주 문

이 건 과세전적부심사청구는 불채택 결정합니다.

이 유

1.과세예고통지 내용

가.청구법인은 1955.5.14. 설립되어 서울특별시 A에 본사를 두고 건설업을 주업종으로 영위하는 법인사업자이다.

나. 청구법인은 2020.8.27.부터 2022.5.11.까지 경기도 남양주시 B 등 16필지(이하 “쟁점토지”라 한다)를 주택신축 목적으로 취득하고, 쟁점토지가 ｢조세특례제한법｣ 제104조의19 제1항(이하 “쟁점 특례조항”이라 한다)의 “취득일부터 5년 이내에 ｢주택법｣에 따른 사업계획의 승인을 받을 토지”에 해당한다고 보아 같은조 제2항에 따라 2022년 과세연도 종합부동산세 합산배제 신고를 하였다.

다. 청구법인은 2024.12.27. 다른 주택건설사업자들(이하 “매수인”이라 한다)에게 쟁점토지를 매각하였고 2025.2.24. 재무구조 악화 등의 사유로 서울회생법원에 회생절차개시를 신청하였다.

라. 국세청 감사관은 2025.10.20.부터 2025.11.7.까지 서울지방국세청 및 산하 세무서에 대한 종합감사를 실시하고 청구법인이 쟁점토지 취득일부터 5년 이내에 ｢주택법｣에 따른 사업계획의 승인을 받지 못하였다는 이유로 통지관서에 ｢조세특례제한법｣ 제104조의19 제3항(이하 “쟁점 추징조항”이라 한다)을 적용하여 종래 감면된 종합부동산세를 추징하도록 지시하였다.

마. 통지관서는 위 감사결과에 따라 2025.11.6. 청구법인에 2022년 내지 2024년 과세연도 종합부동산세 7,982,425,327원을 고지하겠다는 과세예고통지를 하였다.

바. 청구법인은 이에 대하여 2025.12.5. 이 건 과세전적부심사를 청구하였다.

2. 청구법인 주장

가. 명문의 예외규정이 없더라도 ‘정당한 사유’가 있는 경우에는 쟁점 추징조항을 적용할 수 없다.

  1) 쟁점 특례조항은 주택건설사업자가 주택을 건설하기 위해 취득한 토지 중 취득일부터 5년 이내 ｢주택법｣에 따른 사업계획의 승인을 받을 토지는 합산배제 하도록 규정하고 있고, 쟁점 추징조항은 주택건설사업자가 취득한 날부터 5년 이내 사업계획의 승인을 받지 못한 경우 종합부동산세액과 이자상당가산액을 추징한다고 규정하고 있다.

  그런데 쟁점 추징조항은 추징의 예외사유에 대한 별도의 규정을 두고 있지 않기에, 만약 위 조항을 기계적으로 적용한다면, 취득일로부터 5년 내 사업계획 승인을 받지 못한 데에 납세의무자의 귀책 사유가 없는 경우에도 종합부동산세액 등을 추징하게 되는 매우 불합리한 결론에 이르게 된다.

  2) 위와 같은 점을 고려하여 대법원은, 위반자의 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 행정법규 위반에 대하여 제재조치를 가할 수 없다는 확립된 입장을 취하고 있으며(대법원 1976.9.14. 선고 75누255 판결, 대법원 2003.9.2. 선고 2002두5177 판결, 대법원 2014.12.24. 선고 2010두6700 판결 등 참조), 그러한 맥락에서 추징에 관하여 명문의 규정이 없는 경우라도 납세의무자에게 귀책사유가 없는 때는 추징을 할 수 없다는 일관된 판단을 내려왔다(대법원 1994.9.13. 선고 94누4141 판결, 대법원 1995.9.15. 선고 95누6854 판결, 대법원 2000.10.6. 선고 98두922 판결, 대법원 2016.9.8. 선고 2016두37867 판결 등 참조).

  명문의 규정이 없더라도 귀책사유가 없는 납세의무자에 대해서는 추징을 할 수 없다는 대법원의 위와 같은 확고한 입장에 따른다면, 쟁점 추징조항에 대해서도 납세의무자에게 책임을 돌릴 수 없는 정당한 사유가 인정되는 경우에는 예외가 인정되어 종합부동산세를 추징할 수 없어야 한다.

  3) 실제로, 쟁점 추징조항의 예외가 인정될 수 있는지 여부가 문제된 사안에서, 부산고등법원은 사업계획 승인을 받지 못한 원인이 납세의무자에게 책임을 돌릴 수 없는 등 정당한 사유로 인한 것일 때는 감면된 종합부동산세 등을 추징할 수 없다고 판시하였다(부산고등법원 2018.5.18. 선고 2017누23384 판결).

  뿐만 아니라, 최근 과세전적부심사청구 결정례 역시 위 법원의 입장과 같이, 쟁점 추징조항에 ‘정당한 사유’에 관한 명문의 예외규정이 없음에도 불구하고, 추징의 적법여부를 판단함에 있어 ‘정당한 사유’가 존재하는지를 고려한 바 있다(국세청적부 2024-0194, 2025.1.15. 참조).

  4) 앞서 살핀 대법원의 일관된 태도와 하급심 판결, 국세청의 선례에서 확인되는 것처럼, 납세의무자에게 책임을 돌릴 수 없는 정당한 사유가 인정되는 경우에는 쟁점 추징조항에도 예외가 인정되어야 하며, 이는 세법을 적용할 때는 해당 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당하게 침해되지 아니하도록 하여야 한다는 ｢국세기본법｣ 제18조제1항의 기본원칙에도 부합하는 결론이다.

나. 청구법인에게는 ‘정당한 사유’가 존재한다.

  1) 정당한 사유의 존재는 구체적 사정을 고려하여 개별적으로 판단하여야 한다.

   가) 앞서 언급한 부산고등법원 2018.5.18. 선고 2017누23384 판결에서, 법원은 “정당한 사유라 함은 법령에 의한 금지･제한 등 주택건설사업자가 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론 사업계획승인을 받기 위한 정상적인 노력을 다하였음에도 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함하고, 정당한 사유의 유무를 판단함에 있어서는 위와 같은 입법취지를 충분히 고려하면서 토지의 취득목적에 비추어 그 목적사업에 직접 사용하는데 걸리는 준비기간의 장단, 목적사업에 사용할 수 없는 법령･사실상의 장애사유 및 장애정도, 당해 주택건설사업자가 사업계획승인을 받기 위하여 진지한 노력을 다하였는지 여부, 행정관청의 귀책사유가 가미되었는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단함이 상당하다”고 판시하였다(부산고등법원 2018.5.18. 선고 2017누23384 판결 참조).

   나) 이는 개별사안의 구체적 사정을 폭넓게 살펴 납세의무자에게 귀책사유가 없는 경우에까지 부당하게 세금을 추징하는 것은 제한하겠다는 취지로서, 조세법규의 목적과 납세자의 권익을 균형있게 조화시킨 타당한 판단이며, 대법원 역시 이러한 원심의 판단을 수긍하여 그대로 확정하였다.

   다) 이처럼, 쟁점 특례조항에 따른 혜택을 받은 납세의무자가 취득일로부터 5년 내에 사업계획 승인을 받지 못한 경우, 그에 정당한 사유가 있는지는 납세의무자가 승인을 받기 위해 진지한 노력을 다하였는지, 그러한 노력에도 불구하고 통제할 수 없는 내･외부적 장애요인으로 인해 승인을 받지 못한 것인지 등을 중심으로 구체적인 사실관계에 기초하여 판단하여야 한다.

   라) 이 건에서 청구법인은 쟁점토지를 취득한 이후 5년이 경과하기 전에 사업계획 승인을 받지 못한 채 이를 매각하였지만, 그 경위와 배경을 면밀히 살펴보면, 그와 같은 결과에 이르게 된 데에 청구법인에게는 어떠한 귀책사유도 없다는 점이 명백히 드러난다.

  2) 청구법인은 주택건설사업 목적으로 쟁점토지를 취득하였고, 승인을 받기 위해 진지한 노력을 다하였다.

   가) 청구법인은 C시가 추진한 D1구역 도시개발사업에 참여하여 주택을 건설하기 위하여 원래 재정비촉진구역으로 지정되었으나 방치되고 있던 곳의 쟁점토지 14필지를 취득하였다. 쟁점토지가 소재한 D1구역은 2010.8.2. 경기도 고시 제E호로 결정･고시된 재정비촉진계획에 따라 촉진구역으로 지정되었지만, F부지 문제로 인해 실시계획인가가 지연된 끝에 결국 2014.5.15. C시 고시 제G호에 따라 존치관리구역으로 전환되었고, 이후 오랜 기간 방치되어 왔다.

   청구법인은 이처럼 장기간 방치되어 있던 D1구역에서 도시개발사업에 참여하여 주택건설사업을 추진하기로 계획하고, 2020.8.27. 쟁점토지 중 14필지를 우선 취득하였다. 그리고 이후 2021.3. F의 잔여부지를 낙찰받아 2022.4.19. 그 잔금을 납부하였으며, 2022.5.11.에는 쟁점토지의 나머지 부분인 H번지 토지를 추가로 매수하였다.

   나) 이와 같이 쟁점토지의 취득을 완료한 뒤, 청구법인은 주택건설사업의 실행에 필요한 사업계획 승인을 받고자, 이를 위한 실질적인 절차에 착수하였다. 특히, 청구법인은 주택건설사업 추진에 대한 강한 의지를 가지고 관계기관과 활발히 소통하며 사업계획 승인을 목표로 다각적인 노력을 기울여 왔다.

   구체적으로, 청구법인은 ①2023.3.23. C시를 상대로 재정비촉진계획 변경을 제안한 것을 시작으로, ②2023.9.26. C시의 요청에 따라 보완서류 및 조치계획을 제출하였고, ③2023.12.21.에는 재해영향평가 관련 검토자료를 제공하였으며, ④2024.9.11. 변경안에 대한 공청회에 참석하여 관련 입장을 적극 개진하기도 하였다.

  3) 사업계획 승인절차 진행 중에 부득이 쟁점토지를 매각하게 된 것은 청구법인 스스로 통제할 수 없는 요인 때문이었다.

   가) 청구법인이 적시에 사업계획승인을 받지 못한 주된 원인은 행정청의 소극적 태도에서 비롯한 절차 지연에 있다.

     (1) 애당초 쟁점토지에 대한 주택건설 사업계획승인은 오랜 시간이 소요될 사안이 아니었다.

       (가) 쟁점토지가 소재한 D1구역은 2010년에 재정비촉진구역으로 지정되었다가, F 부지 문제 등으로 인해 실시계획인가 신청이 지연되면서 결국 촉진구역에서 해제된 지역이다. 이와 같이 이미 한번 촉진구역으로 지정되었던 지역의 경우, 기존 문제를 해소한 후 다시 사업을 추진하면 1년 내에 촉진구역 재지정이 이루어지는 것이 일반적이다. 그러한 이유에서, 청구법인이 쟁점토지를 취득할 당시만 하더라도, 빠른 시일 내 촉진구역 재지정이 이루어져 사업이 급물살을 탈 것이라는 관측이 지배적이었다.

       (나) 또한, 촉진구역 지정 이후의 단계에 있어서도 특별히 절차 지연을 우려할만한 요인이 없었다. 주택건설사업이 장기간 지체되는 주된 원인은 대체로 주민들과의 갈등, 협의의 난항 등에 있는데, D1구역은 기존 주거지역이 아니었으므로 주민들과 이해관계를 둘러싼 문제가 발생할 여지도 없었기 때문이다.

       (다) 이에, 청구법인은 주택건설사업이 조속히 진행될 것으로 예상하였으며, 그러한 판단은 충분히 합리적인 것이었다. 그리고 이와 같은 합리적인 기대를 바탕으로, 청구법인은 관계기관과 긴밀히 협의하며 사업진행을 위해 다각적인 노력을 기울여 왔다.

     (2) 주택건설사업계획의 진행은 장기간 답보 상태에 머물렀는데, 그 주된 원인은 행정청의 과도한 절차 지연에 있었다.

       (가) C시는 다른 지방자치단체와 달리 각종 심의를 월 1회만 개최하고 있어 통상적인 경우보다 절차진행에 상당한 시간이 추가로 소요되었으며, F 부지 내 지중화공사와 관련하여 유관기관과의 협의가 더디게 진행되면서 절차가 지연된 측면도 있었다.

       (나) 그러나 보다 근본적으로는, 사업에 관한 판단을 내리는 과정에서 행정청이 책임 있는 결단을 회피한 채 소극적･보수적 태도로 일관하여 온 것이 절차를 지연시킨 핵심원인이었다.

       (다) 청구법인이 추진한 주택건설사업은 그 기본적인 법적 성격이 도시개발사업으로 분류되기는 하지만, 쟁점토지가 소재한 D1구역이 재정비촉진지구 내에 위치하고 있는 관계로 재정비촉진사업의 성격도 일부 띄고 있었다. 즉, 청구법인이 추진한 사업에는 도시개발사업과 재정비촉진사업의 요소가 복합적으로 존재하였다. 그리고 이러한 이중적 성격으로 인해, 사업의 세부절차를 진행하는 과정에서 ｢도시개발법｣과 ｢도시재정비 촉진을 위한 특별법｣(이하 “재정비촉진법”이라 한다) 중 어느 법령에 따라 사무를 처리하여야 하는지가 문제되는 상황이 자주 발생하였다. 하지만 그 때마다 C시는 명확히 결론 내리기를 주저하였는데, 이는 내부적으로 사업 담당 주무 부서인 도시계획과(도시개발사업 담당)와 재정비과(재정비촉진사업 담당) 사이의 입장이 줄곧 엇갈렸기 때문이다.

       (라) 심지어 청구법인은 당초 C시와의 협의를 통해 최초 도시개발구역 지정 및 개발계획(안)을 C시의 기반조성과에 제출하여 인허가 절차를 진행하였으나, 이후 C시에서 일방적으로 기반조성과가 아닌 도시재생과로 제안서를 재접수를 해야 한다고 통보함에 따라 청구법인으로서는 불가피하게 양식을 수정한 후 제안서를 다시 작성하여 제출하는 과정에서 약 3~4개월의 시간이 허비되기도 하였다.

       (마) 위와 같이 C시가 불명확한 태도를 취하면서 계속하여 판단을 유보하자, 결국 청구법인이 직접 국토교통부에 관련 문제를 질의하기도 하였지만, 아래와 같이 국토교통부 역시 책임 있는 법령 해석을 회피하여 매번 원론적인 답변만 돌아왔다.

       (바) 한 예로, 사용･수용을 위한 사업인정 협의절차와 관련한 사례를 들 수 있다. ｢공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률｣(이하 “토지보상법”이라 한다) 제20조제1항은 토지의 사용･수용을 위해서는 원칙적으로 국토교통부장관의 사업인정을 받아야 한다고 정하고 있으며, 같은 법 별표는 위의 사업인정이 법률상 의제되는 공익사업의 종류를 열거하고 있는데, 여기에 ｢도시개발법｣에 따른 도시개발사업은 포함되어 있지만 재정비촉진법에 따른 재정비촉진사업은 포함되어 있지 아니하다.

       그런데 청구법인이 추진한 사업은 재정비촉진지구 내에서 이루어진 도시개발사업으로서, 재정비촉진법 제13조제1항제2호에 따라 재정비촉진계획의 결정･고시로 도시개발법에 따른 구역지정 및 개발계획 수립이 승인･결정된 것으로 의제되는 경우에 해당한다.

       이처럼 ｢도시개발법｣에 근거하여 직접 사업이 추진된 것이 아니라, 다른 법률에 의해 도시개발사업 관련 절차가 의제된 경우에도 토지보상법 별표에 따라 사업인정이 의제되는지 여부에 관하여 관계 법령은 명문의 규정을 두고 있지 아니하다. 그런데 토지보상법 제21조제2항은 사업인정이 의제되는 경우 중앙토지수용위원회와의 협의를 거치도록 정하고 있으므로, 청구법인의 사업에 대해 사업인정 의제가 인정되는지 여부에 따라 이후 진행하여야 할 구체적 절차가 달라지게 된다. 따라서 청구법인으로서는 관계 행정기관으로부터 이 문제에 대한 명확한 해석과 판단을 구할 필요가 있었다.

       이러한 이유에서 청구법인은 절차적 불확실성을 해소하기 위해 국토교통부에 관련 내용을 질의하였으나, 국토교통부는 단순히 법령의 내용을 설명하는 원론적 수준의 답변만을 제시하였고, 청구법인이 제기한 구체적 쟁점에 대하여는 어떠한 해석도 내놓지 아니하였다.

       이처럼 관계 행정기관이 구체적 판단을 유보하는 상황에서, 청구법인은 도시개발계획의 수립에 대한 승인･결정이 이미 의제된 이상 중앙토지수용위원회와의 협의 절차를 진행하는 것이 타당하다고 판단하였고, 이에 중앙토지수용위원회에 사업인정 협의를 요청하였다. 그러나 중앙토지수용위원회는 재정비촉진법 제13조 등에 따라 도시개발사업의 구역지정 등이 의제되더라도, 토지보상법에 따른 사업인정까지 당연히 의제되는 것은 아니라며 위 요청을 반려하였다.

       이에, 결국 청구법인은 위와 같은 상황을 다시 국토교통부에 설명하면서, 이러한 경우 토지보상법에 따른 사업인정을 어떤 절차에 따라 받아야 하는지에 관하여 명확한 설명을 요청하였다. 그러나 이와 관련하여서도 국토교통부는 기존의 원론적인 답변만을 반복하였을 뿐이다.

       (사) 뿐만 아니라, 해석상 특별한 논란이 발생하기 어려운 비교적 단순한 사안에 대해서까지 국토교통부가 명확한 답변을 회피하는 경우도 허다하였다.

       예컨대, ｢도시개발법｣ 제11조제5항은 사용･수용 방식으로 도시개발구역 지정을 제안할 수 있는 토지소유자를 ‘도시개발구역 내 국･공유지를 제외한 토지면적의 3분의2 이상을 사용할 수 있는 권원을 가지고, 2분의1 이상을 소유한 자’로 정의하고 있다. 그리고 같은법 시행령 제23조는 위 조항의 ‘대통령령으로 정하는 권원’은 토지사용승낙서 및 토지매매계약서를 의미한다고 규정하고 있다.

       이와 관련하여, 청구법인은 토지소유자가 작성한 동의서 역시 위 규정에서 말하는 권원에 포함되는지를 국토교통부에 질의한 바 있다.

       그런데 통상적인 이해에 비추어 보면 토지사용을 허락한다는 취지가 명시된 동의서는 토지사용승낙서의 범주에 포함된다고 해석함이 지극히 상식적인 것임에도 국토교통부는 질의사항에 대해서는 아무런 답변을 하지 않은 채, 법령의 문언을 그대로 인용하는 수준의 답변만을 제시하였을 뿐이다.

       (아) 이처럼 업무수행의 기준에 대한 정리가 계속 늦어지면서 행정절차가 잇따라 유보되었고, 그로 인해 주택건설사업의 전반적인 진행이 크게 지체되었다.

     (3) 사업진행에 관한 실무기준이 명확히 정립되지 못하였고, 그에 대해 행정기관이 소극적･보수적 태도를 취해왔던 근본적인 이유는 청구법인이 추진한 주택건설사업이 재정비촉진지구 내에서 민간사업자가 사용･수용방식으로 도시개발사업을 진행한 최초의 사례였기 때문이다.

       (가) 기본적으로 재정비촉진구역 내에서 도시개발사업이 이루어지는 것 자체가 매우 이례적인 일이다. 물론 도시개발사업도 재정비촉진지구에서 시행될 수 있는 재정비촉진사업의 한 유형으로 열거되어 있기는 하나(｢도시재정비 촉진을 위한 특별법｣ 제2조제2호나목), 실무상 재정비촉진사업은 ｢도시 및 주거환경정비법｣에 따른 재개발･재건축 사업의 형태로 진행되는 경우가 대부분이다. 재정비촉진사업은 노후･불량 주거지의 광역적 정비를 목적으로 도입된 제도로서, 그 기본적인 설계 구조상 재개발･재건축 방식이 사업수행에 더 용이하기 때문이다. 이는 서울시와 경기도가 발표한 통계를 통해서도 확인되는데, 서울시의 경우 재정비촉진구역 204개 중 도시개발 방식은 3개 구역에 불과하고 경기도의 경우 재정비촉진구역 40개 중 도시개발 방식은 2개 구역에 불과하다.

       (나) 또한 도시개발사업의 시행방식에는 환지방식(토지 조성이 완료되면 이를 기존의 토지소유자에게 다시 배정･교부하는 방식)과 사용･수용 방식(시행자가 사업지구 내 토지를 전부 매입하여 사업을 시행하는 방식)이 있는데, 일반적으로 민간사업자는 사용･수용 방식보다 환지 방식을 선호하는 경향이 있다. 사용･수용 방식은 막대한 보상금을 선투입해야 하고, 보상금 증액소송 등에 따른 장기 지연의 위험을 수반하므로, 재정 여력이 제한적인 민간사업자에게는 상당한 부담으로 작용하기 때문이다. 최근 들어 민간시행자가 사용･수용 방식을 취한 사례가 늘고 있기는 하나, 여전히 전체 건수 대비 그 비중은 3분의 1에도 미치지 못한다.

       (다) 이처럼 재정비촉진지구 내에서 도시개발사업이 시행되는 사례는 매우 이례적이며, 민간사업자가 사용･수용 방식을 택하여 도시개발사업을 추진하는 경우도 흔한 일이 아니다. 그리고 실제로 청구법인이 D1구역에서 추진한 사업은 재정비촉진지구 내에서 민간사업자가 사용･수용 방식으로 도시개발사업을 시행한 최초의 사례로서, 건설 및 개발 행정의 실무상 선례가 전혀 존재하지 않았던 사안이다.

      (라) 상황이 이러하다 보니, C시는 물론 국토교통부 역시 법령의 해석･적용에 있어 책임있는 판단을 내리기보다는 소극적 대응에 머무를 수밖에 없었다. 관련 업무에 대한 경험이나 참고할 만한 선례가 없었을 뿐만 아니라, 법령이 예정한 전형적인 사업 구조에도 해당하지 않았으며, 자신들의 판단이 향후 어떠한 파급효과를 가져올지 또한 가늠하기 어려웠기 때문이다.

     (4) 뿐만 아니라 행정기관들은 도저히 납득할 수 없는 이유를 들며 사업진행을 지연시키는 결과를 야기하였다.

       (가) 특히, 도시개발사업 구역 내 토지소유자 수 및 동의자 수의 산정과 관련하여, C시는 도저히 납득하기 어려운 사유로 이의를 제기한 바 있다.

       (나) 도시개발업무지침 1-6-1은 개발구역 내 토지면적에 대한 동의면적을 산정함에 있어 그 동의대상자는 부동산등기법에 따라 등기부에 등재된 토지소유자 및 지상권자로 한다고 명확히 규정하고 있다. 그럼에도 불구하고 C시는, 특별한 법적 근거도 없이, 지분관계에 있는 자회사나 관계회사의 경우에는 이를 하나의 소유자로 보아야 하는 것 아니냐는 취지의 문제를 제기하면서, 동의 요건 충족에 문제가 없다고 판단한 청구법인에게 이의를 제기하였다. 이에 청구법인은 국토교통부에 관련 질의를 하였고, C시의 해석이 타당하지 않다는 취지의 회신을 받아 이를 C시에 제출하였다.

       (다) 그러자 C시는 또다시 별다른 근거도 없이 존치시설로 분류된 토지의 소유자는 동의대상자에서 제외되어야 한다는 새로운 문제를 제기하였고, 청구법인이 다시 국토교통부의 회신을 받아 C시의 판단이 타당하지 않다는 점을 설명하고 나서야 C시는 비로소 청구법인의 입장을 받아들이게 되었다.

       (라) 이러한 일련의 상황에 비추어 보면, 이례적인 방식으로 추진되는 본건 사업에 대하여 C시가 부담을 가졌으며 그로 인해 절차진행의 지연을 야기하였다고 볼 여지가 충분하다.

     (5) 행정청이 사안의 특수성을 이유로 책임 있는 결단과 절차의 진행을 미루는 사이, 청구법인의 주택건설사업은 사실상 공전상태에 놓이게 되었고, 시간만 무의미하게 흘러갔다.

       (가) 실제로, D1구역에 대한 촉진구역 재지정이 2025.6.17.에야 이루어졌는데, 이는 쟁점토지 취득일로부터 3년 이상 경과한 시점이다. 앞서 말씀드린 것처럼 한번 촉진구역으로 지정되었던 지역은 사업 재추진 시 통상 1년 내에 재지정이 이루어지는바, 이를 고려하면 본건 사업이 통상의 범위를 현저히 벗어나 지연되었다는 점은 분명하다.

       (나) 뿐만 아니라, D1구역의 사업진행상황을 인근 정비구역과 비교해 보면 그 지연의 정도가 더욱 명확히 드러난다. D1구역은 2026.3. 현재까지도 사업시행인가를 받지 못한 상태인 반면, D2･3･4구역은 2025년 초까지 모두 사업시행인가 절차를 마쳤으며, 특히 D2구역은 2024년에 이미 공사를 시작하였다. D2･3･4구역과 같은 조합 방식의 재개발사업은 조합원 간 이해관계 조정 등의 복잡한 내부 절차가 수반되어 구조적으로 일정한 지연 요인을 안고 있다. 그럼에도 불구하고 주거지역이 없어 상대적으로 절차진행이 수월하였어야 할 D1구역이 조합방식으로 추진된 위 인접구역들보다도 진척수준이 크게 뒤쳐져 있다는 점은, 청구법인이 추진한 사업이 비정상적인 수준으로 지연되었음을 명확히 보여주는 것이다.

     (6) 정리하면, 청구법인이 최선의 노력을 다해 주택건설사업을 추진하였음에도 법령의 해석･적용 문제 등과 관련하여 행정청이 책임 있는 판단을 회피하고 소극적 태도로 일관하면서 절차진행이 크게 지연되었고, 현재까지의 D1구역 사업 진행 경과를 살펴보면 그 지연의 정도가 결코 통상적인 수준이 아니었음이 명확히 드러나며, 이 같은 결과의 근본적 배경에는 당해 사업이 행정실무상 전혀 없는 특수한 형태였다는 점에 있다.

   나) 사업계획의 승인이 한없이 미루어지는 상황 속에서, 대내외적 경제여건이 급격히 악화되었고, 결국 청구법인은 쟁점토지를 매각할 수밖에 없는 상황에 이르렀다.

     (1) 관계기관의 소극행정으로 인해 사업계획의 승인이 한없이 미루어지는 상황 속에서, 대내외적 경제여건이 급격히 악화되었고, 특히 건설사들이 그 직격탄을 맞았다.

       (가) 코로나19 팬데믹과 러시아･우크라이나 전쟁의 장기화로 인해 원자재비･인건비가 급등한 반면, 장기화된 경기침체로 인해 공사물량은 급감하면서 건설사들의 수익기반 자체가 크게 흔들렸다. 더 나아가, 금리인상으로 PF시장의 경색이 심화되면서 자금조달이 사실상 마비되었고, 금융기관들은 리스크 관리를 이유로 신규대출을 제한하거나 기존 한도를 축소하여 건설업계 전반이 전례 없는 유동성 압박에 직면하였다.

       (나) 실제로, 직접공사비의 가격변동을 나타내는 건설공사비지수가 코로나 시기에 크게 상승하였고, 이에 대해서는 정부보도자료를 통해서도 확인할 수 있다. 또한 2022년 무렵부터 공사물량이 크게 감소하였다는 점 역시 관련 수치들의 객관적 추이를 통해 명확히 확인되는데, 종합건설업체 전체 수주액은 2022년 248조원에서 2024년 218조원으로, 주택건설 인허가 전체 물량은 2022년 50.6만호에서 2024년 43.5만호로 감소하였다.

       (다) 결국 원가 상승과 건설경기 침체가 겹치면서, 종합건설업체들의 수익성과 재무구조는 해마다 크게 악화되었다. 종합건설업의 평균 영업이익률은 2020년 6.3%에서 2024년 1.5%로 급감하였고, 같은 기간 부채비율은 124.9%에서 154.6%로 상승하였다.

       (라) 그리고 이와 같은 수익성과 재무구조가 현저히 악화된 상황에서 금융기관들이 리스크 관리를 이유로 신규대출을 제한하고 기존한도를 축소하면서, 건설사들은 심각한 자금난에 직면하였고, 결국 수많은 업체들이 폐업과 부도에 이르게 되었다. 종합건설업체 폐업신고 건수는 2020년 211건에서 2024년 516건으로 증가하였고, 부도 건설업체수 또한 2020년 6개 업체에서 2024년 12개 업체로 증가하였다.

     (2) 건설업계 전반이 위기 국면에 접어든 가운데, 청구법인 역시 공사의 진행 및 관리에 큰 어려움을 겪게 되었고, 그로 인해 재정기반이 구조적으로 흔들리기에 이르렀다.

       (가) 여러 복합적인 악재가 누적되면서, 청구법인 역시 공사의 수주 및 진행에 큰 어려움을 겪게 되었고, 그 결과 재정기반이 구조적으로 흔들리기에 이르렀다. 공사물량 감소로 신규계약의 체결 자체가 어려워진 데다가, 원가율 급등으로 수익성까지 저하되었는데, 이러한 상황에서 기존 공사현장에서의 대금회수마저 원활히 이루어지지 않으면서 결국 심각한 자금난에 처하게 되었다.

       (나) 그 경위를 구체적으로 살펴보면, 먼저 건설노조와 화물연대의 파업으로 공사가 수차례 중단되고, 각종 원자재 가격까지 급등하면서, 청구법인이 부담할 공사비가 매년 큰 폭으로 증가하여 왔다. 더욱이 국내 공사물량이 크게 감소함에 따라 청구법인은 신규공사 수주에도 상당한 어려움을 겪었다. 아울러, 청구법인의 건축사업장 시행사와 신탁사가 시공사인 청구법인에게 일방적이고 무리한 연대보증을 요구하였고, 청구법인의 귀책이 아님에도 신탁사와 시행사가 공사기간 연장 등을 거부하여 기한이익 상실사유가 발생하게 됨에 따라 청구법인은 결국 PF채무를 인수하고 추가 담보까지 제공하는 상황이 여러 번 반복되었는데, 이 역시 재무구조를 크게 악화시키는 요인으로 작용하였다. 그리고 무엇보다도, 경기침체의 장기화로 인해 발주처와 건설업계 전반의 지급능력이 현저히 저하되면서, 공사대금 약 2,376억원과 시행사 등에 대한 대여금 약 756억원이 제때 회수되지 못한 채 상당부분 회수불능 상태에 이르렀고, 이는 즉각적으로 청구법인의 자금순환을 마비시켰다. 이와 같은 사정은 청구법인에 대한 회생사건에서 선임된 조사위원이 객관적인 조사를 바탕으로 작성한 조사보고서의 내용에서도 명확히 확인된다.

       (다) 이처럼 사업전반에 걸쳐 경영상의 부담이 누적되면서, 청구법인의 자금사정은 급격히 악화되었고, 결국은 유동성 위기로 이어졌다. 2021년부터 2024년까지의 현금보유액 변동 및 주요 재무지표를 살펴보면, 청구법인의 재무건전성이 해마다 급격히 악화되었음을 확인할 수 있다. 2021년부터 2024년까지 현금 등의 보유액은 매년 평균 40% 가까이 감소하였으며, 재무구조의 붕괴가 가속화된 결과 2024년에는 부채비율이 3,817%에 달하고 유동부채액이 유동자산액을 초과하는 상황에 이르렀다.

       (라) 이러한 재정난은 결코 청구법인의 방만한 경영에서 비롯된 것이 아니다. 청구법인은 2022년부터 매출원가가 매출액을 상회하기 시작하였고, 2024년에는 무려 383억원이 넘는 대손상각비가 발생하여 당기손익에 지대한 영향을 미쳤다. 이는 자재비용 등의 상승과 거래처들의 연쇄적인 도산에 따른 결과로서, 청구법인이 도저히 통제할 수 없는 대외적 변수에 기인한 것이다. 청구법인의 재무구조 악화 역시 이와 마찬가지로 외부요인의 영향으로 초래된 결과이다.

       (마) 당시 청구법인의 어려운 자금사정을 구체적으로 설명드리면, 청구법인 직원들에 대한 급여가 체불되기 시작하였고 이를 해결하고자 다각적으로 노력하였으나 쉽지 않았다. 당시 청구법인의 노동조합에서는 사측의 급여체불 등에 대해 노동청에 진정서를 제출하였고 근로자들은 청구법인 청사 앞 뿐만 아니라 청구법인이 진행하는 공사의 발주처, 신탁사 등에서도 매일 시위를 함에 따라 청구법인의 대외이미지가 악화되어 청구법인 경영진은 어떤 방법으로든 자금을 마련하여 급여를 지급하여야 하는 어려운 상황에 처하였다. 더욱이 청구법인으로서는 4대보험료 납부액도 체납하게 되어 4대보험 완납증명서 발행이 어렵게 되자 대주단에게 대출 만기연장을 위한 4대보험 완납증명서 제출을 유예해줄 것으로 요청한 바 있으며, 4대보험 완납증명서는 비단 대주단 외에도 발주처에게 공사대금을 수령하기 위해 제출할 서류이기도 한데, 4대보험 체납으로 인해 청구법인의 주 수입원 중 하나인 공사대금의 수취가 막혀 결국 청구법인으로서는 자산매각을 통한 유동성 위기해결을 강구할 수밖에 없었다.

       (바) 또한 청구법인은 쟁점토지에 대한 대출금 관련 이자와 수수료 등도 지급할 자금이 없어 채권자들에게 지급유예를 요청하고 나서야 겨우 이자 등 비용을 지급할 수 있었다. 이렇듯 청구법인은 직원들 급여를 지급하기 어려운 상황에서도 D1구역 관련 대출금 이자 유예신청 등을 통해 이자 등 비용을 지급해가며 이 건 사업을 계속 진행하고자 하였으나, 이후 쟁점토지 수탁사에게 쟁점토지에 대한 채권가압류, 채권압류, 부동산소유권이전 등기청구권 가압류, 부동산강제경매 신청 등 여러 제한사항들이 발생해, 대주단에게 해당 사유에 대한 소명서를 제출하는 등 청구법인으로서는 이러한 긴급한 재무적 위기에 직면한 상황을 벗어나기 위하여 자산매각을 대안으로 생각한 것이다.

     (3) 청구법인의 쟁점토지 매각은 이와 같은 재정 위기의 상황에서 불가피하게 이루어진 조치이다.

       (가) 차입금 상환과 인건비 및 각종 이자와 수수료 지급을 위한 자금조차 부족한 상황에서, 기약 없이 정체되고 있던 주택건설사업만을 바라보며 쟁점토지를 계속 보유하는 것은 청구법인에게 더 이상 감내할 수 없는 부담이었다. 특히, 대주들이 쟁점토지의 매각을 통한 대여금 상환을 강하게 압박하였고, 만약 이에 응하지 않을 경우 담보권 실행과 추가 담보 제공 요구 등 중대한 금융상 제재가 예상되는 상황이었기에, 청구법인으로서는 달리 선택할 수 있는 대안이 없었다.

       (나) 물론, 쟁점토지를 계속 보유할 경우 장래에 막대한 이윤을 얻을 수 있다는 사실을 청구법인도 잘 알고 있다. 사업계획 승인을 받아 정상적으로 주택건설사업이 추진될 경우, 청구법인이 상당한 규모의 수익을 확보할 수 있는 구조였음은 객관적으로 분명하다. 시장여건과 기타 사업리스크 등을 감안한 보수적인 전망에 따르더라도, 주택분양 등을 통한 예상매출은 약 8,275억원에 이르고, 제반사업비용을 공제한 뒤에도 약 2,183억원 수준의 순이익이 예상되었다. 비록 행정절차가 다소 지연되기는 하였으나, 사업의 진행 자체를 근본적으로 저해할만한 중대한 장애사유가 존재한 것은 아니었으므로, 청구법인의 입장에서는 조금만 더 기다리면 위와 같은 막대한 이익을 실현할 수 있었다. 진정으로 급박한 사정이 존재하지 않았다면, 청구법인이 이러한 기회를 스스로 포기할 이유가 전혀 없었을 것이다.

       (다) 그럼에도 불구하고, 당장 기본적인 운영비조차 마련할 수 없는 절박한 상황에 내몰린 청구법인으로서는 더 이상 매각을 미룰 수 없었고, 끝내 청구법인은 막대한 수익의 기회를 포기하면서 쟁점토지를 매각하였던 것이다.

       (라) 청구법인이 극심한 자금 압박으로 인하여 불가피하게 쟁점토지를 처분한 것이란 점은 매수인과 합의한 거래가격을 보더라도 분명히 드러난다. 청구법인은 쟁점토지의 취득원가에도 못미치는 가격에 매각하였고, 심지어 쟁점토지의 매수 및 이후의 사업추진을 위해 담보대출을 받아 부담해 온 약 200억원의 이자비용도 전혀 회수할 수 없었다. 앞서 살핀 바와 같이, 청구법인의 노력으로 이미 행정기관과의 협의와 인허가 절차가 상당 부분 진척된 상태였으므로, 당해 기간 발생한 금융비용은 쟁점토지를 인수하여 사업을 마무리하고 장차 그에 따른 수익을 얻게 될 매수인이 부담하는 것이 합리적이며 통상적인 거래관행에도 부합한다. 그럼에도 청구법인은 하루라도 빨리 쟁점토지를 매각하여 유동성을 확보하지 않으면 안되는 절박한 상황에 놓여있었고, 신속한 거래성사를 위해서는 이미 투입된 비용의 전가를 포기한 채 가격을 대폭 낮출 수밖에 없었다. 이렇게까지 이례적으로 낮은 가격에 쟁점토지를 처분하였다는 사실은, 쟁점토지 매각이 통상적인 수익성 판단에 기초한 능동적 의사결정이 아니라 재정위기와 금융 압박의 상황에 따른 사실상 강제된 선택이었음을 명확히 보여준다.

       (마) 또한, 청구법인은 위 매각을 통해 매매대금을 확보하였음에도, 얼마 버티지 못하고 2025.2. 법원에 기업회생을 신청하게 되었는바, 이 역시 매각 당시의 재정이 얼마나 심각한 상태였는지를 잘 보여준다.

       (바) 결국 쟁점토지의 매각은 건설업계 전반의 거시적 경제침체라는 외부영향으로 청구법인의 자금사정이 급격히 악화됨에 따라 불가피하게 이루어진 조치였음이 분명하다.

     (4)그렇다면 쟁점토지의 매각이 외부요인에 따른 불가피한 조치였음이 분명한 이 건에서, 그에 따른 책임을 청구법인에게만 오롯이 묻는 것은 너무나 가혹하다.

       (가) 여러 차례 강조한 것처럼, 행정청의 무책임한 태도로 사업승인 절차가 지연되고 있는 동안, 청구법인은 건설업계의 불황과 거래처의 의무 불이행 등 통제할 수 없는 외부요인으로 인해 유동성 위기에 빠지게 되었고, 그러한 불가피한 사정으로 인해 거액의 이윤을 포기하면서까지 쟁점토지를 매각해야만 했던 것이다.

       (나) 만일 행정청의 절차가 통상적인 속도로 진행되었다면, 청구법인은 이와 같이 극단적인 재정난에 이르기 전에 정상적으로 사업계획승인을 받을 수 있었을 것이다. 또한 이례적인 경제위기가 발생하지 않았다면 설령 행정절차가 다소 지연되었다 하더라도 청구법인으로서는 이를 감내하며 사업계획승인을 기다릴 수 있었을 것이다.

       (다) 결국 청구법인이 취득일로부터 5년 내 사업계획승인을 받지 않고 쟁점토지를 매각한 것은, 행정절차의 지연과 외부 경제여건의 악화라는 외부요인에 따른 불가피한 선택이었으며, 이처럼 스스로 통제할 수 없는 사정에 기인한 결과에 대하여 청구법인에게 그 책임을 물을 수는 없다.

  4) 쟁점토지의 매각 후에도 청구법인은 종전과 같이 사업의 진행을 주도하였고 이는 정당한 사유를 판단함에 있어 반드시 고려되어야 할 사정이다.

   비록 불가피한 사정으로 인해 쟁점토지를 매각하게 되었지만, 청구법인은 사업의 연속성에 문제가 생기지 않도록 끝까지 최선의 노력을 다하였고, 매각 상대방을 물색하는 과정에서도 그와 같은 요소를 중점적으로 고려하였다. 즉, 청구법인은 쟁점토지 취득에 관심을 보인 매수의향자들 중에서도 주택건설사업을 계속 추진할 의사와 역량이 분명한 상대방을 매수인으로 선정하였고, 매수인이 쟁점토지에 관한 주택건설사업을 실제로 성사시킬 것을 매각의 전제로 삼았다.

   더 나아가, 사업의 연속성 유지를 위한 노력의 일환으로, 청구법인은 사업추진에 관한 책임 중 일정 부분은 매각 이후에도 직접 끝까지 이행하고자 하였다. 이에 따라 청구법인은 매수인으로부터 ‘C시가 추진하는 재정비촉진계획 결정･고시 시점까지 관련 인허가 업무를 매도인의 책임 하에 진행한다’는 내용의 확약을 받았고, 이를 매매계약서에 명시하였다.

   그와 같은 규정에 기초하여, 청구법인은 매각 이후에도 종전과 같이 C시를 상대로 적극적인 소통･협의를 이어갔으며, 그러한 노력 끝에 2025.6.17. 쟁점토지에 대한 재정비촉진지구 재정비촉진계획 변경 고시를 받아낼 수 있었다. 그리고 결정 고시 이후 매수인은 2025.6.30. C시로부터 시행사로 지정받았고, 2026년 상반기 내 분양을 목표로 실시계획인가를 준비 중이다.

   이처럼 청구법인은 사업계획승인을 받기 위해 성실하고 진지한 노력을 다해 왔으며, 이러한 사정은 ‘정당한 사유’의 존재를 판단함에 있어 충분히 참작되어야 한다.

  5) 청구법인에게 ‘정당한 사유’가 인정되더라도 ｢조세특례제한법｣ 제104조의9의 입법취지는 전혀 훼손되지 아니한다.

   가) 쟁점 특례조항에 따른 세제혜택은, 주택건설사업자가 주택건설을 위하여 취득한 토지에 종합부동산세를 부과할 경우 그 과세부담이 주택가격으로 전가되어 분양가 상승을 초래할 우려가 있다는 점을 고려하여, 이를 방지할 목적으로 마련된 것이다. 그리고 쟁점 추징조항은 종합부동산세 감면혜택이 다른 목적에 악용되는 것을 방지하고 부수적으로 주택건설사업자가 사업수행을 게을리하지 않도록 하는 데 그 취지가 있다(부산고등법원 2018.5.18. 선고 2017누23384 판결).

   나) 그런데 ①청구법인은 매각 전후를 불문하고 사업추진을 위해 행정기관과 지속적으로 협의하며 최선의 노력을 다하였으므로 사업수행을 게을리하였다고 볼 여지는 전혀 없고, ②재정비촉진지구 재정비촉진계획 변경 결정 고시에 따라 쟁점토지는 최초 취득 당시와 마찬가지로 결국 주택건설사업 목적으로 사용될 예정이기에, 당초 부여된 감면혜택이 주택건설사업과 무관한 다른 목적에 악용될 여지도 없으며, ③쟁점토지를 취득원가에도 못 미치는 저가에 매각한 이상, 주택수요자에게 분양가 상승의 부담이 전가될 가능성도 없다.

   다) 따라서, 앞서 말씀드린 불가피한 사정을 이유로 ‘정당한 사유’가 인정되더라도, 이 건에 있어 ｢조세특례제한법｣ 제104조의9의 입법취지가 훼손될 여지는 전혀 없음이 분명하다.

다.추가적인 거액의 조세부담은 청구법인이 간신히 이어가고 있는 회생노력마저 위축시킬 우려가 있다.

  1) 현재 청구법인은 법원의 회생절차 하에서 회사의 정상화를 위하여 인수･합병을 포함한 구조조정 방안을 모색하고 있으며, 다수의 인수의향자와 접촉을 시행하고 있다. 이러한 상황에서 이 건 과세예고통지의 내용대로 80억원에 가까운 거액의 조세채권이 추가로 확정될 경우, 인수의향자들의 투자판단에 매우 부정적인 영향을 미쳐 정상적인 매각절차 자체가 위축될 우려가 크다.

  2) 더 나아가, 설령 인수가 성사된다 하더라도, 향후 회사를 운영해 나갈 새로운 경영진에게 과도한 재무적 부담이 전가되어 회생계획의 이행 자체가 중대한 차질을 빚게 될 가능성이 높다. 그리고 이는 곧 청구법인의 정상화가 현저히 지연되는 결과로 이어질 수밖에 없다.

라. 감사관 의견에 대한 항변자료

  1) 쟁점토지의 매각이 ｢조세특례제한법｣ 제104조의19의 입법취지에도 더 부합하는 선택이었으므로 청구법인에게 종합부동산세를 추징하는 것은 부당하다.

   가) 만약 청구법인이 유동성 위기 상황에서도 쟁점토지를 매각하지 않고 계속 보유하였다면, 결국은 대주들의 채권회수를 위한 공매절차가 개시되었을 것이다. 그리고 이 경우 쟁점토지의 소유권이 다수에게 분산되었을 가능성이 대단히 높으며, 이는 사업추진을 위한 권리관계의 정리를 현저히 어렵게 만들어 사업지연을 초래하였을 것이 분명하다. 더욱이 사용･수용방식으로 사업을 이어가기 위해서는 새로운 사업자가 각 소유자들로부터 토지를 개별적으로 재취득하여야 하는데, 이 과정에서 협의의 지연이나 과도한 매수가 요구가 발생할 경우 사업비 증가는 불가피하다. 그리고 그 부담은 궁극적으로 주택가격 상승으로 귀결될 수밖에 없다. 따라서 공매에 이르기 전에 청구법인이 쟁점토지를 매수인에게 일괄 처분한 것이, ｢조세특례제한법｣ 제104조의19의 입법목적에도 더욱 부합하는 선택이었음이 명백하다.

   나) 그리고 청구법인은 매수인에게 쟁점토지를 매각한 이후, C시에 공문을 발송하여 이 건 사업진행에 적극 협조하겠다는 의사를 명확히 표시하였으며, 실제로도 청구법인의 지속적인 노력의 결과로 2025.6.17. 쟁점토지가 재정비 촉진지구로 재지정되기도 하였는바, 주택건설사업 수행을 게을리하였다고 볼 여지도 전혀 없다.

   다) 결국 쟁점토지의 매각이 공매로 인한 소유권 분산과 사업지연을 방지하여 주택공급의 연속성을 확보하였고, 나아가 청구법인이 쟁점토지의 매각 이후에도 사업추진을 위하여 지속적으로 협력해 온 점까지 종합적으로 고려하면, 단지 매각 사실 그 자체만을 이유로 청구법인에게 종합부동산세를 추징하는 것은 ｢조세특례제한법｣ 제104조의19의 입법취지에 오히려 배치되는 것임이 분명하다.

   라) 이러한 결론은 앞서 언급한 부산고등법원 2018.5.18. 선고 2017누23384 판결의 내용에 비추어 보아도 마찬가지이다. 해당 사안에서 원고는 주택건설사업자로서 공동주택건설을 목적으로 ○○경제자유구역 ○○지구 내 토지를 분양받아 2007.5.4. 매매계약을 체결하고 2009.8.19. 매매대금을 완납하였다. 해당 개발지구는 집단에너지 공급대상지역으로 지정되어 공동주택의 난방이 지역난방 방식으로 계획되어 있었으나, 집단 에너지 공급사업자로 선정된 ○○공항에너지가 경영난 등으로 공급설비를 확충하지 못하여 공급배관 용량 부족 문제가 발생하였다. 이로 인해 원고가 신청한 주택건설사업계획 승인은 지역난방 공급이 불가능하다는 사유로 거부되었다.

   마) 또한 위 사건 개발지구에서는 제3연륙교 건설지연 등 기반시설 조성이 당초 계획보다 지연되는 등 사업여건이 악화되었다. 이러한 상황에서 원고는 토지취득 이후 매매계약 해제 및 매매대금 반환을 구하는 소송을 제기하기도 하였고, 이후 2014.7.14. 주택건설사업계획 승인을 신청하였으나 집단에너지 공급배관 용량 부족을 이유로 승인을 받지 못하였다.

   바) 위와 같은 사실관계 하에서 법원은 원고가 토지 취득 후 5년 내 사업계획의 승인을 받지 못한 것의 원인이 ①원고의 귀책사유가 아닌 ‘공급배관 용량 부족으로 인한 집단에너지 공급불가’라는 외부적인 사정인 점, ②원고에게 사업수행을 게을리 한 귀책사유가 있다고 볼 수 없고, 오히려 위와 같은 제3연륙교 건설 지연 등 주변 기반시설의 미비는 원고가 이 사건 토지를 주택건설을 위하여 사용할 수 없는 사실상의 장애사유에 해당한다고 볼 수도 있다는 점, ③원고가 위 문제와 관련한 대책마련을 요구하는 등의 조치를 취하지 않았다고 하여 사업계획승인을 받기 위하여 진지한 노력을 다하지 않았다고 볼 수는 없다는 점 등을 들어 원고에게 사업계획의 승인을 받지 못한 데에 정당한 사유가 인정된다고 보아 과세관청의 종합부동산세 부과처분을 취소하는 판결을 내렸다.

   사) 이러한 법원의 판단기준은 이 건에서 청구법인에도 그대로 적용된다. 즉 ①이 건 사업이 지연된 것은 청구법인의 귀책사유가 아니라, 사업의 특수성에 따른 행정청의 과도한 절차지연이라는 사실상의 장애사유 때문임이 명백하고, ②이러한 행정청의 과도한 절차 지연에도 불구하고 청구법인은 국토교통부에 질의를 하는 등 행정청과 적극적으로 소통하고 이 건 사업수행을 게을리 한 바 전혀 없을 뿐만 아니라, ③청구법인이 D1구역 사업에 있어 사업계획승인을 받기 위하여 진지한 노력을 다하지 않았다고 볼 여지가 전혀 없다는 점을 보면 청구법인에게도 ‘정당한 사유’가 인정된다고 보아야 할 것이다.

3. 감사관 의견

가.｢조세특례제한법｣ 제104조의9의 입법취지는 주택공급 촉진과 분양가 상승 억제에 있다.

  1) 통상 주택건설을 위해서는 대규모 주택용지를 사전에 확보해야 하고 사업계획승인에 3년~5년의 장기간이 소요된다. 만일, 주택건설사업자가 취득한 토지에 종합부동산세를 매년 부과할 경우 과세부담이 주택가격으로 전가되어 분양가 상승요인으로 작용할 수 있다.

  2) 이러한 부작용을 최소화하기 위해 ｢조세특례제한법｣에서는 과세표준 합산배제를 통해 종합부동산세를 감면해주되, 그 취득일로부터 사업계획승인에 필요한 상당한 기간이라 볼 수 있는 5년 이내 사업계획승인을 받지 못한 경우에는 당초 감면받은 종합부동산세액과 이자상당 가산액을 추징함으로써 종합부동산세 감면혜택이 다른 목적으로 악용되는 것을 방지하고 부수적으로 주택건설사업자가 사업수행을 게을리하지 않도록 규제하고 있다(대법원 2018.10.12. 선고 2018두47929 판결 등 참조).

나. 조세감면 규정은 법문대로 엄격하게 해석해야 한다.

  1) 대법원은 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 않으며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특례규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에 부합한다고 판시하고 있다(대법원 2003.1.24. 선고 2002두9537 판결 참조).

  2) 쟁점 특례조항은 주택건설업자가 주택을 건설하기 위하여 취득한 토지 중 취득일부터 5년 이내에 ｢주택법｣에 따른 사업계획의 승인을 받을 토지에 대하여는 과세표준 합산배제를 통해 감면해주는 특례규정이고, 이와 같은 특례규정은 조세공평의 원칙상 법문에 따라 엄격하게 해석하는 것이 바람직하다.

  3) 쟁점 추징조항에서는 토지를 취득한 날부터 5년 이내에 사업계획의 승인을 받지 못한 경우 대통령령으로 정하는 바에 따라 당초 감면받은 종합부동산세액과 이자상당가산액을 추징하도록 규정하고 있다.

  4) 사업계획 승인을 받지 못한 ‘정당한 사유’에 대한 별도의 규정을 두지 않고, 주택건설업자가 토지 취득일로부터 5년 이내에 사업계획의 승인을 받지 못한 때에는 종합부동산세 등을 추징하는 것으로 규정하고 있으므로 원칙상 문리해석하되, 판례에서 인용된 불가항력적인 사항에 대해서만 예외적으로 인정함이 타당하다.

  5) 청구법인이 정당한 사유가 있다고 주장하기 위해서는 최소한 주택건설사업의 시행주체로서 쟁점토지를 보유한 상태에서 사업계획 승인을 받기 위하여 관계법령에 따른 인허가 절차를 진행하는 등 정상적인 사업추진 노력을 다하였음이 전제되어야 할 것인데, 청구법인은 쟁점토지 취득 후 2년8개월만에 쟁점토지를 양도함으로써 스스로 주택건설사업 시행주체로서의 지위를 포기한 것이므로 취득일로부터 5년 이내 사업계획승인을 받지 못한 데에 정당한 사유가 있다고 볼 수 없다.

다. 청구법인이 주장하는 사정은 ‘정당한 사유’에 해당하지 아니한다.

  1) 청구법인이 주장하는 행정절차 지연은 대규모 재정비촉진사업에서 통상적으로 수반되는 협의과정에 불과하다.

   가) 쟁점 추징조항에서 취득일부터 5년 이내에 사업계획 승인을 받도록 한 것은 주택건설사업의 특성상 대규모 토지를 사전에 확보해야 하고 사업계획승인에 통상 3년~5년이 걸리는 점을 반영했기 때문이다.

   나) 이에 비해, 청구법인은 쟁점토지를 취득(2022.4.19.)한 후 2년8개월만에 매각(2024.12.27.)하여 사업계획 승인을 받지 못한 원인이 행정기관의 승인지연이라고 볼 수 없다.

   다) 이와 관련하여 청구법인 또한 행정절차가 다소 지연되기는 하였으나, 사업의 진행자체를 근본적으로 저해할만한 중대한 장애사유가 존재한 것은 아니었다고 인정하였다.

   라) 청구법인은 재정비촉진지구 내에서 사용･수용 방식으로 도시개발사업을 시행한 최초의 사례이기 때문에 관련 행정기관의 소극적 대응으로 인해 사업이 지연되었다고 강조하나, 이는 앞서 청구법인 스스로 인정한 내용과 배치되는 진술이며, 청구법인이 행정청의 과도한 절차지연이라고 주장하는 부분은 대규모 개발사업의 인허가 과정에 있어 협의지연 또는 행정청과의 의견 차이로서 통상적으로 발생하는 사업리스크 범위 내에 있는 것으로 판단된다.

  2) 청구법인이 쟁점토지를 매각하게 된 직접적인 이유는 청구법인의 자금난으로, 이는 판례에 의한 ‘정당한 사유’에 해당하지 아니한다.

   가) 청구법인이 제시한 부산고등법원 판결(2017누23384)에 의하면, ‘정당한 사유’라 함은 법령에 의한 금지･제한 등 주택건설사업자가 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론 사업계획승인을 받기 위한 정상적인 노력을 다하였음에도 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함되는 것으로 해석하였다.

   나) 판례의 경우 원고(주택건설사업자)가 사업승인을 받지 못한 원인은 원고 때문이 아닌 집단에너지 공급사업자인 **공항에너지가 경영난 등으로 의무(공급배관 용량 부족)를 이행하지 못한데 기인한 것이어서 원고에게 귀책사유가 없다고 보아 ‘정당한 사유’에 해당한다고 판시하였다.

   다) 청구법인의 경우에는 주택사업계획 승인을 받지 못한 이유가 판례에서 언급된 목적사업에 사용할 수 없는 법령의 장애, 행정관청의 귀책사유, 기타 판례와 같은 외부의 불가항력적인 사유에 해당되지 않고, 사업추진 과정에서 발생한 법인 내부의 자금난이 주요 요인이다.

   라) 이는 원칙적으로 사업주체인 청구법인이 감수해야 할 내부적인 사정이나 경영판단의 잘못에 불과한 것으로, 청구법인이 쟁점토지를 매각한 것은 사업계획을 승인받기 위한 노력이 물리적으로 불가능해서가 아니라, 유동성 확보라는 경영상의 이익을 위하여 스스로 토지보유를 포기한 것이므로, 이는 청구법인이 통제할 수 없는 내외부적인 장애요인으로 인한 것이 아니어서 청구법인에게 책임을 돌릴 수 없는 불가피한 사유로 볼 수 없다.

   마) 만일, 개별법인의 자금난도 ‘정당한 사유’에 해당한다면, 동일한 외부 경제환경에 불구하고 유동성 공급이 원활한 기업은 종합부동산세를 납부하고, 자금난이 발생한 기업은 종합부동산세를 감면받게 되어 조세공평의 원칙이 훼손되며, 경제위기 시 사업승인계획을 받지 못한 기업에게는 종합부동산세를 부과할 수 없는 결과가 초래될 것이다.

   바) 그리고 청구법인이 근거로 제시한 부산고등법원 2018.5.18. 선고 2017누23384 판결에서는 원고가 취득한 토지에 관하여 취득일로부터 5년 이후에라도 사업계획승인을 받았으며, 지연사유가 ‘공급배관 용량 부족으로 인한 집단에너지 공급불가’라는 외부적인 사정 때문인 것이 명확한 사례로서, 자금난이라는 기업내부 문제로 쟁점토지를 매각한 이 건에 원용하기 어렵다.

   사) 또한, 청구법인이 대주의 압박으로 쟁점토지를 매각한 것은 청구법인과 대주 간 사적계약 관계에 따른 결과일 뿐이며, 이는 종합부동산세 부과를 취소할만한 정당한 사유로 보기 어렵다.

  3) 종합부동산세는 보유세로서 보유 당시의 납세의무자를 기준으로 납세의무를 판단할 뿐 매각 후 인허가 업무 이행, 매각에 따른 손실 여부 등은 납세의무 판단에 영향을 미치지 아니한다.

   가) 청구법인은 쟁점토지의 매각 후에도, 사업계획 승인진행을 주도하였으며, 매수인이 사업을 이어받아 주택을 건설할 예정이므로 ｢조세특례제한법｣제104조의19의 입법취지에 반하지 않는다고 주장하나, 이는 납세의무의 주체를 자의적으로 해석한 오류를 범한 것이다.

   나) 즉, 쟁점 특례조항을 적용받는 주체는 주택을 신축할 목적으로 토지를 취득한 주택건설사업자로 청구법인은 주택사업계획 승인을 받지 않고 쟁점토지를 매각하였으므로 과세특례 적용대상 자격을 상실한 것이다.

   다) 더불어, 청구법인은 쟁점토지를 취득원가에도 못미치는 저가에 매각하였으므로 주택수요자에게 분양가 상승의 부담이 전가될 가능성이 없다고 주장하나, 이는 양도차익 유무에 따라 보유세인 종합부동산세의 적용을 달리 적용하는 것으로 법리를 잘못 해석한 것이다.

라. 청구법인의 항변자료에 대한 보충의견

 1) 청구법인이 종합부동산세를 감면받게 되는 경우 ｢조세특례제한법｣ 제104조의19의 입법취지에 부합하지 아니한다.

   가) 청구법인은 단일 매수인에게 쟁점토지를 매각함으로써 사업지연을 방지하였으므로 ｢조세특례제한법｣ 제104조의19의 입법취지에 부합한다고 주장하나 이는 자의적인 해석에 불과하다.

   나) 개정세법 해설과 관련 판례에서 “｢조세특례제한법｣ 제104조의19의 입법취지는 주택건설사업의 특성상 대규모 토지를 사전에 확보해야 하고 사업계획 승인에 3～5년이 걸리는 점을 감안하여 주택건설사업자가 주택을 건설하기 위하여 취득한 토지에 관하여 종합부동산세를 부과할 경우 과세부담이 주택가격으로 전가되어 분양가 상승 요인으로 작용할 수 있으므로 과세표준 합산배제를 통해 종합부동산세를 감면해주되, 그 취득일로부터 사업계획승인에 필요한 상당한 기간이라 볼 수 있는 5년 이내에 사업계획승인을 받지 못한 경우 당초 감면받은 종합부동산세액과 이자상당 가산액을 추징함으로써 종합부동산세 감면혜택이 다른 목적에 악용되는 것을 방지하고 부수적으로 주택건설사업자가 사업수행을 게을리하지 않도록 하는데 그 취지가 있다.”라고 하였다.

   다) ｢조세특례제한법｣ 제104조의19에 따른 종합부동산세 합산배제 해택은 주택건설사업자가 해당 토지를 보유한 상태에서 사업계획승인을 받아 주택건설사업을 시행하는 것을 전제로 인정되는 것이다.

   라) 청구법인은 쟁점토지를 사업계획승인 이전에 스스로 매각하여 종합부동산세 감면 혜택을 받을 수 있는 주체에 해당하지 않으며, 종합부동산세 합산배제를 적용받는 주체는 청구법인이 아니라 쟁점토지를 취득하여 5년 이내에 사업계획 승인을 받을 업체일 것이므로 청구법인은 그 간 합산배제 받았던 종합부동산세를 납부하여야만 한다.

   마) 청구법인은 쟁점토지를 매각하여 쟁점토지의 사업시행 주체로서 사업계획승인 신청을 포기한 것이며, 청구법인에게 정당한 사유가 있다고 보아 종합부동산세 감면 혜택을 적용한다면, 쟁점토지의 주택건설사업자가 아닌 청구법인이 감면혜택을 받게 되는 것이므로 ｢조세특례제한법｣ 제104조의19의 입법취지에도 맞지 아니한다.

4. 심리 및 판단

가. 쟁점

  쟁점토지 취득 후 5년 이내 사업계획 승인을 받지 못한 정당한 사유가 있어 종합부동산세 추징대상이 아니라는 청구주장의 당부

나. 관련법령

  1) 조세특례제한법 제104조의19 【주택건설사업자가 취득한 토지에 대한 과세특례】(2024.12.31. 법률 제20617호로 개정되기 전의 것)

   ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업자(이하 이 조에서 "주택건설사업자"라 한다)가 주택을 건설하기 위하여 취득한 토지(토지를 취득한 후 해당 연도 종합부동산세 과세기준일 전까지 주택건설사업자의 지위를 얻은 자의 토지를 포함한다) 중 취득일부터 5년 이내에 「주택법」에 따른 사업계획의 승인을 받을 토지는 「종합부동산세법」제13조제1항에 따른 과세표준 합산의 대상이 되는 토지의 범위에 포함되지 아니하는 것으로 본다.

    1. 「주택법」에 따라 주택건설사업자 등록을 한 주택건설사업자

   ③ 주택건설사업자가 제1항에 따라 취득한 날부터 5년 이내에 「주택법」에 따른 주택건설을 위하여 같은 법에 따른 사업계획의 승인을 받지 못한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 종합부동산세액과 이자상당가산액을 추징한다.

  1-1)조세특례제한법 시행법 제104조의18 【주택건설사업자가 취득한 토지에 대한 과세특례】(2024.11.12. 대통령령 제34992호로 개정되기 전의 것)

   ① 법 제104조의19를 적용받으려는 자는 기획재정부령으로 정하는 신고서에 따라 신고하여야 한다. 다만, 최초로 신고한 연도의 다음 연도부터는 그 신고한 내용 중 변동이 없는 경우에는 신고하지 아니할 수 있다.

   ② 법 제104조의19제3항에서 종합부동산세액이란 제1호의 금액에서 제2호의 금액을 뺀 세액을 말한다.

    1. 법 제104조의19제1항에 따라 과세표준 합산의 대상에 포함되지 아니하였던 해당 토지를 매 과세연도마다 종합부동산세 과세표준 합산의 대상이 되는 토지로 보고 계산한 세액

    2. 법 제104조의19제1항에 따라 과세표준 합산의 대상에 포함되지 아니하였던 해당 토지를 매 과세연도마다 종합부동산세 과세표준 합산의 대상에서 제외되는 토지로 보고 계산한 세액

   ③ 법 제104조의19제3항에서 이자상당가산액이란 제2항에 따른 종합부동산세액에 제1호의 기간과 제2호의 율을 곱하여 계산한 금액을 말한다.

    1. 법 제104조의19 제2항에 따라 신고한 매 과세연도의 납부기한 다음 날부터 법 제104조의19조제3항에 따라 추징할 세액의 고지일까지의 기간

    2. 제11조의2제9항제2호에 따른 율

  2)도시개발법 제19조 【관련 인ㆍ허가등의 의제】

   ① 제17조에 따라 실시계획을 작성하거나 인가할 때 지정권자가 해당 실시계획에 대한 다음 각 호의 허가ㆍ승인ㆍ심사ㆍ인가ㆍ신고ㆍ면허ㆍ등록ㆍ협의ㆍ지정ㆍ해제 또는 처분 등(이하 "인ㆍ허가등"이라 한다)에 관하여 제3항에 따라 관계 행정기관의 장과 협의한 사항에 대하여는 해당 인ㆍ허가등을 받은 것으로 보며, 제18조제1항에 따라 실시계획을 고시한 경우에는 관계 법률에 따른 인ㆍ허가등의 고시나 공고를 한 것으로 본다.

    16. 「주택법」제15조에 따른 사업계획의 승인

다. 사실관계

  1) 기초사실관계

   가) 일자별 사건흐름 요약

   나) 대한주택건설협회 홈페이지(www.khba.or.kr)에서 조회한 주택건설사업자 등록업체 검색결과에 따르면 청구법인은 ｢주택법｣에 따른 주택건설사업자로 등록되어 있는 것으로 나타난다.

   다) 청구법인의 2022년 과세연도 종합부동산세 신고서에 따르면 청구법인은 2022.12.13. 경기도 B 등 16필지를 주택신축용토지 합산배제 대상으로 신고한 것으로 나타난다.

   라) 청구법인에 대한 종합부동산세 경정결의서(안)에 따르면 통지관서는 ‘주택신축용토지 합산배제 신청 후 5년 내 사업계획 승인 없이 양도하여 종합부동산세액 및 이자상당가산액 추징’을 사유로 청구법인에게 2022년 과세연도 2,932,404,780원, 2023년 과세연도 2,615,088,386원, 2024년 과세연도 2,434,932,161원, 합계 7,982,425,327원의 종합부동산세(농어촌특별세 포함)를 부과하겠다는 내용의 경정결의서(안)을 작성한 것으로 나타난다.

   마) 쟁점토지의 등기사항전부증명서에 따르면 청구법인은 2023.8.30. I주식회사에게 쟁점토지 중 2필지, 2024.12.27. 주식회사J(이하 “J”라 한다) 등에게 나머지 14필지에 관하여 매매를 원인으로 소유권이전한 것으로 나타난다.

  2) 청구법인의 사업계획승인을 위한 노력 관련 사항

   가) 청구법인이 쟁점토지가 소재한 D1구역이 오랜 기간 방치되어 온 부지라고 주장하면서 제출한 경기도 고시 제E호 및 C시 고시 제G호에 따르면 D1구역은 2010.8.2. 촉진구역으로 지정되었으나 2014.5.15. 촉진구역에서 해제되어 존치관리구역으로 전환된 것으로 나타난다.

   나) 청구법인이 주택건설사업 추진을 위해 노력하였다고 주장하면서 제출한 공문에 따르면 청구법인은 2023.3. C시장(도시재생과장)에게 D1구역 재정비촉진계획 결정(변경) 제안, 2023.9.26. 그에 관한 보완서류 및 조치계획, 2023.12.21. 재해영향성검토 협의 결과에 따른 조치계획 또는 조치결과 제출 공문을 발송하였던 것으로 나타난다.

   다) 청구법인이 재정비촉진계획 변경안에 관한 공청회에 참석하여 의견을 개진하였다고 주장하면서 제출한 C시의 공청회 개최 알림 공문은 아래와 같다.

   라) 청구법인이 절차적 불확실성을 해소하기 위해 국토교통부에 질의하였으나 원론적 수준의 답변만 받았다고 주장하면서 제출한 2024.9.11.자 및 2024.12.3.자 국토교통부 질의회신은 아래와 같다.

   마) 청구법인이 재정비촉진지구 내에서 도시개발사업이 이루어지는 것은 매우 이례적이라고 주장하면서 제출한 통계자료에 따르면 서울시의 경우 재정비촉진구역 204개 중 도시개발 방식은 3개 구역이고, 경기도의 경우 재정비촉진구역 40개 중 도시개발 방식은 2개 구역인 것으로 나타난다.

   바) 청구법인이 민간시행자가 사용･수용 방식을 취한 사례는 드물다고 주장하면서 제출한 도시개발구역 현황 통계에 따르면 전체 369개 시행자 중 민간시행자가 수용방식을 취한 경우는 120개인 것으로 나타난다.

   사) 청구법인이 C시가 별다른 근거 없이 문제를 제기하여 청구법인이 국토교통부의 회신을 받아 C시에 설명하였다고 주장하면서 제출한 2024.1.23.자 및 2024.5.24.자 국토교통부 질의회신은 아래와 같다.

   아) 청구법인이 D1구역이 조합방식으로 추진된 인접구역보다 사업 진척수준이 뒤쳐졌다고 주장하면서 제출한 사업진행 현황은 아래와 같다.

   자) 청구법인이 쟁점토지 매각 후에도 사업진행을 주도하였다고 주장하면서 제출한 부동산매매계약에 따르면 청구법인(매도인)과 J(매수인)는 2024.12.27. 쟁점토지에 관한 매매계약을 체결하면서 청구법인이 재정비촉진계획 관련 인허가 업무를 청구법인의 책임으로 진행하기로 확약하고, 확약을 이행하지 아니한 경우 그와 관련하여 상대방에게 발생한 일체의 손해 및 이와 관련한 비용을 배상하기로 한 것으로 나타난다.

   차) 청구법인이 쟁점토지 매각 후 C시에 공문을 발송하여 사업진행에 적극 협조하겠다는 의사를 명확히 표시하였다고 주장하면서 제출한 공문에 따르면 청구법인과 J는 2025.1.14. 공동으로 C시장(미래도시추진단 도시재생과장)에게 ‘D 재정비촉진구역 내 D1구역 도시개발사업 관련 의견 제출 건’이라는 제목으로 청구법인이 2024.12.27. 토지의 소유권 및 사업권 일체에 대해 J로 이전하는 매매계약을 체결하였고 토지의 소유권 이전이 완료되었으며, 이에 J는 기존 청구법인이 협의했던 조건에 대해 모두 수용하여 귀 시와 협의하여 최선을 다해 이행할 것이라는 내용의 공문을 발송한 것으로 나타난다.

   카) 청구법인이 2025.6.17. 쟁점토지에 대한 재정비촉진계획 변경결정 고시를 이끌어냈다고 주장하면서 제출한 C시 고시 제K호는 아래와 같다.

   타) 한편, 언론기사(L, 2025.1.6.)에 따르면 청구법인은 쟁점토지 매각작업에 한 차례 부침을 거쳤고 2024.4.경 다른 거래상대방과 매매계약을 체결하였으나 얼마 지나지 않아 계약을 해지했다고 보도된 것으로 나타난다.

   파) 청구법인이 2024.8.14. 공시한 ‘반기검토의견 부적정 또는 의견거절’ 보고서에 따르면 회계감사인은 청구법인의 2024 사업연도 반기보고서에 대해 ‘의견거절’하였고 그 사유는 ‘청구법인은 2024.4.4. 보유 중인 일부 용지를 1,300억원에 매각하는 계약을 체결하였으나 계약체결일로부터 1년 6개월 이내에 해당 용지에 대한 도시개발법상 실시계획인가가 이루어지지 않는 경우 청구법인은 매수인에게 용지매매대금에 이자비용 등을 가산한 금액을 반환하여야 합니다. 이 상황은 계속기업가정에 중대한 의문을 제기하는 요인으로 판단됩니다.’라고 기재된 것으로 나타난다.

   하) 언론기사(M, 2026.2.6.)에 따르면 D1구역의 민간도시개발 움직임이 구체화되고 있고 현재 환경영향평가 절차 이행 중이며, 환경영향평가 후에는 연내 실시계획 인가, 건축 심의･주택건설사업계획 승인 절차가 이행될 전망이라고 보도된 것으로 나타난다.

   거) C시청 홈페이지(인터넷주소 생략)에 게시된 재정비촉진사업 시행절차는 아래와 같다.

  3) 대내외적 경제여건 관련 사항

   가) 정부가 관계부처합동으로 2024.10.2. 발표한 ‘건설공사비 안정화 방안’에 따르면 2020년 이후 건설 공사비가 약 30% 급등하였다고 기재되어 있다.

   나) 청구법인이 금리인상으로 PF시장의 경색이 심화되었다고 주장하면서 제출한 2021년부터 2024년까지의 한국은행 기준금리 변동 추이는 아래와 같다.

   다) 청구법인이 2022년 무렵부터 공사물량이 크게 감소하였다고 주장하면서 제출한 통계에 따르면 종합건설업체 전체 수주액은 2022년 248조원에서 2024년 218조원으로, 주택건설 인허가 전체 물량은 2022년 50.6만호에서 2024년 43.5만호로 감소한 것으로 나타난다.

   라) 청구법인이 종합건설업체들의 수익성과 재무구조가 해마다 크게 악화되었다고 주장하면서 제출한 그래프는 아래와 같다.

   마) 청구법인이 건설사들이 심각한 자금난에 직면하여 수많은 업체들이 폐업과 부도에 이르렀다고 주장하면서 제출한 통계자료에 따르면 종합건설업체 폐업신고 건수는 2020년 211건에서 2024년 516건으로 증가하였고, 부도 건설업체수 또한 2020년 6개 업체에서 2024년 12개 업체로 증가한 것으로 나타난다.

   바) 청구법인이 재무건전성이 악화되어 왔다고 주장하면서 제출한 청구법인의 2021년부터 2024년까지 현금보유액 변동 및 주요 재무지표는 아래와 같다.

   사) 청구법인이 청구법인의 재정난은 방만한 경영에서 비롯된 것이 아니라고 주장하면서 제출한 2021년부터 2024년까지 매출총이익 및 대손상각비는 아래와 같다.

   아) 금융감독원 전자공시시스템에서 조회한 청구법인의 공시내용에 따르면 청구법인은 2025.2.4. 회생절차 개시신청을 하였고, 서울회생법원은 2025.3.6. 청구법인에 대하여 회생절차 개시결정을 한 것으로 나타난다.

   자) 청구법인의 2024 사업연도 사업보고서에 따르면 회계감사인은 2023 사업연도에 대해 계속기업 불확실성을 이유로 한정의견을, 2024 사업연도에 대해 계속기업 불확실성 및 주요 감사절차의 제약을 이유로 의견거절을 표시하였던 것으로 나타난다.

   차) 금융감독원 전자공시시스템에서 조회한 청구법인에 대한 공시내용에 따르면 한국거래소는 2025.3.31. 청구법인이 최근 사업연도 재무제표에 대한 감사인의 감사보고서상 감사의견이 ‘의견거절’임을 공시하여 상장폐지사유를 통보하였으며, 청구법인이 2025.4.21. 상장폐지에 대한 이의신청서를 제출하여 2026.4.14.까지 개선기간을 부여하기로 결정하였다고 기재된 것으로 나타난다.

  4) 쟁점 특례조항 입법 관련 사항

   2009년 개정세법 해설에 따르면 쟁점 특례조항의 입법취지는 주택건설업의 특성상 대규모 토지를 사전에 확보해야 하고 사업계획승인에 3~5년이 걸리는 점을 감안하여, 주택건설용 토지에 대한 과중한 종부세 부담은 주택가격으로 전가되어 분양가 상승요인으로 작용하는 문제를 해소하기 위한 것으로 나타난다.

라. 판단

  1) 관련 법리

   가) ｢조세특례제한법｣ 제104조의19 제1항은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업자(이하 이 조에서 "주택건설사업자"라 한다)가 주택을 건설하기 위하여 취득한 토지(토지를 취득한 후 해당 연도 종합부동산세 과세기준일 전까지 주택건설사업자의 지위를 얻은 자의 토지를 포함한다) 중 취득일부터 5년 이내에 ｢주택법｣에 따른 사업계획의 승인을 받을 토지는 ｢종합부동산세법｣ 제13조제1항에 따른 과세표준 합산의 대상이 되는 토지의 범위에 포함되지 아니하는 것으로 본다고 규정하면서 제1호에서 ｢주택법｣에 따라 주택건설사업자 등록을 한 주택건설사업자를 들고 있고, 같은조 제3항은 주택건설사업자가 제1항에 따라 취득한 날부터 5년 이내에 ｢주택법｣에 따른 주택건설을 위하여 같은 법에 따른 사업계획의 승인을 받지 못한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 종합부동산세액과 이자상당가산액을 추징한다고 규정하고 있다.

   나) 위 규정들의 입법 취지는, 주택건설사업자가 주택을 건설하기 위하여 취득한 토지에 관하여 종합부동산세를 부과할 경우 분양가 상승을 유발할 수 있으므로 과세표준 합산배제를 통해 종합부동산세를 감면하여 주되, 그 취득일부터 사업계획승인에 필요한 상당한 기간인 5년 이내에 사업계획승인을 받지 못한 경우 당초 감면받은 종합부동산세액과 이자상당가산액을 추징함으로써 종합부동산세 감면 혜택이 다른 목적에 악용되는 것을 방지하고 부수적으로 주택건설사업자가 사업 수행을 게을리 하지 않도록 하려는 것이다(대법원 2025.7.16. 선고 2023두50516 판결 참조).

   다) 따라서 사업계획의 승인을 받지 못한 원인이 납세의무자에게 책임을 돌릴 수 없는 등 ‘정당한 사유’로 인한 것일 때에는 감면된 종합부동산세 등을 추징할 수 없다고 봄이 상당하고, 여기서 말하는 ‘정당한 사유’라 함은 법령에 의한 금지·제한 등 주택건설 사업자가 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론 사업계획승인을 받기 위한 정상적인 노력을 다하였음에도 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함하며, 정당한 사유의 유무를 판단함에 있어서는 위와 같은 입법취지를 충분히 고려하면서 토지의 취득목적에 비추어 그 목적사업에 직접 사용하는데 걸리는 준비기간의 장단, 목적사업에 사용할 수 없는 법령·사실상의 장애사유 및 장애정도, 당해 주택건설 사업자가 사업계획승인을 받기 위하여 진지한 노력을 다하였는지 여부, 행정관청의 귀책사유가 가미되었는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단함이 상당하다(부산고등법원 2018.5.18. 선고 2017누23384 판결 참조).

  2) 쟁점토지 취득 후 5년 이내 사업계획 승인을 받지 못한 정당한 사유가 있어 종합부동산세 추징대상에서 제외되는지에 대한 판단

   가) 위 법리와 앞서 살펴본 사실관계 및 다음 내용으로 볼 때 쟁점토지 취득 후 5년 이내 사업계획 승인을 받지 못한 정당한 사유가 있어 종합부동산세 추징대상에서 제외된다고 보기 어렵다.

     (1) 청구법인은 2020.8.27.부터 2022.5.11.까지 쟁점토지를 취득하였으나 5년 이내 사업계획승인을 받지 못한 채 2024.12.7. 쟁점토지를 매각하였고 심리일 현재까지도 쟁점토지에 대해 사업계획의 승인은 이루어지지 아니하였다.

     (2) 청구법인은 2023.3.23. C시에 재정비촉진계획 변경 제안을 하였고 C시는 이듬해인 2024.9.11. D재정비촉진계획 변경(안) 공청회를 개최한 다음 2025.6.17. D재정비촉진지구 재정비촉진계획 변경 결정 고시를 하였으므로 행정관청의 귀책 등으로 사업계획의 승인이 특별히 지연되거나 장애가 되는 사유가 있다고 인정할 증거가 없다.

     (3) 청구법인은 쟁점토지의 매각이 재정위기로 인한 불가피한 조치였다고 주장하나, 청구법인이 주장하는 사정들은 결국 손실감축을 통한 사업상 이익 도모 등 경영상의 판단에서 쟁점토지를 매각하게 된 것이라는 취지에 불과해 보이고, 납세의무자에게 책임을 돌릴 수 없는 ‘정당한 사유’에 주택건설사업자 그 자체의 자금사정이나 수익상의 문제 등으로 토지를 매각한 경우까지 포함된다고 보기 어렵다. 만약 그러한 사유로 종합부동산세의 추징을 면할 수 있게 된다면 동일한 환경에서도 재무건전성이 양호한 사업자만 추징대상이 되는 불합리한 결론에 이르게 된다.

     (4) 한편, 청구법인은 쟁점토지를 매각하지 않았다면 공매절차가 개시되어 사업추진이 현저히 어려워졌을 것이므로 쟁점토지를 매수인에게 일괄매각한 것이 ｢조세특례제한법｣ 제104조의19의 입법취지에 더욱 부합한다고도 주장하나, 청구법인이 취득일로부터 5년 이내 사업계획승인을 받지 못한 채 쟁점토지를 매각한 이상 매각 이후의 사정을 들어 종합부동산세 추징 여부를 달리 보기 어렵다.

   나) 따라서, 통지관서가 쟁점 추징조항을 적용하여 청구법인에게 종합부동산세를 과세하겠다고 한 이 건 과세예고통지는 잘못이 없는 것으로 판단된다.

5. 결론

 이 건 과세전적부심사청구는 청구주장이 이유 없다고 인정되므로 ｢국세기본법｣ 제81조의15제5항제1호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.