1. 사실관계

○ 질의법인은 ’02.1월 새마을운동을 통한 ○○남도 발전에 기여할 목적으로 ○○지역 새마을운동의 계획 수립 및 시행 등을 위하여 설립된 비영리내국법인 임

* 새마을운동중앙회는 「새마을운동조직 육성법」에 따른 새마을운동조직으로 산하에 질의법인 포함 18개 시·도·지부, 228개의 시·군·구 지회로 구성됨

○ 질의법인은 ’02.1월 상가부동산을 임대사업에 사용하다가 ’24.3월 매각하여 **원의 수익사업소득이 발생하였고 이에 대해 고유목적사업준비금을 계상하여 손금산입하였으며

 - 해당 수익금은 새마을회 예산집행지침^*에 따라 산하 시·군·구 지역 새마을회에 재정지원 목적으로 사용함

* 시·도새마을회는 산하 시·군·구 지회의 운영에 사업비 보조금을 재정지원할 수 있도록 규정

2. 질의내용

○ 정관 외 별도 예산집행지침에 따라 시·군·구 새마을운동지회에 재정을 지원한 경우 고유목적사업에 지출한 것으로 볼 수 있는지 여부

3. 관련법령

○ 법인세법 제29조 【비영리내국법인의 고유목적사업준비금의 손금산입】

① 비영리내국법인(법인으로 보는 단체의 경우에는 대통령령으로 정하는 단체만 해당한다. 이하 이 조에서 같다)이 각 사업연도의 결산을 확정할 때 그 법인의 고유목적사업이나 제24조제3항제1호에 따른 일반기부금(이하 이 조에서 "고유목적사업등"이라 한다)에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 손비로 계상한 경우에는 다음 각 호의 구분에 따른 금액의 합계액(제2호에 따른 수익사업에서 결손금이 발생한 경우에는 제1호 각 목의 금액의 합계액에서 그 결손금 상당액을 차감한 금액을 말한다)의 범위에서 그 계상한 고유목적사업준비금을 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입한다.

 1. 다음 각 목의 금액

  가. 「소득세법」제16조제1항 각 호(같은 항 제11호에 따른 비영업대금의 이익은 제외한다)에 따른 이자소득의 금액

  나. 「소득세법」제17조제1항 각 호에 따른 배당소득의 금액. 다만, 「상속세 및 증여세법」제16조 또는 제48조에 따라 상속세 과세가액 또는 증여세 과세가액에 산입되거나 증여세가 부과되는 주식등으로부터 발생한 배당소득의 금액은 제외한다.

  다. 특별법에 따라 설립된 비영리내국법인이 해당 법률에 따른 복지사업으로서 그 회원이나 조합원에게 대출한 융자금에서 발생한 이자금액

 2. 그 밖의 수익사업에서 발생한 소득에 100분의 50(「공익법인의 설립ㆍ운영에 관한 법률」에 따라 설립된 법인으로서 고유목적사업등에 대한 지출액 중 100분의 50 이상의 금액을 장학금으로 지출하는 법인의 경우에는 100분의 80)을 곱하여 산출한 금액

③ 제1항에 따라 고유목적사업준비금을 손금에 산입한 비영리내국법인이 고유목적사업등에 지출한 금액이 있는 경우에는 그 금액을 먼저 계상한 사업연도의 고유목적사업준비금부터 차례로 상계(相計)하여야 한다. 이 경우 고유목적사업등에 지출한 금액이 직전 사업연도 종료일 현재의 고유목적사업준비금의 잔액을 초과한 경우 초과하는 금액은 그 사업연도에 계상할 고유목적사업준비금에서 지출한 것으로 본다.

④ 제1항에 따라 고유목적사업준비금을 손금에 산입한 비영리내국법인이 사업에 관한 모든 권리와 의무를 다른 비영리내국법인에 포괄적으로 양도하고 해산하는 경우에는 해산등기일 현재의 고유목적사업준비금 잔액은 그 다른 비영리내국법인이 승계할 수 있다.

⑤ 제1항에 따라 손금에 산입한 고유목적사업준비금의 잔액이 있는 비영리내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하게 된 경우 그 잔액(제5호의 경우에는 고유목적사업등이 아닌 용도에 사용한 금액을 말하며, 이하 이 조에서 같다)은 해당 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금에 산입한다.

 1. 해산한 경우(제4항에 따라 고유목적사업준비금을 승계한 경우는 제외한다)

 2. 고유목적사업을 전부 폐지한 경우

 3. 법인으로 보는 단체가 「국세기본법」제13조제3항에 따라 승인이 취소되거나 거주자로 변경된 경우

 4. 고유목적사업준비금을 손금에 산입한 사업연도의 종료일 이후 5년이 되는 날까지 고유목적사업등에 사용하지 아니한 경우(5년 내에 사용하지 아니한 잔액으로 한정한다)

 5. 고유목적사업준비금을 고유목적사업등이 아닌 용도에 사용한 경우

○ 법인세법 시행령 제56조 【고유목적사업준비금의 손금산입】

⑤ 법 제29조제1항 각 호 외의 부분에 따른 고유목적사업은 해당 비영리내국법인의 법령 또는 정관에 따른 설립목적을 직접 수행하는 사업으로서 제3조제1항에 따른 수익사업 외의 사업으로 한다.

⑥ 법 제29조제1항부터 제5항까지의 규정을 적용할 때 다음 각 호의 금액은 고유목적사업에 지출 또는 사용한 금액으로 본다. 다만, 비영리내국법인이 유형자산 및 무형자산 취득 후 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업이나 보건업[보건업을 영위하는 비영리내국법인(이하 이 조에서 "의료법인"이라 한다)에 한정한다]에 3년 이상 자산을 직접 사용하지 아니하고 처분하는 경우에는 제1호 또는 제3호의 금액을 고유목적사업에 지출 또는 사용한 금액으로 보지 아니한다.

 1. 비영리내국법인이 해당 고유목적사업의 수행에 직접 소요되는 유형자산 및 무형자산 취득비용(제31조제2항에 따른 자본적 지출을 포함한다) 및 인건비 등 필요경비로 사용하는 금액

 2. 특별법에 따라 설립된 법인(해당 법인에 설치되어 운영되는 기금 중 「국세기본법」제13조에 따라 법인으로 보는 단체를 포함한다)으로서 건강보험ㆍ연금관리ㆍ공제사업 및 제3조제1항제8호에 따른 사업을 영위하는 비영리내국법인이 손금으로 계상한 고유목적사업준비금을 법령에 의하여 기금 또는 준비금으로 적립한 금액

 3. 의료법인이 지출하는 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 금액

  가. 의료기기 등 재정경제부령으로 정하는 자산을 취득하기 위하여 지출하는 금액

  나. 「의료 해외진출 및 외국인환자 유치 지원에 관한 법률」제2조제1호에 따른 의료 해외진출을 위하여 재정경제부령으로 정하는 용도로 지출하는 금액

  다. 재정경제부령으로 정하는 연구개발사업을 위하여 지출하는 금액

 4. 「농업협동조합법」에 따른 농업협동조합중앙회가 법 제29조제2항에 따라 계상한 고유목적사업준비금을 회원에게 무상으로 대여하는 금액

 5. 「농업협동조합법」에 의한 농업협동조합중앙회가 「농업협동조합의 구조개선에 관한 법률」에 의한 상호금융예금자보호기금에 출연하는 금액

 6. 「수산업협동조합법」에 의한 수산업협동조합중앙회가 「수산업협동조합의 부실예방 및 구조개선에 관한 법률」에 의한 상호금융예금자보호기금에 출연하는 금액

 7. 「신용협동조합법」에 의한 신용협동조합중앙회가 동법에 의한 신용협동조합예금자보호기금에 출연하는 금액

 8. 「새마을금고법」에 의한 새마을금고중앙회가 동법에 의한 예금자보호준비금에 출연하는 금액

 9. 「산림조합법」에 의한 산림조합중앙회가 동법에 의한 상호금융예금자보호기금에 출연하는 금액

 10. 「제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법」제166조에 따라 설립된 제주국제자유도시 개발센터가 같은 법 제170조제1항제1호, 같은 항 제2호라목ㆍ마목(관련 토지의 취득ㆍ비축을 포함한다) 및 같은 항 제3호의 업무에 지출하는 금액

○새마을운동조직 육성법 제1조【목적】

이 법은 국민의 자발적 운동에 의하여 조직된 새마을운동조직을 지원ㆍ육성함으로써 새마을운동의 지속적인 추진과 향상을 도모하고 국가ㆍ사회 발전에 이바지함을 목적으로 한다.

○새마을운동조직 육성법 제2조【정의】

이 법에서 "새마을운동조직"이란 새마을운동중앙회와 그 산하조직인 새마을지도자중앙협의회, 새마을부녀회중앙연합회, 직장ㆍ공장새마을운동중앙협의회, 새마을문고중앙회, 그 밖에 새마을운동 관련 조직 및 그 계통 조직으로서 주무부장관의 인가를 받아 설립된 법인을 말한다.