주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다

청 구 취 지

피고가 2023. 9. 20. 원고를 AA 주식회사의 제2차 납세의무자로 지정하여 원고에게 한 2020년 제2기 부가가치세 44,648,530원의 부과처분을 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위 등

가. AA 주식회사(변경 전 상호: 주식회사 BB, 이하 ‘이 사건 회사’라 한다)는 2019. 8. 21. 자본금 10,000,000원, 발행주식 총수 10,000주로 하여 토목건축 공사업 등을 영위할 목적으로 설립되었다가 2023. 8. 31. 폐업하였다.

나. 원고는 이 사건 회사의 설립 시 사내이사로 취임하였고, 2020. 1. 30.부터 2021. 8. 18.까지는 대표이사로, 2021. 12. 7.부터 2022. 3. 7.까지는 사내이사로 재직하였다.

다. 원고는 이 사건 회사의 설립 시 발행 주식 전부를 배정받았다.

라. 피고는 이 사건 회사 등에 대한 법인통합조사를 실시한 결과, 이 사건 회사가 2020년 제2기부터 2021년 제2기까지 가공세금계산서를 수수한 사실을 확인하고 이 사건 회사에 대하여 부가가치세 636,888,080원을 경정․고지하였으나 이 사건 회사는 이를 납부하지 아니하였다.

마. 피고는 원고가 이 사건 회사의 발행주식의 50%를 초과하여 소유한 과점주주에 해당한다고 보아, 2023. 9. 20. 원고를 제2차 납부의무자로 지정하고 원고에게 2020년 제2기 부가가치세 44,648,530원을 납부․고지하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).

바. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2023. 10. 6. 이의신청을 하였고, 이의신청이 기각되자 2023. 12. 19. 조세심판원에 심판 청구를 하였으나, 조세심판원은 2024. 6. 3. 원고의 심판 청구를 기각하였다.

사. 원고의 사실혼 배우자인 정CC은 이 사건 회사, 주식회사 DD, EE 주식회사, 주식회사 FF, GG 주식회사, 주식회사 HH(이하 모든 회사의 상호에서 ‘주식회사’의 기재를 생략한다)를 실질적으로 운영하면서 2020. 12. 9.경부터 2022. 10. 11.경까지 약 108회에 걸쳐 합계 약 68,805,291,447원 상당의 세금계산서를 허위나 거짓으로 발급 또는 수취하였다는 사실로 2023. 9. 12. 및 2024. 12. 27. 수원지방법원 안양지원에 조세범처벌법위반 사건으로 각 공소 제기되어 현재 재판 계속 중이다(2023고단○○○○, 2024고단○○○○).

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 3, 7, 11, 18호증(가지번호 있는 것은 각 가지번호 포함, 이하 같다), 을 제1, 2, 3호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 관계법령

별지 기재와 같음

3. 원고 주장의 요지

원고는 사실혼 배우자인 정CC의 명의신탁 요청을 받고 형식상 이 사건 회사의 대표 및 주주가 되었을 뿐 주식에 관한 권리를 실질적으로 행사한 바 없다. 따라서 원고는 국세기본법 제39조의 ‘과점주주’에 해당하지 아니하므로, 피고가 원고를 이 사건 회사의 제2차 납세의무자로 지정하여 원고에게 한 이 사건 처분은 위법하여 취소되어야 한다

4. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 관련 법령

1) 구 국세기본법(2020. 12. 22. 법률 제17650호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 국세기본법’이라 한다) 제39조 본문은 “법인의 재산으로 그 법인에 부과되거나 그 법인이 납부할 국세 및 체납처분비에 충당하여도 부족한 경우에는 그 국세의 납세의무 성립일 현재 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 그 부족한 금액에 대하여 제2차 납세의무를 진다.”고 규정하고 있다. 그중 구 국세기본법 제39조 제2호에 의하여 제2차 납세의무를 지는 자는, 주주 또는 유한책임사원 1명과 그의 특수관계인 중 대통령령으로 정하는 자로서 그들의 소유주식 합계 또는 출자액 합계가 해당 법인의 발행주식 총수 또는 출자총액의 100분의 50을 초과하면서 그에 관한 권리를 실질적으로 행사하는 자들인 과점주주를 말한다.

나. 구체적 판단

살피건대, 앞서 든 증거, 갑 제4, 5, 6, 8, 9, 10호증, 을 제4 내지 17호증의 각 기재, 이 법원의 ○○세무서에 대한 과세정보제출명령 결과 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사실 및 사정들을 종합하면, 원고는 2020년 제2기 부가가치세의 납세 의무 성립일인 2020. 12. 31. 당시 이 사건 회사의 주식 전부를 소유하면서 그에 관한 권리를 실질적으로 행사하는 과점주주에 해당한다고 봄이 상당하므로, 이 사건 처분은 적법하다. 원고의 주장은 이유 없다.

 1) 구 국세기본법 제39조 제2호에서 말하는 소유주식 합계가 발행주식 총수의 100분의 50을 초과하면서 그에 관한 권리를 실질적으로 행사하는 주주란, 국세의 납세의무 성립일 현재 소유하고 있는 주식에 관하여 주주권을 행사할 수 있는 지위에 있으면 족하고 반드시 현실적으로 주주권을 행사할 것을 요구하는 것은 아니라고 보아야 한다. 관련 규정이 위와 같은 과점주주에게 법인의 체납 국세에 대한 제2차 납세의무를 지우는 것은 그 소유주식수에 따라 주주총회에서의 의결권의 행사 등을 통하여 회사경영을 사실상 지배할 가능성이 있는 지위에 있다고 보기 때문이다. 따라서 원고가 사정상 현실적으로 주주로서의 권리를 행사하고 있지는 않지만 객관적으로 보아 언제라도 주주로서의 권리를 행사할 수 있는 권능을 보유하고 있는 주주에 해당한다면, 주식에 관한 권리를 실질적으로 행사하는 과점주주의 범위에 포함된다 할 것이어서 이 사건 회사의 체납국세에 대한 제2차 납세의무를 부담한다.

 2) 원고는 이 사건 회사 설립 시 발행 주식 10,000주 전부를 배정받고 이 사건 회사의 사내이사로 취임한 후 2020. 1. 30.부터 2021. 8. 18.까지는 대표이사였고, 2021. 12. 7.부터 2022. 3. 7.까지는 사내이사였다. 또한 원고는 2020. 1. 30.에는 원JJ와 정CC을 각 사내이사 및 감사로 선임하는 내용의 서면결의서를 작성하였다. 위와 같이 원고가 납세의무 성립일인 2020. 12. 31.을 기준으로 이 사건 회사의 대표이자 1인 주주의 지위에 있으면서 주주로서의 권한을 실제 행사하기도 한 이상, 원고는 위 규정에서 말하는 주주로서의 권리를 행사할 수 있는 권능을 보유하고 있는 과점주주에 해당한다고 봄이 상당하다. 이와 달리 원고가 사실혼 배우자인 정CC에게 이 사건 회사의 운영에 관한 사항을 포괄적으로 위임하였다거나, 정CC이나 원고가 대표로 있던 GG의 자금으로 주식양수대금을 지급하였다는 사정만으로 원고가 정CC 등으로부터 이 사건 회사의 주식을 명의신탁 받았다거나 주주로서의 권한 행사에 실질적인 제약이 있었다고 보기는 어렵다.

 3) 원고가 이 사건 회사로부터 2020. 12. 31.까지 급여를 받았다는 기록은 없으나, 원고는 이 사건 회사로부터 2021년 약 54,000,000원, 2022년 약 13,200,000원 상당의 급여를 받은 것으로 소득신고를 하였고, 달리 위 돈이 원고에게 실질적으로 귀속되지 않았다고 볼 자료가 없는 점, 원고가 2020. 12. 29.경 이 사건 회사의 소재지 변경을 원인으로 사업자등록 사항을 변경하기도 한 점 등에 비추어 보면, 원고가 이 사건 회사의 운영에 전혀 관여하지 않았다고 단정하기 어렵다.

 4) 원고가 이 사건 회사의 실주주가 아니라는 점을 뒷받침하는 주된 근거는 사실혼 배우자인 정CC의 진술이다. 정CC은 국세청 조사 시 ‘원고는 정CC에게 사업자 명의와 주주 명의를 빌려주었을 뿐이고 이 사건 회사의 주식은 정CC과 이KK이 절반씩 보유하고 있다’는 취지로 진술하여 현재 조세범처벌법위반으로 형사재판을 받고 있기는 하다. 그러나 정CC이 어떤 의도를 가지고 이 사건 회사를 설립하여 그 운영을 주도하였다고 하더라도 이는 결국 실질주주인 원고의 포괄적 위임에 따른 것으로 볼 수 있는 점, 원고는 정CC의 배우자로서 경제적 이해관계를 같이 하는 점, 정CC은 경제적인 동기나 개인적인 필요에 따라 그때그때 회사의 대표나 주주에 관하여 다른 주장을 하는 것으로 볼 여지가 있는 점 등을 고려하면, 정CC이 한 위와 같은 진술만으로 원고가 주주권을 실질적으로 행사할 수 없었다고 보기는 어렵다.

 5) 원고는 이 사건 회사 및 EE의 대표로 있으면서 2021. 3. 10. 경기도 ○○시 ○○구 ○○면 ○○리 49번지, 같은 리 49-1번지 내지 49-10번지, 같은 리 49-11번지 토지들을 매수하고, 그 매매대금 중 590,000,000원을 이 사건 회사의 자금으로, 나머지 매매대금 및 등기비용 합계 493,790,046원을 EE의 자금으로 지급하였다. 이에 대한민국이 EE의 세금체납을 이유로 원고에 대하여 수원지방법원 안양지원 2023가단127769호로 제기한 사해행위취소 사건에서 2025. 4. 3. 원고가 EE로부터 493,790,046원을 증여받은 것으로 보아 해당 증여계약을 사해행위로서 취소하고 원고에게 가액배상을 명하는 판결이 선고되어 그 무렵 위 판결이 확정되었다. 원고가 이 사건 회사 및 EE의 자금으로 상당한 규모의 부동산을 개인 명의로 구입한 행위는, 비상장법인의 경영을 사실상 지배하는 실질적인 운영자인 과점주주가 회사의 수익은 자신에게 귀속시키고 그 손실은 회사에 떠넘기는 행위를 방지하고 실질적인 조세평등을 이루려는 과점주주에 대한 제2차 납세의무제도의 입법 목적에 반하는 행위로 볼 수 있다(이 사건 회사는 농업법인이 아니어서 농지의 소유권을 취득할 수 없기에 부득이 원고 명의로 부동산을 매수하였다는 원고의 주장은, 그 취득 경위와 이후의 정황 및 원고 명의로 부동산을 취득하는 것 외에 다른 합법적인 방법이 없었다고 보이지 아니하는 점 등에 비추어 이를 그대로 믿기 어렵다).

 6) 한편, 피고는 2025. 10.경 EE의 주식 33% 및 GG의 주식 80%를 보유한 원고를 위 회사들의 제2차 납세의무자로 지정한 처분을 직권으로 취소하고, △△세무서장은 2025. 11.경 원고를 세준디엔씨와 DD의 제2차 납세의무자로 지정한 처분을 직권으로 취소한 바 있다. 그러나 그와 같은 직권 취소 결정이 원고의 구체적 지위 및 역할 내지 해당 조세채무의 과세기준일과 관련 법령상 과점주주의 요건(과점주주의 제2차 납세의무에 관한 구 국세기본법 제39조는 2020. 12. 22. 법률 제17650호로 개정되어 제2호에서 소유주식 합계가 해당 법인의 발행 주식 총수의 100분의 50을 초과하면서 ‘그 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사’하는 주주를 과점주주로 규정하게 되었다) 등에 있어서 그와 사안을 달리하는 이 사건 처분의 위법성에 어떠한 영향을 미친다고 볼 수 없다.

6. 결 론

그렇다면, 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.