주 문

이 건 이의신청은 신청 주장을 받아들일 수 없으므로 「국세기본법」제66조 제6항 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

이 유

1. 사실관계 및 통지내용

가. ㈜A(이하 “신청법인”이라 한다)는 2019.2.8. 00도 00시 00동에서 개업한 법인으로, 2022.12월 공동주택 개발사업을 영위할 목적으로 설립된 프로젝트금융투자회사인 B(주)(이하 “PFV”라 한다)의 지분 40%를 보유한 주주이다.

 나. 신청법인은 2023년 제1기에 공급가액 6,056,814천원, 2024년 제2기에 공급가액 3,000,000천원에 해당하는 세금계산서(공급가액 합계 9,056,814천원, 이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 C(주) 및 D(주) 등( 이하 “쟁점거래처”라 한다)으로부터 수취(이하 “쟁점매입”이라 한다)한 후, 2023년 제1기 및 2024년 제2기 부가가치세 정기신고시 매입세액에 반영하여 환급신청하였고 환급금을 지급 받았다.

 다. E세무서장(이하 “처분청”이라 한다)은 2025.4월 신청법인의 부가가치세 환급 신고에 대해 재검토한 결과, 신청법인이 쟁점거래처로부터 수취한 쟁점세금계산서가 매입세액 불공제 대상이라고 판단하여 2025.5.27. 신청법인에게 2023년 제1기분 757,925,470원, 2024년 제2기분 339,100,320원의 부가가치세를 과세하겠다는 과세예고통지를 하였다.

라. 신청법인은 2025.6.25. 과세전적부심사청구를 하였으나 2025.8.27. 불채택 결정되었고, 이에 불복하여 2025.11.25. 이의신청을 제기하였다.

2. 신청 주장

신청법인은 C(주)를 통해 PFV 자산유동화를 실시하여 PFV에 자금을 조달하였고 이 과정에서 지급한 유동화용역 비용에 대해 쟁점세금계산서를 수취한 것이므로, 쟁점매입은 주주의 지위에서 행한 것이 아닌 과세매출인 AMC 용역수익에 대응되는 매입으로 부가가치세 매입세액 공제 대상에 해당된다.

가. 신청법인은 PFV의 지분 40%를 보유한 주주 중 1인이고, PFV는 00광역시 00구 00동 000번지 일대에서 공동주택 개발사업을 영위할 목적으로 2022.12.13.「조세특례제한법」제104조의31【프로젝트금융투자회사에 대한 소득공제】제1항에 따라 설립된 프로젝트금융투자회사이다.

1) 신청법인은「조세특례제한법 시행령」제104조의28【프로젝트금융투자회사에 대한 소득공제】제4항 제2호에서 정하고 있는 요건 충족을 위해 PFV의 자산관리업무를 수행하기로 PFV와 계약하고, PFV의 자산관리회사(Asset Management Company, 이하 “AMC”라 한다)가 되었다. 이에 따라 신청법인은 PFV의 자산관리업무를 수행(이하 “AMC 용역”이라 한다)하는 과정에서 필요한 용역을 제공받고 쟁점세금계산서를 수취하여 매입세액을 공제 받았으나 처분청은 아래와 같이 매입세액을 불공제하였다.

                  < 처분청이 매입세액 불공제한 쟁점세금계산서 내역 >

                                   < 도표 생략 >

 2) 처분청은 신청법인에게 부가가치세를 과세하면서, 과세예고통지서상에는 “2023.5월 ~ 2024.8월 기간 차입금 관련 매입세액에 대하여 검토한 바, 면세사업(자금 대여업) 영위 목적 매입내역으로 확인되어 부가가치세법 제39조 및 부가가치세법 제57조에 따라 고지합니다.”라고 기재하였고, 납세고지서에는 “2023.1기(2024.2기) 귀속 부가가치세 신고서 검토한 바, 자산관리회사 업무와 무관한 매입세액으로 확인되어 부가가치세법 제39조 및 부가가치세법 제57조에 따라 고지합니다.”라고 기재하였다.

 「부가가치세법」제39조【공제하지 아니하는 매입세액】제4호는 사업과 직접 관련없는 지출에 대해, 제7호는 면세사업 등에 관련된 매입세액을 규정하고 있어 처분청은 과세처분의 근거로 어떤 법조문을 적용하였는지 명확히 하여야 한다.

나. PFV는 프로젝트금융투자회사로서, 프로젝트금융투자회사에 대해서는 조세특례제한법에서 몇가지 사항을 강제하고 있는데, 중요한 특징으로는 직원 및 상근임원을 둘 수 없고 자산관리 운용 등에 대한 업무를 스스로 처리할 수 없으며, 주주법인 중 1인에게 위탁하도록 되어 있다. 이는 모든 업무를 외부에 위탁하게 하여 업무의 전문성과 공정성, 독립성을 유지하게 하기 위함이다.

1) 이에 따라 신청법인은 PFV와 계약하고 PFV의 AMC가 되었다. AMC용역계약에서 신청법인의 역할은 PFV가 취득할 부동산의 권리 및 프로젝트파이낸싱(PF), PFV의 자금조달 관련 업무 등을 수행하는 것이다. 신청법인은 자산관리업무를 수행하면서 PFV의 프로젝트파이낸싱(PF) 이행과 자금조달 업무를 대리하는데 상당한 비용이 소요되는 점을 감안하여 월 1억원씩, 사업종료일까지 총 약 60억원 이라는 높은 AMC 용역수익을 수취하기로 PFV와 계약하였다. 그리고 2023.5월 특약에 의해 PFV에 대한 자금조달과정에서 유동화비용이 급격히 인상되어 2025.9월부터 AMC 용역수익이 월 2억원으로 증액되었다.

2) PFV는 설립 당시 목적사업에 필요한 자금소요액을 약 7,650억원으로 예상하였는데, 이중 우선수익권으로 수월하게 조달할 수 있는 자금은 6,500억원으로 나머지 1,150억원을 다른 방법으로 조달하기로 하였다.

                              < PFV의 자금조달 내용 >

  * 대주가 제공하는 담보의 수준(대손위험)에 따라 이자율이 차등 적용되는 대출로 동일한 담보·이자율을 적용받는 대주를 그룹별로 묶어서 실행되는 대출임(담보로 제공받은 우선수익권의 순위가 빠를수록 대손의 위험이 낮아지므로 낮은 이자율을 적용)

3) 위 1,150억원의 자금조달 방법은 주주간 협약에 의해서 정해졌는데, 그 내용은 아래와 같다.

*1: FI(Financial Investor, 재무적 투자자)는 재무적 이익을 얻기 위한 투자자

*2: CI(Construction Investor, 건설 투자자)는 건설로 인한 이익을 얻기 위한 투자자

*3:SI(Strategic Investor, 전략적 투자자)는 투자회사에 대한 종합적인 전략을 통해 이익을 얻기 위한 투자자

4) 신청법인은 2023.5월 C(주)를 통해 PFV 자산유동화를 실시하여 제3투자자를 모집하여 PFV에 자금을 조달하였고, C(주)에게 유동화용역 비용을 지급하였다. 이 유동화 과정에서 발생한 비용과 관련하여 신청법인이 수취한 것이 쟁점세금계산서이다. 신청법인은 자산유동화를 통해 PFV에 자금을 조달하여 주었고, 사실상 유동화증권 매수자(실제 대주)와 PFV의 대출을 중개해주는 역할을 한 것으로 이는 FI의 역할과 동일하다. 다만, 이 과정에서 유동화용역을 대행한 C(주)의 요구에 의해 외관상으로는 SPC → 신청법인 → PFV의 순서로 대출계약이 체결되었다.

다. 신청법인의 쟁점세금계산서 수취와 관련하여 자산유동화 프로세스에 대해 설명하면 다음과 같다.

1) 대부분의 유동화용역은 C(주)에서 수행하였으나, 매입확약 중 일부 용역은 D(주)에서 수행하였다.

 2) K(주), L(주)와 신청법인과의 거래는 재무실사 등에 대한 수수료이고, 법무법인 M과의 거래는 대출계약 및 유동화 전반에 대한 법률자문 수수료로서, 쟁점세금계산서는 모두 유동화용역의 외주과정에서 발생한 수수료이다.

라. 신청법인은 AMC 업무 중 하나인 PFV에 대한 프로젝트파이낸싱(PF), 자금조달 업무를 수행하는 과정에서 쟁점세금계산서를 수취한 것으로 이는 과세매출인 AMC 용역수익에 대응되는 과세매입으로 매입세액 공제 대상이다.

1) 주주협약서에“대여금”이라고 표기가 되어 있으나, 이는 주주가 직접 자금을 대여하라는 의미가 아니라 조달방법의 제한없이 자금조달을 하고 그에 상응하는 수수료를 수취한다는 의미이다. 증권사인 FI는 PFV에게 자금을 대여한 사실이 없다. 협약서상 FI가 대여할 345억원은 N(주), O(주), P(주)이 대여하였다.

2) 주주협약서가 주주의 의무측면에서 자금을 대여하라는 취지의 약정이라면 PFV의 주주들이 동일한 조건으로 자금을 대여하는 것이 합리적이고 상식적이나, 주주협약서에 의하면 설명한 것과 같이 FI는 12% 이자에 6%의 조달수수료를 추가로 받음으로서 총 18%를 수취하는 반면, CI와 SI는 6%의 이자만 수취하도록 되어 있어 단순히 주주자금 대여라면 상식적이지 않다.

3) SI인 신청법인은 처음부터 자체조달이던 타인차입이던 신청법인의 자금여력으로 개발사업을 영위할 수 없어 부지선정, 신용공여(대표자 연대보증 등), 시행사인 PFV의 전반적인 업무를 대행하는 용역을 제공하고 대규모 자금조달은 FI와 CI에게 위임하는 것이 일반적이다. 부동산 개발사업에서 FI, CI, SI는 각자 규모와 능력에 차이가 있어 이러한 점을 감안하여 각자의 역할을 정한 것이다.

4) 처분청은 쟁점매입이 AMC 용역수익과 무관한 주주대여를 위한 것이라고 주장하나, 2023.5월에 유동화 비용이 급격하게 상승하여 신청법인은 AMC 용역수익을 인상할 수 있는 특약을 체결하고 나서야 쟁점매입상 금액을 지출하여 유동화를 통해 PFV에 자금을 조달하여 주었고, 2025.9월부터 매월 2억원으로 상향하여 수수료를 수취하고 있다.

5) 주주협약에서 정한 신청법인의 역할은 FI의 용역 행위와 동일하다. 신청법인은 C(주)에 자산유동화를 외주 주었던 것이고, AMC 용역계약에 의해 자금조달 의무가 있어 FI의 요청에 의해 FI의 자산유동화 과정에서도 SPC에게 연대보증을 제공하였다.

 6) 신청법인의 실질 역할은 자금조달 업무 대행에 해당하는데, 외관상으로는 신청법인이 SPC(J(주))로부터 자금을 차입하여 PFV에 대여하는 형식으로 거래가 체결되었으나, 이는 C(주)의 요청에 의한 것이었고, 신청법인은 SPC로부터 유동화사채 인수자금을 받은 당일에 바로 PFV에게 지급하였고, 이자 또한 PFV로부터 수취하여 바로 SPC에게 지급하였다.

  가) C(주)는 당해 자산유동화를 하면서 사채를 인수한 채권자에게 PFV의 사업실패로 디폴트 상황에 이르더라도 C(주)가 정해진 가격으로 사채를 매입해주는‘매입확약’을 약정하였고, 그렇게 될 경우 C(주)은 위험도가 높은 부동산 시행사인 PFV에 대해 채권을 보유하게 되어 NCR(Net Operating Capital Ratio; 영업용순자본/총위험액, 주로 증권사의 위험관리주로 증권사의 위험관리 지표로 사용됨)이 하락하게 되어 재무건정성에 악영향이 있게 됨에 따라 SPC와 PFV 사이에 신청법인이 위치하게 되면 C(주)은 PFV 대신 신청법인에 대한 채권을 보유하게 되어 NCR이 낮아지게 된다.

나) 신청법인은 주주협약에 의한 자금대여 거래의 실질적인 차주·대주가 아니라 원활한 유동화를 위한 거래의 도관일 뿐이다. 설령 실질적인 차주·대주의 지위에 있다고 하더라도 신청법인이 이러한 거래형식을 취한 궁극적인 이유는 손실이 발생할 수 밖에 없는 자금대여업을 영위하기 위한 것이 아니라 100억원 이상의 수수료를 수취하기 위한 AMC 용역 제공을 위해 일시적으로 취한 부수적인 행위에 불과하다.

7) 신청법인의 PFV 자금조달의 업무에 대한 내용은 주주협약서와 AMC 용역계약서 모두에 명시되어 있다. 신청법인이 쟁점매입을 하게 된 근거는 두 계약 모두에 근거하며, 이 계약은 서로 상충되는 것이 아닌 연결되어 있다. 처분청은 근거 없이 AMC 용역계약은 배제하고 주주대여금만 강조하고 있다.

마. 처분청은 쟁점매입은 과세사업과 직접 관련이 없는 지출이라고 주장하나, 이는 “청구법인은 출자 및 자금대여만 하고 있을 뿐 00광역시 00구 00동 일대 개발사업에 직접적으로 관여하였다고 보기 어려우므로 청구법인의 과세사업으로 볼 수 없고, 청구법인의 사업과 직접 관련된 지출로 볼 수 없어 쟁점매입 세액은 부가가치세법 제29조에 따른 공제하지 아니하는 매입세액에 해당되는 것으로 봄이 타당하다”라는 과세전적부심사 결정문에 근거하고 있는데, 이에 따르면 부가가치세 매입세액 불공제 외에 법인세 과세소득 계산시 손금도 부인된다.

   신청법인이 개발사업에 직접적으로 관여하지 않기 때문에 쟁점매입이 사업과 직접 관련없는 지출에 해당된다는 주장은 사실에 맞지 않는다.

바. 처분청 의견에 대한 항변

1) 처분청은 과세 근거에 대해 의견서에서 쟁점매입은 사업과 관련없는 지출(부가가치세법 제39조 제1항 제4호) 및 면세사업과 관련된 매입세액(같은항 제7호) 모두에 해당한다는 취지로 답변하고 있다.

가) 그러나 하나의 매입거래가 부가가치세법 제39조 제1항 제4호와 제7호 모두에 해당할 수 없다는 점은 자명하다. 4호는 해당 매입이 납세자의 사업(수입)에 기여하지 않는다는 이유로 부가가치세법상 매입세액을 불공제하는 것이고, 7호는‘면세사업’에 관련된 매입으로 해당 매입이 납세자의 사업(수입)에는 기여하나 그 사업(수입)이 부가가치세법상 면세라는 이유로 관련 매입세액을 공제하지 않는 것이기 때문에 4호에 해당하는 매입은 법인세법상 손금으로 인정되지 아니하나 7호의 매입은 손금으로 인정된다는 차이도 있다. 따라서 두 조문은 문리와 취지가 다르며 양립할 수 없다.

나) 신청법인은 결정문 수령 후 신청법인의 대리인이 처분청 납세자보호담당관실의 심리담당자에게 전화하여 결정문의 정확한 결정 근거 조문을 질의하였고, 부가가치세법 제39조 제1항 4호 ‘사업과 직접 관련이 없는 지출’에 해당한다고 회신받았다. 결정의 근거가 4호를 전제로 한다면 쟁점 매입에 대응되는 수입자체가 없다는 것이고 신청법인은 이를 전제로 판단의 오류와 과세근거의 불분명함을 지적한 것이다. 처분청의 과세근거는 여전히 불분명하고 논리가 상충된다.

2) 쟁점매입이 AMC 용역계약과는 무관하다는 처분청의 주장에 대해, AMC 용역계약서 제3조 (위탁업무)에

따른 신청법인의 업무 범위 중 쟁점과 관련된 내용은 아래와 같다.

  가) 계약서상 신청법인의 업무 범위 중 제5호, 6호에서 PFV의 자금조달 관련 업무를 신청법인의 업무로 명시하고 있으며, 제5호 “프로젝트 파이낸싱 금융계약”이라는 명칭의 계약이 따로 있는 것은 아니고 이는 PFV의 자금조달과 관련된 모든 계약이나 합의를 통칭한 의미이다. 제9호에서는 자금관리사무를 제외한 PFV의 모든 업무를 신청법인이 수행하는 것으로 포괄하여 명시되어 있다.

나) 부가가치세법상 용역의 공급은 “계약상 · 법률상” 원인에 따라 역무를 제공하는 것으로 신청법인이 PFV에 제공한 자금조달 관련 제반 업무는 AMC 용역계약에 의해 제공된 것이고, 그 과정에서 발생한 쟁점매입은 AMC 용역수익에 대응되는 매입이다.

다) 자금조달 계획을 논의하는 과정에서 신청법인의 AMC 용역계약 및 업무 범위도 함께 논의가 된 것이고 그 과정에서 주주간 협약과 AMC 용역계약이 몇 번의 수정을 거쳐 현재의 형태로 합의되었으며, 신청법인이 PFV에 자금조달을 하는 과정에서 지출할 유동화 비용을 고려하여 AMC 용역수익도 월 1억 원의 높은 수준으로 체결된 것이다. 이러한 이유로 주주협약서와 AMC 용역계약 양자 모두에 신청법인의 자금조달 관련 내용이 기재되어 있는 것이다.

라) AMC 용역계약이 체결된 과정을 보면 쟁점매입이 AMC 관련 업무를 수행하기 위한 것임이 더욱 명백해진다. 신청법인이 AMC 용역계약을 체결하기 직전 신청법인의 직원이 작성한 기안문을 보면 「최근 PF 시장 불확실성으로 인해 금융조달 비용 등 AMC 용역업무에 소요될 경비가 급격하게 상승될 가능성이 있으므로 실비는 보장받을 수 있도록 수수료를 인상할 수 있는 특약을 구비할 필요가 있다」고 되어 있고, 실제 자금조달 시점에 이르러서 유동화 비용이 급등하자 신청법인은 다른 주주들을 설득하여 AMC 용역수익 인상에 대한 특약을 구비하고 난 후에야 PFV에 유동화대행을 통한 자금조달을 해주었다.

3) 처분청은 신청법인의 최근 수입 중 과세매출(AMC 용역수익)이 40억원 수준이고 면세수입인 배당수입이 800억원으로 면세수입이 훨씬 크기 때문에, 신청법인의 주된 사업은 ‘면세사업’이고, 신청법인이 PFV의 목적사업인‘00광역시 00동 부동산 개발사업’에 직접 관여하지 않았다는 점을 중요한 과세 근거로 삼고 있는데, 중요한 것은 쟁점 매입에 대응되는 매출이 과세인지 여부이며 과세와 면세매출 중 어떤 사업의 수익이 더 큰지는 이 사건 쟁점과 관련이 없다.

  신청법인이 00광역시 00동 개발사업에 직접 관여 여부 또한 이 사건의 쟁점과 아무런 관련이 없다. 조세특례제한법 제104조의31에서 프로젝트금융투자회사의 주주 중 1인은 AMC 업무를 하도록 강제하고 있는 바, 신청법인은 법률에 따라 PFV에 AMC 용역을 제공한 것이다. 신청법인이 AMC 용역의 제공과정에서 쟁점매입이 발생했다는 점이 중요하지 AMC 용역계약의 범위를 초과하여 PFV의 개발사업에 직접 관여하였는지 여부는 쟁점과는 무관한 요소이다.

4) 쟁점매입은 주주의 지위에서 행한 것이라는 처분청의 주장과 관련하여, PFV와 같은 프로젝트금융투자회사·유동화전문회사의 주주들은 피투자회사인 PFV가 목적사업을 수행할 수 있도록 각종 용역을 제공하는 상거래의 주체들이기도 하다. FI·CI·SI는 PFV의 주주이자 PFV에게 상거래 용역을 제공하는 용역제공자의 지위도 함께 지니고 있다.

가) 어떠한 결의 사항이 주주협약사항으로 되어 있다고 해서 그 활동을 주주의 지위에서 한 것으로 취급하여 세법을 적용한다면, FI가 주주협약서의 자금조달 의무를 이행하기 위해 제공한 유동화대행 용역(PFV에 자금을 대여할 실제 투자자를 모집해주는 업무)은 주주의 지위에서 수행한 것에 해당할 것이고, 이는 면세거래이므로 FI가 PFV에게 발행한 용역 매출세금계산서는 취소하고 용역대행 과정에서 발생한 매입세액 또한 지분 관련 매입이므로 불공제되어야 할 것이다. FI는 유동화 과정에서 발생한 매입세액을 공제받고 있다.

나) 이러한 논리를 적용한다면 신청법인이 수행한 AMC 용역업무 역시 정관에 기재된 주주협약 사항이므로 주주의 지위에서 한 자본거래로 면세에 해당한다고 보아야 할 것인 바, 신청법인이 PFV에 발행한 세금계산서는 취소하고 지금까지 납부한 부가가치세는 환급해야 할 것이다.

    뿐만 아니라 FI, CI, SI가 PFV에 제공하는 모든 용역은 부가가치세법상 과·면세를 불문하고 주주의 지위에서 수행한 것이므로, 해당 거래는 자본거래로 분류하여 주식의 가액에 가감하는 세무처리를 해야 할 것이다.

사. 재심의에 따른 신청법인의 추가의견

 1) 쟁점매입과 관련된 사항을 도표화 하면 다음과 같다.

                                     < 도표 생략 >

 2) 신청법인이 사채투자자와 PFV 사이에서 외관상 대주·차주가 된 이유는 다음과 같다.

                                     < 도표 생략 >

 3) 신청법인의 PFV에 대한 대여금이 단순 주주대여금이 될 수 없는 이유는 다음과 같다.

                                     < 도표 생략 >

 4) 쟁점매입이 AMC 용역수익에 대응된다는 신청법인의 주장에 대한 직접적인 증빙은 다음과 같다.

                                     < 도표 생략 >

 5) 유동화비용(PF수수료)이 크게 지출된 이유에 대한 관련 신문기사 자료는 다음과 같다.

                                < 기사자료 내용 생략 >

6) PFV의 00광역시 00동 00부지 개발사업 SI 대출 관련한 C(주) 업무담당자의 이메일 내용은 다음과 같다. (일부 발췌)

                                < 이메일 자료내용 생략 >

3. 처분청 의견

신청법인은 자금의 대여자이고 차입자는 PFV로서, 쟁점매입을 통해 조달된 자금이 신청법인의 지분율에 해당하는 자금만을 조달하였다는 점에서, 쟁점매입은 신청법인의 과세사업인 AMC 용역수익과 관련된 매입으로 볼 수 없어 처분청의 매입세액 불공제는 정당하다.

가. 처분청의 주장 및 과세 근거에 일관성이 없고 불분명하여 정확한 과세처분의 근거를 알 수 없다는 신청법인의 주장과 관련하여, 처분청은 쟁점매입이 AMC 용역계약에 따른 매입과는 무관하고, 지분투자회사로서의 투자사업과 관련된 매입에 해당되며, 쟁점매입을 통해 조달된 현금은 투자사업에 부수된 금전대여 용역의 제공 목적으로 사용되었다고 판단하여 ｢부가가치세법」제39조【공제하지 아니하는 매입세액】규정에 따라 매입세액 불공제하고 과세예고 통지하였다.

1) 신청법인은 AMC 용역계약과 관련하여 쟁점매입을 하였다고 주장하며 과세전적부심사를 청구하였고, 국세심사위원회는 신청법인이 PFV의 전체 초기자금이 아닌 신청법인의 지분율에 해당하는 금액만을 조달하였고,‘00광역시 00구 00동 일대 개발사업’에 직접적으로 관여하였다고 보기 어려우므로 신청법인의 과세사업으로 볼 수 없고 신청법인의 사업과 직접 관련된 지출로 볼 수 없어 쟁점 매입세액은 부가가치세법 제39조에 따른 공제하지 아니하는 매입세액으로 봄이 타당하다는 결정을 하였다.

 2) 과세전적부심사청구에 대한 심의에서‘쟁점 매입거래는 업무위탁 계약 이행을 위한 자금조달을 위해 제공받은 금융 자문 용역이므로, 매입세액 부인 대상이 아니라는 청구주장의 당부’가 쟁점이었으며, 국세심사위원회에서는 쟁점매입이 신청법인의 AMC 용역수익의 업무와 무관한지에 대해 불채택 결정을 하였다.

3) 국세심사위원회의 결정은 쟁점매입이 신청법인의 AMC 용역계약에 대응하는 매입이라는 신청법인의 주장에 대해 불채택 결정을 하였음에 그쳤기 때문에, 처분청은 쟁점매입이 신청법인의 AMC 용역수익과 무관한지 여부와 더불어, 납세자의 권리·이익이 부당하게 침해되는 상황을 방지하기 위하여 신청법인의‘지분투자회사로서의 지위에서 행한 주주대여금 조달행위의 법인세법상 손금인정 여부’의 적법성에 대해서 판단하면 다음과 같다.

가) 신청법인은 2019년 개업 후 현재까지 주택건설업 프로젝트금융투자회사의 지분투자회사로 사업을 영위하고 있고, 2019 ~ 2022 사업연도 동안 이전 지분투자사업인 ‘Q(주) 지분투자사업’과 관련하여 2022년 ~ 2023년에 818억원의 배당금 수익을 수취한 바 있다.

나) 개업 후 현재까지 발생한 신청법인의 과세 매출은 42억원에 불과한 반면, 신청법인의 배당금 수익은 818억원에 달하는 점을 고려하면 신청법인의 주된 사업은 지분투자 사업으로 판단하는 것이 적정하다.

다) 따라서 처분청은 신청법인의 주된 사업인 지분투자 사업과 관련하여 쟁점매입의 업무 관련성 여부를 판단해 보면,

   피투자법인인 PFV가 2023.1월 제출한 ‘명목회사설립신고서’상 확인되는 특정 사업인 ‘00 부지 개발사업’(2022.12.15. 작성) 내용에 따르면, 아래와 같이 ‘06.사업성검토’ 항목에서 당초 추정시 사업비용은 6,070억원의 토지비와 1,297억원의 추가비용이 발생할 것으로 예상되었으며,‘07.사업구도 및 자금조달’ 항목에서 1,200억원의 필요자금에 대하여 출자금 및 주주대여금을 통하여 자금을 조달할 것으로 밝히고 있다.

              < PFV의 00 부지 개발사업 내용 중 06.사업성 검토 항목 >

                                < 그림 생략 >

           < PFV의 부산도시가스 부지 개발사업 내용 중 07.사업구조 및 자금조달 항목 >

                                      < 그림 생략 >

  라) 따라서 주주대여금을 통한 자본 조달은 사업계획 단계에서부터 예정되어 있었으며, 이는 신청법인의‘지분투자회사’의 입장에서 사업의 정상적인 이행에 필수적으로 부수하여 이루어져야 하는 용역으로 사업 관련성이 충족되고 있는 것으로 판단된다.

  마) 하지만 쟁점매입은 AMC 용역계약 이행을 위한 금융자문 대행매입에 해당하지는 않아 신청법인의 AMC 용역수익과 무관한 매입세액이며, 신청법인의 주된 사업인 지분투자사업에 부수된 금융용역(주주대여금) 제공 목적으로 자금을 마련하기 위하여 PFV 주주의 입장에서 금융자문을 직접 매입한 것에 해당하여, 부가가치세법 제39조에 따른 면세사업 등에 관련된 공제하지 아니하는 매입세액으로 판단된다.

 바) AMC의 업무는 신청법인의 주된 사업에 해당하지 않으며,‘AMC 용역수익과 무관한 매입세액’이므로 부가가치세법상 매입세액 불공제 대상이라는 것이‘쟁점매입을 통한 자금차입행위’가 법인세법상 손금 부인의 대상에 해당한다는 것과는 동일하지 않다.

나. 신청법인은 쟁점매입이 면세사업(자금대여업)에 관련된 매입이라는 처분청의 주장이 부당하다고 주장한다.

 1) 신청법인과 C(주)과의 금융자문 계약서를 살펴보면, 신청법인은 PFV의 주주로서 PFV의 원활한 사업진행을 목적으로 C(주)의 종속기업인 대주사 J㈜로부터 운영자금 300억원을 조달하였다는 사실을 아래와 같이 확인할 수 있다.

                       < 신청법인과 C(주)과의 금융자문계약서 >

                                   < 그림 생략 >

 2) 신청법인의 피투자법인인 PFV가 2023.1월에 제출한 명목회사 설립신고서상 [PFV 특정사업 내용 중 07.사업구도 및 자금조달(자금의 조달 및 운영계획)]에 따르면,‘브릿지 론’ 6,070억, 주주대여금 1,150억으로 자금을 조달할 것을 밝히고 있다.

 이는 PFV의 2023 사업연도 감사보고서상 ‘주석 6. 차입금’ 항목과 일치(PFV의 신청법인에 대한 2023년말 장기차입금은 주주대여금 1,150억원 × 지분율 40% = 460억원)한다. 그리고 ‘주석 7. 우발상황과 약정사항 (1)담보제공자산’에서 신청법인이 차주 PFV에 대하여 대여금에 대한 근질권을 설정했다는 점까지 파악되는 바, 이는 주주인 신청법인과 PFV간 금전대차에 해당된다.

               < PFV의 2023 사업연도 감사보고서 주석 6. 차입금 항목 >

                                   < 그림 생략 >

 3) 추가적으로 신청법인이 이의신청시 제출한 아래의 주주협약서를 통하여 주주간 협약에 따라 SI인 신청법인이 주주대여금으로 460억원의 자금을 조달하여야 하는 상황에 있었다는 사실을 더 명확히 알 수 있어 신청법인은 쟁점매입을 통하여 주주대여금을 제공한 것이다.

                  < 신청법인이 이의신청시 제출한 PFV의 주주협약서 >

                                  < 그림 생략 >

다. 신청법인은 외관상 차입자 및 대여자의 지위가 되었으나, 이는 실제로는 AMC 용역수익을 제공하기 위한 부수적인 행위에 불과하다고 주장한다.

 1) ｢법인세법 기본통칙」4-0···8【 타인명의 차입금에 대한 취급 】에 따르면, 실질적인 차용인의 조건은 금전대차계약의 체결, 담보의 제공, 차입금의 수령, 각종 비용의 부담 등 차입에 관한 업무의 실질적인 행위내용과 차입한 금액의 용도 등을 기준으로 판단하는 것으로 밝히고 있다.

 2) 쟁점매입과 관련해서 신청법인은 PFV의 주주로서 자금을 차입한 차입자이고, 신청법인이 차입금을 수령하였으며, 차입 수수료 및 차입금 이자를 지급하고 있고, 차입금과 관련하여 직접 담보를 제공하는 등 실질적인 차입자로서 차입행위를 한 것으로 아래와 같이 확인된다.

                 < 신청법인의 2023 사업연도 감사보고서 (주석 8, 14) >

                                  < 그림 생략 >

라. 신청법인은 쟁점매입은 AMC 용역수익과 관련된다고 주장한다.

1) 신청법인의 피투자회사인 PFV의 명목회사설립신고서 정관 제23조 4항을 확인하면, 아래와 같이 ‘본 건 사업을 위한 자금의 조달’과 ‘본 건 사업 관련 기타용역(자산관리위탁계약 등)’으로, 사업자금조달과 기타용역계약을 분리하여 기재한 것을 확인할 수 있다.

                             < PFV의 정관 제23조 4항 >

                                   < 그림 생략 >

2) 그리고 정관 24조 1항에 따르면 아래와 같이 자금차입에 관한 사항은 주주간 결의사항임을 알 수 있다.

                             < PFV의 정관 제24조 1항 >

                                   < 그림 생략 >

3) 따라서 신청법인의 주주간 결의를 통한 PFV에 대한 주주대여금 제공 행위는 AMC 용역 제공의 범위에 해당한다고 볼 수 없다.

마. 신청법인 항변에 따른 처분청 의견

1) 신청법인은 쟁점매입은 과세사업인 AMC 용역수익에 대응되는 매입에 해당된다고 주장하나, 쟁점매입을 통해 조달된 자금이 신청법인의 지분율에 해당하는 자금만을 조달하였다는 점에서 쟁점매입은 신청법인의 과세사업인 AMC 용역수익과 관련된 매입으로 볼 수 없다.

가) 신청법인의 실질적인 주업종에 해당하는 지분투자회사로서의 업무 관련성을 고려하여 법인세법상 손금 인정 가능 여부에 대해 검토해 보면, 조세심판원 심판례(조심 2020서0339, 2020.8.27.)에서는 '프로젝트 개발 비용 조달'과 '금융약정 및 주주기여금 약정'에 따른 주주 대여금의 업무관련성을 인정한 바 있으며, 주주대여금 조달목적의 쟁점매입에 대한 지출은 업무관련성 요건은 충족되는 상황으로 판단된다.

나) 처분청은 쟁점매입이 신청법인의 AMC 용역수익과는 관련이 없으나, 지분투자자의 지위에서의 업무와 관련하여 면세대상 금융용역을 제공하기 위한 면세사업 등에 관련된 매입세액에 해당하는 것으로 보아 부가가치세법 제39조에 따른 공제하지 아니하는 매입세액으로 결정한 것이다.

다) 따라서 처분청이 고지서에 “쟁점매입에 대하여 자산관리회사 업무와 무관한 매입세액으로 확인되어 부가가치세법 제39조 및 부가가치세법 제57조에 따라 고지합니다.”라고 기재하여 부가가치세법상 매입세액을 부인한 결정은 정당하다.

2) 주주협약서에 따르면 자금의 대여자는 신청법인이고, 자금의 차입자는 PFV이다. AMC 용역계약서에 따르면 신청법인은 PFV의 주주총회 및 이사회에서 결의한 내용에 따른 PFV의 업무를 집행할 수 있다고 규정하고 있지만, 주주협약서에 자금의 대여자를 SI, CI, FI로 정하여 주주대여금 조달금액과 조달조건 등을 이미 결정한 바, 신청법인은 SI, CI, FI와의 ‘주주간 금융용역거래’에서 PFV가 하여야 할 자금 차입 업무를 집행함에 그칠 뿐이다.

 만약, 신청법인이 주장하는 300억원의 자금 차입이 ‘AMC로서의 용역 제공’을 위한 대행 매입에 해당하고, 그 실질이 J(주) 대주와 PFV 차주간의 금융용역 거래에 해당한다면, 이는 아래와 같은 PFV 정관 24조에 따라 주주간 결의를 요하는 건으로, 주주협약서가 존재하여야 할 것이다.

                          < PFV의 정관 제24조 (일부 발췌) >

                                    < 그림 생략 >

3) ｢부가가치세법 시행령」제40조【면세하는 금융·보험 용역의 범위】 제1항 및 제2항에 따르면, 주된 사업의 과·면세 여부에 불문하고 신청법인이 PFV에게 ‘주주대여금’을 제공할 경우 해당 용역은 면세대상 용역에 해당한다. 그리고 면세사업 등에 관련된 매입세액은 부가가치세법 제39조에 따라 매출세액에서 공제하지 아니한다.

가) 신청법인은 쟁점매입인 금융주선용역을 통하여 2023.5월부터 2024.8월까지 300억의 자금을 차입하였다. 2023년말 기준 신청법인이 PFV에 제공한 주주대여금이 220억원 증가하였고, 금융주선용역을 통하여 차입된 자금의 차입기간(2023.5월 ~ 2024.8월)동안 과세사업과 관련된 매출이 발생하지 않은 점, 신청법인이 금융자문계약서상 PFV의 주주로서 PFV 개발사업의 원활한 사업 진행을 위한 자금을 조달하기 위한 목적으로 자금을 차입한 점, 신청법인 외의 PFV의 주주법인들도 지분율에 따라 동일·유사한 주주대여금을 조달하였으나 신청법인은 타 주주법인의 주주대여금 조달에 관여하지 않았으며 타 주주법인의 조달 방법 및 조달 조건 등을 파악하지 못하고 있는 점 등을 검토하면,

    쟁점매입을 통해 조달된 차입금 300억원은 실제로 면세용역인 ‘주주대여금’을 제공하기 위하여 사용된 것으로 판단된다.

나) 쟁점매입은 신청법인의 면세사업과 관련된 것으로 판단되므로, 신청법인의‘주된 사업의 과·면세 여부, 실제 주된 사업이 무엇인지 및 주된 사업의 형태’ 등은 부가가치세 판단에 더 이상 영향을 미치지 않으며, 다만 신청법인의 법인세법상 손금 인정 여부의 적정성에 대한 판단 근거가 될 뿐이다.

4) 처분청은 주주인 신청법인의 AMC 용역 제공자의 지위를 부정하는 것이 아니고, 신청법인의 AMC로서의 업무 전체를 부인하는 것도 아니다. 면세용역을 제공하기 위한 쟁점매입에 대한 부가가치세를 부가가치세법 제39조에 따른 면세사업 등 관련 매입세액으로 부인 결정한 것이다.

가) 처분청은 주주의 지위에서 행한 신청법인의 거래가 지분거래라는 주장을 한 적이 없다. 신청법인이 주주로서 제공한 면세용역과 관련된 매입세액은 불공제하고, 주주로서 제공한 과세용역과 관련된 매입세액은 공제되는 것이 당연하다.

나) 신청법인이 항변서에서 이야기한 FI와 PFV간의 용역거래와 관련하여, 신청법인의 주주대여금과 별개로 PFV가 고액의 대출을 시행할 수 있도록 채권자와 PFV를 연결하기 위해 제공한 FI와 PFV간의 과세대상 용역에 대하여 신청법인이 문제를 제기하는 것은 쟁점에서 벗어나는 주장이다. FI가 과세용역의 제공자로 PFV에게 금융주선용역을 제공한 해당 거래는 적정한 것으로 판단된다.

바. 재심의에 따른 처분청의 추가의견

1) 처분청의 쟁점매입에 대한 부가가치세 매입세액 불공제 처분과 관련하여, 관련 판례(서울행정법원 2015구합55639, 2015.10.16., 종결)를 살펴보면 다음과 같다.

                                  < 판례 내용 생략 >

2) 위에서 언급 관련 판례와 신청법인의 사례를 비교 분석하면 다음과 같다.

가) 이의신청 처분 경위

(1) 신청법인은 2019.2.20. 사업자등록상 주택건설업 등을 업종으로 하여 설립되었으며, 2019년 제1기 과세기간 이후 2024년 제1기 과세기간까지 과세사업의 매출이 발생하지 않아 2,011백만원의 부가가치세를 환급받았으며, 2024년 제2기 과세기간의 9월부터 AMC 용역수익이 발생하고 있다. 참고로 과세사업의 매출이 발생한 2024년 제2기 신청법인의 부가가치세 환급액은 145백만원이다.

(2) 신청법인의 2023 사업연도 법인세 신고서상 총자산(90,507백만원) 중 장단기대여금(77,843백만원) 및 미수수익(2,368백만원)이 총자산대비 88.6%이고, 장기투자증권(6,540백만원)을 포함할 경우 총자산대비 95.8%를 차지하고 있으며, 총부채(58,666백만원) 중 차입금(52,760백만원) 및 미지급비용(1,067백만원)이 총부채대비 91.7%를 차지하고 있는 점, 법인 설립시부터 2024.8월까지 발생한 수익의 99.9% 이상이 이자 및 배당금 수익으로 구성된 점으로 볼 때 신청법인은 부가가치세 면세사업(지분투자 사업)과 과세사업을 겸업하고 있는 것으로 판단된다.

 (3) 처분청은 지분투자사업(면세사업)에 필수적으로 부수한 주주대여금 제공용역(면세대상 용역)과 직접적으로 관련된 쟁점매입에 대하여 부가가치세법 제39조에 따른 매입세액 불공제 대상으로 판단하였다.

   (4) 따라서 처분청은 신청법인이 2019년 ~ 2022년 기간 동안 진행하였던 투자사업 대여금 조달과 관련된 금융자문용역 매입건에 대해 쟁점매입과 별도로 부가가치세 552백만원을 결정고지 하였으며, 신청법인이 2023년부터 현재까지 진행 중인 투자사업과 관련하여 주주대여금 면세용역 제공 목적 자금조달과 관련된 쟁점매입에 대해 부가가치세 1,097백만원을 추가로 경정고지 하였다.

  나) 쟁점매입에 대한 부가가치세 매입세액 불공제가 적법한 이유

 (1) 신청법인이 제출한 차입금 관련 계약서에 따르면 C(주)는 신청법인에게 J(주)를 통하여 자금 300억원 차입을 주선해주는 용역의 대가로 12개월 내 상환시 58.5억원의 수수료를, 12개월 초과 18개월 이하 기간 내 상환시 추가로 10%인 30억원의 수수료를 지급받기로 약정하였으며, 신청법인은 이를 통하여 300억원의 자금을 차입하고 C(주)에게 금융주선수수료로 88.5억원(부가세 별도)을 지급하였다.

 (2) 신청법인은 금융자문 계약서 및 주주협약서 외에 추가적으로 차입 및 대여조건을 확인할 수 있는 증빙서류는 제출하지 않았으며, 신청법인의 2023 사업연도 감사보고서에 따르면 J(주)로부터 차입한 자금 300억원의 차입이자율은 10%로 확인되며, 신청법인은 차입금의 담보로 신청법인이 보유한 PFV의 주식 및 PFV에 대한 대여금채권 등을 제공하였다.

 (3) ①신청법인은 쟁점매입을 통해 C(주) 및 J(주)와 대출 조건을 정하여 자금을 차입한 점, ②2019년 이후부터 2024.8월 쟁점매입을 통해 차입한 자금의 상환이 완료되는 시점까지 손익의 대부분이 배당수익과 이자수익, 이자비용으로 구성되어 있는 점, ③주주대여금은 지분율에 따른 지분비율 만큼만 제공되어 해당 대여금 제공용역이 AMC 용역의 일부라고 주장할 근거가 부족한 점, ④금전대여 용역을 통하여 PFV로부터 일정한 이자를 지급받기로 약정하였으며, 그에 따른 채권이 발생한 점 등에 비추어 보면 쟁점매입을 통해 조달한 300억원의 자금으로 신청법인이 제공한 용역은 부가가치세법 제39조에 따른 금융보험용역에 해당되는 것으로 판단된다.

   (4) 다만, 신청법인의 쟁점매입이 실지귀속을 확인할 수 없는 경우에는 2024년 제2기에 부가가치세 안분계산을 적용해야 할 것이나, 쟁점매입이 주주대여금 제공 목적임이 확인되어 과세사업과의 실지귀속을 명백히 구분할 수 있으므로 부가가치세 안분계산 적용의 여지는 없다고 할 것이다.

4. 심리 및 판단

가. 쟁점

처분청의 쟁점세금계산서에 대한 매입세액 불공제 처분은 부당하다는 신청 주장의 당부

나. 관련 법령

1) 부가가치세법 제39조【공제하지 아니하는 매입세액】

 ① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

    4. 사업과 직접 관련이 없는 지출로서 대통령령으로 정하는 것에 대한 매입세액

7. 면세사업등에 관련된 매입세액(면세사업등을 위한 투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령으로 정하는 토지에 관련된 매입세액

2) 부가가치세법 시행령 제77조【사업과 직접 관련이 없는 지출】

   법 제39조 제1항 제4호에 따른 사업과 직접 관련이 없는 지출의 범위는「소득세법 시행령」제78조 또는 「법인세법 시행령」제48조, 제49조 제3항 및 제50조에서 정하는 바에 따른다.

3) 부가가치세법 제26조【재화 또는 용역의 공급에 대한 면세】

① 다음 각 호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.

    11. 금융ㆍ보험 용역으로서 대통령령으로 정하는 것

② 제1항에 따라 면세되는 재화 또는 용역의 공급에 통상적으로 부수되는 재화 또는 용역의 공급은 그 면세되는 재화 또는 용역의 공급에 포함되는 것으로 본다.

4) 부가가치세법 시행령 제40조【면세하는 금융·보험 용역의 범위】

① 법 제26조 제1항 제11호에 따른 금융·보험 용역은 다음 각 호의 용역, 사업 및 업무에 해당하는 역무로 한다.

2.「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 다음 각 목의 사업

  마. 투자매매업 및 투자중개업과 이와 관련된 다음의 구분에 따른 업무

 18. 금전대부업(어음 할인, 양도담보, 그 밖에 비슷한 방법을 통한 금전의 교부를 업으로 하는 경우를 포함한다)

② 제1항 각 호에 따른 사업 외의 사업을 하는 자가 주된 사업에 부수하여 같은 항의 금융·보험 용역과 같거나 유사한 용역을 제공하는 경우에도 법 제26조 제1항 제11호의 금융·보험 용역에 포함되는 것으로 본다.

  5) 부가가치세법 제57조【결정과 경정】

   ① 납세지 관할 세무서장, 납세지 관할 지방국세청장 또는 국세청장(이하 이 조에서 "납세지 관할 세무서장등"이라 한다)은 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에만 해당 예정신고기간 및 과세기간에 대한 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사하여 결정 또는 경정한다.

    1. 예정신고 또는 확정신고를 하지 아니한 경우

  2. 예정신고 또는 확정신고를 한 내용에 오류가 있거나 내용이 누락된 경우

③ 납세지 관할 세무서장등은 제1항 및 제2항에 따라 결정하거나 경정한 과세표준과 납부세액 또는 환급세액에 오류가 있거나 누락된 내용이 발견되면 즉시 다시 경정한다

 6) 조세특례제한법 제104조의31【프로젝트금융투자회사에 대한 소득공제】

   ① 「법인세법」제51조의2 제1항 제1호부터 제8호까지의 규정에 따른 투자회사와 유사한 투자회사로서 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 법인이 2025년 12월 31일 이전에 끝나는 사업연도에 대하여 대통령령으로 정하는 배당가능이익(이하 이 조에서 "배당가능이익"이라 한다)의 100분의 90 이상을 배당한 경우 그 금액(이하 이 조에서 "배당금액"이라 한다)은 해당 배당을 결의한 잉여금 처분의 대상이 되는 사업연도의 소득금액에서 공제한다.

 1. 회사의 자산을 설비투자, 사회간접자본 시설투자, 자원개발, 그 밖에 상당한 기간과 자금이 소요되는 특정사업에 운용하고 그 수익을 주주에게 배분하는 회사일 것

   2. 본점 외의 영업소를 설치하지 아니하고 직원과 상근하는 임원을 두지 아니할 것

   3. 한시적으로 설립된 회사로서 존립기간이 2년 이상일 것

4. 「상법」이나 그 밖의 법률의 규정에 따른 주식회사로서 발기설립의 방법으로 설립할 것

   5. 발기인이 「기업구조조정투자회사법」제4조 제2항 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하고 대통령령으로 정하는 요건을 충족할 것

   6. 이사가 「기업구조조정투자회사법」제12조 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니할 것

7. 감사는 「기업구조조정투자회사법」제17조에 적합할 것. 이 경우 "기업구조조정투자회사"는 "회사"로 본다.

 8. 자본금 규모, 자산관리업무와 자금관리업무의 위탁 및 설립신고 등에 관하여 대통령령으로 정하는 요건을 갖출 것

 7) 조세특례제한법 시행령 제104조의28【프로젝트금융투자회사에 대한 소득공제】

 ④ 법 제104조의31 제1항 제8호에서 "대통령령으로 정하는 요건"이란 다음 각 호의 요건을 말한다.

  1. 자본금이 50억원 이상일 것. 다만, 「사회기반시설에 대한 민간투자법」제4조 제2호에 따른 방식으로 민간투자사업을 시행하는 투자회사의 경우에는 10억원 이상일 것으로 한다.

  2. 자산관리ㆍ운용 및 처분에 관한 업무를 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 자(이하 이 조에서 "자산관리회사"라 한다)에게 위탁할 것. 다만, 제6호 단서의 경우 「건축물의 분양에 관한 법률」제4조 제1항 제1호에 따른 신탁계약에 관한 업무는 제3호에 따른 자금관리사무수탁회사에 위탁할 수 있다.

     가. 해당 회사에 출자한 법인

     나. 해당 회사에 출자한 자가 단독 또는 공동으로 설립한 법인

   8) 법인세법 기본통칙 4-0…8【 타인명의 차입금에 대한 취급 】

   ① 차입금의 명의인과 실질적인 차용인이 다른 경우에는 실질적인 차용인의 차입금으로 한다.

② 제1항의 실질적인 차용인은 금전대차계약의 체결, 담보의 제공, 차입금의 수령, 각종 비용의 부담 등 차입에 관한 업무의 실질적인 행위내용과 차입한 금액의 용도 등을 기준으로 판단한다. 이 경우 차입금을 분할한 경우에는 차입한 금액의 전부 또는 일부를 타인에게 다시 대여한 것으로 인정되는 경우에 한하여 당해 차입금 총액을 당초 차용인의 차입금으로 한다.

다. 사실관계

 1) 신청법인과 PFV의 사업자등록 내역, 처분청의 신청법인에 대한 부가가치세 경정내역 등은 다음과 같다.

  가) 신청법인과 PFV의 사업자등록 내역

                                    < 도표 생략 >

나) 신청법인의 부가가치세 신고 내역 및 처분청의 경정 내역

                                     < 도표 생략 >

 다) 신청법인의 법인세 신고 내역

                                     < 도표 생략 >

2) 신청법인의 법인등기사항일부증명서는 다음과 같다. (일부 발췌)

                                    < 그림 생략 >

3) PFV의 주주구성 및 PFV가 제출한 명목회사설립신고서 상 00 부지 개발사업은 다음과 같다.

  가) PFV의 주주구성

                                    < 도표 생략 >

나) PFV의 명목회사설립신고서 상 부산도시가스 부지 개발사업(일부 발췌)

                                         < 그림 생략 >

 4) PFV의 정관 및 주주협약서의 주요 내용은 다음과 같다.

  가) PFV의 정관 (일부 발췌)

                                      < 그림 생략 >

  나) 주주협약서 (일부 발췌)

                                      < 그림 생략 >

5) 신청법인이 이의신청시 제출한 자산관리업무위탁계약서 및 특약사항은 다음과 같다.

  가) 자산관리업무위탁계약서(AMC 용역계약서, 일부 발췌)

                                   < 그림 생략 >

나) 자산관리업무위탁계약(AMC 용역계약) 체결 전 내부품의서 및 특약사항(2023.5.3., 일부 발췌)

                                      < 그림 생략 >

 6) 신청법인과 C(주) 및 신청법인과 D(주)와의 금융자문계약서의 주요 내용은 다음과 같다.

  가) 신청법인과 C(주)과의 금융자문계약서 (일부 발췌)

                                       < 그림 생략 >

  나) 신청법인과 D(주)와의 금융자문계약서 (일부 발췌)

                                      < 그림 생략 >

7) 신청법인 및 PFV의 2023 사업연도에 대한 감사보고서의 내용 중 쟁점매입과 관련된 주요 내용은 다음과 같다.

  가) 신청법인의 2023 사업연도에 대한 감사보고서 (일부 발췌)

                                       < 그림 생략 >

  나) PFV의 2023 사업연도에 대한 감사보고서 (일부 발췌)

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라. 판단

 신청법인은 C(주)를 통해 PFV의 자산유동화를 실시하여 PFV에 자금을 조달하였고, 쟁점매입은 과세매출인 AMC 용역수익에 대응되는 매입으로 부가가치세 매입세액 공제 대상에 해당된다고 주장하나,

 PFV의 정관을 살펴보면 제24조에서 자금차입에 관한 사항은 주주보통 결의사항으로 규정하고 있고, 신청법인은 PFV의 최대주주로서 주주협약서에서 주주간 협약에 따라 ʻ신청법인은 PFV 설립 후 PFV에게 460억원을 대여해 주기로 하고 신청법인은 PFV와의 대여금 약정을 신속하게 체결하기로 한다ʼ고 기재되어 있으며, 460억원은 PFV의 00부지 개발사업 내용 중 ’07. 사업구도 및 자금조달‘에서 주주대여로 조달할 1,150억원 중 신청법인의 PFV 지분비율 40%에 해당하는 금액과 일치하는 것으로 파악되어 추후 PFV의 사업 성공시 배당금을 수령할 수 있는 주주의 위치에서 신청법인의 자금대여가 이루어진 점,

신청법인은 쟁점매입과 관련하여 신청법인과 C(주)와의 금융자문 계약서에서 신청법인은 대주인 J(주)로부터 460억원의 일부인 300억원을 차입하기로 하는 대출약정을 체결하고, 금융자문 및 주선 등과 관련하여 쟁점매입의 대부분을 차지하는 금융자문수수료를 지급하기로 한다는 내용이 기재되어 있는 점,

 신청법인은 주주협약에 의한 자금대여 거래의 실질적인 차주·대주가 아니라 도관일 뿐이고 실질적으로는 PFV의 자금조달 업무의 대행 역할을 하였다고 주장하나, 신청법인과 PFV의 2023 사업연도 감사보고서상 주석을 살펴보면 신청법인은 J(주)로부터 300억원을 차입하였고 PFV는 신청법인에게서 460억원을 차입하여 주주협약서 내용대로 자금의 대여가 이루어진 점 등,

위와 같은 사정 등을 종합하여 살펴보면, 처분청이 쟁점매입을 부가가치세 면세사업 관련 매입으로 보아 쟁점매입에 대한 부가가치세를 불공제한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

5. 결론

이 건 이의신청은 신청 주장을 받아들일 수 없으므로 「국세기본법」제66조 제6항 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.