[주 문]

1. 청구인이 제기한 2021년 귀속 종합부동산세 OOO원 및 농어촌특별세 OOO원의 각 부과처분의 집행정지를 요구하는 심판청구는 이를 각하한다.

2. 나머지 심판청구는 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

가. 청구인은 2021.6.1. 현재 배우자(이하 청구인과 배우자를 합하여 “청구인 등”이라 한다)와 함께 ○○광역시 ○○구 OOO(이하 “쟁점임대주택①”이라 한다) 및 같은 시 ○○구 OOO(이하 “쟁점임대주택②”라 한다)를 공동 소유하고 있고, 청구인은 ○○광역시 ○○구 OOO(이하 “쟁점임대주택③”이라 하고, 쟁점임대주택①·②와 합하여 “쟁점임대주택들”이라 한다)를 단독으로 소유하고 있다.

나. 청구인 등은 2016.4.11. 쟁점임대주택①을, 2018.6.26. 쟁점임대주택②를, 청구인은 2016.10.26. 쟁점임대주택③을 「민간임대주택에 관한 특별법」(이하 “민간임대주택법”이라 한다)에 따른 단기임대주택으로 등록하였으나, 같은 법 제6조 제5항에 따라 2020.8.26.에 쟁점임대주택①의, 2022.3.7. 쟁점임대주택②의, 2020.8.25. 쟁점임대주택③의 임대사업자등록이 말소되었고, 청구인 등은 2021.10.13. 쟁점임대주택①을, 2022.6.30. 쟁점임대주택②를, 청구인은 2021.10.13. 쟁점임대주택③을 민간임대주택법에 따른 장기임대주택으로 다시 등록하였다.

다. 청구인 등은 2021년 귀속 종합부동산세 합산배제신고기한(2021.9.30.) 내에 쟁점임대주택들을 합산배제대상 주택으로 신고하였고, 이에 따라 처분청은 청구인에게 종합부동산세 및 농어촌특별세(이하 “종합부동산세 등”이라 한다)를 부과하지 아니하였다.

라. 처분청은 이후 2021년 귀속 종합부동산세 과세기준일 당시 쟁점임대주택①·③의 임대사업자등록이 말소되어 합산배제 임대주택에 해당하지 아니하고, 쟁점임대주택②는 2018.3.31. 이후 등록한 단기임대주택이므로 「종합부동산세법 시행령」(이하 “종부세법 시행령”이라 한다) 제3조 제1항 제2호의 단서 규정에 따라 합산배제 임대주택에 해당하지 아니한다고 보아, 2026.1.8. 청구인에게 2021년 귀속 종합부동산세 등 OOO원을 결정·고지하였다.

마. 청구인은 이에 불복하여 2026.2.5. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

 (1) 본안에 대한 청구인의 주장이 인용될 가능성과 집행정지의 필요성이 모두 인정되므로, 이 건 심판청구 결정 전까지 이 건 처분의 집행은 정지되어야 한다.

(가) 이 건 종합부동산세 등의 부과처분은 위헌적 법령에 근거하고, 입법취지 및 정책적 일관성에 반하며, 청구인의 귀책사유 없는 형식적 하자를 이유로 부과되어 실질과세원칙에도 위배되고, 신뢰보호 원칙에도 위배되는 부당한 처분인바, 본안에서의 청구주장이 인용될 가능성이 높다(구체적인 이유는 후술한 쟁점②에 대한 청구주장 참조).

  (나) 이 건 처분의 집행은 청구인 등의 사업 기반을 위협하는 회복하기 어려운 손해를 초래하는 반면, 집행정지로 인한 공공복리 침해는 존재하지 않는다.

  1) 대법원은 “당사자가 행정처분 등이나 그 집행 또는 절차의 속행으로 인하여 재산상의 손해를 입거나 기업 이미지 및 신용이 훼손당하였다고 주장하는 경우에 그 손해가 금전으로 보상할 수 없어 회복하기 어려운 손해에 해당한다고 하기 위해서는, 그 경제적 손실이나 기업 이미지 및 신용의 훼손으로 인하여 사업자의 자금사정이나 경영 전반에 미치는 파급효과가 매우 중대하여 사업 자체를 계속할 수 없거나 중대한 경영상의 위기를 맞게 될 것으로 보이는 등의 사정이 존재하여야 한다(대법원 2003.4.25. 선고 2003무2 판결 참조)”고 집행정지의 요건을 판시하고 있다.

  2) 청구인 계좌에 보유 중인 예금은 OOO원에 불과한바, 처분청이 부과된 종합부동산세 등의 집행을 진행한다면 청구인은 당장 세금을 납부할 자금이 없어 채무불이행 상태에 빠지게 된다. 이는 추상적인 우려가 아니라, 통장 잔고와 부과세액의 단순 비교만으로도 명백히 확인되는 객관적이고 임박한 위험이다.

    3) 청구인의 배우자는 채무불이행 상태로 인해 ‘자금경색 및 신용도 하락’, ‘강제집행 및 사업자산 상실’, ‘사업기반의 완전 붕괴’ 등의 위험에 순차적으로 빠지게 되는바, 처분청의 집행은 청구인에게 회복 불가능한 손해를 야기한다.

    4) 만일 청구주장이 인용되어 세금을 환급받는다고 하더라도 한번 무너진 사업 기반과 상실된 신용은 금전으로 결코 회복될 수 없는 손해임이 명백하므로, 이를 예방하기 위한 집행정지의 긴급한 필요성이 절실히 인정된다.

   5) 부과된 종합부동산세 등의 집행을 정지하더라도 이는 일개 개인들에 대한 강제징수 절차를 이 건 심판결정 전까지 잠시 보류하는 것일 뿐 국가의 조세정책이나 재정수입 전반에 중대한 영향을 미치지 않는다.

 (2) 청구인은 투기 목적 없이 장기간 쟁점임대주택들을 임대한 임대사업자로 임대사업자로서의 실질이 단 한번도 중단되지 않았음에도 임대사업자 제도가 변동되었다는 이유만으로 쟁점임대주택들을 종합부동산세 과세대상으로 본 것은 부당하다.

(가) 처분청은 종부세법 시행령 제3조의 합산배제 임대주택을 근거로 이 건 처분을 하였다는 의견인데, 해당 조항 개정의 배경이 된 조정대상지역 중과세 규정 자체에 위헌성이 다분하다.

   헌법재판소는 비록 종합부동산세법령이 합헌이라고 결정하기는 하였지만 3인의 헌법재판관은 “주택 소유의 동기나 기간 등 구체적 사정은 일절 고려하지 않고, (중략) 조정대상지역 지정이라는 우연한 사정에 의해 가중된 세율을 적용받도록 하는 것은 (중략) 투기 목적이 없는 자에게 과도하게 재산권을 제한하는 것”으로서 과잉금지원칙에 위배되어 위헌임을 명확히 지적하였다.

   청구인은 투기목적 없이 임대사업자로 등록한 후 장기간 임대사업을 영위해 온 선량한 사업자인바, 위헌 의견이 지적한 보호받아야 할 비투기 목적의 주택소유자이다.

(나) 2021년 3월에 ‘비아파트형 임대주택의 과세부담 완화 및 임대시장 안정’을 위해 민간임대주택법이 개정되는 등 쟁점임대주택들과 같은 소형 원룸이나 다세대 임대주택은 아파트 가격상승 억제를 위한 부동산정책과는 전혀 관련이 없었다. 또한 정부는 2025년에 폐지되었던 단기임대사업자 제도를 다시 도입하는 등 쟁점임대주택들과 같은 소형 다세대주택의 임대시장 안정과 세제지원의 필요성을 재확인하여 주었다.

   그럼에도 처분청이 청구인과 같은 소규모 임대주택 사업자에게 종합부동산세를 부과한 것은 정책적·입법적 일관성에 반한다.

 (다) 서울고등법원은 임대주택을 직접 건설했음에도 구청에 ‘건설임대주택’이 아닌 ‘매입임대주택’으로 잘못 등록하여 종합부동산세 합산배제 혜택을 받지 못한 사안에서, 임대사업자 등록이 소유권보존등기 이후에 이루어졌거나 ‘매입임대주택’으로 잘못 등록되었더라도, 실질적으로 임대를 목적으로 주택을 건설한 것이 입증된다면 ‘건설임대주택’으로 보아 합산배제 혜택을 적용해야 한다고 판단(서울고등법원 2025.5.16. 선고 2024누58656 판결 참조)하였고, 「국세기본법」 제14조 제2항에서도 실질과세원칙을 규정하고 있으며, 청구인이 쟁점임대주택들에서 임대사업을 계속하여 영위하여 임대사업의 실질이 중단된 사실이 없다.

   처분청이 민간임대주택법의 개정으로 인한 임대사업자등록의 말소와 재등록 사이의 형식적 공백만을 문제삼는 것은 실질과세원칙에 정면으로 위배된다.

 (라) 청구인은 국세청이 발표한 자료를 신뢰하여 쟁점임대주택들이 계속해서 합산배제 대상으로 판단하였는바, 이 건 과세처분은 신뢰보호원칙에도 위배된다.

   1) 대법원은 단순한 법령의 부지나 오해의 범위를 넘어 세법 해석상 의의에 관하여 견해의 대립이 생기는 등 특별한 사정이 있는 경우에도 납세의무자가 정부의 견해와 다른 견해를 취하였다 하여 가산세의 부과요건에 해당하게 된다고 본다면 납세의무자에게 너무 가혹하다 할 것이므로 예외적으로 정당한 사유가 인정될 수 있다 할 것이다라고 판시한 바 있다(대법원 2000.9.29. 선고 97누4661 판결 참조).

   2) 2020·2021년에 ​① 단기임대 자동말소, ② 비(非)아파트 장기임대 재등록 허용, ③ 조정대상지역의 급격한 확대​라는 세 가지 제도가 복잡하게 얽히고 설켜 세무대리인이나 변호사 등 ​법률 전문가들조차 그 법률효과를 명확히 예측하기 어려운 극도의 혼란기​였다.

   이처럼 복잡한 법규가 복잡하여 전문가조차 혼란스러운 상황에서, 청구인이 선택할 수 있었던 가장 합리적인 행동은 ​관할 행정청의 안내를 직접 따르는 것​이었고, 청구인은 해운대구청의 정상적인 안내와 절차에 따라 2021.10.13. 임대사업자 재등록을 완료​하였으며, 구청은 이를 정상적으로 접수·등록하였는바, 이는 청구인의 임대사업자 재등록이 유효하다는 정부 기관의 명시적인 공적 견해 표명​에 해당한다.

    실제로 해운대구청 담당자는 ​2024.9.24.​. 확인요청 당시 ​“비정상적 등록이었다면 반려처분을 했을 것”​이라고 명확히 답변하며, 당시 등록 행위가 정상적이고 유효했음을 재차 확인해 주었다.

   3) 국세청은 오랫동안 “최초 합산배제 신고 후 소유권·면적 등 변동사항이 없으면 매년 다시 신고할 필요가 없다”고 안내하였고, 청구인은 이런 안내뿐만 아니라 쟁점임대주택들이 계속해서 합산배제대상으로서 종합부동산세 부과대상에 제외되었다는 사실(비관세 관행)을 신뢰하였고, 처분청은 2025년에 갑자기 2021년 귀속 종합부동산세를 부과하였다.

   4) 종합부동산세 합산배제 혜택은 지방자치단체의 ‘임대사업자 등록’을 필수적인 전제로 하므로, 두 행정청의 업무는 납세자 입장에서 분리할 수 없는 하나의 절차임에도, 주무관청 스스로 정상 등록으로 처리한 사안을 수년이 지난 후 다른 과세당국이 뒤늦게 ‘무효 등록’이라 단정하고 거액의 세금을 부과하는 것은, 정부 행위에 대한 국민의 신뢰를 정면으로 배반하는 행위로서 ​「행정기본법」 제12조 및 「국세기본법」 제15조의 신뢰보호 원칙에 명백히 위배​된다.

 (마) (쟁점임대주택①·③ 관련) 청구인이 쟁점임대주택①·③을 2021년 귀속 종합부동산세 합산배제 신고기한(2021.9.30.)내에 임대주택으로 등록하지 못한 데에 불가항력적인 사유가 있는바, 해당 주택을 계속해서 임대하고 있으므로 2021년 귀속 종합부동산세 부과 당시 쟁점임대주택①·③을 합산배제 임대주택으로 인정하여야 한다.

    1) 청구인은 2016.4.11., 2016.10.26.에 각각 쟁점임대주택①·③을 임대주택으로 등록한 후 계속해서 임대하고 있고, 이 건 쟁점이 된 2021년을 제외한 나머지 과세연도에는 처분청도 쟁점임대주택①·③을 합산배제 주택으로 인정하였다.

    2) 2020.8.18. 민간임대주택법의 개정으로 인해 단기임대주택 제도가 폐지되었고, 이에 따라 청구인이 등록한 쟁점임대주택①·③의 임대사업자등록이 2020.8.26. 및 2020.8.25.에 자동 말소되었다. 그러나, 청구인은 이를 제때 통지받지 못하였고, 설사 통지가 있었다 하더라도 이를 인지하고 대처할 수 없는 불가항력적인 상황이 있었다.

     가) 청구인은 2020년 11월에 세쌍둥이를 출산하였는데, 청구인은 고위험 산모로서 장기간 병원에서 입원치료를 받아야 했고, 출산 이후 청구인과 배우자는 신생아 3명을 동시에 양육하기 위해 24시간 매달려야 하다 보니 변경된 행정사항을 챙기거나 외부 정보를 습득할 수 있는 물리적·정신적 여건이 전무하였다.

     나) 설상가상으로 청구인의 시부가 2020년 6월에 사망하여 청구인은 다른 것을 챙길 겨를이 없었고, 당시 코로나119 팬데믹 상황이어서 관공서를 방문하거나 사람을 대면하여 정보를 얻는 것이 거의 불가능하였다.

    3) 청구인은 쟁점임대주택①·③의 임대사업자 등록이 2020.8.26. 및 2020.8.25.자로 자동말소 되었다는 사실을 인지하지 못하였지만 종합부동산세 합산배제 신고기한(2021.9.30.) 내에 합산배제 대상으로 신고하였는바, 청구인이 그 주택에서 임대사업을 지속하려는 의사는 명확하였다.

   청구인은 뒤늦게 쟁점임대주택①·③의 임대사업자 등록말소 사실을 인지하고, 2021.10.13. 관할 구청에 쟁점임대주택①·③을 장기임대주택으로 임대사업자등록을 하였다.

    4) 조세심판원도 이와 유사한 사례에서 종합부동산세 과세기준일 당시 임대주택으로 등록되지 않은 주택을 합산배제 임대주택으로 인정하여 주었다.

   조세심판원은 “과세기준일 현재 임대사업자 미등록이 납세의무자의 귀책사유에 기인하지 않고, 합산배제신고기간 내에 임대 의사가 확인된 경우 합산배제를 인정한다”고 판단(조심 2023서616, 2023.8.21.)한바 있고, 법원은 “임대사업자 등록이 소유권보존등기 이후에 이루어졌거나 잘못된 유형으로 등록되었더라도, 실질적으로 임대를 목적으로 주택을 건설·임대한 것이 입증된다면 합산배제 혜택을 적용하여야 한다”고 판결(서울고등법원 2025.5.16. 선고 2024누58656 판결)하였는바, 청구인과 같이 법률 개정에 따른 주택임대사업자의 자동말소라는 비자발적 사유로 인하여 임대사업자의 일시적 공백만이 발생하였을 뿐 중단없이 주택의 임대를 계속한 경우에는 해당 선결정례 등을 원용하여야 한다.

    5) 청구인이 시부상(2020년 6월), 세쌍둥이 출산(2020년 11월), 출산에 따른 장기간 병원 치료(2020년 11월∼)라는 인도적 위기 상황에 처해 있어 쟁점임대주택①·③의 임대사업자 등록이 자동 말소된 사실을 즉시 인지하지 못한 것은 고의나 과실로 볼 수 없는 명백한 ​‘귀책사유 없는 사정’​에 해당한다. 위의 조세심판원 선결정례에 비추어 보았을 때 청구인과 같이 임대사업자등록을 완료하기 어려운 부득이한 사정이 있고, 사후에라도 등록하여 임대사업의 의사를 명확히 했다면 임대사업을 위한 주택을 합산배제 대상으로 인정하여야 한다.

(바) 처분청은 민간임대주택법 개정으로 구청에 등록된 임대사업자등록이 자동말소되었다가 재등록된 경우에는, 세무서에 등록한 임대사업자 지위를 계속해서 유지하였다고 하더라도 종부세법 시행령 규정을 기계적으로 적용하여 임대주택을 합산배제 대상에서 제외하여 종합부동산세를 부과하였는데, 이는 투기 목적이 없는 장기 임대사업자에게 과도한 세 부담을 지우는 점에서 재산권과 평등원칙, 신뢰보호원칙을 침해한다. 또한 본질적으로 다른 집단을 동일하게 취급하는 것은 불합리한 차별에 해당하고, 임대사업의 실질이 단절된 사실이 없음에도 형식적 등록 공백만을 이유로 종합부동산세를 부과하는 것은 실질과세 원칙에 반하며, 비아파트 임대시장 안정이라는 임대사업 제도의 입법·정책 취지와도 배치되므로 이 건 처분은 위헌·위법하여 취소되어야 한다.

나. 처분청 의견

  종합부동산세법령에 따라 2021년 귀속 종합부동산세 과세기준일 이전에 주택임대를 개시한 자가 합산배제신고기간 종료일(2021.9.30.)까지 관할 지방자치단체장에게 주택임대등록과 관할 세무서장에게 주택임대 사업자등록을 하여야만 합산배제를 할 수 있으나, 합산배제신고기간 내에 쟁점임대주택들이 관할 구청에 임대주택으로 등록된 사실이 없으므로 쟁점임대주택들을 합산배제 대상으로 볼 수 없다.

 (1) 청구인은 쟁점임대주택①·③의 임대사업자 등록이 자동으로 말소된 사실을 인지하지 못하였다고 주장하나, 임대주택 등록말소는 민간임대주택법 제6조 제5항에 의하여 이루어진 것이므로 별도의 처분 또는 통지가 필요하지 않다(조심 2022서1437, 2022.5.12. 참조).

(2) 종합부동산세 합산배제 특례 규정은 특혜 조항이므로 엄격하게 해석하여야 하고, 조세심판원과 법원은 이와 유사한 사례에서 과세처분이 정당하다고 판단하였다.

(3) 조세법의 영역에 있어서는 국가가 조세·재정정책을 탄력적·합리적으로 운용할 필요성이 큰 만큼, 조세에 관한 법규·제도는 신축적으로 변할 수밖에 없다는 점에서 납세의무자로서는 구법질서에 의거한 신뢰를 바탕으로 적극적으로 새로운 법률관계를 형성하였다든지 하는 특별한 사정이 없는 한, 현재의 세법이 변함없이 유지되리라고 기대하거나 신뢰할 수는 없고(헌법재판소 2002.2.28. 선고 99헌바4 결정, 헌법재판소 2019.8.29. 선고 2017헌바496 결정 등 참조), 조세감면 또는 우대에 있어서 한 번 혜택을 보았다고 하여 그것이 지속되어야 하는 것은 아니며(헌법재판소 2012.4.24. 선고 2010헌가87 전원재판부 결정), 조세감면대상의 범위 등 구체적인 내용의 형성에 관하여는 보다 광범위한 입법재량이 인정되므로 그 내용이 명백히 불합리하거나 불공정하지 않는 한 입법부의 정책적인 판단은 존중되어야 한다(헌법재판소 2011.6.30. 선고 2009헌바199 결정 참조).

  위와 같은 법리에 비추어 보면, 청구인이 최초 임대사업자 등록 당시 종합부동산세 과세 혜택을 계속 받을 수 있으리라 신뢰하였다고 하더라도 이러한 신뢰는 단순한 기대에 불과하고, 불확실한 것으로서 헌법상 보호하여야 할 가치나 필요성이 크다고 볼 수 없고, 민간임대주택법의 개정은 전·월세 상한제, 계약갱신 요구권 도입을 통해 일반 임대주택과 차별성이 희박해진 단기민간임대주택과 주택시장 과열요인이 될 수 있는 아파트 장기일반민간매입임대주택 유형을 폐지하려는 데에 그 취지가 있는데, 이러한 취지를 고려하여 청구인이 임대사업자로서 기존에 향유하여 온 세제 혜택 등 경제적 이익이 위 개정 법령의 적용을 통해 달성되는 공익보다 더 보호가치가 있다고 단정할 수도 없다.

 (4) 조세부과가 재산권을 제한하는 측면이 있다 하더라도 조세감면 혜택에서 제외되었다는 이유만으로 재산권 침해가 생기는 것으로 볼 수는 없고, 「종합부동산세법」이나 민간임대주택법 등과 같은 부동산 관련 법령은 부동산 정책의 방향, 경제적 상황의 변천 등에 따라 개편 및 조정 등이 이루어지는 것이 일반적이며, 복잡·다양한 경제현상에 따라 신축적인 개정이 요구되는 조세법에서 조세우대조치란 잠정적인 것으로서 장래에 축소 내지 폐지되는 방향으로 개정될 수 있으리라는 것을 충분히 예측할 수 있는 점 등에 비추어 볼 때, 청구인으로서는 관련 법령 등의 검토를 통하여 세제 혜택 해당 여부 등을 스스로 확인할 주의의무가 있다 할 것이다. 또한, 처분청 또는 입법자가 청구인에게 이러한 법 개정을 알려주거나 장기임대사업으로 전환할 유예기간을 부여할 의무가 있다고 볼 수 없다.

  따라서 「종합부동산세법」 등에서 경과규정이나 법률 개정에 따른 안내 절차 등을 마련하지 않았다거나, 처분청이 법률 개정에 따른 과세를 바로 하지 않고 3년이 지난 뒤 과세하였다고 하여 과세의 절차적 정당성이 결여되었다거나 과잉과세에 해당한다고 볼 수 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

① 이 건 집행 정지를 구하는 청구의 당부

 ② 쟁점임대주택들이 합산배제 임대주택에 해당하는지 여부

나. 관련 법령

(1) 국세기본법

제14조(실질과세) ② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식과 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.

제15조(신의·성실) 납세자가 그 의무를 이행할 때에는 신의에 따라 성실하게 하여야 한다. 세무공무원이 직무를 수행할 때에도 또한 같다.

제55조(불복) ① 이 법 또는 세법에 따른 처분으로서 위법 또는 부당한 처분을 받거나 필요한 처분을 받지 못함으로 인하여 권리나 이익을 침해당한 자는 이 장의 규정에 따라 그 처분의 취소 또는 변경을 청구하거나 필요한 처분을 청구할 수 있다. 다만, 다음 각 호의 처분에 대해서는 그러하지 아니하다.

1. 「조세범 처벌절차법」에 따른 통고처분

2. 「감사원법」에 따라 심사청구를 한 처분이나 그 심사청구에 대한 처분

3. 이 법 및 세법에 따른 과태료 부과처분

제57조(심사청구 등이 집행에 미치는 효력) ① 이의신청, 심사청구 또는 심판청구는 세법에 특별한 규정이 있는 것을 제외하고는 해당 처분의 집행에 효력을 미치지 아니한다. 다만, 해당 재결청(裁決廳)이 처분의 집행 또는 절차의 속행 때문에 이의신청인, 심사청구인 또는 심판청구인에게 중대한 손해가 생기는 것을 예방할 필요성이 긴급하다고 인정할 때에는 처분의 집행 또는 절차 속행의 전부 또는 일부의 정지(이하 “집행정지”라 한다)를 결정할 수 있다.

② 재결청은 집행정지 또는 집행정지의 취소에 관하여 심리ㆍ결정하면 지체 없이 당사자에게 통지하여야 한다.

 (2) 국세징수법

제2조(정의) ① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

2. “체납”이란 국세를 지정납부기한까지 납부하지 아니하는 것을 말한다. 다만, 지정납부기한 후에 납세의무가 성립ㆍ확정되는 「국세기본법」 제47조의4에 따른 납부지연가산세 및 같은 법 제47조의5에 따른 원천징수 등 납부지연가산세의 경우 납세의무가 확정된 후 즉시 납부하지 아니하는 것을 말한다.

제13조(재난 등으로 인한 납부기한등의 연장) ① 관할 세무서장은 납세자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유로 국세를 납부기한 또는 독촉장에서 정하는 기한(이하 이 조, 제15조 및 제16조에서 “납부기한등”이라 한다)까지 납부할 수 없다고 인정되는 경우 대통령령으로 정하는 바에 따라 납부기한등을 연장(세액을 분할하여 납부하도록 하는 것을 포함한다. 이하 같다)할 수 있다.

1. 납세자가 재난 또는 도난으로 재산에 심한 손실을 입은 경우

2. 납세자가 경영하는 사업에 현저한 손실이 발생하거나 부도 또는 도산의 우려가 있는 경우

3. 납세자 또는 그 동거가족이 질병이나 중상해로 6개월 이상의 치료가 필요한 경우 또는 사망하여 상중(喪中)인 경우

4. 그 밖에 납세자가 국세를 납부기한등까지 납부하기 어렵다고 인정되는 경우로서 대통령령으로 정하는 경우

② 납세자는 제1항 각 호의 사유로 납부기한등의 연장을 받으려는 경우 대통령령으로 정하는 바에 따라 관할 세무서장에게 신청할 수 있다.

③ 관할 세무서장은 제1항에 따라 납부기한등을 연장하는 경우 대통령령으로 정하는 바에 따라 즉시 납세자에게 그 사실을 통지하여야 한다.

④ 관할 세무서장은 제2항에 따른 신청을 받은 경우 납부기한등의 만료일까지 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세자에게 납부기한등의 연장 승인 여부를 통지하여야 한다.

⑤ 납세자가 납부기한등의 만료일 10일 전까지 제2항에 따른 신청을 하였으나 관할 세무서장이 그 신청일부터 10일 이내에 승인 여부를 통지하지 아니한 경우에는 신청일부터 10일이 되는 날에 제2항에 따른 신청을 승인한 것으로 본다.

 (3) 국세징수법 시행령

제13조(납부기한등 연장 등의 납부지연가산세 등 미부과) 관할 세무서장은 법 제13조 또는 제14조에 따라 납부기한등을 연장하거나 납부고지를 유예한 경우 그 연장 또는 유예 기간 동안 「국세기본법」 제47조의4에 따른 납부지연가산세 및 같은 법 제47조의5에 따른 원천징수 등 납부지연가산세를 부과하지 않는다. 납세자가 납부고지 또는 독촉을 받은 후에「채무자 회생 및 파산에 관한 법률」 제140조에 따른 징수의 유예를 받은 경우에도 또한 같다.

 (4) 종합부동산세법

제8조(과세표준) ① 주택에 대한 종합부동산세의 과세표준은 납세의무자별로 주택의 공시가격을 합산한 금액［과세기준일 현재 세대원 중 1인이 해당 주택을 단독으로 소유한 경우로서 대통령령으로 정하는 1세대 1주택자(이하 “1세대 1주택자”라 한다)의 경우에는 그 합산한 금액에서 3억원을 공제한 금액］에서 6억원을 공제(납세의무자가 법인 또는 법인으로 보는 단체로서 제9조 제2항 각 호의 세율이 적용되는 경우는 제외한다)한 금액에 부동산 시장의 동향과 재정 여건 등을 고려하여 100분의 60부터 100분의 100까지의 범위에서 대통령령으로 정하는 공정시장가액비율을 곱한 금액으로 한다. 다만, 그 금액이 영보다 작은 경우에는 영으로 본다.

② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택은 제1항에 따른 과세표준 합산의 대상이 되는 주택의 범위에 포함되지 아니하는 것으로 본다.

1. 「민간임대주택에 관한 특별법」에 따른 민간임대주택, 「공공주택 특별법」에 따른 공공임대주택 또는 대통령령으로 정하는 다가구 임대주택으로서 임대기간, 주택의 수, 가격, 규모 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 주택

③ 제2항의 규정에 따른 주택을 보유한 납세의무자는 해당 연도 9월 16일부터 9월 30일까지 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할세무서장(이하 "관할세무서장"이라 한다)에게 해당 주택의 보유현황을 신고하여야 한다.

 (5) 종합부동산세법 시행령

제3조(합산배제 임대주택) ① 법 제8조 제2항 제1호에서 "대통령령으로 정하는 주택"이란 「공공주택 특별법」 제4조에 따른 공공주택사업자 또는 「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조 제7호에 따른 임대사업자(이하 "임대사업자"라 한다)로서 과세기준일 현재 「소득세법」 제168조 또는 「법인세법」 제111조에 따른 주택임대업 사업자등록(이하 이 조에서 "사업자등록"이라 한다)을 한 자가 과세기준일 현재 임대(제1호부터 제3호까지, 제5호부터 제8호까지의 주택을 임대한 경우를 말한다)하거나 소유(제4호의 주택을 소유한 경우를 말한다)하고 있는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택(이하 "합산배제 임대주택"이라 한다)을 말한다. 이 경우 과세기준일 현재 임대를 개시한 자가 법 제8조 제3항에 따른 합산배제 신고기간 종료일까지 임대사업자로서 사업자등록을 하는 경우에는 해당 연도 과세기준일 현재 임대사업자로서 사업자등록을 한 것으로 본다.

1. 「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조 제2호에 따른 민간건설임대주택과 「공공주택 특별법」 제2조 제1호의2에 따른 공공건설임대주택(이하 이 조에서 “건설임대주택”이라 한다)으로서 다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 주택이 2호 이상인 경우 그 주택. 다만, 「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조 제2호에 따른 민간건설임대주택의 경우에는 2018년 3월 31일 이전에 같은 법 제5조에 따른 임대사업자 등록과 사업자등록(이하 이 조에서 “사업자등록등”이라 한다)을 한 주택으로 한정한다. (각 호 생략)

2. 「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조 제3호에 따른 민간매입임대주택과 「공공주택 특별법」 제2조 제1호의3에 따른 공공매입임대주택(이하 이 조에서 "매입임대주택"이라 한다)으로서 다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 주택. 다만, 「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조제3호에 따른 민간매입임대주택의 경우에는 2018년 3월 31일 이전에 사업자등록등을 한 주택으로 한정한다.

 가. 해당 주택의 임대개시일 또는 최초로 제9항에 따른 합산배제신고를 한 연도의 과세기준일의 공시가격이 6억원[「수도권정비계획법」제2조제1호에 따른 수도권(이하 "수도권"이라 한다) 밖의 지역인 경우에는 3억원] 이하일 것

 나. 5년 이상 계속하여 임대하는 것일 것

 다. 임대료등의 증가율이 100분의 5를 초과하지 않을 것. 이 경우 임대료등 증액 청구는 임대차계약의 체결 또는 약정한 임대료등의 증액이 있은 후 1년 이내에는 하지 못하고, 임대사업자가 임대료등의 증액을 청구하면서 임대보증금과 월임대료를 상호 간에 전환하는 경우에는 「민간임대주택에 관한 특별법」 제44조제4항 및 「공공주택 특별법 시행령」 제44조 제3항에 따라 정한 기준을 준용한다.

8. 매입임대주택 중 장기일반민간임대주택등으로서 가목 1)부터 3)까지의 요건을 모두 갖춘 주택. 다만, 나목 1)부터 4)까지에 해당하는 주택의 경우는 제외한다.

 가. 적용요건

  1) 해당 주택의 임대개시일 또는 최초로 제9항에 따른 합산배제신고를 한 연도의 과세기준일의 공시가격이 6억원(수도권 밖의 지역인 경우에는 3억원) 이하일 것

  2) 10년 이상 계속하여 임대하는 것일 것. 이 경우 임대기간을 계산할 때 「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조 제3항에 따라 같은 법 제2조 제6호의 단기민간임대주택을 장기일반민간임대주택등으로 변경 신고한 경우에는 제7항 제1호에도 불구하고 같은 법 시행령 제34조 제1항 제3호에 따른 시점부터 그 기간을 계산한다.

  3) 임대료등의 증가율이 100분의 5를 초과하지 않을 것. 이 경우 임대료등 증액 청구는 임대차계약의 체결 또는 약정한 임대료등의 증액이 있은 후 1년 이내에는 하지 못하고, 임대사업자가 임대료등의 증액을 청구하면서 임대보증금과 월임대료를 상호 간에 전환하는 경우에는 「민간임대주택에 관한 특별법」 제44조 제4항에 따라 정한 기준을 준용한다.

⑨ 법 제8조 제2항 제1호에 따른 주택을 보유한 자가 합산배제 임대주택의 규정을 적용받으려는 때에는 기획재정부령으로 정하는 임대주택 합산배제 신고서에 따라 신고하여야 한다. 다만, 최초의 합산배제 신고를 한 연도의 다음 연도부터는 그 신고한 내용 중 기획재정부령으로 정하는 사항에 변동이 없는 경우에는 신고하지 아니할 수 있다.

 (6) 민간임대주택에 관한 특별법

제2조(정의) 1. “민간임대주택”이란 임대 목적으로 제공하는 주택[토지를 임차하여 건설된 주택 및 오피스텔 등 대통령령으로 정하는 준주택(이하 "준주택"이라 한다) 및 대통령령으로 정하는 일부만을 임대하는 주택을 포함한다. 이하 같다]으로서 임대사업자가 제5조에 따라 등록한 주택을 말하며, 민간건설임대주택과 민간매입임대주택으로 구분한다.

3. "민간매입임대주택"이란 임대사업자가 매매 등으로 소유권을 취득하여 임대하는 민간임대주택을 말한다.

5. "장기일반민간임대주택"이란 임대사업자가 공공지원민간임대주택이 아닌 주택을 10년 이상 임대할 목적으로 취득하여 임대하는 민간임대주택(아파트를 임대하는 민간매입임대주택은 제외한다)을 말한다.

6. 단기민간임대주택"이란 임대사업자가 4년 이상 임대할 목적으로 취득하여 임대하는 민간임대주택을 말한다. <2020.8.18. 삭제>

7. “임대사업자”란 「공공주택 특별법」 제4조 제1항에 따른 공공주택사업자(이하 "공공주택사업자"라 한다)가 아닌 자로서 1호 이상의 민간임대주택을 취득하여 임대하는 사업을 할 목적으로 제5조에 따라 등록한 자를 말한다.

제5조(임대사업자의 등록) ① 주택을 임대하려는 자는 특별자치시장ㆍ특별자치도지사ㆍ시장ㆍ군수 또는 구청장(구청장은 자치구의 구청장을 말하며, 이하 "시장ㆍ군수ㆍ구청장"이라 한다)에게 등록을 신청할 수 있다.

제6조(임대사업자 등록의 말소) ⑤ 종전의 「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조 제5호에 따른 장기일반민간임대주택 중 아파트를 임대하는 민간매입임대주택 및 제2조 제6호에 따른 단기민간임대주택은 임대의무기간이 종료한 날 등록이 말소된다.

 (7) 행정기본법

제12조(신뢰보호의 원칙) ① 행정청은 공익 또는 제3자의 이익을 현저히 해칠 우려가 있는 경우를 제외하고는 행정에 대한 국민의 정당하고 합리적인 신뢰를 보호하여야 한다.

② 행정청은 권한 행사의 기회가 있음에도 불구하고 장기간 권한을 행사하지 아니하여 국민이 그 권한이 행사되지 아니할 것으로 믿을 만한 정당한 사유가 있는 경우에는 그 권한을 행사해서는 아니 된다. 다만, 공익 또는 제3자의 이익을 현저히 해칠 우려가 있는 경우는 예외로 한다.

다. 사실관계 및 판단

 (1) 국세통합전산망상 청구인 등이 쟁점임대주택①·③에 대해 임대사업자를 등록한 내역은 아래 <표1>과 같고, 쟁점임대주택②는 별도로 사업자등록을 하지 아니하였으나, 쟁점임대주택①의 사업장현황신고시 쟁점임대주택②의 수입금액도 같이 신고한 것으로 확인된다.

<표1> 쟁점임대주택①·③의 사업자등록내역

○○○

 (2) 청구인 등이 부산광역시 해운대구청장에 등록한 임대사업자 변경내역은 아래 <표2>와 같다.

<표2> 해운대구청에 등록된 주택임대사업자 변경 내역

○○○

(3) 부산광역시 해운대구청장이 처분청의 임대사업자등록 재등록과 관련한 민원접수일자 및 처리일시 확인요청에 따라 회신한 공문(해운대구청 OOO, 2025.11.12.)에 따르면 청구인 등이 쟁점임대주택①·③을 장기임대주택으로 등록신청한 날은 2021.10.13. 및 2021.10.8.로 나타난다.

(4) 국세청이 2021년 귀속 종합부동산세 합산배제 신고 안내와 관련하여 청구인 등에게 송부한 안내문의 주요 내용은 아래 <표3>과 같음

<표3> 종합부동산세 합산배제 신고 안내문

 (5) 처분청의 이 건 종합부동산세 부과시 경정 내역은 아래 <표4>와 같다.

<표4> 종합부동산세 경정 내역

○○○

(6) 청구인이 이 건 심판청구시 제출한 증빙은 다음과 같다.

(가) 청구인이 제출한 가족관계증명서에 따르면 청구인의 시부는 사망(청구인은 2020년 6월에 사망하였다고 주장)하였고, 청구인의 자녀들(3남)은 모두 2020.11.24. 출생한 것으로 나타난다.

(나) 청구인은 청구인의 계좌에 보유 중인 예금 잔액을 확인할 수 있는 인터넷 뱅킹 화면을 캡처해서 제출하였는데, 이를 보면 총 5개 계좌에 보유 중인 예금 잔액은 OOO원인 것으로 나타난다.

(7) 국세통합전산망상 처분청은 이 건 부과처분된 종합부동산세 등의 납부기한을 2026.7.31.까지 연장하였고, 처분청은 이 건 심리일 현재까지 이 건 종합부동산세 등의 체납을 이유로 청구인의 재산을 압류한 사실은 없는 것으로 나타난다.

 (8) 청구인이 조세심판관회의자료의 사전열람 이후 추가 제출한 주장은 다음과 같다.

  (가) 쟁점①과 관련하여, 청구인의 계좌 잔액 OOO원과 종합부동산세 및 농어촌특별세 부과세액 OOO원의 간극은 즉각적이고 회복 불가능한 손해를 자명하게 보여주며, 처분청이 이에 대해 아무런 반대 의견을 내지 않았으므로 집행정지를 인용하여야 한다.

  (나) 쟁점②와 관련하여, 국세청의 공식 해석(서면-2022-부동산-4958) 및 집행기준(8-3-13)이 신고기한 경과 후에도 합산배제를 인정하는 이상, 신고기한 내에 합산배제신고서를 제출한 청구인의 경우 합산배제가 인정되어야 한다. 자동말소라는 외부 사유, 인도적 장애사유(세쌍둥이 출산·시부상·코로나19), 행정처리 지연으로 인한 불이익 전가 금지(조심 2024전2399), 처분청의 4년 7개월 지연 과세로 인한 신뢰보호원칙 위반을 종합하면, 이 건 각 처분은 취소되어야 한다.

 (9) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다.

  (가) 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구인은 2021년 귀속 종합부동산세 OOO원 및 농어촌특별세 OOO원의 각 부과처분의 집행정지를 청구하였으나, 처분청은 이 건 부과고지된 종합부동산세 등의 납부기한을 2026.7.31.까지 연장하여 이 건 심리일 현재 청구인의 체납세액이 없어 처분청이 이 건 종합부동산세 등의 부과처분을 집행할 수 없는 상태인바, 이 건 심판청구는 심리의 실익이 없는 점, 처분청은 이 건 종합부동산세 등의 체납을 이유로 압류 등의 체납처분을 한 사실이 없는바 청구인의 집행정지 청구는 대상이 되는 체납처분이 존재하지도 아니하는 점 등에 비추어, 위 집행정지를 구하는 심판청구는 부적법한 청구에 해당한다고 판단된다.

  (나) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 종합부동산세 합산배제 대상인 민간임대주택에 해당하기 위해서는 종부세법 시행령 제3조 제1항에 따라 과세기준일 현재 민간임대주택법 제2조 제3호에 따른 주택이어야 하나, 쟁점임대주택①·③은 임대의무종료일인 2020.8.26. 및 2020.8.25.에 각각 자동말소되어 2021년 귀속 종합부동산세 과세기준일 현재 민간임대주택법에 따라 등록된 임대주택이 아니므로 법령상 종합부동산세 합산배제 임대주택의 요건을 충족하지 못한 점, 우리 원 선결정례에서 합산배제 신고기한 내에 임대주택으로 등록신청을 한 사실이 확인되는 주택은 합산배제 대상으로 인정(조심 2023서616, 2023.8.21.)하였으나, 청구인은 합산배제 신고기한(2021.9.30.)을 경과하여 2021.10.13. 쟁점임대주택①·③을 임대주택으로 등록하였는바, 우리 원 선결정례를 원용하기 어려운 점, 쟁점임대주택①·③의 등록말소는 민간임대주택법 제6조 제5항에 의하여 직접 이루어진 것이므로 별도의 처분 또는 통지가 필요하다고 보이지 아니하는 점(조심 2022서1437, 2022.5.12., 같은 뜻임), 종부세법 시행령 제3조 제1항 제2호 단서에서 민간매입임대주택(단기)의 경우 2018.3.31. 이전에 임대주택으로 등록을 하여야 합산배제주택으로 인정이 가능하나, 청구인은 쟁점임대주택②를 2018.6.26. 단기임대주택으로 등록하였는바, 법령상 종합부동산세 합산배제 임대주택의 요건을 충족하지 못하였고, 청구인이 쟁점임대주택②를 장기임대주택으로 하여 임대주택으로 등록한 날짜는 2022.6.30.로 2021년 귀속 종합부동산세 합산배제 신고기한(2021.9.30.) 이후인 점, 종합부동산세법령상 ‘합산배제 대상에 해당하는 민간임대주택법에 따른 임대주택인지를 판단’할 때 납세자가 법정기한 내에 임대주택으로 등록하지 못하게 된 불가피하게 된 사정 등을 감안하도록 규정하고 있지 아니하고, 2018.3.31. 후에 단기임대주택으로 등록한 소형 주택을 합산배제 대상으로 규정하고 있지도 아니한 이상 이와 관련된 청구주장을 받아들이기 어려운 점, 구체적인 처분이 세법에 위반되는지 여부가 아닌 처분의 근거 법률이 헌법에 위반되는지 여부는 조세심판청구의 불복사유에 해당하지 아니하는 점(조심 2010중1973, 2010.7.29. 외 다수, 같은 뜻임) 등에 비추어 처분청이 쟁점임대주택들을 과세대상에 포함하여 종합부동산세 등을 부과한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 부적법한 청구에 해당하거나 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제80조의2, 제65조 제1항 제1호 및 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.