1. 처분개요
가. 청구인은 2016.1.14. 매매로 취득한 경기도 김포시 OOO(이하 “종전농지”라 한다)를 2021.3.29. 매매를 원인으로 양도(양도가액 OOO원)한 후, 2021.6.4. 경기도 김포시 OOO(이하 “대토농지”라 한다)를 취득하였고, 2021.5.25.「조세특례제한법」(이하 “조특법”이라 한다) 제70조(농지대토에 대한 양도소득세 감면, 이하 “대토감면”이라 한다) 규정에 따라 양도소득세가 전액 감면되는 것으로 하여 종전농지에 대한 양도소득세 예정신고를 하였다.
나. 처분청은 청구인의 감면신청에 대한 사후검증 과정에서 청구인의 2024년 귀속 총급여액이 OOO원임을 확인하고 청구인이 농지대토의 감면 요건을 충족하지 못한 것으로 보아 2025.8.11. 청구인에게 2021년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정・고지하였다.
다. 청구인은 이에 불복하여 2025.10.25. 심판청구를 제기하였다.
2.청구인 주장 및 처분청 의견
가.청구인 주장
대토감면을 받기 위한 자경기간 8년 요건을 이미 충족하였음에도 자경기간 요건을 충족한 해의 연간 총 소득 기준을 초과하였다는 이유로 대토감면 적용을 배제하는 것은 부당하며, 소득요건 기준은 월별로 계산되어야 한다.
나.처분청 의견
대토농지의 경작을 개시한 후 종전농지 경작기간(5년, 2016～2020년)과 대토농지 경작기간(2년, 2022～2023년)을 합산하여 8년이 지나기 전인 2024년에 청구인의 총 근로소득 합계액이 OOO원으로서 OOO원 이상이므로, 대토농지를 계속하여 경작한 것으로 볼 수 없어 대토농지 감면을 위한 경작기간 요건을 충족하지 못한다.
자경기간 및 소득금액의 계산을 연간이 아닌 월간으로 계산해야 한다는 청구인의 주장은 「소득세법」 제5조 제1항에 따라 과세기간은 1월 1일부터 12월 31일까지를 1년으로 한다고 명시된 규정에 반하므로 타당하지 않다.
3.심리 및 판단
가. 쟁점
농지대토에 대한 양도소득세 감면세액 추징대상에 해당하는지 여부
나.관련 법령 : <별지> 기재
다.사실관계 및 판단
(1) 청구인 및 처분청이 제시한 심리자료 등에 의하면 다음과 같은 사실이 확인된다.
(가) 청구인은 2016.1.14. 취득한 종전농지(답 2,995㎡)를 2021.3.29. 양도하고, 2021.5.25. 양도가액 OOO원, 취득가액 OOO원으로 하여 아래 <표1>과 같이 조특법 제70조에 따른 감면신청을 하였다.
<표1> 종전농지 양도소득세 신고 내용
○○○
(나) 청구인은 2021.6.4. 대토농지(답 3,989㎡)를 OOO원에 취득하였다.
(다) 청구인의 종전농지 경작기간은 2016.1.14.∼2021.3.29.(5년 3개월)이고, 대토농지 매매계약서에는 ‘기존 소유자가 대토농지를 2021.12.31.까지 경작한다’는 내용이 기재되어 있는바, 청구인의 대토농지 경작 개시일은 2022.1.1.이다.
(라) 국세청 전산자료에 따르면, 청구인이 2006년 이후부터 사업자등록을 한 내역은 없고, 청구인의 2024년 귀속 근로소득은 OOO원 이상인 것으로 확인된다.
<표2> 청구인의 근로소득 내역
○○○
(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 자경기간 요건을 충족한 해의 연간 총 소득 기준을 초과하였다는 이유로 대토감면 적용을 배제하는 것은 부당하고, 소득요건 기준은 월별로 계산되어야 한다고 주장하나, 조특법 시행령 제66조 제14항에서 ‘총급여액의 합계액이 OOO원 이상인 과세기간이 있는 경우에는 그 기간을 경작한 기간에서 제외’하도록 규정하고 있고, ‘그 기간’이란 ‘총급여액이 OOO원 이상인 과세기간’ 전체를 지칭하는 것으로 해석함이 타당한 점, 위 조문의 입법취지는 자경농민에 대한 지원취지에 맞도록 소득기준을 신설하여 감면요건을 보완하면서 일정소득 이상의 소득자는 양도소득세 감면을 배제하고자 한 것으로 보이는 점 등에 비추어 어느 한 과세기간의 총 급여액이 OOO원 이상인 경우에는 그 전체 과세기간을 경작한 기간에서 제외하는 것이 기간과세를 원칙으로 하는 소득세법령상 타당하므로(조심 2018전3639, 2018.12.7., 같은 뜻임), 처분청이 조특법 제70조 및 같은 법 시행령 제67조에 따른 자경기간(8년 이상)을 충족하지 아니하였다고 보아 감면을 배제하고 청구인에게 양도소득세를 부과한 당초 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.
4.결론
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
<별지> 관련 법령
(1) 조세특례제한법 제70조(농지대토에 대한 양도소득세 감면) ① 농지 소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자가 대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작한 토지를 경작상의 필요에 의하여 대통령령으로 정하는 경우에 해당하는 농지로 대토(代土)함으로써 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 해당 토지가 주거지역등에 편입되거나 「도시개발법」 또는 그 밖의 법률에 따라 환지처분 전에 농지 외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 경우에는 주거지역 등에 편입되거나, 환지예정지 지정을 받은 날까지 발생한 소득으로서 대통령령으로 정하는 소득에 대해서만 양도소득세를 감면한다.
④ 제1항에 따라 양도소득세의 감면을 적용받은 거주자가 대통령령으로 정하는 사유가 발생하여 제1항에서 정하는 요건을 충족하지 못하는 경우에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 달의 말일부터 2개월 이내에 감면받은 양도소득세를 납부하여야 한다.
(2) 조세특례제한법 시행령(2020.2.11. 대통령령 제30390호로 일부개정된 것)
제66조(자경농지에 대한 양도소득세의 감면) ⑭ 제4항·제6항·제11항 및 제12항에 따른 경작한 기간 중 해당 피상속인(그 배우자를 포함한다. 이하 이 항에서 같다) 또는 거주자 각각에 대하여 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 과세기간이 있는 경우 그 기간은 해당 피상속인 또는 거주자가 경작한 기간에서 제외한다.
1. 「소득세법」 제19조 제2항에 따른 사업소득금액(농업·임업에서 발생하는 소득, 같은 법 제45조 제2항에 따른 부동산임대업에서 발생하는 소득과 같은 법 시행령 제9조에 따른 농가부업소득은 제외하며, 이하 이 항에서 "사업소득금액"이라 한다)과 같은 법 제20조 제2항에 따른 총급여액의 합계액이 3천700만원 이상인 과세기간이 있는 경우. 이 경우 사업소득금액이 음수인 경우에는 해당 금액을 0으로 본다.
2. 「소득세법」 제24조 제1항에 따른 사업소득 총수입금액(농업·임업에서 발생하는 소득, 같은 법 제45조 제2항에 따른 부동산임대업에서 발생하는 소득과 같은 법 시행령 제9조에 따른 농가부업소득은 제외한다)이 같은 법 시행령 제208조 제5항 제2호 각 목의 금액 이상인 과세기간이 있는 경우
제67조(농지대토에 대한 양도소득세 감면요건 등) ③ 법 제70조 제1항에서 “대통령령으로 정하는 경우”란 경작상의 필요에 의하여 대토하는 농지로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.
1. 4년 이상 종전의 농지소재지에 거주하면서 경작한 자가 종전의 농지의 양도일부터 1년(「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」에 따른 협의매수ㆍ수용 및 그 밖의 법률에 따라 수용되는 경우에는 2년) 내에 새로운 농지를 취득(상속ㆍ증여받은 경우는 제외한다. 이하 이 조에서 같다)하여, 그 취득한 날부터 1년(질병의 요양 등 기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유로 경작하지 못하는 경우에는 기획재정부령으로 정하는 기간) 내에 새로운 농지소재지에 거주하면서 경작을 개시한 경우로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우. 다만, 새로운 농지의 경작을 개시한 후 새로운 농지소재지에 거주하면서 계속하여 경작한 기간과 종전의 농지 경작기간을 합산한 기간이 8년 이상인 경우로 한정한다.
가. 새로 취득하는 농지의 면적이 양도하는 농지의 면적의 3분의 2이상일 것
나. 새로 취득하는 농지의 가액이 양도하는 농지의 가액의 2분의 1 이상일 것
2. 4년 이상 종전의 농지소재지에 거주하면서 경작한 자가 새로운 농지의 취득일부터 1년 내에 종전의 농지를 양도한 후 종전의 농지 양도일부터 1년(질병의 요양 등 기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유로 경작하지 못하는 경우에는 기획재정부령으로 정하는 기간) 내에 새로운 농지소재지에 거주하면서 경작을 개시한 경우로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우. 다만, 새로운 농지의 경작을 개시한 후 새로운 농지소재지에 거주하면서 계속하여 경작한 기간과 종전의 농지 경작기간을 합산한 기간이 8년 이상인 경우로 한정한다.
가. 새로 취득하는 농지의 면적이 양도하는 농지의 면적의 3분의 2 이상일 것
나. 새로 취득하는 농지의 가액이 양도하는 농지의 가액의 2분의 1 이상일 것
⑥ 제3항 제1호 및 제2호를 적용할 때 종전의 농지 경작기간과 새로운 농지 경작기간의 계산에 관하여는 제66조 제14항을 준용한다. 이 경우 새로운 농지의 경작기간을 계산할 때 새로운 농지의 경작을 개시한 후 종전의 농지 경작기간과 새로운 농지 경작기간을 합산하여 8년이 지나기 전에 제66조 제14항에 해당하는 기간이 있는 경우에는 새로운 농지를 계속하여 경작하지 아니한 것으로 본다.
⑩ 법 제70조제4항에서 “대통령령으로 정하는 사유”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다. 이 경우 경작기간의 계산 등에 관하여는 제4항 및 제5항을 준용한다.
4. 새로운 농지의 경작을 개시한 후 종전의 농지 경작기간과 새로운 농지 경작기간을 합산하여 8년이 지나기 전에 제66조 제14항에 해당하는 기간이 있는 경우
<부칙> 제1조(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다. (단서 생략)
제12조(자경농지에 대한 양도소득세의 감면에 관한 적용례) 제66조 제14항의 개정규정은 이 영 시행일이 속하는 과세기간분부터 적용한다.
제28조(자경농지에 대한 양도소득세의 감면에 관한 경과조치) 이 영 시행일이 속하는 과세기간 전의 과세기간분에 대해서는 제66조 제14항의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.
(3) 소득세법 제5조(과세기간) ① 소득세의 과세기간은 1월 1일부터 12월 31일까지 1년으로 한다.
② 거주자가 사망한 경우의 과세기간은 1월 1일부터 사망한 날까지로 한다.
③ 거주자가 주소 또는 거소를 국외로 이전(이하 "출국"이라 한다)하여 비거주자가 되는 경우의 과세기간은 1월 1일부터 출국한 날까지로 한다.