주 문

이 건 이의신청은 기각합니다.

이 유

1. 사실관계 및 처분내용

가. 주식회사 A(이하 “신청법인” 또는 “신청법인①”이라 한다), B 주식회사(이하 “신청법인②”라 한다), C 주식회사(이하 “신청법인③”이라 하고, 신청법인①,②,③을 합하여 “신청법인들”이라 한다)는 모두 부동산개발업을 영위하는 법인사업자로, 광주지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 신청법인들을 전형적인 기획부동산 업체로 보고 법인세 무신고 등의 사유로 2025년 2월 신청법인들을 법인통합조사 대상자로 선정한 후 세무조사에 착수하였다.

나.조사청은 조사종결 후 소득금액을 결정할 수 있는 장부의 미보관 및 파기 등의 사유로 「법인세법」제66조 제3항 및 동법 시행령 제104조 규정에 의거 신청법인들에 대해 2025년 5월 및 6월 법인세를 추계 결정 및 고지하고, 법인의 실 대표자로 판단한 D(이하 “D”이라 한다)에게 추계소득금액에 대한 소득금액 변동통지(상여)를 하였다.

다.신청법인들은 이에 불복하여 2025.6.2. 과세전적부심사를 국세청 본청에 청구하였으나, 신청법인①은 조사청의 ‘수시부과’가 정당하다는 사유로, 신청법인②와 신청법인③은 「조세범처벌법」위반으로 고발당하였다는 사유로, 모두 과세전적부심사청구 대상이 될 수 없다고 하여 2025.9.18. ‘심사제외’ 결정되었다.

라. 신청법인들은 이에 다시 불복하여 2025.11.28. 및 2025.12.15. 이의신청을 제기하였다(병합심리).

<신청법인들의 법인세 고지 및 이의신청 내역>

2. 신청주장

가. 조사청은 조사 과정에서 각종 절차를 위반하였으므로 이 처분은 절차적 정당성이 결여된 부당한 처분이다.

 1)조사청은 조사 착수단계부터 사전통지, 자세한 설명이나 안내도 없이 현장조사를 실시하고 무조건적인 장부의 일시보관 동의를 요구하였다. 조사청은 의사결정권자가 현장에 없어 바로 협조할 수 없었던 상황을 전혀 고려하지 않은 채 “장부 일시보관에 협조하지 않은 부분을 앞으로 진행할 조사에 반영하겠다”며 장부 등에 정당한 권한이 있는 자의 존재여부 확인은 물론, 구체적 보관 사유 및 임의제출가능, 반환받을 권리 등 어떠한 설명도 하지 않았다. 이는 「국세기본법 시행령」제63조의11【장부등의 일시 보관 방법 및 절차】 규정을 위반한 것이고, 강도 높은 조사를 경고하는 등 보복성 예고발언을 하며 조사대상자에게 불필요한 부담을 느끼게 하였다.

 2)신청법인은 조사청으로부터 요청자료 목록을 전달받은 후 세무대리인의 도움을 받아 신속하게 자료를 정리해 제출하겠다고 약속하였으나, 조사청은 며칠만에 갑자기 “자료를 만들어 제출하는 경우 그 자료는 가공자료에 해당하므로 세무대리인을 징계할 수 밖에 없다”라며, 납세자가 협조하여 정리 및 제출하고자 하였던 인사기록카드, 업무계약서, 출근기록부, 일비지급서명대장 등 실제 영업사실과 관련된 자료에 대해 납세자의 성실성 추정을 배제하는 발언을 하였다. 결국 선임한지 일주일도 안된 세무대리인을 즉시 해임시켰고, 결과적으로 조사청은 세무대리인에게 조력받을 납세자의 권리를 침해하고 「국세기본법」제81조의5【세무조사 시 조력을 받을 권리】 규정을 위반하였다.

나.조사청의 추계결정 처분은 위법·부당한 처분이다.

 1)조사청은 “조사 시점의 신고서 기한후 작성은 가공자료를 이용하여 만든 것에 불과하여 의미가 없으며 추계결정을 할 수 밖에 없다”는 언급을 하였는바, 어떠한 서류의 제출도 없었던 상황에서 제출예정이었던 모든 자료를 단 한 번의 검토도 없이 일방적으로 거짓으로 단정하였는데 처음부터 조사청은 충실한 소명과 조사를 통해 수집한 자료에 근거하여 실질과세를 하겠다는 의지 없이 조사를 개시한 것으로 보이며, 실제로도 절차적 정당성이 없고 실질에 반하는 위법·부당한 추계결정 처분을 하였다.

 2)추계결정이란, 증빙서류가 없거나 그 내용이 미비 또는 허위일 때 예외적으로 인정하는 권한으로, 세무조사의 권한이 없는 일반 세원의 세무공무원이 금융거래내역을 강제 열람하거나 거래상대방 또는 관련인을 질문조사 할 수 없는 제한된 업무처리 상황 속에서 납세자로부터 자료제출 협조까지 되지 않는 때에 한하여 매우 엄격하고 제한적으로 행사되어야 하는 과세권이다.

 3)그러나 조사청은 소득금액을 계산할 때 필요한 부동산 매출자료, 금융거래내역, 관련인 다수의 진술 및 인적사항 등 증명서류를 충분히 확보하였고, 수집한 자료에 대해 중요한 부분이 미비 또는 허위임이 입증되지도 않았음에도 불구하고 추계결정을 하였으므로 「국세기본법」제14조(실질과세), 「국세기본법」제16조(근거과세), 「법인세법」제66조(결정 및 경정) 및 「법인세법 시행령」제104조(추계결정 및 경정) 규정을 위반하였다.

다. 조사청은 조사권을 남용하였고 그에 따른 불합리한 소득금액 변동통지처분은 취소되어야 한다.

 1)조사청은 신청법인의 조사실 방문일에 자료제출을 요청하였다가 곧바로 제출 예정인 자료를 가공자료로 간주하겠다는 일관성 없는 태도를 보였으나, 또 다시 “최대한 조사를 잘 마무리하고 선처를 하기 위해 신고서 제출이 되어야 한다”고 말을 바꾸면서 법인 금융계좌정보 및 ‘제출하여도 의미 없을 것이라고 했던 법인세 신고서’를 다시 요청하였고 이에 따라 신청법인들은 최대한 협조코자 자료를 제출하였음에도 조사청은 결국 협조 여부와 관계없이 당초 예고하였던 대로 비합리적인 추계결정 처분을 하였다.

 2)이러한 조사팀의 조사권 남용은 2025년도 1월경 국세청이 발표한 “투명한 세무조사 운영으로 납세자 권익을 철저히 보호하고 조사권 남용 방지를 위해 위법·부당행위에 대한 보호조치 이행을 상시 점검하고, 이해충돌 방지조치에 대한 관리도 강화할 방침”이라고 하였던 국세청장의 기조에도 어긋나는 행위이다.

 3)신청법인들이 세법에 무지한 상태로 사업을 영위하며 기본적인 인건비 신고, 법인세 신고를 하지 아니하였으므로 법인세 과세처분에 대하여는 이의가 없으나, 조사청의 요청으로 신청법인이 제출한 금융계좌정보와 법인세 기한후신고서, 조사청이 수집한 각종 부동산 거래정보, 금융거래내역 분석자료, 관련인 질문조사 문답서 등에 근거하여 소득의 귀속을 충분히 확인할 수 있으므로 실질귀속자에게 각각 소득으로 과세해야 하고, 강력한 공권력인 세무조사를 통해 확보한 수많은 자료를 충분한 검토 없이 무시한채 막연한 방법으로 결정한 세무조사결정은 무효이므로 추계에 의한 소득금액변동통지처분은 취소경정하여야 한다.

 4)조사청이 이렇게 조사권을 남용하면서 조사 시작부터 종결까지 납득하기 어려울 정도로 강압적인 세무조사를 실시한 배경에는 국세청 내부적으로 그동안 폐지되었던 비정기 세무조사 추징실적이 2025년도 다시 도입된 것과 각 지방청별 추징실적 줄 세우기라는 국세청 본청의 관행 때문으로 추정된다. 즉, 본연의 목적이 아닌 집단의 이익(조사청 추징실적 극대화)을 위해 그동안 지켜왔던 실질과세원칙에 입각한 처분이 아니라 위법·부당하고 불합리한 추계결정을 무리하게 집행한 것이다.

 5)세무조사를 하지 아니하고도 가능한 추계결정처분을 굳이 세무조사를 통해 계좌를 강제로 열람하여 분석하고 이를 토대로 다수의 관련인 출석요구 및 질문조사를 하는 등, 광범위한 공권력을 행사해가며 자료를 수집하였으므로, 사건에 대해 더 성실히 분석하고 조사하였어야 하고, 소득처분을 하더라도 추계처분이 아닌 금융자료 등 객관적인 증거자료에 입각한 근거과세를 수행하는 것이 공정한 과세인 것으로 보이나, 이 사건은 해당 내용을 의도적으로 정확히 조사하지 않으려는 조사공무원의 불성실한 근무태만 행태 및 직무유기 그리고 조사청의 추징실적을 위한 무리한 과세진행에 의해 절차적으로도, 업무적으로도 납세자의 방어권 행사 등 권익을 심각하게 침해한, 중대한 위법·부당한 처분이다.

라.조사청의 추계결정은 합리성과 타당성을 결여한 위법한 과세처분이다.

 1)신청법인이 제출한 법인세 기한후신고서와 조사청이 확보한 전산자료 및 부동산 등기부등본 등을 통해 정확한 매출금액 산정이 가능하고, 신청법인의 계좌거래내역에 의해 다수의 소득 귀속자 역시 구체적으로 확인할 수 있다.

 2)조사청은 실제로 금융계좌 분석 및 조회 등을 통하여 관련인 다수에게 연락하여 질문조사를 진행한바, 영업자들에 대한 연락처, 주민등록번호, 국내 거주지 등 인적사항을 확보할 수 있고, 더 나아가 거래상대방이자 소득의 실질귀속자에 대한 세무조사를 실시하여 영업자별로 출금된 금액과 입금된 금액을 상계하여 그 금액을 귀속소득으로 보아 과세자료를 파생함으로써 실질귀속자 여부를 확인할 수 있다.

 3)대법원에서도 추계결정은 실액조사가 불가능하여 추계의 방법에 의할 수밖에 없는 경우에 한함은 물론 그 추계의 방법과 내용이 가장 진실에 가까운 소득실액을 반영할 수 있도록 합리적이고 타당성이 있는 것이어야 한다고 판시한바(대법원 81누244, 1983.2.8. 판결 참조), 수많은 부동산 거래내역에 대해 다수의 이해관계인이 얽혀있어 현실적으로 신청법인 단독으로 모든 업무를 진행할 수 없고, 소득금액 통지에 대해서도 관련 매출에 대한 업무대가로 불과 1년 동안 37억원이 넘는 금액을 한 사람이 실질귀속자로서 독점한다는 것은 사회통념상 납득하기 어렵다.

마. 조사청의 세무조사 결정 처분은 취소되어야 한다.

 이와 같이 조사청은 상당히 많은 과정에서 납세자권리헌장과 국세기본법에 규정되어 있는 납세자의 권익을 위법·부당한 절차와 처분으로 심각하게 침해하고 불공정한 조사를 진행하였으며 강력한 공권력인 세무조사를 이용하여 확보한 객관적인 증명서류를 통해 조사대상법인의 매출에 대한 실질귀속자를 확인할 수 있으므로 해당 세무조사는 중대한 절차적·업무적 하자가 있는 위법·부당한 것으로 무효이며 2023사업연도 및 2024사업연도 법인세를 추계결정하여 부과통보 및 소득금액변동통지를 한 조사청의 세무조사결정 처분은 취소되어야 한다.

바. 처분청의 의견에 대한 항변은 다음과 같다.

 1)조사청이 제출한 의견서 등에 따르면, 2025.2.17.부터 2025.5.13.까지 장기간 세밀하게 조사를 진행하여 수많은 자료를 확보했음을 인정하고 있고, 주주 및 직원, 토지 매수인 등 조사관련인으로부터 확보한 진술서와 거래사실 확인서 등을 통해 부동산 양도대금의 귀속인이 다수라는 사실을 인지하였음을 조사청 스스로 인정하고 있다. 따라서, D에게 단독귀속을 전제로 추계과세한 처분은 과세기초 사실에 대한 중대한 오인으로 보인다.

 2)처분청은 심판례 혹은 하급심 판례를 근거로 제시하고 있으나, 신청법인이 제시한 대법원 판례에 따르면, 추계과세는 합리성과 타당성이 필수요건인바, D 개인이 혼자 법인 3개를 운영하면서 3년동안 전체이익의 대부분인 92여억원을 독점했다는 주장은 사회통념상 납득하기 어렵고 그에 따른 추계처분은 실질과세원칙에 반하는 부당한 처분이다.

 3)처분청이 주장하는 착수 단계, 조사 중지 및 연장, 결과통지에 대한 절차적 정당성에 대하여는 부당하다고 주장한 적도 없고 조사청이 위반한 사실도 없음을 인정하나, 적정하고(사회통념상 납득할만한 귀속소득 산정) 공평한(실질귀속자 다수 확인처분) 과세가 아닌, 추징실적 확보 등 다른 목적을 위하여 세무조사권을 남용하고 세무조사시 조력받을 권리를 박탈한 것은 조사청도 부인할 수 없는 사실이다.

  따라서 조사청은 표면적인 절차적 정당성만을 강조하며 조사착수 시 일시보관 강요, 협조하지 않는 것에 대한 강도 높은 조사예고, 세무대리인 선임에 대한 관여 등 신청법인이 제기하는 핵심 논점에 대해 회피해서는 안 될 것이고, 세법상 우월한 지위에서 조세과징권을 행사하는 기관으로서 객관적인 증거를 바탕으로 실질귀속자를 확인하고 과세하여야 할 것이다.

3. 처분청 의견

가. 조사결과 다음과 같은 사실들이 확인되었다.

 1)신청법인①의 사업장 소재지인 ‘전북 군산 E’는 법인설립 이후 사업장으로 사용된 사실이 없으며, ‘경북 포항 F’에서 신청법인①이 운영중인 임시 사업장이 발견되었고 동 소재지에서 신청법인① 소유 부동산의 토지 매매등기 진행요약표가 발견되는 등 증거인멸을 위해 장부·증빙 등을 은닉한 정황이 확인되었다.

 2)신청법인②의 사업장 ‘광주 서구 G’를 방문하였으나 무단 폐업상태였고 본점 소재지 외 지사로 확인되는 군산, 대전, 순천, 목포에 방문하였으나 폐문부재이거나 타사업장이라 주장하여 장부서류를 확보하지 못했다.

 3)신청법인③ 역시 전남 순천 연향동에 소재한 사업장에 방문하였으나 폐문부재 상태로 임대인으로부터 수개월 전부터 사업장이 공가상태임을 확인하였다.

 4)신청법인①은 조사청이 장부서류 등을 제출하라고 수차례 요청하였음에도 제출하지 않다가, 2025.3.31. 매출액 4,614백만원, 당기순이익 4,039백만원, 용역비는 0으로 하여 2024 사업연도 법인세 신고서를 제출하였다.

 5)신청법인①은 부동산 양도대금을 수령한 후 법인계좌 및 다수 지급처 연결계좌를 이용해 현금인출 하였음에도 미수금은 2,504백만원, 대여금은 1,547백만원으로 신고하였다는 점에서 증빙서류 없는 법인세 신고서로, 중요한 부분이 미비하거나 허위인 경우이므로 추계 과세요건이 충족되었다.

 6)신청법인③은 토지 양도 후 회사계좌로 양도대금을 수령하지 않고 D이 실질적으로 운영중인 신청법인② 외 타 기획부동산 업체의 계좌로 양도대금을 부당하게 수령한 사실이 확인되었다.

나. 조사청은 조사과정에서 절차적 정당성을 확보했으며 세무조사권을 남용하지 않았다.

 1)조사청은 신청법인①이 법인소재지에서 설립부터 현재까지 사업을 영위하지 않은 사실을 확인하고 경북 포항에 있는 임시 사업장까지 방문하여 2025.2.18. 해당 장소에서 신청법인① 소유 부동산의 매매등기 진행요약표를 발견한 후 상주 직원에게 유치송달 형식으로 조사착수 절차를 진행하였으며, 2025.2.20. 대표자 H가 세무사와 함께 조사팀 사무실을 방문하였을 때 조사관련 서류를 대표자에게 다시 한번 전달한바, 착수 단계에서 절차적 정당성을 위반하지 않았다.

 2)신청법인②의 경우 광주 서구에 소재한 사업장에 2025.2.17. 방문하였으나 폐문부재 상태여서 임대인에게 문의한바 2024년 11월 이후 계약이 만료되었다는 답변을 받았고, 무단폐업 상태인 것으로 판단하여 대표자에게 수차례 통화를 시도한 끝에 통화가 이루어져 대표자와 세무사가 2025.2.20. 조사관서에 방문함으로써, 조사착수 절차를 정상 진행하였다.

 3)조사청은 장부등의 일시 보관을 요구하지 않았고 보관하지도 않았기 때문에 「국세기본법 시행령」 제63조의11【장부등의 일시 보관 방법 및 절차】규정을 위반하지 않았다.

 4)「법인세법」제122조【질문·조사】에 의거하여 신청법인①의 2025.3.31. 법인세 신고 전·후로 신청법인①에 장부서류 등 자료제출 요구를 4차례 실시하였으나 단 한 차례도 제출하지 않았는데, 조사청은 그 과정에서 해당 자료제출 요구서류를 대표자 H에게 전달하고 수령증을 징취하는 등 진행단계에서 절차적 정당성을 확보하였다.

 5)신청법인들의 조사 중지와 연장은 모두 「국세기본법」제81조의8【세무조사 기간】규정에 의해서 진행되었으며 절차별로 송달이 필요한 서류에 대해서 대표자 서명이 기재된 수령증을 징취하였으므로 절차적 정당성을 위반하지 않았다.

 6)특히 신청법인①에 대한세무조사 결과통지의 경우, 납세자가 제출한 송달장소 변경 신청서에 기재된 경기도 성남시로 직접 방문하여 「국세기본법」제10조【서류 송달의 방법】제4항에 의거하여 적법하게 2025.5.15. 송달완료하였고, 납부고지서 및 소득금액변동통지서도 같은 방법으로 적법하게 2025.5.20.자로 송달되었으며, 실 사주 D에게 해당 서류가 전달되어 조사팀 사무실로 결과통지서를 들고 2025.5.21. 방문한 이력 또한 CCTV영상으로 확인되므로 조사청은 송달 관련하여 절차적 정당성을 위반하지 않았다.

 7)이와 같이 조사청은 세무조사권을 남용하지 않기 위하여 절차적 정당성을 확보하고자 각종 절차를 빠짐없이 준수하였으며, 오히려 신청법인들의 경우 조사청이 수 차례 자료제출을 요청하였으나 일절 제출하지 않았고 실 사주 D의 강남구 논현동 집 주소 방문하여 출석요구도 진행하였으나 연락이 닿지 않는 등 비협조적인 태도로 일관하여 세무조사에 어려움이 많았다.

다.조사청의 추계결정은 과세요건을 충족한 정당한 처분이다.

 1)신청법인①의 법인세 신고서상 매출액은 4,614백만원, 미수금은 2,504백만원으로 확인되지만 법인계좌 검토 결과 양도 물건 등기 상대방으로부터 직접 입금된 금액만 3,044백만원으로 확인되어 재무상태표상 미수금 2,504백만원은 증명서류가 없는 허위금액으로 확인되었다.

 2)신청법인①의 법인계좌에서 특정인들에게 수차례 급여 및 수당으로 추정되는 금액을 지급하였으나 단 한차례도 원천세 신고를 한 적이 없고, 30억이 넘는 돈이 입금되었으나 수차례 100만원씩 현금 인출되어 계좌 잔액은 938,833원인 것이 확인되므로 인건비가 0원으로 신고된 손익계산서는 증명서류가 없는 허위 서류에 해당된다.

 3)신청법인②의 경우 조사팀의 계속된 자료 제출 요구에 ‘자료가 어디에 있는지 알 수가 없다’, ‘분실하였다’ 등의 답변으로 일관하였고 조사 종결 순간까지 어떠한 자료도 제출한 적이 없다.

 4)신청법인③ 역시 각 사업연도 소득금액 결정시 토지등기부등본에서 객관적으로 확인된 양도가액과 취득가액 외에 근로소득, 사업소득 등 필요경비와, 수차례 1백만원씩 현금 유출된 자금에 대한 사용처에 대하여 객관적으로 확인 가능한 자료가 제출되지 않았고 확인되지도 않았다.

 5)상기 내용과 같이 신청법인들은 소득금액을 계산할 때 필요한 장부 또는 증명서류가 없거나, 중요한 부분이 허위인 경우에 해당하므로 조사청의 추계결정은 과세요건을 준수한 정당한 처분이다.

라. 조사청이 신청법인들의 실 사주를 D으로 본 것은 다음과 같은 이유로 정당하다.

 1)신청법인① 계좌에서 명의상 대표자인 H에게 급여 등을 지급한 이력이 확인되지 않고,법인계좌 최대 지급처들의 연결계좌를 검토한바 수차례 현금인출이 확인되었고, ‘D 회장의 지시로 현금 인출하여 전달했다’는 내용의 사실확인서도 확보하였다.

 2)신청법인①의 최대 지급처 중 하나인 I 계좌를 확인한바 신청법인 자금을 지급할 당시 상대방 통장 표기를 ‘A(신청법인①)’가 아닌 ‘명’으로 수정한 것이 확인되었고, 최대 지급처 중 또 다른 계좌에서는 D 개인 SKT 핸드폰 요금이 인출되었다.

 3)신청법인① 설립 당시 대표자가 ‘D 대표 지시에 따라서 법인을 설립했다’고 진술하였으며 설립 당시 주주도 ‘H는 D 회장의 지시를 받는다’고 진술한 내용이 확보된 점 등에 비추어 신청법인①의 실 사주는 D로 판단된다.

 4)신청법인②의 경우에도, 조사과정에서 D가 물건지 선정, 토지 양도가격, 직원 채용 및 교육, 자금 관리 등 경영 전반에 걸쳐 중요 사안을 결정한 실사업자이고, D의 지시에 따라 장부·서류은닉, 법인자금 유출, 법인세 무신고 등 세법상 의무를 이행하지 않았음을 다수의 증언과 증빙문서로 확인하였다. 이에, 조사의 공정성을 위하여 D에게 수차례 출석요구, 주소지 방문, 유선상 통화시도를 하였으나 무대응으로 일관하였다.

 5)신청법인③의 대표자 J와 그 직원들의 진술, J와 직원들이 D에게 보고한 문자내용을 살펴보면, 경영상 중요사안을 결정하고 법인을 실질적으로 지배하고 운영한 자는 D이라는 사실이 확인된다.

 6)신청법인③의 이의신청서 제출이력을 보면 2025.11.27. 명의상 대표자 J가 D의 지시로 서광주세무서에 제출하였다가 2025.12.05. 본인 의사로 제출한 이의신청서가 아니라는 사유로 자진 취하하였고, 2025.12.15. D이 신청법인③ 명의로 재차 동일한 이의신청서를 제출한 사실이 확인된바, 이는 신청법인③의 실질적 대표자는 D라는 사실을 방증한다.

마. 신청인의 항변에 대한 처분청의 의견은 다음과 같다.

 1)조세법의 기본원칙은 조세법률주의와 조세평등주의이고, 조세평등주의를 실현하기 위한 여러 하부원칙 중 하나인 실질과세원칙은 과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다는 것이다.

 2)즉, 실질과세원칙을 적용하기 위해서는 “사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때”라는 전제가 먼저 성립되어야 하는데, 조사팀이 수많은 자료를 확보하였다는 이유만으로 실질과세 원칙을 무조건 적용해야 하는 것은 아니다. 오히려 법인계좌 및 지급처 연결계좌에서 이루어진 수억원의 현금 출금 둥 수많은 금융자료에 대응되는 객관적인 증빙서류 및 장부가 없기 때문에 “사실상 귀속되는 자”를 특정지을 수 없고 실질과세원칙보다 더 상위 개념인 조세법률주의에 따라 「법인세법」제66조에 의거 추계결정 사유에 해당되어 추계조사를 진행한 것이다.

 3)신청법인들은 과세전적부심사 및 이의신청 기간에 걸쳐 수 개월동안 객관적인 자료를 제출하겠다고 주장하고 증거목록에 기재는 하면서도 실제로 제출한 이력이 한번도 없으며, 인건비 무신고와 관련해서도 원천세 기한후신고 등 세법에 따른 납세자의 의무를 성실하게 이행한 적이 전혀 없어, 본인들이 강조하는 조세평등주의 하부원칙 중 하나인 신의성실원칙을 오히려 위배하였다.

 4)신청법인들이 세법에 규정된 납세자의 의무를(객관적인 증빙서류를 갖춘 인건비 지급명세서 제출, 원천세 신고) 신의에 따라 성실하게 이행하지 않아 소득의 “사실상 귀속되는 자”를 명확하게 특정할 수 없게 된 것이므로 본 사건 처분은 실질과세원칙을 위배하지 않았다.

 5)조사청은 조세법률주의에 따라 「법인세법」제66조에 의거하여 추계결정을 하였으므로 신청법인이 주장하는 양도대금의 실질귀속자라는 것이 존재하지 않고 본 사건 처분과 관련하여 과세자료를 파생한 적이 없어 헌법상 과잉금지원칙 역시 위배하지 않았다.

4. 심리 및 판단

가. 쟁점

 조사청의 법인세 추계결정에 따른 소득금액변동통지는 부당하다는 신청주장의 당부

나. 관련 법령

 1) 국세기본법 제14조【실질과세】

  ① 과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의(名義)일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.

  ② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식과 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.

 2) 국세기본법 제16조【근거과세】

  ① 납세의무자가 세법에 따라 장부를 갖추어 기록하고 있는 경우에는 해당 국세 과세표준의 조사와 결정은 그 장부와 이와 관계되는 증거자료에 의하여야 한다.

  ② 제1항에 따라 국세를 조사ㆍ결정할 때 장부의 기록 내용이 사실과 다르거나 장부의 기록에 누락된 것이 있을 때에는 그 부분에 대해서만 정부가 조사한 사실에 따라 결정할 수 있다.

  ③ 정부는 제2항에 따라 장부의 기록 내용과 다른 사실 또는 장부 기록에 누락된 것을 조사하여 결정하였을 때에는 정부가 조사한 사실과 결정의 근거를 결정서에 적어야 한다.

 3) 국세기본법 제81조의4【세무조사권 남용 금지】

  ① 세무공무원은 적정하고 공평한 과세를 실현하기 위하여 필요한 최소한의 범위에서 세무조사(「조세범 처벌절차법」에 따른 조세범칙조사를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)를 하여야 하며, 다른 목적 등을 위하여 조사권을 남용해서는 아니 된다.

  ③ 세무공무원은 세무조사를 하기 위하여 필요한 최소한의 범위에서 장부등의 제출을 요구하여야 하며, 조사대상 세목 및 과세기간의 과세표준과 세액의 계산과 관련 없는 장부등의 제출을 요구해서는 아니 된다.

 4) 국세기본법 제81조의10【장부등의 보관 금지】

  ① 세무공무원은 세무조사(「조세범 처벌절차법」에 따른 조세범칙조사를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)의 목적으로 납세자의 장부등을 세무관서에 임의로 보관할 수 없다.

  ② 제1항에도 불구하고 세무공무원은 제81조의6제3항 각 호의 어느 하나의 사유에 해당하는 경우에는 조사 목적에 필요한 최소한의 범위에서 납세자, 소지자 또는 보관자 등 정당한 권한이 있는 자가 임의로 제출한 장부등을 납세자의 동의를 받아 세무관서에 일시 보관할 수 있다.

  ③ 세무공무원은 제2항에 따라 납세자의 장부등을 세무관서에 일시 보관하려는 경우 납세자로부터 일시 보관 동의서를 받아야 하며, 일시 보관증을 교부하여야 한다.

 5) 국세기본법 시행령 제63조의11【장부등의 일시 보관 방법 및 절차】

  ① 세무공무원은 법 제81조의10제2항에 따라 법 제2조제21호에 따른 장부등(이하 "장부등"이라 한다)을 일시 보관하려는 경우 장부등의 일시 보관 전에 납세자, 소지자 또는 보관자 등 정당한 권한이 있는 자(이하 이 조에서 "납세자등"이라 한다)에게 다음 각 호의 사항을 고지하여야 한다.

   1. 법 제81조의6제3항 각 호의 사유 중 장부등을 일시 보관하는 사유

   2. 납세자등이 동의하지 아니하는 경우에는 장부등을 일시 보관할 수 없다는 내용

   3. 납세자등이 임의로 제출한 장부등에 대해서만 일시 보관할 수 있다는 내용

   4. 납세자등이 요청하는 경우 일시 보관 중인 장부등을 반환받을 수 있다는 내용

  ② 납세자등은 조사목적이나 조사범위와 관련이 없는 등의 사유로 일시 보관에 동의하지 아니하는 장부등에 대해서는 세무공무원에게 일시 보관할 장부등에서 제외할 것을 요청할 수 있다. 이 경우 세무공무원은 정당한 사유 없이 해당 장부등을 일시 보관할 수 없다.

6) 법인세법 제66조【결정 및 경정】

  ③ 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 제1항과 제2항에 따라 법인세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 장부나 그 밖의 증명서류를 근거로 하여야 한다. 다만, 대통령령으로 정하는 사유로 장부나 그 밖의 증명서류에 의하여 소득금액을 계산할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 추계(推計)할 수 있다.

 7) 법인세법 제67조【소득처분】

  다음 각 호의 법인세 과세표준의 신고ㆍ결정 또는 경정이 있는 때 익금에 산입하거나 손금에 산입하지 아니한 금액은 그 귀속자 등에게 상여(賞與)ㆍ배당ㆍ기타사외유출(其他社外流出)ㆍ사내유보(社內留保) 등 대통령령으로 정하는 바에 따라 처분한다.

   1. 제60조에 따른 신고

   2. 제66조 또는 제69조에 따른 결정 또는 경정

   3. 「국세기본법」제45조에 따른 수정신고

 8) 법인세법 제69조【수시부과 결정】

  ① 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인이 그 사업연도 중에 대통령령으로 정하는 사유(이하 이 조에서 "수시부과사유"라 한다)로 법인세를 포탈(逋脫)할 우려가 있다고 인정되는 경우에는 수시로 그 법인에 대한 법인세를 부과(이하 "수시부과"라 한다)할 수 있다. 이 경우에도 각 사업연도의 소득에 대하여 제60조에 따른 신고를 하여야 한다.

 9) 법인세법 시행령 제104조 【추계결정 및 경정】

  ① 법 제66조제3항 단서에서 "대통령령으로 정하는 사유"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

   1. 소득금액을 계산할 때 필요한 장부 또는 증명서류가 없거나 중요한 부분이 미비 또는 허위인 경우

   2. 기장의 내용이 시설규모, 종업원수, 원자재ㆍ상품ㆍ제품 또는 각종 요금의 시가 등에 비추어 허위임이 명백한 경우

   3. 기장의 내용이 원자재사용량ㆍ전력사용량 기타 조업상황에 비추어 허위임이 명백한 경우

 10) 법인세법 시행령 제106조 【소득처분】

  ① 법 제67조에 따라 익금에 산입한 금액은 다음 각 호의 구분에 따라 처분한다. 비영리내국법인과 비영리외국법인에 대해서도 또한 같다.

   1. 익금에 산입한 금액(법 제27조의2제2항에 따라 손금에 산입하지 아니한 금액을 포함한다)이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각 목에 따라 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 할 것. 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자(소액주주등이 아닌 주주등인 임원 및 그와 제43조제8항에 따른 특수관계에 있는 자가 소유하는 주식등을 합하여 해당 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 30 이상을 소유하고 있는 경우의 그 임원이 법인의 경영을 사실상 지배하고 있는 경우에는 그 자를 대표자로 하고, 대표자가 2명 이상인 경우에는 사실상의 대표자로 한다. 이하 이 조에서 같다)에게 귀속된 것으로 본다.

    가. 귀속자가 주주등(임원 또는 직원인 주주등을 제외한다)인 경우에는 그 귀속자에 대한 배당

    나. 귀속자가 임원 또는 직원인 경우에는 그 귀속자에 대한 상여

다. 사실관계

 1)국세청 대내포털 사이트에서 다음과 같은 사실들이 확인된다.

  가) 신청법인들의 기본사항은 다음과 같다.

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  나)신청법인들에 대한 조사 개요는 다음과 같다.

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  다)신청법인별 법인세 추계결정 후 고지내역은 다음과 같다.

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  라)신청법인들의 법인세 신고내역은 다음과 같다.

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 * 기한후신고(신고일자 2025.1.16.)

  마)신청법인들이 신고한 재무상태 등 사업현황은 다음과 같다.

<신청법인① 재무상태표(2024.12.31.)>

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<신청법인③ 재무상태표(2023.12.31.)>

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<신청법인①,③ 손익계산서>

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  바)신청법인들의 지급명세서 제출 등 사업자등록 이후 인건비 신고 내역은 다음과 같다.

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 2) 조사청이 제출한 자료는 다음과 같다.

  가)조사청이 제출한 조사종결보고서상 주요 내용은 다음과 같다.

<신청법인① 조사종결보고서 일부>

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<신청법인② 조사종결보고서 일부>

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<신청법인③ 조사종결보고서 일부>

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  나)조사청은 조사 착수 및 진행 과정에서 절차를 준수하였다고 주장하며 ‘납세자권리헌장 등 수령 및 낭독확인서’, ‘출석요구서’, ‘송달(확인)서’ 등 조사과정에서 조사청이 통지하고 수취한 각종 문서들을 제출하였다.

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<조사청이 제출한 조사진행 관련 서류 일부>

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  다)조사청이 법인자금 유출의 증빙으로 제출한 신청법인들의 법인계좌 현금인출 내역에 의하면 해당 법인계좌에서 수십차례, 대개 100만원씩 현금인출된 것이 확인된다. 신청법인들은 인출금에 대한 사용처 등 관련 소명자료를 제출한바 없다.

<신청법인① 계좌 현금인출 내역 일부>

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<신청법인② 법인계좌 현금인출 내역 일부>

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 라)조사청은 신청법인① 계좌에서 법인 최대 지급처인 I 계좌로 이체된 내역과 I 계좌에서 다시 현금 출금된 내역을 제출하였다. I는 사실확인서에서 해당 자금은 본인의 소득이 아니며 D의 지시에 따라 해당 자금을 다시 현금인출하여 D에게 전달하였다고 진술하였다.

<계좌이체내역 일부(쟁점법인① → I)>

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<I 계좌의 현금 인출내역>

<I가 작성한 금융거래 사실확인서 일부>

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  마)조사청은 신청법인①이 부동산을 양도하고 수취한 양도대금 입금내역을 제출하였다. 해당 거래내역에 따르면 신청법인①에 입금된 자금은 3,043,653,676원이다.

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  바)조사청은 신청법인들의 등록된 대표자 H와 J, 법인 주주, 법인 직원 등 관련인들로부터 확보한 다수의 진술서 및 문답서를 제출하였고, 조사청이 제출한 자료를 통해 다음과 같은 사실들이 확인된다.

   (1)신청법인①,②의 대표자 H는 신청법인을 본인이 운영하였으나 수당 지급 등 법인운영과 관련된 서류는 분실하였다고 진술하였다.

<H 진술서 일부>

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   (2)신청법인②의 설립발기인으로 300주의 주식을 취득한 홍OO은 D을 실질적인 대표자로 생각하고, 신청법인②에서 근무할 당시에도 D의 지시를 받았다고 진술하였다.

<신청법인② 설립발기인 주주 홍OO 진술서 일부>

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  (3)신청법인③의 대표자 J는 의사결정 및 자금관리 권한이 D에게 있다고 진술하엿다.

<신청법인③ 대표자 J 진술내용 일부>

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<신청법인③ 대표자 J 진술내용 일부>

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   (4)신청법인에서 근무한 다수 직원들이 급여, 자금 운용 및 집행, 홍보 등 모든 업무를 D의 지시에 따라 수행했고, 법인의 실질적인 대표자를 D로 생각한다고 진술하였다.

<관련인 진술서 일부>

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<관련인 진술서 일부>

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   (5)조사청은 D가 직원들과 주고받은 카카오톡 내역을 입수하여 제출하였다. 제출된 카카오톡 메지시에 의하면 D는 직원 급여, 법인 보유 부동산 등을 보고 받고 지시한 것으로 보이고, 제작을 지시한 임명장엔 수여자가 D로 기재되어 있다.

<조사청이 제출한 카카오톡 메시지 캡처본 일부>

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   (6)조사청은 D가 2024.12.3. 광주지방고용노동청에서 근로기준법 위반에 대한 피의자 신분으로 작성된 피의자 신문조서를 제출하였고, 해당 조서의 피의자 D는 본인이 신청법인③을 운영하였다고 답변하고 있다.

<광주지방고용노동청 피의자 신문조서 일부>

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 사)조사청은 신청법인②와 ③에 대해 조세범칙조사를 실시한 후 2025.6월 광주지방검찰청에 D 등을 「조세범처벌범」 위반으로 고발하였다.

<신청법인② 범칙조사 고발서 일부(신청법인③ 고발내용도 거의 동일)>

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 3)신청법인들은 본 사건 청구이유서에 다음과 같은 ‘증거목록’을 첨부하였으나, 목록만 제출하였을 뿐 해당 자료를 제출한바 없다.

<신청법인① 이의신청서에 첨부한 ‘증거목록’(신청법인②,③도 동일)>

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 4)신청법인들은 항변서 제출 이후 신청주장의 증빙자료를 촬영한 사진(15매)을 추가 자료로 제출하였다.

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라. 판단

 신청법인은 조사청이 납세자의 소명기회를 박탈하고 조사권을 남용하였고, 조사청이 확보한 자료를 통해 법인소득의 실귀속자도 파악할 수 있으므로 D에 대한 조사청의 소득금액변동통지는 부당하다고 주장하나,

 경험칙상 필요경비의 발생이 명백한 경우에 있어서는 납세의무자의 입증이 없거나 불충실하다 하여 필요경비를 영으로 보는 것은 경험칙에 반하므로, 과세관청이 실지조사가 불가능한 경우에 시행하는 추계조사의 방법에 의하여 산정이 가능한 범위 내에서는 과세관청이 그 금액을 입증하여야 하나 납세의무자가 이보다 많은 필요경비를 주장하는 경우에는 납세의무자에게 그 입증의 필요가 돌아가고(대법원 91누10909, 1992.7.28. 참조), 특히 추계조사·결정 방법에 의하여 과세표준을 산정한 후 대표자에게 상여처분을 하는 경우에는 추계조사· 결정 방법에 의하여 결정된 과세표준과 법인의 대차대조표상의 당기순이익과의 차액(법인세상당액을 공제하지 아니한 금액을 말한다)이 사외에 유출되었는지의 여부나 사외에 유출되었다면 실제로 누구에게 귀속되었는지를 묻지 아니하는바(대법원 89누8231, 1990.9.28., 대법원 2005두8030, 2008.1.18. 참조),

 본 사건의 경우, 신청법인이 사업자가 작성·비치하여야할 의무가 있는 장부 등 관련 자료를 제출한 적 없어 장부나 그 밖의 증명서류에 의하여 소득금액을 계산할 수 없는 경우로서 법인세 과세표준 및 세액의 추계결정이 타당해 보이는 점, 본 사건 처분 이후 심리과정에서 신청법인이 보유한 것으로 확인된 직원출근기록부, 수당지급내역 등으로 법인 필요경비가 지출되었다는 주장은 전체 내역을 파악하기 어려운 일부 증빙에 근거한 것으로, 신청법인의 수입금액이 구체적으로 누구에게 얼마의 금액이 귀속되었는지 확인되었다고 보기 어려운 점, 법인 의사결정 및 자금관리 고려시 D가 신청법인의 실질적인 대표자로 보이는 점 등에 비추어,

 조사청이 신청법인의 법인세를 추계결정하고 과세표준을 산정하여 신청법인의 실 사주 D에게 전액 상여처분한 행위는 잘못이 없는 것으로 판단된다.

5. 결론

이 건 이의신청은 신청주장을 받아들일 수 없으므로 「국세기본법」 제66조 제6항 및 제65조 제1항 제2호 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.