1. 사실관계

○ ’20. 2월 A주택(단독주택) 매입

○ ’20. 5월 구청 및 세무서 임대사업자 등록(장기일반, 매입)

○ ’23. 6월 재개발사업 관리처분계획인가

○ ’24. 1월 구청 임대사업자 등록 말소*

 * 「민간임대주택에 관한 특별법 시행령」 제34조제3항제4호 신청에 따른 말소

○ ’24. 2월 A주택 양도*

  * ’21∼’23 과세연도 동안 합산배제를 신고하여 적법하게 적용받고 쟁점 외 다른 요건은 모두 충족한 것으로 전제함

2. 질의요지

○ 합산배제 임대주택의 임대의무기간 중 「도시 및 주거환경정비법」에 따른 재개발사업의 진행으로 해당 합산배제 임대주택의 임대등록을 「민간임대주택에 관한 특별법」제43조제4항제1호 및 같은 법 시행령 제34조제3항제4호에 따라 말소하는 경우종전 합산배제로 경감받은 종합부동산세와 이자상당가산액의 추징 여부

3. 관련법령

□ 종합부동산세법(2025.3.14. 법률 제20779호로 개정되기 전의 것, 이하 같음) 제8조 【과세표준】

① 주택에 대한 종합부동산세의 과세표준은 납세의무자별로 주택의 공시가격을 합산한 금액에서 다음 각 호의 금액을 공제한 금액에 부동산 시장의 동향과 재정 여건 등을 고려하여 100분의 60부터 100분의 100까지의 범위에서 대통령령으로 정하는 공정시장가액비율을 곱한 금액으로 한다. 다만, 그 금액이 영보다 작은 경우에는 영으로 본다.

 1. 대통령령으로 정하는 1세대 1주택자(이하 "1세대 1주택자"라 한다): 12억원

 2. 제9조제2항제3호 각 목의 세율이 적용되는 법인 또는 법인으로 보는 단체: 0원

 3. 제1호 및 제2호에 해당하지 아니하는 자: 9억원

② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택은 제1항에 따른 과세표준 합산의 대상이 되는 주택의 범위에 포함되지 아니하는 것으로 본다.

 1. 「민간임대주택에 관한 특별법」에 따른 민간임대주택, 「공공주택 특별법」에 따른 공공임대주택 또는 대통령령으로 정하는 다가구 임대주택으로서 임대기간, 주택의 수, 가격, 규모 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 주택

□ 종합부동산세법 제17조 【결정과 경정】

⑤ 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 경감받은 세액과 이자상당가산액을 추징하여야 한다.

 1. 제8조제2항에 따라 과세표준 합산의 대상이 되는 주택에서 제외된 주택 중 같은 항 제1호의 임대주택 또는 같은 항 제2호의 가정어린이집용 주택이 추후 그 요건을 충족하지 아니하게 된 경우

 2. 제8조제4항제2호에 따라 1세대 1주택자로 본 납세의무자가 추후 그 요건을 충족하지 아니하게 된 경우

□ 종합부동산세법 시행령(2024.2.29. 대통령령 제34268호로 개정되기 전의 것, 이하 같음) 제3조 【합산배제 임대주택】

① 법 제8조제2항제1호에서 "대통령령으로 정하는 주택"이란 「공공주택 특별법」제4조에 따른 공공주택사업자(이하 "공공주택사업자"라 한다) 또는 「민간임대주택에 관한 특별법」제2조제7호에 따른 임대사업자(이하 "임대사업자"라 한다)로서 과세기준일 현재 「소득세법」제168조 또는 「법인세법」제111조에 따른 주택임대업 사업자등록(이하 이 조에서 "사업자등록"이라 한다)을 한 자가 과세기준일 현재 임대(제1호부터제3호까지,제5호부터제8호까지의 주택을 임대한 경우를 말한다)하거나 소유(제4호또는제9호의 주택을 소유한 경우를 말한다)하고 있는 다음 각 호의 주택(이하 "합산배제 임대주택"이라 한다)을 말한다. 이 경우 과세기준일 현재 임대를 개시한 자가 법 제8조제3항에 따른 주택의 보유현황 신고기간 종료일까지 임대사업자로서 사업자등록을 하는 경우에는 해당 연도 과세기준일 현재 임대사업자로서 사업자등록을 한 것으로 본다.

 8. 매입임대주택 중 장기일반민간임대주택등으로서 가목1)부터 3)까지의 요건을 모두 갖춘 주택. 다만, 나목1)부터 4)까지에 해당하는 주택의 경우는 제외한다.

  가. 적용요건

   1) 해당 주택의 임대개시일 또는 최초로 제9항에 따른 합산배제신고를 한 연도의 과세기준일의 공시가격이 6억원(수도권 밖의 지역인 경우에는 3억원) 이하일 것

   2) 10년 이상 계속하여 임대하는 것일 것. 이 경우 임대기간을 계산할 때 「민간임대주택에 관한 특별법」제5조제3항에 따라 같은 법 제2조제6호의 단기민간임대주택을 장기일반민간임대주택등으로 변경 신고한 경우에는 제7항제1호에도 불구하고 같은 법 시행령 제34조제1항제3호에 따른 시점부터 그 기간을 계산한다.

   3) 임대료등의 증가율이 100분의 5를 초과하지 않을 것. 이 경우 임대료등 증액 청구는 임대차계약의 체결 또는 약정한 임대료등의 증액이 있은 후 1년 이내에는 하지 못하고, 임대사업자가 임대료등의 증액을 청구하면서 임대보증금과 월임대료를 상호 간에 전환하는 경우에는 「민간임대주택에 관한 특별법」제44조제4항에 따라 정한 기준을 준용한다.

  나. 제외되는 주택

   1) 1세대가 국내에 1주택 이상을 보유한 상태에서 세대원이 새로 취득(제7항제2호 또는 제7호에 따라 임대기간이 합산되는 경우의 취득은 제외한다)한 조정대상지역(「주택법」제63조의2제1항제1호에 따른 조정대상지역을 말한다. 이하 같다)에 있는 「민간임대주택에 관한 특별법」제2조제5호에 따른 장기일반민간임대주택[조정대상지역의 공고가 있은 날 이전에 주택(주택을 취득할 수 있는 권리를 포함한다)을 취득하거나 취득하기 위하여 매매계약을 체결하고 계약금을 지급한 사실이 증빙서류에 의하여 확인되는 경우는 제외한다]

   2) 법인 또는 법인으로 보는 단체가 조정대상지역의 공고가 있은 날(이미 공고된 조정대상지역의 경우 2020년 6월 17일을 말한다)이 지난 후에 사업자등록등을 신청(임대할 주택을 추가하기 위한 등록사항의 변경신고를 포함하며, 제7항제7호에 따라 임대기간이 합산되는 경우는 멸실된 주택에 대한 신청을 말한다)한 조정대상지역에 있는 「민간임대주택에 관한 특별법」제2조제5호에 따른 장기일반민간임대주택

   3) 2020년 7월 11일 이후 종전의 「민간임대주택에 관한 특별법」제5조제1항에 따라 등록 신청한 같은 법 제2조제5호에 따른 장기일반민간임대주택 중 아파트를 임대하는 민간매입임대주택

   4) 종전의 「민간임대주택에 관한 특별법」제2조제6호에 따른 단기민간임대주택으로서 2020년 7월 11일 이후 같은 법 제5조제3항에 따라 같은 법 제2조제4호에 따른 공공지원민간임대주택 또는 같은 조 제5호에 따른 장기일반민간임대주택으로 변경신고한 주택

⑦ 제1항을 적용할 때 합산배제 임대주택의 임대기간의 계산은 다음 각 호에 따른다.

 7. 「도시 및 주거환경정비법」에 따른 재개발사업ㆍ재건축사업 또는 「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」에 따른 소규모주택정비사업에 따라 당초의 합산배제 임대주택이 멸실되어 새로운 주택을 취득하게 된 경우에는 멸실된 주택의 임대기간과 새로 취득한 주택의 임대기간을 합산한다. 이 경우 새로 취득한 주택의 준공일부터 6개월 이내에 임대를 개시해야 한다.

 7의2. 「주택법」에 따른 리모델링을 하는 경우에는 해당 주택의 같은 법에 따른 허가일 또는 사업계획승인일 전의 임대기간과 준공일 후의 임대기간을 합산한다. 이 경우 준공일부터 6개월 이내에 임대를 개시해야 한다.

⑩ 제7항제7호및제7호의2에 따라 주택의 임대기간의 합산을 받으려는 자는 주택이 멸실(리모델링의 경우에는 허가일 또는 사업계획승인일을 말한다)된 후에 최초로 도래하는 과세기준일이 속하는 과세연도의 법 제8조제3항에 따른 기간에 기획재정부령으로 정하는 서류를 관할세무서장에게 제출해야 한다.

□ 종합부동산세법 시행령 제10조 【과세표준】

① 법 제17조제5항제1호에 따라 추징해야 하는 경감받은 세액은 제1호의 금액에서 제2호의 금액을 뺀 금액으로 한다.

 1. 합산배제 임대주택 또는 가정어린이집용 주택(이하 "합산배제 임대주택등"이라 한다)으로 보아 왔던 매 과세연도마다 해당 주택을 종합부동산세 과세표준 합산의 대상이 되는 주택으로 보고 계산한 세액

 2. 합산배제 임대주택등으로 보아 왔던 매 과세연도마다 해당 주택을 종합부동산세 과세표준 합산의 대상에서 제외되는 주택으로 보고 계산한 세액

② 법 제17조제5항제1호에 따라 추징해야 하는 이자상당가산액은 제1항에 따라 계산한 금액에 제1호의 기간과 제2호의 율을 곱하여 계산한 금액으로 한다.

 1. 합산배제 임대주택등으로 신고한 매 과세연도(제3조제9항 단서 및 제4조제4항 단서에 따라 신고하지 않은 과세연도를 포함한다)의 납부기한 다음 날부터 법 제17조제5항제1호에 따라 추징할 세액의 고지일까지의 기간

 2. 1일당 10만분의 22

③ 제1항에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 경감받은 세액과 이자상당가산액을 추징하지 않는다.

 1. 제3조제1항제1호나목, 같은 항 제2호나목, 같은 항 제7호나목 및 같은 항 제8호가목2)에 따른 최소 임대의무기간이 지난 후에 같은 항 제1호다목, 같은 항 제2호다목, 같은 항 제7호다목 및 같은 항 제8호가목3)의 요건을 충족하지 않게 된 경우

 2. 「민간임대주택에 관한 특별법」제6조제1항제11호 또는 같은 조 제5항에 따라 임대사업자 등록이 말소된 경우

 3. 「도시 및 주거환경정비법」에 따른 재개발사업ㆍ재건축사업, 「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」에 따른 소규모주택정비사업으로 당초의 합산배제 임대주택이 멸실되어 새로 취득하거나 「주택법」에 따른 리모델링으로 새로 취득한 주택이 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 요건을 갖춘 경우. 다만, 새로 취득한 주택의 준공일부터 6개월이 되는 날이 2020년 7월 10일 이전인 경우는 제외한다.

  가. 새로 취득한 주택에 대하여 2020년 7월 11일 이후 종전의 「민간임대주택에 관한 특별법」(법률 제17482호 민간임대주택에 관한 특별법 일부개정법률로 개정되기 전의 것을 말한다) 제2조제5호에 따른 장기일반민간임대주택 중 아파트를 임대하는 민간매입임대주택 또는 같은 조 제6호에 따른 단기민간임대주택으로 같은 법 제5조제1항에 따라 등록 신청(같은 조 제3항에 따라 임대할 주택을 추가하기 위해 등록사항의 변경신고를 한 경우를 포함한다)을 했을 것

  나. 새로 취득한 주택이 아파트(당초의 합산배제 임대주택이 단기민간임대주택인 경우에는 모든 주택을 말한다)인 경우로서 해당 주택에 대하여 임대사업자 등록을 하지 않았을 것

□ 민간임대주택에 관한 특별법(2023.8.16. 법률 제19680호로 개정되기 전의 것, 이하 같음) 제6조 【임대사업자 등록의 말소】

① 시장ㆍ군수ㆍ구청장은 임대사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하면 등록의 전부 또는 일부를 말소할 수 있다. 다만, 제1호에 해당하는 경우에는 등록의 전부 또는 일부를 말소하여야 한다.

 11. 제43조에도 불구하고 종전의 「민간임대주택에 관한 특별법」(법률 제17482호 민간임대주택에 관한 특별법 일부개정법률에 따라 개정되기 전의 것을 말한다. 이하 이 조에서 같다) 제2조제5호의 장기일반민간임대주택 중 아파트(「주택법」제2조제20호의 도시형 생활주택이 아닌 것을 말한다)를 임대하는 민간매입임대주택 또는 제2조제6호의 단기민간임대주택에 대하여 임대사업자가 임대의무기간 내 등록 말소를 신청(신청 당시 체결된 임대차계약이 있는 경우 임차인의 동의가 있는 경우로 한정한다)하는 경우

 12. 임대사업자가 보증금 반환을 지연하여 임차인의 피해가 명백히 발생하였다고 대통령령으로 정하는 경우

 13. 제46조에 따른 임대차계약 신고 또는 변경신고를 하지 아니하여 시장ㆍ군수ㆍ구청장이 제61조제1항에 따라 보고를 하게 하였으나 거짓으로 보고하거나 3회 이상 불응한 경우

⑤ 종전의 「민간임대주택에 관한 특별법」제2조제5호에 따른 장기일반민간임대주택 중 아파트(「주택법」제2조제20호의 도시형 생활주택이 아닌 것을 말한다)를 임대하는 민간매입임대주택 및 제2조제6호에 따른 단기민간임대주택은 임대의무기간이 종료한 날 등록이 말소된다.

□ 민간임대주택에 관한 특별법 제43조 【임대의무기간 및 양도 등】

④ 제1항에도 불구하고 임대사업자는 임대의무기간 중에도 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 임대의무기간 내에도 계속 임대하지 아니하고 말소하거나, 대통령령으로 정하는 바에 따라 시장ㆍ군수ㆍ구청장에게 허가를 받아 임대사업자가 아닌 자에게 민간임대주택을 양도할 수 있다.

 1. 부도, 파산, 그 밖의 대통령령으로 정하는 경제적 사정 등으로 임대를 계속할 수 없는 경우

□ 민간임대주택에 관한 특별법 시행령(2025.1.21. 대통령령 제3857호로 개정되기 전의 것, 이하 같음)제34조 【민간임대주택의 임대의무기간 등】

③ 법 제43조제4항제1호에서 "대통령령으로 정하는 경제적 사정 등”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다. 다만, 임대의무기간이 8년 이상인 민간임대주택을 300호 또는 300세대 이상 등록한 임대사업자에 대해서는 제3호, 제4호 및 제5호나목의 경우로 한정한다.

 1. 2년 연속 적자가 발생한 경우

 2. 2년 연속 부(負)의 영업현금흐름이 발생한 경우

 3. 최근 12개월간 해당 임대사업자의 전체 민간임대주택 중 임대되지 아니한 주택이 20퍼센트 이상이고 같은 기간 동안 특정 민간임대주택이 계속하여 임대되지 아니한 경우

 4. 관계 법령에 따라 재개발, 재건축 등으로 민간임대주택의 철거가 예정되어 있거나 민간임대주택이 철거된 경우

 5. 임대사업자의 상속인이 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우

  가. 임대사업자로서의 지위 승계를 거부하는 경우

  나. 법 제5조의6 또는 제5조의7에 해당되어 등록이 제한되는 경우

④ 시장ㆍ군수ㆍ구청장은 제3항제3호또는제4호에 해당하여 법 제43조제4항에 따른 양도허가를 하려는 경우에는 해당 사유가 발생한 주택에 한정하여 허가하여야 한다.

⑤ 시장ㆍ군수ㆍ구청장은 법 제43조제4항제2호에 해당하여 같은 항에 따른 양도허가를 하려는 경우에는 주택의 총 양도가격이 필요한 운영비용 등의 추계액을 초과하지 아니하는 범위에서 허가하여야 한다.

⑥ 법 제43조제4항에 따른 말소 신청에 관하여는 제5조제4항을 준용한다.

□ 민간임대주택에 관한 특별법 시행규칙(2025.6.4. 기획재정부령 제1283호로 개정되기 전의 것) 제4조의5 【임대의무기간 및 양도 등】

① 영 제5조제4항에 따라 등록 말소를 신청하려는 임대사업자는 별지 제6호의7서식의 임대사업자 등록 전부(일부) 말소 신청서에 다음 각 호의 서류를 첨부하여 시장ㆍ군수ㆍ구청장에게 제출해야 한다.

 1. 등록 말소 대상임을 증명할 수 있는 서류

 2. 별지 제6호의8서식의 임대사업자 등록 말소 신청에 관한 임차인 동의서(법 제6조제1항제3호 및 제11호에 따라 임차인의 동의가 있어야 하는 경우만 해당하며, 해당 임차인의 동의를 모두 받은 날부터 1개월 이내의 것을 말한다)

□ 소득세법 시행령 제155조 【1세대1주택의 범위】

⑳ 제167조의3제1항제2호에 따른 주택{같은 호 가목 및 다목에 해당하는 주택의 경우에는 해당 목의 단서에서 정하는 기한의 제한은 적용하지 않되, 2020년 7월 10일 이전에 「민간임대주택에 관한 특별법」제5조에 따른 임대사업자등록 신청(임대할 주택을 추가하기 위해 등록사항의 변경 신고를 한 경우를 포함한다)을 한 주택으로 한정하며, 같은 호 마목에 해당하는 주택의 경우에는 같은 목 1)에 따른 주택[같은 목 2) 및 3)에 해당하지 않는 경우로 한정한다]을 포함한다. 이하 이 조에서 "장기임대주택"이라 한다} 또는 같은 항 제8호의2에 해당하는 주택(이하 "장기어린이집"이라 한다)과 그 밖의 1주택을 국내에 소유하고 있는 1세대가 각각 제1호와 제2호 또는 제1호와 제3호의 요건을 충족하고 해당 1주택(이하 이 조에서 "거주주택"이라 한다)을 양도하는 경우에는 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보아 제154조제1항을 적용한다. 이 경우 해당 거주주택을 「민간임대주택에 관한 특별법」제5조에 따라 민간임대주택으로 등록하였거나 「영유아보육법」제13조제1항에 따른 인가를 받거나 같은 법 제24조제2항에 따른 위탁을 받아 어린이집으로 사용한 사실이 있고 그 보유기간 중에 양도한 다른 거주주택(양도한 다른 거주주택이 둘 이상인 경우에는 가장 나중에 양도한 거주주택을 말한다. 이하 "직전거주주택"이라 한다)이 있는 거주주택(이하 이 항에서 "직전거주주택보유주택"이라 한다)인 경우에는 직전거주주택의 양도일 후의 기간분에 대해서만 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보아 제154조제1항을 적용한다.

 1.거주주택: 보유기간 중 거주기간(직전거주주택보유주택의 경우에는 법 제168조에 따른 사업자등록과 「민간임대주택에 관한 특별법」제5조에 따른 임대사업자 등록을 한 날, 「영유아보육법」제13조제1항에 따른 인가를 받은 날 또는 같은 법 제24조제2항에 따른 위탁의 계약서상 운영개시일 이후의 거주기간을 말한다)이 2년 이상일 것

 2.장기임대주택: 양도일 현재 법 제168조에 따른 사업자등록을 하고, 장기임대주택을 「민간임대주택에 관한 특별법」제5조에 따라 민간임대주택으로 등록하여 임대하고 있으며, 임대보증금 또는 임대료(이하 이 호에서 "임대료등"이라 한다)의 증가율이 100분의 5를 초과하지 않을 것. 이 경우 임대료등의 증액 청구는 임대차계약의 체결 또는 약정한 임대료등의 증액이 있은 후 1년 이내에는 하지 못하고, 임대사업자가 임대료등의 증액을 청구하면서 임대보증금과 월임대료를 상호 간에 전환하는 경우에는 「민간임대주택에 관한 특별법」제44조제4항의 전환 규정을 준용한다.

㉓ 제167조의3제1항제2호가목 및 다목부터 마목까지의 규정에 해당하는 장기임대주택(법률 제17482호 민간임대주택에 관한 특별법 일부개정법률 부칙 제5조제1항이 적용되는 주택으로 한정한다)이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하여 등록이 말소된 경우에는 해당 등록이 말소된 이후(장기임대주택을 2호 이상 임대하는 경우에는 최초로 등록이 말소되는 장기임대주택의 등록 말소 이후를 말한다) 5년 이내에 거주주택을 양도하는 경우에 한정하여 임대기간요건을 갖춘 것으로 보아 제20항을 적용한다.

 1. 「민간임대주택에 관한 특별법」제6조제1항제11호에 따라 임대사업자의 임대의무기간 내 등록 말소 신청으로 등록이 말소된 경우(같은 법 제43조에 따른 임대의무기간의 2분의 1 이상을 임대한 경우에 한정한다)

 2.「민간임대주택에 관한 특별법」제6조제5항에 따라 임대의무기간이 종료한 날 등록이 말소된 경우