주 문

이 건 과세전적부심사청구는 불채택결정합니다.

이 유

1. 사실관계 및 통지내용

가. 청구인은 2020.6.22. 세종시 A, B (지상건물 포함), C, D, E, F, G, H 총 8필지(이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 주식회사 I(이하 I 혹은 “매수법인”이라 한다) 에게 37억원에 매매 후 소유권이전등기하였다.

나. 처분청은 등기상 2020.6.22. 소유권이전등기가 경료되어 청구인에게 양도소득세 예정신고 납부기한인 2020.8.30. 신고ㆍ납부 안내하였고, 이후 기한 후 신고안내문을 발송, 유선상 안내에도 신고하지 않아 2025.11.18. 양도소득세 무신고에 대하여 양도가액은 실지거래가액인 37억원으로 산정하고 취득가액은 환산취득가액으로 산정하여 양도소득세 1,569백만원을 과세예고 통지하였다.

다.청구인은 이에 대하여 2025.12.18. 이 건 과세전적부심사청구를 제기 하였다.

2. 청구주장

가. 기초적 사실관계

1)청구인은 2020.6.18.경 I와 쟁점부동산에 대하여 부동산매매 계약을 체결하였다(붙임1 매매계약서 참조).

2)I가 (가칭)J지역주택조합 사업부지로 개발하기 위하여 청구인의 토지를 매매하는 것을 목적으로 하고, 매매대금은 37억원으로 하며, 매매대금은 I가 2018.11.9. 청구인에게 대여한 5억원을 계약금, I가 2019.10.2. 청구인에게 대여한 1,249,323,359원을 중도금, 1차 잔금은 계약체결인 5일 이내 1,050,676,641원, 2차 잔금 9억원은 청구인이 쟁점부동산 지상 건물에서 퇴거하고, 청구인의 책임으로 이 사건 매매 부동산 목록 4-2 건물의 임차인을 내보내고 당해 건물을 철거하며, 쟁점부동산의 권리취득 및 토지 사용을 제한하는 일체의 제3자 권리를 말소한 후 5일 이내 지급하는 것으로 하였다.

다만 쟁점부동산의 소유권이전등기는 2020.6.22. I에 이전된 바 있으나, 이는 이미 I가 청구인 소유였던 쟁점부동산에 기존 대여금인 약 17억4,900만원에 대한 근저당권을 설정한 상황에서, 위 대여금을 이 사건 매매계약의 계약금 및 중도금으로 갈음하기로 하였으므로, 먼저 담보형식으로 소유권이전등기를 경료하였던 것이다.

3)그 후 청구인은 1차 잔금까지 수령하였고, 2차 잔금 중 일부만 수령한 후 아직 3억원의 잔금을 수령하지 못하고 있으며, 청구인이 I로부터 아직 3억원의 잔금을 수령하지 못한 이유는, 청구인이 쟁점부동산 중 B지상 소재 건물에 대하여 아직 철거를 하지 못하였고, 위 건물의 임차인도 현재 거주하고 있어 잔금을 수령하지 못한 것이다.

청구인은 B지상에 무단으로 건물을 축조하고 점유 중인 제3자에 대하여 2022.9.6. 토지인도 등의 소(K법원 "사건번호1 생략")를 제기하였고, 승소하였으나 상대방이 항소ㆍ상고하여 최종적으로 2024.6.17. 확정된 바 있다. 이에 청구인은 위 불법점유자를 상대로 강제집행을 하고자 하였으나 건축물대장과 현황이 상이하여 강제집행이 되지 못하여, 2025.9.12. 토지인도 등의 소를 추가로 제기하여, 현재 건축물대장과 상이한 부분에 대한 감정을 진행하고 있다.

나.통지관서가 청구인에게 한 과세예고통지는 ｢소득세법｣상 부동산의 양도가 있었다고 볼 수 없는 상황에서 한 것으로서 부적법하다.

1)｢소득세법｣ 제98조는 ‘취득시기 및 양도시기는 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우를 제외하고는 해당 자산의 대금을 청산한 날로 한다.’고 규정하고 있다. 즉 ｢소득세법｣은 대금을 청산한 날을 기준으로 하되, 예외적으로 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등에 대통령령으로 정한 경우에 양도시기로 본다 할 것이다.

2) 청구인과 I의 쟁점부동산에 관한 매매계약은 잔금에 대하여 위에서 본 바와 같이 청구인이 쟁점부동산에 존재하는 건물을 철거하고 불법점유자를 퇴거하는 조건부 잔금지급을 하도록 되어 있는바, 아직 위 건물이 철거되지 않았다 할 것이므로 조건의 불성취로 인하여 잔금지급기일이 도래하지 않았다. 즉 청구인과 I 사이의 이 사건 매매계약은 건물 철거 및 임차인 퇴거 후 5일 이내라는 명확한 잔금 청산일을 정하고 있는바, 이 사건의 경우 잔금 청산일이 도래하지 않았다 할 것이다.

3)또한 I는 이 사건 매매부동산에 대하여 (가칭)J지역 주택조합 사업부지로 개발하기 위하여 매수하였다 할 것인바, 청구인의 위와 같은 이 사건 매매계약의 조건을 이행하지 않으므로서 실질적으로 이 사건 매매부동산을 사용·수익하고 있지 않다고 할 것이므로, 실질적으로 I에 양도되었다고 볼 수 없다.

다. 결어

청구인과 I 사이의 쟁점부동산에 대하여 잔금지급 기한이 미도래 하였으므로, 양도소득세 부과의 양도시기도 미도래하였다 할 것이다.

3. 통지관서(조사청) 의견

｢소득세법｣ 제98조는 ‘취득시기 및 양도시기는 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우를 제외하고는 해당 자산의 대금을 청산한 날로 한다’고 규정하고 있으며 ｢소득세법 시행령｣ 제162조 제1항제2호는 ‘대금을 청산하기 전에 소유권이전등기(등록 및 명의의 개서를 포함한다)를 한 경우에는 등기부ㆍ등록부 또는 명부 등에 기재된 등기접수일’을 취득시기 및 양도시기로 규정하고 있다.

｢소득세법 시행령｣에서 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기 시 등기부에 기재된 등기접수일을 양도시기로 함을 명백히 규정하고 있는 이상 쟁점부동산의 등기부등본상 접수일인 2020.6.22.을 양도일로 보아야 한다.

따라서 쟁점부동산의 소유권이전등기가 접수된 시점에 양도가 이루어진 것이라 볼 수 있으므로 처분청의 당초 과세처분은 정당하다.

4. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점부동산의 양도시기가 도래하지 않았다는 청구주장의 당부

나. 관련법령

 1) 소득세법 제98조【양도 또는 취득의 시기】

자산의 양도차익을 계산할 때 그 취득시기 및 양도시기는 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우를 제외하고는 해당 자산의 대금을 청산한 날로 한다. 이 경우 자산의 대금에는 해당 자산의 양도에 대한 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 양수자가 부담하기로 약정한 경우에는 해당 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액은 제외한다.

 1-1)소득세법 시행령 제162조【양도 또는 취득의 시기】
(2022.2.15. 대통령령 제32420호로 일부 개정되기 전의 것)

①법 제98조 전단에서 "대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우"란 다음 각 호의 경우를 말한다.

1.대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 등기부ㆍ등록부 또는 명부 등에 기재된 등기ㆍ등록접수일 또는 명의개서일

2.대금을 청산하기 전에 소유권이전등기(등록 및 명의의 개서를 포함 한다)를 한 경우에는 등기부ㆍ등록부 또는 명부등에 기재된 등기접수일

3.기획재정부령이 정하는 장기할부조건의 경우에는 소유권이전등기 (등록 및 명의개서를 포함한다) 접수일ㆍ인도일 또는 사용수익일중 빠른 날

4.자기가 건설한 건축물에 있어서는 ｢건축법｣ 제22조제2항에 따른 사용 승인서 교부일. 다만, 사용승인서 교부일 전에 사실상 사용하거나 같은 조 제3항제2호에 따른 임시사용승인을 받은 경우에는 그 사실상의 사용일 또는 임시사용승인을 받은 날 중 빠른 날로 하고 건축허가를 받지 아니하고 건축하는 건축물에 있어서는 그 사실상의 사용일로 한다.

다. 사실관계

1)조사청이 청구인에게 통지한 과세예고통지서의 주요내용은 다음과 같다.

2)등기부등본으로 확인되는 쟁점부동산의 취득시기 및 양도시기는 아래와 같다.

3)청구인이 제기한 토지인도 등의 소(K법원 "사건번호1 생략") 판결문의 주요내용은 다음과 같다(3심 대법원 "사건번호2 생략". 2024.6.17. 청구인 승소).

4)쟁점부동산 매매와 관련하여 잔금을 수령하지 못하였다는 청구주장과 관련하여 조사청에서 이에 대해 사실 여부를 확인한 바는 없다고 한다.

라. 판단

 1) 관련 법리

 ｢소득세법 시행령｣제162조제1항제2호는 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우로 “대금을 청산하기 전에 소유권이전등기를 한 경우에는 등기부에 기재된 등기접수일”이라고 규정하고 있다. 위 각 규정은 납세자의 자의를 배제하고 과세소득을 획일적으로 파악하여 과세의 공평을 기할 목적으로 소득세법령의 체계 내에서 여러 기준이 되는 자산의 취득시기 및 양도시기를 통일적으로 파악하고 관계 규정들을 모순 없이 해석ㆍ 적용하기 위하여 세무계산상 자산의 취득시기 및 양도시기를 의제한 규정이다(대법원 2002. 4. 12. 선고 2000두6282 판결 등 취지 참조).

 2)쟁점부동산의 양도시기가 언제인지에 대한 판단

  가) 위 법리와 다음 내용으로 볼 때, 쟁점부동산의 양도시기가 도래하지 않았다는 청구주장은 타당하지 않다.

   (1)｢소득세법 시행령｣ 제162조제1항제2호에서 “대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우” 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기를 한 경우에는 등기부ㆍ등록부 또는 명부등에 기재된 등기접수일을 취득시기 및 양도 시기로 함을 규정하고 있는 점

   (2)청구인은 A, B(지상건물 포함), C, D, E, F, G, H 총 8필지를 2020.6.22. 주식회사 I 에게 소유권이전 등기한 사실이 확인되며, 매매계약의 해제나 원인무효 등 특정한 사정이 있지는 않은 점

  나)따라서 통지관서가 청구인이 쟁점부동산을 양도하였으나 양도소득세를 신고하지 않은 것으로 보아 과세예고통지한 것은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

5. 결론

  이 건 과세전적부심사청구는 청구주장이 이유 없다고 인정되므로 ｢국세기본법｣ 제81조의15제5항제2호의 규정에 따라 주문과 같이 결정한다.