주 문

이 건 심사청구는 기각 결정합니다.

이 유

1.처분개요

가.청구인은 2009.11.2.부터 A 744-7 에서 ‘B’이라는 상호로 합판 도ㆍ소매업을 영위해온 개인사업자로, 2023.3.2. 청구외 ㈜C에 A744-1 외 7필지의 토지(6,435㎡) 및 건물(2,839.83㎡, 이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 7,500,000,000원에 매매하는 계약(중간지급조건부)을 체결하고, 2023.9.15. 쟁점 부동산을 양도 후 양도소득세를 신고하였으며, 건물가액에 대해서는 공급 시기에 따라 2023년 제1기 및 제2기 부가가치세를 별도 신고하였다.

나.처분청은 청구인이 쟁점부동산 양도와 관련하여 2024.4.29. 신고한 2023년 과세연도 양도소득세 수정신고에 따라 증액된 건물분 공급가액 235,000,000원에 대하여 2024.7.15. 청구인에게 2023년 제2기 부가가치세 26,982,230원을 과세예고통지하였으나, 2024.8.1. 쟁점부동산 양도가액의 안분 계산 착오를 이유로 통지를 취소하였다.

다.이후 처분청은 쟁점부동산의 계약서상 건물가액이 ｢부가가치세법 시행령｣ 제64조에 따라 안분계산한 금액과 100분의 30 이상 차이가 있어 건물가액을 기준시가로 안분계산하여 2025.4.28. 청구인에게 부가가치세 306,686,570원을 과세예고하였다.

라.청구인은 2025.6.4. 쟁점부동산에 대한 감정평가를 의뢰하여 실시하고, 2025.6.18. 2023년 제1기 및 제2기 부가가치세를 수정신고 하였으나, 처분청은 감정평가가액으로 쟁점부동산의 토지 및 건물가액을 안분한 것을 불인정하고, 건물분 공급가액을 기준시가로 안분계산하여 2025.7.1. 청구인에게 2023년 제2기분 부가가치세 260,850,350원을 고지하였다.

마. 청구인은 이에 불복하여 2025.7.28. 이의신청을 제기하였으나 기각 결정되었고, 이후 2025.11.10. 이 건 심사청구를 제기하였다.

2.청구주장

가.기준시가 안분액과 감정가액 안분액의 비교

｢부가가치세법｣ 제24조에 의하면 실거래가액과 기준시가의 안분액이 30% 이상 차이가 나면 기준시가 안분액으로 과세하도록 규정하고 있으나,

건물 기준시가 안분액이 감정가액 안분액의 197.9%, 금액으로는 1,991,381,484원의 과대평가를 보이므로 국세 부과의 원칙에 해당하는 ｢국세기본법｣ 제14조제2항 재산의 실질가치를 반영하여 과세하여야 한다는 규정에 명백히 위배되므로 기준시가 안분액을 적용하여 과세하는 것은 불합리하다고 판단된다.

나.소급 감정가액의 문제

감정 기준시점을 2023.1.2.로 하여 2025.6.10. 감정을 한 금액은 ｢부가 가치세법｣ 제64조제1항제1호에서 중간지급조건부 거래의 경우 최초의 공급 시기(2023.3.2.)가 속하는 과세기간의 직전 과세기간 개시일(2022.7.1.)부터 공급시기가 속하는 과세기간의 종료일(2023.6.30.)까지 감정한 감정평가액을 시가로 한다고 감정평가 기간을 규정한 것에는 적합하지는 않으나,

2023.1.2. 건물의 실질 가치를 반영한 금액으로는 합당하다고 보이므로 (감정평가사의 견해) 기준시가 안분액이 많은 문제를 가진 경우의 차선책은 될 수 있다고 판단되어 ｢국세기본법｣의 적용과 ｢부가가치세법｣의 적용이 상충 하는 경우에 해당되므로 차선책으로 감정가액 안분액으로 부가가치세를 수정 신고하여 납부한 사실은 ｢국세기본법｣ 제18조제1항 세법을 해석ㆍ적용할 때에는 과세의 형평과 해당 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당하게 침해되지 아니하도록 하여야 한다는 규정에 합당하다고 할 수 있을 것이다.

다. 결론

위와 같은 사정을 고려하여 ｢국세기본법｣상의 실질 가치를 반영하지 못하는 기준시가 안분액으로 부가가치세를 고지한 용인세무서의 처분은 ｢부가가치세법｣의 적용에는 충실하였으나 국세부과의 원칙인 ｢국세기본법｣의 자산의 실질가치를 반영한 과세라고 볼 수 없고, 세법 적용의 원칙인 세법 해석의 기준 및 소급과세를 금지하여 납세자의 재산권이 부당하게 침해되지 않도록 하라는 ｢국세기본법｣을 충실하게 반영하였다고는 볼 수 없으며,

국세청 과세전적부심사청구(2019-114, 2020.5.27.) 결정에서 소급감정 평가한 가액을 시가로 인정한 사례도 있으므로 가치모순을 발생시키는 기준 시가 안분액의 과세가 납세자의 재산권을 부당하게 침해하므로 고지한 부가 가치세 260,850,350원의 결정을 취소하여 주기 바란다.

3.처분청 의견

가.쟁점부동산 건물가액 안분 시 기준시가를 적용하는 것은 타당하다.

1)｢부가가치세법｣ 제29조제9항 각 호 외의 부분 단서 및 같은 항 제2호 에서는 사업자가 실거래가액으로 구분한 토지와 건물 또는 구축물 등의 가액이 같은 법 시행령 제64조에 따라 안분 계산한 금액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우에는 같은 법 시행령 제64조에서 정하는 바에 따라 안분 계산한 금액을 공급가액으로 한다고 규정하고 있다.

2)청구인이 구분한 쟁점부동산의 토지와 건물의 가액은 위 법령에 따라 기준시가에 의하여 안분 계산한 금액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우에 해당하므로, 위 규정에 따라 안분계산한 쟁점 건물의 금액을 공급 가액으로 하여 부가가치세를 과세한 처분은 법령에 따른 적법한 처분이다.

나. 쟁점부동산의 소급 감정평가에 따라 안분계산한 건물가액은 인정할 수 없다.

1) ｢부가가치세법｣ 제29조 및 같은 법 시행령 제64조의 규정을 요약하면, 토지ㆍ건물을 함께 공급하면서 가액 구분이 불분명한 경우에는 ｢소득세법｣ 제99조에 따라 기준시가로 안분 계산하거나, 공급일이 속하는 과세기간의 직전 과세기간 개시일부터 공급일이 속하는 과세기간 종료일까지 감정 평가가액이 있는 경우 그 가액으로 안분한다는 것이며, 이러한 강행규정을 둔 취지는 납세자가 그 가액을 임의로 평가하여 세액 산출하는 것을 사전에 방지함으로써 법령에 따라 과세표준과 세액 산정을 공평하게 적용하여 조세법률주의와 조세평등을 구현하기 위한 것이다.

2)｢부가가치세법 시행령｣ 제64조제1항제1호는 안분계산 시 인정되는 감정평가가액을 공급시기(중간지급조건부 또는 장기할부판매의 경우는 최초 공급시기)가 속하는 과세기간의 직전 과세기간 개시일부터 공급시기가 속하는 과세기간의 종료일까지 평가한 가액으로 규정한바, 쟁점부동산은 매매계약서상 중간지급조건부 계약으로 최초 공급시기(2023.3.2.)가 공급 시기이므로 감정평가가액 적용이 가능한 기간은 2022.7.1.부터 2023.6.30. 까지에 해당하나,

청구인이 양도소득세 수정신고 시 제출한 감정평가자료는 2023.12.1. 기준일로 하여 2024.4.5. 작성된 것으로 감정평가액 인정범위를 벗어났을 뿐 아니라 소급 감정평가를 받은 경우로 적정한 감정평가 방법에 따른 가액 으로 보기 어렵고,

부가가치세 수정신고 시 제출한 감정평가자료 역시 2023.1.2. 기준일로 하여 2025.6.10.작성된 소급감정평가액으로 위 법령상 인정되는 감정평가 가액이 아니므로, 기준시가로 안분계산한 가액을 공급가액으로 하여 청구인 에게 부가가치세를 부과한 이 건 처분은 정당하다.

4. 심리 및 판단

가. 쟁점

   청구인이 쟁점부동산을 소급 감정평가하여 안분계산한 건물가액을 인정해야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련법령

1)부가가치세법 제29조【과세표준】(2023.12.31. 법률 제19931호로 개정 되기 전의 것)

⑨사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 또는 구축물 등을 함께 공급하는 경우에는 건물 또는 구축물 등의 실지거래가액을 공급가액으로 한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산한 금액을 공급가액으로 한다.

1.실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 또는 구축물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우

2.사업자가 실지거래가액으로 구분한 토지와 건물 또는 구축물 등의 가액이 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산한 금액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우. 다만, 다른 법령에서 정하는 바에 따라 가액을 구분한 경우 등 대통령령으로 정하는 사유에 해당하는 경우는 제외한다.

2)부가가치세법 시행령 제64조【토지와 건물 등을 함께 공급하는 경우 건물 등의 공급가액 계산】(2024.5.17. 대통령령 제34488호로 개정 되기 전의 것)

①법 제29조제9항 각 호 외의 부분 단서 및 같은 항 제2호 본문에 따른 안분계산한 금액은 다음 각 호의 구분에 따라 계산한 금액으로 한다.

1.토지와 건물 또는 구축물 등(이하 이 조에서 "건물등"이라 한다)에 대한 ｢소득세법｣ 제99조에 따른 기준시가(이하 이 조에서 "기준시가"라 한다)가 모두 있는 경우: 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분(按分) 계산한 금액. 다만, 감정평가가액 [제28조에 따른 공급시기(중간지급조건부 또는 장기할부판매의 경우는 최초 공급 시기)가 속하는 과세기간의 직전 과세기간 개시일부터 공급 시기가 속하는 과세기간의 종료일까지 ｢감정평가 및 감정평가사에 관한 법률｣에 따른 감정평가법인등이 평가한 감정평가가액을 말한다. 이하 이 조에서 같다]이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분 계산한 금액으로 한다.

2-1)부가가치세법 시행규칙 제18조【중간지급조건부 재화의 공급】

영 제28조제3항제3호에서 "기획재정부령으로 정하는 중간지급조건부로 재화를 공급하는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1.계약금을 받기로 한 날의 다음 날부터 재화를 인도하는 날 또는 재화를 이용가능하게 하는 날까지의 기간이 6개월 이상인 경우로서 그 기간 이내에 계약금 외의 대가를 분할하여 받는 경우

3) 소득세법 제99조【기준시가의 산정】(2023.12.31. 법률 제19933호로 개정되기 전의 것)

① 제100조 및 제114조제7항에 따른 기준시가는 다음 각 호에서 정하는 바에 따른다.

1.제94조제1항제1호에 따른 토지 또는 건물

가. 토지

　　｢부동산 가격공시에 관한 법률｣에 따른 개별공시지가(이하 "개별공시 지가"라 한다). 다만, 개별공시지가가 없는 토지의 가액은 납세지 관할 세무서장이 인근 유사토지의 개별공시지가를 고려하여 대통령령 으로 정하는 방법에 따라 평가한 금액으로 하고, 지가(地價)가 급등 하는 지역으로서 대통령령으로 정하는 지역의 경우에는 배율방법에 따라 평가한 가액으로 한다.

나. 건물

건물(다목 및 라목에 해당하는 건물은 제외한다)의 신축가격, 구조, 용도, 위치, 신축연도 등을 고려하여 매년 1회 이상 국세청장이 산정 ㆍ고시하는 가액

4) 감정평가에 관한 규칙 제2조【정의】

2."기준시점"이란 대상물건의 감정평가액을 결정하는 기준이 되는 날짜를 말한다.

다. 사실관계

1)청구인의 쟁점부동산 관련 제세 신고 및 처분청의 처분 내역과 관련 하여 일자별 진행 경과를 요약하면 다음과 같다.

2)청구인은 감정평가에 따라 아래와 같이 건물 및 토지를 안분계산하여 부가가치세 수정신고를 하였다.

* 증가된 과세표준 2,033,250,000 – 1,700,000,000 = 333,250,000

3)청구인이 쟁점부동산을 2023.9월 양도 후 기준일을 2023.1월로 하여 2025.6월에 감정평가를 의뢰하였는데, 청구인이 제출한 감정평가는 ｢부가가치세법 시행령｣ 제64조제1항에서 규정하는 감정평가가 인정되는 기간을 지나 평가가 이루어졌다는 사실에 대해서는 양측의 이견이 없다.

4)국세청 전산자료로 확인되는 청구인에 대한 2023년 제1기 및 제2기 부가가치세 결정(건물가액 4,024백만원) 내용은 다음과 같다.

5)처분청이 쟁점부동산의 토지ㆍ건물 안분계산한 내역 및 계산 근거, 부과 처분 시 검토한 내용은 다음과 같다.

6)청구인이 2023.11월 양도소득세 신고 시 제출한 쟁점부동산의 매매 계약서(계약금 지급일 2023.3.2., 잔금 지급일 2023.9.15.)와 2025.6월 쟁점 부동산을 감정평가(기준일:2023.1월)하여 부가가치세 신고 시 제출하였고, 쟁점 부동산과 관련하여 2023.8.29.과 2024.4.5.자로 감정평가한 내역도 확인된다.

* 2023.8.29. 작성 평가서에는 쟁점부동산외 744-6(전)이 포함되어 있어 해당 가액 제외

* 공시지가 대비 토지가액 : 처분청 안분 가액 245%(16쪽), 감정평가액 안분 가액 361.8%(17쪽)

7)포털사이트 로드뷰로 확인되는 쟁점부동산 2023년도 전경은 아래와 같고, 인근에 용인첨단시스템 반도체클러스터 국가산업단지, 서탄제2일반 산업단지, 평택브레인시티 일반산업단지, H테크로밸리 일반산업단지가 위치해 있고, 경부선 남사진위TG에서 차량으로 5분, 지하철 1호선 진위역과 4.6㎞ (직선거리) 떨어져 있는 곳이며, 보전관리지역으로 지정된 곳이며, 쟁점 부동산은 ‘국가첨단 산업단지 및 그 인근’ 지역에 포함되어 2023.6.28.부터 2026.3.19.까지 토지거래허가구역으로 지정된 상태이다.

    * 보전관리지역 : 자연환경 및 생태계 보전을 위해 보전이 필요하나 자연환경보전지역으로 지정하기에는 곤란한 지역(건폐율 20% 이하)

8)쟁점부동산 인근의 서탄제2일반산업단지(평택시 서탄면 수월암리) 공시 지가는 쟁점토지와 비교했을 때 50% 이상 높고, 쟁점부동산의 공시지가가 이 지역의 수준이라면 쟁점부동산의 토지가액 비중은 대략 10% 상승한다.

9)쟁점부동산 인근의 공장 매매사례를 확인하고자 국토교통부 실거래가 공개시스템에서 쟁점부동산 인근 공장 및 근린생활시설 거래내역을 조회 하였으나 지번은 공개되지 않은 자료였고, 국세청 전산자료를 통해 찾은 매매사례에서 토지ㆍ건물가액이 구분된 자료는 확인하지 못하였다.

라. 판단

 1) 관련 법리

  가)｢부가가치세법｣ 제29조제9항 각 호 외의 부분 단서 및 같은 항 제2호 에서는 사업자가 실거래가액으로 구분한 토지와 건물 또는 구축물 등의 가액이 같은 법 시행령 제64조에 따라 안분 계산한 금액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우에는 같은 법 시행령 제64조에서 정하는 바에 따라 안분 계산한 금액을 공급가액으로 한다고 규정하고 있고,

  나)｢부가가치세법 시행령｣ 제64조제1항에서 토지ㆍ건물을 함께 공급하면서 가액 구분이 불분명한 경우에는 ｢소득세법｣ 제99조에 따라 기준시가로 안분 계산하거나, 공급일이 속하는 과세기간의 직전 과세기간 개시일부터 공급일이 속하는 과세기간 종료일까지 감정평가가액이 있는 경우 그 가액으로 안분 계산한다고 규정하고 있다.

 2)쟁점부동산의 소급 감정평가 가액으로 건물가액을 안분계산하여 공급가액을 산정하는 것이 타당한 것인지에 대한 판단

  가) 위 법리와 다음 내용으로 볼 때, 처분청이 쟁점부동산의 건물가액을 기준시가로 안분계산한 것이 부당하다고 보기는 어렵다.

   (1) ｢부가가치세법 시행령｣ 제64조에서는 공급일이 속하는 과세기간 직전 과세기간 개시일부터 공급일이 속하는 과세기간 종료일까지의 감정 평가가액이 있는 경우 그 가액으로 건물ㆍ토지가액을 안분계산하도록 규정하고 있으나, 청구인이 제출한 감정가액은 처분청으로부터 과세예고 통지서를 받은 이후 처분청에게 제출할 목적으로 소급하여 감정받은 가액 으로 확인되는 점

   (2)쟁점부동산에 대한 감정평가서에 기재된 인근지역 매매사례의 토지분 산정가액과 처분청이 공시지가로 안분한 쟁점부동산의 토지분 산정 가액을 비교해보았을 때, 공시지가 대비 비슷한 수준인 것으로 보여 쟁점 부동산의 토지, 건물을 공시지가로 안분한 가액이 비정상적으로 과대 혹은 과소 평가된 것이라고 단정할 수 없는 점

  나) 따라서 처분청이 쟁점부동산의 건물가액을 기준시가로 안분계산하여 청구인에게 부가가치세를 고지 처분한 것은 잘못이 없다고 판단된다.

5. 결론

이 건 심사청구는 청구주장이 이유 없으므로 ｢국세기본법｣ 제65조제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.