주 문

이 건 심사청구는 기각합니다.

이 유

1.처분개요

가. 청구법인은 2010.12.30. 경기 김포시 고촌읍(이하 “A사업장”이라 한다.)에 설립된 법인으로 사업자등록상 주업태는 운수창고업, 주종목은 일반창고업이다.

  1) 청구법인은 2013.11.25.경기 김포시 고촌읍 창고용지 25,996.6㎡ 지상에 지하1층～지상4층 연면적 78,317.14㎡ 일반건물 창고시설(이하 “쟁점창고”라고 한다.)을 신축하여 사용승인 받았다.(주용도: 창고시설)

  2) 청구법인은 2024.1.26. 사업장 소재지를 서울 강남구로 이전하였으며, 2024.1.9. A사업장 소재지에 별도 지점(병합사건 청구법인, 이하 “A지점”이라 한다.)을 설립하였다.

나. 청구법인은 2025.7.24.(잔금정산일, 매매계약일 2025.6.5.) A사업장 쟁점창고를 ‘OOOOOO일반사모부동산투자회사제3호(이하 “OOOOO사모펀드제3호”라고 한다.)’에게 000,000백만원에 매각하였다.

다. 청구법인은 2025.7.31. A지점을 폐업하였다.

라. 청구법인은 2025.6.2. 2020.2기부터 2024.1기까지 임대보증금에 대한 부가가치세(이하 “간주임대료”라고 한다.)와 부동산임대공급가액명세서 미제출가산세 합계 000백만원, A지점은 2024.1기부터 2024.2기까지 간주임대료에 대한 부가가치세와 부동산임대공급가액명세서 미제출가산세 합계 00백만원을 수정신고 납부하였다.

마. 청구법인, A지점은 2025.10.23. 수정신고 납부 금액에 대하여 경정청구서를 제출하였다.

바. 처분청은 2025.12.31.(송달일) 청구법인, A지점 경정청구 기각(거부) 결과 통지하였다.

사. 청구법인은 이에 불복하여 2026.3.26. 본 건 심사청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장

가. 심사청구를 하게 된 경위

  1) 청구법인 현황

  청구법인은 2010년에 설립하였으며, A 및 B에 직접 창고를 신축하여 창고업을 영위하고 있으며, 2025년에 A, B 창고를 부동산투자회사법상 부동산투자회사에게 매각하였다.

  청구법인은 정관, 법인등기부등본 및 사업자등록상의 주요목적사업은 운수 및 창고업이며, 부동산 임대업을 주업으로 하고 있지 않다.

  2) 2025년 부동산 거래 및 수정신고

  상기에서 설명하였듯이 회사는 창고업을 주업으로 하고 있으며, 부동산 임대업으로 사업자등록을 하지 않았기에, 회사는 부동산 임대업의 경우 해당되는 부동산임대공급가액명세서의 제출 및 보증금에 대한 간주임대료 부가가치세를 신고납부하고 있지 않았다.

  그러나 매수자인 부동산펀드는 관련법상 주업무는 부동산 임대업으로, 매매거래의 전제조건으로 부동산 임대업에 따른 부동산임대공급가액명세서 제출과 보증금에 대한 간주임대료 부가가치세를 납부하는 것을 요청하였고, 매도자인 회사는 일단 수정신고 후 경정청구를 하는 것으로 각 세무서에 양해를 구하고 수정신고를 한 것이다.

  해당 2개의 창고의 매매금액이 약 0천억 이상이므로 회사는 매수처의 요청을 거절하기 어려웠으며, 상기 수정신고에 따른 가산세와 부가가치세로 약 000백만원을 납부하게 된 것이다.

  3) 경정청구

  2025년 10월에 경정청구를 하였으나, A, B, C세무서로부터 경정청구에 대한 기각을 통보를 받았다.

나. 경정청구 시 청구법인 주장

  1) 경정청구의 근거주장은 다음과 같이 크게 5가지로 구성된다.

   가) 청구법인은 실제 건축법상 창고를 소유하고 창고업을 영위했으므로 부동산 임대업보다는 창고업으로 보는 것이 타당하다.

   나) 청구법인은 부동산 임대업이 아닌 창고업으로 사업자등록을 발급받았으며, 대내외적으로 부동산 임대업을 영위한 적은 없으므로 창고업을 한 것이 분명하다. 청구법인이 법적(정관, 법인등기부동본 등)으로 창고업을 영위한다고 표명하고 있고, 사업자등록증에도 창고업(업태: 운수 및 창고업, 종목: 일반창고업)으로 등록되어 있고, 기타 세무신고를 창고업으로 신고를 하였고, 납세자 주장도 그 내용과 일관된다면 이에 반하는 명백한 반증이 없는 한 납세자의 의견이 존중되어야 타당하다.

   다) 창고업은 수탁창고 방식과 임대창고 방식이 있으며, 모두 창고업으로 보고 있다. 회사는 임대창고 방식으로 운영하고 있는데, 임대창고 방식도 부동산 임대업이 아닌 창고업으로 보고 있다. 이러한 사례는 국세청 해석례에서 명확하게 정의되고 있다. 따라서 임대창고 방식은 창고업이 아니라고 판단하는 것은 잘못된 것이다.

   라) 물류창고업은 창고업 중 하나의 형태이며, 물류창고업이 아니라고 부동산 임대업으로 보는 것은 아니다.

   마) 관련 국세청 해석례에서도 창고업으로 보고 세법을 적용한 사례가 다수 존재한다.

  2) 청구법인은 실제 건축법상 창고시설을 소유하고 창고업을 영위했으므로 부동산 임대업보다는 창고업으로 보는 것이 타당하다.

   가) 쟁점창고의 토지는 지목상 창고용지이며, 시설물은 건축법상 창고시설이므로 해당 건물이 주거시설이거나 일반 비주거시설(근린생활시설이나 일반오피스 등)이 아닌 창고시설임은 명확하다. 창고업을 영위하는 자 중에는 창고시설이 아닌 근린생활시설이나 오피스를 시설물로 이용하는 자가 있을 수 있는데, 회사는 명백히 창고시설을 소유하고 창고업을 운영하고 있다.

   나) 따라서 이를 창고업이 아니라고 판단하고 부동산 임대업이 주업이라고 하는 것은 타당하지 않다. 처분청의 주장대로 부동산 임대업이라고 주장한다면 국내에 대부분의 창고들은 창고업이 아니라 부동산 임대업으로 보아야할 것이다.

  3) 청구법인은 부동산 임대업이 아닌 창고업으로 사업자등록을 발급받았으며, 대내외적으로 부동산 임대업을 영위한 적은 없으므로 회사는 창고업을 한 것이 분명하다.

   가) 청구법인이 법적(정관, 법인등기부동본 등)으로 창고업을 영위한다고 표명하고 있고, 사업자등록증에도 창고업(업태: 운수 및 창고업, 종목: 일반창고업)으로 등록되어 있고, 기타 세무신고를 창고업으로 신고를 하였고, 납세자의 주장도 그 내용과 일관된다면 이에 반하는 명백한 반증이 없는 한 납세자의 의견이 존중되어야 타당하다.

   나) 창고시설을 임대창고 방식으로 운영하는 경우에는 업종분류표¹⁾상 아래와 같이 분류되도록 하고 있다. (즉, 부동산임대업으로 분류하지 아니함 )

   즉, 건축법상 창고를 임대창고 방식으로 운영하는 경우에는 ‘부동산 임대업’이 아닌 ‘운수 및 창고업’의 일반창고업으로 분류하고 하고 있다. 본 사업장의 경우 업종코드 630201로 등록되어 있다.

   다) 또한 업종분류표상 부동산 임대업의 소분류에서 세세분류 중 창고임대는 구체적으로 명시되어 있지 않다. 따라서 회사가 창고임대에 대해 스스로 부동산 임대업으로 신고하지 않는 한 창고임대는 운수 및 창고업의 보관창고업으로 신고하는 것이 타당하다.

  4) 창고업은 수탁창고 방식과 임대창고 방식이 있으며, 모두 창고업으로 보고 있습니다. 청구법인은 임대창고 방식으로 운영하고 있는데, 임대창고 방식도 부동산 임대업이 아닌 창고업으로 보고 있다. 이러한 사례는 국세청 해석례에서 명확하게 정의되고 있다. 따라서 임대창고 방식은 창고업이 아니라고 판단하는 것은 잘못된 것이다.

   가)「상법」상 창고업의 정의는 ‘제155조(의의) 타인을 위하여 창고에 물건을 보관함을 영업으로 하는 자를 창고업자’로 정의되어 있는데, 물건을 보관함을 영업으로 한다고 하여 이를 ‘수탁창고 방식’만을 의미하지는 않는다.

   나) 청구법인은 창고를 ‘수탁창고 방식’이 아닌 ‘임대창고 방식’으로 운영하고 있는데, 창고업에 대한 광의의 의미로는 수탁창고 방식뿐 아니라 임대창고 방식의 운영도 포함됩니다.

   다) 임대창고 방식은 임차인에게 창고시설을 임대하되, 임차인과의 계약에 의해 창고 기능의 유지를 위한 시설관리 의무가 있고 시설관리담당자를 배치하여 운용하고 있다.

   라) 일반적으로 창고업에 대해 창고에 보관되는 물건에 대해 창고의 소유주 또는 소유주로부터 임차하여 창고업을 영위하는 자가 직접관리(시설관리업무에 추가하여 물품관리업무를 추가로 수행)하고 그 보관수량 또는 유통량에 따라 변동되는 보관료를 받는 것만 창고업으로 본다고 해석할 수 있으나, 화주들과 임대차계약을 체결하여 화주들에게 공간을 임대(‘임대창고’)하는 경우도 창고업을 영위하는 것으로 보고 있다. 특히 최근 물류시장은 3PL 또는 4PL시스템이 도입되고 보다 세분화되고 전문적인 형태로 진화하고 있다. 창고를 소유한자가 반드시 물류물량에 따라 수수료를 연동해서 받아야만 창고업에 해당된다고 볼 수는 없다.

  5) 물류창고업은 창고업 중 하나의 형태이며, 물류창고업이 아니라고 해서 창고업이 아닌 부동산임대업으로 봐야하는 것은 아니다.

   가) 청구법인이 영위하는 사업은 특정 물류 프로세스에 종속된 ‘물류창고업’이라기보다, 상법상 창고업자의 주의의무를 다하며 화물을 안전하게 보관·관리하는 ‘포괄적 의미의 창고업’이다. 이는 단순한 물동량 처리가 아닌, 자산 관리 서비스로서의 성격이 강하며 한국표준산업분류상의 보관 및 창고업의 정의에 완벽히 부합한다. 따라서 특정 시설 등록 여부에 국한되는 물류시설의 개발 및 운영에 관한 법률」(이하 “물류시설법”이라 한다.)의 개념보다 넓은 범위의 창고업으로 인식되어야 한다.

   나)「상법」제155조는 창고업자를 ‘타인을 위하여 물건을 창고에 보관함을 영업으로 하는 자’로 정의한다. 이는 부수적인 하역이나 가공 여부와 관계없이 ‘보관’이라는 본질적 행위만으로 성립하는 개념이다. 따라서 물류시설법의 까다로운 요건을 갖추지 않더라도, 실질적으로 임대차와 관리 서비스가 결합된 형태라면 넓은 의미의 창고업에 해당한다고 주장할 수 있다.

  6) 국세청 해석례에서도 창고업으로 해석한 사례가 다수 존재한다.

   가) 청구법인 주장에 근거가 되는 국세청 해석례는 ①기준-2019-법령해석법인-0420, ②서면-2023-법인-2454, ③서면-2024-법인-1225이다.

   나) ‘기준-2019-법령해석법인-0420’에서는 창고의 운영방식에 대해서도 다음과 같이 자세히 설명하고 있다.

     (1) 해당 국세청 해석례 요지는 ① ‘임대창고 방식’의 영업도 ‘창고업’에 해당되며, ② 반드시 ‘수탁창고 방식’으로 창고업을 운영해야만 창고/물류업에 해당되는 것은 아니라는 것을 보여주고 있다.

     (2) 청구법인이 보유하고 있는 김포 창고시설이 ① 건축법상 창고시설이 분명하고(일반건축물대장에 창고시설로 등재) ② 창고시설에 필요한 전기설비, 냉난방설비, 냉동설비, 공조설비, 방재 소화설비, 정화조설비, 화물승강기 시설을 구비하고 있으며, 이에 대한 관리책임이 임대인에게 있으며(청구법인이 ㈜OOOO과 체결한 FM계약서) ③ 해당 창고의 정상가동, 재해예방, 안전성 확보를 위해 관련법령에서 정하는 기준에 적합하고 당해 시설관리위탁에 상당한 기술과 경험이 있는 자로 ‘건물관리 총괄책임자’, ‘전기/소방/냉동기/기계책임자/안전관리자’, ‘방재센터관리책임자’를 상주시키고 있는 등 창고기능의 유지의무를 부담하고 있다.

     (3) 청구법인은 국세청 해석례 사례와 동일하게, 일반건축물대장에 창고시설(주용도)로 등재하고 냉장 및 냉동장비를 설치하여 냉장, 냉동창고를 관리, 운영하면서 화주들에게 임대(임대창고 방식)하고 있기에, 해당 국세청 해석례에서 임대방식의 창고도 창고업으로 보는 것에 대한 판단의 차이가 없어야 한다.

   다) 또한, 국세청 해석례 ‘서면-2023-법인-2454’ 에서는 ‘보관 및 창고업’을 영위하는 법인이 ‘임대창고 방식’으로 운영을 해도 ‘부동산 임대업’으로 보지 않는다고 명확하게 설명하고 있다.

     (1) 해당 국세청 해석례는 아래와 같이 보다 직접적으로 ‘임대창고 방식’의 영업이 ‘창고업’인지 ‘부동산 임대업’인지 구분하여 판단할 수 있는 근거를 제공하고 있다.

     (2) 해당 국세청 해석례는 ‘임대창고 방식으로만 운영하는 창고사업부분을 분할하는 경우 적격분할요건을 충족하는지’ 묻는 것으로, 임대창고 방식으로만 운용하더라도 부동산 임대업이 아닌 창고업에 해당한다고 판단하는 것을 볼 수 있다.

     (3) 한편 청구법인 창고시설의 설치·운영의 방식도 국세청 해석례 회사와 중요한 차이가 없다.

다. 처분청 의견에 대한 반론

  1) 임대창고 방식은 창고업으로 보지 않고 부동산임대업으로 보아야 하며 상법상 창고업의 정의에 따르면 일정 임대료와 관리비를 받는 것이 아니라 물량에 따라 보관료를 받아야 하는 것이라는 주장에 대하여

   가) 창고업은 영업의 형태에 따라서 ‘수탁창고 방식’와 ‘임대창고 방식’으로 구분되며, 임대창고 방식이라고 창고업이 아니라고 주장하는 것은 창고업의 정의, 최근추세, 업계동향, 세법 유사판단을 무시한 판단이다.

   나) 따라서 처분청이 위와 같은 근거로 부동산 임대업이라고 주장하는 것은 명백한 오류이다.

  2) 회사는 물류창고업 등록을 하지 않았으므로 물류창고업을 했다고 볼 수가 없다는 주장에 대하여

   가) 물류시설법 제21조의2에 따라 일정 규모 이상의 창고업자는 등록 의무가 있으나, 이는 행정 규제상의 절차일 뿐 조세법상의 업종 분류를 결정하는 절대적 기준이 아니다. 따라서 행정상의 등록 미비는 과태료의 대상이 될 수 있을지언정, 등록하지 않은 내용이 세법 적용의 근거가 될 수 없다.

   나) 또한 조세법의 관점에서「조세특례제한법」제2조제3항에 따라 업종의 판단은「통계법」제22조에 따라 고시되는 한국표준산업분류를 기준으로 한다. 한국표준산업분류에 따르면 창고업(52101)은 ‘타인의 화물을 유상으로 보관하고 관리하는 산업활동’으로 정의되는 반면, 비거주용 건물 임대업(68112)은 ‘비거주용 건물을 임대하는 산업활동’으로 정의된다. 두 업종을 구분하는 핵심 지표는 ‘보관 및 관리’ 행위의 유무와 ‘점유권의 주체’이다. 부동산 임대업은 임차인이 해당 공간을 배타적으로 점유하여 자신의 목적에 따라 사용하는 것이 본질이나, 창고업은 창고업자가 화주로부터 위탁받은 물품을 안전하게 보관하고 관리하는 서비스를 제공하는 것이 본질이다.

   다) 또한 하기와 같이 물류창고업 등록현황은 2018년 이후 계속해서 증가하고 있는 상황이지만, 전국 창고시설 대비 물류창고업으로 등록된 비중은 3%대 전후로 객관적인 지표를 참고했을 때도 많이 부족한 상황이다. 이러한 내용으로 미루어 보아 물류창고업으로 등록했는지 여부가 조세법상 업종 분류를 판단하는데 실효적이라고 어렵다.

   라) 따라서 물류창고업을 미등록의 사유가 창고업이 아닌 부동산임대업으로 봐야하는 근거는 희박하다.

<전국, 서울, 경기 창고시설 개수 및 물류창고업 등록현황 등>

  3) 해당 2개의 창고의 매수자는 매수 이후 부동산임대업으로 등록을 했고, 물류창고가 많은 이천지역의 창고의 경우 부동산임대업으로 등록을 한 것이 다수 확인된다는 주장에 대하여

   가) 처분청은 쟁점창고를 매수한 법인이 ‘부동산 임대업’으로 신고하고 임대 행위 및 그에 따른 간주임대료까지 신고·납부하고 있는 상황이므로, 전 소유자 (매도자)인 회사의 사업을 창고업으로 볼 수 없다고 주장한다.

   나) 세법상 업종은 ‘부동산이라는 물건’에 귀속되는 것이 아니라, 그 물건을 활용하여 ‘사업을 영위하는 주체’에게 귀속되는 것이지, 부동산의 물리적 형태가 동일하다고 해서 매도인과 매수인의 업종이 일치해야 한다는 법적 근거는 제시하지 못하고 있다. 이는 또한 앞서 언급한 ‘실질과세 원칙’에 정면으로 반하는 주장이다.

   다) 또한 매수인은 물류시설법상 ‘창고업 등록’을 할 의사나 능력이 없는 부동산투자회사법 상 ‘투자회사’이기 때문에 부동산 임대업으로 신고한 것이지, 부동산의 성격이 임대용이기 때문이 아니다. 반면 청구법인은 물류 전문 인력과 설비를 투입해 ‘창고업’이라는 용역을 제공했으므로, 매수인의 신고 업종은 당사의 업종 판정에 어떤 참고 자료도 될 수 없다.

   라) 처분청이 제시한 유사업종 임대 현황 임대인의 대부분은 ‘「자본시장과 금융투자업에 관한 법률(이하 “자본시장법”이라 한다.)」상 부동산집합투자기구(이하 “부동산펀드”라고 한다.)’가 임대인인 경우이다. 부동산펀드는 동법 제229조에 따라 집합투자재산의 40% 이상의 부동산 및 부동산 관련 자산에 투자하는 집합투자기구로써 그 운용 방법이 부동산의 개발, 임대, 관리 등으로 엄격히 제한된다. 즉, 펀드의 목적 자체가 ‘사업 영위’가 아니라 ‘부동산이라는 자산에의 투자’이며 태생적으로 부동산 임대업 외의 업종을 가질 수 없는 법적 제약 하에 있다.

   마) 따라서 이들이 임대업으로 등록하여 운영하는 것은 부동산펀드라는 법적 지위에서 기인한 ‘필연적 결과’이지, 사업 성격을 반영하거나 승계했기 때문이 아니다. 부동산펀드라는 특수성을 무시하고 일반 사업자와 동일 선상에서 업종 동일성을 판단하는 것은 자본시장법의 기초를 간과한 주장이다.

  4) 창고를 관리하기 위한 인력 부족 등 창고업을 운영한 것으로 확인되지 않는다는 주장에 대하여

   가) 처분청의 전문적인 하역 인력을 직접 고용하지 않았다는 주장에 대해서는, 현대 창고업의 상당수가 인력 파견업체와의 계약을 통한 외주화 또는 자동화 설비(WMS, 무인 지게차 등)를 통해 운영된다는 점을 간과해서는 안 된다. 한국표준산업분류는 ‘타인의 화물을 보관’하는 활동 자체를 창고업의 핵심으로 정의할 뿐, 반드시 일정 수 이상의 직접 고용 인력을 요구하지 않고 있다. 오히려 창고업자가 하역 업무를 총괄 지휘하고 물류 흐름을 관리하고 있다면, 이는 인적·물적 자원을 결합하여 창고업을 영위하고 있는 것으로 보는 것이 타당하다.

   나) 또한 처분청은 임대차계약서상 ‘출입’ 항목에 대해 화주가 수시로 창고를 드나들며 자신의 물건을 확인하고 창고업자는 최소 3일 전 점검에 대한 합당한 사전 통보를 하는 등의 경우 출입할 수 있다는 점을 들어 점유권이 화주에게 있다고 주장한다. 하지만 창고업자가 CCTV를 설치하고 보안 업체를 통해 24시간 감시를 수행하며, 화재 발생 시 화주에게 손해를 배상하기 위한 화물 배상 책임 보험을 가입했다면, 이는 공간의 점유와 화물의 관리 책임이 창고업자에게 있음을 명백히 하는 증거이다. 단순히 화주가 자신의 물품을 확인하기 위해 출입하는 것은 보관 서비스의 이용 과정일 뿐, 점유권의 이전으로 볼 수 없다.

   다) 청구법인이 창고시설로 운영하였다는 것은 아래와 같은 내용으로 확인할 수 있다.

     (1) 회사가 체결한 FM계약서

     청구법인이 ㈜OOOO과 체결한 FM계약서를 보면 대상 자산명이 물류창고이며, 용도가 창고로 계약서에 명기되어 있음을 확인할 수 있으며

     임대창고 방식의 창고업 운영을 위해 관리자를 상주시키고, 창고시설의 설치·유지를 위해 위탁관리를 하고 있으며, 이에 월 약 0천만원, 연 0억 상당의 비용을 사용하고 있음을 확인할 수 있다. 또한 별도의 수선유지비는 계속적으로 지출되고 있다.

     (2) 주요 임차인 및 임대차계약서

     주요 임차인은 물류업을 영위하는 자로서 창고를 임차하여 물건을 보관하거나 물류업을 영위하고 있다.

     임대차계약서를 보면, 임대대상물건은 창고(상온 또는 저온) 및 그에 따른 부속시설의 한정되어 있으며, 임차인은 임대차 목적물을 물류창고 용도로만 사용하고 타용도로 사용할 수 없도록 되어 있다.

     또한 창고시설과 관련 전기시설·소방시설·발전시설에 대한 설치·구축·유지의 책임과 건축법 및 소방법규에 대한 책임을 임대인이 부담하고 있으며, 이를 소홀히 하여 임차인에게 손해가 발생한 경우에는 전적으로 임대인이 책임을 부담하고 있다.

     해당 자산의 용도는 창고로 등록되어 있으며, 외관 및 실질상 대규모 물류시설로 이용되는 창고가 명확하다. 앞에서도 여러 번 언급했듯이 임대형 창고도 세법상 창고업을 영위하는 것으로 보고 있다.

     상기 내용 등으로 볼 때 청구법인이 창고시설을 운영하지 않은 것으로 판단할 사항은 없다.

  5) 청구법인 창고 임대계약 형태가 부동산임대차 계약형태와 유사하다는 주장에 대하여

   가) 처분청은 임대차계약서상 계약대가의 지급 형태가 임대료 및 관리비로 기재되어 있으며, 창고업자는「상법」제162조(보관료청구권)를 근거로 ‘임치물을 출고할 때가 아니면 보관료 기타의 비용과 체당금의 지급을 청구하지 못한다.‘라는 규정을 제시하나,「상법」제162조 2항과 같이 일부출고를 하는 경우에도 보관료 등의 지급을 청구할 수 있으며 실제 현장에서 빈번하게 입출고가 일어나는 상황에서 사업형태에 따라 계약당사자간의 협의로 합리적인 계약구조를 합의할 수 있다고 보는 것이 바람직할 것이다.

   나) 조세법의 해석과 적용에 있어 가장 상위에 존재하는 원칙은「국세기본법」제14조에 명시된 실질과세의 원칙에 따라 거래의 명칭이나 형식, 외관에도 불구하고 그 경제적 실질에 따라 과세해야 한다. 단순히 계약서의 제목 및 내용이 ‘임대차계약’인지 ‘보관계약’인지보다 실제 사업 현장에서 어떠한 용역이 제공되는지 등에 대한 실질로 판단하는 것이 우선되어야 한다.

   다) 처분청은 청구법인이 조세 회피를 위해 창고업의 형식을 취했을 뿐이라고 주장하나, 대법원 판례(대법원 2025.3.27. 선고 2023두37896 판결)는 납세자가 선택한 거래 형식이 사업상의 필요에 의한 것이라면 이를 함부로 부인할 수 없음을 명시하고 있다.

   창고업자가 효율적인 물류 관리를 위해 특정 화주에게 전용 구역을 배정하는 등 장기 계약을 통해 임대창고 방식으로 운영하는 것은 임대창고 산업의 보편적인 비즈니스 모델일 뿐, 이를 부동산 공간 자체를 분할 임대한 것으로 해석하는 것은 산업적 특수성을 무시한 자의적인 해석이다.

   라)「상법」은 사법(私法)으로서 당사자의 의사를 최대한 존중한다. 「상법」상 강행규정이 아닌 이상 대부분의 임의규정보다 당사자 간 협의를 통해 계약 내용을 자유롭게 정할 수 있으며 법은 이를 수용하고 있다. 또한「민법」제105조(임의규정)에 따라 법령 중 선량한 풍속이나 사회질서와 관계없는 규정과 다른 의사를 표시한 경우 그 의사에 따르며, 이는 상거래에도 그대로 적용된다. 상거래 관련 판례에서도 당사자 간의 명시적·묵시적 약정이 상법의 일반 조항보다 우선하며, 불법행위 책임이나 면책 조항 등을 적용할 때도 당사자 사이의 합의가 우선적으로 고려되어야 한다고 보고 있다. 또한 「국가를 당사자로 하는 계약에 관한 법률」등 관련 법령에서도 계약은 상호 대등한 입장에서 당사자의 합의에 따라 체결되어야 함을 명시하고 있어, 협의에 의한 계약 체결의 정당성을 뒷받침하고 있다.

   마) 따라서 당사자간 협의를 통해 지급, 수취하는 보관료를 계약서상 형태만을 가지고 임치물을 출고할 때 보관료를 받은 형태가 아니라 매월 정기적으로 임대료 및 관리비를 지급받은 것이라 해서 부동산 임대업을 영위한 것으로 봐야한다는 처분청의 주장은 타당하지 않다.

라. 결 론

  청구법인은 창고시설을 보유하고 창고업을 대외적으로 표명하고 창고보관업을 영위했음에도 불구하고, 처분청은 일방적으로 부동산 임대업을 영위했다고 주장하며 청구인의 경정청구를 거부하였다.

  청구법인은 본점과 2곳의 사업장 총 3곳의 처분청(A, B, C)에 동시에 경정청구를 했었기에, 처분청은 동일한 결과를 도출할 수밖에 없는 상황이기에 상호소통하고 협의하였다. 경정청구 이후 한 처분청에서, 창고업을 영위하지 않고 부동산 임대업만 영위했다는 명백한 증거가 있는 것이 아닌 한, 청구법인 주장이 타당한 것으로 보이며 경정청구 사유는 충분하다고 구두 통지하였으나, 이후 처분청간의 소통을 통해 결과를 정하고 그 결과에 맞추는 주장을 하고 청구인의 주장을 전혀 받아들이지 않기 시작하였다.

  청구법인이 보유하고 있는 시설이 대규모 창고시설이므로 본 시설을 창고가 아니라고 주장할 수 있는 자는 아무도 없다. 그리고 회사는 부동산 임대업을 하는 것이라고 주장하지 않았고 과거 10여년간 창고업으로 세무신고를 수행하였다. 해당 창고를 운영하는 것이 창고업이 아닐 수가 없다.

  그럼에도 불구하고 처분청은 ‘임대방식의 창고운영은 창고업이 아닌 부동산임대업에 가깝다. 매수자는 부동산임대업을 등록하였다. 물류창고업에 등록하지 않았다. 계약형태가 부동산임대업과 유사하다. 물류창고 운영의 필요한 직접근로자 채용이 적다.’는 이유만으로 청구인의 주장을 받아들이지 않고 있다.

  상기 처분청의 주장은 모두 근거가 부족하다고 충분히 설명하였다. 또한 청구법인이 근거로 주장한 국세청 해석례는 모두 10년 이상된 해석례이며, 이후 변경 해석례가 생성된 것들이다. 따라서 처분청의 근거는 논리에 맞지 않는 것이 명백하다.

  처분청의 논리라고 한다면 우리나라의 대부분의 창고는 부동산 임대업으로 보아야 하고 창고업은 거의 존재하지 않게 될 것이다.

  청구법인은 어떤 국세와 지방세도 탈루한 적이 없으며, 본 건과 관련하여 부당하게 세금을 적게 납부하려는 의도도 없었다. 그럼에도 불구하고 처분청의 의견대로 부동산 임대업으로 보는 경우에는 부가세신고서에 부동산임대공급가액명세서를 제출해야 하며, 부동산임대공급가액명세서의 미제출 가산세는 7억 이상이어서 창고업을 운용했던 청구법인에게는 상당히 부당한 상황이다.

3. 처분청 의견

가. 부동산 임대업과 창고업 구분 관련 규정

  1) 부동산 임대업과 창고업의 구분

  2) 한국표준산업분류

   가) 보관 및 창고업 / 일반 창고업(630201코드)은 온도 조절장치 등 물품 보존에 필요한 특수한 시설 없이 보통 상온에서 보존이 가능한 물품을 보관하는 산업활동을 말한다.

       <예 시> ·보통 창고 운영, ·일반 물품 보세창고 운영

   나) 부동산 임대업 / 비주거용 건물 임대업(점포,자기땅)(701201코드)은 사무, 상업 및 기타 비거주용 건물(점포, 사무실 포함)을 임대하는 산업활동을 말한다.

  3) 창고업자(상법 제155조 등)

  타인을 위하여 창고에 물건을 보관함을 영업으로 하는 자를 창고업자라 하며, 창고업자는 임치인의 청구에 의하여 창고증권을 교부하여야 하고, 창고업자는 임치물을 출고할 때가 아니면 보관료 기타의 비용과 체당금의 지급을 청구하지 못한다.

  4) 물류창고업(물류시설의 개발 및 운영에 관한 법률 제2조 등)

  ‘물류창고업’이란 화주(貨主)의 수요에 따라 유상으로 물류창고에 화물을 보관하거나 이와 관련된 하역ㆍ분류ㆍ포장ㆍ상표부착 등을 하는 사업을 말하며, 물류창고를 소유 또는 임차하여 물류창고업을 경영하려는 자는 국토교통부장관, 해양수산부장관 또는 시도지사에게 등록하여야 한다.

나. 청구법인 쟁점창고 운영 현황

  1)창고 임대차 현황(D OO지점, E 등)

 가) (A사업장) 청구법인은 2013.11.25. 경기 김포시 고촌읍 창고용지 25,996.6㎡ 지상에 지하1층～지상4층 연면적 78,317.14㎡ 일반건물 창고시설 사용승인 받았다.(주용도 : 창고시설)

   나) (임대현황) 청구법인은 2013.11.25. 사용승인 이후부터 현재까지 D A지점, E, ㈜OOO ㈜OOOOOO, OOO물류, OOOOOO주식회사, ㈜OOOOO에게 임대하였다.

  2) (E㈜) 청구법인은 2023.6.1. E(주)와 경기 김포시 고촌읍 A 창고면적 4,239.58㎡(1,282.47평), 가설건축물 90.0㎡(27.23평), B 창고면적 4,311.06㎡(1,304.08평)을 2028.5.31.까지 임대보증금 000,000천원, 월차임 000,000천원, 월일반관리비 0,000천원으로 임대차계약을 체결하였다.

   가) 기존 임대차 계약 A동 4,765.45㎡(1,441.55평) B동 3,785.19㎡(1,145평), 임대차 계약기간 : 2019.06.01.～2023.05.31.(48개월)

  3) 청구법인 건물 시설관리 내역

   가) (직원) 청구법인 사업장에서 시설관리하는 직원이 했던 업무에 대한 자료를 요청하였으나 2021년부터 2023년까지 관리업무를 수행한 인건비를 아래와 같이 제출하고, 고용계약서, 실제 담당업무 관련 증빙은 제출하지 않았다.

   나) 청구법인은 2024.1월 ㈜OOOO과 청구법인 사업장에 대한 건물관리 위탁계약을 체결하였다.

     (1) 관리업무의 위탁범위는 시설관리, 청소관리, 경비 및 보안관리, 안전관리, 외곽관리, 종사자 및 이용자의 재해예방업무, 사고통보 및 업무 연속성 확보, 기타 공사 및 비용 예산수립 등이며, 이외 자산의 관리를 위하여 통상적으로 필요하거나 부수적인 사항 및 관계 법령에서 요구하는 사항은 관리업무에 포함하는 것으로 규정하고 있다.

     (2) 2024년 관리위탁수수료(FM수수료)는 임대율 70% 이상 기준으로 월 000,000천원이며, 세부내역으로 시설 항목 00,000천원으로 소장 0명, 과장 0명, 대리 0명, 기사 0명이며, 미화 항목 0,000천원으로 미화원 0명으로 기재되어 있어 주로 경비 및 청소용역으로 구성되어 있다.

  4)물류창고업 현황

   가) 물류시설법 제21조의2【물류창고업의 등록】규정에서 물류창고를 소유 또는 임차하여 물류창고업을 경영하려는 자는 국토교통부장관 등에게 등록하여야 하며,

   나) 국가물류통합정보센터 홈페이지 물류시설 검색서비스에서 경기도에 등록한 물류창고 등록업자는 총 00개 사업자로 청구법인 사업장 소재지에 등록한 사업자는 아래와 같다.

 5)동일 유형 물류센터 업종 사례

  OO OO 지역 소재 물류센터 사업자등록 업종 사례를 살펴본바, OO, OOOO, OOO 물류센터의 사업자등록 업종은 부동산 임대업으로 등록하여 운영 중이며, 간주임대료를 수입금액으로 신고하고 부동산임대공급가액명세서를 제출하고 있다.

다. 청구법인 업종은 부동산 임대업에 해당한다.

  1) 창고보관업이란 타인을 위하여 창고에 물건을 보관함을 영업으로 하는 것으로 임치인의 청구에 의하여 창고증권을 교부하고, 임치물을 출고할 때가 아니면 보관료 기타의 비용과 체당금의 지급을 청구하지 못하는 것이나,

  청구법인은 건축법에서 규정한 창고시설을 소유하고 있는 법인으로 창고시설을 물류유통업을 운영하는 E㈜ 등 사업자에게 임대보증금, 임대료 및 관리비를 정하여 임대차계약서를 체결하여 창고시설을 임대하고 매월 임대료 및 관리비를 수취한 것으로

  이는 임치물을 출고할 때 보관료를 받은 형태가 아닌 매월 정기적으로 임대료 및 관리비를 지급 받은 것으로 이는 부동산 임대업을 영위한 것으로 보는 것이 타당하다.

  2) 청구법인은 임차인에게 임대차 계약기간 초기 임대료를 면제해 주고, 임대차 지원금을 지원하는 등 부동산 임대업의 관행을 이행한 것으로 보이고,

  청구법인은 임대차계약서에서 규정한 전기/소방안전관리, 건물유지관리, 외부유인경비, 화장실 및 외부공간 청소, CCTV, 주차관제 등 일반관리 용역 등을 임차인에게 제공하면서 일반관리비를 수취하였으며,

  임대차계약서에 임차인의 권리금을 인정하지 아니하고, 청구법인이 임차인이 사용하는 공간에 대한 출입시 임차인에게 사전 통보를 의무화하고, 임차인은 계약기간 만료시 임대차목적물 원상복구 인도 조건을 기재한 점 등으로 보아, 이는 일반적으로 부동산 임대업 상 임대인의 지위에서 시설유지 및 관리 의무 등 임대업을 영위한 것으로 보는 것이 타당하다.

  3) 청구법인은 건축법상 창고시설을 소유하면서 이를 임차인에게 단순히 임대한 것으로, 청구법인이 타인을 위하여 창고에 물건을 보관하는 사업을 영위한 것으로 보기는 어려우며

  한국표준산업분류 상 보관창고업, 「상법」상 창고업 또는 물류시설법에서 규정한 물류창고업을 영위하였다고 보기는 어렵다고 판단된다.

  4) 청구법인 사업장 임차인 중 ㈜OOO, E㈜ ㈜D A지점, OOOO창고는 직접 물류창고업으로 등록하여 물류유통업을 운영 중에 있으며, 청구법인에게 건물 외에 상품 보관시설, 운반시설, 입출고 관리 증빙을 요청하였으나 청구법인은 제출하지 않았다.

  5) 물류센터가 다수 존재하는 이천지역 물류센터 운영 사례에서도 OO, OOOOOO, OOO 물류센터 임대인의 사업자등록 업종은 부동산 임대업으로 등록하여 관련 부가가치세 신고를 한 것으로 나타나고,

  청구법인도 OO지역 물류센터와 같은 유형으로 임대하고 있으므로, 청구법인의 업종은 일반창고업이 아닌 부동산 임대업으로 봄이 타당하다.

  6) 물류센터 건물 전체에 대하여 매월 임대료를 받고 있는 점, 중요문서를 보관하는 서고로 사용하고 있고, 임차인의 직원들이 상주하고 있는 점 등에 비추어 물류센터 운영과 관련하여 창고업을 영위하는 것으로 보기 어려우며(조심 2013서1015, 2013.04.19.),

  창고업을 영위하는 사업자가 창고의 일부를 특정업체에게 일정한 기간 동안 사용할 수 있도록 하여 주고 물량의 흐름과는 관계없이 일정액의 보증금만을 받은 경우에는 부동산 임대업에 해당하여 부가가치세법 시행령 제49조의2 제1항의 규정에 의한 임대보증금에 대한 간주임대료 상당액을 매출과세표준에 포함하여야 한다.(부가46015-972, 1998.5.11.)

  7) 청구법인의 부동산을 취득한 OOOOOOO일반사모부동산투자회사 제0호는 부동산 취득일 이후 ㈜D A지점, ㈜OOOO, E㈜, ㈜OOO, ㈜OOOO, ㈜OOOOO, OOOOO㈜, OOOOO㈜, OOOO㈜ 등에 임대하고 간주임대료 계산하여 부가가치세 신고하고 있다.

  같은 부동산에 대하여 면적 단위로 계약하고 보증금, 월임대료, 관리비를 수취하면서 후 소유자는 부동산 임대업으로 신고하고, 전 소유자는 부동산 임대업이 아니고 창고업이므로 간주임대료 신고 의무가 없다는 청구법인의 주장은 받아들이기 어려다.

라. 결론

  상기와 같이 청구법인은 일반창고업이 아닌 부동산 임대업을 영위하는 법인으로 간주임대료 부가가치세 및 관련 가산세를 적정하게 수정신고 하였으며, 수정신고 금액에 대한 경정청구를 거부한 처분은 정당하다.

4.심리 및 판단

가.쟁점

 청구법인은 창고업을 영위하는 법인으로 간주임대료 부가가치세와 임대공급가액명세서 미제출 가산세 환급 경정청구 거부는 부당하다는 청구주장의 당부

나.관련법령

  1) 부가가치세법 제29조【과세표준】(2018.12.31. 법률 제16101호로 일부 개정된 것)

   ⑩ 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 부동산 임대용역을 공급하는 경우의 공급가액은 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액으로 한다.

   1. 사업자가 부동산 임대용역을 공급하고 전세금 또는 임대보증금을 받는 경우

  2) 부가가치세법 시행령 제65조【부동산 임대용역의 공급가액 계산】(2018.2.13. 대통령령 제28641호로 일부 개정된 것)

   ① 법 제29조제10항제1호에 따라 전세금이나 임대보증금을 받는 경우에는 법 제29조제3항제2호에 따른 금전 외의 대가를 받는 것으로 보아 다음 계산식에 따라 계산한 금액을 공급가액으로 한다. 이 경우 국가나 지방자치단체의 소유로 귀속되는 지하도의 건설비를 전액 부담한 자가 지하도로 점용허가(1차 무상점용기간으로 한정한다)를 받아 대여하는 경우에 기획재정부령으로 정하는 건설비상당액은 전세금이나 임대보증금으로 보지 아니한다.

  3) 부가가치세법 제55조【현금매출명세서 등의 제출】(2014.1.1. 법률 제12167호로 일부 개정된 것)

   ② 부동산임대업자는 기획재정부령으로 정하는 부동산임대공급가액명세서를 예정신고 또는 확정신고를 할 때 함께 제출하여야 한다.

   ③ 현금매출명세서 및 부동산임대공급가액명세서의 작성과 제출 등에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

  4) 부가가치세법 시행령 제3조【용역의 범위】(2020.2.11. 대통령령 제30397호로 일부 개정된 것)

   ① 법 제2조제2호에 따른 용역은 재화 외에 재산 가치가 있는 다음 각 호의 사업에 해당하는 모든 역무(役務)와 그 밖의 행위로 한다.

     3. 운수 및 창고업

     6. 부동산업. 다만, 다음 각 목의 사업은 제외한다.

       가. 전ㆍ답ㆍ과수원ㆍ목장용지ㆍ임야 또는 염전 임대업

       나. 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」 제4조에 따른 공익사업과 관련해 지역권ㆍ지상권(지하 또는 공중에 설정된 권리를 포함한다)을 설정하거나 대여하는 사업

  5) 부가가치세법 시행령 제4조【사업의 구분】(2013.6.28. 대통령령 제24638호로 전부 개정된 것)

   ① 재화나 용역을 공급하는 사업의 구분은 이 영에 특별한 규정이 있는 경우를 제외하고는 통계청장이 고시하는 해당 과세기간 개시일 현재의 한국표준산업분류에 따른다.

  6) 법인세법 제46조【분할 시 분할법인등에 대한 과세】(2020.12.22. 법률 제17652호로 일부개정된 것)

   ③ 제2항에도 불구하고 부동산임대업을 주업으로 하는 사업부문 등 대통령령으로 정하는 사업부문을 분할하는 경우에는 적격분할로 보지 아니한다.

  6-1) 법인세법 시행령 제82조의2【적격분할의 요건 등】(2019.2.12. 대통령령 제29529호로 일부개정된 것)

   ② 분할하는 사업부문(분할법인으로부터 승계하는 부분을 말한다. 이하 이 조와 제85조제1호에서 같다)이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업부문인 경우에는 법 제46조제2항제1호가목에 따라 분리하여 사업이 가능한 독립된 사업부문을 분할하는 것으로 보지 아니한다.

     1. 기획재정부령으로 정하는 부동산 임대업을 주업으로 하는 사업부문

  6-2) 법인세법 시행규칙 제41조【독립된 사업부문 및 포괄승계의 판단기준 등】(2019.3.20. 재정부령 제730호로 일부개정된 것)

   ① 영 제82조의2제2항제1호에서 "기획재정부령으로 정하는 부동산 임대업을 주업으로 하는 사업부문"이란 분할하는 사업부문(분할법인으로부터 승계하는 부문을 말한다. 이하 이 조에서 같다)이 승계하는 자산총액 중 부동산 임대업에 사용된 자산가액이 100분의 50 이상인 사업부문을 말한다. 이 경우 하나의 분할신설법인등(법 제46조제1항 전단에 따른 분할신설법인등을 말한다. 이하 같다) 또는 피출자법인이 여러 사업부문을 승계하였을 때에는 분할신설법인등 또는 피출자법인이 승계한 모든 사업부문의 자산가액을 더하여 계산한다.

  7) 조세특례제한법 제25조【안전설비 투자 등에 대한 세액공제】(2019.12.31. 법률 제16835호로 삭제되기 전의 것)

   ① 내국인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 시설(제1호의 경우에는 물품을 포함한다. 이하 이 조에서 같다) 중 산업정책 및 안전정책상 필요하다고 인정하여 대통령령으로 정하는 시설에 2019년 12월 31일까지 투자(중고품 및 대통령령으로 정하는 리스에 의한 투자는 제외한다)하는 경우에는 그 투자금액의 100분의 1[대통령령으로 정하는 중견기업의 경우에는 100분의 3, 중소기업의 경우에는 100분의 7(중소기업이 제9호의 설비에 투자하는 경우에는 100분의 10)]에 상당하는 금액을 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다. 이 경우 세액공제의 방법에 관하여는 제11조제1항·제3항 및 제4항을 준용한다.

     3.「유통산업발전법」에 따라 시행되는 유통사업을 위한 시설

  7-1) 조세특례제한법 시행령 제22조【안전설비투자 등의 범위】(2019.2.12. 대통령령 제29527호로 개정되기 전의 것)

   ① 법 제25조제1항 각 호 외의 부분 전단에서 "대통령령으로 정하는 시설"이라 함은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 시설을 말한다.

     4. 「유통산업발전법」에 의한 유통산업의 합리화를 촉진하기 위한 시설로서 기획재정부령으로 정하는 것

  7-2) 제13조【안전시설 등의 범위】(2019.3.20. 기재부령 제726호로 개정되지 전의 것)

   ① 영 제22조제1항제4호에서 "기획재정부령이 정하는 것"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자가 해당 사업에 직접 사용하기 위한 시설로서 별표 3의 유통산업합리화시설을 말한다.1. 제조업을 영위하는 자

     2. 영 제5조제8항에 따른 물류산업을 영위하는 자

  8) 상법 제11장 창고업 제155조【의의】

  타인을 위하여 창고에 물건을 보관함을 영업으로 하는 자를 창고업자라 한다.

  8-1) 상법 제162조 【보관료청구권】

   ① 창고업자는 임치물을 출고할 때가 아니면 보관료 기타의 비용과 체당금의 지급을 청구하지 못한다. 그러나 보관기간 경과후에는 출고전이라도 이를 청구할 수 있다.

   ② 임치물의 일부출고의 경우에는 창고업자는 그 비율에 따른 보관료 기타의 비용과 체당금의 지급을 청구할 수 있다.

  9) 물류시설의 개발 및 운영에 관한 법률 제2조 【정의】(2017.10.4. 법률 제14946호로 일부개정된 것)

   이 법에서 사용하는 용어의 정의는 다음과 같다.

     1. "물류시설"이란 다음 각 목의 시설을 말한다.

       가. 화물의 운송ㆍ보관ㆍ하역을 위한 시설

       나. 화물의 운송ㆍ보관ㆍ하역과 관련된 가공ㆍ조립ㆍ분류ㆍ수리ㆍ포장ㆍ상표부착ㆍ판매ㆍ정보통신 등의 활동을 위한 시설

       다. 물류의 공동화ㆍ자동화 및 정보화를 위한 시설

       라. 가목부터 다목까지의 시설이 모여 있는 물류터미널 및 물류단지

     5의2. "물류창고"란 화물의 저장ㆍ관리, 집화ㆍ배송 및 수급조정 등을 위한 보관시설ㆍ보관장소 또는 이와 관련된 하역ㆍ분류ㆍ포장ㆍ상표부착 등에 필요한 기능을 갖춘 시설을 말한다.

     5의3. "물류창고업"이란 화주(貨主)의 수요에 따라 유상으로 물류창고에 화물을 보관하거나 이와 관련된 하역ㆍ분류ㆍ포장ㆍ상표부착 등을 하는 사업을 말한다. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 것은 제외한다.

       가. 「주차장법」에 따른 주차장에서 자동차의 보관, 「자전거 이용 활성화에 관한 법률」에 따른 자전거 주차장에서 자전거의 보관

       나. 「철도사업법」에 따른 철도사업자가 여객의 수하물 또는 소화물을 보관하는 것

       다. 그 밖에 「위험물안전관리법」에 따른 위험물저장소에 보관하는 것 등 국토교통부와 해양수산부의 공동부령으로 정하는 것

  10) 자본시장과 금융투자업에 관한 법률 제229조【집합투자기구의 종류】

   집합투자기구는 집합투자재산의 운용대상에 따라 다음 각 호와 같이 구분한다.

     2. 부동산집합투자기구 : 집합투자재산의 100분의 40 이상으로서 대통령령으로 정하는 비율을 초과하여 부동산(부동산을 기초자산으로 한 파생상품, 부동산 개발과 관련된 법인에 대한 대출, 그 밖에 대통령령으로 정하는 방법으로 부동산 및 대통령령으로 정하는 부동산과 관련된 증권에 투자하는 경우를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)에 투자하는 집합투자기구

다.사실관계

  1)청구법인 간주임대료 등 신고(수정신고 포함) 내역

   가) 청구법인은 2015.2기부터 2018.2기까지 간주임대료에 대한 부가가치세를 신고납부하고 부동산임대공급가액명세서를 제출하였으며, 신고 이후 경정청구를 한 이력은 없다.

   나)청구법인과 A지점 이 건 관련 2020.2기부터 2024.2기까지 간주임대료에 대한 부가가치세와 부동산임대공급가액명세서 미제출 가산세를 수정신고 내역은 아래와 같다.

   다) A지점은 2025.1기부터 2025.2기까지 부가가치세 신고시 간주임대료를 과세표준에 합산하고, 부동산임대공급가액명세서를 제출하였다.

  2) 청구법인 업종

   가) 청구법인 등기사항전부증명서에 목적사업에는 창고업, 부동산임대업 등이 기재되어 있다.

   나) 청구법인은 2010.12.20. 주업종 운수 및 창고업 / 일반 창고업, 부업종 운수 / 물류업을 목적사업으로 사업자등록을 하였다.

   다) 청구법인은 2025.10.31. 부동산업 / 비거주용 건물임대업을 부업종에 추가하여 사업자등록정정신청을 하였다.

  3)A사업장 매수자인 OOOOO 제3호 사업자등록 사항 및 간주임대료 신고 내역

   가) OOOOO 제3호는 2025.5.23. 개업일로 2025.6.2. 법인사업자등록을 하였으며, 신고 업종은 주업종은 금융/집합투자기구, 부업종은 부동산/비거주용 건물 임대업이다.

   나) OOOOO제3호는 2025.2기부터 2026.1기까지 간주임대료를 부가가치세 과세표준에 가산하고, 부동산임대공급가액명세서를 첨부하여 부가가치세를 신고하였다.

   다) 신고한 간주임대료 금액은 2025.2기 예정 00,000,000원, 2025.2기 확정 00,000,000원, 2026.1기 예정 00,000,000원이다.

  4) 쟁점창고 매매계약에 쟁점 간주임대료 관련 내용

   가) 계약서 3.13 Tax에 ‘계약 마감일 현재, 청구법인이 부동산과 관련하여 제출해야 하는 모든 세금 신고서는 모든 관련 법률에 따라 기한 내에 제출되었거나 제출될 예정’이라고 기재되어 있으며, 부동산 관련하여 제출해야 하는 모든 세금에는 임대보증금 관련 간주임대료와 가산세 부분은 제외되며, 해당 세금 금액은 당사자 간에 합의에 의해서 결정된다고 기재되어 있다.

   나) 매매계약서 이외에 당사자 간 합의내용을 확인할 수 있는 제출 자료는 없다.

  5) 청구법인 쟁점창고 현황

   가) 쟁점창고 건축물대장에 주용도는 창고시설로 기재되어 있다.

   나) 청구법인이 제출한 실사보고서에 따르면 쟁점창고는 상온창고, 저온창고, 하역장 등 물류창고 용도 건축물인 것으로 확인되며, 주요 설비는 전기, 통신, 소방, 급수설비 등 물류창고로 이용할 수 있는 기본설비를 갖추고 있으며, 랙 등 물건을 적재하는 내부설비는 임차인이 설치 사용하고 있다.

   다) 청구법인이 청구주장 근거로 제시한 ‘안전설비 투자 등에 대한 세액공제’ 국세청 해석례(기준-2019-법령해석법인-420, 2019.6.19.)와 관련하여 청구법인은 설립이후 세액공제를 신청한 이력은 없다.

  6) 한국표준산업분류에 부동산업과 창고업 관련 내용은 다음과 같다.

  7) 처분청 제시 유사 업종 신고현황

   가) 처분청은 청구법인과 유사한 업종 영위 사업자가 간주임대료에 대한 부가가치세를 신고하고 부동산임대공급가액명세서를 제출하고 있다고 주장하며 5개 사업자 인적사항을 제시하였다.

   나) F 전문투자형사모부동산모투자신탁4호

     (1) 2020.3.24. 설립된 F 자산운용㈜ 지점으로, 사업자등록상 업종은 부동산 임대업이다.

     (2) 사업장 소재지는 OO OO OO 000번지로 ㈜OO에게 물류창고를 임대하고 있으며, 간주임대료에 대한 부가가치세를 신고하고, 부동산임대공급가액명세서를 제출하고 있다.

   다) G㈜

     (1) 2023.5.26. 사업자단위과세 종사업장으로 설립하였으며, 사업자등록상 업종은 부동산 임대업이다.

     (2) 사업장 소재지는 OO시 OO면 OO리 000이며, ㈜OO에게 물류창고를 임대하고 있으며, 간주임대료에 대한 부가가치세를 신고하고, 부동산임대공급가액명세서를 제출하고 있다.

   라) H 일반사모부동산투자신탁제64호

     (1) 2026.6.2. 설립된 H자산운용㈜ 지점으로, 사업자등록상 업종은 부동산 임대업이다.

     (2) 사업장 소재지는 OO시 OO면 OO리 000번지로 ㈜OO 등에게 물류창고를 임대하고 있으며, 간주임대료에 대한 부가가치세를 신고하고, 부동산임대공급가액명세서를 제출하고 있다.

   마) ㈜I

     (1) 2013.8.16. 설립된 I㈜ 지점으로, 사업자등록상 업종은 부동산 임대업이다.

     (2) 사업장 소재지는 OO시 OO면 OO리 0-0번지로 ㈜E에게 물류창고를 임대하고 있으며, 간주임대료에 대한 부가가치세를 신고하고, 부동산임대공급가액명세서를 제출하고 있다.

   바) F 전문투자형사모부동산모투자신탁2호

     (1) 2019.5.23. 설립된 F자산운용㈜ 지점으로, 사업자등록상 업종은 부동산 임대업이다.

     (2) 사업장 소재지는 OO시 OO면 OO리 000번지로 OOOOOOOO코리아㈜에게 물류창고를 임대하고 있으며, 간주임대료에 대한 부가가치세를 신고하고, 부동산임대공급가액명세서를 제출하고 있다.

라.판단

 1)관련 법리

  가) 부동산 임대업을 영위하는 사업자는「부가가치세법」제29조제10항제1호에 따라 임대보증금에 대한 간주임대료를 부가가치세 과세표준에 합산하여 신고하고,「부가가치세법」제55조제2항에 따라 부동산임대공급가액명세서를 제출하여야 한다.

  전세금 또는 임차보증금은 그 자체를 부동산임대용역에 대한 대가로 볼 수는 없으나, 전세금 또는 임차보증금으로 정기예금에 가입하여 이자수익을 얻거나 전세금 또는 임차보증금으로 투자를 하여 투자수익을 얻는 등 전세금 또는 임차보증금을 보유하는 계약기간 동안 이를 운용하면서 수익을 창출할 수 있게 되므로, 이를 부동산임대용역에 대한 대가로 볼 수 있다. 이에 따라 구 부가가치세법 시행령 제49조의2 제1항은 사업자가 부동산임대용역을 공급하고 전세금 또는 임차보증금을 지급받는 경우 금전 이외의 대가를 받는 것으로 간주하되, 사업자가 전세금 또는 임차보증금을 다른 곳에 투자하기 어렵다고 하더라도 최소한 은행의 정기예금에 가입하여 정기예금 이자액 상당의 이익을 얻을 수 있다는 점을 고려하여 전세금 또는 임차보증금에 대한 정기예금 이자율 상당의 금원을 과세표준으로 규정하고 있다(서울고법 2015.1.7. 선고 2014누64430).

  나) 한국표준산업분류에 따르면 부동산 임대업은 ‘자기 소유 또는 임차한 각종 부동산을 임대하는 산업활동’을 말하며, 일반 창고업은 ‘온도 조절장치 등 물품 보존에 필요한 특수한 시설 없이 보통 상온에서 보존 가능한 물품을 보관하는 산업활동’을 말한다.

 2)청구법인 업종이 부동산임대업에 해당하는지 여부에 대한 판단

  가) 임대계약서에 ‘임차인은 자신의 책임 하에 보유재산을 관리 보존하여야 하며, 임대인은 고의 또는 중과실에 의한 경우를 제외하고 임차인 재산의 파손 또는 손실에 책임지지 아니한다.’고 명시하여 물품보관 책임이 청구법인이 아닌 임차인에게 있고

  창고의 일부를 특정 임차인에게 일정기간 동안 전용하여 사용할 수 있도록 하여 주고 물량의 흐름과는 관계없이 일정액의 보증금 및 월차임을 받고 있는 영업 형태를 볼 때 청구법인이 수취한 보증금과 월차임은 물품보관에 대한 대가가 아닌 공간 임대의 대가로 보는 것이 타당하다.

  나) 쟁점창고 매수자가 같은 형태로 같은 임차인에게 쟁점창고를 임대하면서 간주임대료 부가가치세를 신고하고 부동산공급가액명세서를 제출하고 있는 점, 청구법인이 2015.2기부터 2018.2까지 간주임대료에 대한 부가가치세를 신고한 사실이 있으며, 청구법인과 유사하게 창고업으로 사업자등록을 하고 창고를 임대하는 경우에도 간주임대료에 대한 부가가치세를 신고한 사례들이 확인되는 점,

  청구법인이 창고업으로 사업자등록을 하였다 하여 창고업을 영위하는 것으로 인정되는 것이 아니며, 사업자등록에 기재한 업종이 사실과 다른 경우 실제 영위 업종을 기준으로 납세의무를 부과하는 것이 타당하다.

  다) 청구법인이 제시한 국세청 해석례(서면-2023-법인-2454, 2024.2.8.)는「법인세법」적격분할 여부 판단에 관한 것으로서 이 건과 적용 법령 및 해석취지가 다른 해석으로 이를 이 건에 적용할 수는 없으며

  이 건 관련 법령인「부가가치세법」국세청 해석례(부가46015-972, 1998.5.11.)에서 청구법인과 같은 형태의 영업활동을 부동산 임대업이라고 해석한 점 등을 볼 때 청구법인의 업종은 부동산 임대업으로 보는 것이 타당하다.

  라)따라서, 처분청이 이 건 경정청구 거부 통지한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

5. 결론

이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로 ｢국세기본법｣ 제65조제1항제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.