1. 처분개요

가. 청구인은 2003.11.20. 아버지 a(이하 “피상속인”이라 한다)로부터 OOO(이하 “쟁점주택”이라 한다)를 증여받아 소유하고 있던 중, 2018.2.10. 피상속인이 사망함에 따라 OOO(이하 “상속주택”이라 한다)를 상속받았는데, 쟁점주택 및 상속주택은 2018.5.15. 주택재건축사업 관리처분계획인가에 따라 각각 조합원입주권(쟁점주택분 조합원입주권을 이하 “쟁점조합원입주권”이라 하고, 상속주택분 조합원입주권을 이하 “상속조합원입주권”이라 한다)으로 전환되었다.

나. 청구인은 2023.7.19. 쟁점조합원입주권을 b 외 1명에게 OOO에 양도하고, 2023.9.19. 비과세를 적용하여 이에 대한 양도소득세 OOO을 신고·납부하였다가, 2023년 11월경 처분청으로부터 ‘상속조합원입주권을 보유한 상태에서 쟁점조합원입주권을 양도하였으므로 비과세가 적용되지 않는다’는 내용의 안내문을 받고 2023.11.10. 양도소득세 OOO을 수정신고·납부하였다.

다. 청구인은 2024.2.5. 처분청에 ‘쟁점조합원입주권의 양도가 「소득세법 시행령」 제155조 제2항에 따른 1세대 1주택 비과세 특례대상에 해당하므로 수정신고․납부한 양도소득세를 환급해달라’는 경정청구를 제기하였고, 처분청은 2024.12.27. 이를 거부하였다.

라. 청구인은 이에 불복하여 2025.3.3. 이의신청을 거쳐, 2025.7.28. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

 (1) 이 건의 경우 상속개시일 현재 「소득세법 시행령」 제155조 제2항에서 정한 ‘일반주택’과 ‘상속주택’의 비과세 요건을 충족하였고, 쟁점주택을 상속주택보다 먼저 양도하였으며, 쟁점주택이 양도일 현재 여전히 주택으로서의 기능을 하고 있으므로, 쟁점조합원입주권의 양도는 조합원입주권이 아닌 주택의 양도로 보아 1세대 1주택 비과세 특례규정을 적용하여야 한다.

  (가) 청구인은 상속개시 당시 아래 <표1>과 같이 피상속인과 별도 세대를 구성하고 있었다.

<표1> 상속개시일(2018.2.10.) 현재 주소지

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  (나) 쟁점주택은 청구인이 상속개시일 전에 취득한 주택이고, 상속주택은 피상속인과 청구인이 별도 세대를 구성한 상태에서 계속 거주한 주택으로, 청구인은 피상속인의 “사망”을 원인으로 상속주택을 취득하여 1세대 2주택자가 되었고, 상속개시일부터 양도일까지 다른 주택이나 조합원입주권의 추가 취득은 없었다. 그러나, 상속개시일 이후 3개월 만에 관리처분계획이 인가됨에 따라 청구인의 의지와 상관없이 양도일 현재 관리처분계획이 인가된 2개의 주택을 보유하게 되었다. 만일 관리처분계획이 인가되지 않았다면 청구인은 상속받은 주택과 일반주택을 각각 1개씩 보유하다가 일반주택을 먼저 양도한 것이므로 쟁점주택의 양도시기와 상관없이 「소득세법 시행령」 제155조 제2항의 상속주택 특례에 따라 1세대 1주택 비과세 특례규정이 적용되었을 것이다. 양도일 현재 관리처분계획이 인가되었다는 사실 때문에 ‘상속주택 특례’의 적용이 배제된다면, 청구인이 다른 주택을 추가 취득하는 등 특별한 귀책사유가 없음에도 불구하고 상속개시일 기준으로 비과세 요건이 충족되었다가 불과 3개월 만에 반대로 비과세 적용대상에서 배제되는 불합리한 결과가 초래된다. 청구인이 투기목적으로 조합원입주권을 새로 취득한 것이 아니라 단순히 기존 주택이 조합원입주권으로 전환된 것에 불과하고, 상속개시일을 기준으로 쟁점주택과 상속주택이 상속주택 특례의 요건을 충족하였으며, 쟁점주택을 상속주택보다 먼저 양도하였는바, 쟁점조합원입주권의 양도를 주택의 양도로 보아 상속주택 특례를 적용하여야 한다.

  (다) 기획재정부도 위와 같은 취지로 ‘혼인으로 일시적으로 2주택자’가 된 후 그 중 1주택이 조합원입주권으로 전환이 되었고 혼인한 날로부터 5년 이내에 해당 조합원입주권을 먼저 양도한 경우에는 주택을 양도한 것으로 보고 1세대 1주택 비과세가 가능하다고 해석(재산세제과-1410, 2009.9.10.)하였고, 국세청도 같은 취지의 해석(서면-2015-부동산-1200, 2015.8.27.)을 생산하여 현재까지 유지하고 있다. 처분청은 위 유권해석과 이 건 일시적 2주택 사유가 다르다는 이유로 청구주장을 배척하고 있는데, ‘혼인’과 ‘상속’은 「소득세법 시행령」 제155조 제2항과 제5항에서 정한 일시적 2주택 사유에 해당하고, 쟁점주택이 해당 조항에서 정한 비과세 요건을 충족하였음에도 “일시적 2주택 사유가 다르므로 위 해석을 적용할 수 없다”는 처분청의 의견은 위 해석의 질의 요지와 회신 취지를 오해한 것이다. 청구인이 제시한 유권해석의 질의 요지는 일시적 2주택 사유가 발생한 후 관리처분계획이 인가되어 전환된 조합원입주권을 양도할 경우 주택으로 보아 비과세 적용이 가능한지 여부이고, 국세청에는 일시적 2주택 사유 발생 당시 주택이었고, 비과세 요건을 충족한 상태에서 전환된 점을 고려하여 비과세가 가능하다고 회신한 것이다.

  (라) 또한, 이 건과 같이 상속주택이 조합원입주권으로 전환된 사례에서도 국세청은 일반주택과 상속주택을 각각 1개씩 소유하고 있는 1세대가 관리처분계획의 인가로 상속주택이 조합원입주권으로 전환되었더라도, 이는 조합원입주권의 새로운 취득이 아니라 전환이므로 주택으로 보아 상속주택 특례 규정을 적용할 수 있다고 해석하고 있고(사전-2015-법령해석재산-439, 2016.5.4., 서면-2019-부동산-715, 2019.9.6.), 기획재정부도 일시적 2주택자의 신규주택이 조합원입주권으로 전환된 상태에서 종전 주택을 양도한 경우에는 ‘조합원입주권 취득자의 비과세 특례조항’인 「소득세법 시행령」 제156조의2 제4항이 적용되지 않는다고 해석한바 있는데(재산세제과-858, 2022.8.1.), 이는 전환된 조합원입주권 보유자에 대한 비과세 여부는 전환된 조합원입주권을 주택으로 보고 「소득세법」 제155조 제1항에 따라 일시적 2주택 특례를 적용해야 한다는 의미로 국세청과 동일한 입장을 취하고 있다.

  (마) 위 유권해석을 종합하면, 기획재정부와 국세청은 기존 주택이 조합원입주권으로 전환된 경우와 조합원입주권을 신규 취득한 경우를 엄격하게 구분하여 비과세 특례를 적용하고 있고 있고, 기존 주택이 조합원입주권으로 전환된 경우에는 「소득세법 시행령」 제155조를 적용하고 조합원입주권을 신규 취득한 경우에는 「소득세법 시행령」 제156조의2 제4항을 적용하는 것이라고 일관되게 해석하고 있다.

  (바) 위와 같이 청구인은 ① 상속개시일 이후 주택 또는 조합원입주권의 신규 취득이 없었던 점, ② 쟁점주택과 상속주택 모두 상속개시일 현재 주택에 해당하고 「소득세법 시행령」 제155조 제2항에서 정한 요건을 충족한 상태에서 조합원입주권으로 전환된 점, ③ 관리처분계획이 인가된 후에도 5년이 넘도록 쟁점주택을 계속하여 주택으로 사용하다가 양도한 점 등을 종합하면, 비록 쟁점주택이 조합원입주권으로 전환되었더라고 하더라도 이는 조합원입주권을 신규취득한 것이 아니므로 주택의 양도로 보아 상속주택 특례를 적용하는 것이 그동안의 과세실무에 부합한다.

 (2) 투기 목적으로 조합원입주권을 신규취득한 것이 아니라 장기간 보유한 주택이 조합원입주권으로 전환된 것임에도, 장기보유특별공제를 배제하는 것 외에 비과세 특례 규정의 적용까지 배제하는 것은 과잉금지원칙 위반이다.

  (가) 2006.1.1. 이후 「소득세법」에서는 관리처분계획이 인가된 재건축예정 주택을 취득하는 경우 조합원입주권으로 보고 주택수 계산에 포함하여 1세대 1주택 비과세 여부를 판단하고 있는데, 이는 다주택자의 재개발·재건축아파트에 대한 투기적 수요를 억제하여 부동산시장을 안정시키고 과세형평을 제고하기 위함이나, 청구인은 쟁점주택을 15년 이상 보유하다가 상속을 원인으로 주택을 추가 취득하여 1세대 2주택자가 된 것으로, 조합원입주권의 보유과정 전반을 살펴보면 시세차익을 노린 투기적 수요는 전혀 없었음에도 처분청의 의견대로 조합원입주권의 양도로 보아 양도소득금액을 계산하고 비과세 규정을 적용한다면, 관리처분계획이 인가된 후에도 5년이 넘도록 주택으로 사용하다가 쟁점주택을 양도하였음에도 양도자산의 종류가 조합원입주권이라는 점 때문에 아래 <표2>와 같이 과세상 불이익이 발생하게 된다.

<표2> 양도자산 종류에 따른 과세문제 비교

  (나) 국가재정 수요의 충당에서 나아가 부동산 가격 안정 등의 적극적인 목적을 추구하는 유도적·형성적 기능을 기진 정책적 조세법규에서는 당해 조세가 추구하는 특별한 조세 정책 목적과의 관계에서 그 수단인 조세의 부과가 정책 목적 달성에 적합하고 필요한 한도 내에 그쳐야 할 뿐 아니라, 그 정책 목적에 의하여 보호하고자 하는 공익과 침해되는 사익 사이에도 비례관계를 유지하여 과잉금지의 원칙에 어긋나지 않도록 하여야 하는바, 이 건의 경우 양도자산이 「소득세법」 제88조 제7호의 ‘주택’에 해당하는지, 제9호의 ‘조합원입주권’에 해당하는지에 따라 과세대상 양도차익과 장기보유특별공제 계산이 아래 <표3>과 같이 달라진다.

<표3> 양도자산 종류에 따른 양도소득세 계산방법 비교

(단위 : 원)

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  (다) 이 건의 경우, 상속주택 취득 후 청구인의 보유 주택수에 아무런 변화가 없었고, 양도일 현재 외관상 주택이 존재하고 실제 주거용으로 사용하다가 양도하였음에도 불구하고 단순히 관리처분계획이 인가되었다는 사실만으로 쟁점주택을 조합원입주권으로 보고 과세한다면 쟁점주택이 상속개시일로부터 불과 3개월만에 비과세대상에서 과세대상으로 변경되고, 장기보유특별공제가 양도차익 전체가 아닌 관리처분계획인가 전 양도차익으로 제한됨에 따라 주택의 양도와 비교하여 양도소득세를 무려 OOO을 추가로 부담하게 되는데, 이는 헌법상 과잉금지원칙에 위반된다.

  (라) 과연 재건축조합이 설립되기 훨씬 전부터 주택을 보유하다가 상속이라는 부득이한 사정으로 인하여 일시적 2주택이 된 상태에서 관리처분계획이 인가된 후 양도한 경우에도 조합원입주권의 양도로 보아 규제하는 것이 투기 수요의 억제라는 입법목적을 달성하기 위한 적합한 수단인지 의심스러운 반면, 당초 신고내용대로 쟁점주택에 비과세 특례를 적용하더라도 「소득세법」 제95조 제2항에 따라 양도차익 중 일부에 대하여만 장기보유특별공제가 적용되어 주택의 양도에 비하여 양도소득세 부담이 약 OOO원정도 가중되게 되므로 이러한 효과만으로도 조합원입주권 규정이 추구하는 공익상 목적은 충분히 달성되었다고 보이므로, 청구인의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 취소되어야 한다.

 (3) 처분청 의견에 대한 청구인의 항변내용은 아래와 같다.

  (가) 처분청이 제시한 유권해석(국세청 서면-2022-법규재산-4203, 2023.7.26.)은 일반주택과 상속주택을 보유하다가 질의인의 “1+1 분양신청”에 의하여 상속주택이 2개의 조합원입주권으로 전환된 경우인 반면, 이 건은 동일단지에 있는 일반주택과 상속주택이 각각 1개의 입주권으로 전환됨에 따라 2개의 입주권을 보유하게 된 것으로 사실관계가 다르므로 청구주장을 배척하는 근거가 될 수 없다.

  (나) 「소득세법 시행령」 제155조 제2항에서는 일반주택의 요건으로 “상속개시 당시 보유한 주택”으로 규정하고 있으므로 상속개시 당시 주택에 해당하는지 여부로 비과세 요건을 판단하여야 한다.

   1) 「소득세법 시행령」 제155조 제2항의 본문 괄호에서는 비과세 대상이 되는 일반주택을 “상속개시 당시 보유한 주택”이라고 정의하고 있고, 해당 일반주택을 먼저 양도하는 경우에는 국내에 1개의 주택을 보유하고 있는 것으로 보아 제154조 제1항을 적용하라고 규정하고 있는데, 해당 조항은 ‘상속개시 당시 보유한 주택을 일반주택이라 한다’라고 규정하면서 ‘상속개시일로부터 소급하여 2년 이내에 피상속인으로부터 증여받은 주택은 제외한다’라고 규정하고 있을 뿐, 양도시점에 “일반주택”이 관리처분계획이 인가된 경우에는 “일반주택”에서 제외하는 것으로 규정하고 있지 아니하다.

   2) 법문을 엄격해석할 경우, 동 조항에서 비과세가 적용되는 일반주택의 요건은 ① 상속개시 당시 보유 여부와 ② 상속주택보다 먼저 양도 여부로만 판단하여야 하는데, 쟁점주택은 상속개시 당시에는 관리처분계획이 인가되기 전으로서 조합원입주권이 아닌 주택에 해당하고, 상속개시일로부터 소급하여 2년 이내에 피상속인으로부터 증여받은 주택에도 해당하지 아니하므로, 쟁점주택이 상속개시 당시를 기준으로 상속개시 당시 보유한 “일반주택”에 해당하는 이상 쟁점주택을 상속주택보다 먼저 양도하였다면 양도시점에 관리처분계획인가 여부와 상관없이 “일반주택”을 양도한 것으로 보아 비과세 규정을 적용하는 것이 조세법률주의에 부합한 해석이다.

나. 처분청 의견

 (1) 조세법률주의와 조세공평의 이념에서 비롯된 엄격해석의 원칙은 과세요건에 해당하는 경우에는 물론 비과세 및 조세감면요건에 해당하는 경우에도 적용되므로, 납세자에게 유리하다고 하여 비과세요건이나 조세감면요건을 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 않는 것인바(대법원 2007.7.12. 선고 2005두15021 판결 참조), 아래 <표4>와 같이 상속주택 1세대 1주택 비과세 특례 관련 개정연혁을 살펴보면, 2003.1.1. 이후부터 일반주택이라는 용어가 해당 조항에 최초로 규정되어 상속주택을 먼저 양도하는 경우에는 비과세에서 과세로 전환되고, 일반주택을 먼저 양도 시 일반주택만으로 비과세 여부를 판단하는 것으로 개정되었고, 2013.2.15. 이후부터 상속개시 당시 보유하고 있는 일반주택에 대해서만 비과세 특례를 적용하는 것으로 개정되었으며, 2014.2.21. 이후부터는 일반주택과 조합원입주권 간 과세형평을 고려하여 상속개시 당시 보유한 조합원입주권에 의하여 사업시행 완료 후 취득한 신축주택도 일반주택에 포함하는 것으로 개정되는 등 일반주택의 범위가 정해져 현재에 이르고 있는바, 상속주택 1세대 1주택 비과세 특례와 관련된 일반주택의 의미와 범위는 2003.1.1. 이후부터 해당 조항에 최초로 규정된 이후 현행 법령까지 장기간 계속하여 법문상 명확히 규정되어 적용․해석되고 있다.

<표4> 상속주택 1세대 1주택 비과세 특례 관련 개정연혁(요약)

 (2) 「소득세법」 제88조에서 주택(제7호), 조합원입주권(제9호)을 명확히 구분하여 양도소득의 범위를 정하고 있는 한편, 「소득세법 시행령」 제155조 제2항은 「소득세법」 제89조 제1항 제3호 나목, 즉 ‘주택에 대한 1세대 1주택 비과세’ 요건에 대한 특례규정이고, 조합원입주권 비과세와 관련한 특례규정은 별도로 그 요건 등을 정하고 있으며, 「소득세법 시행령」 제155조 제2항 규정 본문 중 상속받은 주택과 그 밖의 주택(상속개시 당시 보유한 주택 및 또는 상속 개시 당시 보유한 조합원입주권이나 분양권에 의하여 사업시행 완료 후 취득한 신축주택만 해당하며 … 이하 이 항에서 “일반주택”이라 한다)을 국내에 각각 1개씩 소유하고 있는 1세대가 일반주택을 양도하는 경우에 1세대 1주택 비과세가 적용되는 것으로 규정되어 있는바, 관련 법령을 법문대로 해석하면, 이 건의 경우 일반주택을 양도하거나 사업시행 완료 후 취득한 신축주택을 양도한 경우가 아닌 전환된 조합원입주권 2개를 보유한 상태에서 쟁점조합원입주권을 양도한 경우에 해당하여 상속주택 비과세 특례를 적용할 수 없다(국세청 서면-2022-법규재산-4203, 2023.7.26.).

 (3) 청구인은 투기목적으로 조합원입주권을 신규취득한 것이 아니라 장기간 보유한 주택이 조합원입주권으로 전환된 것인데 장기보유특별공제를 배제하는 것 외에 비과세 특례 규정의 적용까지 배제하는 것은 과잉금지원칙 위반이라고 주장하나, 이 건은 쟁점조합원입주권을 양도한 경우에 해당되고, 「소득세법」 제95조 제2항에서 조합원입주권을 양도하는 경우 관리처분인가 전 토지분 또는 건물분의 양도차익에 대해서만 장기보유특별공제를 적용한다고 규정되어 있으므로 관련 청구주장은 타당성이 없다.

 (4) 아래 <표5>와 같이 청구인이 이의신청 및 이 건 심판청구 시 제시한 유권해석은 조세법률주의 및 세법 해석의 기준에 위배되므로 배척되어야 한다.

<표5> 청구인이 제시한 유권해석 및 배척사유

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

  쟁점조합원입주권 양도에 대해 1세대 1주택 비과세 특례를 적용할 수 있는지 여부

나. 관련 법령

 (1) 소득세법

제88조 [정의] 이 장에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

7. “주택”이란 허가 여부나 공부(公簿)상의 용도구분과 관계없이 사실상 주거용으로 사용하는 건물을 말한다. 이 경우 그 용도가 분명하지 아니하면 공부상의 용도에 따른다.

9. “조합원입주권”이란 「도시 및 주거환경정비법」 제74조에 따른 관리처분계획의 인가 및 「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」 제29조에 따른 사업시행계획인가로 인하여 취득한 입주자로 선정된 지위를 말한다. 이 경우 「도시 및 주거환경정비법」에 따른 재건축사업 또는 재개발사업, 「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」에 따른 자율주택정비사업, 가로주택정비사업, 소규모재건축사업 또는 소규모재개발사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원(같은 법 제22조에 따라 주민합의체를 구성하는 경우에는 같은 법 제2조 제6호의 토지등소유자를 말한다)으로서 취득한 것(그 조합원으로부터 취득한 것을 포함한다)으로 한정하며, 이에 딸린 토지를 포함한다.

제89조 [비과세 양도소득] ① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 "양도소득세"라 한다)를 과세하지 아니한다.

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(주택 및 이에 딸린 토지의 양도 당시 실지거래가액의 합계액이 12억원을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 "주택부수토지"라 한다)의 양도로 발생하는 소득

  가. 1세대가 1주택을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 주택

  나. 1세대가 1주택을 양도하기 전에 다른 주택을 대체취득하거나 상속, 동거봉양, 혼인 등으로 인하여 2주택 이상을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 주택

4. 조합원입주권을 1개 보유한 1세대[「도시 및 주거환경정비법」 제74조에 따른 관리처분계획의 인가일 및 「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」 제29조에 따른 사업시행계획인가일(인가일 전에 기존주택이 철거되는 때에는 기존주택의 철거일) 현재 제3호 가목에 해당하는 기존주택을 소유하는 세대]가 다음 각 목의 어느 하나의 요건을 충족하여 양도하는 경우 해당 조합원입주권을 양도하여 발생하는 소득. 다만, 해당 조합원입주권의 양도 당시 실지거래가액이 12억원을 초과하는 경우에는 양도소득세를 과세한다.

  가. 양도일 현재 다른 주택 또는 분양권을 보유하지 아니할 것

  나. 양도일 현재 1조합원입주권 외에 1주택을 보유한 경우(분양권을 보유하지 아니하는 경우로 한정한다)로서 해당 1주택을 취득한 날부터 3년 이내에 해당 조합원입주권을 양도할 것(3년 이내에 양도하지 못하는 경우로서 대통령령으로 정하는 사유에 해당하는 경우를 포함한다)

제94조 [양도소득의 범위] ① 양도소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.

1. 토지[「공간정보의 구축 및 관리 등에 관한 법률」에 따라 지적공부(地籍公簿)에 등록하여야 할 지목에 해당하는 것을 말한다] 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)의 양도로 발생하는 소득

2. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 부동산에 관한 권리의 양도로 발생하는 소득

  가. 부동산을 취득할 수 있는 권리(건물이 완성되는 때에 그 건물과 이에 딸린 토지를 취득할 수 있는 권리를 포함한다)

 (2) 소득세법 시행령

제154조 [1세대 1주택의 범위] ① 법 제89조 제1항 제3호 가목에서 “대통령령으로 정하는 요건”이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항 제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우는 3년) 이상인 것[취득 당시에 「주택법」 제63조의2 제1항 제1호에 따른 조정대상지역(이하 “조정대상지역”이라 한다)에 있는 주택의 경우에는 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항 제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우에는 3년) 이상이고 그 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것]을 말한다. 다만, 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 제1호부터 제3호까지의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 보유기간 및 거주기간의 제한을 받지 않으며 제5호에 해당하는 경우에는 거주기간의 제한을 받지 않는다.

제155조 [1세대 1주택의 특례] ② 상속받은 주택[조합원입주권 또는 분양권을 상속받아 사업시행 완료 후 취득한 신축주택을 포함하며, 피상속인이 상속개시 당시 2 이상의 주택{상속받은 1주택이 「도시 및 주거환경정비법」에 따른 재개발사업(이하 “재개발사업”이라 한다), 재건축사업(이하 “재건축사업”이라 한다) 또는 「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」에 따른 소규모재건축사업, 소규모재개발사업, 가로주택정비사업, 자율주택정비사업(이하 “소규모재건축사업등”이라 한다)의 시행으로 2 이상의 주택이 된 경우를 포함한다}을 소유한 경우에는 다음 각 호의 순위에 따른 1주택을 말한다]과 그 밖의 주택(상속개시 당시 보유한 주택 또는 상속개시 당시 보유한 조합원입주권이나 분양권에 의하여 사업시행 완료 후 취득한 신축주택만 해당하며, 상속개시일부터 소급하여 2년 이내에 피상속인으로부터 증여받은 주택 또는 증여받은 조합원입주권이나 분양권에 의하여 사업시행 완료 후 취득한 신축주택은 제외한다. 이하 이 항에서 “일반주택”이라 한다)을 국내에 각각 1개씩 소유하고 있는 1세대가 일반주택을 양도하는 경우에는 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보아 제154조 제1항을 적용한다. < 이하 단서 및 각 호 생략 >

⑤ 1주택을 보유하는 자가 1주택을 보유하는 자와 혼인함으로써 1세대가 2주택을 보유하게 되는 경우 또는 1주택을 보유하고 있는 60세 이상의 직계존속을 동거봉양하는 무주택자가 1주택을 보유하는 자와 혼인함으로써 1세대가 2주택을 보유하게 되는 경우 각각 혼인한 날부터 5년 이내에 먼저 양도하는 주택은 이를 1세대 1주택으로 보아 제154조 제1항을 적용한다.

제156조의2 [주택과 조합원입주권을 소유한 경우 1세대 1주택의 특례] ④ 국내에 1주택을 소유한 1세대가 그 주택(이하 이 항에서 “종전주택”이라 한다)을 양도하기 전에 조합원입주권을 취득함으로써 일시적으로 1주택과 1조합원입주권을 소유하게 된 경우 종전주택을 취득한 날부터 1년이 지난 후에 조합원입주권을 취득하고 그 조합원입주권을 취득한 날부터 3년이 지나 종전주택을 양도하는 경우로서 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 때에는 이를 1세대 1주택으로 보아 제154조 제1항을 적용한다. 이 경우 제154조 제1항 제1호, 같은 항 제2호 가목 및 같은 항 제3호에 해당하는 경우에는 종전주택을 취득한 날부터 1년이 지난 후 조합원입주권을 취득하는 요건을 적용하지 않는다.

1. 재개발사업, 재건축사업 또는 소규모재건축사업등의 관리처분계획등에 따라 취득하는 주택이 완성된 후 3년 이내에 그 주택으로 세대전원이 이사(기획재정부령이 정하는 취학, 근무상의 형편, 질병의 요양 그 밖의 부득이한 사유로 세대의 구성원 중 일부가 이사하지 못하는 경우를 포함한다)하여 1년 이상 계속하여 거주할 것

2. 재개발사업, 재건축사업 또는 소규모재건축사업등의 관리처분계획등에 따라 취득하는 주택이 완성되기 전 또는 완성된 후 3년 이내에 종전의 주택을 양도할 것

다. 사실관계 및 판단

  (1) 청구인은 쟁점주택과 상속주택은 관리처분계획인가 이후에도 5년이 넘도록 이주 및 철거가 이루어지지 아니하여 양도일 현재에도 사실상 주거용으로 사용되고 있었다고 설명하면서, 아래 <표6>과 같은 내용과 함께 이주계획안내문, 관리비명세서, 월세계약서 및 주민등록표초본 등을 증빙자료로 각각 제출하였다.

<표6> 쟁점주택과 상속주택의 양도일 현재 실제 용도

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 (2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 쟁점조합원입주권의 양도에 대하여 「소득세법 시행령」제155조 제2항에 따라 같은 영 제154조 제1항을 적용하여야 한다고 주장하나, 조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다 할 것(대법원 2009.8.20. 선고 2008두11372 판결, 같은 뜻임)인 점, 그런데 「소득세법」 제89조 제1항은 1세대 1주택에 대한 비과세 특례(제3호)와 1세대 1조합원입주권에 대한 비과세 특례(제4호)의 내용을 구분하여 별도로 규정하고 있고, 「소득세법 시행령」제154조 제1항은 같은 법 제89조 제1항 제3호 가목으로부터 위임을 받아 규정된 것이어서 1세대 1주택에 관한 비과세 특례규정일 뿐, 입주권 비과세와 관련한 특례규정은 아니라고 할 것(조심 2019서465, 2019.10.11. 조세심판관합동회의 등, 같은 뜻임)인 점, 「소득세법 시행령」 제155조 제2항도 조문 제목이 “1세대 1주택의 특례”로서 같은 영 제154조 제1항을 적용하는 경우를 규정하고 있을 뿐만 아니라, 해당 규정상 일반주택의 범위에 상속개시 당시 보유한 주택이 조합원입주권으로 전환된 경우는 포함되지 않고, 쟁점조합원입주권은 사업시행 완료 이후 취득한 신축주택에도 해당하지 않는바, 결국 쟁점조합원입주권의 양도에 대하여 해당 규정을 적용하기는 어려운 점, 한편 청구인은 쟁점조합원입주권이라는 자산이 양도 당시까지 사실상 주택으로 사용되고 있었으므로 쟁점조합원입주권의 양도를 주택의 양도로 보아야 한다고도 주장하나, 「소득세법」 제88조는 「도시 및 주거환경정비법」 제74조에 다른 관리처분계획의 인가로 인하여 취득한 입주자로 선정된 지위를 조합원입주권으로 정의하여 이를 주택과 구분되는 별개의 자산으로 규정하고 있는바 사실상의 기능에 따라 그 적용을 달리하기는 어려워 보이는 점 등에 비추어, 위 청구주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다.

4. 결론

  이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.