인은 쟁점법인의 단기대여금 계좌과목 잔액명세서와 금융거래내역(붙임 2)을 제출하였다.

파)청구인은 2021∼2023사업연도 법인세 기한후신고가 개인E 측의 주도로 이루어졌음을 주장하며 다음과 같은 자료를 제출하였다.

당시 쟁점법인의 기한후신고를 대리한 세무대리인과 청구인의 대리인 간의 통화 녹취록으로 세무대리인이 쟁점법인의 세무 신고를 청구인이 아닌 ㈜법인F의 직원(개인AB 과장)과 총괄하여 진행하였고, 청구인은 신고 내역을 알지 못할 것이라는 취지로 진술한 사실이 확인된다.

라. 판단

1) 관련 법리

「법인세법」 제67조 및 같은 법 시행령 제106조제1항제1호 단서에 따르면, 익금에 산입한 금액 중 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 처분하되, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자에게 귀속된 것으로 본다고 규정하고 있다.

대법원 판례에 따르면, 과세의 대상이 되는 소득 등의 귀속이 명의일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있다는 점에 대한 증명책임은 이를 주장하는 납세의무자에게 있다(대법원 1987.10.28. 선고 86누635 참조).

한편, 회사의 법인등기부상 대표이사로 등재되어 있는 사람이라도 당해 회사를 실질적으로 운영한 사실이 없다면 그 회사의 귀속 불명 소득을 그에게 귀속시켜 종합소득세를 부과할 수 없으나, 법인등기부상 대표이사로 등재된 사람은 실질적으로 회사를 운영하고 있는 것으로 추정할 수 있으므로 대표이사가 실질적으로 회사를 운영하지 아니하였다는 사실은 이를 주장하는 측에서 증명하여야 한다(대법원 2010.12.23. 선고 2010두18116 참조)

2)청구인은 명의상 대표자에 불과하므로 상여 처분이 부당하다는 청구주장에 대한 판단

가) 위 법리와 앞서 인정한 사실관계 및 아래와 같은 점으로 볼 때, 청구주장은 타당한 것으로 보인다.

(1)경찰서 불송치 결정서(2021.9.27.)에 따르면, 제3자가 사기 혐의로 고소한 사건에서 쟁점법인의 실제 경영은 청구외 개인E이 한다는 진술, 차용금 2억 원을 개인E의 개인 채무 변제에 사용한 점, 쟁점법인 인감도장을 ㈜법인F에서 관리한 점 등을 근거로 청구인에게 혐의없음(불송치) 결정을 내린 점.

(2) 서울중앙지방법원의 '주주권 확인의 소' 판결문에 따르면, 개인E이 쟁점법인의 주식 전부 및 유상증자대금을 실질적으로 불입하였음을 원인으로 제기한 위 소송이 확정되어 청구인이 명의상 주주임이 법적으로 확인되는 점.

(3) 쟁점법인의 유상증자 대금(4억 원) 납입 관련 금융거래내역 상, 청구인 명의로 입금된 증자대금이 당일 청구외 개인G의 계좌에서 출금되어 납입된 것으로 확인되는 점.

(4) 청구인이 2020년 3월부터 6월 사이 쟁점법인으로부터 급여 명목으로 4회 입금받은 총 9,073,110원을 입금 직후 전액 개인G의 계좌로 즉각 반환한 사실이 금융거래내역 및 카카오톡 대화 내용으로 입증되어 실질적인 급여를 수령하였다고 보기 어려운 점.

(5) 청구외 개인E 본인이 자신이 쟁점법인을 설립하고 실질적인 회사 운영과 자금 관리를 다 하였으며, 청구인은 명의만 빌려준 대표자에 불과하다고 진술한 사실확인서(2024.2.19., 2025.10.13.)를 제출한 점.

(6) 세무대리인 녹취록(2025.10.27.)에 따르면, 2021∼2023사업연도 법인세 기한후 신고를 청구인이 아닌 ㈜법인F 직원(개인AB 과장)과 협의하여 총괄 진행하였고, 청구인은 신고 내역을 모를 것이라고 진술한 점.

나) 따라서 처분청이 청구인이 청구법인을 실질적으로 회사를 운영한 것으로 보아 쟁점재고자산 등 귀속이 불분명한 사외유출금액 등을 청구인에게 귀속된 것으로 보아 이 건 종합소득세를 과세한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

5. 결론

 이 건 심사청구는 청구주장이 이유있다고 인정되므로 ｢국세기본법｣ 제65조제1항제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.