주 문

인천지방국세청장이 2026.3.4. 청구법인에게 한 2024 사업연도 법인세 784,516,708원, 2024년 제1기 부가가치세 57,439,274원, 2024년 제2기 부가가치세 192,472,498원, 2025년 제1기 부가가치세 5,537,085원을 부과하겠다는 세무조사결과 통지 중

1. 청구법인에게 한 2024년 제1기 부가가치세 57,439,274원, 2024년 제2기 부가가치세 192,472,498원, 2025년 제1기 부가가치세 5,537,085원을 부과하겠다는 세무조사결과 통지는 【채택】결정하고,

2. 나머지 청구는 이를 【불채택】결정합니다.

이 유

1.세무조사결과통지 내용

가.청구법인은 인천광역시 A구청장으로부터 2010.9.28. 조합설립인가를, 2017.12.20. 사업시행인가를, 2019.6.14. 관리처분계획인가를 각 받은 ｢도시 및 주거환경정비법｣상 주택재개발정비사업조합으로 인천광역시 A구 B 일대를 사업시행구역으로 하여 C구역주택재개발정비사업을 시행하고, 2024.6.21. D 아파트(이하 “쟁점아파트”라 한다) 746세대(조합원 221세대, 분양 485세대, 임대 40세대)에 관한 부분 준공인가를 받았으며, 2025.3.5. 전체 준공인가를 받았다.

나.쟁점아파트의 시공사인 E㈜(이하 “E”이라 한다)은 조합원을 대상으로 발코니 확장 공사용역, 무상옵션 품목(쿡탑, 오븐, 시스템 에어컨 2대, 주방벽체) 및 특화옵션 품목(중문, 시스템에어컨 추가 2대를 말하고, 이하 무상옵션과 합하여 “쟁점품목”이라 한다)을 공급하고 청구법인으로부터 그 비용을 공사비에 포함하여 지급받았다.

다. 청구법인은 E로부터 공사비 내역을 제공받아 건축공사비는 공통손금으로, 조합원 발코니 확장 공사비(이하 “쟁점공사비”라 한다)는 목적사업 개별손금으로, 일반분양 발코니 공사비 등은 수익사업 개별손금으로 구분경리하여 법인세 신고를 하였다.

라.통지관서는 2025.11.27.부터 2026.2.23.까지 청구법인에 대한 2023 사업연도 법인세 통합조사 및 2024 사업연도 법인세 부분조사, 2024년 제1기 내지 2025년 제1기 부가가치세 부분조사를 실시하고, 청구법인이 수익사업과 기타사업의 손익을 구분경리하면서 쟁점공사비 및 쟁점품목에 대한 비용을 과소하게 산정(공통손금 과다산정)하였다고 보아 일반분양자 공급가액 등을 기준으로 재산정하여 3,931,637,288원을 손금불산입하고 조합원 233명에게 3,873,331,298원을 배당(법인 조합원 귀속분 58,305,990원은 기타사외유출)으로 소득처분하는 한편, 청구법인이 조합원들에게 주택과 별도로 쟁점품목을 공급하고도 이에 대한 부가가치세 매출신고를 누락하였다고 보아 2024 사업연도 법인세 784,516,708원(가산세 119,841,025원 포함) 및 2024년 제1기 내지 2025년 제1기 부가가치세 255,448,857원(가산세 45,694,950원 포함)을 과세하겠다는 세무조사결과를 통지하였다.

마.청구법인은 이에 대하여 2026.3.31. 이 건 과세전적부심사를 청구하였다.

2. 청구인 주장

가. (쟁점①) 쟁점품목은 부가가치세 과세대상이 아니다.

  1)쟁점품목은 ｢부가가치세법｣상 대가관계에 의한 취득이 아니고 조합원은 조합으로부터 이를 취득한 것이 아니므로 쟁점품목은 부가가치세 과세대상이 아니다.

  2)조합원은 관리처분이라는 절차를 통하여 분담금을 부담한 것이지 신축아파트 취득에 대한 대가를 지급하지 아니한다.

   가) 조합원의 분담금은 총지출예상액에서 일반분양으로 수입될 예상액을 차감하여 부족한 자금을 부담하여 정비사업이 진행되는 것으로 ｢부가가치세법｣상 대가를 지급하고 아파트를 취득하는 것이 아니다.

   나)쟁점품목은 조합과 별도의 매매계약에 의하여 공급한 것이 아니다. ｢조세특례제한법｣에 따라 정비사업조합이 관리처분계획에 따라 조합원에게 공급하는 토지 및 건축물은 재화의 공급으로 보지 아니하며, 국세청 질의회신에 따르면 발코니 확장을 주택의 분양가액에 포함하는 경우 별도의 공급으로 보지 않고 건축물에 부수되는 것으로 해석하고 있다(서면인터넷방문상담3팀-1291, 2006.6.29. 참조). 따라서 옵션도 별도로 공급하고 있지 않고 조합원의 분담금에 포함되어 있기 때문에 독립된 재화의 공급으로 보기 어렵다.

   다)대법원 판례에 의하면 조합원 분담금은 수익사업이 아니고 조합원의 추가분담금은 ｢조세특례제한법｣ 제104조의7 정비사업조합에 대한 과세특례대상이며, 추가 출자금의 납입으로 대가관계에 의한 지급이 아님을 명확하게 판시하고 있다(대법원 2018.12.6.자 2018두54040 판결 참조).

  3)정비사업의 조합원 아파트는 조합이 조합원에게 공급하는 것이 아니라 조합원이 직접 신축하는 것으로 보기 때문에 시행사인 조합에서 보존등기하지 않고 조합원이 직접 등기한다. 따라서 쟁점품목은 조합에서 공급한 것이 아니기 때문에 부가가치세 과세대상이 아니다.

   가)대법원 판례에 따르면 조합원들이 실질적인 최종소비자의 지위에 있는 것이라고 하여야 할 것이므로 주택을 분양하는 형식을 취하였더라도 조합이 조합원들에게 재화를 공급하였다고 볼 수 없다고 판시하고 있다(대법원 1990.6.22. 선고 90누509 판결 참조).

   나)국세청 해석례에 따르더라도 재개발사업을 시행하여 신축한 건축물을 관리처분계획에 의하여 종전의 소유자인 조합원에게 분양하는 경우에는 재화의 공급에 해당하지 아니하여 부가가치세가 과세되지 아니하는 것으로 명확하게 해석하고 있다(부가46015-1958, 1995.10.24. 참조).

   다)정비사업은 ｢도시 및 주거환경정비법｣ 제74조에 따라 관리처분인가를 통하여 시행하게 되며 관리처분인가는 환지로 조합원이 직접 취득하는 것으로 보아 조합원으로 소유권보존 등기가 되며, 일반분양은 건축주인 시행자 조합으로 보존등기 후 이전등기가 이루어진다.

     (1)청구법인의 경우에도 조합원 등기부등본은 조합원 앞으로 직접 소유권 보존등기가 이루어지고, 일반분양자 등기부등본은 청구법인 앞으로 보존등기 후 이전등기가 이루어짐이 확인된다.

     (2)더불어 옵션계약의 경우 공급자는 시공사이고 공급받는 자는 조합원으로 계약이 체결되었으며, 조합이 공급받는 자가 아니다.

  4) 쟁점품목이 건축물에 통상적으로 부수되는 재화가 아니므로 재화의 공급에 해당한다는 통지관서 주장에 대한 반박

   가) 통지관서는 쟁점품목이 건축물에 통상적으로 부수되는 재화가 아니라는 점을 들어, 쟁점품목의 공급을 조합원들이 납부한 분담금을 대가로 한 실질적인 재화의 공급으로 보아 부가가치세를 과세하려고 한다.

   나) 그러나 통지관서는 정비사업 분담금의 본질과 ｢부가가치세법｣상 과세요건인 대가관계를 오인한 것이다. 청구법인의 조합원은 ｢도시 및 주거환경정비법｣ 상 관리처분계획 절차를 통해 본인 소유의 토지와 분담금을 출자하여 아파트를 자가 신축하는 실질적인 최종소비자의 지위에 있다(대법원 1990.6.22. 선고 90누509 판결 참조).

   다) 조합원이 납부하는 분담금은 관리처분계획에 따른 총지출 사업비 예산 중 본인의 권리가액을 초과하는 부족분을 공동의 사업을 위해 출자하는 금원일 뿐이다. 즉, 쟁점품목의 제공은 정비사업의 일환으로 조합원의 출자금(부담금) 실비 정산 범위 내에서 이루어지는 과정일 뿐, 청구법인과 조합원 간에 쟁점품목만을 분리하여 대가를 주고 받는 별도의 영리적 매매계약(공급거래)이 성립한 것으로 볼 수 없다.

   라) 또한, 청구법인이 시공사로부터 쟁점품목이 포함된 세금계산서를 수취하여 조합원에게 다시 교부하는 행위 역시 ｢부가가치세법 시행령｣ 제69조제14항 및 제16항과 관련 국세청 예규(부가46015-2035, 1996.9.25.)에 따라 수취한 세금계산서를 실질적 소비자에게 동일하게 단순 교부하는 특례에 불과하다. 청구법인은 시공사가 제공하는 재화를 실질적 소비자인 조합원에게 매개하는 조세법상 도관(conduit)의 역할만 수행했을 뿐, 어떠한 부가가치(이윤)도 창출하지 아니하였다.

   마) 따라서 대가관계가 부재하고 부가가치 창출이 없는 단순도관의 정산행위를 독립된 대가가 수반된 실질적인 재화의 공급으로 단정하여 부가가치세를 과세하겠다는 통지는 조세법률주의 및 실질과세 원칙에 부합하지 않으므로 취소됨이 타당하다.

나.(쟁점②) 통지관서는 실제 공급가액에 의하지 아니하고 제세경정하였으므로 실질과세원칙에 위배된다.

  1)쟁점공사비 추가액 4,556,348,364원은 실제 공급가액에 의하지 아니하였고 특화옵션 품목의 가액 818,517,160원은 실제 공급가액이 아닌 예산가액에 의하여 경정되었는바, 이 건 세무조사결과통지는 실질에 의하지 아니하였기 때문에 ｢국세기본법｣ 제14조 실질과세를 위반하였다.

  2)과세대상이 되는 실제 공급가액은 공급자가 공급하였다고 하는 가액에 의하여 결정되어야 한다.

   가)청구법인은 시공사가 공사비 내역을 구분해주지 않는 이상 공통손금, 개별손금을 구분하여 납세의무를 이행할 수 없으며, 제공된 자료에 근거하여 구분경리를 하여야 한다. 개별손금 여부가 불분명한 경우에는 공통손금으로 구분경리할 수밖에 없다(서울행정법원 2009.6.18. 선고 2008구합17318 판결 참조).

   나)공급자인 E은 2024년 구분경리 당시 쟁점공사비를 1,936,651,636원으로 회신한 바 있으며, 조사기간에 두 번의 공문을 통해 동 금액이 맞다는 공문을 보내왔다. E이 쟁점공사비 관련 세부내역을 첨부하여 회신한 공문에 따르면 쟁점공사비는 20억원임이 확인된다.

   다)공급자는 공급대상에 따라 같은 제품이라도 다른 가액으로 대가를 결정할 수 있다. 특히, 조합원과 일반분양을 다른 가액으로 제공할 수 있으며 다르게 제공하였다면 차액에 대하여 제공자의 접대비 또는 사업상 증여 여부로 판단되어야 하지 공급가액을 부인할 수 없다.

   라)따라서 쟁점공사비는 시공사인 E에서 제공된 1,936,651,636원이지 통지관서가 주장하는 6,493,000,000원이 아니다. 통지관서가 공급자가 제시하는 가액을 부인하려면 객관적인 반증이 있어야 한다.

  3)더불어 시스템에어컨 2대, 중문 3연동슬라이딩 도어에 대하여 818,517,160원은 공급자인 시공사가 확인해 준 공사비가 아닌 예산가액에 의하여 경정되었다. 이는 실질과세 원칙 위반으로 공급자에게 실제 공급가액을 확인하여 과세되어야 한다.

  4)일반분양가를 기준으로 쟁점공사비를 산정해야 한다는 통지관서의 주장에 대한 반박

   가) 통지관서는 쟁점공사비의 과세표준을 산정하면서, 시공사가 공식회신한 원가인 1,936,651,636원을 부인하고 일반분양자의 계약금액인 6,493,000,000원을 일률적으로 차용하여 과세표준을 산정하였다.

   나) 그러나 일반분양자에게 적용되는 판매가격에는 시공사의 순수 건축원가 뿐만 아니라 시공사의 이윤, 미분양 리스크 비용, 모델하우스 운영 등 각종 마케팅 비용이 복합적으로 포함되어 있다. 이를 토지와 건축자금 등을 직접 출자하여 도급을 준 발주처(조합원)의 시공원가와 동일하게 간주하는 것은, 일반분양과 조합원분양의 구조적 차이 및 건설실무의 현실을 충분히 반영하지 못한 무리한 추정이다.

   다) 통지관서의 논리대로 실질원가가 일반분양가와 동일하다면, 이는 필연적으로 시공사인 대형건설사가 부가가치세를 과소신고하였거나 사업상증여 등에 따른 세무처리를 누락하였다는 사실이 전제되어야 한다. ｢국세기본법｣ 제16조에 따른 근거과세 원칙상, 과세관청은 거래의 실질을 과세표준으로 삼기 위해 시공사의 세부원가명세 등 객관적인 증빙을 직접 검증하고 제시할 입증책임이 있다.

   라) 따라서 이러한 실체적 원가검증 노력 없이, 단지 일반분양가를 기준으로 추정 과세하는 것은 부당하다.

다.(쟁점③) 구분경리 오류에 대한 소득처분은 기타로 소득처분되어야 하나 배당으로 소득처분한 것은 과세 판단의 오류이다.

  1)과세관청은 종전 청구법인이 공통손금으로 구분경리한 금액을 조합원 개별손금이라고 보아 부인하고 배당으로 소득처분하였다.

  2)과세관청은 이 건과 동일한 정비사업의 구분경리 오류에 대하여 기타로 처분하여야 한다는 국세청 해석(서면-2019-법령해석법인-2127, 2021.7.16.) 및 기획재정부 해석(기획재정부 법인세제과-319, 2021.7.8.)이 명확히 있음에도 이를 따르지 아니하고 배당으로 처분하여 국세공무원으로서 지켜야 할 의무를 이행하지 아니하였다. 참고로 위 해석례는 청구법인의 대리인이 2019년 이 건과 같은 사례에 대하여 국세청에 질의하여 국세청이 기획재정부에 해석을 의뢰하여 발표된 예규이다.

  3)대법원 판결에 따르면 이 건과 동일한 조합원 개별손금인 이주비 차입금 이자 구분경리 오류에 따라 손금부인액의 소득처분은 배당이 아니라고 판결하고 있으며 정비사업조합은 민법의 사단법인에 관한 규정을 적용받는 비영리법인으로 법인세법상 규정을 바로 적용할 수 없으며 별도의 법규정이 있어야 한다고 하여 상법상 회사와 같이 배당으로 처분할 수 없음을 명확하게 판시하고 있다(대법원 2024.9.13.자 2024두42260 판결로 확정된 서울고등법원 2024.4.24. 선고 2023누35359 판결 참조).

  4)위 대법원 판결에 따르면 조합은 영리법인과 달리 이익배당을 목적으로 하지 아니하며, 관리처분계획에 따라 정산되는 구조이므로, 특정연도의 구분경리 차액을 즉시 ‘배당’으로 간주하는 것은 비영리법인 세제 체계를 완전히 무시한 처분이라는 것을 판시한 것이다. 정비사업조합은 상법상 영리기업과 달리 보아야 한다.

  5) 쟁점공사비와 쟁점품목 비용을 수익사업의 소득으로 충당하였으므로 청구법인의 수익이 조합원들에게 분배된 것으로 보아 배당으로 소득처분하여야 한다는 통지관서 주장에 대한 반박

   가) 통지관서는 청구법인이 조합원이 부담해야 할 쟁점공사비와 쟁점품목 비용을 수익사업(일반분양)의 소득으로 충당하였으므로 그 이익이 조합원에게 분배된 것으로 보아 ‘배당’으로 소득처분하여야 하고, 최근 대법원 판결(대법원 2024.9.13.자 2024두42260 판결)은 이주비 대출이자에 국한된 사례이므로 이 건에 적용할 수 없다고 주장한다.

   나) 그러나 이 건과 동일한 정비사업의 구분경리 오류 시 소득처분 유형에 대하여, 기획재정부는 ‘배당’이 아닌 ‘기타’로 처분함이 타당하다고 명확히 해석하고 있다(서면-2019-법령해석법인-2127). 통지관서가 확립된 상급기관의 유권해석을 준수하여야 할 의무가 있음에도 이를 임의로 배제하고 배당으로 처분한 것은, 행정의 일관성 및 신뢰보호 원칙에 부합하지 아니한다.

   다) 또한, 통지관서가 인용을 거부하는 위 대법원 판결은 조합원 개별손금의 구분경리 오류에 대한 소득처분 적정성을 다룬 것으로서, 이 건과 법리적 본질이 동일하다. 위 판결의 핵심은 단순히 비용항목의 차이가 아니라, 상법상 영리기업을 전제로 규정된 조세법령과 배당처분을 ｢도시 및 주거환경정비법｣에 따라 ｢민법｣상 사단법인 규정을 준용받는 비영리법인인 재개발정비사업조합에 법률적 근거 없이 무제한으로 적용할 수 없다는 대원칙을 판시한 것이다.

   라) 재개발조합은 ｢법인세법｣ 제113조에 따라 비영리사업(조합원)과 수익사업(일반분양)을 엄격히 구분경리한다. 사업진행 기간 중 수익사업의 이익이 조합원 사업비로 충당되었다 하더라도, 이는 최종 청산시점의 정산을 위해 일시적으로 내부 유보된 회계적 차액일 뿐, 실질적인 자산이전 절차 없이 이를 개별조합원에게 종국적으로 귀속된 배당소득으로 단정할 수 없다.

   마) 청구법인 역시 사업이 종료되는 시점에 최종적인 청산절차를 거쳐 수익과 비용이 정산되는 구조이다. 따라서 실질이 확정되지 않은 진행과정의 구분경리 차액을 주식회사의 이익배당과 동일하게 간주하여 과세하는 것은, 대법원 판결의 핵심법리와 비영리법인의 회계적 실질에 부합하지 않으므로 취소됨이 타당하다.

라.(쟁점④) 청구법인에게는 가산세 감면의 정당한 사유가 있으므로 가산세를 부과하는 것은 부당하다.

  1)청구법인은 시공사에서 자료를 제공하지 않는 한 구분경리가 불가능하여 시공사에서 제공한 자료에 근거하여 구분경리 후 납세의무를 이행하였으며, 이 건은 세무조사관의 직권에 의한 가액을 적용한 것이므로 청구법인은 조세를 회피할 의도나 적용의 잘못이 아닌 불가피한 사유로 공통손금으로 구분경리하여 납세의무를 이행하였다.

  2)청구법인이 시공사에서 제공한 자료에 근거하여 납세의무를 이행하고, 제공되지 않은 부분은 불분명하다고 판단하여 공통손금으로 안분계산한 것은 적정한 비영리법인의 구분경리 방법이다(서울행정법원 2009.6.18. 선고 2008구합17318 판결).

  3)따라서 납세의무를 적정하게 이행하고자 하여도 이행할 수 없는 불가피한 사유로 판단되므로 이 건 가산세 부과는 부적정하다(대법원 1996.10.11. 선고 95누17274 판결, 대법원 2002.3.29. 선고 99두1861 판결 참조).

  4)시공사가 제공한 2024년 공사비 정산자료는 외부 전문가인 세무대리인조차 신뢰할 수밖에 없는 유일한 객관적 자료이다. 납세자에게 시공사의 내부 원가계산 방식까지 검증하라는 것은 ‘의무 이행을 기대하기 어려운 정당한 사유’에 해당한다.

  5)이 건과 동일한 시공사 공사비 불분명 사례에 대한 과세전적부심사결정례에 따르면 국세청은 납세자의 의무불이행에 대해 불가피성을 인정하고 과소신고가산세 및 납부지연가산세를 적용하지 아니하는 결정을 하였다(국세청적부2024-0055, 2024.6.19. 결정 참조).

  6)청구법인이 주의의무를 해태하였다는 통지관서 주장에 대한 반박

   가) 통지관서는 쟁점공사비가 전년 대비 감소하였음에도 청구법인이 그대로 신고한 것을 주의의무 해태로 주장한다.

   나) 그러나 이 건 정비사업은 총액으로 결정되는 도급계약으로 전체 총공사비에는 변동이 없었으며, 시공사인 E이 내부 회계처리 기준에 따라 세부원가를 재배분하여 확정된 정산자료를 공식 발송하였다.

   다) 청구법인은 도급계약의 당사자로서 거래상대방인 시공사가 공식적으로 교부한 문서를 신뢰하여 세무신고를 이행하였다.

   라) 납세의무자에게 접근 권한조차 없는 시공사의 내부 이윤배분 구조나 원가 산정내역까지 자체적으로 검증하여 수정신고할 것을 요구하는 것은 납세자의 합리적인 주의의무 범위를 넘어서는 것으로서 기대가능성이 없다.

3. 통지관서 의견

가.(쟁점①) 쟁점품목은 부가가치세 과세대상에 해당한다.

  1)청구법인이 공급한 쟁점품목은 ｢조세특례제한법｣ 제104조의7제3항에 따른 특례규정에 해당하지 아니하는 별도의 거래이다.

   가)통상적으로 아파트의 옵션 품목은 아파트와 별도의 계약 및 대가관계에 따라 아파트와 옵션 두 개의 공급이 같이 이루어지는 경우가 많으며 이는 ｢부가가치세법｣상 부수성이 부정되는 경우가 대다수이다.

     (1)국세청 해석례에서도 시공사와 조합이 조합원에게만 무상으로 제공하는 가전제품은 해당 정비사업의 시행으로 건설되는 국민주택의 건설용역에 통상적으로 부수되는 재화･용역으로 볼 수 없으므로 부가가치세 과세대상이라고 판단하고 있다(서면-2025-부가-1279, 2025.8.5. 참조).

     (2)대법원은 조세법률주의의 원칙상 과세요건 사실이거나 비과세요건 사실이거나를 막론하고 조세법규의 해석은 엄격하게 하여야 하고 확장해석이나 유추해석은 허용되지 아니한다고 판시하고 있다(대법원 2000.12.26. 선고 98두1192 판결 참조).

     (3)｢조세특례제한법｣ 제104조의7에서 규정하는 부가가치세 특례 규정은 토지와 건축물에 한정하고 있는바, 쟁점품목은 토지와 건축물의 내용과 상관없이 청구법인과 시공사와의 협의를 거쳐 여러 차례 변경되는 거래 당사자간 협의에 따라 품목이 결정되는 별도거래로 보여진다.

   나)따라서 쟁점품목은 오븐, 쿡탑, 에어컨 등의 가전제품으로 ｢부가가치세법｣상 과세되는 재화의 공급이다.

  2)청구법인이 조합원에게 공급한 쟁점품목은 ｢부가가치세법｣에 따른 재화의 공급에 해당한다.

   가)｢조세특례제한법｣ 제104조의7제3항에 따르면 관리처분계획에 따라 조합원에게 공급하는 토지 및 건축물은 ｢부가가치세법｣에 따른 재화의 공급으로 보지 않는다고 규정하였다.

   나)청구법인과 계약한 일반분양자들은 쟁점품목과 동일한 내용을 안내받았으며, 일반분양자 각각의 독립적인 의사결정에 따라 쟁점품목의 거래 여부를 선택하였다.

   다)대법원은 쟁점품목과 유사한 발코니 확장 용역의 경우 분양자의 선택에 따라 공급여부가 결정되는 것은 아파트의 공급에 거래의 관행상 통상적으로 부수되는 것이라거나 필수적으로 부수되는 것에 해당한다고 볼 수 없다고 설시하고 있다(대법원 2024.12.11. 선고 2014두40036 판결 참조).

   라)그러므로 쟁점품목은 ｢부가가치세법｣ 제14조에 따른 부수재화에 해당하지 아니한다.

  3)청구법인은 ｢부가가치세법｣상 쟁점품목의 납세의무자에 해당한다.

   가)청구법인 의견서에 따르면 쟁점품목은 청구법인과 조합원이 아닌 시공사와 조합원 간에 체결한 계약에 따라 제공한 재화이므로 청구법인은 ｢부가가치세법｣ 상 납세의무자에 해당하지 않는다고 주장하고 있다.

   나)그러나 청구법인과 시공사 간 도급계약서에 따르면 시공사는 청구법인의 분양계약업무를 위임받은 자에 불과하므로 쟁점품목 계약의 당사자는 청구법인이다.

   다)또한 시공사가 2023.2.16. 발행한 계산서에 따르면 청구법인은 시공사로부터 ‘C구역 재개발조합 옵션발코니 공사수입’ 품목을 공급받은바, 쟁점품목을 조합원에게 공급한 자는 청구법인으로 확인된다.

  4)그러므로 청구법인이 조합원에게 공급한 쟁점품목은 ｢조세특례제한법｣에서 규정한 토지 및 건축물에 부수하여 공급하는 것이 아닌 별도 공급하는 재화로, 이는 ｢부가가치세법｣에 따른 재화의 공급에 해당하므로 통지관서의 세무조사결과통지는 정당하다.

나.(쟁점②) 통지관서는 일반분양자의 발코니 확장공사비와 동일하게 쟁점공사비를 산정하였고, 쟁점품목의 가액은 실제 공급가액이다.

  1)통지관서는 쟁점공사비 산정 시 동일공법으로 시공한 일반분양자의 발코니 확장 공사비와 동일하게 산정하였다.

   가)청구법인은 쟁점공사비를 근거 없이 감액하였다. 시공사에서 2024.2.에 회신한 쟁점공사비 6,635,008,000원은 준공 3개월 전 회신받은 것이며, 1,936,651,636원은 2025.2. 회신받은 것이다.

   나)청구법인은 쟁점공사비 변경 당시 변경에 대한 세부내역 등 근거자료 등을 확인 및 요청하지 않았으며, 그로 인해 시공사가 구분한 공사비 구분의 정당 여부를 확인할 수 없다. 물가상승 등으로 총공사비는 증가하였으나 쟁점공사비만 70% 이상 감액된 근거를 제출하지 못하였다.

   다)청구법인은 2026.1. 쟁점공사비가 감액된 사유를 시공사에게 문의하였으나 정산절차 완료로 세부내역 생성이나 증빙할 수 있는 근거자료는 없다고 회신하였다. 시공사는 2026.2. 쟁점공사비 공사원가라며 회신하였으나 재료비, 인건비, 경비 등 실제 발코니 공사에 들어간 원가를 산정한 것이 아닌 평당 단가로 추산한 것이었다.

   라)청구법인은 전세대 발코니 의무확장으로 일반분양자와 조합원 동일하게 시공하여 공급하였으나 조합원은 무상공급으로 공사비를 별도 산출하지 않고 일반분양자는 유상공급으로 공사비를 별도 산출하였다. 일반분양자의 발코니 공사비는 2025.2. 시공사에서 회신한 발코니 공사비와 일치한다.

   마)시공사는 일반분양 발코니와 조합원 발코니를 평형별로 동일하게 시공하였으므로 일반분양자의 발코니 확장비를 기준으로 쟁점공사비를 산출한 것은 객관적･합리적 방법에 의한 것으로 정당하다.

  2)손금불산입한 쟁점품목의 가액은 예산가액이 아닌 실제 공급가액이다.

   가)청구법인의 2023.4. 정기총회자료에 따르면 청구법인은 시공사에 중문, 에어컨 등을 시공사에 선시공하도록 요청하였고, 시공사는 2023.1.17. 에어컨 설치에 따른 공사비 증액안을 회신하였으며, 2023.1.20. 중문설치 금액을 회신하였다.

   나)따라서 쟁점품목 금액은 실제 공급가액이므로 통지관서의 가액산정은 정당하다.

다.(쟁점③) 쟁점공사비와 쟁점품목에 대해 배당으로 소득처분한 것은 정당하다.

  1)수익사업의 손금에 해당하지 않은 비용을 손금불산입하고 배당으로 소득처분한 것은 정당하다.

   가)청구법인은 조합원이 부담하여야 할 쟁점공사비와 쟁점품목을 일반건축비에 포함하여 공사비를 지급하며 공사비 전체를 공통손금으로 계상한 것은 일반분양 수익사업에 따른 소득으로 충당한 것이다.

   나)조합원이 부담하여야 할 공사비를 수익사업에 따른 소득으로 충당한 것으로 인정되는 이상, 청구법인의 수익이 조합원들에게 분배되었다고 볼 수 있으므로, ｢법인세법｣ 제67조 및 같은법 시행령 제106조에 따라 조합원들에게 배당으로 소득처분한 이 건 세무조사결과통지는 정당하다.

  2)청구법인이 제출한 대법원 2024.9.13.자 2024두42260 판결의 원고와 청구법인은 청산법인이 아니라는 점만 동일할 뿐 사실관계가 상이하다.

   가)위 판결은 이주비 대출이자 계약서에 이자비용은 분담금에 포함됨을 명시하여 수익사업에 의한 소득으로 충당하지 않고 추후 분담금으로 회수할 가능성이 있었던 사안이나, 청구법인은 조합원 발코니 확장 계약서에 쟁점공사비가 추후 분담금에 포함된다는 내용은 확인되지 아니한다.

   나)또한 위 판결의 원고는 추후 분담금에 포함될 이자비용을 법인세 신고시 수익사업의 손금으로 처리하지 않고 손금불산입하였으나, 청구법인은 법인세 신고시 수익사업 손금으로 처리하였다.

  3)청구법인이 제시한 국세청 해석례(서면-2019-법령해석법인-2127)은 비영리법인의 구분경리 오류 시 세무조정 방법에 대한 원론적인 내용을 기재한 것으로, 청구법인은 이에 해당하지 아니한다.

   가)‘기타’ 소득처분은 세무조정한 금액이 기업외부로 유출되지 않고 기업 내부에 남아있으나, 결산서와 세법 간의 자산･부채의 차이가 없는 경우에 행하는 것이다.

   나) 그러나 쟁점공사비와 옵션은 조합원의 이익을 위한 지출로, 개별조합원을 위한 지출이 정비사업에 통상적으로 필요한 비용이라 보기 어려우므로 해당해석을 적용할 순 없다.

  4)위 해석례에 따르면 조합원을 대신하여 해당 조합이 사업비에서 지출하는 이주비 이자비용 중 수익사업 부문 상당액은 ｢법인세법｣ 제52조 또는 같은법 제19조에 따라 해당조합의 손금에 해당하지 않고 같은법 제67조 및 같은법 시행령 제106조제1항제1호에 따라 해당 조합원에게 배당소득으로 소득처분되는 것이라고 해석하였다.

  5)또한 조세심판원의 심판례에 따르면 조합원이 부담하였어야 할 품목의 공사비용을 총공사비에 포함하여 시공사에 지급한 이상 이는 정비사업 중 일반분야과 관련하여 발생한 소득을 조합원들이 부담하여야 할 공사비가 경감되는 방식으로 청구법인의 소득을 조합원들에게 분배한 것으로 볼 수 있는 점, 또한 정비사업 중 일반분양에서 발생한 이익이 최종적으로 조합원에게 배당될 재원에 해당하는바, 정비사업을 실시한 결과 최종적으로 이익잉여금이 발생한 것으로 확인되고, 청구법인이 청구법인의 조합원이 부담한 쟁점비용을 대신 납부함으로써 조합의 수익사업 부분의 이익이 감소된 부분에 대하여는 이를 조합원들에게 배당될 재원이 감소된 것으로 볼 수 있다고 하였다(조심 2024서5669, 2025.6.17. 참조).

  6)청구법인이 지출한 쟁점공사비와 쟁점품목의 귀속자는 청구법인의 조합원으로 그 귀속이 분명한바, 소득처분은 배당에 해당한다.

   가)｢법인세법 시행령｣ 제106조제1항제1호가목에 따르면 익금에 산입한 금액이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자가 주주등인 때에는 배당으로 처분하도록 규정하고 있으며, 이는 비영리법인도 해당한다.

   나)통지관서는 청구법인이 지급한 쟁점공사비와 쟁점품목이 사외유출된 것이 분명하고, 그 귀속자도 분명한바, ｢법인세법｣ 제67조에 따라 배당으로 처분하였다.

  7)따라서 청구법인은 쟁점공사비를 수익사업에 따른 소득으로 충당한 것으로, 조합원들에게 청구법인의 수익이 분배된 것이며, 조합원들에게 배당으로 소득처분한 세무조사결과통지는 정당하다.

라.(쟁점④) 납세자에게 가산세를 감면할 정당한 사유가 없다.

  1)청구법인은 쟁점공사비 관련 가산세는 ｢국세기본법｣ 제48조에 따른 가산세 감면 등의 사유에 해당하지 아니한다.

   가)청구법인은 2024 사업연도 법인세 신고 시 시공사로부터 제공받은 공사 세무자료를 근거로 신고하였는데, 해당 공사 세부자료는 직전 사업연도 세부자료와 비교하였을 때 다음과 같이 변동하였다.

     (1)시공사가 제출한 최종 공사내역에서 총공사비는 172,651,958,575원으로 변동이 없으나, 조합원 발코니 공사비와 분양경비 합계 4,971,528,000원이 건축공사비 명목으로 변동되어 청구법인은 2023년 진행률에 따라 인식했던 조합원 개별원가 35억원을 차감하여 공통원가로 조정했다.

     (2)일반분양 발코니는 세대별 평균 공사비가 30,324,742원으로 변동이 없었으나, 쟁점공사비는 30,022,661원에서 9,049,774원으로 감소하여 동일한 발코니 확장공사임에도 일반분양자와 조합원 사이의 가격 차이가 3배 이상 나게 공사비 내역이 변경되었음에도 청구법인은 시공사에 대해 어떠한 소명 요청도 하지 아니하였다.

     (3)쟁점공사비가 별다른 사유 없이 70% 감소한 이례적인 상황에서 청구법인은 계산서를 교부받음에 있어 이를 시공사에 문의･질의하지 않고 그대로 신고하였다.

   나)세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세의무자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 법이 정하는 바에 따라 부과하는 행정상의 제재로서 납세자의 고의･과실은 고려되지 아니한다(대법원 2013.1.10.자 2012두21253 판결).

   다)따라서 청구법인은 ｢국세기본법｣ 제48조제1항에서 규정한 가산세 감면 사유에 해당하지 아니하므로 통지관서의 이 건 세무조사결과통지는 정당하다.

4.심리 및 판단

가.쟁점

 1)조합원이 무상으로 공급받은 아파트 선택품목은 부가가치세 과세대상이 아니라는 청구주장의 당부

 2)통지관서가 실제 공급가액에 의하지 아니하고 제세경정하여 부당하다는 청구주장의 당부

 3)구분경리 오류로 인한 손금불산입 금액을 배당으로 소득처분한 것은 부당하다는 청구주장의 당부

 4)청구법인에게 가산세 감면의 정당한 사유가 있으므로 가산세 부과는 부당하다는 청구주장의 당부

나.관련법령

<쟁점① 관련>

  1) 조세특례제한법 제104조의7 【정비사업조합에 대한 과세특례】(2025.12.23. 법률 제21223호로 개정되기 전의 것)

   ③ 정비사업조합이 「도시 및 주거환경정비법」 또는 「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」에 따라 해당 정비사업에 관한 공사를 마친 후에 그 관리처분계획에 따라 조합원에게 공급하는 것으로서 종전의 토지를 대신하여 공급하는 토지 및 건축물(해당 정비사업의 시행으로 건설된 것만 해당한다. 이하 이 조에서 같다)은 「부가가치세법」제9조 및 제10조에 따른 재화의 공급으로 보지 아니한다.

  2)부가가치세법 제14조 【부수 재화 및 부수 용역의 공급】(2025.12.23. 법률 제21218호로 개정되기 전의 것)

   ① 주된 재화 또는 용역의 공급에 부수되어 공급되는 것으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 재화 또는 용역의 공급은 주된 재화 또는 용역의 공급에 포함되는 것으로 본다.

    1. 해당 대가가 주된 재화 또는 용역의 공급에 대한 대가에 통상적으로 포함되어 공급되는 재화 또는 용역

    2. 거래의 관행으로 보아 통상적으로 주된 재화 또는 용역의 공급에 부수하여 공급되는 것으로 인정되는 재화 또는 용역

   ② 주된 사업에 부수되는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 재화 또는 용역의 공급은 별도의 공급으로 보되, 과세 및 면세 여부 등은 주된 사업의 과세 및 면세 여부 등을 따른다.

    1. 주된 사업과 관련하여 우연히 또는 일시적으로 공급되는 재화 또는 용역

    2. 주된 사업과 관련하여 주된 재화의 생산 과정이나 용역의 제공 과정에서 필연적으로 생기는 재화

<쟁점② 관련>

  1) 국세기본법 제14조 【실질과세】(2025.12.23. 법률 제21212호로 개정되기 전의 것)

   ② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식과 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.

  2)국세기본법 제16조 【근거과세】

   ① 납세의무자가 세법에 따라 장부를 갖추어 기록하고 있는 경우에는 해당 국세 과세표준의 조사와 결정은 그 장부와 이와 관계되는 증거자료에 의하여야 한다.

   ② 제1항에 따라 국세를 조사ㆍ결정할 때 장부의 기록 내용이 사실과 다르거나 장부의 기록에 누락된 것이 있을 때에는 그 부분에 대해서만 정부가 조사한 사실에 따라 결정할 수 있다.

  3)법인세법 제113조 【구분경리】(2025.12.23. 법률 제21217호로 개정되기 전의 것)

   ① 비영리법인이 수익사업을 하는 경우에는 자산ㆍ부채 및 손익을 그 수익사업에 속하는 것과 수익사업이 아닌 그 밖의 사업에 속하는 것을 각각 다른 회계로 구분하여 기록하여야 한다.

   ⑧ 제1항부터 제7항까지의 규정에 따른 구분경리의 방법, 동일사업을 하는 법인의 판정, 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

  3-1)법인세법 시행령 제156조 【구분경리】(2026.2.27. 대통령령 제36130호로 개정되기 전의 것)

   ① 법 제113조제1항부터 제5항까지의 규정에 해당하는 법인은 구분하여야 할 사업 또는 재산별로 자산ㆍ부채 및 손익을 법인의 장부상 각각 독립된 계정과목에 의하여 기획재정부령으로 정하는 바에 따라 구분경리하여야 한다.

  3-2) 법인세법 시행규칙 제75조 【구분경리의 범위】(2026.1.2. 재정경제부령 제1호로 개정되기 전의 것)

   ① 영 제156조의 규정에 의한 구분경리를 할 때에는 구분하여야 할 사업 또는 재산별로 자산ㆍ부채 및 손익을 각각 독립된 계정과목에 의하여 구분기장하여야 한다. 다만, 각 사업 또는 재산별로 구분할 수 없는 공통되는 익금과 손금은 그러하지 아니하다.

  3-3) 법인세법 시행규칙 제76조 【비영리법인의 구분경리】

   ① 비영리법인이 법 제113조제1항의 규정에 의하여 구분경리하는 경우 수익사업과 기타의 사업에 공통되는 자산과 부채는 이를 수익사업에 속하는 것으로 한다.

   ② 비영리법인이 구분경리를 하는 경우에는 수익사업의 자산의 합계액에서 부채(충당금을 포함한다)의 합계액을 공제한 금액을 수익사업의 자본금으로 한다.

   ③ 비영리법인이 기타의 사업에 속하는 자산을 수익사업에 지출 또는 전입한 경우 그 자산가액은 자본의 원입으로 경리한다. 이 경우 자산가액은 시가에 의한다.

   ④ 비영리법인이 수익사업에 속하는 자산을 기타의 사업에 지출한 경우 그 자산가액 중 수익사업의 소득금액(잉여금을 포함한다)을 초과하는 금액은 자본원입액의 반환으로 한다. 이 경우 ｢조세특례제한법｣ 제74조제1항제1호의 규정을 적용받는 법인이 수익사업회계에 속하는 자산을 비영리사업회계에 전입한 경우에는 이를 비영리사업에 지출한 것으로 한다.

   ⑤ 비영리법인의 경우 법 제112조의 규정에 의한 장부의 기장은 제1항 내지 제4항의 규정에 의한다.

   ⑥ 비영리법인이 법 제113조제1항의 규정에 의하여 수익사업과 기타의 사업의 손익을 구분경리하는 경우 공통되는 익금과 손금은 다음 각호의 규정에 의하여 구분계산하여야 한다. 다만, 공통익금 또는 손금의 구분계산에 있어서 개별손금(공통손금외의 손금의 합계액을 말한다. 이하 이 조에서 같다)이 없는 경우나 기타의 사유로 다음 각호의 규정을 적용할 수 없거나 적용하는 것이 불합리한 경우에는 공통익금의 수입항목 또는 공통손금의 비용항목에 따라 국세청장이 정하는 작업시간ㆍ사용시간ㆍ사용면적등의 기준에 의하여 안분계산한다.

    1. 수익사업과 기타의 사업의 공통익금은 수익사업과 기타의 사업의 수입금액 또는 매출액에 비례하여 안분계산

    2. 수익사업과 기타의 사업의 업종이 동일한 경우의 공통손금은 수익사업과 기타의 사업의 수입금액 또는 매출액에 비례하여 안분계산

    3. 수익사업과 기타의 사업의 업종이 다른 경우의 공통손금은 수익사업과 기타의 사업의 개별 손금액에 비례하여 안분계산

   ⑦ 제6항의 규정에 의한 공통되는 익금은 과세표준이 되는 것에 한하며, 공통되는 손금은 익금에 대응하는 것에 한한다.

<쟁점③ 관련>

  1)법인세법 제67조 【소득처분】

   다음 각 호의 법인세 과세표준의 신고ㆍ결정 또는 경정이 있는 때 익금에 산입하거나 손금에 산입하지 아니한 금액은 그 귀속자 등에게 상여(賞與)ㆍ배당ㆍ기타사외유출(其他社外流出)ㆍ사내유보(社內留保) 등 대통령령으로 정하는 바에 따라 처분한다.

    2. 제66조 또는 제69조에 따른 결정 또는 경정

  1-1) 법인세법 시행령 제106조 【소득처분】

   ① 법 제67조에 따라 익금에 산입한 금액은 다음 각 호의 구분에 따라 처분한다. 비영리내국법인과 비영리외국법인에 대해서도 또한 같다.

    1. 익금에 산입한 금액(법 제27조의2제2항에 따라 손금에 산입하지 아니한 금액을 포함한다)이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각 목에 따라 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 할 것. 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자(소액주주등이 아닌 주주등인 임원 및 그와 제43조제8항에 따른 특수관계에 있는 자가 소유하는 주식등을 합하여 해당 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 30 이상을 소유하고 있는 경우의 그 임원이 법인의 경영을 사실상 지배하고 있는 경우에는 그 자를 대표자로 하고, 대표자가 2명 이상인 경우에는 사실상의 대표자로 한다. 이하 이 조에서 같다)에게 귀속된 것으로 본다.

     가. 귀속자가 주주등(임원 또는 직원인 주주등을 제외한다)인 경우에는 그 귀속자에 대한 배당

  2) 소득세법 제17조 【배당소득】(2025.12.23. 법률 제21221호로 개정되기 전의 것)

   ① 배당소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.

    1. 내국법인으로부터 받는 이익이나 잉여금의 배당 또는 분배금

    4. 「법인세법」에 따라 배당으로 처분된 금액

<쟁점④ 관련>

  1)국세기본법 제48조 【가산세 감면 등】

   ① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다.

    2. 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데에 정당한 사유가 있는 경우

다.사실관계

  1)기초사실관계

   가)청구법인은 C구역주택재개발정비사업 추진을 위해 설립된 조합으로 ｢도시 및 주거환경정비법｣에 따라 인천광역시 A구 B 일원에서 아파트 746세대(조합원 분양 221세대(보류지 7세대 포함), 일반분양 485세대, 임대주택 40세대)를 준공하였고, 정비사업 주요 추진 경과는 아래와 같다.

   나)청구법인은 비영리법인으로서 수익사업으로 일반분양아파트를, 기타사업(목적사업)으로 조합원분양아파트를 건설하여 공급하였으며, 수익사업과 기타사업의 구분은 아래와 같다.

   다)청구법인은 수익사업 및 기타사업의 면적을 기준으로 공통손금을 구분경리하였다고 설명하면서 아래 표를 제출하였고, 수익사업의 면적비율은 70.18%인 것으로 나타난다.

   라)국세청 대내포털시스템에서 조회한 청구법인의 2023 내지 2025 사업연도의 법인세 신고서를 요약하면 아래와 같다.

   마)국세청 대내포털시스템에서 조회한 청구법인의 2024년 제1기 내지 2025년 제2기 부가가치세 신고서를 요약하면 아래와 같다.

   바)통지관서가 제출한 청구법인에 대한 2024 사업연도 법인세 결의서(안)에 따르면 통지관서는 청구법인이 수익사업과 기타사업의 손익을 구분경리하면서 쟁점공사비 및 쟁점품목에 대한 비용을 과소하게 산정하였다고 보아 일반분양자 공급가액을 기준으로 재산정하여 3,931,637,288원을 손금불산입하는 등 법인세 784,516,708원(가산세 119,841,025원 포함)을 결정하고 조합원 233명에게 3,873,331,298원을 배당(법인 조합원 귀속분 58,305,990원은 기타사외유출)으로 소득처분한다는 내용의 법인세 결의서(안)을 작성한 것으로 나타난다.

   사)통지관서가 제출한 청구법인에 대한 2024년 제1기 내지 2025년 제1기 부가가치세 결의서(안)에 따르면 통지관서는 청구법인이 조합원들에게 주택과 별도로 쟁점품목을 공급하고도 이에 대한 부가가치세 매출신고를 누락하였다고 보아 2024년 제1기 내지 2025년 제1기 부가가치세 255,448,857원을 과세하겠다는 내용의 부가가치세 결의서(안)을 작성한 것으로 나타난다.

  2)쟁점아파트 옵션계약 관련 사항

   가)쟁점아파트의 일반 공급계약서에 따르면 매도인은 청구법인, 매수인은 수분양자, 시공자는 E인 것으로 나타난다.

   나)쟁점아파트의 옵션 계약신청서에 따르면 발코니 확장, 시스템에어컨, 아트월 등 옵션의 종류 및 공급가액이 기재되어 있고 발코니 확장은 비확장형으로 선택할 수 없으나 나머지 옵션에 대해서는 수분양자가 선택할 수 있는 것으로 나타난다.

   다)쟁점아파트의 일반 발코니확장 계약서에 따르면 유상옵션의 공급가액, 부가가치세, 총공급금액이 기재되어 있고 공급자는 청구법인, 시공자는 E, 공급받는 자는 수분양자인 것으로 나타난다.

   라)쟁점아파트의 일반 옵션계약서에 따르면 유상옵션의 공급가액, 부가가치세, 총공급금액과 무상옵션의 품목이 기재되어 있고 공급자는 E, 공급받는 자는 수분양자인 것으로 나타난다.

   마)쟁점아파트의 조합원 공급계약서에 따르면 매도인은 청구법인, 매수인은 조합원, 시공자는 E인 것으로 나타난다.

   바)쟁점아파트(조합)의 옵션계약신청서에 따르면 발코니 확장, 시스템에어컨, 아트월 등 옵션의 종류 및 공급가액이 기재되어 있고, 옵션 중 발코니 확장 비용, 주방벽체(도기질타일→엔지니어드스톤), 시스템에어컨(4개소), 현관중문 3연동 슬라이딩 도어 등의 공급가액은 무상인 것으로 기재되어 있으며, 발코니 확장은 비확장형으로 선택할 수 없으나 나머지 옵션에 대해서는 조합원이 선택할 수 있는 것으로 나타난다.

   사)쟁점아파트의 조합 옵션계약서에 따르면 유상옵션의 공급가액, 부가가치세, 총공급금액과 무상옵션의 품목(발코니 확장공사 포함)이 기재되어 있고 공급자는 E, 공급받는 자는 조합원인 것으로 나타나며, 이와 관련하여 청구법인은 유상옵션에 대한 부가가치세를 E이 거래징수하여 신고‧납부하였다고 설명하였다.

   아)한편, 청구법인이 제출한 쟁점아파트의 등기사항전부증명서에 따르면 일반분양의 경우 청구법인 앞으로 소유권 보존등기 후 수분양자에게 소유권이전등기가 이루어지고, 조합원 분양의 경우 조합원 앞으로 소유권 보존등기가 이루어진 것으로 나타난다.

   자)통지관서가 제출한 쟁점아파트 발코니 확장공사 계산서(2023.2.16. 작성분)에 따르면 공급자는 E이고 공급 받는 자는 청구법인이며 품목은 ‘C구역 재개발조합 옵션 발코니공사수입(1차)’인 것으로 나타난다.

  3) 청구법인의 구분경리 관련 사항

   가)통지관서가 제출한 청구법인과 E 사이의 도급계약서에 따르면 청구법인은 E과 2021.7.13. 공사기간을 ‘실착공일로부터 31개월’, 공사도급금액을 152,950,250,415원(평당 4,837,888원)으로 하여 도급계약을 체결하였고, 2024.3.22. 공사기간을 ‘실착공일로부터 34개월’로 변경하여 2차 변경계약을 체결하였으며, 2024.5. 공사도급금액을 172,651,958,575원(평당 5,463,456원)으로 변경하여 3차 변경계약을 체결한 것으로 나타난다.

   나)청구법인이 E로부터 수신한 ‘2023년 귀속 법인세 신고자료 협조요청에 대한 회신의 건’ 공문(2024.2.1.)에 따르면 2021.7. 도급계약서 기준 공사비 합계액은 152,950,250,415원, 조합원 발코니 공사비는 6,635,008,000원, 조합원 무상옵션 (공사)비는 1,279,022,030원인 것으로 나타난다.

   다)청구법인이 E로부터 ‘2024년 귀속 법인세 신고자료 협조요청에 대한 회신의 건’ 공문(2025.2.10.)에 따르면 2024.5. 도급계약서 기준 공사비 합계액은 172,651,958,575원이고, 조합원 발코니 공사비는 1,936,651,636원으로 감액된 것으로 나타난다.

   라)청구이유서에 따르면 청구법인은 E로부터 제공받은 위 공사비 내역에 대하여 건축공사비 145,779백만원은 공통손금으로, 조합원 발코니 공사비 1,936백만원은 기타사업(목적사업) 개별손금으로, 보류지 발코니 공사비, 일반분양 발코니 공사비, 일반분양 관련 경비 합계 24,936백만원은 수익사업 개별손금으로 구분경리하였고 공사비 관련 부가가치세는 2,579,831,230원인 것으로 나타난다.

   마)청구법인이 E로부터 수신한 ‘법인세 신고 관련 공사비 구분 내역 회신의 건’ 공문(2026.1.29.)에 따르면 청구법인이 2024년 변경 도급계약 공사비 세부내역 자료를 요청한 데 대하여 E은 발코니 확장 등 특정 공종에 대한 세부내역을 분리산출하기 어려워 일반분양분 발코니 확장비는 개별 계약 건을 기준으로 별도 산정하였고, 조합원분 발코니 공사비는 총 도급공사비를 기준으로 2024년 당시 20억원으로 산정하여 이미 회신하였으며, 추가로 세부내역을 생성하거나 증빙할 수 있는 근거자료가 없다는 취지로 회신한 것으로 나타난다.

   바)또한 청구법인이 E로부터 수신한 ‘국세청 세무조사 관련 자료 요청에 대한 회신’ 공문(2026.2.9.)에 따르면 E은 조합․보류지 발코니 확장공사비 관련 산출내역에 대하여 공사원가 합계 2,594,891,588원에서 미시공 품목 594,891,588원을 차감한 2,000,000,000원으로 회신한 것으로 나타난다.

   사)청구법인이 E로부터 제공받은 2023 사업연도와 2024 사업연도의 법인세 신고자료를 비교하면 아래와 같다.

  4)통지관서의 기타사업(목적사업) 비용 재산정 관련 사항

   가)통지관서는 시공사가 일반분양자와 조합원의 발코니 확장공사를 평형별로 동일하게 시공하였으므로 일반분양자의 발코니 확장공사비를 기준으로 쟁점공사비를 6,493,000,000원(보류지 제외)으로 재산정하였다고 설명하면서 아래와 같이 계산내역을 제출하였다.

   나)청구법인이 E로부터 수신한 ‘조합 특화품목(시스템에어컨) 설치 관련 세부내용 확정요청의 건’ 공문(2023.1.17.)에 따르면 조합원에게 특화품목으로 제공한 시스템에어컨 설치비용은 557,958,160원인 것으로 나타난다.

   다)청구법인이 E로부터 수신한 ‘C 000호 회신의 건(조합 중문 특화품)’ 공문(2023.1.20.)에 따르면 조합원에게 특화품목으로 제공한 중문 설치비용은 260,559,000원인 것으로 나타난다.

   라)청구법인의 2023 사업연도 정기총회 제6호 안건 ‘조합원 특화(에어컨, 중문) 옵션 확정의 건’ 문서(2023.4.16.)에 따르면 청구법인은 시공자에게 에어컨 2대와 중문을 선시공 요청하였고 조합원 특화옵션 품목 비용은 818,517,160원(중문 260,559,000원, 에어컨 557,958,160원)인 것으로 나타난다.

   마)통지관서는 청구법인이 E로부터 수신한 ‘2023년 귀속 법인세 신고자료 협조요청에 대한 회신의 건’ 공문(2024.2.1.)에 기재된 조합원 무상옵션 공사비 1,279,022,030원와 위 특화옵션 비용 818,517,160원의 합계 2,097,539,190원(보류지 포함)을 쟁점품목 비용으로 재산정하였다.

   바)통지관서는 청구법인이 제시한 판결(대법원 2024.9.13.자 2024두42260 판결로 확정된 서울고등법원 2024.4.24. 선고 2023누35359 판결)은 이 건과 사실관계가 상이하다고 주장하면서 비교표를 아래와 같이 제출하였다.

  5) 쟁점품목에 대한 부가가치세 관련 사항

   가)통지관서가 제출한 E의 세금계산서 발급내역에 따르면 E은 2021년부터 2024년까지 청구법인에게 공급가액 합계 25,798,312,304원의 세금계산서를 발급한 것으로 나타나고 품목명에는 ‘C구역 재개발조합, 공사수입’ 또는 ‘C구역 재개발조합, 옵션발코니 공사수입’이라고 기재되어 있으며, 쟁점품목과 관련한 세금계산서는 확인되지 아니한다.

   나)청구법인이 조사기간 중 통지관서에 제출한 ‘2023년 공사비 진행률 계산’ 문서에 따르면 청구법인은 미지급공사비 산출 시 E로부터 수신한 ‘2023년 귀속 법인세 신고자료 협조요청에 대한 회신의 건’ 공문(2024.2.1.) 상의 조합원 무상옵션 공사비 1,279,022,030원에 대해 부가가치세 127,902,203원을 가산하여 총공사비에 반영하였던 것으로 나타난다.

   다)통지관서는 조합원 무상옵션 공사비 1,279,022,030원와 특화옵션 품목비용 818,517,160원을 조합원 세대수 221세대(보류지 7세대 포함)로 나누어 세대별 공급가액을 무상옵션 5,787,430원, 특화옵션 3,703,697원으로 산정하고 각 세대부담금 잔금일자를 기준으로 과세기간별 공급가액을 안분하였다고 설명하면서 쟁점품목 공급가액을 아래와 같이 제출하였다.

   라)통지관서는 쟁점품목에 대해 일반분양자 판매가격을 기준으로 공급가액을 산정해보더라도 통지관서가 산정한 공급가액과 유사한 수준이라고 설명하면서 일반분양자 판매가격 기준 공급가액을 아래와 같이 제출하였다.

라.판단

  1)쟁점① 관련

   가)관련 법리

   ｢조세특례제한법｣ 제104조의7 제3항은 정비사업조합이 ｢도시 및 주거환경정비법｣ 또는 ｢빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법｣에 따라 해당 정비사업에 관한 공사를 마친 후에 그 관리처분계획에 따라 조합원에게 공급하는 것으로서 종전의 토지를 대신하여 공급하는 토지 및 건축물(해당 정비사업의 시행으로 건설된 것만 해당한다. 이하 이 조에서 같다)은 ｢부가가치세법｣ 제9조 및 제10조에 따른 재화의 공급으로 보지 아니한다고 규정하고 있고, ｢부가가치세법｣ 제14조 제1항은 주된 거래인 재화의 공급에 포함되는 것으로 보는 재화 또는 용역으로 제1호에서 ‘해당 대가가 주된 재화 또는 용역의 공급에 대한 대가에 통상적으로 포함되어 공급되는 재화 또는 용역’을, 제2호에서 ‘거래의 관행으로 보아 통상적으로 주된 재화 또는 용역의 공급에 부수하여 공급되는 것으로 인정되는 재화 또는 용역’을 들고 있다.

   나)조합원이 무상으로 공급받은 아파트 선택품목이 부가가치세 과세대상인지에 대한 판단

     (1)위 법리와 앞서 살펴본 사실관계 및 다음 내용으로 볼 때 조합원이 무상으로 공급받은 아파트 선택품목은 부가가치세 과세대상에 해당하나, 이를 공급한 자를 청구법인으로 보기는 어렵다.

       (가)먼저 쟁점품목이 쟁점아파트의 공급에 포함된 부수재화로서 ｢부가가치세법｣ 제14조에 따라 정비사업조합에 대한 부가가치세 과세특례 적용대상이 되는지 살펴보면, 일반분양자의 경우 시스템에어컨, 중문, 오븐 등 쟁점품목과 동일한 옵션을 공급받기 위해 해당품목을 원하는 계약자에 대하여 별도의 계약을 체결하고 공급가액에 부가가치세를 가산하여 대가를 받았으므로 쟁점품목이 주된 거래인 쟁점아파트의 공급에 포함되는 재화로서 그 대가가 주된 재화에 대한 대가에 통상적으로 포함된다고 보기는 어렵다.

       (나)또한 조합원들은 옵션계약신청서에 원하는 옵션품목을 선택하여 계약을 신청한 후 옵션계약을 체결하였고 옵션계약서상 유상옵션과 무상옵션 품목이 모두 기재되어 있으므로 쟁점품목의 공급은 쟁점아파트와 별개의 공급으로 보이고, 거래의 관행으로 보아 통상적으로 쟁점아파트의 공급에 부수하여 공급된다고 인정되지 아니한다.

       (다)국세청 해석례(서면-2025-부가-1279, 2025.8.5.)에 따르더라도 재건축 정비사업조합이 국민주택 규모 이하의 아파트를 조합원에게 분양하고 나머지는 일반분양할 경우, 시공사와 조합이 조합원에게만 무상으로 제공하는 비데, LED TV, 빌트인 냉장고, 식기세척기, 쿡탑 등은 해당 정비사업의 시행으로 건설되는 국민주택의 건설용역에 통상적으로 부수되는 재화·용역으로 볼 수 없으므로 부가가치세 과세 대상에 해당한다.

       (라)다만, 쟁점아파트의 공급계약서에 매도인은 청구법인, 시공사는 E로 기재된 것과 달리, 옵션계약서에는 공급자가 E로 기재되어 쟁점물품의 공급자는 청구법인이 아닌 E로 보이는 점, 유상옵션 품목의 경우 E이 조합원으로부터 부가가치세를 거래징수하여 신고‧납부하였고 무상옵션만 따로 떼어 청구법인이 공급한 것으로 볼 합리적인 이유를 찾기 어려운 점 등에 비추어 쟁점품목을 공급한 자를 청구법인으로 보기는 어렵다.

     (2)따라서 쟁점품목은 부가가치세 과세대상에는 해당하나, 통지관서가 청구법인을 쟁점품목의 공급자로 보아 청구법인에게 쟁점품목에 대한 부가가치세를 부과하겠다는 것은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

  2)쟁점② 관련

   가) 관련 법리

     (1)｢법인세법｣ 제113조제1항은 비영리법인이 수익사업을 하는 경우에는 자산ㆍ부채 및 손익을 그 수익사업에 속하는 것과 수익사업이 아닌 그 밖의 사업에 속하는 것을 각각 다른 회계로 구분하여 기록하여야 한다고 규정하고 있고 ｢법인세법 시행규칙｣ 제76조제6항은 비영리법인이 법 제113조제1항의 규정에 의하여 수익사업과 기타의 사업의 손익을 구분경리하는 경우 공통되는 익금과 손금은 일정한 기준에 의하여 구분계산하도록 규정하고 있다.

     (2)한편, 일반적으로 세금부과처분취소소송에 있어서 과세요건사실에 관한 증명책임은 과세권자에게 있다 할 것이나, 과세요건사실에 관한 직접적인 증거가 없는 경우라도 간접적인 사실관계 등에 의거하여 경험칙상 가장 합리적인 설명이 가능한 추론에 의하여 과세요건사실의 존재를 추정할 수 있는 경우에는 그 증명이 있다고 하여야 할 것이며, 따라서 구체적인 소송과정에서 경험칙에 비추어 과세요건사실을 인정할 수 있는 간접사실이 밝혀진 이상, 세금부과처분의 상대방이 당해 사실은 경험칙의 적용대상이 되지 못한다거나 당해 사건에서 그와 같은 경험칙의 적용을 배제하여야 할 만한 특별한 사정이 있다는 점을 증명하지 않는 한, 당해 과세처분이 과세요건을 충족시키지 못한 위법한 처분이라고 단정할 수 없다(대법원 2002.11.13. 선고 2002두6392 판결, 대법원 2006.9.22. 선고 2006두6383 판결 등 참조).

   나)통지관서가 실제 공급가액에 의하지 아니하고 제세경정하여 부당한지에 대한 판단

     (1)위 법리와 앞서 살펴본 사실관계 및 다음 내용으로 볼 때 통지관서가 쟁점공사비 및 쟁점품목 비용을 재산정한 것이 실제 공급가액에 의하지 아니하여 부당하다고 보기는 어렵다.

       (가)E이 청구법인에게 제공한 법인세 신고자료에 따르면 2023 사업연도 조합원 발코니 공사비(보류지 포함)는 6,635,008,000원, 조합원 무상옵션 비용은 1,279,022,030원이었다가 2024 사업연도에는 조합원 발코니 공사비(보류지 포함)는 2,000,000,000원으로 감액되고 조합원 무상옵션 비용은 그 기재금액이 삭제된 반면, 건축공사비가 16,379,750,190원 증액되었으므로 조합원 발코니 공사비와 무상옵션 비용 중 감액된 부분이 건축공사비에 포함되었을 것으로 경험칙상 합리적으로 추정할 수 있다.

       (나)이에 통지관서는 E이 일반분양자와 조합원의 발코니 확장공사를 평형별로 동일하게 시공하였음을 들어 일반분양자의 발코니 확장공사비를 기준으로 쟁점공사비를 재산정하는 한편, 청구법인이 E로부터 수신한 공문 및 청구법인의 정기총회 안건 문서에 기재된 금액을 기준으로 쟁점품목 비용을 재산정하였다.

       (다)위와 같은 사정에 비추어 통지관서가 쟁점공사비 및 쟁점품목 비용을 재산정한 것이 객관적이고 합리적인 방법에 의하지 아니하였다거나 그 재산정한 금액이 실제 공급한 가액이 아니라고 단정할 수 없다.

       (라)또한 비용을 발생시키는 사실관계의 대부분은 납세의무자가 지배하는 영역 안에 있는 것이어서, 구체적 비용지출 사실에 관한 장부기장과 증빙 등 일체의 자료를 제시하기가 용이한 납세의무자측에서 이를 입증할 필요가 있다고 보아야 할 것인데(대법원 2004.9.23. 선고 2002두1588 판결 참조), 청구법인은 쟁점공사비 및 쟁점품목 비용과 관련된 구체적인 지출내역 또는 수익사업과 구분경리한 내역을 제출하지도 아니하였다.

     (2)따라서, 통지관서가 쟁점공사비 및 쟁점품목 비용을 재산정하여 법인세를 부과하겠다고 한 이 건 과세예고통지는 잘못이 없는 것으로 판단된다.

  3)쟁점③ 관련

   가) 관련 법리

    ｢법인세법｣ 제67조 및 같은 법 시행령 제106조제1항은 법인이 익금에 산입한 금액이 사외에 유출된 것이 분명하고 그 귀속자가 주주 또는 출자자인 경우에는 그 귀속자에 대한 배당으로 소득처분을 하도록 규정하고 있다.

   나)구분경리 오류로 인한 손금불산입 금액을 배당으로 소득처분하는 것이 부당한지에 대한 판단

     (1)위 법리와 앞서 살펴본 사실관계 및 다음 내용으로 볼 때 통지관서가 쟁점공사비 및 쟁점품목 비용을 재산정함에 따른 손금불산입 금액을 배당으로 소득처분하는 것이 부당하다고 보기 어렵다.

       (가)정비조합이 정비사업을 실시하면서 일반분양을 통해 발생한 소득은 조합원들에게 취득원가가 출자가액을 초과하는 아파트를 분양하는 과정을 통해 분배되는 것인바, 청구법인이 청구법인의 조합원이 부담하였어야 할 쟁점공사비 중 일부와 쟁점품목 비용을 총공사비에 포함하여 시공사에 지급하였다면 이는 청구법인이 정비사업 중 일반분양과 관련하여 발생한 소득을 조합원들이 부담하여야 할 공사비가 경감되는 방식으로 조합원들에게 분배한 것으로 볼 수 있다.

       (나)또한 청구법인이 청구법인의 조합원이 부담할 비용을 대신 납부함으로써 청구법인의 수익사업 부분의 이익이 감소된 부분은 청구법인의 조합원들에게 배당될 재원이 감소된 것으로 볼 수 있으므로, 손금불산입되어 사외유출된 쟁점공사비 및 쟁점품목 비용의 실질적 귀속자인 청구법인의 조합원들에게 배당으로 소득처분함이 타당하다.

     (2)따라서, 구분경리 오류로 인한 손금불산입 금액을 배당으로 소득처분하는 것은 부당하다는 청구법인의 주장은 받아들이기 어렵다.

  4)쟁점④ 관련

   가) 관련 법리

     (1)｢국세기본법｣ 제48조제1항은 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다고 규정하면서 제2호에서 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데에 정당한 사유가 있는 경우를 들고 있다.

     (2)한편, 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 법이 정하는 바에 따라 부과하는 행정상 제재로서 납세자의 고의·과실은 고려되지 아니하고 법령의 부지·착오 등은 그 의무위반을 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당하지 아니한다(대법원 2004.6.24. 선고 2002두10780 판결 참조).

   나)청구법인에게 가산세 감면의 정당한 사유가 있어 가산세를 부과하는 것이 부당한지에 대한 판단

     (1)위 법리와 앞서 살펴본 사실관계 및 다음 내용으로 볼 때 청구법인에게 가산세를 감면할 정당한 사유가 있다고 보기 어렵다.

       (가)E이 청구법인에게 제공한 법인세 신고자료에 따르면 2023 사업연도 조합원 발코니 공사비(보류지 포함)는 6,635,008,000원, 조합원 무상옵션 비용은 1,279,022,030원으로 기재되었다가, 2024 사업연도에는 특별한 이유 없이 조합원 발코니 공사비(보류지 포함)는 2,000,000,000원으로 감액되고, 조합원 무상옵션 비용은 그 기재금액을 삭제된 것으로 나타난다.

       (나)이와 같이 E이 제공한 자료의 내용이 부자연스러움에도 불구하고 청구법인은 세부산출내역에 대해 추가적으로 확인하려는 별다른 노력 없이 E로부터 제공받은 내용만을 토대로 법인세를 신고하였다.

       (다)그렇다면 청구법인이 거래상대방인 시공사가 제공한 문서를 신뢰하였다는 사정만으로는 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데에 정당한 사유가 있는 경우에 해당한다고 보기 어렵다.

     (2)따라서, 통지관서가 청구법인에게 가산세를 감면할 정당한 사유가 없다고 보아 가산세를 부과하겠다고 한 이 건 과세예고통지는 잘못이 없는 것으로 판단된다.

5. 결론

 이 건 과세전적부심사청구는 청구주장이 일부 이유 있다고 인정되므로「국세기본법」제81조의15제5항제1호 및 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.