주사업장 총괄 납부 사업자의 중고자동차 매입세액 공제특례 공제한도 계산방법

예규·판례

주사업장 총괄 납부 사업자의 중고자동...

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사전답변

사전-2026-법규부가-0408

생산일자 2026.05.29.

AI 요약

요지

중고자동차 매입세액 공제특례 공제한도 산정 시 주사업장 총괄 납부 사업자의 경우 "해당 사업자가 공급한 중고자동차와 관련한 부가가치세 과세표준" 계산은 "중고자동차를 매입한 사업장과 타사업장 반출을 통하여 판매하는 사업장의 중고자동차 공급가액 합계액"으로 하는 것임

회신

사업장이 둘 이상인 자동차매매업자가 ｢부가가치세법｣ 제51조제1항에 따른 주사업장 총괄납부의 적용을 받아 매입한 중고자동차를 판매할 목적으로 자기의 다른 사업장에 반출하는 경우로서,2026년 7월 1일 이후 개시하는 과세기간부터 시행되는 ｢조세특례제한법｣ 제108조제2항제2호의 중고자동차에 대한 부가가치세 매입세액 공제특례 한도 적용시 "해당 과세기간에 해당 사업자가 공급한 중고자동차와 관련한 부가가치세 과세표준" 계산은 "중고자동차를 매입한 사업장과 타사업장 반출을 통하여 판매하는 사업장에서 공급한 중고자동차와 관련한 부가가치세 과세표준의 합계액"로 하여, 중고자동차를 매입한 사업장의 중고자동차에 대한 매입세액 공제특례 한도를 산정하는 것입니다. 이때 "중고자동차와 관련한 부가가치세 과세표준"은 중고자동차 관리비용, 보증서비스 제공 등 부수 매출액을 제외한 중고자동차 공급가액을 의미하는 것입니다.

상세내용

1. 사실관계

○중고자동차 매매업을 영위하는 신청법인은 58개의 사업장을 운영하고 있으며, 중고자동차 상품 매출 외에도 관리비용, 보증서비스 제공 등 부수 매출이 발생하고 있음

- 각 사업장은 중고자동차를 매입한 후 해당 사업장에서 직접 판매하거나, 타 사업장으로 이동시키는 방식으로 운영되고 있으며

-주사업장 총괄납부를 적용하고 있어 중고자동차 매입 기능을 주로 수행하고 있는 사업장에서 매입한 중고자동차를 판매할 목적으로 다른 사업장으로 반출하는 경우 세금계산서를 발급하지 않고 있음

- '25.12.23. 조세특례제한법 개정으로 중고자동차에 대한 부가가치세 매입세액 공제특례특례 공제한도가 신설됨에 따라, 신청법인은 '26년 2기 예정신고부터 동 규정을 적용하여 신고할 예정임

2. 질의요지

○ 주사업장 총괄 납부 적용을 받는 자동차매매업자가 매입한 중고자동차를 자기의 다른 사업장에서 판매하기 위해 반출하는 경우

-타 사업장을 통하여 판매한 금액이 중고자동차 매입세액 공제특례 한도액 계산 시 "해당 사업자가 공급한 중고자동차와 관련한 부가가치세 과세표준"에 해당하는지 여부

-중고자동차와 관련한 부가가치세 과세표준에 관리비용, 보증서비스 제공 등 부수 매출액이 포함되는지 여부

3. 관련 법령

○ 부가가치세법 제11조【용역의 공급】

① 용역의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따른 것으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로 한다.

○ 부가가치세법 제6조 【납세지】

① 사업자의 부가가치세 납세지는 각 사업장의 소재지로 한다.

② 제1항에 따른 사업장은 사업자가 사업을 하기 위하여 거래의 전부 또는 일부를 하는 고정된 장소로 하며, 사업장의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 부가가치세법 제10조 【재화 공급의 특례】

③ 사업장이 둘 이상인 사업자가 자기의 사업과 관련하여 생산 또는 취득한 재화를 판매할 목적으로 자기의 다른 사업장에 반출하는 것은 재화의 공급으로 본다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우는 재화의 공급으로 보지 아니한다.

2. 사업자가 제51조에 따라 주사업장 총괄 납부의 적용을 받는 과세기간에 자기의 다른 사업장에 반출하는 경우. 다만, 제32조에 따른 세금계산서를 발급하고 제48조 또는 제49조에 따라 관할 세무서장에게 신고한 경우는 제외한다.

○ 조세특례제한법(2025.12.23. 법률 제21223호로 개정된 것, 2026.7.1. 시행) 제108조 【재활용폐자원 등에 대한 부가가치세 매입세액 공제특례】

① 재활용폐자원 및 중고자동차를 수집하는 사업자가 세금계산서를 발급할 수 없는 자 등 대통령령으로 정하는 자로부터 재활용폐자원을 2028년 12월 31일까지, 중고자동차를 2028년 12월 31일까지 취득하여 제조 또는 가공하거나 이를 공급하는 경우에는 취득가액에 다음 각 호의 값을 곱하여 계산한 금액을 ｢부가가치세법｣제37조제1항 및 같은 법 제38조에 따라 매출세액에서 매입세액으로 공제할 수 있다.

1. 재활용폐자원: 103분의 3. 다만, 2014년 1월 1일부터 2015년 12월 31일까지 취득하는 경우에는 105분의 5로 한다.

2. 중고자동차: 110분의 10

② 제1항에 따라 재활용폐자원 및 중고자동차를 수집하는 사업자가 재활용폐자원 및 중고자동차에 대한 부가가치세 매입세액 공제특례를 적용받는 경우에는 부가가치세 확정신고를 할 때 다음 각 호의 구분에 따른 금액을 한도로 하여 계산한 매입세액을 매출세액에서 공제할 수 있다. 이 경우 「부가가치세법」제48조에 따른 예정신고 및 같은 법 제59조제2항에 따른 환급신고를 할 때 이미 재활용폐자원 및 중고자동차 매입세액 공제를 받은 경우에는 같은 법 제49조에 따른 확정신고를 할 때 정산하여야 한다. <개정 2025.12.23>

1. 재활용폐자원의 경우: 해당 과세기간에 해당 사업자가 공급한 재활용폐자원과 관련한 부가가치세 과세표준에 100분의 80(2007년 12월 31일까지 취득한 재활용폐자원에 대해서는 100분의 90을 적용한다)을 곱하여 계산한 금액에서 세금계산서를 발급받고 매입한 재활용폐자원 매입가액(해당 사업자의 사업용 고정자산 매입가액은 제외한다)을 뺀 금액

2. 중고자동차의 경우: 해당 과세기간에 해당 사업자가 공급한 중고자동차와 관련한 부가가치세 과세표준에서 세금계산서를 발급받고 매입한 중고자동차 매입가액(해당 사업자의 사업용 고정자산 매입가액은 제외한다)을 뺀 금액

③ 제1항에 따라 공제할 세액 중 제2항제2호에 따른 공제한도를 초과하여 공제받지 못한 부분에 상당하는 금액은 해당 과세기간의 다음 과세기간 개시일부터 1년 이내에 끝나는 각 과세기간에 이월하여 그 이월된 각 과세기간의 매출세액에서 공제한다. <신설 2025.12.23>