주 문

이 건 과세전적부심사청구는 불채택결정합니다.

이 유

1. 사실관계 및 통지내용

가.청구법인은 1909년 전북 전주시에서 A로 설립되어 1994.7월 법인으로 전환된 B으로서, 2022 사업연도 법인세 신고 당시 각 사업연도 소득금액 22,216,239,493원에서 이월결손금 9,315,206,439원을 공제 하고, 잔여 소득금액 12,901,033,054원을 고유목적사업준비금으로 설정하여 과세표준을 0원으로 신고하였다.

나.이후 2021 사업연도에 대한 코로나19 손실보상금 관련 경정청구(2025. 8.) 및 동 사업연도에 대한 세무조사 결과, 2021사업연도에서 2022사업연도로 이월되는 결손금이 기존 9,315,206,439원에서 14,248,173,946원으로 증가하였고, 2022 사업연도 소득금액 역시 세무조정 결과 22,216,239,493원 에서 5,927,652,993원으로 감소 조정되었다.

다.조사청은 청구법인에 대한 2021사업연도 내지 2022사업연도 법인 통합조사를 실시하고 아래와 같이 세무조사 결과를 통지하였다.

1)2022 사업연도 고유목적사업준비금 한도 계산 시 2021 사업연도 경정 청구 등에 따른 이월결손금 증가분이 전액 공제되어 고유목적사업준비금 한도액이 0원이 됨에 따라, 당초 설정한 고유목적사업준비금 중 한도초과액 12,901,033,054원을 손금불산입(기타사외유출) 처분 [쟁점①]

2)2021 사업연도 임직원들에게 지급한 복지포인트 3,291,883,840원(이하 “쟁점복지포인트”라 한다)을 ｢소득세법｣ 제20조제1항제1호 및 같은 법 시행령 제38조제1항제1호에 따른 근로소득으로 보아 원천징수의무 불이행 으로 원천세 과세[쟁점②]

3)2021 사업연도 손금으로 계상한 교통유발부담금 100,808,050원을 법령에 따른 의무의 불이행 또는 금지·제한 위반에 대한 제재의 성격으로 부과되는 공과금으로 보아 손금불산입(기타사외유출) 처분 [조사청 취소 예정]

4)2021 사업연도 손금으로 계상한 장애인고용부담금 302,533,740원을 법령에 따른 의무의 불이행 또는 금지·제한 위반에 대한 제재의 성격으로 부과되는 공과금으로 보아 손금불산입(기타사외유출) 처분 [조사청 취소 예정]

5)이에 따라 청구법인에게 2021사업연도 내지 2022사업연도 법인세 691,928,486원 및 원천세 588,701,644원을 과세할 예정이라는 세무조사 결과를 통지

라.청구법인은 이에 대하여 2026.4.13. 이 건 과세전적부심사청구를 제기 하였다.

2. 청구법인 주장

가.청구취지

조사청은 2022사업연도 고유목적사업준비금 조정명세서상 서식 (6-1)번에 적을 금액은 당기 소득금액 5,927,652,993원의 60% 해당액 3,556,591,796원의 한도 내에서 실제로 공제된 이월결손금 3,556,591,796원이 되어야 하나 한도 금액을 초과한 8,655,412,738원으로 해석하였으며, (23)번 공제한도 적용으로 공제받지 못하고 이월된 금액(누적분)을 과거 사업연도 법인세 신고 시 공제받지 못한 소득금액의 40% 상당액인 5,592,761,208원(2019년 2,122,680, 788원, 2021년 3,470,080,420원)으로 해석하여, 고유목적사업준비금 설정 가능 소득금액을 과소하게 산정하였다.

그러나 (6-1)번의 의미는 당기 소득금액의 60% 해당액 한도 내에서 실제로 당기에 공제받은 금액 3,556,591,796원이 되어야 하며, (23)번의 의미는 단순히 과거 사업연도 소득금액의 40% 상당액을 기계적으로 적는 것이 아니라, 공제 한도 적용 결과 당해 사업연도 계산과정에서 실제로 공제되지 못하고 다음 사업연도로 이월되는 결손금을 반영하는 것으로 해석 하여야 하므로, 청구법인이 주장하는 바와 같이 쟁점금액은 10,691,582,150원 으로 보아야 한다.

따라서 이를 전제로 2022사업연도 고유목적사업준비금 손금산입 한도를 다시 계산하여 세무조사 결과 통지를 취소하여야 한다.

나. 사실관계

청구법인은 2022 사업연도 법인세 신고 당시 각 사업연도소득금액 22,216,239,493원에서 이월결손금 9,315,206,439원을 공제하고, 잔여 소득금액 12,901,033,054원을 고유목적사업준비금으로 설정하여 과세표준을 0원으로 신고하였다.

이후 2021년 귀속 사업연도에 대한 코로나19 손실보상금 관련 경정 청구(2025년 8월) 및 이후 동 사업연도에 대한 세무조사 결과, 2021년 사업 연도에서 2022 사업연도로 이월되는 결손금이 기존 9,315,206,439원에서 14,248,173,946원으로 증가하였고, 2022사업연도 소득금액 역시 세무조정 결과 22,216,239,493원에서 5,927,652,993원으로 감소 조정되었다.

이와 관련하여 조사청은 고유목적사업준비금 조정명세서상 (23)번 “공제한도 적용으로 공제받지 못하고 이월된 금액(누적분)”을 과거 사업연도에 공제받지 못한 소득금액의 40% 상당액인 5,592,761,208원으로 해석하였고, 이에 따라 (6-1)번 “｢법인세법｣ 제13조제1항제1호에 따른 결손금 중 공제 대상액”이 당해연도 이월결손금 공제한도인 당해연도 소득금액의 60% 해당액 3,556,591,796원을 초과한 8,655,412,738원이 되었으며, 이를 전제로 고유목적사업준비금 설정 가능 소득금액이 (-)2,727,759,745원이 되어 고유목적 사업준비금을 설정할 수 있는 소득금액이 존재하지 않는다고 주장하고 있다.

반면 청구법인은 (6-1)번은 공제한도 60% 한도 내에서 당해연도에 실제로 공제된 금액 3,556,591,796원이 되어야 하고, (23)번은 단순히 과거 소득금액의 40% 누적분을 적는 항목이 아니라 2022사업연도 계산 결과 실제로 공제받지 못하고 차기로 이월되는 결손금을 적는 항목이므로, 본 청구법인의 계산에 따르면 10,691,582,150원이 기재되어야 한다.

이를 통해, (24)번 “공제대상 이월결손금(22-23)번”과 (6-1)번 금액이 동일한 금액이 되고 결과적으로 공제받지 못한 나머지 소득 40%에 대하여 100%의 고유목적사업준비금을 설정할 수 있게 되는 것이다.

다.｢조세특례제한법｣ 제74조의 입법 취지에 반하는 처분

｢조세특례제한법｣(이하 “조특법” 이라 한다) 제74조제1항제2호는 국립 대학교병원 등 공공성이 높은 비영리법인에 대해 수익사업 소득 전부 (100%)를 고유목적사업준비금으로 손금산입할 수 있도록 허용하고 있다.

이는 일반 비영리법인에게 50%의 한도만 인정하는 ｢법인세법｣에 대해 더 넓은 범위의 손금산입 혜택을 부여함으로써 해당 법인의 공익적 활동을 장려하기 위한 특례 규정의 취지이다.

헌법재판소 역시 구 조특법 제74조에 대하여 “수익사업에서 발생한 소득의 전부를 손금에 산입할 수 있도록 하여 ｢법인세법｣ 제29조제1항 제4호의 고유목적사업준비금 손금산입 범위에 비하여 넓은 범위 내에서 손금 산입이 가능하도록 한 조세특례 조항”이라고 그 입법 의도를 명확히 한 바 있다(헌법재판소 2006헌마1261).

한편, 조사청의 해석에 따르면, 과거에 결손이 발생한 적이 있는 비영리법인은 이월결손금의 누적으로 고유목적사업준비금을 100% 설정할 수 있는 기관임에도 불구하고, 이를 설정하지 못하여, 고유목적사업에 환원될 수 없는 구조적인 모순이 발생한다.

그에 따라, 청구법인의 수익사업 소득이 전액 교육·연구·공공의료에 사용되고 있음에도, 이월결손금을 이유로 고유목적사업준비금을 전혀 설정 하지 못하고 법인세가 과세되는 것은 100% 설정 특례를 둔 취지에 부합 하지 않는다. 이는 시행령 제56조 제3항의 한도 산식은 일반 비영리법인 (50% 설정)을 전제로 설계된 것으로, 조특법 제74조에 따라 100%를 설정 하는 법인의 상황이 충분히 반영되지 않은 것으로 보인다.

입법자도 이러한 문제를 인식하여 2024년 ｢법인세법 시행령｣ 제10조 제1항에 제7호를 신설하였다. 조특법 제74조에 따라 고유목적사업준비금을 설정하는 비영리법인을 ‘이월결손금 100% 공제 대상’에 명시적으로 추가 하여, 본 건과 같은 부당한 세금 추징 쟁점을 원천적으로 해소되었고, 세법 해석의 이견을 방지하였다.

조사청의 해석이 본래 타당한 것이었다면, 이월결손금 100%를 공제할 수 있는 법인에 당 청구법인과 같이 고유목적사업준비금 100%를 설정할 수 있는 법인을 별도로 추가하는 법 개정이 필요하지 않았을 것이며, 이러한 사정은, 본 건 처분의 기초가 된 조사청의 해석을 재검토할 필요성을 뒷받침하는 것이다.

라.2020.2.11. 개정된 ｢법인세법 시행령｣ 제56조제3항의 입법 취지에 반하는 처분

2020.2.11. 개정된 ｢법인세법 시행령｣ 제56조 관련 개정 내용에서는, 고유 목적사업준비금 손금산입 한도 계산식 중 “수익사업 소득금액”에서 빼는 이월결손금에 대해 “이월결손금 공제한도를 적용받는 법인의 경우에는 공제 한도 적용으로 공제받지 못하고 이월된 금액을 차감한 금액”으로 보도록 정리했다. 쉽게 말해, 장부상 이월결손금 총액이 아니라 당해 사업연도에 실제 공제효과가 있는 부분만 차감하라는 뜻이다.

개정 전에는 고유목적사업준비금 한도를 계산할 때 이월결손금 공제 한도가 있는 법인의 경우, 실제로는 결손금 전부를 공제받지 못하는데도 이월결손금 전액이 한도 계산에서 차감되어 고유목적사업준비금 한도가 지나치게 줄어드는 문제가 있었다. 이 개정은 실제 공제된 부분만 반영 하도록 하여, 한도 계산을 실질과세 원칙에 부합하게 만든 것이다.

이 개정의 핵심 법 취지는, 공제한도 제한을 받는 법인에게 이월 결손금 공제한도에서 한 번 불이익, 고유목적사업준비금 한도 계산에서 또 한 번 불이익이 생기는 구조를 막는 데 있다. 공제한도 때문에 당해 연도에 못 쓴 결손금은 앞으로 이월될 뿐인데, 그것까지 이번 연도 준비금 한도 계산에서 차감하면 미공제 결손금을 이미 사용한 것처럼 취급하는 셈이 된다. 따라서 개정사항은 “실제 공제된 부분만 반영”하도록 하여, 한도 계산을 실질과세ㆍ능력과세에 더 부합하게 만든 것으로 볼 수 있다.

따라서 ｢법인세법 시행령｣ 제56조제3항의 특칙에 따라 이월결손금 공제한도가 각 사업연도 소득금액의 100분의 60으로 제한되는 법인의 경우, 고유목적사업준비금 조정명세서(갑) 서식 (6-1)번에 적을 금액은 당기 소득 금액의 60% 한도 내에서 실제 공제된 이월결손금이어야 하고, 공제한도 때문에 당기에 공제되지 못하고 다음 사업연도로 이월된 결손금은 포함되면 안 된다.

즉, 2020.2.11. 개정은, 고유목적사업준비금 손금산입한도 계산에서 이월결손금 공제한도 규정을 적용받는 법인에게 불리한 이중 차감이 발생 하는 문제를 바로잡기 위한 것이다. 세법상 당기에 실제로 공제할 수 있는 이월결손금은 소득금액의 60%로 제한되는데, 종전 계산방식대로라면 실제로 공제하지도 못한 결손금까지 준비금 한도 계산에서 다시 차감되는 결과가 생길 수 있었다. 그래서 시행령은 “공제한도 적용으로 인해 공제받지 못하고 이월된 금액”은 차감대상에서 빼도록 보완한 것이다.

따라서 당 청구법인의 경우 고유목적사업준비금 조정명세서(갑) 서식 (6-1)번에 적을 금액은 당기 소득금액 5,927,652,993원의 60% 해당액 3,556, 591,796원의 한도 내에서 실제로 공제된 이월결손금 3,556,591,796원으로 해석되어야 할 것이나, 조사청은 서식 (6-1)번의 금액을 당기소득금액의 60% 해당액 3,556,591,796원의 한도금액을 초과하여 8,655,412,738원으로 산출함으로써 결과적으로 당기 고유목적사업준비금 대상소득이 (-)2,727, 759,745원이 되어 개정된 ｢법인세법 시행령｣ 제56조의 개정 입법 취지와 맞지 않는 결과를 초래하였다.

마.(23)번은 “과거 사업연도 소득금액의 40% 상당액”을 적는 란이 아니라, 실제로 공제받지 못하고 이월되는 결손금을 적는 란

고유목적사업준비금 조정명세서상 (23)번의 항목명은 “공제한도 적용 으로 공제받지 못하고 이월된 금액(누적분)”이고, (22)번은 “법 제13조 제1항 제1호의 결손금”, (24)번은 “공제대상 이월결손금(22-23)번”, (26)번은 “법 제13조 제1항에 따라 공제받는 이월결손금”으로 구분되어 있다.

또한 작성방법은 (6-1)번을 “법인세법 제13조 제1항 제1호에 따른 결손금 중 공제대상액”으로 하여 (24)번과 일치시킬 것을 요구하고 있다. 이는 서식을 통해 당해 연도의 결손금 공제 가능 범위와 실제 공제 여부를 구분하여 고유목적사업준비금을 적용할 수 있게 반영하는 구조임을 보여 준다.

따라서 (23)번은 ｢법인세법｣상 공제한도 때문에 실제로 당해 사업연도 계산상 공제되지 못하고 이월되는 결손금을 반영하는 항목으로 이해하여야 하고, 이를 “과거 사업연도 소득금액의 40% 상당액”이라는 방식으로 단순 환산하는 것은 앞서 다룬 법 취지를 벗어나는 계산 방식이다.

조사청은 조정명세서상 (23)번을 과거 사업연도 소득금액의 40% 상당액인 5,592,761,208원으로 해석하고, 이월된 결손금 14,248,173,946원에서 동 40% 상당액을 차감하여 사업연도 소득금액에서 고유목적사업준비금을 설정할 수 없는 이월결손금이 8,655,412,738원이 되었다. 이 결과 설정 전 소득금액 5,927,652,993원에서 동 8,655,412,738원을 차감하여 설정할 수 있는 소득 금액이 (-)2,727,759,745원이 되었다.

조사청의 해석에 따라 고유목적사업준비금 설정 한도를 계산할 경우 코로나19로 인한 손실보상금을 세무조정하기 전 소득금액이 이월결손금보다 커서 이월결손금을 소득금액에서 전부 공제할 수 있는 경우에는 남은 소득금액에 대하여 고유목적사업준비금을 100% 설정할 수 있는 반면에 코로나19로 인하여 손금조정금액이 현저하게 증가하여 반대로 이월결손금이 소득금액을 초과하는 경우에는 설정 대상 소득금액이 음수(-)가 산출되는 불합리한 결과가 발생하게 되는 것이다.

바.조사청의 해석은 국세청 신고 안내 및 고유목적사업준비금 제도의 취지에 반함

국세청 비영리법인 신고 안내는 고유목적사업준비금 한도 계산 시 "기타의 수익사업 소득금액"에서 이월결손금을 차감하되, 공제한도 적용 법인의 경우에는 공제한도 적용으로 인해 공제받지 못하고 이월된 결손금을 차감한 금액을 기준으로 계산한다고 안내하고 있다. 이는 준비금 한도 계산상 차감되는 이월결손금이 단순히 장부상 존재하는 전체 이월결손금 이나 과거 소득금액의 일정 비율이 아니라, 실제 공제대상으로 기능하는 결손금이어야 함을 보여준다.

따라서 조사청의 방식대로 (23)번을 과거 사업연도 소득금액의 40% 상당액으로 기계적으로 계산하여 5,592,761,208원만 차감해야 한다고 보는 해석은, 국세청 스스로 밝힌 신고안내의 취지와도 맞지 않다. 오히려 당 청구법인이 주장하는 바와 같이, 당해 사업연도 계산 결과 공제한도로 인해 공제받지 못하고 다음 연도로 이월되는 결손금 전부를 반영하여야 고유 목적사업준비금 한도 계산이 실질에 맞게 된다.

사.고유목적사업준비금 조정명세서 작성 체계와도 맞지 않음

국세청 해석례는 고유목적사업준비금 조정명세서(갑)의 소득금액란이 법인세 과세표준 및 조정명세서상의 '차가감소득금액'을 기준으로 작성 된다고 밝히고 있다. 이는 준비금 한도 계산의 출발점이 적어도 ‘이월결손금 공제 후 과세표준’이 아니라, 그 이전 단계의 소득금액이라는 점을 보여 준다.

따라서 조사청처럼 이월결손금을 먼저 차감하여 수익사업소득금액을 마이너스 2,727,759,745원으로 만드는 방법은 신고서식의 구조와도 부합하지 않는다. 쉽게 말해, 조사청은 원래 나중 칸에서 공제할 항목을 앞 칸에 끌어와 계산한 셈이다.

조사청의 주장대로 이월결손금을 수익사업 소득금액 계산단계에서 차감하면, 청구법인의 수익사업소득금액은 마이너스 2,727,759,745원으로 산출되나, 이는 ｢법인세법｣상 허용되지 않는 계산구조이다. 왜냐하면 이월결손금은 ｢법인세법｣ 제13조에 따라 과세표준 계산단계에서 공제되는 항목일 뿐, 당해 사업연도의 수익사업 소득금액 자체를 산정하는 요소가 아니기 때문이다.

또한 ｢법인세법｣ 제14조상 결손금은 당해 사업연도 손금 총액이 익금 총액을 초과하는 경우의 초과액을 의미하므로, 과거 사업연도에 형성된 이월결손금을 당기 소득계산 단계에 차감하여 생성된 음수 2,727,759,745원은 법이 예정한 '당기 결손금'으로 볼 수 없다. 결국 조사청의 계산방식은 과세표준 공제항목을 소득금액 계산항목으로 오인하여 법이 예정하지 않은 인위적 결손금을 산출한 것이므로 부당하다.

수익사업소득금액은 당해 사업연도 수익사업에서 발생한 경제적 성과를 보여주는 값이어야 한다. 그런데 조사청 방식대로라면, 당해 연도 수익사업이 실질적으로 흑자이거나 적어도 소득이 발생하였더라도, 과거 결손을 끌어와 당기 수익사업소득금액을 마이너스 2,727,759,745원으로 만들 수 있게 된다. 이렇게 되면 '수익사업소득금액'은 당기 사업성과를 나타내는 지표가 아니라 단순한 누적 조정값으로 전락하게 된다. 이는 소득금액과 과세표준을 구분한 법체계의 취지를 무너뜨리는 해석이다.

사.청구법인의 계산에 따라 (6-1)번 및 (23)번을 재산정하여 고유목적 사업준비금 한도를 다시 계산하여야 함

결국 (6-1)번에 적을 금액은 당기 소득금액 5,927,652,993원의 60% 해당액 3,556,591,796원의 한도 내에서 실제로 공제된 이월결손금 3,556,591, 796원이 되어야 할 것이고, (23)번은 “과거 사업연도 소득금액의 40%”라는 추상적 개념이 아니라, 공제한도 때문에 실제 공제되지 못하고 이월되는 결손금을 표시하는 항목으로 보아야 하며, 당 청구법인의 계산처럼 2022사업연도에 실제 공제받지 못하고 다음 사업연도로 이월되는 금액 10,691, 582,150원을 반영하여 재산정하여야 한다.

아. 조사청의 “순환논리” 주장은 계산단계에 관한 오해에 불과하다.

1) 청구법인의 주장은 “반복 계산”이 아니라 “1회적 확정 계산”이다.

청구법인의 주장은 결코 동일 연도 계산을 무한 반복하자는 것이 아니며, 청구법인의 주장은 다음과 같은 단일·확정적 순서를 전제로 한다.

•세무조사 및 경정 결과에 따라 2022 사업연도 소득금액을 먼저 확정

•위 확정된 소득금액을 기초로 ｢법인세법｣상 이월결손금 공제한도 60%를 적용하여, 당기에 실제로 공제되는 이월결손금을 산정

•그 공제한도 적용 때문에 당기에 실제 공제되지 못하고 차기로 넘어 가는 금액을 (23)번 항목에 반영

•위와 같이 확정된 (6-1) 및 (23) 값을 전제로 고유목적사업준비금 한도를 산정

즉, 청구법인의 산식은 입력값을 한 번 확정한 후 한도를 계산하는 구조이지, 한도 계산 결과를 다시 같은 해의 기초소득금액에 소급하여 재투입하는 구조가 아니다.

조사청이 주장하는 “순환논리”는 고유목적사업준비금 한도 산정 결과를 다시 같은 사업연도의 기초 계산단계로 되돌려 넣는다는 가정을 전제로 하나, 청구법인은 애당초 그러한 재귀적 계산을 주장한 바 없다. 따라서 조사청이 전제한 “무한 반복”은 청구법인의 주장을 정확히 재현한 것이 아니라, 조사청이 임의로 재구성한 가정적 계산 예시에 불과하다.

2) 조사청은 “각 사업연도 소득금액”과 “과세표준 또는 손금산입 결과”를 혼동하고 있다.

조사청 의견서는 청구법인의 계산을 비판하면서, 고유목적사업준비금 손금산입 후의 결과를 다시 같은 사업연도의 “각 사업연도 소득금액” 산정 단계에 재반영하는 방식으로 예시를 제시하고 있다.

그러나 이 사건의 핵심은, 고유목적사업준비금 한도 계산의 기초가 되는 소득금액과 그 계산 결과로서 손금산입할 수 있는 준비금 금액은 동일 단계의 항목이 아니라는 점이다. 한도 산정의 기초가 되는 소득금액을 먼저 정한 다음, 그 소득금액을 토대로 결손금 공제 가능 범위와 준비금 한도를 정하는 것이지, 준비금 한도 산정 결과를 다시 같은 기초값 산정에 소급 반영하여 무한히 반복하는 구조는 법령이나 서식 어디에도 예정되어 있지 않다.

따라서 조사청이 제시하는 “3,556백만원→다시 60% 적용→2,133 백만원→ 다시 반복”이라는 예시는, 법정 계산구조를 설명한 것이 아니라 조사청이 가정한 재귀식에 불과하므로 이를 근거로 청구법인 주장을 “순환 논리”라고 단정할 수 없다.

3) 청구법인의 해석은 오히려 조정명세서 문언과 항목 체계에 충실하다.

청구법인은 (6-1)번을 “당기 소득금액의 60% 한도 내에서 실제 공제된 이월결손금”으로, (23)번을 “공제한도 적용으로 당기에 실제 공제되지 못하고 차기로 이월되는 금액”으로 해석하고 있다. 이는 각 항목의 문언 자체에 부합한다.

특히 (23)번의 명칭은 단순히 “과거 연도 미공제분”이 아니라 “공제 한도 적용으로 공제받지 못하고 이월된 금액(누적분)”이다. 이 문언상 핵심은 “언제 발생했는가”가 아니라, 공제한도 때문에 공제되지 못한 채 이월되는 성질의 금액인가에 있다.

조사청과 같이 (6-1)번에 실제 공제한도를 초과하는 금액을 반영하고, 반대로 (23)번은 과거 사업연도 소득금액의 40% 상당액으로만 축소 해석할 경우, 당해 연도에 실제 공제되지도 않은 결손금이 이미 차감된 것처럼 취급되어 동일 금액이 이중으로 청구법인에게 불리하게 작용하게 된다.

이는 항목 문언에도 맞지 않고 계산구조에도 맞지 않는다.

그럼에도 조사청은 이를 “직전 사업연도까지의 미공제 결손금”으로 한정하여 해석하고 있으나 그러한 해석은 항목명 중 “공제한도 적용으로” 및 “이월된 금액(누적분)”이라는 문언을 지나치게 축소하여 읽는 것이다. 당해 사업연도의 한도 계산과정에서 비로소 확정되는 미공제ㆍ이월금액을 배제 한다면, (23)번은 오히려 실제 경제적 실질과 괴리된 형식적 숫자만 적는 항목으로 전락하게 된다.

자. (6-1)번 금액은 “실제 공제된 금액”이어야 한다.

청구법인의 2022 사업연도 소득금액은 5,927,652,993원이고, 그 60% 상당액은 3,556,591,796원이다. 법인세법상 이월결손금 공제한도가 60%라면, 당기에 실제 공제될 수 있는 이월결손금은 원칙적으로 그 범위 내 금액이다.

그런데 조사청은 (6-1)번의 “결손금 중 공제대상액”을 3,556,591,796원을 초과한 8,655,412,738원으로 해석하고 있다. 이는 “공제대상액”을 실제 당기에 공제된 금액이 아니라, 사실상 더 넓은 개념의 잔존 결손금 또는 공제 가능 총액으로 파악한 것이다.

그러나 “공제대상액”은 문언상 당해 연도 과세표준 계산에서 실제 공제의 대상으로 기능하는 금액이어야 하고, 당기에 실제 공제되지 못한 금액까지 이에 포함하는 것은 “공제대상액”과 “미공제 이월액”의 구분을 스스로 허무는 결과를 초래한다.

결국 (6-1)번을 실제 공제액보다 크게 파악하는 조사청의 해석은, 한도 계산식에서 실제 공제되지도 않은 금액을 이미 차감한 것처럼 취급하는 셈이 되어 부당하다.

자.(23)번 금액은 “당해 사업연도 계산 결과 실제 공제되지 못하고 이월되는 금액”이어야 한다.

(23)번의 금액을 단순히 과거 연도 소득금액의 40% 상당액의 누적치로 기계적으로 적는 것이 아니라, 2022사업연도 계산 결과 공제한도 적용 때문에 실제 공제되지 못하고 다음 사업연도로 이월되는 결손금으로 보아야 한다. 이는 2020년 시행령 개정의 취지와도 부합한다. 위 개정의 핵심은 결손금 공제한도에서 한 번, 고유목적사업준비금 한도 계산에서 또 한번 불이익이 생기는 구조를 방지하려는 데 있다. 즉, 공제한도 때문에 당해 연도에 실제 공제되지 못한 결손금은 앞으로 이월될 뿐인데, 이를 다시 같은 연도의 준비금 한도 계산에서까지 차감하면 이중 불이익이 발생하게 된다.

따라서 (23)번은 바로 이러한 당기 미공제ㆍ차기 이월의 실질을 반영 하는 항목으로 해석되어야 하며, 이를 전혀 반영하지 않거나 과거 연도 일정 비율의 누적치로만 축소하는 것은 개정 취지와 배치된다.

차.조사청의 “순환논리” 예시는 오히려 이중차감 구조를 정당화하는 문제가 발생한다.

조사청은 청구법인 계산을 문제 제기하며, 준비금 손금산입 후 감소한 소득금액에 다시 60% 한도를 적용하면 또 다른 미공제 결손금이 생기고, 이를 다시 준비금 한도에 넣게 되어 반복된다고 주장한다.

그러나 이 예시는 청구법인의 논리를 반박한 것이 아니라, 오히려 조사청이 하나의 동일한 경제적 사실을 여러 단계에서 중복 차감 또는 중복 제한하는 문제점이 있음을 드러낸다.

즉, 당기에 실제 공제되지 못한 결손금은 이미 ｢법인세법｣상 60% 공제한도로 인해 그 사용이 제한된 것이다. 그런데도 조사청은 그 금액을 다시 준비금 한도 계산에서 청구법인에게 불리하게 작용하도록 해석하고 있다. 이는 동일 금액에 대한 제한을 사실상 이중으로 부과하는 구조이다.

결국 조사청의 “순환논리” 주장은, 청구법인 산식의 오류를 지적한 것이 아니라 조사청 해석이 만들어내는 이중 불이익 구조를 가정적으로 반복 전개한 것에 불과하다.

카.조사청이 스스로 인용한 실무예시 역시 청구법인 해석에 더 부합한다.

조사청은 의견서에서 삼일회계법인 실무예시를 인용하면서, “실제로 과세표준 계산 시 공제한 금액”과 “공제한도 적용으로 공제받지 못하고 이월된 금액”을 구분하여 설명하고 있다.

이는 곧 고유목적사업준비금 한도 계산에서 중요한 것은 “결손금 총액”이 아니라, 당기에 실제 공제된 부분과 공제되지 못한 채 이월되는 부분을 구분하는 것임을 보여주는 자료이다. 따라서 조사청이 스스로 제시한 실무자료의 구조에 비추어 보더라도, 청구법인의 해석을 자의적 확장해석이라고 단정하기는 어렵다.

타. 결론

조사청이 고유목적사업준비금 조정명세서상 (6-1)번 고유목적사업 준비금을 설정할 수 있는 소득금액에서 차감하는 이월결손금을 소득금액의 60% 한도액 3,556,591,796원을 초과하여 8,655,412,738원으로 잘못 적용하고, (23)번 공제받지 못하고 이월된 결손금을 과거 소득금액에서 공제받지 못한 40% 상당액인 5,592,761,208원으로만 보아야 한다고 해석한 것은,

첫째, 조특법 제74조 및 2020년 개정 ｢법인세법 시행령｣ 제56조제3항의 입법 취지에 반하고, 둘째, (6-1)번의 ｢법인세법｣ 제13조제1항제1호에 따른 결손금 중 공제대상액을 소득금액의 60% 한도금액을 초과 적용하여 고유목적사업준비금을 설정할 소득금액이 마이너스가 발생하고, 셋째, (23) 번의 문언인 “공제한도 적용으로 공제받지 못하고 이월된 금액”의 의미를 오해한 것이며, 넷째, 실제 공제되지 못하고 차기로 이월되는 결손금까지 당해 사업연도 준비금 한도 계산에서 다시 불리하게 반영하는 결과를 초래하여, 고유목적사업준비금 100% 제도 설립 취지와 다르게, 담세력이 없음에도 불구하고 비영리법인에 과세하는 결과를 초래하는 부당한 계산이다.

따라서 2022사업연도 고유목적사업준비금 한도 계산에 있어 (6-1)번 및 (23)번은 청구법인이 주장하는 바에 따라 재산정하여야 하고 청구법인의 계산방법대로 적용하여 고유목적사업준비금 설정액은 당해연도 소득금액 에서 이월결손금으로 공제하고 남은 잔액 2,371,061,197원이 되고 과세표준이 “0”이 되어, 관련 법인세 세무조사결과통지는 취소되어야 한다.

조사청은 2024년 12월 선고된 대법원 판결(2024두37879 등) 외 다수 판례 및 예규 등을 인용하여 복지포인트 과세 및 가산세 부과가 정당하다고 주장한다. 그러나 본 건의 핵심은 단순히 복지포인트의 일반적 과세가능성 여부만이 아니라, 청구법인이 2021년, 2022년 당시 복지포인트를 근로소득 에서 제외하여 원천징수 실무를 처리한 것에 대하여 사후적으로 불이익을 부과할 수 있는지, 그리고 그와 별도로 가산세까지 부과할 수 있는지에 있다. 이에 청구법인은 조사청의 의견에 대해 (1) 본 건 처분 자체가 부당함을 주위적으로 항변하며, (2) 설령 본세 부과가 유지되더라도 가산세는 별도로 면제되어야 한다는 점을 예비적으로 항변한다.

가. 본세 부과 처분의 부당성

1) 쟁점복지포인트의 소득세법상 근로소득 본질적 요건 결여

｢소득세법｣ 제20조제1항제1호의 근로소득은 “근로를 제공함으로써 받는 봉급ㆍ급료ㆍ보수ㆍ세비ㆍ임금ㆍ상여ㆍ수당과 이와 유사한 성질의 급여”를 의미하며, 대법원(2018.9.13. 선고 2017두56575 판결 등)에 따르면 이는 “근로의 제공과 대가관계에 있는 일체의 경제적 이익뿐만 아니라 직접적인 근로의 대가 외에도 근로를 전제로 그와 밀접히 관련되어 근로조건의 내용을 이루고 있는 급여”에 한정된다.

그러나 청구법인의 쟁점복지포인트는 다음과 같은 점에서 위 요건을 충족한다고 보기 어렵다.

가) 근로의 제공량 및 성과와의 무관성

쟁점복지포인트는 임직원 개인의 근로 제공량ㆍ업무 성과ㆍ직무 기여도와 무관하게 일률적ㆍ정기적으로 배정되며, 그 배정기준은 근속연수ㆍ부양가족 수 등 근로의 제공량과 무관한 신분적ㆍ가족적 사정에 기초한다.

(공무원 복지제도와 동일)이는 대법원 2019.8.22. 선고 2016다48785 전원합의체 판결에서 동일한구조의 복지포인트에 대하여 “금품지급의무의 발생이 근로제공과 직접적으로 관련되거나 그것과 밀접하게 관련된 것으로 볼 수 있어야 한다”는 기준에 비추어 그 대가성을 부정한 것과 동일한 평가가 가능하다.

나) 사용 범위의 제한 및 화폐가치 환원 불가능

쟁점복지포인트는 ｢선택적복지제도 운영지침｣에 따라 건강관리ㆍ 자기계발ㆍ여가 및 문화활동 등 사전에 정해진 복지항목 내에서만 사용 가능하며, 유흥업소ㆍ사행성 업종 등에서의 사용이 제한된다. 이처럼 복리 후생으로 볼 수 있는 업종에 한하여만 사용할 수 있도록 제한되어 있고 (공무원의 의무 사용 제한의 일종), 포인트 미사용 시 연말에 소멸되며 양도 또는 현금 전환이 불가능하여, 임직원이 자유롭게 처분 가능한 경제적 이익으로서의 성질을 갖추지 못한다.

다)정부 지침에 따른 복리후생비 회계 처리

청구법인은 기획재정부 공공기관 통합공시 기준에 따라 쟁점복지 포인트를 인건비가 아닌 “복리후생비(선택적 복지제도)”로 분류하여 공공 기관 경영정보 공개시스템에 공시하고 있다.

(공무원 복지점수와 동일하게 복리후생비 예산 비목의 일종) 이는 공무원과 동일하게 복리후생비 성격의 예산 비목으로 처리하였을 뿐만 아니라 공공기관으로써, 기획재정부 및 교육부의 지침에 따라 처리한 것이다.

즉, 정부부처가 회계ㆍ공시 단계에서 쟁점복지포인트를 근로의 대가가 아닌 복리후생비로 분류해온 점에 비추어, 정부 지침에 따라 투명하게 공시해 온 공공기관에 대하여 사후적으로 이를 근로소득으로 취급하는 것은 행정의 신뢰성 및 법체계의 일관성 측면에서 재고되어야 한다.

2) 공무원 맞춤형 복지점수와의 실질 동일성 및 조세평등주의 위배

조사청은 의견서에서 공무원 맞춤형 복지점수의 경우 일부 금액을 단체보험 등 강제지출항목에 의무적으로 사용하여야 한다는 점을 근거로 쟁점복지포인트와 실질이 동일하지 아니하다고 주장한다.

그러나 조사청의 주장은 다음과 같은 이유로 양 제도의 실질을 판별하는 기준으로 삼기에 부적절하며, 양 제도를 과세상 달리 취급하는 것은 조세평등주의에 부합하지 아니한다.

가) 배정 구조의 동일성

공무원 맞춤형 복지점수 및 청구인 쟁점복지포인트는 모두 (i) 전 직원에게 일률적으로 배정되는 기본점수, (ii) 근속연수에 따른 추가점수, (iii) 부양가족 수에 따른 추가점수의 동일한 구조로 배정된다.

이는 청구인이 ｢B 설치법｣에 따라 설립된 공공기관 으로서 보수체계 전반에 관하여 공무원보수규정 등을 준용하고 있고, 복지포인트 운영 기준 역시 교육부 지침에 따라 공무원 맞춤형 복지제도와 동일한 기준으로 설계되었다.

조사청 의견서 또한 청구인의 쟁점복지포인트가 “기본포인트 외 근속 연수 및 가족수당에 따라 차등 배정되는 포인트로 구성된다”고 기재 하여, 양 제도의 배정 구조가 동일하다는 사실 자체는 다투지 아니하고 있다.

나) 사용 항목 제한의 양면성

조사청은 공무원 복지점수에 강제지출항목(단체보험 보험료 등)이 있다는 점만을 근거로 양 제도의 실질이 다르다고 주장하나, 청구인의 쟁점 복지포인트 역시 사용 가능한 범위가 사전에 제한되어 있다.

청구인의 ｢선택적복지제도 운영지침｣에 따르면 쟁점복지포인트는 건강관리, 자기계발, 여가 및 문화활동 등 사전에 정해진 복지항목 내에서만 사용 가능하며, 유흥업소ㆍ사행성 업종 등 복리후생 목적에 부합하지 아니 하는 업종에서의 사용은 제한된다.

즉 양 제도는 모두 “근로자가 임의로 현금화하거나 자유롭게 사용할 수 없도록 사용 범위를 제한”하는 구조를 가지며, 그 제한의 방식이 “특정 항목 의무사용(공무원)”인지 “특정 업종 사용제한(청구인)”인지의 차이가 있을 뿐 사용처에 일정한 제한이 부과된다는 본질에서는 다르지 않다.

설령 사용 항목 제한의 유무 및 형태가 있다 하더라도, 그 차이가 어느 금원이 ｢소득세법｣상 근로소득에 해당하는지 여부의 판단 기준이 아니다.

조사청은 한편으로는 강제지출항목 유무를 양 제도 실질차이의 근거로 삼으면서도, 다른 한편으로는 “양 제도의 실질이 동일한지 여부가 쟁점복지포인트의 과세 여부를 결정짓는 기준이 되는 것은 아니다”라는 입장을 함께 취하고 있어, 이를 양 제도의 본질적 차이를 가르는 결정적 기준으로 삼기에는 다소 무리가 있다.

다) 실질 동일성과 조세평등주의

청구인은 양 제도의 실질 동일성이 곧바로 쟁점복지포인트의 근로 소득 해당 여부를 결정짓는 기준임을 주장하는 것이 아니라, 동일하게 평가될 만한 경제적 실질을 가진 두 제도가 과세 측면에서 달리 취급되는 것이 헌법상 조세평등주의에 부합하는지를 문제 삼는 것이다.

청구인의 쟁점복지포인트가 (i)｢B 설치법｣상 공공기관 으로서 (ii)교육부 지침에 따라 (iii)공무원 맞춤형 복지제도와 동일한 기준으로 설계·운영되고 있는 점에 비추어 볼 때, 공무원 복지점수에 대한 비과세 관행을 유지하면서 청구인 임직원의 쟁점복지포인트에 대해서만 과세하는 처분은 조세평등주의 관점에서 합리적 근거를 결여한 것이다.

3) 청구인의 정당한 신뢰(신의성실의 원칙) 및 소급 적용 제한 법리

청구인은 2019년 세무조사 당시 복지포인트를 급여대장 항목에 포함한 자료를 그대로 제출하여 수검하였으나, 당시 과세관청은 이에 대하여 어떠한 시정 조치 또는 과세처분도 하지 아니하고 조사를 종결하였다.

｢국세기본법｣ 제18조제3항은 “세법의 해석 또는 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석 또는 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석 또는 관행에 따라 소급하여 과세되지 아니한다.”고 규정한다.

이러한 처리는 대법원 2016다48785 전원합의체 판결(2019.8.22.선고) 직후에 이루어진 것으로, 청구인과 같은 B의 복지포인트 운영 방식에 대한 과세관청 측의 견해 표명으로, 세무조사 결과를 신뢰하여, 동일한 방식으로 양 귀속분을 처리하였던 것이다.

본 건의 구조는 청구인이 2019년 대법원 전원합의체 판결과 2024년 대법원 판결 사이의 과도기적 법률상태에서, 어떤 기준으로 신고·원천징수 의무를 이행할 것을 기대할 수 있었는지가 핵심입니다. 청구인은 그 과도기 동안 (i)2019년 대법원 전원합의체 판결과 (ii)2019년 세무조사에서 과세 관청 처리에 기초하여 동일한 방식으로 양 귀속분을 처리하였다.

또한 본 건 과세의 직접 근거가 된 대법원 2024두34122 판결의 사실 관계는 원천징수의무자가 복지포인트를 근로소득으로 보아 이미 원천 징수ㆍ납부한 후 사후에 환급을 구한 사안이었다. 즉 동 판결은 이미 원천 징수가 이루어진 상태에서 그 환급 가능성이 다투어진 것이지, 본 건과 같이 2019년 전원합의체 판결을 신뢰하여 처음부터 비과세 처리한 원천 징수의무자에게 사후적으로 불이익과 가산세를 부과할 수 있는지가 직접 다투어진 것이 아니다.

이러한 구조의 차이를 고려하면, 동 판결의 결론을 근거로 본 건의 신뢰 보호 및 소급과세 쟁점까지 일거에 해결되었다고 보기 어렵다. 따라서 본 건은 신뢰보호 및 소급적용 제한의 법리가 충분히 고려되어야 한다.

나. 가산세 부과의 부당성

1) 정당한 사유 법리

｢국세기본법｣ 제48조제1항제2호는 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데에 정당한 사유가 있는 경우 가산세를 부과하지 아니한다고 규정하고 있다.

대법원은 “세법 해석상 의문으로 인한 견해의 대립 등으로 인하여 납세의무자가 그 의무를 알지 못하는 것이 무리가 아니라고 할 수 있는 사정이 있을 때 또는 그 의무의 이행을 그 당사자에게 기대하는 것이 무리 라고 하는 사정이 있을 때” 정당한 사유가 인정된다고 판시하고 있다 (대법원 2013.6.27. 선고 2011두17776 판결 등).

가산세 부과의 정당한 사유 유무는 원칙적으로 각 신고ㆍ납부기한 당시를 기준으로 판단하여야 한다.

2) 신고기한 당시 해석 불확실성의 존재

본 건 양 귀속분 신고기한 당시 쟁점복지포인트의 소득세법상 취급에 관하여 다음과 같은 해석상 불확실성이 객관적으로 존재하였다.

가) 대법원 전원합의체 판결의 존재

대법원 2019. 8. 22. 선고 2016다48785 전원합의체 판결은 청구인이 운영하는 것과 동일한 구조의 복지포인트에 대하여 “근로의 대가성”을 정면으로 부정하였다. 동 판결은 단순한 임금 해당 여부의 판단을 넘어, “복지포인트가 근로제공과 직접적으로 관련되거나 그것과 밀접하게 관련된 것으로볼 수 있는지”라는 본질적 기준을 다룬 것으로서, 그 판단의 효력은 임금성 판단에만 한정되지 아니하고 근로 대가성 일반에 관한 평가의 기초가 되었다.

나) 두 법률 영역 사이 적용 가능 여부에 대한 대법원 차원 판단의 부재

조사청은 의견서에서 “근로기준법상 임금”과 “소득세법상 근로 소득”의 입법 목적이 다르다는 이유로 위 대법원 전원합의체 판결의 효력을 본 건 사안에 직접 원용할 수 없다고 주장한다.

그러나 두 법률 영역 사이의 개념 차이를 매개로 동일한 지급항목에 대하여 상반된 평가를 도출할 수 있는지에 관한 대법원 차원의 명시적 판단은 본 건 양 귀속분 신고기한 당시에는 존재하지 아니하였으며, 본 건 과세의 직접 근거인 대법원 2024.12.24. 선고 2024두37879 판결에서 비로소 양 영역 사이의 효력 범위를 정리하였다.

즉 조사청이 현재 본세 부과의 핵심 논거로 삼고 있는 “근로 기준법상 임금 ≠ 소득세법상 근로소득” 명제 자체가 신고기한 당시 대법원 차원에서 정리되지 아니한 상태였으며, 이는 청구인뿐 아니라 일반 납세자의 입장에서 동일하게 해석상 의문이 객관적으로 존재하였음을 의미한다.

다) 일선 자료의 권위 한계

조사청은 의견서에서 다수의 예규 및 조세심판원 결정례를 인용 하여 일관된 해석이 존재하였다고 주장한다.

그러나 조사청이 인용한 2005∼2011년 예규들은 모두 선택적 복지제도 도입 초기의 일반적 입장 표명으로서, 2019.8.22. 대법원 전원 합의체 판결을 통해 새롭게 부상한 “전원합의체 판결의 소득세법 적용 가능 여부”라는 쟁점을 직접 다룬 것이 아니며, 실제 본 건 귀속연도(2021∼2022년) 무렵 대전고등법원(2022누13617)과 광주고등법원(2023누10852)조차 복지포인트를 근로소득으로 볼 수 없다고 판시한 바 있어 혼선이 극에 달했던 사안이다.

또한 일선 예규 및 조세심판원 결정은 그 효력이 대법원 판결에 미치지 못하며, 위 전원합의체 판결의 소득세법상 효력 범위에 관하여 대법원 차원의 명시적 판단이 부재한 상태에서 발하여진 것이다.

결국 사법부가 본 건 쟁점에 관한 최종 판단을 신고기한 후 약 2년이 경과한 시점인 2024.12.24.에 이르러서야 내린 사실 자체가, 양 귀속분 신고기한 당시 법령 해석상의 의문이 객관적으로 존재하였음을 보여준다.

라) 당시 불확실성에서의 과세관청의 과세 처분

위의 불확실성 상황에서, 본세 부당 항변에서 본 바와 같이, 대법원2016다48785 전원합의체 판결(2019.8.22. 선고) 직후의 2019년 세무조사 당시, 급여대장 전항목을 포함하여, 근로소득세와 관련된 전 자료를 그대로 제출하여 수검하였음에도, 복지포인트에 대하여 시정조치 또는 과세처분을 하지 않고 조사를 종결하였다.

이는 법적 해석이 필요한 청구인의 입장에서, ①최고법원 전원합의체 판결과 더불어 ②과세관청의 직접 검증을 거친 비과세 처리라는 이중의 신뢰 기반 위에서 동일한 처리를 한 것으로 이는 신고기간 당시 청구인의 의무 해태를 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당한다.

｢국세기본법｣ 제18조제3항이 규정하는 “일반적으로 납세자에게 받아 들여진 국세행정의 관행”은 반드시 명시적 행정해석에 한정되는 것이 아니라, 과세관청이 동일한 사실관계에 대하여 반복적으로 과세하지 아니한 처분 관행도 포함된다. 청구법인의 양 귀속연도 신고는 바로 이러한 관행에 기초한 행위였다.

마) 대법원 2017두41108 판결의 일반 법리 적용

조사청은 대법원 2017두41108 판결이 타인의 횡령으로 인한 매출 누락 사안에 관한 것이기에, 본 건과 사실관계가 상이하다고 주장하지만, 동 판결이 확인한 법리는 “세법 해석상 의문으로 인한 견해 대립이 있는 경우, 정당한 사유가 인정된다”는 일반 기준이며, 본 건은 청구인이 대법원 전원합의체 판결과 더불어 청구법인의 세무조사 결과를 신뢰한 시점에서, 복지포인트가 근로소득상 과세되어야 한다는 2024년 대법원 판결 전까지의 기간에 대한 세무조사라는 점에서, 위 대법원의 법리를 적용할 수 있다.

다. 결론

1)청구인이 지급한 쟁점복지포인트는 근로의 대가성이 없고 사용이 엄격히 제한되어 소득세법상 근로소득의 요건을 결여하고 있으며, 실질이 동일한 공무원 복지점수와 달리 청구인에게만 과세하는 것은 조세평등 주의에 위배되므로 본건 본세 과세 처분은 마땅히 취소되어야 한다.

2) 설령 본세 부과가 유지되더라도, 관련된 가산세는 전액 면제되어야 한다. 가산세 부과의 정당한 사유 유무는 결과론이 아니라 각 신고ㆍ납부 기한 당시 청구인이 의무위반을 회피할 수 있었는지를 기준으로 판단되어야 한다. 청구인은 신고기한 당시 (i) 동일 구조 복지포인트의 근로 대가성을 부정한 대법원 2016다 48785 전원합의체 판결, (ii) 같은 시기 청구인 관할 광주고등법 원을 비롯한 하급심 단계의 청구인 처리에 부합하는 판단들, (iii) 공무원 복지점수와의 형평성 문제, (iv) 2019년 세무조사에서의 과세관청 처리에 기초한 묵시적 비과세 관행, (v) 공공기관으로서 보수체계 및 복지제도가 공무원 규율과 밀접하게 연결된 특수성을 종합하여, 합리적 신뢰에 기초한 실무 판단을 한 것이다.

그러한 처리가 사후적으로 2024년 대법원 판결과 다른 결론에 이르렀다고 하더라도, 이를 곧바로 의무 해태로 보아 가산세까지 부과하는 것은 ｢국세기본법｣ 제48조제1항제2호 정당한 사유 법리를 지나치게 협소하게 해석한 것으로서 부당하다. 따라서 설령 본세 일부가 유지된다 하더라도, 관련된 가산세는 전액 면제되어야 한다.

3) 따라서 조사청의 복지포인트 근로소득 과세 및 가산세 부과에 대한 당초 처분은 전액 취소되거나, 최소한 관련된 가산세는 전부 취소하여 주기를 간곡히 청구한다.

3. 통지관서 의견

가.고유목적사업준비금 한도 계산이 이월결손금 등을 반영하여 적정 하게 산정하였는지 여부

1)(처분개요 및 조사내용)청구법인은 2022년도 고유목적사업준비금 12,901,033,054원을 설정(손금산입 기준, 2021년도 20,901,033,054원의 60%에 대한 손금산입액 8,529,619원과 초과분 12,901,033,054원)하였으나, 2021년 경정청구 등에 따라 이월결손금이 전액 공제되어 고유목적사업준비금 한도액이 0원으로 확인됨에 따라 고유목적사업준비금 한도 초과액 12,901, 033,054원을 손금불산입하고 기타사외유출로 처분하였다.

2)(처분의 필요성 및 타당성)청구법인은 고유목적사업준비금 한도 계산에 있어 이월결손금을 설정 한도 내에 당해 사업연도에서 공제받지 못한 결손금을 포함하여 계산하여야 한다고 주장하고 있으나 청구법인의 주장에 따르면, 고유목적사업준비금을 100% 설정할 수 있어 과세표준이 발생하지 않으므로, 비영리법인의 취지상 세부담이 존재하여서는 아니된다는 입장이다.

그러나, ｢법인세법｣ 제29조 및 같은 법 시행령 제56조와 ‘고유목적사업 준비금 조정명세서 작성방법 등에 따르면 고유목적사업준비금 한도 계산 시 반영하는 이월결손금은 ‘직전 사업연도까지 공제받지 못하고 이월된 결손금’ 으로 한정되는 것이 명확하다.

조세법률주의는 조세에 관한 사항을 법률로써 명확하고 상세하게 규정할 것을 요구하는 것이므로 조세법규에 대한 해석도 엄격하게 해야 한다. 엄격해석의 원칙이란 세법은 그 문언에 충실하여 해석하여야 하며, 원칙을 벗어나 청구법인에게 유리하게 적용하여서는 안 된다는 것이므로 이 원칙에 따라 고유목적사업준비금 계산 산정의 세법이 명확한 기준에 따라 계산되어야 하고, 과세관청 내지 납세자가 임의적으로 공제 범위를 확대 해석ㆍ적용할 경우 세법의 엄격 해석에 반하는 것이라 할 것이다.

본 건은 경정청구(2021년 손금산입)에 따라 이월결손금이 증가하게 되었고, 이를 반영하여 고유목적사업준비금 한도 재산정한 결과 한도액이 0원으로 확정된 사안인바, 이에 따른 고유목적사업준비금 한도 초과 계상액을 손금불산입한 처분은 관련 법령에 부합하는 정당한 조치이다.

3)(청구법인이 주장하고 있는 산식의 순환 논리 오류 발생) 청구법인이 주장한 산식대로라면 당해연도의 과세표준을 산정하기 위해서는 무한 순환 논리의 오류가 발생하게 된다.

청구법인의 산식을 따르면 각 사업연도 소득금액 5,927백만원이 경정 되었고, 당기 소득금액의 60% 한도 이월결손금 3,556백만원을 차감하면 2,371백만원의 과세표준이 산정된다.

당기 공제받지 못한 이월결손금 2,371백만원으로 고유목적사업준비금 한도액이 증가하게 되고, 추가로 손금산입 고유목적사업준비금 2,371백만원의 세무조정을 하여 각 사업연도 소득금액 3,556백만원(5,927백만원-2,371 백만원)이 확정된다.

그리고 당초, 당기 소득금액 한도 이월결손금 3,556백만원을 차감하여 과세표준 “0”을 만드는 계산식이나 고유목적사업준비금의 한도액 계산의 적정 여부를 차치하더라도, 청구법인이 재산정한 각 사업연도 소득금액 3.556백만원에서 차감할 이월결손금 또한 60%를 적용해야 하므로 3,556 백만원이 아닌 2,133백만원(3,556백만원 × 60%)에 해당되어 과세표준은 1,423 백만원으로 계산된다.

또, 공제받지 못한 이월결손금 1423백만원(3556백만원 × 40%)을 추가로 고유목적사업준비금에 손금 산입하는 순환 오류가 발생하게 되므로, 청구 법인은 계산 논리에도 맞지 않는 주장을 하고 있는 것이다.

4)(결론)청구법인의 주장은 법령 및 서식에 반하는 임의해석에 불과 하므로 이를 받아들이기 어려운바, 고유목적사업준비금 한도 초과액을 손금 불산입하여 통지한 당초 처분을 유지하는 것이 타당하다.

나.쟁점복지포인트를 근로소득으로 과세 가능한지 여부

1)(처분개요 및 조사내용)청구법인이 내부 소속 임직원들에게 일정한 복지포인트를 배정ㆍ지급해 주면 임직원들이 온라인 또는 복지가맹업체를 통해 물품을 구매하거나 서비스 요금 등을 결제하는 방법 등으로 복지 포인트를 사용하고 있다.

조사청은 임직원들에게 지급한 복지포인트가 "근로의 대가"인 "경제적 이익"으로, 본 건 ｢소득세법｣ 제20조제1항제1호 및 같은 법 시행령 제38조 제1항제1호에 따라 원천징수 의무를 이행하지 아니하였다고 보아, 청구법인이 2021년, 2022년 소속 임직원들에게 지급한 쟁점복지포인트 3,291,883,840원 (근로소득)을 과세하였다.

2)(처분의 필요성 및 타당성) 청구법인은 쟁점복지포인트는 대법원 관련 판례(대법원 2019.8.22. 선고 2016두48785 판결, 이하 “쟁점대법원 판결”이라 한다)에 따라 ｢근로기준법｣상 근로의 대가인 임금에 해당하지 아니하므로 근로소득이 아니라고 주장하고 있다.

그러나 쟁점복지포인트에 대한 근로소득 원천징수 의무와 관련하여, 대법원 판결의 주요 쟁점과 법령의 규정을 볼 때 복지포인트가 ｢근로 기준법｣에서 정한 임금 및 통상임금에 해당하는지 여부를 가리는 판결로, 요지는 복지포인트가 ｢근로기준법｣상 임금에 해당하지 않는다‘는 것이다.

｢근로기준법｣상의 임금과 ｢소득세법｣상 근로소득은 입법목적이 달라 이를 직접 원용하는 것은 부적절하고(조심 2024부4571, 2024.11.5. 참조), 법률상 급여에 관한 의미도 동일하지 아니하며 ｢소득세법｣상 근로소득은 ｢근로기준법｣의 임금보다 넓은 개념이다.

따라서, 복지포인트는 근로를 전제로 그와 밀접히 관련되어 제공되는 경제적 이익으로 ｢소득세법｣상 근로소득에 해당하며, 쟁점대법원판결은 임직원들에게 지급되는 복지포인트가 ｢근로기준법｣상 임금에 해당하는지에 대한 것이므로, 복지포인트의 근로소득 대상 여부는 세법에 의거 판단 되어야 하며 쟁점복지포인트가 ｢소득세법｣상 과세대상 근로소득에 해당 하는지가 쟁점인 이 사건에 적용될 수 없으며, 해석상 불확실성이 존해하지 않는다.

쟁점복지포인트 공무원 복지점수의 실질이 동일한지 여부에 대해, 청구법인은 쟁점복지포인트를 공무원 복지점수와 그 실질이 동일하다 볼 수 없어, 근로소득에 해당하지 아니한다고 주장하나, 쟁점복지포인트와 공무원 복지점수는 동일하게 단체협약에 따라 자유롭게 항목 등을 설정할 수 있기에 그 실질을 다르게 볼 수도 없다.

또한, 공무원 복지점수는 공무원 보수와 관련하여 지급되는 것이 아닌 ‘공무원 후생복지에 관한 규정'에 기초하여 지급 등과 관련되는 기본적 복지점수가 인정 직원에게 일률적으로 배정되는 복리후생비(예산)의 일종 이며, 공무원의 근무조건은 법령이 규율하고, 단체협약을 통해 근로조건 개선을 도모할 수 있는 대상이 해당되지 않는다(대법원 2023. 9. 21. 선고 2016다255941 전원합의체 판결 참조).

청구법인의 ‘선택적복지제도운영지침’을 보면 쟁점복지포인트는 공무원 복지점수와 달리 의무적으로 사용해야 하는 기본항목에 관한 제한은 부여 되지 아니하며, 청구법인의 쟁점복지포인트는 균등하게 배분되는 ‘기본 포인트’ 외 근속 연수 및 가족수당에 따라 차등 배정되는 쟁점복지포인트로 구성되며, 해당 포인트는 자유롭게 사용 가능하다.

또한, 청구법인의 의사(위원회)에 따라 자유롭게 쟁점복지포인트의 적용 범위, 항목 등을 설정할 수 있다.

    (소결) 상기와 같이 각 제도의 관리방식과 이용자의 사용 가능한 범위 등에 상당한 차이가 있으므로 청구법인의 쟁점복지포인트와 공무원복지 점수를 동일하다고 볼 수 없으며, 해당 법령과 운영방법의 차이를 고려 하였을 때 조세평등의 원칙 및 실질과세 원칙에 위배되지 아니한다.

3)(예비적 주장) 청구법인은 임직원 등에게 지급한 쟁점복지포인트를 근로소득으로 원천징수 하지 않았으나, ｢국세기본법｣ 제48조제1항에 따라 세법상 의무를 이행하지 아니한 정당한 사유가 있는 경우에 해당하므로 가산세를 부과한 것은 부당하다고 주장하고 있다.

청구법인은 임직원 등에게 지급한 쟁점복지포인트에 대한 근로소득 원천징수 신고ㆍ납부의무를 이행하지 아니하였고, 이에 대한 가산세 부과는 세법에 규정한 성실 신고ㆍ납부 등 협력의무의 위반 및 미이행에 대한 행정상의 제재이다.

｢국세기본법｣ 제48조제1항제2호의 ‘정당한 사유’는 단순한 법률의 부지나 오해의 범위를 넘어 세법 해석상 의의로 인한 견해의 대립이 있는 등으로 인해 납세의무자가 그 의무를 알지 못하는 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 그를 정당시할 수 있는 사정이 있을 때 인정되는 것이다 (대법원 2013.6.27. 선고 2011두17776 판결 외 다수).

    청구법인이 주장의 근거로 삼는 대법원 판결(2022.1.14. 선고 2017두 41108)은 신고기한 이후 타인의 횡령으로 매출누락이 확인되었고 신고 의무자가 타인의 횡령 여부를 알지 못하는 것이 무리가 아니었으며, 이는 신고ㆍ납부 당시 신고의무자의 의무미이행을 정당시 할 수 있는 상황으로 가산세 감면의 ‘정당한 사유’를 인정받은 판결로, 청구법인의 경우 불가피한 외부적 요인에 의하여 신고 의무를 불이행한 것이 아닌 법률의 무지 등으로 신고 의무를 해태한 것이며, 청구법인의 근로소득 원천징수 신고ㆍ납부 의무 불이행한 사유와 청구법인이 제시한 대법원 판례의 의무 불이행한 상황은 그 이유가 명백히 상이하여 해당 판례를 적용할 수 없다.

상기와 같이 다수의 예규 및 심판례가 있고 타 법인들은 과세관청의 의견에 따라 복지포인트를 과세대항 근로소득으로 원천징수하여 신고ㆍ 납부하고 있으며, 청구법인이 원천징수 의무를 다하지 못한 것은 세법 해석상 이의로 인한 견해의 대립이 있는 것이 아닌 단순한 법률의 부지ㆍ 착오이므로 해당 의무 불이행을 정당화할 사유가 없다.

청구법인은 2024년 대법원 판결에 따라 이를 과세하는 것은 소급 과세에 해당한다며 원천징수가 종료되었으므로 이를 퇴직자 등에게 과세 하는 것은 부당하다고 주장하고 있다.

과세당국은 종전부터 다수의 질의회신 및 예규를 통해 선택적 복지 제도에 따른 복지포인트가 근로와 관련하여 제공되는 경제적 이익으로서 과세대상 근로소득에 해당함을 일관되게 해석ㆍ표명해 온 바 있다.

따라서 본 건 과세는 새로운 해석의 소급적용이 아니라 기존 해석의 범위 내에서 이루어진 것으로 보아야 하므로 소급과세에 해당하지 아니 하며, 청구법인이 주장하는 가산세 면제 사유에도 해당하지 않는다.

또한 원천징수의무는 소득 지급 시점에 성립하는 법정의무로서, 수취인의 퇴직 여부나 계약형태 등에 따라 달리 적용될 수 있는 사항이 아니며, 사후적으로 일부 수취인에 대한 징수가 곤란하다는 사정만으로 원천징수의무 자체가 면제되거나 과세대상에서 제외될 수는 없다.

특히, 퇴직자 또는 계약직 근로자 등에게 이미 지급된 소득에 대하여는 그 지급 당시를 기준으로 과세 여부가 판단되는 것이며, 징수 가능성은 과세요건 성립과는 별개의 문제이므로 이를 이유로 과세표준 또는 세액을 감액할 수는 없다.

4)(결론)쟁점복지포인트는 근로와 관련하여 제공되는 경제적 이익 으로서 근로소득에 해당하므로 원천징수 대상에 해당하고, 본 건 과세는 소급과세에 해당하지 아니하며 가산세 감면 사유도 인정되지 않는다. 또한, 징수 곤란 사정 역시 과세 제외 사유에 해당하지 아니하므로, 당초 처분을 유지하는 것이 타당하다.

다.교통유발부담금이 손금산입에 해당하는지 여부

1)(처분개요 및 조사내용) 청구법인이 2021 사업연도 법인세 신고 시 교통유발부담금 100,808,050원을 손금 계상하였으나, 조사청은 이를 법령에 따른 의무의 불이행 또는 금지·제한 위반에 대한 제재의 성격으로 부과되는 공과금으로 보아 손금불산입 및 기타사외유출 처분하였다.

2)(처분의 필요성 및 타당성)청구법인은 교통유발부담금이 교통혼잡 완화 및 도시교통정비 지원 확보를 위해 정책적 목적의 공법상 부담금으로 해당하며, 이는 특정 법령 위반에 따라 부과되는 벌과금이나 과태료와는 그 성격이 상이하다고 주장하였다.

이에 대해 재검토한 결과 교통유발부담금은 법령 위반에 대한 제재로 부과되는 벌과금이나 과태료로 보기 어렵고, 정책적 목적에 따라 부과되는 부담금으로 판단된다.

3)(결론) 따라서 교통유발부담금은 손금에 해당하는 것으로 보아, 당초 손금불산입 100,808,050원 소득처분을 취소할 예정이다.

라.장애인고용부담금이 손금산입에 해당하는지 여부

1)(처분개요 및 조사내용)청구법인이 2021사업연도 법인세 신고 시 장애인고용부담금 302,533,740원을 손금 계상하였으나, 조사청은 이를 법령에 따른 의무의 불이행 또는 금지ㆍ제한 위반에 대한 제재의 성격으로 부과되는 공과금으로 보아 손금불산입 및 기타사외유출 처분하였다.

2)(처분의 필요성 및 타당성) 청구법인은 장애인고용부담금이 장애인 고용촉진이라는 정책적 목적 달성을 위한 공법상 부담금으로서 법령 위반에 따라 부과되는 벌과금이나 과태료와는 그 성격이 상이하다고 주장하였다.

조사청이 조사기간 중 2026.3.12. 대법원에서 장애인고용부담금의 손금 인정되는 것으로 관결이 있었고, 2026. 4월 법인세 과세시점에 따라 2024.12.31. 이전 사업연도에 한해 손금인정을 가능하게 하였다.

3)(결론)따라서 2021사업연도 장애인고용부담금은 손금에 해당하는 것으로 보아 손금불산입 302,533,740원 소득처분을 취소할 예정이다.

마.종합 의견

1)청구법인의 주장은 법령 및 서식에 반하는 임의해석에 불과하므로 이를 받아들이기 어려운바, 고유목적사업준비금 한도 초과액에 대해 손금불산입 처분을 유지하는 것이 타당하다.

2)쟁점복지포인트는 근로와 관련하여 지급한 것으로 경제적 이익으로서 근로소득에 해당하므로 본 건 과세는 소급과세에 해당하지 아니한다. 또한 가산세 감면 사유에 해당하지 아니하며 일부 수령자에 대한 징수 곤란 사정 역시 과세 대상 사유에 해당하지 아니하므로 당초 처분을 유지하는 것이 타당하다.

3)교통유발부담금은 손금에 해당하는 것으로 보아 당초 손금불산입 처분을 취소할 예정이다.

4)장애인고용부담금은 대법원 판례에 따른 본점 업무지침에 따라 당초 손금불산입 처분을 취소할 예정이다.

4. 심리 및 판단

가. 쟁점

①조사청이 산정한 고유목적사업준비금 손금산입 한도는 부적정하다는 청구주장의 당부

②복지포인트에 대한 근로소득 과세 및 가산세 부과는 위법하다는 청구주장의 당부

나. 관련법령

1) 조세특례제한법 제74조【고유목적사업준비금의 손금산입특례】
(2020. 12. 29. 법률 제17759호로 일부 개정된 것)

① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 법인에 대해서는 2025년 12월 31일 이전에 끝나는 사업연도까지 ｢법인세법｣ 제29조를 적용하는 경우 같은 조 제1항제2호에도 불구하고 해당 법인의 수익사업(이 항 제4호 및 제5호의 경우에는 해당 사업과 해당 사업 시설에서 그 시설을 이용하는 자를 대상 으로 하는 수익사업만 해당하고, 제6호의 체육단체의 경우에는 국가대표의 활동과 관련된 수익사업만 해당한다)에서 발생한 소득을 고유목적사업 준비금으로 손금에 산입할 수 있다.

3.다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 법인

가.｢B 설치법｣에 따른 B 및 ｢C 설치법｣에 따른 C

2) 법인세법제13조 【과세표준】
(2022. 12. 31. 법률 제19193호로 일부 개정되기 전의 것)

①내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준은 각 사업연도의 소득의 범위에서 다음 각 호의 금액과 소득을 차례로 공제한 금액으로 한다. 다만, 제1호의 금액에 대한 공제는 각 사업연도 소득의 100분의 60[｢조세특례제한법｣ 제6조제1항에 따른 중소기업(이하 "중소기업" 이라 한다)과 회생계획을 이행 중인 기업 등 대통령령으로 정하는 법인의 경우는 100분의 100]을 한도로 한다.

1. 제14조제3항의 이월결손금 중 다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 금액

가.각 사업연도의 개시일 전 15년 이내에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금일 것

나.제60조에 따라 신고하거나 제66조에 따라 결정ㆍ경정되거나 ｢국세 기본법｣ 제45조에 따라 수정신고한 과세표준에 포함된 결손금일 것

2-1)법인세법 시행령 제10조 【결손금공제】
(2024. 2. 29. 대통령령 제34266호로 일부 개정된 것)

① 법 제13조 제1항 각 호 외의 부분 단서에서 "회생계획을 이행 중인 기업 등 대통령령으로 정하는 법인"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당 하는 법인을 말한다.

7.｢조세특례제한법｣ 제74조제1항(제4호부터 제6호까지는 제외한다) 또는 제4항에 따라 법인의 수익사업에서 발생한 소득을 고유목적사업준비금 으로 손금에 산입할 수 있는 비영리내국법인 (2024.2.29. 추가)

3) 법인세법 제14조 【각 사업연도의 소득】
(2022. 12. 31. 법률 제19193호로 일부 개정되기 전의 것)

①내국법인의 각 사업연도의 소득은 그 사업연도에 속하는 익금의 총액 에서 그 사업연도에 속하는 손금의 총액을 뺀 금액으로 한다.

③ 내국법인의 각 사업연도의 결손금은 그 사업연도에 속하거나 속하게 되는 손금의 총액이 그 사업연도에 속하거나 속하게 되는 익금의 총액을 초과하는 경우에 그 초과하는 금액으로 한다.

4) 법인세법 제29조【비영리내국법인의 고유목적사업준비금의 손금산입】
(2022. 12. 31. 법률 제19193호로 일부 개정되기 전의 것)

① 비영리내국법인(법인으로 보는 단체의 경우에는 대통령령으로 정하는 단체만 해당한다. 이하 이 조에서 같다)이 각 사업연도의 결산을 확정할 때 그 법인의 고유목적사업이나 제24조제3항제1호에 따른 기부금(이하 이 조에서 "고유목적사업등"이라 한다)에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 손비로 계상한 경우에는 다음 각 호의 구분에 따른 금액의 합계액(제2호에 따른 수익사업에서 결손금이 발생한 경우에는 제1호 각 목의 금액의 합계액 에서 그 결손금 상당액을 차감한 금액을 말한다)의 범위에서 그 계상한 고유 목적사업준비금을 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입한다.

2.그 밖의 수익사업에서 발생한 소득에 100분의 50(｢공익법인의 설립ㆍ 운영에 관한 법률｣에 따라 설립된 법인으로서 고유목적사업등에 대한 지출액 중 100분의 50 이상의 금액을 장학금으로 지출하는 법인의 경우에는 100분의 80)을 곱하여 산출한 금액

4-1) 법인세법 시행령 제56조【고유목적사업준비금의 손금산입】
(2020. 2. 11. 대통령령 제30396호로 일부 개정된 것)

③법 제29조제1항제2호에 따른 수익사업에서 발생한 소득은 해당 사업연도의 수익사업에서 발생한 소득금액(고유목적사업준비금과 법정기부금을 손금에 산입하기 전의 소득금액에서 법 제66조제2항에 따른 경정으로 증가된 소득금액 중 제106조에 따라 해당 법인의 특수관계인에게 상여 및 기타소득으로 처분된 금액은 제외한다)에서 법 제29조제1항제1호에 따른 금액, 법 제13조제1항제1호에 따른 결손금(법 제13조제1항 각 호 외의 부분 단서에 따라 각 사업연도 소득의 100분의 60을 이월결손금 공제한도로 적용 받는 법인은 공제한도 적용으로 인해 공제받지 못하고 이월된 결손금을 차감한 금액을 말한다) 및 법정기부금을 뺀 금액으로 한다.

5) 소득세법 제20조【근로소득】
(2022. 12. 31. 법률 제19196호로 일부 개정되기 전의 것)

① 근로소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.

1. 근로를 제공함으로써 받는 봉급ㆍ급료ㆍ보수ㆍ세비ㆍ임금ㆍ상여ㆍ 수당과 이와 유사한 성질의 급여

2.법인의 주주총회ㆍ사원총회 또는 이에 준하는 의결기관의 결의에 따라 상여로 받는 소득

3. ｢법인세법｣에 따라 상여로 처분된 금액

4. 퇴직함으로써 받는 소득으로서 퇴직소득에 속하지 아니하는 소득

5.종업원등 또는 대학의 교직원이 지급받는 직무발명보상금(제21조 제1항제22호의2에 따른 직무발명보상금은 제외한다)

5-1)소득세법 시행령제38조 【근로소득의 범위】
(2021. 2. 17. 대통령령 제31442호로 일부 개정된 것)

①법 제20조에 따른 근로소득에는 다음 각 호의 소득이 포함되는 것으로 한다

1.기밀비(판공비를 포함한다. 이하 같다)ㆍ교제비 기타 이와 유사한 명목으로 받는 것으로서 업무를 위하여 사용된 것이 분명하지 아니한 급여

2.종업원이 받는 공로금ㆍ위로금ㆍ개업축하금ㆍ학자금ㆍ장학금(종업원의 수학중인 자녀가 사용자로부터 받는 학자금ㆍ장학금을 포함한다) 기타 이와 유사한 성질의 급여

12. 종업원이 계약자이거나 종업원 또는 그 배우자 및 그 밖의 가족을 수익자로 하는 보험ㆍ신탁 또는 공제와 관련하여 사용자가 부담하는 보험료ㆍ신탁부금 또는 공제부금

6) 소득세법 제12조 【비과세소득】
(2022.12.31. 법률 제19196호로 일부 개정되기 전의 것)

다음 각 호의 소득에 대해서는 소득세를 과세하지 아니한다.

3. 근로소득과 퇴직소득 중 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 소득

가.대통령령으로 정하는 복무 중인 병(兵)이 받는 급여

나. 법률에 따라 동원된 사람이 그 동원 직장에서 받는 급여

다.｢산업재해보상보험법｣에 따라 수급권자가 받는 요양급여·휴업급여· 장해급여 등

7)국가공무원법 제46조【보수 결정의 원칙】
(2021. 1. 12. 법률 제17894호로 일부 개정된 것)

①공무원의 보수는 직무의 곤란성과 책임의 정도에 맞도록 계급별ㆍ 직위별 또는 직무등급별로 정한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당 하는 공무원의 보수는 따로 정할 수 있다.

8) 공무원 후생복지에 관한 규정 제3조【적용범위】
(2021. 1. 5. 대통령령 제31380호)

① 이 영에 따른 후생복지제도는 행정부 소속 국가공무원에 대하여 적용 한다.

9) 공무원 후생복지에 관한 규정 제4조【후생복지제도의 운영원칙】

①운영기관의 장은 소속 공무원의 복지수요를 충족시키기 위한 후생 복지제도를 수립·운영하여야 한다.

다. 사실관계

1)조사청이 청구법인에게 통지한 세무조사 결과의 주요내용은 다음과 같다.

2)국세청 전산자료 확인되는 청구법인의 2016 사업연도부터 2022 사업연도까지 법인세 신고 내역과 2022 사업연도에 제출한 고유목적사업준비금 조정명세서(갑)은 다음과 같다.

3)국세청 전산자료 확인되는 청구법인의 경정청구 신청 및 처리내역은 다음과 같다.

4)조사청의 이 사건 조사로 2017년 이월결손금 잔액이 증가되었으며 조사청은 2022 사업연도 고유목적사업준비금 한도액을 다음과 같이 산정하였다.

    1) 2022년 기초 이월결손금 잔액 14,248백만원(2021년 조사 적출금액 경정 후 금액)
- 공제받지 못한 이월결손금 5,593백만원

    2) B설치법에 의거 설립된 비영리내국법인의 경우 해당 법인의 수익사업에서 발생한 소득금액의 100%를 고유목적사업 준비금으로 손금 산입 가능(조특법 제74조)

    3) 한도액 = 금융소득금액×100% + (수익사업소득금액 - 이월결손금 등) × 100%

5)다음은 청구법인이 제출한 조사청과 청구법인의 주장을 비교한 내용이다.

*이월결손금 관련 기준금액 14,248,173,946원은 청구법인이 2021 사업연도분에 대하여 과세전 적부심사청구한 장애인고용부담금 302,533,740원 및 교통유발부담금 100,808,050원을 손금불산입한 세무조사결과통지를 반영한 금액으로 향후 과세 전 적부심사청구 결과에 따라 변동될 가능성이 있음

6)청구법인의 ｢선택적복지제도운영지침｣ 중 복지포인트와 관련된 주요 내용은 다음과 같다.

7)조사청이 산출한 연도별 복지포인트 관련 과세 내역과 ‘임금과 근로 소득 비교표’ 다음과 같다.

라. 판단

 1)조사청이 산정한 고유목적사업준비금 손금산입 한도는 부적정하다는 청구주장의 당부

  가) 관련 법리

  ｢법인세법 시행령｣ 제56조제3항제1호(2020.2.11. 개정)는 고유목적사업 준비금 손금산입 한도 계산 시 수익사업 소득금액에서 차감하는 이월 결손금에 대하여, 이월결손금 공제한도(각 사업연도 소득의 100분의 60)를 적용받는 법인의 경우에는 “공제한도 적용으로 공제받지 못하고 이월된 금액을 차감한 금액”을 공제대상 이월결손금으로 보도록 명시하고 있다.

  나) 고유목적사업준비금 손금산입 한도에 대한 판단

(1) 위 법리와 앞서 인정한 사실관계 및 아래와 같은 점으로 볼 때, 조사청이 산정한 청구법인의 고유목적사업준비금 손금산입 한도는 적정한 것으로 판단된다.

(가) 조세법률주의 원칙상 조세법규는 엄격하게 해석하여야 하며, 법령 문언의 범위를 넘어 공제 범위를 확대해석하는 것은 허용되지 않는 것으로, 2020.2.11. 개정된 ｢법인세법 시행령｣ 제56조제3항제1호에서는 고유목적 사업준비금 손금산입 한도 계산 시 수익사업 소득금액에서 차감하는 이월 결손금에 대하여 이월결손금 공제한도를 적용받는 법인의 경우에는 “공제한도 적용으로 공제받지 못하고 이월된 금액을 차감한 금액”을 공제대상 이월 결손금으로 보도록 명시하고 있는 점

(나) 이에 조정명세서 작성방법 제16항은 (23)번의 기재기준을 “직전 사업연도까지 공제받지 못하고 이월된 결손금(누적금액)”으로 명확히 한정 하고 있는 점

(다)이후 2024.2.29. 청구법인과 같은 사례를 해소하기 위하여 ｢법인세법 시행령｣ 제10조제1항제7항이 신설된바 이는 종전의 법령 해석하에서는 조사청의 조사결과통지가 타당하였음을 방증하는 것인 점

   (2)따라서, 조사청이 산정한 고유목적사업준비금 손금산입 한도는 부적정 하다는 청구주장은 받아들이기 어렵다.

 2)복지포인트에 대한 근로소득 과세 및 가산세 부과는 위법하다는 청구주장의 당부

  가) 관련 법리

｢소득세법｣ 제20조제1항제1호의 근로소득은 “근로를 제공함으로써 받는 봉급ㆍ급료ㆍ보수ㆍ세비ㆍ임금ㆍ상여ㆍ수당과 이와 유사한 성질의 급여”를 의미하며, 대법원은 이를 "근로의 제공과 대가관계에 있는 일체의 경제적 이익뿐만 아니라 직접적인 근로의 대가 외에도 근로를 전제로 그와 밀접히 관련되어 근로조건의 내용을 이루고 있는 급여"로 해석하고 있다 (대법원 2018. 9. 13. 선고 2017두56575 판결).

  나) 쟁점복지포인트가 근로소득 과세대상인지에 대한 판단

   (1) 위 법리와 앞서 인정한 사실관계에 비추어 이 건을 보건대, 쟁점 복지포인트는 근로소득 과세대상으로 보는 것이 타당하다.

(가)｢소득세법 시행령｣ 제38조제1항제12호는 포인트 등 경제적 이익을 근로소득에 포함함을 명시하고 있고, 대법원에서도 복지포인트가 ｢소득세법｣상 근로소득에 해당함을 판시하고 있는 점(대법원 2024.12.24. 선고 2024두 34122 판결 참조)

(나) 과세당국은 2005년 이후 복지포인트에 대한 근로소득 과세방침을 일관되게 표명하고 있고, 이건 귀속연도 당시에도 같은 취지의 조세심판원 결정이 다수 있었던 것으로 확인되는 점

(다)그렇다면 청구법인이 복지포인트에 대하여 원천징수를 하지 않은 것은 세법 해석상의 견해 대립이라기보다는 청구법인의 법률에 대한 부지 및 착오에 해당한다고 봄이 타당한 점

(라)청구법인은 2019년 청구법인에 대한 세무조사 당시 과세관청이 복지포인트에 대한 별도의 시정조치 없이 조사를 종결한 사실이 있기는 하나, 이를 청구법인에 대한 신뢰보호의 기초가 되는 과세관청의 공적 견해가 표명으로 볼 수는 없다고 판단되는 점

    (2) 따라서, 복지포인트에 대한 근로소득 과세 및 가산세 부과는 위법 하다는 청구주장은 받아들이기 어렵다.

5. 결론

이 건 과세전적부심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로 ｢국세 기본법｣ 제81조의15제5항제1호의 규정에 따라 주문과 같이 결정한다.