1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

피고가 2022. 10. 4. 원고에게 한 [별지 1] ‘부과처분 내역’ 표의 각 ‘부과세액’란 기재 각 부과처분 중 같은 표 각 ‘정당세액’란 기재 각 금액을 초과하는 부분을 각 취소한다.

가. 주식회사 카BB(이하 ‘카BB’이라 한다)은 외식 및 음식사업, 프랜차이즈업 등을 영위할 목적으로 2011. 8. 30. 설립되어 계란 샌드위치 제품을 판매하는 프랜차이즈 “에AAA(에AAA)”의 상표권, 디자인 및 제조법을 개발하였다. 원고는 프랜차이즈업, 외식 및 음식사업 등을 영위할 목적으로 2017. 10. 18. 카BB의 100% 자회사로 설립된 후 2020. 12. 30. 카BB을 흡수합병 하였다(이하 합병 전 원고는 ‘골CCCC’, 합병 이후는 ‘원고’라 한다). 골CCCC, 카BB, 원고의 대표자는 사내이사 노DD이다.

나. 골CCCC는 2017. 10. 1. 에AAA 1호점의 개점 후 설립되었고, 에AAA 가맹점은 2021년에 250호점이 개점하였다. 골CCCC와 카BB은 에AAA 제품에만 특별하게 사용되는 식자재 및 인테리어 공급은 ‘전용물품 관리용역’으로, 에AAA 브랜드와 직접 관련 없이 일반적으로 사용되는 식자재 및 인테리어 공급은 ‘범용물품 관리용역’으로 구분한 다음 에AAA 가맹점의 식자재와 인테리어를 제공하는 업체(이하 ‘공급업체’라 한다)에게 위 용역을 제공하여 수수료를 지급받고 이에 대해 세금계산서를 발행하였다.

다. AA국세청은 2022. 5. 2.부터 2022. 7. 30.까지 2017 내지 2020 사업연도에 대하여 카BB과 골CCCC에 대한 법인세 통합세무조사(이하 ‘이 사건 조사’라 한다)를 실시한 결과, 전용물품 관리용역은 카BB이 실제로 제공하였음에도 골CCCC가 세금계산서를 발행하였고, 범용물품 관리용역은 골CCCC가 제공하였음에도 카BB이 세금계산서를 발행하였다고 보았다. 이에 AA국세청은 ① 2018년 제1기부터 2020년 제2기까지 과세기간 중에 골CCCC가 전용물품 관리용역에 대하여 발행한 세금계산서 합계 3,790,475,877원(이하 ‘1 거래’라 한다)의 실제 공급자를 카BB로 변경하고, ② 2020년 제1기 및 제2기의 과세기간 중 카BB이 범용물품 관리용역에 대하여 발행한 세금계산서 합계 29,810,439원(이하 ‘2 거래’라 한다)의 실제 공급자를 골CCCC로 변경하며, ③ 2020년 제1기에 골CCCC가 공급업체에 발행한 전용물품 관리용역의 세금계산서 중 1,238,226,948원과 관련하여 카BB이 골CCCC에게 발행한 같은 금액의 세금계산서(이하 ‘3 거래’라 한다)에 대하여는 실제로 카BB이 공급업체에 직접 그 용역을 공급한 것으로 변경하여 부가가치세 및 법인세 과세표준 및 세액을 경정하여야 하고, 아래와 같은 세금계산서 관련 가산세를 부과하여야 한다는 내용의 세무조사결과를 피고에 통보하였다.

라. 이에 따라 피고는 2022. 10. 4. 원고에게 피합병법인 카BB과 관련하여 2020년 귀속 법인세 633,143,050원, 2018년 제1기부터 2020년 제2기까지 부가가치세 합계 494,589,980원, 골CCCC와 관련하여 2020년 1기 부가가치세 136,830,980원을 경정․고지하였다가 2023. 8. 31. 카BB과 관련하여 2019년 2기 부가가치세 12,851,996원을, 골CCCC와 관련하여 2020년 1기 부가가치세 3,120,336원을 감액경정하였다(감액경정 후 남은 법인세 및 부가가치세는 별지 1 부과처분 내역 ‘부과세액(가산세 포함)’란 기재와 같고, 이를 ‘이 사건 각 처분’이라 한다).

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 4, 11호증(가지번호 포함, 이하 같다), 을 제1, 2, 8, 9호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 각 처분의 위법 여부

가. 원고 주장의 요지

골CCCC가 에AAA의 가맹본부로서 공급업체와 에AAA 관련 범용물품 관리용역 및 전용물품 관리용역 계약을 직접 체결하였고 용역 공급을 통한 실질적인 손익과 위험도 부담하였다. 그러므로 에AAA 관련 범용물품 관리용역뿐만 아니라 전용물품 관리용역도 골CCCC가 공급한 것으로 보아야 한다. 그렇지 않다고 하더라도 골CCCC 또는 카BB 중 한 법인이 실제로 공급업체에 전용물품 관리용역을 공급한 이상 전용물품 관리용역에 관하여 골CCCC가 공급업체에 세금계산서를 발행한 것은 가공발행이 아니라 위장발행이므로 부가가치세법 제60조 제3항 제1호의 가산세(공급가액의 3%)가 아닌 같은 항 제3호의 가산세(공급가액의 2%)가 적용되어야 한다. 또한, 인테리어 공급 관련 용역은 전용․범용 귀속 문제와 무관하게 가맹본부인 골CCCC가 공급한 것이다.

나. 관계 법령

[별지 2] 관계 법령의 기재와 같다.

다. 인정사실

1) 원고는 이 사건 조사과정에서 ‘카BB 대표자 노DD가 소속 직원들과 계란샌드위치를 개발하여 에AAA 1호점을 개점하였으나 당시 카BB이 자본잠식상태라 에AAA 사업을 하는 경우 에AAA에서 벌어들인 수익을 전부 카BB의 채무상환에 사용할 수밖에 없어 골CCCC를 설립하여 에AAA을 운영하였다. 골CCCC 설립 후에는 에AAA 관련 범용물품과 전용물품을 구분하여 공급업체에 관련 용역을 공급하였는데, 카BB이 전용레시피와 인테리어 설계도를 공급업체에 전달하여 가맹점들이 동일하게 개설되도록 전용 식재료의 관리감독과 고유디자인 관리업무를 제공하였고, 골CCCC는 가맹점 개설 후 일반적인 용역, 범용물품 및 범용 인테리어 관리용역을 제공하였다. 골CCCC는 에AAA과 관련한 모든 수익을 인식하고 그에 대한 세금계산서를 발행하였으나 에AAA 가맹점 100호점이 개설된 2019. 7.경 골CCCC가 에AAA 관련 수익을 모두 인식하는 것은 세무상 적절치 못하다고 판단하여 2019.말경 전용물품 관리용역에 대한 수수료 수취 및 세금계산서 발행은 카BB이, 범용물품 관리용역에 대한 수수료 수취 및 세금계산서 발행은 골CCCC가 하기로 결정하였다.’는 내용의 의견서를 제출하였다.

2) 골CCCC와 카BB의 대표자 사내이사 노DD가 이 사건 조사과정에서 제출한 확인서의 내용은 아래와 같다.

3) 위 노DD는 이 사건 조사과정에서 ‘자신은 2016년경부터 카BB 소속 직원인 이EE, 박FF, 김GG과 에AAA의 전용레시피, 전용인테리어, 운영컨셉 등을 개발하였다. 외식업 프랜차이즈는 음식의 맛과 디자인이 브랜드 정체성 확립이 중요하므로, 카BB은 2018년부터 2020년까지 에AAA 관련 전용 식재료 및 디자인의 관리감독 역할을 하였다. 전용 식재료 관리 업무는 김GG이 담당하고, 전용 디자인 관리 업무는 자신, 이EE, 신HH가 담당하였다. 처음부터 에AAA 관련 전용 물품 및 인테리어 관리 용역은 카BB이, 범용 물품 및 인테리어 관리 용역은 골CCCC가 공급하였으나 관련 수익을 카BB과 골CCCC로 나누어 계상하고 세금계산서를 발행하여야 한다는 생각을 못하였다.’고 진술하였다.

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 4, 11 내지 13호증(가지번호 포함, 이하 같다), 을 제1 내지 9호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

라. 판단

1) 관련 법리

부가가치세법은 사업자를 납세의무자로, 사업자가 행하는 재화 또는 용역의 공급을 과세대상으로 삼고 있다(제3조, 제4조). 국세기본법 제14조 제1항은 실질과세 원칙을 정하고 있는바, 소득이나 수익, 재산, 거래 등 과세대상에 관하여 그 귀속명의와 달리 실질적으로 귀속되는 사람이 따로 있는 경우에는 형식이나 외관에 따라 귀속명의자를 납세의무자로 삼지 않고 실질적으로 귀속되는 사람을 납세의무자로 삼겠다는 것이므로, 부가가치세법상 납세의무자에 해당하는지는 원칙적으로 그 재화나 용역공급 거래의 명의가 아니라 해당 거래의 실질 행위를 기준으로 판단하여야 한다(대법원 2012. 1. 19. 선고 2008두8499 전원합의체 판결, 대법원 1989. 9. 29. 선고 89도1356 판결 등 참조).

2) 구체적 판단

위 인정사실, 앞서 든 각 증거, 변론 전체의 취지에 의하면, 카BB이 실제로 공급업체에 에AAA 관련 전용물품 관리용역을 제공한 사실이 인정되므로, 실질과세의 원칙에 따라 계약 명의와는 관계없이 해당 용역에 관한 부가가치세 납세의무자는 카BB이라고 판단된다. 원고는 인테리어 관련 용역은 골CCCC가 모두 공급하였다고도 주장하나, 카BB이 공급한 에AAA 관련 전용물품 관리용역에는 전용 인테리어 공급용역도 포함되고, 이를 카BB이 아닌 골CCCC가 공급하였다고 인정할 증거가 없다.

또한, 원고는 공급업체에 에AAA 전용물품 관리용역이 실제로 제공되었으므로 골CCCC가 위 용역과 관련하여 발행한 세금계산서는 부가가치세법 제60조 제3항 제1호에서 정한 가공 세금계산서에 관한 가산세가 아니라 같은 항 제3호에서 정한 위장세금계산서에 관한 가산세가 적용되어야 한다고도 주장한다. 부가가치세법 제60조 제3항은 재화나 용역을 공급하지 않은 자가 세금계산서를 발행한 경우(제1호)와 재화나 용역을 공급한 자가 타인의 명의로 세금계산서를 발행한 경우(제2호)를 구분하여 전자의 경우 공급가액의 3%, 후자의 경우 공급가액의 2%의 가산세를 부과하고 있다. 부가가치세법상 납세의무자는 사업자이므로 재화나 용역을 공급하여 납세의무자에 해당하는지는 특정 사업자를 기준으로 판단하여야 한다. 골CCCC가 공급업체에 에AAA 전용물품 관리용역을 공급하지 않은 사실은 앞서 본 바와 같으므로, 골CCCC가 에AAA 전용물품 관리용역에 관하여 발행한 세금계산서는 재화나 용역을 공급하지 않은 자가 세금계산서를 발행한 경우에 해당하는바, 부가가치세법 제60조 제3항 제1호에서 정한 가공 세금계산서에 관한 가산세 3%가 적용되는 것이 타당하다.

따라서 이 사건 각 처분은 위법하지 않다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.