주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2024. 9. 6. 원고에 대하여 한 2016년 귀속 법인세 98,040,604원의 부과처분을 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 농산물의 재배 및 가공판매업 등을 목적으로 설립된 농업회사 법인이다.

나. ○○시 ○○읍 ○○리 64-1 전 9,104㎡, 같은 리 64-4 임야 142㎡, 같은 리 399 전 2,479㎡, 같은 리 401 전 3,729㎡, 같은 리 403-3 전 1,625㎡, 같은 읍 △△리 337 전 251㎡, 339 전 2,380㎡, 같은 리 341 전 165㎡(면적 합계 19,875㎡, 이하 ‘이 사건 각 토지’라 한다)는 신AA, 김BB(이하 ‘신AA 등’이라 한다)이 각 1/2 지분씩 소유하고 있었다.

다. 원고는 2014. 11. 12. 신AA 등과 이 사건 각 토지 중 ○○리 64-1 토지 중 8,600㎡, 같은 리 399 토지 중 1,221㎡, 같은 리 401 토지 중 116㎡ 면적 합계 9,937㎡를 대금 1,262,520,000원에 매수하기로 하는 계약(이하 ‘이 사건 제1차 매매계약’이라 한다)을 체결하고, 2015. 3. 5. 이 사건 각 토지 중 나머지 토지 면적 합계 9,938㎡를 대금 2,104,200,000원에 매수하기로 하는 계약(이하 ‘이 사건 제2차 매매계약’이라 하고, 이 사건 제1, 2차 매매계약을 통틀어 ‘이 사건 각 매매계약’이라 한다)을 체결하였다.

라. 이 사건 각 토지 중 시 ○○읍 ○○리 64-4 임야 142㎡ 및 같은 읍 △△리 337 전 251㎡ 제외한 나머지 토지인 아래 표의 ‘분할 전 토지’란 기재 각 토지가 2016. 8. 19. 같은 표의 ‘분할 후 토지’란 기재와 같이 분할되었다. 원고는 2016. 9. 23. 이 사건 각 매매계약 대상 토지 중 아래 표의 ‘쟁점 토지’란 기재 각 토지(이하 ‘쟁점 토지’라 한다)에 관하여 2026. 9. 8.자 매매를 원인으로 한 소유권이전등기를 마쳤고, 2026. 9. 23. 쟁점 토지에 관하여 각각 아래 표의 ‘매수인’란 기재 매수인들이 2026. 9. 12.자 매매를 원인으로 한 소유권이전등기를 마쳤다.

마. 원고가 이CC, 최DD, 원EE에게 각 매도한 토지 및 양도가액은 아래와 같다.

바. 원고는 위 쟁점 토지 양도에 따른 2016 사업연도 소득 및 토지 등 양도소득에 대한 법인세를 신고하지 아니하였다. 이에 피고는 쟁점 토지의 양도가액 1,208,670,000원을 원고의 수입금액으로 하고, 주요경비(취득가액 493,338,351원, 토목설계공사비 105,000,000원)에 기준경비율 10.4%에 따른 비용 등 735,920,031원을 추계필요경비로 손금에 산입하여, 2024. 2. 1. 2016 사업연도 법인세 246,895,994원을 결정·고지하였다.

사. 원고는 이에 불복하여 2024. 4. 26. 국세청장에게 심사청구를 하였고, 국세청장은 2024. 7. 10. ‘1. 이 사건 각 토지의 전체 취득가액을 재조사하고, 그 결과에 따라 쟁점 토지의 취득가액을 국세청 기준시가에 비례하여 재산정한다. 2. 토지 중개인 유FF에게 지급한 366,000,000원, 변호사 수임료 11,000,000원, 측량비 306,900원, 기타 수수료 8,000원 등 합계 377,314,900원(이하 위 각 비용을 통틀어 지칭할 시 ’쟁점 경비‘라 한다) 중 쟁점 토지 취득 시 소요된 필요경비를 재조사한다. 3. 위 1.과 2.의 재조사 결과에 따라 법인의 각 사업연도소득 및 토지 등 양도소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정한다.’는 결정을 하였다.

아. 이에 따라 피고는 쟁점 토지의 매입가액을 이 사건 각 토지의 취득가액에서 기준시가로 안분계산하여 683,902,139원으로, 쟁점 토지의 취득가액에 산입되는 필요경비를 쟁점경비 중 이 사건 각 토지 전체 매입가액 대비 쟁점 토지 매입가액 등을 기준으로 안분계산한 70,030,586원으로 하여, 아래와 같이 법인의 2016 사업연도 소득 및 토지 등 양도소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정하고 2024. 9. 6.경 법인세를 당초고지세액 246,895,994원에서 148,855,390원 감액한 98,040,604원으로 경정 고지하였다(이하 피고의 원고에 대한 2024. 2. 1.자 법인세 부과처분 중 위 감액경정에 따라 감액되고 남은 부분을 ‘이 사건 처분’이라 한다).

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 5 내지 8, 11 내지 14호증(가지번호가 있는 경우 각 가지번호 포함, 이하 같다), 을 제1 내지 4호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 원고 주장의 요지

가. 쟁점 토지의 매입가액은 이 사건 제2차 매매계약에 따른 매수가액 2,104,200,000원을 양도면적(3,807㎡/9,938㎡)으로 안분계산한 806,066,553원이라 할 것이다.

나. 토목설계공사비 105,000,000원, 토지 중개인 유FF에게 지급한 366,000,000원, 변호사 수임료 11,000,000원, 측량비 306,900원, 기타 수수료 8,000원 등 합계 482,314,900원은 쟁점 토지의 필요경비로 전부 인정되어야 한다.

다. 그런데 쟁점 토지의 양도가액(1,208,670,000원)에서, 쟁점 토지의 매입가액(806,066,553원)에 위 필요경비(482,314,900원)를 가산한 금액(1,288,381,453원)을 공제하면 오히려 결손금(79,711,453원)이 발생하므로, 이 사건 처분은 위법하여 취소되어야 한다.

3. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 관련 법령 및 법리

 1) 법인세법 제41조 제1항 제1호는 내국법인이 타인으로부터 매입한 자산은 매입가액에 부대비용을 더한 금액을 해당 자산의 취득가액으로 한다고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제72조 제2항 제1호는 법 제41조 제1항에 따른 자산 중 타인으로부터 매입한 자산의 취득가액은 매입가액에 취득세, 등록면허세, 그 밖에 부대비용을 가산한 금액[법인이 토지와 그 토지에 정착된 건물 및 그 밖의 구축물 등(이하 이 호에서 ‘건물등’이라 한다)을 함께 취득하여 토지의 가액과 건물등의 가액의 구분이 불분명한 경우 법 제52조 제2항에 따른 시가에 비례하여 안분계산한다]라고 규정하고 있으며, 같은 시행령 제89조 제2항은 법 제52조 제2항을 적용할 때 시가가 불분명한 경우에 다음 각 호를 차례로 적용하여 계산한 금액에 따른다고 규정하면서 제1호에서는 ‘감정평가액’, 제2호에서는 ‘상속세 및 증여세법 제38조·제39조·제39조의2·제39조의3, 제61조부터 제66조까지의 규정을 준용하여 평가한 가액’이라고 규정하고 있고, 상속세 및 증여세법 제61조 제1호는 토지에 대한 평가는 부동산 가격공시에 관한 법률에 따른 개별공시지가에 의한 방법으로 하도록 규정하고 있다.

 2) 상속세 및 증여세법 시행령 제49조 제3항은 ‘그 가액에 2 이상의 재산가액이 포함됨으로써 각각의 재산가액이 구분되지 아니하는 경우에는 각각의 재산을 법 제61조 내지 제65조의 규정에 의하여 평가한 가액에 비례하여 안분계산하되 각각의 재산에 대하여 감정가액이 있는 경우에는 감정가액에 비례하여 안분계산한다’고 규정하고 있다. 위 규정은 그 입법취지나 내용에 비추어 볼 때, 토지와 건물 등 수개의 자산을 일괄거래한 경우로서 그 전체의 실지거래가액은 확인되지만 각각의 실지거래가액에 대한 구분이 불분명한 때에 그 가액의 합리적인 산정방법으로 기준시가의 비례에 의한 안분계산방법을 규정한 것으로서, 전체 토지를 각 필지별 가치의 우열을 구분·특정함이 없이 전체로서 거래가액을 정한 것이라면, 필지별 실지양도가액은 전체의 실지거래가액을 기준시가에 의하여 안분한 가액이라 할 수 있다(대법원 1994. 6. 14. 선고 93누10019 판결의 취지 참조).

 3) 소득세법 제100조 제2항은 ‘양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 따라 산정하는 경우로서 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우에는 이를 각각 구분하여 기장하되 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명할 때에는 취득 또는 양도 당시의 기준시가 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산한다’고 규정하고, 그 위임에 의한 소득세법 시행령 제166조 제6항, 부가가치세법 시행령 제64조 제1항 제1호도 기준시가에 비례하여 안분계산하여야 한다고 규정하고 있다. 위와 같은 안분계산 조항은 공통의 취득가액이나 양도가액을 안분계산하기 위한 일반적이고도 합리적인 방법을 규정한 것으로서, 그 내용과 취지에 비추어 볼 때 토지와 토지, 건물과 건물이 일괄하여 양도되는 경우와 같이 과세대상 자산들 상호간에 적용됨은 물론이고, 과세대상 자산과 비과세대상 자산 상호간에도 유추 적용된다(대법원 2012. 1. 26. 선고 2010두21402 판결, 서울고등법원 2022. 3. 31. 선고 2021누64117 판결 등 참조).

나. 쟁점 토지의 매입가액 산정방법

 1) 위 각 규정 및 법리에 비추어 앞서 든 증거들에 변론 전체의 취지를 더하여 알 수 있는 다음과 같은 사실들 및 사정들을 종합적으로 살펴보면, 쟁점 토지의 매입가액은 이 사건 각 매매계약의 대상이 된 이 사건 각 토지의 실제 매입가액 총액을 양도 당시 기준시가에 비례하여 안분계산하는 방법으로 산정함이 타당하다. 이와 다른 전제에서 이 사건 제2차 매매계약에 따른 매입가액을 양도면적으로 안분계산하는 방법으로 산정하여야 한다는 원고의 주장은 받아들일 수 없다.

  가) 쟁점 토지 중 ○○리 64-8 전 335㎡은 이 사건 제1 매매계약 및 이 사건 제2 매매계약에서 모두 매수대상이 된 ○○리 64-1 전 9,104㎡에서 분할된 토지이고, 쟁점 토지 중 ○○리 401-2 전 526㎡, ○○리 401-3 전 912㎡, ○○리 401-4 전 773㎡도 이 사건 각 매매계약에서 모두 매수대상이 된 ○○리 401 전 3,729㎡에서 분할된 토지이며, 이 사건 제1 매매계약과 이 사건 제2 매매계약은 계약당사자(신AA 등과 원고), 잔금 지급일 및 부동산 인도일(2016. 4. 30.)이 동일하므로, 쟁점 토지는 이 사건 각 매매계약으로 취득한 토지에서 분할되었다고 할 것이지, 원고 주장처럼 이 사건 제2 매매계약으로 취득한 토지에서만 분할된 것이라고 볼 수 없다.

  나) 이 사건 제1 매매계약 및 이 사건 제2 매매계약은 여러 필지의 토지를 일괄거래한 경우로서 각 매매계약 대상이 된 토지 전체의 대금이 확인될 뿐 개개의 토지별 대금을 구분할 수 없고, 각 토지의 개별공시지가도 각기 다르다.

 2) 위 산정방법에 따라 아래와 같이 산정하면 쟁점 토지의 매입가액은 683,902,139원이 된다.

다. 쟁점 토지의 취득가액에 필요경비로 산입되는 쟁점 경비의 범위

앞서 든 증거들에 변론 전체의 취지를 더하여 알 수 있는 다음과 같은 사실들 및 사정들을 종합하면, 쟁점 경비 중 아래와 같은 방법으로 안분계산한 70,030,586원(= 아래 중개수수료 안분계산액 67,925,783원 + 아래 변호사 수임료 등 안분계산액 2,104,803원)을 쟁점 토지 취득의 필요경비로 산입하는 것이 타당하다. 따라서 이와 다른 전제에서 쟁점 경비 전액을 쟁점 토지의 필요경비로 산입해야 한다는 원고의 주장은 받아들일 수 없다.

 1) 유FF에게 중개수수료 명목으로 지급된 366,000,000원은 쟁점 토지 매입에 한정하여 지급된 중개수수료가 아니라, ○○시 ○○읍 ○○리 64 전 1,554㎡5) 및 같은 리 65 전 952㎡에 대한 매매계약(매매대금 318,300,000원)과 이 사건 각 매매계약(매매대금 합계 3,366,700,000원) 등 3건의 매매계약 전체에 대하여 지급된 중개수수료이다. 따라서 쟁점 토지 취득의 필요비용으로 산입될 범위는 위 중개수수료 전액이 아니라, 아래와 같이 위 3건의 매매계약 전체 매입가액 대비 쟁점 토지 매입가액 등을 기준으로 위 중개수수료를 안분계산한 67,925,783원이라 할 것이다

 2) 변호사 수임료 11,000,000원, 측량비 306,900원, 기타 수수료 8,000원 등 합계 11,314,900원도 쟁점 토지만의 취득이나 가치 증가에 한정하여 지출된 비용이 아니라, ○○시 ○○읍 ○○리 64 전 1,554㎡ 및 같은 리 65 전 952㎡에 대한 매매계약(매매대금 318,300,000원)과 이 사건 각 매매계약(매매대금 합계 3,366,700,000원) 등 3건의 매매계약 대상 토지 전체의 취득이나 가치 증가를 위해 지출된 비용으로 보인다. 따라서 쟁점 토지 취득의 필요비용으로 산입될 범위는 위 비용 전액이 아니라, 아래와 같이 위 3건의 매매계약 전체 매입가액 대비 쟁점 토지 매입가액 등을 기준으로 위 비용을 안분계산한 2,104,803원이라 할 것이다.

라. 소결론

따라서 위와 같은 방법으로 쟁점 토지의 취득가액을 산정하여 한 이 사건 처분은

적법하다.

4. 결론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.