주 문

처분청이 2025.11.3. 청구인에게 한 2023년 과세연도 양도소득세 100,196,932원의 부과처분은 쟁점토지 근저당 관련 금융기관 대출 실행 내역, 계약금ㆍ잔금 및 대출금 관련 금융거래 내역, 쟁점토지 현장 현황, AㆍB 진술 등 쟁점토지 관련 사실관계에 대해 재조사한 이후 양도시점을 판단하고 그 결과에 따라 과세표준과 세액을 경정합니다

이 유

1.처분개요

가.청구인은 C 243번지(대 407㎡, 이하 “쟁점토지”라 한다)를 2018.4.12. 상속을 원인으로 취득하였고, 2023.7.26. 임의 경매로 인한 매각을 원인으로 제3자에게 소유권이전 등기되었다.

나. 처분청은 쟁점토지가 소유권이 이전되었음에도 청구인이 양도소득세 신고를 하지 아니한 사실을 확인하고, 쟁점토지 양도일을 2023.7.26.로, 양도가액을 경매매각금액인 243,940,090원으로 하여 2025.8.1. 청구인에게 2023년 과세연도 양도소득세 100,196,932원을 과세할 예정이라는 내용의 과세예고통지를 하였고, 청구인은 이에 대하여 2025.9.5. 처분청에 과세전 적부심사를 제기하였으나 2025.10.27. 불채택 결정되었다.

다.처분청은 2023년 과세연도 양도소득세 100,196,932원(가산세 26,519,466원 포함)을 2025.11.3. 청구인에게 경정고지하였고, 청구인은 이에 불복하여 2025.11.11. 이의신청을 제기하였으나, 2026.1.7. 기각 결정되었다.

라.청구인은 이에 불복하여 2026.2.11. 이 건 심사청구를 제기하였다.

2.청구주장

가.쟁점토지의 실질적인 양도 시기 및 대금

청구인이 제출한 매매계약서를 보면 청구인은 2021.9.1. 쟁점토지를 A과 8천만원에 매매계약을 체결하였다.

토지 등기부등본과 입출금거래내역을 보면 매수자 A이 사촌 동생 B 명의로 근저당을 설정하고 대출을 받아 2021.9.2.에 양도대금 총 82,073,079원(80,000,000원+2,073,079원)을 청구인에게 지급함으로써 잔금이 전액 청산되었다.

쟁점토지 매매계약서상 매매대금 80,000,000원 외 추가로 2,073,079원을 더 받은 이유는 D 대출상환금액 및 이자비용이 부족해서 매수자 A 에게 추가로 요구해서 더 받은 금액이다.

D 계좌별거래내역을 보면 2021.9.2.에 82,073,079원을 받아서 당일에 청구인의 대출금 및 이자비용 모두를 정리했음을 알 수 있고, 청구인은 양도대금으로 대출금 및 이자비용을 완전히 정리할 목적으로 그 금액을 계산하고 부족금액을 추가로 2,073,079원을 더 받은 것이 분명하다.

청구인과 A이 작성한 매매계약서 및 대금지급의 내용으로 보면 청구인의 양도일은 ｢소득세법｣ 제98조에 따라 잔금청산일인 2021.9.2.이고 양도가액은 82,073,079원이다

나. 등기이전 지연 및 경매 발생 경위

매수인은 양도대금을 2021.9.2. 전액 지급했음에도 불구하고, 매수인이 건축허가 문제를 해결할 시간이 필요하다는 이유로 등기 이전을 미루었다.

3개월 후 매수인이 사촌 동생 B 명의로 등기하겠다하여 A으로부터 B의 인적사항을 받아 등기 목적으로 매도용 인감증명서를 발급받았고, 매매계약서를 다시 작성하고 등기 이전을 하려했으나 매수인이 또 다시 시간을 요구하며 등기 이전을 하지 않았다.

이후 매수인이 대출 이자를 갚지 않아 결국 쟁점토지에 대해 임의 경매가 진행되었고, 2023. 7. 26.에 임의경매로 인한 소유권이 이전되었다.

B과 A은 사촌지간으로 쟁점토지 매매계약 당시에 새마을 금고 및 E신용협동조합에 근무하고 있었으나, B과 A은 몇 년 전에 퇴직을 당하고 현재는 행방조차 알 수가 없는 상태이다.

2021.9.2. 쟁점토지에 B이 근무한 E신용협동조합에 채권 최고액 286,000,000원을 설정하고 대출 220,000,000원을 받아 쟁점토지에 대한 양도대금 82,073,079원을 지급하고 나머지 137,926,921원의 부당한 이익을 얻었다.

이들은 토지에 대한 잔금을 지급하고도 고의로 등기를 하지 않고 담보대출에 대한 이자도 갚지 아니하여 쟁점토지가 경매에 이르게 했으며, 경매금액 243,940,090원은 E신용협동조합 채권 승계인 F 대부에게 241,614,110원에 배당되었다.

B과 A이 금융기관에 종사하여 근저당설정 및 경매에 이르는 과정에 전문적인 지식이 있다고 보이는 점, 근무하다가 불명예 퇴직을 당한 점, 취득가액에 3배에 가까운 대출을 받을 수 있었던 점, 등기를 고의로 지연시킴으로서 양도소득세를 회피했던 점, 잔금을 다 지급함으로서 사기죄를 피한 점을 고려하면 이들의 행태가 계획적임을 알 수 있다.

다. 청구인에 대한 과세가 부당한 이유

세법상 양도 시기는 잔금 청산일인 2021.9.2.이 명확하며, 양도가액은 매매계약에 따른 82,073,079원이다. 이를 기준으로 청구인이 부담해야할 양도소득세는 가산세 포함 8,879,528원이다.

2023년의 임의경매는 실질적인 양도 이후 매수인의 채무 불이행으로 발생한 부수적인 사건이며, 이를 양도 시기나 가액의 기준으로 삼아 과세한 91,317,434원은 취소되어야 한다.

A과 B이 청구인의 토지를 담보로 대출을 받고 대출원금 및 이자를 갚지 않아 경매에 이르게 해 부당한 이익을 취했음에도 불구하고 청구인에게 양도소득세 전부를 과세한 것은 정의롭지 못한 일이다.

따라서 매매계약 당사자인 A에게도 실질소득에 따라 양도소득세가 과세되어야 하며 청구인에게는 2021.9.2. 82,073,079원을 기준으로 양도소득세가 부과되어야 한다.

라. 사전열람 후 추가의견

1)매매계약서상 매매대금 80,000,000원과 B이 매매대금으로 송금한 82,037,07원과 일치하지 않는다는 처분청 주장 관련

청구인이 작성한 소명서를 보면 8천만원 외 2백만원을 더 요구해서 받았다고 했으며, 더 받은 이유는 잔금 청산일 현재 청구인의 총대출 및 이자비용이 82,073,079원이 존재했고 매수인에게 부족한 부분 2,073,079원을 더 요구해서 받은 것이다.

청구인은 82,073,079원을 받아서 아래와 같이 대출금 및 이자를 모두 상환한 것으로 확인(계좌거래내역, CSS대출원장)된다.

∙2021.9.2. 마이너스 대출상환 66,047,488원

∙대출상환 8,142,228원

∙대출상환 7,134,907원

∙이자비용 748,456원

위 사실로 볼 때 청구인은 8천만원 외 대출상환 목적으로 2,073,079원을 추가적으로 받은 것이 분명하므로, 청구인의 양도대금은 82,073,079원이다.

2)매도용 인감증명서에 매수자의 직인이나 날인이 기재되지 않은 형식적이 서류다고 하나 매도용 인감증명서는 매수자의 인적사항을 기재하여 등기 권리자를 명확히 확인하기 위한 것으로 매수자의 직인이나 날인을 필요한 것이 아니다.

오히려 청구인이 매도용 인감증명서를 발급받은 사실은 청구인이 등기이전을 실행하기 위해서 노력했다는 강력한 증거이다.

매도용 인감증명서를 발급하고 등기이전을 못한 이유는 매수인이 등기를 고의로 지연시켰기 때문이다

3)매매계약자는 A이고 매매대금을 지급한 자는 B으로 매수자가 누구인지 불분명하다는 처분청 주장 관련

A은 매매계약 당시에 대출한도가 차서 자기 앞으로 대출을 받을 수 없다고 하고 사촌동생 B으로 계약서 명의변경 및 대출을 받아도 되냐고 물었고 청구인도 동의를 해서 B이 대출을 받을 수 있었던 것이다.

처분청은 매수자가 불분명하다고 하지만 계약서의 명의변경이 없었기 때문에 실질적인 계약자는 A이고 대금의 지급은 A이가 A 명의로 차입하여 지급한 것으로 봄이 타당하다.

4)양도세 신고 및 부동산 실거래 신고를 한 적이 없는 점으로 보아 실제 거래가 불명확하다고 하나 양도소득세의 납세의무 성립은 잔금청산일과 등기이전일 중 빠른 날을 기준으로 하기 때문에 양도세 신고 및 부동산 실거래 신고를 하지 않았다고 실제 거래가 불분명하다고 할 수는 없다.

매매계약서를 보면 청구인은 부동산 중개인 없이 당사자 간에 직접 계약했음이 확인되며, 청구인은 택시업에 종사하는 사람으로 부동산 거래에 무지하여, 위 신고에 대해서 잘 알지 못해서 하지 못했을 뿐이다.

부동산 거래에 따른 신고를 하지 않았다고 부동산 거래가 없는 것은 아니며, 청구인은 부동산 매매계약서에 따라 A과 계약했고 2021.9.2.에 잔금 82,073,079원을 받았다.

청구인에 대한 과세는 양도일 2021.9.2.과 매매대금 82,073,079원을 기준으로 과세되어야 한다.

5)청구인과 A이 매매계약을 한 당일(2021.9.1.)에 B은 E 신용협동조합에 채권최고액 286,000,000원에 근저당을 설정하고 2021.9.21.에 대출을 실행하여 청구인에게 82,073,079원을 송금한 사실이 확인된다.

매매계약서에 매매금액은 일시불로 받는 것으로 되어있고 또 특약 사항에 매도자는 매수자가 먼저 대출받을 수 있도록 협조하기로 하며 대출 나오는 데로 잔금을 일시불로 처리하기로 한다고 했다.

이러한 내용과 청구인이 매도용 인감증명서를 발급받은 사실 등을 종합적으로 고려하면 청구인의 토지가 2021.9.21.에 80,000,000원에 양도된 것이 틀림없다

또한 당초 A과 매매계약서가 존재하고 이에 대한 잔금도 모두 받은 상태에서 등기와 부동산실거래가신고 및 명의변경에 관한 문제는 청구인의 양도소득세를 결정하는데 아무런 이유가 될 수가 없다.

3.처분청 의견

가.청구인은 2021.9.1. 해당 토지의 소유권이전등기가 아니라 B의 근저당설정 등기임을 동의하고 인지하고 있었고, B이 대출 실행 후 송금한 82,073,079원은 2021.9.1. 매수자 A과 작성한 매매계약서의 매매대금 80,000,000원과 일치하지 않아 쟁점토지의 매매대금인지 확실하지 않다.

나. 또한 매도용 인감증명서는 부동산 매수자의 인적사항이 들어갈 뿐 이를 확인하는 부동산 매수자의 직인이나 날인이 기재되지 않은 형식적인 서류일 뿐이고, 인감증명서를 발급받았다고 하여 실제로 부동산이 매매되었다고 볼 수는 없다.

다.양도소득세는 실소유자에게 과세함이 원칙이지만 청구인이 제출한 자료를 보면 매매계약서 및 확인서 작성자는 매수인 A이나 매도용 인감증명서 및 등기부등본상 근저당설정권자, 매매대금을 이체한 자는 B이다. 청구인과 B 간의 매매계약서는 존재하지 않아 쟁점토지의 실제 매수자가 누구인지 불분명하다.

라.청구인이 실제로 잔금청산이 되었다고 주장하지만 쟁점토지에 대한 양도소득세 신고 및 부동산 실거래신고를 한 적이 없는 점 등으로 보아 실제 거래의 여부가 불분명하다.

마.따라서, ｢소득세법 시행령｣ 제162조제1항제1호 “대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 등기부ㆍ등록부 또는 명부 등에 기재된 등기ㆍ등록접수일 또는 명의개서일”에 따라 등기부등본상에 기재된 임의 경매를 원인으로 한 소유권 이전 접수일 2023.7.26.을 양도시기로 경매매각 대금을 양도가액으로 하여 청구인에게 양도소득세를 부과한 것은 정당하다.

4. 심리 및 판단

가. 쟁점

   쟁점토지의 양도가액 및 양도시기는 청구인이 제출한 매매계약서의 양도대금이 지급된 날이라는 청구주장의 당부

나. 관련법령

1) 국세기본법 제14조【실질과세】

① 과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의(名義)일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.

2) 소득세법 제88조【정의】

이 장에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1.“양도”란 자산에 대한 등기 또는 등록과 관계없이 매도, 교환, 법인에 대한 현물출자 등을 통하여 그 자산을 유상으로 사실상 이전하는 것을 말한다. 이 경우 대통령령으로 정하는 부담부증여 시 수증자가 부담하는 채무액에 해당하는 부분은 양도로 보며, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우에는 양도로 보지 아니한다.

5.“실지거래가액”이란 자산의 양도 또는 취득 당시에 양도자와 양수자가 실제로 거래한 가액으로서 해당 자산의 양도 또는 취득과 대가관계에 있는 금전과 그 밖의 재산가액을 말한다.

3) 소득세법 제96조【양도가액】

① 제94조제1항 각 호에 따른 자산의 양도가액은 그 자산의 양도 당시의 양도자와 양수자 간에 실지거래가액에 따른다.

4) 소득세법 제98조【양도 또는 취득의 시기】

자산의 양도차익을 계산할 때 그 취득시기 및 양도시기는 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우를 제외하고는 해당 자산의 대금을 청산한 날로 한다. 이 경우 자산의 대금에는 해당 자산의 양도에 대한 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 양수자가 부담하기로 약정한 경우에는 해당 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액은 제외한다.

5) 소득세법 시행령 제162조【양도 또는 취득의 시기】

① 법 제98조 전단에서 "대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우"란 다음 각 호의 경우를 말한다.

1.대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 등기부ㆍ등록부 또는 명부 등에 기재된 등기ㆍ등록접수일 또는 명의개서일

2.대금을 청산하기 전에 소유권이전등기(등록 및 명의의 개서를 포함 한다)를 한 경우에는 등기부ㆍ등록부 또는 명부등에 기재된 등기 접수일

3.기획재정부령이 정하는 장기할부조건의 경우에는 소유권이전등기 (등록 및 명의개서를 포함한다) 접수일ㆍ인도일 또는 사용수익일중 빠른 날

6) 소득세법 기본통칙 98-162…3【경락에 의하여 자산을 취득하는 경우의 취득시기】

경매에 의하여 자산을 취득하는 경우에는 경락인이 매각조건에 의하여 경매대금을 완납한 날이 취득의 시기가 된다.

다. 사실관계

1)쟁점토지 양도와 관련하여 청구인의 양도소득세 신고내역 및 청구인의 부동산 실거래가 신고내역은 확인되지 않으며, 처분청의 청구인에 대한 2023년 과세연도 양도소득세 경정내역은 다음과 같다.

2)쟁점토지 등기사항증명서 ‘갑구’ 내용에 의하면 2018.5.25. 협의분할에 의한 상속을 원인으로 청구인에게 소유권이전등기 되었다가 2023.7.26. 임의 경매로 인한 매각을 원인으로 소유권이전등기가 된 것으로 확인된다.

3)쟁점토지 등기사항증명서 ‘을구’ 내용에 의하면 2019.1.1. 채무자가 청구인인 근저당권(채권최고액 91백만원)이 설정되었다가, 2021.9.2. 채권최고액 286백만원(채무자 B, 근저당권자 E신용협동조합) 근저당권이 설정되면서 청구인의 근저당권 설정은 말소된 것으로 확인된다.

4)처분청이 제시한 경매물건 사이트 쟁점토지 경매정보 자료에 따르면 쟁점토지는 나대지 상태로서 인근에 탐문하였으나 점유관리자를 확인할 수 없었다는 내용 등이 기재된 것으로 나타나고, G법원 2022타경0000 부동산임의경매 배당표 자료에 따르면 쟁점토지는 243,940,090원에 매각된 것으로 확인되며, 공시지가는 2021년 기준 43,019,900원이다.

5)국세청 전산자료로 확인되는 쟁점토지에 대한 재산세 부과내역에 따르면 2018년부터 2023년까지 쟁점토지에 대한 재산세는 청구인에게 부과되었던 것으로 나타난다.

6)쟁점토지가 2021.9.2. 양도되었다는 주장에 대한 근거로 청구인이 제출한 증빙은 아래와 같다.

가) 청구인이 제출한 청구인과 A 간 쟁점토지 매매계약서는 아래와 같으며, 해당 매매계약서에는 작성일자 2021.9.1., 매매대금 80,000,000원, 특약사항으로 “매도인은 잔금일에 청구인 채무의 근저당권을 말소하여 주기로 한다”, “건축 및 모든 인허가 사항은 매수인 책임이다”, “매도자는 매수자가 먼저 대출받을 수 있도록 협조하기로 하며, 대출이 나오는 대로 잔금을 일시불 처리하기로 한다” 등의 내용이 기재되어 있다.

나)청구인은 A과 쟁점토지 매매계약 당시 A에게 쟁점토지에 건축이 되지 않는다는 내용을 인지시키고 확인서를 작성 받았다는 주장에 대한 근거로 아래와 같이 확인서를 제출하였다.

다)청구인은 2021.9.2. 잔금 청산이 완료되어 쟁점토지가 양도된 것이라는 주장에 대한 증빙으로 아래와 같이 B으로부터 금원을 입금받은 은행 전표 및 계좌거래 내역 증빙을 제출하였다.

라)청구인이 제출한 매도용 인감증명서는 아래와 같으며, 인감증명서에는 B의 인적사항이 부동산 매수자란에 기재되어 있고 인감증명서 발급일이 2021.12.23.로 기재되어 있는 것으로 확인된다.

마)청구인이 제출한 쟁점토지 양도 관련 청구인의 자필 소명서는 아래와 같다.

7)국세청 전산자료에 따르면 청구인이 제출한 매매계약서상 매수인 A과 매도용 인감증명서상 매수자 B은 4촌 관계인 것으로 나타나며, A은 2011년부터 2022년까지 E신용협동조합에서 근로소득이 발생된 것으로 확인되고, B은 2020년과 2021년에 H저축은행 지점에서 근로소득이 발생한 것으로 확인되며, 이후에는 소득발생 내역이 확인되지 않는다.

8)청구인과 A의 사업자등록 내역은 아래와 같고, B의 사업자등록 내역은 확인되지 않는다.

라. 판단

 1) 관련 법리

 ｢소득세법｣ 제88조 제1호에서는 “양도”에 대하여 “자산에 대한 등기 또는 등록과 관계없이 매도, 교환, 법인에 대한 현물출자 등을 통하여 그 자산을 유상으로 사실상 이전하는 것을 말한다”라고 규정하고 있고 같은 법 제98조에서는 “자산의 양도차익을 계산할 때 그 취득시기 및 양도시기는 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우를 제외하고는 해당 자산의 대금을 청산한 날로 한다”라고 규정하고 있고 같은 법 시행령 제162조제1항제1호에서는 “대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 등기부·등록부 또는 명부 등에 기재된 등기·등록접수일 또는 명의 개서일”을 취득시기 및 양도시기로 규정하고 있으며, 같은 법 기본통칙 98-162…3에서는 “경매에 의하여 자산을 취득하는 경우에는 경락인이 매각 조건에 의하여 경매대금을 완납한 날이 취득의 시기가 된다”라고 규정하고 있다.

 2) 청구인이 쟁점토지를 2021년 9월경 양도한 것인지에 대한 판단

  가) 위 법리와 앞서 인정한 사실관계에 비추어 이 건을 보건대, 다음과 같은 이유로 쟁점토지와 관련된 사실관계를 좀 더 명확히 확인한 이후에 쟁점토지의 양도일 및 양도가액을 결정하는 것이 타당하다.

   (1) 청구인이 제시한 은행전표 및 계좌 거래내역에 따르면, 2021.9.2. 매수인 측 B으로부터 82,073,079원이 청구인에게 임금된 사실이 확인되어, 매매계약서상 금액인 8천만원에 당시 청구인의 기존 대출금 및 이자 비용을 합산한 금액이라는 청구인의 주장에 구체적으로 부합하며,

대금지급 당일인 2021.9.2. 쟁점토지에는 채무자를 B으로 하는 채권최고액 286,000,000원의 근저당권이 설정되어 있는데, 이는 매수인이 잔금을 지급함과 동시에 해당 토지를 담보로 거액의 대출을 실행한 것으로 판단되어, 등기부상 소유권이전만 지연되었을 뿐 실질적으로는 매수인이 토지에 대한 처분 권한을 행사한 것으로 보인다.

   (2) 매수인 A과 근저당 채무자 B은 모두 금융기관 종사 경력이 있는 자들로서, 전문 지식을 이용해 토지가액을 상회하는 대출을 받은 후 고의로 이자를 체납하여 경매에 이르게 한 정황이 엿보이며, 이러한 사정을 도외시하고 경매 매각가액을 기준으로 청구인에게 양도소득세를 부과하는 것은 실질과세원칙에 부합하지 않을 수 있다.

   (3) 처분청은 입금자와 매수인이 다르다는 점을 이유로 거래 자체를 불분명하다고 보았으나, 경험칙상 과세요건 사실이 추정되는 구체적 증빙이 제시되었다면 과세관청은 이를 면밀히 재조사하여 실질 귀속자를 가려 내야할 것으로 판단된다.

  나) 따라서 쟁점토지 근저당 관련 금융기관 대출 실행 내역, 계약금ㆍ잔금 및 대출금 관련 금융거래 내역, 쟁점토지 현장 현황, AㆍB 진술 등 쟁점토지 관련 사실관계에 대해 재조사한 이후 쟁점토지의 양도시점을 판단하는 것이 타당하다.

5. 결론

이 건 심사청구는 사실관계 확인 등 추가적인 조사가 필요하므로 ｢국세기본법｣ 제65조제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.