[주 문]

심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

가.청구법인은 1988.9.1. 개업하여 OOO에서 호텔업 등을 영위하고 있는 법인으로 2024.10.16. OOO(이하 “쟁점레지던스”라고 한다)를 청구법인의 대표이사 A로부터 OOO원에 매입하면서 건물분 공급가액 OOO원에 대한 매입세금계산서를 수취하였고 이에, 2024년 제2기 부가가치세 확정신고 시 위 매입세금계산서와 관련된 매입세액(이하 “쟁점매입세액”이라 한다) OOO원을 공제하여 환급세액 OOO원을 신고하였다.

나. 처분청은 청구법인의 2024년 제2기 부가가치세 확정신고에 대한 환급 현장확인을 실시한 결과 쟁점레지던스는 청구법인의 본래 사업인 호텔업․관광숙박업과 관련이 없어 쟁점매입세액을「부가가치세법」제39조 제1항 제4호의 ‘사업과 직접 관련이 없는 매입세액’에 해당하는 것으로 보아, 2025.7.1. 쟁점매입세액을 불공제하고 2024년 제2기 부가가치세 OOO원을 경정․고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2025.9.22. 이의신청을 거쳐 2026.2.5. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

 (1)쟁점레지던스가 업무무관자산에 해당하는지 여부는 청구법인 입장에서 쟁점레지던스를 부가가치세 과세사업에 사용하기 위하여 취득한 것인지 여부를 중심으로 판단하여야 하는 것이다.

(가)이에 쟁점레지던스의 취득 경위, 위탁운영 의사 타진, 위탁운영사와 정식 계약체결, 위탁운영 정산금 수취 및 매출세금계산서 발행 내역 등에 비추어 청구법인이 쟁점레지던스를 부가가치세 과세사업에 사용하기 위하여 취득한 사실이 확인되는 점,

  (나)「법인세법 시행령」제49조 제1항에 따르면 법인이 취득한 부동산은 업무에 공하기 위한 준비기간 등을 고려하여 취득일로부터 최소한 2년의 유예기간을 부여하고 해당 기간 내에 업무에 사용하면 업무무관부동산으로 보지 아니하는 점,

  (다)설령, 청구법인이 쟁점레지던스를 취득한 시점에 A의 사정(향후 거주할 아파트 취득 지연)으로 인하여 일시적으로 쟁점레지던스에 주소를 두고 있었다고 하더라도 이러한 사유만으로 쟁점레지던스를 업무무관자산으로 보아 쟁점매입세액을 불공제 처분하는 것은 부당한 점,

  (라) 청구법인이 생활숙박시설인 쟁점레지던스를 숙박업 외 다른 용도로 사용할 경우에는「건축법」제80조에 따른 이행강제금(시가표준액의 10% 상당액)을 부과받게 되므로 이와 같은 불이익을 감수하고 청구법인이 쟁점레지던스를 업무와 무관하게 활용할 하등의 이유가 없는 점 등에 비추어 청구법인이 취득한 쟁점레지던스는 부가가치세 과세사업을 영위하기 위하여 취득한 것이 분명하다.

 (2) 아래 <표1>과 같이 쟁점레지던스의 취득부터 제3자를 통한 위탁운영에 이르기까지 일련의 사건을 순차적으로 살펴볼 때 청구법인이 쟁점레지던스를 과세사업에 사용할 목적으로 취득하여 현재에 이르기까지 정상적으로 숙박업을 영위하고 있음이 명백하게 확인되므로 쟁점매입세액은 사업과 직접 관련이 있는 매입세액으로 봄이 타당하다.

<표1> 쟁점레지던스 취득․보유 경과

○○○

나. 처분청 의견

 (1)청구법인은 쟁점레지던스를 취득하기 이전부터 이를 임차하여 업무와 무관하게 사용하여 왔으며 현재도 아래와 같은 사실관계에 비추어 청구법인의 목적사업과는 관련 없는 별도의 투자사업에 사용하고 있기에 업무무관자산으로 봄이 타당하다.

  (가)청구법인은 2022.1.1.부터 쟁점레지던스 취득 전까지 A로부터 쟁점레지던스를 임차하여 사용하면서도 쟁점레지던스를 이용한 사업을 전혀 하지 아니하였을 뿐만 아니라 처분청의 환급 현장확인 결과 A와 그의 자녀는 쟁점레지던스 취득일부터 환급 현장확인 시점까지 쟁점레지던스에서 무상 거주한 사실까지 확인된바, 쟁점레지던스는 2024년 제2기 과세기간 종료일 현재 숙박업이 아닌 주거용으로 사용된 것이 분명하다.

  (나) 아울러, 청구법인은 쟁점레지던스를 제3자에게 위탁하여 본래의 사업 목적에 맞게 사용하고 있다고 주장하나, 쟁점레지던스를 활용하여 실제로 숙박업을 영위하는 사업자는 청구법인이 아니라 위탁운영업체이고 청구법인은 쟁점레지던스를 취득한 소유주이자 쟁점레지던스를 위탁운영업체에 위탁한 투자자일 뿐이므로 쟁점레지던스를 매입하여 제3자에게 위탁한 사실만으로는 청구법인의 목적사업을 영위한 것으로 볼 수는 없다.

(2) 처분청이 쟁점레지던스 매입과 관련하여 쟁점매입세액을 불공제 처분한 것은 쟁점매입세액이 「부가가치세법」제39조 제1항 제4호에서 규정하는 ‘사업과 직접 관련이 없는 지출’로서 대통령령으로 정하는 것에 대한 매입세액에 해당하기 때문이다.

(가) 「부가가치세법」제39조 제1항 제4호는 ‘사업과 직접 관련이 없는 지출에 대한 매입세액’을 공제받지 못할 매입세액으로 규정하고 있으며, 이와 관련하여 동법 시행령 제77조는 ‘사업과 직접 관련이 없는 지출의 범위’에 대하여「법인세법 시행령」제49조 제3항을 준용하도록 하고 있는데, 동 조항은 업무무관자산의 취득ㆍ관리비용 등 업무와 관련이 없는 ‘비용의 범위’만을 규정하고 있을 뿐이므로 청구주장처럼 「법인세법 시행령」제49조 제1항에 제1호 가목에 따른 ‘유예기간’ 경과여부 등을 준용하여 고려할 여지가 전혀 없다.

 (나)더군다나 부가가치세의 납세의무는 과세기간이 종료한 때에 성립하고 매출세액과 매입세액의 범위는 과세기간이 종료한 때를 기준으로 특정되는 것이므로 과세사업과 관련하여 지출한 매입세액의 범위 역시 과세기간이 종료할 때를 기준으로 지출의 목적과 경위, 사업의 내용 등을 고려하여 정하여지는 것이며, 과세기간 종료 이후 사정변경이 있더라도 원칙적으로 소급하여 영향을 미치는 것은 아니다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

쟁점레지던스 관련 매입세액을 사업과 관련이 없는 지출에 대한 매입세액으로 보아 매입세액 불공제하여 부가가치세를 과세한 처분의 당부

나. 관련 법령

 (1)부가가치세법

    제38조[공제하는 매입세액]①매출세액에서 공제하는 매입세액은 다음 각 호의 금액을 말한다.

1.사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세액(제52조 제4항에 따라 납부한 부가가치세액을 포함한다)

②제1항 제1호에 따른 매입세액은 재화 또는 용역을 공급받는 시기가 속하는 과세기간의 매출세액에서 공제한다.

    제39조[공제하지 아니하는 매입세액]①제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

4.사업과 직접 관련이 없는 지출로서 대통령령으로 정하는 것에 대한 매입세액

 (2)부가가치세법 시행령

    제77조[사업과 직접 관련이 없는 지출]법 제39조 제1항 제4호에 따른 사업과 직접 관련이 없는 지출의 범위는「소득세법 시행령」제78조 또는「법인세법 시행령」제48조, 제49조 제3항 및 제50조에서 정하는 바에 따른다.

 (3)법인세법 시행령

    제48조[공동경비의 손금불산입]①법인이 해당 법인 외의 자와 동일한 조직, 자산, 사업 등을 공동으로 운영하거나 영위함에 따라 발생되거나 지출된 손비 중 다음 각 호의 기준에 따른 분담금액을 초과하는 금액은 해당 법인의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다.

1.출자에 의하여 특정사업을 공동으로 영위하는 경우에는 출자총액중 당해 법인이 출자한 금액의 비율

2.제1호 외의 경우로서 해당 조직, 자산, 사업 등에 관련되는 모든 법인 등(이하 이 항에서 "비출자공동사업자"라 한다)이 지출하는 비용에 대하여는 다음 각 목에 따른 기준

 가.비출자공동사업자 사이에 제2조 제8항 각 호의 어느 하나의 관계가 있는 경우 : 직전 사업연도 또는 해당 사업연도의 매출액 총액과 총자산가액(한 공동사업자가 다른 공동사업자의 지분을 보유하고 있는 경우 그 주식의 장부가액은 제외한다. 이하 이 조에서 같다) 총액 중 법인이 선택하는 금액(선택하지 아니한 경우에는 직전 사업연도의 매출액 총액을 선택한 것으로 보며, 선택한 사업연도부터 연속하여 5개 사업연도 동안 적용하여야 한다)에서 해당 법인의 매출액(총자산가액 총액을 선택한 경우에는 총자산가액을 말한다)이 차지하는 비율. 다만, 공동행사비, 공동구매비, 자산의 공동경비 등 재정경제부령으로 정하는 손비에 대하여는 참석인원 수, 구매금액, 해당 자산의 소유지분ㆍ사용횟수 등 재정경제부령으로 정하는 기준에 따를 수 있다.

 나.가목 외의 경우 : 비출자공동사업자 사이의 약정에 따른 분담비율. 다만, 해당 비율이 없는 경우에는 가목의 비율에 따른다.

    제49조[업무와 관련이 없는 자산의 범위 등]①법 제27조 제1호에서 “대통령령으로 정하는 자산”이란 다음 각호의 자산을 말한다.

1.다음 각목의 1에 해당하는 부동산. 다만, 법령에 의하여 사용이 금지되거나 제한된 부동산,「자산유동화에 관한 법률」에 의한 유동화전문회사가 동 법 제3조의 규정에 의하여 등록한 자산유동화계획에 따라 양도하는 부동산 등 재정경제부령이 정하는 부득이한 사유가 있는 부동산을 제외한다.

 가.법인의 업무에 직접 사용하지 아니하는 부동산. 다만, 재정경제부령이 정하는 기간(이하 이 조에서 "유예기간"이라 한다)이 경과하기 전까지의 기간 중에 있는 부동산을 제외한다.

 나.유예기간 중에 당해 법인의 업무에 직접 사용하지 아니하고 양도하는 부동산. 다만, 재정경제부령이 정하는 부동산매매업을 주업으로 영위하는 법인의 경우를 제외한다.

②제1항 제1호의 규정에 해당하는 부동산인지 여부의 판정 등에 관하여 필요한 사항은 재정경제부령으로 정한다.

③법 제27조 제1호에서 “대통령령으로 정하는 금액”이란 제1항 각호의 자산을 취득ㆍ관리함으로써 생기는 비용, 유지비, 수선비 및 이와 관련되는 비용을 말한다.

    제50조[업무와 관련 없는 지출]① 법 제27조 제2호에서 “대통령령으로 정하는 금액”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 지출금액을 말한다.

1.해당 법인이 직접 사용하지 아니하고 다른 사람(주주 등이 아닌 임원과 소액주주 등인 임원 및 직원은 제외한다)이 주로 사용하고 있는 장소ㆍ건축물ㆍ물건 등의 유지비ㆍ관리비ㆍ사용료와 이와 관련되는 지출금. 다만, 법인이「대ㆍ중소기업 상생협력 촉진에 관한 법률」제35조에 따른 사업을 중소기업(제조업을 영위하는 자에 한한다)에 이양하기 위하여 무상으로 해당 중소기업에 대여하는 생산설비와 관련된 지출금 등은 제외한다.

2.해당 법인의 주주등(소액주주 등은 제외한다)이거나 출연자인 임원 또는 그 친족이 사용하고 있는 사택의 유지비ㆍ관리비ㆍ사용료와 이와 관련되는 지출금

3.제49조제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 자산을 취득하기 위하여 지출한 자금의 차입과 관련되는 비용

4.해당 법인이 공여한「형법」또는「국제상거래에 있어서 외국공무원에 대한 뇌물방지법」에 따른 뇌물에 해당하는 금전 및 금전 외의 자산과 경제적 이익의 합계액

5.「노동조합 및 노동관계조정법」제24조 제2항 및 제4항을 위반하여 지급하는 급여

다. 사실관계 및 판단

 (1)청구법인과 처분청이 제출한 이 건 심리자료를 종합하면, 다음과 같은 사실이 나타난다.

  (가)처분청이 제출한 국세통합전산망 내 청구법인 사업자 기본사항 및 법인등기사항증명서상 목적사업 변동내역은 아래 <표2> 및 <표3>과 같다.

<표2> 청구법인 사업자 기본사항(발췌)

○○○

<표3> 청구법인 법인등기사항증명서(발췌)

○○○

  (나)「관광진흥법 시행령」제5조 별표1에 따른 관광호텔업의 등록기준 및「공중위생관리법 시행규칙」제2조 별표1에 따른 공중위생영업의 종류별 시설 및 설비기준은 아래 <표4>와 같은 가운데, 처분청은 쟁점레지던스가 위 기준에 따른 시설 요건 등을 충족하지 못하기 때문에 청구법인은 쟁점레지던스를 기존 호텔 사업장에 편입하거나 독립적인 숙박업 사업장으로 등록할 수 없다는 의견이다.

<표4> 관광호텔업 등록기준 및 공중위생영업 시설․설비 기준(발췌)

  (다) 처분청이 제출한 <표5> 쟁점레지던스 등기사항증명서와 <표6> A의 사업자 기본사항에 따르면 기존 소유자인 A는 쟁점레지던스를 2020.7.15. 취득하여 2024.10.16. 청구법인에게 OOO원에 양도한 가운데, 쟁점레지던스 보유기간 동안에는 부동산임대업으로 과세사업자 등록을 하였던 것으로 나타난다.

<표5> 쟁점레지던스 등기사항증명서(발췌)

○○○

<표6> A 사업자 기본사항(발췌)

○○○

(라)처분청이 제출한 A의 쟁점레지던스 임대매출 신고내역은 <표7>과 같은 가운데, 청구법인은 A로부터 쟁점레지던스를 임차하여 주중에는 직원들의 숙소와 사업상 미팅장소로 이용하다가 주말에는 주요 고객에게 숙박 용도로 무상 제공하였다는 입장이다.

<표7> A(OOO) 쟁점레지던스 임대매출 신고내역

○○○

(마)청구법인은 주된 사업인 호텔업의 경쟁력 강화 및 매출상승을 기대하여 쟁점레지던스를 매입하였다는 취지로 <표8> 청구법인의 이사회 회의록과 <표9> 청구법인의 사업계획서를 제출하였는데, 이와 관련하여 처분청은 청구법인이 제출한 사업계획서는 처분청의 현장확인 이후에 청구법인이 소급 작성한 것일 가능성이 있으므로 이에 근거한 청구법인의 주장은 신뢰하기 어렵다는 의견이다.

<표8> 청구법인의 이사회 회의록

○○○

<표9> 청구법인의 사업계획서(발췌)

○○○

 (바)청구법인이 제출한 A와 청구법인 간 쟁점레지던스 매매계약서와 관련 매입세금계산서는 아래 <표10> 및 <표11>과 같다.

<표10> 쟁점레지던스 매매계약서

○○○

<표11> 쟁점레지던스 관련 매입세금계산서

○○○

 (사)청구법인은 쟁점레지던스의 취득 직후 제3자를 통하여 임대사업을 위탁운영할 것을 검토․진행하였다는 취지로 <표12> 쟁점레지던스 위탁계약보류 확인서 및 <표13> 쟁점레지던스 위탁운영계약서를 제출한바, 청구법인은 2024.11.16. ㈜B(쟁점레지던스 위탁운영 사업자)를 방문하여 쟁점레지던스 위탁운영 가능 여부를 파악하였으나 ㈜B의 내부 사정으로 상당 기간 계약이 지체되다가 2025.4.5. ㈜B와 쟁점레지던스 위탁운영 계약을 체결하였다는 주장이다.

    반면, 처분청은 OOO C 내의 또 다른 위탁운영사인 ㈜D에 유선 문의한바 레지던스 소유자가 위탁의사를 밝히면 최대 7일 내에 정식 위탁운영 계약 체결이 가능하다고 회신받은 점에 비추어 쟁점레지던스 위탁운영계약을 체결한 2025.4.5. 보다 현저히 앞선 2024.11.16.부터 청구법인이 ㈜B와 쟁점레지던스의 위탁운영 협의를 하였다는 주장은 신뢰할 수 없다는 의견이다.

<표12> 쟁점레지던스 위탁계약보류 확인서

○○○

<표13> 쟁점레지던스 위탁운영계약서

○○○

  (아)처분청이 제출한 청구법인의 쟁점레지던스 관련 임대매출 내역은 <표14>과 같은 가운데, 청구법인은 2025.5.10.부터 쟁점레지던스 위탁운영 계약에 따라 위탁정산금을 수령한 후 같은 명목으로 ㈜B에 매출세금계산서를 발급한 것으로 나타난다.

<표14> 청구법인의 쟁점레지던스 관련 임대매출 내역

○○○

  (자)처분청은 2025.3.6.～2025.3.12. 기간 동안 청구법인의 2024년 제2기 부가가치세 확정신고 내용에 대하여 현장확인을 실시한 가운데, 처분청이 제출한 <표15> 현장확인 종결보고서에 따르면 A는 청구법인에게 쟁점레지던스를 임대한 기간 동안 쟁점레지던스 관리비를 본인 명의 신용카드로 자동결제한 것으로 나타나고, <표16> 쟁점레지던스 입주사실 확인서에는 쟁점레지던스의 최초 입주시점(2020.9.15.)부터 동 입주사실 확인서 작성․제출일(2025.3.7.)까지 A와 자녀 E, 사위 F, 외손자 G, H가 쟁점레지던스에 입주 중인 것으로 나타난다.

<표15> 처분청의 환급 현장확인 종결보고서(발췌)

○○○

<표16> 쟁점레지던스 입주사실 확인서(당초 제출분)

○○○

  (차)이에, 청구법인은 처분청이 제출한 위 입주사실 확인서 등을 부인하는 취지로 C레지던스 생활지원센터가 재작성한 <표17> 쟁점레지던스 입주사실 확인서와 <표18> 쟁점레지던스 입주자카드 및 A가 쟁점레지던스를 매각한 2024.10.16. 이후인 2025.1.13. OOO 소재 주택으로 주민등록상 주소를 이전(세대주 I의 동거인 신분)한 내역을 <표19>과 같이 제출한바,

    처분청은 이 건 현장확인 과정에서 A가 쟁점레지던스에 거주하고 있음을 직접 확인하였고 A의 주민등록상 주소지인 OOO에도 출장하여 A가 동 장소에 거주하고 있지 아니함을 파악하였다는 의견이다.

<표17> 쟁점레지던스 입주사실 확인서(수정 제출분)

○○○

<표18> 쟁점레지던스 입주자카드(수정 제출분)

○○○

<표19> 2021.1.1. 이후 A의 주민등록 내역

○○○

  (카)이에, 청구법인은 A가 이 건 현장확인 당시 쟁점레지던스에 거주하고 있었다고 가정하더라도 이는 A가 쟁점레지던스를 청구법인에 양도한 후 향후 거주할 주택을 취득․정비하는데 일정기간이 소요되는 불가피한 사정에 따른 것이라는 취지로 A가 쟁점레지던스 양도 후 새로이 취득한 <표20> OOO 매매계약서 및 <표21> 인테리어 견적서를 제출하였다.

<표20> OOO 매매 계약서

○○○

<표21> OOO 인테리어 견적서(발췌)

○○○

 (2)이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 쟁점레지던스의 매입이 청구법인의 과세사업과 직접 관련 있는 지출에 해당되므로 건물분 공급에 대한 매입세금계산서상의 쟁점매입세액을 공제하여야 한다고 주장하나, 부가가치세의 납세의무는 과세기간이 종료한 때에 성립하고 매출세액과 매입세액의 범위는 과세기간이 종료한 때를 기준으로 특정되는 것이므로 과세사업과 관련하여 지출한 매입세액의 범위 역시 과세기간이 종료할 때를 기준으로 지출의 목적과 경위, 사업의 내용 등을 고려하여 정하여지는 것이며 과세기간 종료 이후 사정변경이 있더라도 원칙적으로 소급하여 영향을 미치는 것이 아닌 바(서울행정법원 2021.1.19. 선고 2019구합70902 판결,서울고등법원 2021.7.9. 선고 2021누33410 판결, 대법원 2021.11.11.자 2021두46810 심리불속행 기각판결, 같은 뜻),

   청구법인은 A로부터 쟁점레지던스를 취득할 당시「관광진흥법」및「공중위생관리법」상 쟁점레지던스를 기존 호텔 사업장에 편입하거나 별도의 숙박업 사업장으로 등록할 수 없었던 점 및 쟁점레지던스를 임차하였던 2022년 제1기∼2024년 제2기 부가가치세 과세기간 동안에도 쟁점레지던스를 본래 사업과 직접 관련된 용도로 이용하였던 정황이 나타나지 아니한 점 등에 비추어 청구법인이 본래 사업을 확장할 목적으로 쟁점레지던스를 취득하였다고 보기 어려운 점,

   이 건 처분청의 현장확인 과정에서 A가 쟁점레지던스를 청구법인에게 양도한 이후에도 쟁점레지던스에서 계속 거주하고 있던 사실이 나타나는 점,

   청구법인이 쟁점레지던스의 취득일이 속하는 2024년 제2기 과세기간 종료일 이후 쟁점레지던스를 제3자에게 위탁하여 실질적으로 과세사업을 영위하고 있더라도 이와 같은 사정변경을 이유로 소급하여 쟁점매입세액을 공제할 수는 없는 점 등을 고려할 때 청구법인의 주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다.

   또한, 청구법인은 설령 쟁점레지던스가 업무무관자산이라고 하더라도「법인세법 시행령」제49조 제1항 제1호 각 목 단서의 유예기간이 경과하지 아니하였으므로 쟁점레지던스를 업무무관자산으로 보아서는 안된다고 주장하나,

  「부가가치세법 시행령」제77조는 부가가치세 과세대상이 되는 거래 중 사업과 직접 관련이 없는 ‘지출의 범위’에 대해「법인세법 시행령」제49조 제3항을 준용하도록 하고 있고,「법인세법 시행령」제49조는 제1항에서 업무무관 자산의 범위를, 제3항에서 업무무관자산의 취득·관리비용 등 업무와 관련이 없는 비용의 범위를 규정하고 있는바,「법인세법 시행령」제49조 제1항 제1호 각 목 단서의 유예기간 규정은 업무무관 자산의 범위에 관한 규정이므로 부가가치세에 대해 당연히 준용된다고 할 수는 없는 점에 비추어 위 청구법인의 주장 역시 받아들이기 어렵다.

   따라서 처분청이 쟁점매입세액을「부가가치세법」제39조 제1항 제4호의 ‘사업과 직접 관련이 없는 매입세액’에 해당하는 것으로 보아, 쟁점매입세액을 불공제하고 부가가치세를 부과한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.