주 문
1. 원고의 청구를 모두 기각한다.
2. 소송비용은 원고가 부담한다.
청구취지
피고가 2023. 5. 1. 원고에게 한 2020년 제2기 부가가치세 33,637,760원(가산세 포함), 2020년 제2기 부가가치세 16,297,570원(가산세 포함)의 각 부과처분을 모두 취소한다.
이 유
1. 처분의 경위 등
가. AAA의 점포 분양권 취득 형태와 관련 과세 신고 내용 등
1) AAA은 2019. 3. 5. 및 2019. 3. 8. 아래와 같이 ‘시행자 겸 수탁자’인 주식회사 □□□□신탁과 사이에, 시행사인 GGGGGG 주식회사(이하 ‘GGGGGG’이라 한다)가 신축·분양하는 근린생활시설 중 일부(이하 각 점포를 합하여 ‘이 사건 점포’라 하고, 개별적으로 지칭할 경우 순번에 따라 ‘제○ 점포’라 한다)를 분양받기로 하는 내용의 공급계약(이하 합하여 ‘이 사건 분양계약’이라 한다)을 체결한 뒤, 2019년 3월경 이 사건 점포를 각 사업장으로 한 2건의 사업자등록(사업목적: 임대업)을 마쳤다.
2) 이후 AAA은 제1 점포 분양대금 중 계약금과 중도금 일부로 296,720,000원을, 제2 점포 분양대금 중 계약금과 중도금 일부로 130,680,000원을 각각 납부하였다.
3) AAA은 위와 같은 분양대금의 납부가 사업용 고정자산의 취득에 해당한다는 이유로, 과세관청으로부터 위 각 계약금과 중도금에 관한 2019년 제1기부터 2019년 제2기까지 부가가치세 매입세액 총 36,400,000원(= 제1 점포 관련 24,520,000원 + 제2 점포 관련 11,880,000원)을 아래와 같이 환급받았다.
나. 피고의 처분 경위와 내용 등
1) 원고는 2020. 5. 4. 및 2020. 6. 19. AAA과 사이에, 원고가 AAA으로부터 이 사건 점포의 분양권을 매수하기로 하는 내용의 계약을 각 체결하였는데(이하 합하여 ‘이 사건 매매계약’이라 한다), 각 계약서(이하 합하여 ‘이 사건 매매계약서’라 한다)에는 관련 매매금액 및 특약사항이 아래와 같이 기재되어 있고, 그중 특약사항 제3항에는 공통적으로 ‘본 물건은 근린생활시설로 부가가치세 환급받은 금액은 포괄양도·양수한다(매매대금과 부가가치세는 포괄양도·양수한다)’는 내용이 기재되어 있다.
제1 점포 관련 매매계약서(계약일: 2020. 5. 4.)
○ 총 매매금액
· 1,083,440,000원
○ 분양금액과 중도금 납부내역
· 분양가: 1,083,440,000원
· 분양금액: 1,833,440,000원
· 현재까지 납부한 금액: 108,344,000원
· 앞으로 납부할 금액: 975,096,000원
○ 분양권 매매(양도)금액 지불
· 정산지불금: 108,344,000원
· 융자금: 현 상태에서 승계한다.
· 계약금: 1,000,000원(계약시에 지불하고 영수함)
· 잔금: 107,344,000원, 2020. 10. 30.에 지출한다.
○ 특약사항
1. 현 시설물 상태에서 매매한다.
2. 본 물건은 상가 HHHHH 분양권 매매로 총 매매금액은 1,083,440,000원이며 분양권 매매 양도금액은 기 납부 금액인 계약금의 10%인 108,344,000원, 잔금은 ○○c구역 이주로 인한 이주비 지급시 매도 매수자가 협의하여 지급하며, 나머지 금액은 시행사, 시공사, 위타자 겸 수익자와 계약하고 전권을 승계한다.
3. 본 물건은 근린생활시설로 부가가치세 환급받은 금액은 포괄양도·양수한다(매매대금과 부가가치세는 포괄양도·양수한다).
4. 본 계약은 매도자와 매수자의 쌍방계약임.
5. 기타사항은 부동산 매매 관계에 따르기로 한다.
제2 점포 관련 매매계약서(계약일: 2020. 6. 19.)
○ 계약내용
· 매매대금: 524,860,000원
· 계약금: 52,486,000원(매매대금의 10%)
· 잔금: 472,374,000원, 2020. 6. 30.에 지불한다.
○ 특약사항
1. 현 계약 현 시설물 상태에서 매매한다.
2. 본 물건은 근린생활시설 분양권(HHHHH 분양권 매매) 매매로 AAA이 원고에게 개인 사정으로 조건 없이 인도함으로 체결.
3. 본 물건은 근린생활시설로 부가가치세 환급받은 금액은 포괄양도·양수한다(매매대금과 부가가치세는 포괄양도·양수한다).
4. 양도·양수일 2020. 6. 19. 이후에는 매수인이 책임 처리하기로 한다.
2) 이후 원고는 GGGGGG에게 이 사건 분양계약과 관련된 중도금 및 잔금을 지급하지 않았다.
3) 이에 GGGGGG은 2020. 12. 30. 이 사건 분양계약 해제를 이유로, 공급받는 자를 ‘원고’로 하여 ① 품목은 ‘제1 점포 계약해제 따른 중도금 환불’로 하고, 공급가액은 (-)196,160,000원, 부가가치세는 (-)19,616,000원으로 수정한 전자세금계산서와 ② 품목은 ‘제2 점포 계약해제에 따른 중도금 환불’로 하고, 공급가액은 (-)95,040,000원, 부가가치세는 (-)9,504,000원으로 수정한 전자세금계산서(이하 각 전자세금계산서를 합하여 ‘이 사건 수정세금계산서’라 한다)를 발행하였는데, 이후 원고는 이 사건 수정세금계산서와 관련된 부가가치세 신고 절차를 진행하지 않았다.
4) 피고는 이 사건 분양계약 해제에 따라 당초의 매입세액 공제 사유가 소멸하였음을 이유로, 관련 환급세액에 대한 환수를 위하여 원고에 대한 직권 사업자등록 후, 2023. 5. 1. 원고에게 아래와 같이 각 부가가치세(가산세 포함, 본세 및 가산세 합계액 중 10원 미만은 국고금 관리법에 따라 버림)를 결정·고지하였다(이하 위 각 부과처분을 합하여 ‘이 사건 처분’이라 한다).
5) 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2023. 7. 6. 조세심판원에 심판청구를 제기하였으나, 조세심판원은 2023. 12. 15. 이를 기각하였다.
[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 7, 11, 12호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함, 이하 같다), 을 제1 내지 8호증의 각 기재, 변론 전체의 취지
2. 관계 법령
별지 기재와 같다.
3. 이 사건 처분의 적법 여부
가. 원고의 주장 요지
1) 본세 부분
원고는 AAA으로부터 이 사건 점포에 관한 수분양자 지위를 양수하였을 뿐, AAA이 영위한 사업을 포괄적으로 양수한 것이 아니므로, 이 사건 분양계약이 해제되었다고 하더라도 AAA이 당초 매입세액 환급받은 부분에 대한 부가가치세 납세의무자에 해당하지 않는다. 따라서 이와 다른 전제에 선 이 사건 처분은 위법하여 취소되어야 한다.
2) 가산세 부분
설령 이와 달리 보더라도, 원고는 이 사건 처분 당시까지 이 사건 분양계약 해제로 인한 부가가치세 납부의무가 존재한다는 사실을 알지 못하였다. 따라서 원고에게는 이에 대한 신고·납부의무를 이행하지 못한 데 정당한 사유가 있으므로, 이 사건 처분 중 가산세 부분은 위법하여 취소되어야 한다.
나. 판단
1) 본세 부분 주장에 대한 판단
가) 처분문서의 진정성립이 인정되는 이상, 법원은 그 기재 내용을 부인할 만한 분명하고도 수긍할 수 있는 반증이 없는 한 그 기재 내용대로 의사표시의 존재 및 내용을 인정하여야 한다(대법원 1994. 10. 11. 선고 93다55456 판결, 대법원 2009. 7. 9. 선고 2006다67602, 67619 판결 등 참조).
나) 위 법리에 비추어, 앞서 인정한 사실들에다가 앞서 든 증거들 및 증인 AAA의 증언과 변론 전체의 취지에 의하여 알 수 있는 아래 ① 내지 ④ 기재 사정들을 종합하여 보면, 원고는 AAA으로부터 이 사건 점포에 관한 수분양자 지위를 양수하였을 뿐만 아니라, 이 사건 점포의 임대업에 관한 모든 권리․의무를 그 동일성을 유지하면서 포괄적으로 양수하였다고 봄이 타당하다. 결국 피고가 AAA이 아닌 원고를 그 부가가치세 납세의무자로 하여 이 사건 분양계약 해제에 따라 관련 매입세액 전액 환수를 위해 이 사건 처분을 한 것에 어떠한 위법이 있다고 보기 어렵다. 따라서 이와 다른 전제에 선 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.
① 앞서 본 바와 같이, 이 사건 매매계약서 특약사항 제3항에는 ‘본 물건은 근린생활시설로 부가가치세 환급받은 금액은 포괄양도·양수한다(매매대금과 부가가치세는 포괄양도·양수한다)’는 내용이 기재되어 있다. 이러한 기재 내용은 원고가 이 사건 점포에 관한 모든 권리·의무를 포괄적으로 양수하기로 약정하면서, 이 사건 분양계약이 해제될 경우 발생되는 부가가치세도 부담하기로 약정하였다고 볼 수 있는 처분문서상의 내용에 해당한다. 또한 이 사건 분양계약서에는 분양권 전매와 관련하여 제5조 제1항 본문에서 ‘분양권 전매는 “갑(주식회사 □□□□신탁)”의 승인을 득해야 한다. 이 경우 매수인은 “을(AAA)”에 대한 이 계약 및 분양계약과정에서 체결한 약정에 대하여 권리·의무를 포괄적으로 승계한다.’고 규정하고 있는데, 이 사건 매매계약은 이러한 분양권 전매시 포괄승계 조항에 따라 체결된 것이고, 원고와 AAA은 계약자 권리·의무 승계 계약서도 작성하였다.
② 매도인인 AAA 역시 이 법원에 증인으로 출석하여 위와 같은 특약사항 문구에 대해 ‘특약 내용 그대로 사업의 모든 부분 포괄양도·양수한다는 조건으로 작성한 것이다’, ‘관련 부가가치세가 고지된다면 원고가 내는 것은 당연하다고 생각한다’, ‘부가가치세 환급 사실을 모두 이야기하였다’는 취지로 진술하였다. 위와 같은 진술 내용은 위 특약사항 내용에 부합할 뿐만 아니라, 그 진술의 신빙성을 배척할 만한 특별한 사정은 확인되지 않는다. 이에 대해 원고는 AAA이 위증을 하였다고 주장하나, 이 사건 매매계약 체결에 관여한 부동산 중개업자 KKK과 원고 사이에 이루어진 2025. 11. 13.자 전화통화 녹취록(갑 제10호증)을 포함한 원고 제출 증거들만으로는, 처분문서인 이 사건 매매계약서 내용에도 부합하는 AAA의 진술 신빙성을 배척하기 어렵고, 달리 AAA이 허위의 거짓 증언을 하였다거나 원고와 AAA이 위 특약사항과 다른 형태의 별도 합의를 하였다고 볼 만한 특별한 사정을 찾기도 어렵다.
③ 이 사건 매매계약서에 AAA이 영위한 부동산 임대업과 관련된 인적설비의 승계에 관한 내용 등이 없기는 하나, 이러한 사항이 사업양도의 중요한 판단요소가 되기는 어렵다. 또한 앞서 본 바와 같이 원고와 AAA은 ‘부가가치세 환급받은 금액을 포괄양도·양수한다’는 표현을 이 사건 매매계약서에 분명히 사용하였을 뿐만 아니라, 부가가치세 납세의무자는 ‘사업자’임을 전제로 한다는 점을 고려해 볼 때, 이 사건 매매계약을 통해 원고와 AAA은 이 사건 점포의 임대업에 관한 모든 권리․의무를 포괄적으로 양도·양수하기로 합의하였다고 보기 자연스럽다.
④ 한편, 원고는 설령 원고가 이 사건 점포에 관한 부가가치세 납부의무를 부담한다고 보더라도, 그 납부 범위는 이 사건 수정세금계산서가 발행된 부분으로 한정되어야 한다고 주장한다. 그러나 피고는 이 사건 분양계약이 해제되어 ‘사업용 고정자산의 취득’이라는 매입세액 공제 사유이자 부가가치세 환급 사유가 소멸됨에 따라 당초 환급 부분에 대한 부가가치세를 과세한 것이므로, GGGGGG의 이 사건 수정세금계산서 발행 여부에 따라 그 환급세액의 환수 범위가 달라진다고 볼 수는 없다.
2) 가산세 부분 주장에 대한 판단
가) 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 개별세법이 정하는 바에 따라 부과되는 행정상의 제재로서, 납세자의 고의, 과실은 고려되지 않는다. 이와 같은 제재는 단순한 법령의 부지나 오해의 범위를 넘어 세법 해석상 의의(疑意)로 인한 견해의 대립이 있는 등으로 말미암아 납세의무자가 그 의무를 알지 못하는 것이 무리가 아니라고 할 수 있어서 그를 정당시할 수 있는 사정이 있을 때 또는 그 의무의 이행을 도저히 당사자에게 기대할 수 없다고 평가되는 사정이 있을 때 등 그 의무를 게을리한 점을 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이를 과할 수 없다(대법원 2002. 8. 23. 선고 2002두66판결, 대법원 2011. 2. 10. 선고 2008두2330 판결 등 참조).
나) 위 법리에 비추어, 앞서 인정한 사실 내지 사정들에다가 앞서 든 증거들 및 변론 전체의 취지에 의하여 알 수 있는 아래 ① 내지 ③ 기재 사정들을 종합하여 보면, 원고에게 그 신고·납부의무의 해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 존재한다고 보기 어렵다. 따라서 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.
① 이 사건의 경우처럼 임대사업을 위해 부동산을 최초 분양받은 임대사업자의 지위가 포괄적으로 양도된 경우, 당초 분양계약의 해제에 따라 관련 부가가치세를 납부할 의무자는 사업양수인이라고 해석되고, 과세관청 역시 그동안 위와 같은 해석에 따라 관련 부가가치세를 과세하여 왔다.
② 원고는 이 사건 분양계약이 해제된 상태에서 이 사건 수정세금계산서를 발급 받았음에도 관련 부가가치세를 신고·납부하지 않았는데, 이는 단지 관계 법령의 부지 내지 오해나 착오에 불과하였다고 보이고, 원고가 세법 해석상 의의(疑意)로 인한 견해의 대립 등을 고려하여 이에 대한 신고를 망설였다고 볼 수는 없다.
③ 앞서 본 바와 같이, 이 사건 수정세금계산서가 발행된 부분으로 이 사건 처분의 본세 범위가 제한되어야 한다고 볼 수 없을 뿐만 아니라, 원고가 그 이후에도 부가가치세 신고 절차를 전혀 진행하지 않았다는 측면을 고려하면, 이에 따른 가산세 부과가 원고에게 부당하게 가혹한 행정상의 제재라고 평가할 수도 없다.
3) 소결
원고의 이 사건 처분에 관한 위법사유 주장은 모두 이유 없고, 달리 이를 취소할 위법이 존재한다고 볼 만한 사정 역시 확인되지 않는다. 따라서 이 사건 처분은 적법하다.
4. 결론
그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 모두 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.