주 문

이 건 심사청구는 기각 결정합니다.

이 유

1.처분개요

가.청구법인은 2023.11.28. 설립되어 A 10, 2층을 본점 소재지로 한 법인사업자로서 2023.12.1. 개업하여 인력공급 및 파견업을 주업종으로 하여 사업을 영위하다 2025.2.27. 폐업한 사업자이다.

나.청구법인은 2024년 과세기간을 작성일자로 한 매출세금계산서를 총 9개 매출처에 발급하였는데 2024년 제1기 과세기간 작성일자로 6개 매출처에 총 1,294,238,184원(공급가액)의 세금계산서(총 18매)를 발급하였고, 2024년 제2기 과세기간 작성일자로 7개 매출처에 총 2,033,082,292원(공급가액)의 세금계산서(총 32매)를 발급하였으며, 이에 대한 부가가치세 신고 후 세액을 일부 납부하였다.

다.처분청은 2024년 제1기 및 제2기 과세기간에 대하여 2025.4.28.부터 2025.7.26.까지 청구법인에 대한 부가가치세 조사를 실시하고, 청구법인이 2024년 과세기간을 작성일자로 하여 발급한 매출세금계산서 중 6개 업체에 발급한 총 공급가액 2,255,302,976원의 세금계산서(이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 ‘사업자가 재화 또는 용역을 공급하지 아니하고 발급한 경우’의 세금계산서에 해당하는 것으로 보아 쟁점세금계산서의 공급가액을 각 과세 기간별 과세표준에서 차감하고 쟁점세금계산서 공급가액의 3%를 부가 가치세법상 가산세로 산정하여 2025.8.11. 청구법인에 대한 2024년 제1기 과세기간 부가가치세 66,977,796원(부가가치세법상 가산세 28,704,771원 반영) 및 2024년 제2기 과세기간 부가가치세 90,893,410원(부가가치세법상 가산세 38,954,319원 반영)을 경정감하였다.

  ※ 조세범 처벌절차법 제10조제3항에 따라 청구법인 및 B(행위자) 2025.8.21. 고발

라.청구법인은 처분청이 쟁점세금계산서 공급가액의 3%를 가산세로 경정한 부분에 불복하여 2025.11.3. 이의신청을 제기하였고, 2026.1.7. 불복의 대상 요건을 충족하지 아니하는 부적법한 청구로 보아 각하 결정되어 2026.3.10. 이 건 심사청구를 제기하였다.

2.청구주장

가.인건비의 신고 등 신고의무의 해태에 따른 폭탄업체의 형태

처분청은 청구법인이 인건비 등을 외주가공비로 계상하여 실제 용역의 공급이 없이 세금계산서 발행에 따른 통상의 수수료(처분청의 주장에 따르면 3.5%)를 수령하고 부가가치세의 체납을 발생시켜 폐업하는 전형적인 폭탄업체라고 규정하고 조사에 착수하였다는 것을 이의신청의 사전열람 자료에 처분청 의견으로 주장한 사실이 있다. 여기에는 청구법인의 서무 직원으로 청구법인과 함께 조세범처벌법으로 고발된 B에 대한 사업 이력도 포함되어 이를 기정사실로 주장하고 있다.

이에 청구법인은 가공거래로 규정된 업체와 정상거래로 판단한 거래 에서 수령한 공급대가를 청구법인의 직원들에게 압축기장에 따른 대량 이체를 통하여 61회, 대상인원 1,064명에게 3,408,501천원을 송금한 사실 이 있다. 청구법인의 매출을 초과하여 지급한 인건비 내역이 존재하고 있으며, 이에 대한 인건비 신고를 하지 못한 것에 대한 것은 세무대리인에게 문의한바 차후 지급조서 불성실 가산세 2%를 법인세 신고 단계에서 부담 하는 것으로 처리하자고 하는 것을 청구법인의 무지로 받아들인 결과이다. 하지만 그렇다고 하여 청구법인이 인건비를 가공으로 지급한 사실이 없으며 용역을 제공하지 않은 노무자에게 인건비를 지급한 사실도 없다. 이는 처분청의 주장과 같이 외주가공비를 가공으로 계상하여 세금계산서를 허위로 발행하였다고 하는 주장과 배치되는 사실인 것이다. 이는 청구법인으로부터 노무비를 송금받은 노무자 중 연락이 닿은 노무자의 급여통장을 노무자에게 동의를 구하여 제출한다.청구법인에서 수령한 노무비가 실제 어떻게 사용 되었는지 본 거래내역을 통해 확인할 수 있을 것이다. 위 거래내역 외 처분청은 더 의문이 있는 계좌에 대해 거래내역을 조회하여 청구법인의 주장이 사실인지 확인하여 줄 것을 요청한다. 노무비가 실제 노무자의 생계비로 이용이 되고 있다는 것이 확인된다면 처분청의 주장은 그 어떤 이유로도 사실이 될 수 없다.

나.개업 후 단기 폐업하는 폭탄업체의 성격으로 규정

처분청은 청구법인이 1년의 영업기간 동안 다량의 세금계산서를 교부 하고 이에 대한 부가가치세를 체납하는 전형적인 폭탄업체의 형태를 가졌다고 단정하고 조사를 실시하였지만 이는 사실과 다르다. 청구법인은 신설업체로 기존의 시장에 진입하고자 무리한 발주를 했던 사실은 인정하며 일부 프로젝트의 발주처 성향에 대한 선제적 대응 부족으로 재시공에 심각한 손실을 입어 더 지탱하지 못하고 2024년 83,685,390원의 부가가치세를 납부하였으나, 미처 납부하지 못한 부가가치세를 체납하게 되었으며 경쟁 업체에 대해서도 경쟁력을 가지지 못하여 폐업에 이르게 되었다.

다.B에 대한 조사

청구법인의 서무 담당자인 B에 대해 처분청은 세금계산서 발행과 관련된 모든 계약의 주체가 B인 것으로 단정하고 조사를 진행하였다. 실제 계약은 청구법인의 대표이사인 C과 실질적 동업관계인 현장소장 D이 계약을 체결한 사실에 대해 해당 거래처에 유선 조사를 통해 사실을 확인하고 실제 노무에 투입된 사실이 있음에도 이에 대한 조사를 실시하지 않고 D과 유선 통화를 통한 문답 내용이 있음에도 D이 자신의 전화기를 이용하지 않았다는 이유로 조사서에 문답 내용이 반영되지 않았다. 또한 대표이사인 C에 대한 조사와 문답 등 그 어떤 조사도 실시하지 않은 채 청구법인의 서무 담당자인 B에 대한 조사만으로 청구법인의 거래가 사실이 아니라고 단정하였다.

또한 처분청의 주장과 달리 B가 근무하였던 E기계와 F 기계에 대하여 근무기간 인건비를 정상적으로 신고한 사실과 세금을 납부한 사실이 있음에도 이를 B가 당시에도 폭탄업체의 실체였다고 주장하며 청구법인의 조사에까지 B를 주사업자로 판단한 것이다.

이후 G지방국세청에서 개최한 이의신청에 대한 심리에서는 처분청은 위의 주장과 달리 현장소장들을 실사업주로 보아야 한다는 자기모순적인 주장을 하기에 이르렀다. 현장소장들이 실제로 용역을 제공하고 청구법인 이름으로 세금계산서를 발행하였다고 하는 주장은 처분청 스스로도 조사가 사실과 다르다는 것을 자인한 것이라고 해야 할 것이다. 그리고 처분청의 주장대로 현장소장들이 실제 용역을 제공했다고 한다면 당연히 그 세금계산서의 교부는 청구법인이 발행하는 것이 적법하다는 것이 인정된다고 할 것이다.

라.인력공급업 폭탄업체의 거래구조에 대한 모순

처분청의 주장은 청구법인이 인력공급업 폭탄업체로 공급가액의 3.5%에 해당하는 수수료를 받아 부가가치세를 체납하고 거래대금을 세금계산서 수취업체에 돌려주었다는 것이 청구법인의 처분에 대한 대전제이다. 이는 심각한 오류를 가지고 있다. 청구법인의 직원 수는 여러 개의 현장에 투입된 인원을 다 합하면 평균 100명 가까이 된다. 그 중 상당수는 외국인 노무자로 그 수는 약 80명 정도이다. 청구법인은 현장인력에 대해 노무를 제공한 다음 달에 노무에 대한 대가를 각자의 통장으로 개별 입금해주었다. 처분청이 주장하는 3.5%의 수수료 금액은 78,925천원이다. 청구법인의 대표 급여와 동업자 D 그리고 서무직원의 급여액에도 미치지 못하는 금액을 위해 청구법인이 가공의 세금계산서를 발행하였다고 하는 주장과 더불어 100명의 가공 인원, 특히 외국인 노무자 80명의 통장을 확보하여 노무비를 송급하고 다시 돌려받아 세금계산서 수취업체에 돌려주었다는 것이 너무나도 비현실적이며 처분청이 주장하는 인력공급업 폭탄업체의 논리를 스스로 부정하는 것이라고 할 것이다.

마.지급조서 및 4대보험의 미신고

청구법인은 4대보험의 신고를 하지 않아도 이미 결손이 나고 있는 상황이었다. 청구법인이 주변에 물어보니 차후 법적 증빙 미비에 대한 가산세 2% 정도를 부담하면 된다는 말에 청구법인이 이를 소홀히 하였던 사실을 인정한다. 이는 청구법인의 과실임을 인정하지만 청구법인이 주장하는 바와 같이 대량의 지급을 압축 기장으로 묶어 이체하여 거래사실을 은폐한 적은 없다. 지금이라도 인원별 송금내역 및 계좌번호를 확인할 수 있으니 이에 대한 사실을 다시 확인하여 주시기 바란다(이의신청 과정에서 제출한 급여대량 이체자료 및 이체확인증 및 이체확인목록으로 확인 가능하다).

나.현장자료의 사실 여부

청구법인의 거래처가 현장관리의 목적으로 작성한 TBM일지, 현장 교육자료 등은 거래처의 원청업체인 H중공업과 I중공업 등 중견기업 이상의 내부통제시스템을 보유한 기업의 현장관리 매뉴얼이다. 특히 TBM 일지의 경우 산업안전보건법에 따라 작업 전 실시하는 현장 회의로 고용노동부 현장점검 1순위 점검항목이며, 중대재해처벌법이 규정하는 사고 발생 시 최초 조사 자료로 제출되는 자료이다. 이를 단기간 영업을 한 청구법인에게 실제 용역 제공 없이 발급하여 주는 것이 불가능하다. 이는 원청업체의 현장 업무 매뉴얼을 확인해보면 너무나도 명백하게 드러나는 것으로 재하청을 받아 용역을 제공하는 청구법인이 TBM일지와 현장사진, 서명, 전산상의 식수기록 등 이를 변조하는 것은 절대 불가능한 일인 것이다. 현재 청구법인에서 근무하다 지금도 I중공업 내에서 근무를 이어가고 있는 노무자들의 동의를 얻어 개별신상기록부를 제출한다.

바.청구법인의 운영 미숙

청구법인의 대표로 D과 함께 법인을 설립하고 이사의 구성이 정리가 되고 의욕적으로 용역을 수주하고 수익을 내려 노력하였지만 신생 업체로 숙련공을 많이 확보하지 못하다 보니 앞서 언급한 특정 프로젝트에서 재작업이 다수 발생하게 되었고 발주처 성향에 대한 선제적 대응의 부족으로 수주한 물량 계약의 예상인원보다 많은 인원이 투입되는 재시공을 하게 되면서 실제 공사 손실이 발생하게 되었다. 하지만 이 과정을 지나면 안정된 계약과 인상된 공사계약을 수주할 수 있을 것이라고 판단하고 운영을 하였으나 인건비의 지급이 미뤄지고 4대보험의 신고도 하지 못하는 상황이 닥치면서 차후 퇴직금 등의 부담이 너무 크게 다가오는 것을 느끼게 되었다. 이 과정에서 청구법인은 노무를 제공한 청구법인 소속의 노무자에게 인건비 체납 없이 모두 지급하였다. 이는 노무자의 생계와 직결되는 부분이라고 생각했기 때문이다. 노무비를 전액 지급하고 청구법인의 자금난으로 스스로 이 사업을 더 진행할 여력이 없어졌으며 J세무서로부터 세금체납에 대한 납부 독촉을 받으면서 더 세금을 낼 여력이 없으면 폐업을 하라는 권유에 따라 폐업하게 되었다.

사.결론

스스로 무책임하다고 생각이 들었지만 더 이상 진행할 여력이 되지 않아 사업을 내려놓게 되었다. 청구법인과 거래한 거래처들로부터 너무나도 많은 원망을 듣고 있다. 본인이 부족해서 벌어진 일인데 이런 피해를 거래처에 주게 될 줄은 E도 하지 못하였다. 기본에 제출한 자료와 추가로 제출해야 할 자료가 있다면 본인이 최선을 다해 제출하고 현장 소장과 함께 성실하게 해명하겠다.

3.처분청 의견

가.쟁점가산세 부과처분은 청구법인이 부가가치세를 체납하고 인력공급 업체로서 신고해야 할 인건비 신고, 4대보험 신고를 누락하는 등 객관적인 부작위에 근거한 처분이다.

1)청구법인은 쟁점가산세가 가공거래로 인정될 만한 상당한 정도의 개연성 및 객관성과 합리성이 뒷받침되는 증거가 부족하여 위법부당하다고 주장하나,

 2)처분청에서 세금계산서 조기경보 현장확인 및 부가세목별 조사를 실시한 객관적 근거는 청구법인이 개업 후 단기간에 거액의 세금계산서를 발급 후 부가가치세를 납부하지 않고 폐업하는 전형적인 폭탄업체의 행태를 띠고 있었기 때문이며,

    청구법인의 서무업무를 담당하였다는 직원 B는 이전에 ㈜E 기계와 ㈜F기계를 선박임가공업으로 사업자등록을 한 후 같은 방식으로 각각 8개월, 13개월 운영하다 고액을 체납한 후 단기 폐업한 사실이 있어, 이는 청구법인이 자료상 업체라는 상당한 정도의 개연성 및 객관성 있는 증거에 해당한다.

3) C 대표가 현장소장 D과 동업형태로 같이 법인을 운영했으며 설립 시 사내이사였을 뿐만 아니라 계약 체결 시 동석, 인원 투입 결정, 임금책정 협의 및 결정, 근로자 공수 확인, 임금대장 결재, 기성청구서 결재 등 내부 경영 중심으로 참여했다는 주장에 대해서는,

    C이 실사업자가 아니기 때문에 청구법인의 거래를 가공으로 본다는 조사결과를 통지한 바 없으며, 오히려 조사과정에서 거래처 중 주식회사 K건설, 주식회사 L, ㈜M에 공급한 용역거래에서 C이 실제 출근대장에 작업기간 동안 출석한 내역 및 구체적인 작업 진행내역 등 거래처가 소명한 자료 및 청구법인이 정상적으로 납부한 부가 가치세 내역을 종합적으로 검토하여 아래의 거래를 정상거래로 확정하였다.

    주식회사 K건설은 G 수영, 남천 등지에서 도로포장공사를 영위 하는 업체로 투입 공수내역과 대금 이체 내역 및 작업자 급여 이체 내역을 확인한바 작업 현장에 C, D 등 관리인력을 정상 투입한 것으로 확인되고, 이에 대한 부가가치세를 청구법인에서 정상 지급한 것으로 확인 되므로 실제 용역을 공급하고 세금계산서를 발행한 정상거래로 확정하였다.

    주식회사 L는 O 수처리장, Q 대수선사업, P 배관공사 등에 플랜트시설 설비를 공급하는 업체로 투입 공수내역과 대금 이체 내역 및 작업자 급여 이체 내역을 확인한바 작업 현장에 C, D 등 관리인력을 정상 투입한 것으로 확인되고, 이에 대한 부가가치세를 청구법인에서 정상 납부한 것으로 확인되므로 실제 용역을 공급하고 세금계산서를 발행한 정상거래로 확정하였다.

    ㈜M는 H중공업 내에서 데크하우스의 보온설비를 설치하는 업체로 R오션에서 발주한 데크하우스 설계도 및 투입 공수내역을 확인한바 작업 현장에 C, D 등 관리인력을 정상 투입한 것으로 확인, 이에 대한 부가세를 청구법인에서 일부 납부한 것으로 확인되므로 실제 용역을 공급하고 세금계산서를 발행한 정상거래로 확정하였다.

4) 처분청은 청구법인에게 과세예고통지를 하면서 아래와 같이 전체 매출 거래 중 가공거래에 해당하는 금액만을 명확히 하여 통지하였다.

5) 가공거래로 보는 매출 세금계산서는 아래와 같다.

    위 거래처들은 외주공사계약서와 대금지급내역 및 정산합의서를 제출하였으나, 각 자료들은 숫자가 일치하여 순환적으로 내부검증만 가능할 뿐 실제로 투입된 인건비에 대해서는 입증하지 못하며,

    파견인력을 관리 및 신고할 의무가 있는 청구법인은 실제 공급한 인력에 대한 사업소득 혹은 일용근로소득 지급명세서 신고 및 원천세 납부, 4대보험 신고 및 납부 등 인력공급업체로서 수행해야 할 인력관리에 대한 제반 신고의무를 수행하지 않은 채 제조원가 3,164,410,000원을 전액 외주 가공비로 계상하고, 이에 대한 증빙은 신고하지 않았다. 정상적인 외주 가공비라면 하도급업체로부터 수취한 매입세금계산서 혹은 현장인력에 대한 지급명세서 등으로 입증되어야 하나 이에 대한 증빙은 없다.

    또한 상기 거래처들과의 금융거래내역을 확인한바, 거래처들로부터 받은 자금을 대량이체거래를 압축기장으로 묶어서 이체하여 이체대상에 대한 정보확인을 어렵게 하고, 자금을 이체받은 사람에 대한 인건비 신고를 별도로 하지 않음으로써 신고 인력과 대금을 지급받은 인력의 비교·검증을 할 수 없게 하였다.

    심사청구서에 따르면 TBM일지, 현장교육자료 등을 제출하려 했으나 조작된 자료로 의심받아 제출하지 못했다고 주장하나, 청구법인이 이미 법인세과 및 조사관리팀에 제출한 자료들을 검토하였으며 당 자료에서 확인한 인력들에 대해 청구법인이 수행해야 할 인건비 관련 제반 신고가 되지 않았기 때문에 이 자료들로는 청구법인이 인력을 관리하였다는 증빙이 안된다고 말한 것을 오해한 것으로 보인다.

나. 결 론

이상과 같이 쟁점가산세는 청구법인이 정상적으로 인력공급업을 운영하였다면 신고해야 할 제반 의무들을 수행하지 않고 매출 세금계산서를 발급한 후 부가가치세 대부분을 체납한 채 단기 폐업한 사실 및 비용처리에 있어 정상적인 인건비 관련 제반 신고의무를 수행하지 않고 외주가공비로 계상하고 관련 증빙을 제출하지 못한 사실에 근거하여 부과한 것으로 당초 가산세 부과처분은 적법하고 청구법인의 주장은 이유 없다.

다. 추가의견

1) 지급조서 불성실 가산세 2% 미신고

청구법인은 심사청구서의 청구주장 부분에서 ‘인건비 신고를 하지 못한 것에 대한 것은 세무대리인에게 문의한바 차후 지급조서 불성실 가산세 2%를 법인세 신고 단계에서 부담하는 것으로 처리하자고 하는 것을 청구법인의 무지로 받아들인 결과’가 처분청의 입장이라고 주장하였는데,

청구법인의 2024사업연도 법인세 신고서를 확인하였을 때, 주장하는 바와 같이 지급조서 불성실 가산세 2%가 신고되지 않았기 때문에 청구법인의 악의 혹은 선의․중과실이라고 판단하였던 것이다.

2) 월별 임금대장 내역

청구법인이 제출한 월별 임금대장에 기록된 인원의 월별 총합 1,166명 중에서 실제 원천세 신고로 확인되는 인원은 121명으로, 월별 임금대장에는 원천징수가 이행된 것으로 기록되어 있으나 이를 실제로 이행하지 않았 으므로 제출한 자료의 신빙성이 현저히 떨어진다.

3) 실제 노무자의 입금통장 내역

청구법인은 실제 노무를 제공한 사람들의 계좌 일부를 제출하였지만, 이들에 대한 원천 징수이행상황신고서, 사업소득지급명세서를 제출하지 않아 실제로 청구법인이 노무자들을 관리하였다는 세무신고자료가 확인되지 않는다.

따라서 청구법인이 제출한 통장거래내역으로 실제 모든 노무자들이 당 급여를 본인의 생계비에 사용하였다는 사실을 확인한다고 하더라도, 이에 대한 적격증빙 제출의무가 있는 청구법인의 원천세 신고의무의 해태 (부작위)가 치유되는 것은 아니며,

노무자들이 당 자금을 실제 생계비에 사용하지 않았다는 근거로 당 가산세 부과처분이 이루어진 것이 아니므로, 통장내역은 이에 대한 반증 또한 되지 못한다.

4) 인력공급업 폭탄업체의 거래구조에 대한 모순

당초 불복청구 의견서에 첨부한 <인력공급업 폭탄업체 거래구조 (통상수수료 3.5%)>는 전부 자료상의 경우를 도식화한 것으로 예시적인 사례로 청구법인의 거래행태와 100% 정확히 일치하지 않는다.

청구법인의 경우 구조도와 같이 전부 자료상에 해당하지 않으며 정상 거래가 1,072,017,500원 존재하여 부분자료상에 해당하며, 인건비 신고의무를 떠안고 이를 해태함으로써 거래처들이 비용처리함에 있어 큰 이득을 준 사실이 명백하고, 이로 인해 문제가 발생하자 심사청구서의 청구주장 결론에 스스로 기재하였듯이 ‘청구법인과 거래한 거래처들로부터 너무나도 많은 원망을 듣고 있’는 상황이 된 것이다.

인력공급업 폭탄업체의 본질적인 효용은 세금계산서를 매입하는 측의 비용처리와 관련된 법적, 경제적 의무를 본인이 떠안고 미신고, 체납 등의 방식으로 이를 이행하지 않고 폐업(폭탄)함으로써 각종 세금과 공과금을 면탈하는 데에 있고 청구법인은 이를 수행하기 위해 설립, 운영, 체납, 폐업하였다는 결론이다.

청구법인은 이에 부합하는 체납과 각종 신고의무 해태한 사실이 확인되므로 운영의 미숙으로 항변할 수 있더라도 주장하는 바와 같이 폭탄업체 거래구조의 모순은 성립하지 않는다.

5) 현장자료의 사실 여부

현장자료로 제출한 TBM일지, 현장교육자료 등이 사실이 아니어서 처분청이 당 가산세 부과처분을 한 것이 아니고, 청구법인이 이에 대한 원천징수이행상황신고서 및 사업소득지급명세서 등 신고를 하지 않은 상황에서 거래처의 소명 내역만으로 정상거래로 인정하기에 불충분한 거래들을 가공거래로 확정하고 가산세를 부과한 것이다.

4. 심리 및 판단

가. 쟁점

   ① 이 사건 심사청구가 불복의 대상 요건을 충족하는지 여부

②쟁점세금계산서를 거래 없이 발급한 거짓세금계산서로 보아 가산세를 부과한 것은 부당하다는 청구주장의 당부

나. 관련법령

 1) 국세기본법 제55조【불복】

  ① 이 법 또는 세법에 따른 처분으로서 위법 또는 부당한 처분을 받거나 필요한 처분을 받지 못함으로 인하여 권리나 이익을 침해당한 자는 이 장의 규정에 따라 그 처분의 취소 또는 변경을 청구하거나 필요한 처분을 청구할 수 있다. 다만, 다음 각 호의 처분에 대해서는 그러하지 아니하다.

   1. ｢조세범 처벌절차법｣에 따른 통고처분

   2. ｢감사원법｣에 따라 심사청구를 한 처분이나 그 심사청구에 대한 처분

   3. 이 법 및 세법에 따른 과태료 부과처분

 2) 부가가치세법 제32조【세금계산서 등】

  ① 사업자가 재화 또는 용역을 공급(부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역의 공급은 제외한다)하는 경우에는 다음 각 호의 사항을 적은 계산서 (이하 "세금계산서"라 한다)를 그 공급을 받는 자에게 발급하여야 한다.

   1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

   2.공급받는 자의 등록번호. 다만, 공급받는 자가 사업자가 아니거나 등록한 사업자가 아닌 경우에는 대통령령으로 정하는 고유번호 또는 공급받는 자의 주민등록번호

   3. 공급가액과 부가가치세액

   4. 작성 연월일

   5. 그 밖에 대통령령으로 정하는 사항

 2) 부가가치세법 제60조【가산세】

  ③ 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 각 호에 따른 금액을 납부세액에 더하거나 환급세액에서 뺀다.

   1.재화 또는 용역을 공급하지 아니하고 세금계산서 또는 제46조제3항에 따른 신용카드매출전표등(이하 "세금계산서등"이라 한다)을 발급한 경우: 그 세금계산서등에 적힌 공급가액의 3퍼센트

   2. 재화 또는 용역을 공급받지 아니하고 세금계산서등을 발급받은 경우: 그 세금계산서등에 적힌 공급가액의 3퍼센트

다. 사실관계

1)국세청 전산자료, 청구법인 및 처분청에서 제시한 자료 등으로 확인되는 사실관계는 다음과 같다.

가) 청구법인 사업자등록 기본사항은 아래와 같이 나타난다.

나)청구법인의 최초 등기사항증명서 및 2025년 12월 기준 등기사항증명서 내용 중 ‘목적’ 부분 및 ‘임원에 관한 사항’은 아래와 같이 나타나며, 해당 내역에 따르면 청구법인의 현 대표이사는 당초 청구법인 설립 시 사내이사였다가 2024.7.9. 대표이사로 취임한 것으로 나타난다.

다)국세청 전산자료에 따르면 2024년 귀속 청구법인의 근로소득ㆍ사업소득 ㆍ일용근로소득 지급명세서 내역은 아래와 같다.

라)청구법인이 2024 사업연도 법인세 정기신고 시 제출한 손익계산서에 따르면 매출원가(제조원가)는 3,504,220,186원, 판매비와관리비상 직원급여는 77,450, 000원인 것으로 나타나고, 동 법인세 정기신고 시 제출한 제조원가명세서에 따르면 직원급여 (노무비) 항목은 336,000,445원이고 외주가공비(경비)항목은 3,164,410,000원인 것으로 나타난다.

마)청구법인의 2024년 제1기, 제2기 과세기간 부가가치세 신고내역 및 처분청의 경정결정(2025.7.25. 과세ㆍ통지 없음) 내역은 아래와 같이 나타난다.

바)국세청 전산자료에 따르면 2024년 제1기 및 제2기 과세기간 부가가치세에 대하여 처분청 경정 이전 청구법인이 납부하였던 금액은 83,685,390원인 것으로 나타나고 나머지 세액에 대하여는 미납부하여 체납이 되었던 것으로 나타난다.

사) 2024년 제1기 및 제2기 과세기간 청구법인의 매출처별 세금계산서 발급내역 및 이에 대한 처분청의 판단내역은 아래와 같이 나타난다.

아)청구법인이 제출한 청구법인 계좌거래내역표의 거래내역 중 매출처로 부터의 입금금액, ‘급여(상여금)’ 항목 출금금액 및 직원이 수취인인 출금 금액 부분*의 내역은 아래 표와 같이 나타난다.

 * 적요상 명백히 급여 관련 출금 아닌 부분 제외

* 출금일자상 8월급여대량이체의 오기로 보여짐

* 적요상 10월급여대량이체 항목이므로 11월거래 소계에 합산

자)청구법인은 급여대량이체에 대한 이체확인증 및 이체확인증 목록을 제출 하였는데 해당 증빙의 일부발췌 내역 및 이체확인증 목록에서 확인되는 급여 대량이체별 이체건수는 아래와 같이 나타나며, 해당 이체확인증 자료에 따르면 ‘받는 분’ 성명이 외국인인 이체확인증과 ‘받는 분’ 성명이 한국이름이고 메모란에 외국인 성명이 기재된 이체확인증 등이 포함되어 있는 것으로 나타난다.

차)처분청의 조사보고서 주요내용은 다음과 같다.

카)조사 당시 처분청에서 작성한 청구법인 직원 B와의 문답서 주요 내용은 아래와 같이 나타난다.

타)처분청은 B를 청구법인의 실질적 업무행위자로 보아 B를 2024년 과세기간 동안 실물거래 없이 거짓 세금계산서를 발급하여 조세범처벌법 제10조제3항 제1호 및 제3호 위반 혐의로 검찰에 고발하였고, 양벌규정에 의거 청구법인을 검찰에 고발한 것으로 나타난다.

파)위 8), 9)의 청구법인 계좌거래내역 및 이체확인증 외에 청구법인은 아래와 같은 증빙을 제출하였다.

 (1) 주식회사 S 관련하여 청구법인이 제출한 증빙은 아래와 같다.

  (가)청구법인은 주식회사 S의 거래사실확인서를 제출하였는데 확인서의 확인사항 별지 기재내용은 다음과 같다.

  (나)청구법인이 제출한 공사도급계약서 및 외주공사계약서는 다음과 같다.

  (다)청구법인이 제출한 정산합의서 및 상세작업내역서는 아래와 같다.

  (라) 청구법인은 현장 근무자별 공수표 내역 및 일부 근무인원 출입증 사진을 증빙으로 제출하였다.

  (마)청구법인은 현장안전보건교육 자료 및 교육실시 사진을 증빙으로 제출 하였다.

  (바) 이 외 청구법인은 세금계산서 등을 증빙으로 제출하였다.

 (2) 주식회사 T기업 관련하여 청구법인은 공사도급계약서 및 작업 상세 내역 자료, 외주공사계약서 및 정산합의서, 일자별 작업일보 자료를 다음과 같이 제출하였고, 이외 세금계산서 등을 증빙으로 제출하였다

 (3) ㈜M 관련하여 청구법인이 제출한 증빙은 아래와 같다.

  (가)청구법인은 ㈜M의 거래사실확인서를 제출하였는데 확인서의 확인사항 별지 기재내용은 아래와 같이 나타난다.

  (나)청구법인은 외주공사계약서 및 2024.3월∼2024.12월까지의 월별 정산합의서를 증빙으로 제출하였다.

  (다) 청구법인은 월별 기성청구서 및 월별 작업 세부내역 자료를 증빙으로 제출하였다.

  (라)청구법인은 작업 전 안전교육(TBM)일지 및 안전교육 실시 사진을 증빙으로 제출하였다.

  (마)이외 청구법인은 ㈜M 대표이사의 금융거래 해명자료 등을 증빙으로 제출하였다.

 (4)주식회사 U 관련하여 청구법인이 제출한 증빙은 아래와 같다.

  (가)청구법인은 월별 기성청구서 및 일자별 인력지원내역서를 증빙으로 제출하였다.

  (나)청구법인은 작업현장 출퇴근 전산기록 자료를 증빙으로 제출하였다.

 (다)청구법인은 작업 전 안전교육(TBM)일지 및 안전교육 실시 사진을 증빙으로 제출하였다.

  (라)청구법인은 일부인원의 ㈜U 상호가 기재된 H중공업 출입증 사진을 증빙으로 제출하였다.

 (5)주식회사 V테크 관련하여 청구법인이 제출한 증빙은 아래와 같다.

  (가)청구법인은 월별 기성청구서 및 일자별 인력지원내역서를 증빙으로 제출하였다.

  (나)청구법인은 출근 타각기록 및 작업일보 자료를 증빙으로 제출하였다.

  (다)청구법인은 작업 전 안전교육(TBM)일지 및 안전교육 실시 사진을 증빙으로 제출하였는데 사진에서 화살표로 표시된 인원이 김영곤 팀장이라고 증빙 설명에 기재하였다.

(6) 주식회사 W 관련하여 청구법인이 제출한 증빙은 아래와 같다.

(가)청구법인은 주식회사 W의 거래사실확인서를 제출하였는데 확인서의 확인사항 별지 기재내용은 아래와 같이 나타난다.

  (나)청구법인은 아래와 같이 하도급 계약서 및 월별 기성청구서를 증빙으로 제출하였다.

  (다) 청구법인은 현장 식수타객모니터링 자료 및 출퇴근기록 자료를 아래와 같이 증빙으로 제출하였다.

  (라) 청구법인은 아래와 같이 외주공사계약서를 증빙으로 제출하였다.

  (마)청구법인은 아래와 같이 TBM일지, 현장안전교육자료, 현장교육 사진을 증빙으로 제출하였다.

(바) 이 외 청구법인은 세금계산서 등을 증빙으로 제출하였다.

(7) 주식회사 X 관련하여 청구법인이 제출한 자료는 아래와 같다.

(가)청구법인은 주식회사 X의 거래사실확인서를 제출하였는데 확인서의 확인사항 별지 기재내용은 아래와 같이 나타난다.

  (나) 청구법인은 아래와 같이 월별 기성청구서를 증빙으로 제출하였다.

  (다)청구법인은 아래와 같이 도급계약서 및 월별로 작성한 외주공사 계약서를 증빙으로 제출하였다.

(라) 청구법인은 아래와 같이 월별 정산합의서를 증빙으로 제출하였다.

(마)청구법인은 아래와 같이 현장안전보건교육 자료 및 교육실시 사진을 증빙으로 제출하였다.

(바) 이외 청구법인은 세금계산서 등을 증빙으로 제출하였다.

(8) 주식회사 L 관련하여 청구법인이 제출한 증빙은 아래와 같다.

(가)청구법인이 제출한 주식회사 L 거래사실확인서 확인사항 별지 기재사항 내용은 아래와 같이 나타난다.

(나) 청구법인은 아래와 같이 계약서 증빙을 제출하였다.

(다) 청구법인은 아래와 같이 견적서 및 거래명세서 증빙을 제출하였다.

(라) 청구법인은 아래와 같이 공사 사진 및 ‘일일 작업전 안전교육 및 무사고 확인서’ 자료를 증빙으로 제출하였다.

(9) 주식회사 K건설 관련하여 청구법인이 제출한 증빙은 아래와 같다.

(가) 청구법인은 아래와 같이 거래 건별 거래명세서를 증빙으로 제출하였다.

(나) 청구법인은 아래와 같이 일자별 공사일보를 증빙으로 제출하였다.

(9) 청구법인은 ‘근로자 신분증 & 여권사본’이라는 제목으로 주민등록번호 등의 뒷자리가 가려진 150여명의 주민등록증, 외국인등록증, 여권 사본 등을 증빙으로 제출하였는데 해당 증빙의 대부분의 인원에 대하여 청구법인을 원천징수의무자로 한 근로소득·사업소득·일용근로소득 등의 지급명세서 제출내역은 없는 것으로 나타난다.

(10)청구법인은 노무자들에게 지급된 노무비가 실제 노무자의 생계비 등으로 사용이 되었으며 다시 반환된 내역은 없다는 주장에 대한 근거로 계좌거래내역을 증빙을 제출하였는데, 청구법인은 해당 증빙에 대하여 청구법인으로부터 노무비를 송금받은 노무자 중 연락이 닿은 노무자에게 동의를 구하여 제출한 증빙이라고 설명을 기재하였다.

(11)청구법인은 I중공업 개인별 신상 관리자료를 제출하였는데, 청구법인은 해당 증빙에 대하여 청구법인에서 근무하다 지금도 I중공업 내에서 근무를 이어가고 있는 노무자들의 개별신상기록부로서 노무자 들의 동의를 얻어 제출하는 증빙이라고 설명을 기재하였다.

(12)청구법인은 청구법인의 월별 임금대장(2024년 9월 추석 상여금대장 포함)을 증빙으로 제출하였는데 청구법인이 제출한 월별 임금대장을 살펴보면 모든 인원에 대하여 소득세가 기재되어 있으나 청구법인이 신고하였던 원천세 신고서에 기재된 인원수는 일부인 것으로 나타난다. 월별 임금대장 및 원천세 신고서에 기재된 월별 인원 및 수당 합계는 아래 표와 같이 나타난다.

(14)이외 청구법인은 아래와 같이 부가가치세 납부내역표 및 부가가치세 납부확인서ㆍ국세 카드 수납내역 일부자료를 증빙으로 제출하였다.

라. 판단

 1) 이 사건 심사청구가 불복의 대상요건을 충족하는지 여부

  가) 관련 법리

(1)｢국세기본법｣ 제55조제1항에서는 불복의 대상에 대하여 “이 법 또는 세법에 따른 처분으로서 위법 또는 부당한 처분을 받거나 필요한 처분을 받지 못함으로 인하여 권리나 이익을 침해당한 자는 이 장의 규정에 따라 그 처분의 취소 또는 변경을 청구하거나 필요한 처분을 청구할 수 있다”라고 규정하고 있다.

(2)한편 가산세는 과세권의 행사와 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 세법에 규정된 의무를 정당한 이유 없이 위반한 납세자에게 부과 하는 일종의 행정상 제재이므로, 징수절차의 편의상 당해 세법이 정하는 국세의 세목으로 하여 그 세법에 의하여 산출한 본세의 세액에 가산하여 함께 징수하는 것일 뿐, 세법이 정하는 바에 의하여 성립 확정되는 국세와 본질적으로 그 성질이 다른 것이므로, 가산세 부과처분은 본세의 부과 처분과 별개의 과세처분이라 할 것이다(대법원 2005.9.30. 선고, 2004두2356 판결 등 참조).

  나) 이 사건 심사청구가 불복의 대상요건을 충족하는지에 대한 판단

   (1) 위 법리와 앞서 인정한 사실관계 및 아래와 같은 점으로 볼 때, 이 사건 심사청구가 불복의 대상요건을 충족하였다고 봄이 타당하다.

  가산세 부과처분은 본세의 부과처분과 별개의 과세처분이라 할 것이며, 가산세도 본세와 마찬가지로 ｢국세징수법｣에서 정한 적법한 절차에 의하여 부과되어야 한다. 본세의 감액경정과 가산세의 증액경정이 동시에 이루어졌다고 하더라도 달리 볼 것은 아니라 할 것이고, 청구법인에 별도로 고지가 이루어지지 아니하였다 하더라도 가산세만을 대상으로 보았을 때 증액 경정으로 인하여 청구법인의 이익이 침해당한 것으로 봄이 상당하다.

   (2) 따라서, 청구법인이 한 이 사건 심사청구는 적법한 청구에 해당하는 것으로 판단된다.

 2) 쟁점세금계산서를 용역 제공 없이 발급한 거짓세금계산서로 보아 가산세를 부과한 것은 부당하다는 청구주장의 당부

  가) 관련 법리

세금계산서가 사실과 다른 허위의 것이라는 점에 대한 입증책임은 원칙적으로 과세 관청인 피고에게 있는 것이므로 피고로서는 이에 관하여 직접 증거 또는 제반 정황을 토대로 그 세금계산서가 실물 거래를 동반하지 아니한 것이라는 등의 허위성에 관한 입증을 하여야 할 것이나, 피고가 합리적으로 수긍할 수 있을 정도로 이 점에 관한 상당한 정도의 입증을 한 경우라면 그 세금계산서가 허위가 아니라고 주장하면서 피고처분의 위법성을 다투는 납세의무자인 원고로서도 관련된 증빙과 자료를 제시하기가 용이한 지위에 있음을 감안해 볼 때 자신의 주장에 부합하는 입증을 할 필요가 있다고 할 것이다(대법원 2008.8.21. 선고 2008두9867 판결 등 참조).

  나) 쟁점세금계산서가 용역 제공 없이 발급한 것인지에 대한 판단

   (1)위 법리와 앞서 인정한 사실관계 및 아래와 같은 점으로 볼 때, 쟁점세금계산서는 청구법인이 용역의 제공 없이 발급한 세금계산서에 해당 하는 것으로 봄이 타당하다.

  (가)인력공급업이란 자기의 관리하에 있는 직원인 노동자를 계약에 의하여 제3자에게 일정기간 동안 공급하는 산업활동이나, 청구법인은 제조 원가의 대부분을 외주가공비를 계상하였으면서도 여기에 대응하는 매입세금 계산서 또는 지급명세서를 제출하지 못하고 있고, 쟁점이 되는 과세기간에 청구법인이 제출한 근로소득ㆍ사업소득ㆍ일용근로소득 지급명세서 금액을 모두 합하여도 413백만원에 불과하여 매출처에 노무를 제공한 노무자들의 대부분은 청구법인의 관리하에 있는 직원이라고 보기는 어려워 보이고, 이는 청구법인의 계좌를 통하여 임금을 지급하였다고 하더라도 달리 볼 것은 아니라고 판단되는 점

  (나)청구법인이 제출한 하도급기본계약서, 정산합의서, 식수 집계현황, TBM 교육일지, 안전교육사진, 현장 출입증, 현장 출퇴근 타각기록 등의 자료는 도급업체의 손금처리를 위한 기본 증빙으로 이것을 청구법인이 노무자들을 직접 통제ㆍ관리한 증빙이라 하기는 어렵고, 청구법인이 제출한 임금대장의 경우 매출처 또는 물량팀장 등을 통하여 노무자들의 근태를 파악하는 것이 가능한 것으로 보여 이 역시 청구법인이 노무자들을 직접 관리한 증거라고 보기는 어려우며, 청구법인이 제출한 주민등록증ㆍ외국인 등록증ㆍ여권 사본 등도 이와 관련된 근로계약서, 지급명세서 등이 확인되지 않아 청구법인이 노무자들을 직접 관리하였다는 증거라고 보기는 어려운 점

  (다)다만, 처분청은 청구법인이 9개 매출처에 발행한 매출세금계산서 중 3개 매출처에 대한 매출세금계산서는 정상거래로 인정하였는데, 그 거래 역시 지급명세서가 제출되지 않은 노무자들이 다수 포함되어 있기는 하나 하도급거래에 대한 증빙자료, 청구법인이 납부한 부가가치세 금액 등을 고려할 때 이러한 처분청의 결정은 일응 타당하다고 판단되는 점 등에 비추어 보건대 처분청이 정상거래로 인정한 매출처 외의 매출처에 발급한 쟁점세금계산서는 청구법인이 용역의 제공 없이 발급한 세금계산서에 해당 하는 것으로 봄이 타당한 점

   (2) 따라서, 처분청이 청구법인이 용역제공 없이 쟁점세금계산서를 발행한 것으로 보아 한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

5. 결론

이 건 심사청구는 청구주장이 이유 없으므로 ｢국세기본법｣ 제65조제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.