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심판청구기각
사실과 다른 세금계산서(결제대행수수료 및 광고대행수수료 명목) 수수 여부 등
조심-2025-서-0432생산일자 2026.04.24.
AI 요약
요지
결제대행용역 수수료 중 기타 부가서비스 수수료는 사실상 청구인이 페이백받은 금액과 유사한 상황에서, 부가서비스 내용 및 어학교육 용역을 제공받은 내용도 확인되지 않음, PG대행사 홍보자료에 대행수수료 5%를 페이백한다는 내용의 광고 자료 등이 확인되는 등 쟁점수수료 중 페이백된 금액에 한하여 실제 용역의 공급거래가 없는 것으로 보아 매입세액불공제 및 필요경비 부인 타당
상세내용

[주 문]

1. OOO세무서장이 2024.9.9. 청구인에게 한 2017년 제1기 부가가치세 OOO원과 2017년 제2기 부가가치세 OOO원의 각 부과처분, 2024.8.1. 청구인에게 한 2018년 제1기 부가가치세 OOO원과 2018년 제2기 부가가치세 OOO원의 각 부과처분 및 2024.9.9. 청구인에게 한 2019년 제1기 부가가치세 OOO원의 부과처분(이상 5개의 부과처분에서 「부가가치세법」 제60조 제3항에 따라 부과된 세금계산서불성실가산세는 각 제외한다)은 이를 각각 취소한다.

2. 나머지 심판청구는 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

가. 청구인은 2014.5.26. 서울특별시 영등포구 OOO에서 “OOO 영등포점”이라는 상호로 피부과(일반의원)를 개업하여 운영하는 자로, 주식회사 A, B 주식회사, 주식회사 C 등의 PG사들(이하 앞선 3개 업체를 각각 “㈜A”, “B㈜”, “㈜C”이라 하고, 모든 업체를 합하여 “쟁점PG사”라 한다)과 결제대행계약을 체결하여 결제대행용역 명목의 매입세금계산서를 수취하고 결제대행수수료를 지급하였고, 주식회사 D, 주식회사 E, 주식회사 F, 주식회사 G 등의 PG대행사들(이하 앞선 4개 업체를 각각 “㈜D”, “㈜E”, “㈜F”, “㈜G”이라 하고, 모든 업체를 합하여 “쟁점PG대행사”라 한다)과 H 주식회사(이하 “H㈜”라 한다)로부터 광고대행용역 명목의 매입세금계산서를 수취하고 광고대행수수료를 지급하는 한편, 인터넷원격교육업체인 주식회사 I(이하 “㈜I”라 한다)로부터 어학교육용역 명목의 매입계산서를 수취하고 대금을 지급하였다.

나. OO지방국세청장 및 OO지방국세청장(이하 “조사청들”이라 한다)은 청구인에 대한 종합소득세 세무조사(2024.7.9.∼2024.9.12.) 및 관련 업체들에 대한 세무조사를 실시한 결과, 쟁점PG대행사, H㈜ 및 ㈜I가 청구인의 가족들, 청구인의 배우자 a가 대표이사로 있는 주식회사 J(이하 “㈜J”이라 하고, 청구인의 가족과 합하여 “쟁점특수관계인”이라 한다)에게 수수료 중 상당액을 포인트 지급, 사업소득 지급, 별도 세금계산서 발급 등의 방법으로 사실상 청구인에게 금원을 페이백하였다고 보아, 페이백된 금액을 필요경비에 불산입하고 관련 매입세액을 매출세액에서 불공제하는 한편, 청구인이 부정행위를 하였다고 보아 부정과소신고가산세(40%) 및 10년의 장기부과제척기간을 적용하는 내용의 과세자료를 처분청들에게 파생하였다. 이에 처분청들은 아래 <표1>과 같이 청구인에게 2017년 제1기∼2022년 제2기 부가가치세 합계 OOO원, 2018․2020∼2022년 귀속 종합소득세 합계 OOO원 및 2018년 귀속 지방소득세 OOO원을 각 경정․고지하였다(각 처분의 세부내역은 <별지1> 참조).

<표1> 이 건 과세처분 내용

(단위 : 원)

○○○

다. 청구인은 이에 불복하여 2024.9.12., 2024.9.13. 및 2024.12.17. 심판청구를 각 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청들 의견

가. 청구인 주장

 (1) 청구인은 쟁점PG사의 아웃소싱업체인 쟁점PG대행사로부터 부가서비스를 제공받았다.

  (가) 병원은 환자뿐만 아니라, 건강보험공단(건강보험이 적용되는 급여 항목)과 보험회사(자동차 사고, 산업재해 사고 등) 등 다양한 주체에게 진료비를 청구해야 하는 복잡한 매출거래구조를 가지므로, 청구처별 청구시기에 맞춘 진료비 청구, 청구금액 수령 여부 확인 등을 관리하는 동시에 매출 증대를 위하여 고객별, (비)급여항목별, 기간별 매출 및 현금흐름을 분석해야 하는데, 개인 병원을 운영하는 청구인으로서는 이를 다 직접 처리하기 어려워 쟁점PG사가 쟁점PG대행사를 활용하여 아웃소싱 형태로 제공하는 부가 서비스를 이용할 필요가 있었다.

  (나) 이에 청구인은 쟁점PG사와 일반적인 결제대행용역 이외에, 그들의 아웃소싱업체인 쟁점PG대행사를 통해 다음과 같은 의료기관 매출조회서비스, 병원 전용 무이자할부 행사 프로그램 및 수기 결제 서비스라는 부가 서비스를 함께 제공받고 그 대가로 5%의 수수료를 추가 지급하는 내용의 계약을 체결하였고, 그 결과 청구인은 쟁점PG사에게 일반적인 가맹점 수수료 3%에 부가 서비스 대금 5%를 가산한 8%의 결제대행수수료를 지급하였다. 그리고 청구인은 당연히 그 수수료 전액(8%)을 청구인의 사업소득 필요경비에 산입하고 관련 매입세액을 매출세액에서 공제하였다.

  1) 청구인은 쟁점PG대행사로부터 “의료기관 매출조회시스템”을 이용한 매출 조회 서비스를 제공받았다. 해당 프로그램은 쟁점PG대행사들이 병원만을 위해 자체개발․제공하는 것으로 이를 이용한 서비스는 PG사가 일반적으로 제공하는 서비스가 아니다. 특히 청구인과 같이 규모가 영세한 개인 병원은 업무의 효과성, 효율성 및 비용 등을 고려할 때 개별적으로 매출을 관리하는 것보다 쟁점PG대행사가 제공하는 서비스를 이용하는 것이 더욱 합리적이었다.

   2) 쟁점PG사는 병원 시장에 진입하여 점유율을 확보하기 위해 특별히 ‘PG사 병원전용 장기 무이자할부 프로그램’을 운영하였는데, 이를 적용받는 가맹점으로서는 쟁점PG사에 5%의 단일한 장기 할부수수료만을 지급하고 별도의 추가적인 수수료를 부담하지 않아도 되는 장점이 있었다. 이는 일반적으로 가맹점이 부담하는 장기무이자할부 수수료가 할부 개월 수에 따라 비례적으로 증가하고 최저 수수료도 8% 이상인 것과 비교할 때 상당히 좋은 서비스이다. 청구인이 운영하는 피부과는 비급여항목인 고가의 피부 시술이 많고, 환자들이 한 번에 고액을 선결제(선수금 지급)하고 시술을 받을 때마다 납입금액을 차감하는 방식을 많이 이용하기 때문에 이러한 장기 무이자할부 서비스는 매우 유용하였다.

   3) 수기 결제서비스는 고객의 카드번호 및 유효기간 등 최소한의 정보를 시스템에 입력하여 결제를 할 수 있게 하는 서비스로, 청구인은 이를 활용하여 환자들이나 그 가족(부모, 자녀)이 고액 선결제, 환불, 결제카드 변경 등을 할 때 병원에 직접 방문하거나 동행하지 않고도 전화로 결제할 수 있도록 하였다.

  (다) 처분청들은 이 건 거래구조의 핵심에 있는 쟁점PG대행사 중 ㈜D 및 ㈜G을 「조세범 처벌법」 위반 혐의(거짓 세금계산서 발급 및 수취 등)로 형사고발하였으나, 수사기관은 ‘혐의없음(증거불충분)’을 이유로 불송치 결정을 하였는바, 청구인이 쟁점PG사로부터 세금계산서를 수취한 거래가 진성거래임이 입증되었다고 보아야 한다.

   1) ㈜D의 피의사실은 ‘㈜D가 실제 결제대행에 대한 수수료 외에 페이백할 금원을 포함하여 수수료율을 의도적으로 높여 8%로 계약하고 그에 따른 수수료를 지급받았으므로 그에 따라 수수한 세금계산서는 모두 재화․용역의 공급거래 없이 수수한 사실과 다른 거짓세금계산서에 해당한다’는 것이고, ㈜G의 피의사실은 ‘㈜G이 쟁점PG사로부터 받은 수수료를 병․의원 관게자들에게 페이백해주었으므로, ㈜G은 재화․용역을 공급하지 않고 쟁점PG사로부터 거짓 세금계산서를 수취하였다’는 것이다. 이러한 피의사실은 이 건의 거래구조와 직접 연결되어 이 건에 대한 판단에 직접 영향을 미칠 수 있는 것이다.

   2) 그러나 수사기관은 앞서 언급한 3가지 서비스가 병․의원에 필요한 것들이었으므로 결제대행수수료(8%)가 허위라거나 적정하지 않다고 단정할 수 없고, 두 업체가 쟁점PG사를 통해 병․의원에 일괄 무이자 할부 서비스, 특정 매출일에 매출액을 지급해주는 서비스, 매출․매입 관리서비스, 수기 결제 서비스 등의 용역을 제공한 것으로 보이며, 특수관계인들이 ㈜D에 아무런 용역을 제공하지 않았다고 인정할만한 충분한 근거가 존재하지 않고, 수수료에 하위 영업법인에 지급할 금원이 포함되었다는 사정만으로 해당 세금계산서를 거짓 세금계산서로 볼 수 없다는 점을 들어, ㈜D․㈜G에 대하여 무혐의처분을 하였다.

 (2) 청구인은 쟁점PG대행사와 H㈜로부터 실제로 광고용역을 제공받았다.

  (가) 쟁점PG대행사와 H㈜는 병․의원 전용 광고사이트, OOO, ㈜A 등에 배너광고를 하는 업체로, 청구인은 쟁점PG대행사와 H㈜에 광고대행용역을 맡기고 그 대가로 광고대행수수료를 지급하고 세금계산서를 수취하였다.

  (나) 한편, 쟁점PG대행사와 H㈜는 쟁점특수관계인을 통해 병․의원을 유치하면서 유치에 성공한 쟁점특수관계인에게 영업수수료로 광고대행수수료의 약 94% 이상을 지급하였는데, 해당 영업수수료는 그 명칭만 다를 뿐, 인터넷 광고업계에서 고객유치 목적으로 흔히 활용하는 수수료, 각종 플랫폼(OOO 등)에서 페이백 프로모션을 공식적으로 광고하면서 지급하는 영업수수료, 카드사의 캐쉬백 프로그램에서 영업수수료 명목으로 페이백하는 포인트 등과 그 실질이 같다. 즉, 영업수수료 명목으로 페이백을 하는 것은 수많은 업계에서 적법하게 사용하는 프로모션 방법이고, 특히 각종 플랫폼이 광고주가 사용할 수 있도록 마일리지(포인트) 등을 적립해주는 비율은 50∼100%로 다양하므로, 쟁점PG대행사와 H㈜가 쟁점특수관계인에게 영업수수료를 지급한 사실, 그 영업수수료가 광고대행수수료의 94% 이상인 사실은 결코 비정상적인 것이 아니다.

  (다) 실제로 쟁점PG대행사와 H㈜는 광고대행서비스 사이트에 청구인이 운영하는 병원(OOO)의 진료과목, 오시는 길, 사진을 상세하게 게시하였고, 그 광고효과가 상당하여 청구인이 운영하는 병원의 매출은 매년 꾸준하게 상승하였다.

 (3) 청구인은 ㈜I로부터 실제로 어학교육용역을 공급받았다.

  (가) 청구인이 운영하는 피부과는 외국 환자들이 많이 방문하기 때문에 직원들의 외국어 역량 강화를 위해 직원들로 하여금 ㈜I가 운영하는 각종 어학 교육과정에 참여하여 교육․훈련을 받을 수 있도록 하였다.

  (나) 처분청들은 ㈜I를 「조세범 처벌법」 위반 혐의(거짓 세금계산서 발급 및 수취 등)로 형사고발하였으나, 수사기관은 ‘혐의없음(증거불충분)’을 이유로 불송치 결정하였는바, 청구인이 ㈜I로부터 세금계산서를 수취한 거래가 진성거래임이 입증되었다고 보아야 한다. ㈜I는 ‘실제로 교육용역을 공급하지 않고 세금계산서를 발급하였다’는 이유로 형사고발되었는데, 이는 이 건의 처분사유와 그 사실관계가 동일하다. 이러한 피의사실에 대하여 수사기관은 ㈜I가 수강생들이 어학교육강의를 들을 수 있도록 강의를 제공한 반면, 수강생들이 강의 수강을 완료하지 않았다는 것은 복지 차원에서 제공되는 교육의 특성상 수강 완료를 강요할 수 없는 문제이고 미수료 상태인 사람들에게는 컨텐츠별로 6∼12개월 동안 복습할 수 있는 기회를 주었으므로, 미수강 내역을 근거로 용역이 제공되지 않았다고 볼 수 없으며, 교육비의 90% 상당액을 페이백하였다는 사실 또한 사전에 외부 영업조직과 체결된 계약에 따라 이루어진 것이므로 정당한 거래방식에 해당한다고 판단하였다.

 (4) 위에서 살펴본 바와 같이 청구인은 각 업체들로부터 실제로 용역을 제공받았으므로, 이와 관련하여 수취한 매입세금계산서를 사실과 다른 것으로 보아 관련 매입세액을 매출세액에서 불공제하여 부가가치세를 부과한 처분 및 청구인이 각 용역을 공급받고 지급한 수수료를 가공경비로 보아 필요경비에 불산입하여 종합소득세 및 지방소득세를 부과한 처분은 모두 위법․부당하다.

  (가) 청구인이 수취한 매입세금계산서는 실제 용역의 공급거래 없이 수취한 사실과 다른 세금계산서가 아니다.

   1) 부가가치세법령상 세금계산서 발급의 적법여부는 거래의 외형을 기준으로 판단하는 것이므로, 당사자들이 합의한 공급대가에 따라 세금계산서가 수수된 이상 해당 세금계산서는 적법한 세금계산서에 해당한다.

    가) 대법원은 ‘「부가가치세법」은 부가가치 창출을 위한 재화․용역의 공급이라는 거래 그 자체를 과세대상으로 하고 있을 뿐 그 거래에서 얻은 소득이나 부가가치를 직접적인 과세대상으로 삼고 있지 않고, 이와 같이 우리나라의 부가가치세는 실질적인 소득이 아닌 거래의 외형에 대하여 부과하는 거래세의 형태를 띠고 있다고 판시(대법원 2017.5.18. 선고 2012두22485 전원합의체 판결)하였다. 즉, 부가가치세는 용역의 공급이 있었고 당사자들이 합의한 대가가 지급되었다는 거래사실 그 자체 즉, 거래의 외형에 대하여 부과하는 거래세의 성격을 띠는 것이다. 따라서 세금계산서상 공급가액과 부가가치세액은 당사자가 합의한 용역의 대가를 기재하는 것이지, 그 합의와 무관하게 경제학적 또는 상관행상 측정되는 가치를 기재하는 것이 아니다. 이러한 점은 실제 「부가가치세법」상 규정에 의해서도 명확히 확인되는데, 이 건 과세처분의 근거인 「부가가치세법」 제39조 제1항 제2호에 의하면 매입세액을 불공제하는 사실과 다른 세금계산서를 판단함에 있어 공급가액이 사실과 다르게 적힌 경우에 해당하는지 여부는 실제 당사자가 합의에 따라 지급한 공급가액을 기준으로 판단한다. 예를 들어, 어떠한 용역의 대가가 업계 관행상 1,000만원에 거래되고 있지만 거래당사자들이 협상 끝에 1,200만원으로 거래하기로 하였다면 세금계산서에 기재하여야 하는 공급가액은 1,200만원이 되어야 하고 1,000만원을 기재한다면 오히려 사실과 다른 세금계산서에 해당하여 불이익을 받게 되는 것이다. 이와 같이 세금계산서는 거래당사자 간 거래내역이 사실관계에 부합하여 이루어졌는지 여부를 판단하기 위해 발급되는 것일 뿐인데, 만약 세금계산서상 기재금액의 적정 여부를 고려하기 시작한다면 거래당사자 간 세금계산서 수수가 당사자들이 합의한 실제 공급가액에 따른 것임에도 불구하고 사후적으로 과세관청이 당사자들이 합의한 그 대가의 적정성을 판단하여 그에 따라 당사자들이 수수한 세금계산서가 허위가 되기도 하고 진정한 것이 되기도 하는 상황이 발생할 가능성이 매우 커진다. 이 경우 납세자로서는 자신들이 수수한 세금계산서가 사후적으로 사실과 다른 세금계산서라고 하여 매입세액이 불공제되거나 형사처벌까지 가해질 수도 있기 때문에 납세자의 법률준수 및 과세에 대한 예측가능성이 침해될 가능성이 커져, 거래질서는 번거로워지고 복잡해지게 됨으로써 종국적으로는 세금계산서 제도가 지향하는 목적에 배치되는 결과가 초래된다.

    나) 청구인이 쟁점PG사로부터 결제대행서비스만 이용하고자 했다면 일반적인 경우처럼 2∼3% 수준의 결제대행수수료만 부담하였을 것이나, 청구인은 5%의 추가 수수료를 지급하더라도 장기 무이자할부 프로그램 등 부가서비스를 이용하는 것이 병원 운영에 도움이 되었기 때문에 쟁점PG사와 8% 상당의 결제대행수수료를 지급하고 결제대행용역과 부가서비스를 모두 제공받기로 계약하였다.

    다) 또한 이 건 관련 거래당사자들은 서로 특수관계가 없는 독립적 경제 주체로서 어느 일방에게 이익을 부여하거나 쌍방의 이익을 조작할 수 있는 관계도 아니므로 당사자들이 합의에 따라 결정된 가액은 그대로 존중되어야 하는 것이고 해당 공급가액에 따라 수수된 매입세금계산서는 허위가 아니다. 대법원은 납세의무자가 경제활동을 함에 있어서 동일한 경제적 목적을 달성하기 위하여서도 여러 가지 법률관계 중 하나를 선택할 수 있으므로 그것이 가장행위에 해당한다고 볼 특별한 사정이 없는 이상 과세관청으로서는 납세의무자가 선택한 법률관계를 존중하여야 한다는 법리(대법원 2012.1.19. 선고 2008두8499 전원합의체 판결)를 꾸준히 설시하고 있는데, 특히 사업자가 그와 특수관계에 있는 자와 영세율 적용을 받는 과세거래를 함에 있어서 부당하게 낮은 대가로 물품을 공급한 것이 구 「부가가치세법」상 부당행위계산 부인 대상에 해당하는 경우에도 당사자 합의에 따라 실제 거래금액을 공급가액으로 하여 교부된 세금계산서가 정상적인 거래 시가를 공급가액으로 하지 않았다는 이유로 사실과 다른 세금계산서라고 할 수 없다고 보았다(대법원 2004.9.23. 선고 2002두1588 판결). 따라서, 「부가가치세법」상 세금계산서 관련 규정에서 특별히 당사자 간 법률관계를 부인하거나 조정하기 위한 규정을 별도로 두고 있지 않는 이상, 세금계산서의 위법성 여부를 판단함에 있어 당사자가 합의한 대가의 적정성을 함부로 문제삼아 이를 「부가가치세법」상 사실과 다른 세금계산서로 의율해서는 안 된다.

    라) 마찬가지 관점에서 재화․용역의 공급대가 중 일부를 추후 리베이트를 지급하는 데 사용한다고 하더라도 세금계산서상 공급대가는 실제 받은 금액 전체이고 그 중에서 리베이트 금액을 차감하여야 하는 것은 아니다. 앞서 살펴본 예에서 당사자가 합의한 공급대가 1,200만원을 용역의 공급자가 받은 다음, 그 중에서 200만원을 판매장려금, 판매수당, 리베이트 등으로 사용한다고 하더라도 세금계산서에 기재되어야 하는 공급가액은 1,200만원이지, 추후 리베이트에 사용될 200만원을 차감한 1,000만원이 아닌 것이다. 오히려 1,000만원으로 기재하는 경우 사실과 다른 세금계산서가 된다. 대법원 또한, 면세점과 연계된 상위 여행사가 따이공을 모집하여 면세점으로 송객하는 일련의 용역을 면세점에 제공하고 면세점으로부터 지급받는 수수료에 따이공에게 판매장려금 목적으로 지급될 페이백 수수료가 포함되어 있었던 사안에서 상위 여행사가 지급받은 수수료 전체가 세금계산서상 공급대가에 해당하는 것이며 그 중 페이백 수수료가 차감되는 것은 아님을 전제로 판단한 바 있다(대법원 2023.11.30.자 2023두52697 심리불속행기각 판결).

   2) 청구인은 쟁점PG사 등과 합의한 공급대가에 따라 정상적으로 세금계산서를 수취하였고 그 공급대가는 모두 용역공급에 대한 대가이므로, 각 세금계산서는 사실과 다른 세금계산서에 해당하지 않는다.

    가) 청구인이 쟁점PG사와 쟁점PG대행사로부터 결제대행용역 및 각종 부가서비스 용역을 제공받고 이에 대하여 쟁점PG사로부터 수취한 세금계산서, 광고대행용역을 제공받고 이에 대하여 쟁점PG대행사 및 H㈜로부터 수취한 세금계산는 모두 당사자 간 합의로 체결한 계약에 따른 공급가액, 품목, 단가, 계약기간 등에 따라 수취한 것이다.

    나) 설령 청구인이 ① 쟁점PG사에 지급한 결제대행수수료(8%)에 쟁점PG사가 쟁점PG대행사에 지급하는 PG대행사수수료(5%), 다시 쟁점PG대행사가 쟁점특수관계인에게 지급하는 영업수수료(4.5%)가 각 포함되어 있고, ② 쟁점PG대행사 및 H㈜에 지급한 광고대행수수료에 그들이 쟁점특수관계인에게 지급하는 영업수수료(광고대행수수료의 94%)가 포함되어 있다 하더라도, 이는 쟁점PG사 및 쟁점PG대행사 내부에서 청구인에게 제공한 결제대행 용역, 광고대행 용역에 대한 기여 정도에 따라 그 대가를 분배한 것에 지나지 않는바, 그러한 사실이 매입단계에서의 매입액을 부인하는 근거가 되지는 않는다. 당사자 간 합의에 따라 지급한 공급대가가 그 이후의 용역 공급 주체들의 분배에 따라 사후적으로 사실과 다른 세금계산서라고 판단되어서는 안 되는 것이다.

    다) 특히, 청구인과 각 업체들이 계약을 체결하고 그 계약 내용에 따라 용역의 공급이 이루어졌다면, 그 계약 내용을 계약당사자가 이행하였는지 아니면 제3자가 이행하였는지 여부는 전혀 문제가 되지 않고, 청구법인이 인지하지 못한 쟁점PG대행사와 쟁점특수관계인 간 관계가 있다 하더라도, 그와 무관한 결제대행계약, 광고계약단계에서 지급한 대가는 부가가치세법령상 공급가액에 해당한다.

  3) 앞서 살펴본 바와 같이 수사당국은 ㈜D, ㈜G에 대한 고발에 대하여 불송치결정(증거불충분, 혐의없음)을 하면서, ‘병․의원에 대한 영업방식의 특수성과 난이도를 고려하면 영업대행자가 반드시 필요한 구조이고, 병․의원에서 PG단말기를 계속 사용하도록 하기 위하여 지속적인 관리도 필요하였음을 고려하면 영업대행수수료가 과도한 금액이라고 볼 근거는 부족’하고 ‘결제대행수수료(8%) 또는 특수관계인에게 지급되는 광고비 94%의 수수료율이 적정하지 않다고 단정할 수 없다거나 병원관계법인 등에게 지급할 금원이 포함된 세금계산서를 거짓 기재한 것으로 단정할 수 없다’고 판단하였다. 이러한 결정에 따라 과세의 전제가 된 사실관계가 부정되었으므로, 청구인이 쟁점PG사에 지급한 수수료는 실제 용역 공급거래에 대한 정당한 대가에 해당한다고 보아야 하고, 이에 따라 수수한 세금계산서는 적법한 세금계산서에 해당한다.

  (나) 청구인이 지급한 각 용역의 공급대금은 가공경비에 해당하지 않는다.

   1) 가공비용은 실제 지출 자체가 없이 회계장부상으로만 마치 실제로 지출된 비용인 것처럼 계상된 비용으로, 실제로 지출하지 않은 비용을 지출한 것처럼 가장하거나 실제 지출한 비용보다 많이 지출한 것처럼 가장할 때 발생한다. 그리고 어떠한 비용이 가공비용으로 인정되려면, 과세요건사실에 관한 증명책임을 부담하는 과세관청이 납세자가 실물거래 없이 거짓된 용도로 비용을 지출하였다는 점에 관하여 상당한 정도로 증명을 하여야 하고, 구체적으로는 세금계산서나 대금지출 증빙자료 등이 허위로 작성되었다는 점을 밝혀야 한다(대법원 2010.10.28. 선고 2010두11108 판결 등).

   2) 처분청들은 청구인이 쟁점PG사, 쟁점PG대행사로부터 각종 서비스를 제공받은 것에 대한 대가로서 지급한 결제대행수수료, 쟁점PG대행사와 H㈜로부터 광고용역을 제공받은 것에 대한 대가로 지급한 광고대행수수료 및 ㈜I로부터 어학교육용역을 제공받고 지급한 어학교육용역 대금을 모두 가공경비로 보아 필요경비에 불산입하였으나, 해당 수수료 비용 모두 청구인이 특수관계인이 아닌 쟁점PG사 등과 적법하게 체결한 계약상 공급가액, 공급품목, 단가, 계약기간 등에 따라 기본적인 결제대행용역 외에 각종 부가 서비스 용역, 광고용역, 어학교육용역을 공급받고 지급한 대가이다.

   3) 청구인이 쟁점PG사에 지급한 결제대행수수료(8%)에 쟁점PG사의 아웃소싱업체인 쟁점PG대행사에게 지급하는 PG사대행수수료(5%), 다시 쟁점PG대행사가 쟁점특수관계인에게 지급하는 영업수수료(4.5%)가 포함되어 있고, 쟁점PG대행사와 H㈜에 지급한 광고대행수수료에 쟁점PG대행사가 쟁점특수관계인에게 지급하는 영업수수료(광고대행수수료의 94%)가 포함되어 있기는 하나, 이는 쟁점PG사와 쟁점PG대행사가 청구인에게 제공한 결제대행용역, 광고대행용역에 소요된 비용을 그 기여도에 따라 내부적으로 분배한 것일 뿐으로, 당사자 간 합의에 따라 지급한 대가를 용역공급의 주체들이 내부적으로 분배하였다는 이유만으로 가공경비로 볼 수는 없다.

   4) 특히 청구인이 쟁점PG사, 쟁점PG대행사 및 H㈜와 결제대행계약 및 광고대행계약을 체결하고 그 계약 내용에 따라 실제로 용역의 공급이 이루어졌다면, 그 계약 내용을 계약상대방이 이행하였는지 아니면 제3자가 이행하였는지 여부 및 그 계약대금에 제3자가 이행한 부분에 대한 대가가 포함되어 있는지 여부와 관계없이 「소득세법」상 필요경비로 인정해야 한다.

   5) 특히 앞서 살펴본 바와 같이 수사당국은 ㈜D, ㈜G, ㈜I에 대한 고발에 관하여 불송치결정(혐의없음, 증거불충분)을 하였고, 이러한 결정에 따라 과세의 전제가 된 사실관계가 부정되었으므로, 청구인이 각 업체들에게 지급한 수수료 및 용역대금은 실제 용역 공급거래에 대한 정당한 대가에 해당한다고 보아야 하고, 이에 따라 금액들은 모두 적법한 필요경비에 해당한다.

 (5) 설령 청구인이 각 업체들과 한 이 건 세금계산서 및 계산서 수수거래가 진성거래가 아니라고 하더라도 청구인에게는 적극적인 은닉의도가 없었으므로, 부정과소신고가산세(40%)를 부과하고 10년의 장기 부과제척기간을 적용한 것은 위법․부당하다.

  (가) 「국세기본법」 제47조의3 제1항 제1호에 따른 부정과소신고가산세(40%)의 부과요건인 부정행위가 있다고 인정되려면 납세자의 적극적인 은닉행위가 전제되어야 한다. 대법원도 ‘사기나 그 밖의 부정한 행위’에 대하여 일관되게 ‘조세의 부과징수를 불능 또는 현저히 곤란하게 하는 위계 기타 부정한 적극적인 행위를 말하고 어떤 다른 행위를 수반함이 없이 단순한 세법상의 신고를 하지 아니하거나 허위의 신고를 함에 그치는 것은 여기에 해당한다고 할 수 없다’고 판시하였다(대법원 2004.5.28. 선고 2004도925 판결).

  (나) 청구인은 각 업체들과 계약에 따라 관련 용역을 제공받고 계약상 대금을 지급하였을 뿐, 장부․문서를 고의적으로 작성하지 않거나 거짓으로 작성․수취한 바 없고, 거래를 조작하거나 은폐한 사실 또한 존재하지 않으므로, 청구인이 조세의 부과와 징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하는 부정행위를 하였다고 볼 수 없는바, 일반과소신고가산세(10%) 및 5년의 부과제척기간이 적용되어야 한다.

나. 처분청들 의견

 (1) 청구인이 결제대행수수료를 지급한 거래 중 사실상 수수료가 페이백된 거래분은 가공거래이다.

  (가) 일반적으로 병․의원에서 PG사로부터 결제대행용역을 제공받는 경우 평균적인 결제대행수수료는 2∼3%이나, 이 건에서의 결제대행수수료율은 그보다 높은 8%에 달한다.

  (나) 쟁점PG대행사는 병․의원을 대상으로 절세컨설팅을 기획하여 병․의원이 쟁점PG사에 결제대행수수료를 지급하면 그 전액을 경비처리할 수 있고 해당 금액 중 일부를 영업수당 명목으로 페이백받을 수 있다고 홍보하였으며, 조사청들은 구득한 과세자료에 의하여 고객(환자)의 결제금액 중 5% 내외의 금액이 쟁점PG사 및 쟁점PG대행사를 거쳐 청구인의 배우자가 운영하는 ㈜J에 영업수수료 명목으로 지급된 사실이 확인됨에 따라 청구인이 쟁점PG사에 결제대행수수료를 지급하고 수취한 매입세금계산서 중에서 페이백된 금액만큼은 청구인이 사실상 용역의 공급거래 없이 대금을 지급한 후 환수한 것으로 보아, 필요경비에 불산입하고 관련 매입세액을 매출세액에서 불공제하여야 한다고 보았다.

  (다) 실제로 청구인이 쟁점PG사로부터 제공받은 결제대행서비스는 쟁점PG대행사를 거치지 않고 쟁점PG사와 계약을 체결한 병․의원이 제공받는 결제대행용역과 동일하고, 그 계약서도 쟁점PG대행사를 거치지 않은 경우에 사용되는 표준계약서 양식과 동일하여 일반적인 결제대행수수료(2∼3%)를 적용받는 병․의원과 청구인의 계약서 간 차이점이 없을 뿐만 아니라, 심문조서에 의하면 쟁점PG사의 대표이사들은 이 건 결제대행수수료(8%)에 쟁점PG대행사 등에게 지급되는 수수료가 포함되어 있고, 쟁점PG사에서 추가적으로 제공해주고 있는 용역이 없다고 진술하는 등 쟁점PG사가 청구인에게 일반적인 결제대행용역 외에 추가적인 용역을 제공한 사실은 확인되지 않는다. 또한, 청구인과 쟁점PG사가 작성한 가맹점수수료계약서를 보면, 쟁점PG사는 쟁점PG대행사 관련 영업자가 영업을 통해 정해오는 결제대행수수료율(가맹점수수료율)에 대하여 제한 내지 제시를 하고 있지 않은 반면, 계약서상 신용원가는 쟁점PG대행사를 통하지 않는 병․의원과의 일반적인 거래에서 통용되는 수수료와 거의 동일하고 쟁점PG사의 홈페이지 등에서 확인되는 일반적인 수수료(3% 초과)에 비해서도 훨씬 낮은 것으로 확인되는 등 결제대행수수료에서 신용원가(계약서에서는 수수료, 서비스수수료 등으로 지칭함)를 제외한 전액은 용역의 공급거래 없이 수수된 금액임을 알 수 있다. 현재 쟁점PG사와 쟁점PG대행사는 이와 같은 문제점을 인식하고 병․의원에 대한 결제대행수수료율을 2∼3%로 모두 낮추어 영업 중인 것으로 파악된다.

  (라) 청구인은 이 건 결제대행수수료가 일반적인 가맹점 수수료에 비해 높은 것은 단순한 결제대행서비스 외에 무이자할부 등 특수한 부가 서비스를 제공받았기 때문이라고 주장하나, 기본적으로 무이자할부 서비스는 신용카드사가 제공하는 혜택일 뿐만 아니라, 조사청 중 하나인 OO지방국세청장이 쟁점PG사에 공문을 시행하여 쟁점PG대행사 등에 무이자할부서비스를 단독으로 제공하고 있는지에 대하여 문의한 결과, 쟁점PG사는 일반적인 가맹점과 다르게 쟁점PG대행사와 거래하는 가맹점에 대해 무이자할부 서비스 등을 차별적으로 제공하고 있지 않았다고 답변하였다. 참고로, 쟁점PG사 중 하나인 ㈜A의 관계자는 OO지방국세청을 내방하여 병․의원에 대해서는 일반적인 수수료율보다 높은 결제대행수수료율이 적용된다고 주장하였으나, VAN사와 달리 PG사는 결제 후 가맹점의 환불위험성을 카드사가 아닌 PG사가 직접 감수하여야 한다.

  (마) 청구인은 영업수수료 명목으로 페이백을 해주는 프로그램은 여러 업계 및 업체에서 적법하게 사용하는 프로모션 방식이라고 주장하나, 청구주장처럼 이 건 용역거래들이 정상적인 거래라면 굳이 청구인의 특수관계인 등 제3자를 개입시켜 결제대금을 돌려받을 이유가 없다.

  (바) 나아가 쟁점PG대행사로부터 사업소득 지급 등의 방식으로 페이백을 받은 자는 청구인의 장인 b, 장모 c, 배우자 a 및 a가 대표이사로 있는 ㈜J으로, b은 2016년까지 택배운송, 항만하역업 등 일용근로 소득자였고, c는 해당 페이백을 받기 전까지 경제활동을 한 이력이 없으며, 두 사람의 주소는 쟁점PG대행사로부터 300km 이상 떨어진 경상북도 포항시이므로, 원거리에 있는 업체에게 일가족이 동시에 인적용역을 제공하였다는 것은 통상적으로 납득하기 어렵다. a 또한 병원․약국 등에서 근무한 기록 외에 기타모집수당을 받았던 이력이 없고 페이백을 지급받은 ㈜J 설립 이전의 사업 내역이 없는바, 이들은 청구인과의 관계가 아니면 관련 사업소득 및 세금계산서 수취를 할 수 없었던 개인 및 법인이고, 이로써 이 건 거래는 정상적인 거래가 아니라고 봄이 타당하다.

  (사) 결국 이 건 결제대행수수료에는 실제 결제대행용역에 대한 대가뿐만 아니라 용역의 공급거래 없이 수수되어 페이백된 금액이 포함되어 있고, 청구인과 같이 중소가맹점 규모의 병·의원은 이 건 거래구조 하에서는 쟁점PG사와 직접 계약을 체결하는 것보다 손해이기 때문에[쟁점PG대행사들이 일반업체보다 회사마진을 크게 남김(일반 0.3%, 중소가맹점 1%)], 페이백이라는 요소가 없었다면 청구인으로서는 굳이 쟁점PG대행사를 거치는 이 건 거래를 하지 않았을 것이다.

 (2) 청구인이 광고대행수수료를 지급한 거래 중 사실상 수수료가 페이백된 거래분은 가공거래이다.

  (가) 청구인은 광고대행수수료 명목으로 쟁점PG대행사와 H㈜에 대금을 지급하고 세금계산서를 수취하였으나, 절세단말기 홍보자료를 통해 쟁점PG대행사가 PG단말기와 함께 광고비 페이백을 통한 절세를 안내한 사실이 확인되고(광고비용의 90%를 ‘원장님’이 지정한 법인에게 관리수당으로 지급한다고 기재되어 있다), 실제로 H㈜는 청구인으로부터 수취한 대금의 93∼94%를 현금으로 페이백하였는바, 광고대행수수료에는 실제 용역의 공급거래 없이 수수된 금액이 포함되어 있다.

  (나) 청구인은 쟁점PG사 로그인 페이지 등에 OOO 배너광고 등이 기재되고 OOO에서 병·의원 홍보를 하고 있으며, 카카오페이를 통한 병·의원 광고채널도 운영되었기에 H㈜에 고액의 광고대행수수료를 지급하였다고 주장하나, H㈜의 홈페이지는 2020.2.5.에서야 개설되었고 해당 홈페이지의 월간 조회수는 2,000회 미만으로 그 광고효과는 미미하였다. 주요 모바일 광고업체인 OOO 광고의 단가의 경우 8,000회 이상 조회 시에도 월 광고료가 OOO원이 불과하나, H㈜ 홈페이지 게재 광고비는 월간 조회수가 2,000회 미만임에도 불구하고 최소 월 OOO원부터 시작하여 많게는 월 OOO원에 달한다. 나아가 월 OOO원짜리 광고와 월 OOO원짜리 광고는 계약서상 내용의 차이가 전혀 없고, 문답 등을 통해 확인해보더라도 고액 지출 시 홈페이지 상단에 게재를 해주는 것 이외에 광고용역의 특별함은 확인되지 않았다.

  (다) 쟁점PG대행사와 H㈜는 과세당국과의 문답에서 광고 원가는 영업사원에게 지급되는 비용이라고 설명하였으나, 실제로 H㈜와 연락하면서 수십개의 병․의원을 영업하는 실영업자들이 받는 금액은 광고비의 1∼3%에 불과하였다. 병원별로 광고비의 85% 이상을 수취하는 영업사원 1명이 있기도 하나 이들 대부분은 병․의원 원장의 부모․배우자․자녀 등 특수관계인이다.

  (라) 특히 H㈜는 페이백 방식으로 2018∼2020년 기간 동안 L 포인트를 통해 현금을 출금할 수 있도록 하는 방법을 취하였는데, 이렇게 포인트를 현금전환한 후 계좌를 통해 지급하는 금액은 경비처리가 어렵다는 것을 인지하고, 페이백 방식을 변경하여 영업자들로 하여금 업체를 설립하게 한 뒤 해당 업체를 통해 청구인의 가족 등에게 사업소득 또는 세금계산서 형식을 통해 광고비의 90%의 현금을 우회적으로 전달하였다.

 (3) 청구인이 어학교육용역 대금을 지급한 거래 중 사실상 대금이 페이백된 거래분은 가공거래이다.

  (가) 청구인은 ㈜I로부터 어학교육용역을 제공받고 대금 지급 및 계산서 수취를 하였으나, ㈜I는 청구인의 처남 d에게 해당 교육용역대금의 90%를 사업소득으로 지급하였는바, 해당 사업소득 지급액만큼은 실제 용역의 공급거래 없이 계산서를 과다하게 수취하였다고 보아 필요경비를 불산입하였다.

  (나) 청구인의 처남 d은 OOO년생으로 경상북도 포항에 거주하면서 OOO 등 다수의 사업장에서 일용근로소득이 발생한 것으로 확인되는바, 소득 발생내역, 거주지 등을 고려할 때, ㈜I로부터 사업소득을 받을만한 용역을 공급할 수 있는 상황이 아니었다고 볼 수 있다.

  (다) 나아가 ㈜I의 교육관리시스템상 청구인의 직원들은 수강 과목 선택조차 하지 않은 상태인 어학입과대기 상태로, 실제 어학 교육이 제공되었다는 사실은 전혀 확인되지 않는다.

 (4) 위와 같이 청구인이 지급한 각종 수수료 및 대금 중 사실상 페이백된 금액과 관련해서는 청구인이 각 업체들로부터 실제로 용역을 제공받았다고 볼 수 없으므로, 이와 관련하여 수취한 매입세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 해당 매입세액을 매출세액에서 불공제하여 부가가치세를 부과한 처분 및 페이백된 금액을 가공경비로 보아 필요경비에 불산입하여 종합소득세 및 지방소득세를 부과한 처분은 모두 적법하다.

  (가) 쟁점PG사, 쟁점PG대행사 및 H㈜는 청구인의 가공경비 계상을 위해 고액의 결제대행수수료, 광고대행수수료와 관련된 세금계산서를 발급한 뒤, 여러 단계에 걸친 가공경비 계상을 통해 다시 청구인에게 해당 금액을 돌려주었으므로, 페이백된 금액은 매입액으로 인정될 수 없고, 청구인이 실질적인 용역의 공급 없이 수취한 매입세금계산서들은 모두 사실과 다른 세금계산서에 해당한다.

   1) 청구인은 「부가가치세법」상 세금계산서 발급은 거래의 외형을 따져 판단하는 것으로 당사자가 정한 공급대가에 따라 정상적으로 세금계산서가 수수된 이상 적법한 세금계산서에 해당한다고 주장하나, 청구인이 지출한 결제대행수수료 및 광고대행수수료는 최종적으로 쟁점특수관계인에게 환원되었으므로, 페이백된 금액에 대한 세금계산서는 실질적인 용역의 공급 없이 발급된 것으로 보아야 한다.

   2) 조사청들이 이 건 관계자들에 대한 법인세 통합조사를 실시한 결과 병·의원이 지출한 결제대행수수료, 광고대행수수료가 쟁점PG사, 쟁점PG대행사, H㈜를 거쳐 쟁점특수관계인에게 지급된 사실을 확인하는 등 과세당국으로서는 청구인이 수취한 매입세금계산서가 사실과 다른 세금계산서에 해당한다는 점을 상당한 정도로 증명하였는바, 각 매입세금계산서가 실제 용역의 공급을 전제로 발급되었다는 점에 관한 입증책임은 이제 청구인에게 있다 할 것인데, 청구인은 처분청 담당자가 해명자료 안내문 발송을 통해 해명을 요청하였음에도 이에 불응하였다.

  

   3) 대법원도 실제로 제공한 재화나 용역에 대해 직접적으로 대응하는 반대급부를 취득함으로써 대가관계가 성립할 수 있고, 대가관계가 성립하면 명목이 어떠하든 과세표준에 포함될 수 있으나, 대가관계가 성립되지 않을 때 취득하거나 지급한 금전 등은 재화나 용역의 대가가 아니므로 부가가치세 과세표준에서 제외됨이 타당한 것으로 보고 있다(대법원 2019.9.10. 선고 2017두61119 판결 외 다수).

  (나) 청구인은 정상적인 용역을 제공받은 것처럼 하여 수수료 등 비용을 지출하고 이를 필요경비에 산입하였으나, 조사청들은 조사 결과 해당 비용 중 상당 부분이 페이백 형식으로 이를 지출한 청구인에게 귀속된 것으로 확인됨에 따라 페이백된 금액을 허위경비로 보아 필요경비에 불산입하는 것이 타당하다고 보았다. 청구주장과 같이 페이백을 업계의 거래관행으로 인정한다 하더라도 결제대행수수료의 60% 이상(8→5%), 광고비의 90% 이상에 상당하는 금액 등을 쟁점특수관계인에게 반환한 것은 단순 금전지급에 불과하여 이에 대한 세금계산서 및 계산서 수수가 허용된다고 볼 수 없다.

  (다) 청구인은 이 건 관련 업체들에 대한 수사기관의 불송치 결정으로 과세의 전제가 된 사실관계가 부정되었으므로, 청구인이 수수한 세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보고 청구인이 지출한 비용을 가공경비로 보아 한 이 건 과세처분은 취소되어야 한다고도 주장하나, 행정처분은 형사적 유죄 여부가 아닌 행정 법규의 위반 여부를 기준으로 판단해야 하는 것으로, 설령 형사법상 구성요건에는 해당하지 않더라도 행정 목적을 침해한 사실이 인정된다면 과세처분은 적법한 것으로 보아야 하므로, 형사재판에서 무죄를 선고받았거나 수사기관에서 불송치 결정을 받았다는 사실만으로 과세처분의 위법성이 입증되는 것은 아니다.

   1) 수사기관의 수사는 범죄 행위에 대해 개인의 신체적인 자유를 구속하는 징역, 재산형인 벌금 등으로 처벌하기 위해 증거를 수집, 보전하는 활동으로 「형사소송법」상 증거재판주의에 따라 엄격한 증거에 의해 기소 여부를 결정하는 국가 공권력의 활동인 반면, 세무조사는 각 세법에 규정하는 국세에 관한 정확한 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하기 위해 납세자의 실태를 파악하려는 활동으로, 그 목적과 성격, 수단과 방법이 서로 다르다. 따라서, 단순히 수사기관에서 불송치 결정을 하였다는 이유만으로 이 건 일련의 거래들이 정상거래에 해당하여 과세처분이 위법하다고 볼 수 있는 것은 아니다. 법원 또한 행정처분은 형사처벌과는 목적, 성격을 달리하는 것으로서 그 처분에 있어 반드시 위반행위에 대한 형사처벌을 받을 것을 필요로 하지 않고(창원지방법원 2022.6.9. 선고 2021구합51681 판결), 수사기관이 과세처분과 동일한 사실관계에 대하여 불송치 결정을 하였다는 사정만으로 해당 과세처분이 곧바로 위법하게 된다고 할 수 없고, 법원은 증거에 의한 자유심증으로 그와 반대되는 사실을 인정할 수 있다(대구지방법원 2024.11.13. 선고 2023구합24311 판결)고 본다.

   2) 형사소송과 행정소송은 증명 책임과 증명 정도에서도 차이가 있다. 형사소송은 법관으로 하여금 합리적인 의심이 없는 정도의 확신을 가지게 하는 엄격한 증명이 필요하며 만약 이 수준에 도달하지 못하면 설령 범죄의 개연성이 높더라도 무죄가 선고될 여지가 높은 반면, 행정소송은 형사소송만큼의 고도의 증명에 요구되지 않고 처분의 기초가 된 사실이 존재한다는 점에 대해 전체적인 정황과 증거를 바탕으로 판단한다. 따라서 형사상 증거 불충분으로 무죄가 선고되었다 하더라도 이는 죄가 없음이 완전히 입증되었음을 의미하는 것이 아니라 형사처벌을 할 만큼의 엄격한 증거가 부족하다는 뜻에 불과하고, 행정법원으로서는 형사상 무죄 판결에도 불구하고 제출된 다른 증거들을 토대로 행정처분의 기초 사실을 인정할 수 있다. 법원 또한 형사재판에서의 유죄판결은 공소사실에 대하여 증거 능력이 있는 엄격한 증거에 의하여 법관으로 하여금 합리적인 의심을 배제할 정도의 확신을 가지게 하는 입증이 있다는 의미인 반면, 무죄 판결은 그러한 입증이 없다는 의미일 뿐이지 공소사실의 부존재가 증명되었다는 의미가 아니고(대법원 1998.9.8. 선고 98다25368 판결, 대법원 2020.1.9. 선고 2018두61888 판결), 행사재판은 행정소송과는 별도의 절차로서, 형사재판에서 무죄가 선고된다 할지라도 이는 엄격하게 요구되는 범죄사실에 대한 증명이 부족한 결과로, 행정소송의 결과에 직접적 영향을 끼친다고 볼 수 없어 후발적 경정청구 사유에 해당하지 아니한다(서울행정법원 2024.3.14. 선고 2023구합1057 판결)고 보았다.

 (5) 청구인은 이 건 매입세금계산서 및 계산서를 수취하고 관련 매입세액을 매출세액에서 공제받는 한편, 각 수수료 등을 필요경비에 산입하는 과정에서 부정행위를 하였으므로, 부정과소신고가산세(40%)를 부과한 처분은 타당하다.

  (가) 종합소득세 및 부가가치세와 같은 신고납부방식의 조세는 납세의무자가 스스로 과세표준과 세액을 신고함으로써 조세채무가 확정되므로 납세의무자가 스스로 적법한 신고를 하지 않는 이상 과세관청으로서는 그 탈루 사실을 포착하여 과세하기 매우 어렵다.

  (나) 그런데, 청구인은 조세를 탈루하려는 적극적인 의사를 가지고 쟁점PG대행사의 절세컨설팅에 따라 결제대행수수료, 광고대행수수료 및 어학교육용역 대금을 실제 용역의 제공없이 과다하게 지급한 후 세금계산서 또는 계산서를 수수하는 방식으로 적격 증빙의 형식을 갖추고, 이를 은폐하고자 쟁점PG사 및 쟁점PG대행사 등을 거치고 다양한 포인트 전환을 활용하는 지극히 복잡하고도 악의적인 다단계 방식에 따라 과다지급한 금액을 쟁점특수관계인을 통해 우회하여 돌려받는 적극적인 행위를 함으로써 과세관청으로 하여금 조세의 부과․징수 등 부과권의 행사를 현저히 곤란하게 하였다.

  (다) 특히 이 건 관련자들은 과세당국이 사실관계를 확인하기 위해서는 거래 당사자들을 통합적으로 조사하여야 하는 점을 알고 제3자인 여러 페이퍼 컴퍼니를 거래 당사자로 개입시켜 페이백 흐름을 은폐하였고, 그러한 행위 등을 통해 세금을 과소신고․납부하였다.

  (라) 이와 같이 청구인이 사실과 다른 세금계산서 및 계산서를 수취하고 관련 매입세액을 공제받는 한편, 필요경비를 과다하게 반영한 행위는 「조세범 처벌법」 제3조 제6항에 따른 부정행위 중 ‘세금계산서의 조작(제5호)’, ‘거짓 증빙 또는 거짓 문서의 작성 및 수취(제2호)’ 또는 ‘그 밖에 위계에 의한 행위 또는 부정한 행위(제7호)’에 해당하고, 청구인은 이러한 부정행위를 통한 일련의 가공거래 과정에 조세 포탈을 목적으로 부정거래를 하는 악의적 사업자가 존재하고 그로 인하여 청구인은 부가가치세 매입세액 공제 및 종합소득세 필요경비 산입을 통해 본인의 조세부담이 감소한다는 사정을 충분히 인지하였다고 볼 수 있다.

 (6) 10년의 장기부과제척기간을 적용한 것 또한 타당하다.

  (가) 청구인이 부정행위를 한 것은 명백하거니와, 쟁점PG대행사 중 하나인 ㈜D는 ㈜D의 대표이사 e이 지분 50%를 보유한 ㈜G을 통해 청구인의 장인 b, 장모 c에게 각 OOO원씩을, 처남 d에게 OOO원을 지급하여 3명에게 총 합계 OOO원을 사업소득 명목으로 지급하도록 하였는데, ㈜G은 2020.1.28. 사업부진을 사유로 폐업된 법인으로, 고액 체납자(OOO원 이상)이나 2020.5.23. 이후 납부이력이 없어 납부의지가 없는 것으로 보이는바, 장기부과제척기간의 적용요건을 충족하였다고 보아야 한다.

  (나) ㈜D가 병․의원을 상대로 개최한 세무경영세미나 자료에는 ㈜D가 2009년 10월 G을 설립한 것으로 나오는바 ㈜D와 ㈜G은 특수관계법인임을 알 수 있고, 해당 세미나 자료에는 소득 분산 및 절세를 위해 단말기 지급수수료 등 기타 경비 관련 적격증빙을 만들어야 소득세를 줄일 수 있다는 내용이 기재되어 있으나, 적격증빙은 사업자 간 재화․용역의 거래의 결과로 당연하게 발생하는 것으로 인위적으로 만들 수 있는 성격의 것이 아니어서 ‘적격증빙을 만든다’는 말 자체가 통상적인 인지능력을 가진 사람에게는 탈세하겠다는 말로 인식되므로, 이는 청구인 또한 적법절차 안에서 세금을 절약하는 절세가 아니라 비용을 과다하게 지급한 후 돌려받는 편법을 이용하여 탈세를 조장하는 것임을 인지하였다고 보아야 한다.

  (다) 특히 쟁점PG대행사의 절세단말기 홍보자료에는 광고비용의 90%를 ‘원장님’이 지정한 법인에게 관리수당으로 지급한다는 내용이 기재되어 있고, 병원(광고주)의 사업자등록번호로 포인트를 적립해주면 병원(광고주)이 인터넷 계정을 생성하고, 계좌번호를 등록하여 출금을 요청하여 현금화하는 이 건 일련의 프로세스 하에서는 청구인도 이 건 관계자들이 탈세를 돕는다는 사실을 충분히 숙지하고 일련의 탈세행위에 적극적으로 가담했다고 볼 수 있는바, 청구인의 직접적이고 적극적인 탈세행위가 있었음을 알 수 있다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

 ① (주위적) 청구인이 결제대행수수료 및 광고대행수수료 명목으로 수취한 매입세금계산서 중 페이백을 통해 사실상 환수한 금액에 관한 부분을 실제 용역의 공급거래 없이 수수한 것으로 보아 한 이 건 처분의 당부

 ② (주위적) 청구인이 어학교육용역 명목으로 수취한 매입계산서 중 페이백을 통해 사실상 환수한 금액에 관한 부분을 실제 용역의 공급거래 없이 수수한 것으로 보아 한 이 건 처분의 당부

 ③ (예비적) 이 건 부정과소신고가산세(40%) 부과처분의 적법 여부

 ④ (예비적) 10년의 장기부과제척기간을 적용한 것의 적법 여부

나. 관련 법령 : <별지2> 기재

다. 사실관계 및 판단

 (1) 청구이유서, 처분청 답변서 및 국세청 통합전산망(NTIS) 자료 등의 이 건 심리자료에 의하면, 다음과 같은 사실이 확인된다.

  (가) 이 건 결재대행수수료 수수 거래와 관련한 주요 내용은 다음과 같다.

   1) 일반적으로 PG사는 소상공인과 같이 여러 카드사 또는 VAN사(이하 “카드사등”이라 한다)과 직접 가맹점 계약을 체결하기 어려운 사업자들을 대신하여 카드사등과 가맹점 계약을 체결한 후, 소비자가 신용카드로 대금결제를 하면 해당 결제금액을 카드사등에 청구하여 수취한 뒤, 본인 몫의 결제대행수수료(= 가맹점 수수료 + 장기 무이자할부 수수료)를 공제하고 나머지 금액을 가맹점에 정산하는 결제대행사업을 영위한다. 한편, PG대행사는 PG사와 PG대행용역계약을 체결하고, PG사의 가맹점 모집 업무(영업대행), 가맹점에 대한 프로그램 설치와 기술지원 업무, 가맹점 관리업무 및 관련 부수업무에 관한 용역을 제공한다.

     이 건 쟁점PG대행사도 아래 <그림1>과 같이 쟁점PG사와 PG대행용역계약을 체결하고, 쟁점PG사로부터 그 대가로 PG사대행수수료를 지급받았는데, PG사대행수수료는 가맹점이 쟁점PG사에 지급하는 결제대행수수료(8%)에서 일반 가맹점 모집 조건상 카드수수료(평균 2.23∼2.37%) 및 할부 수수료를 차감한 금액으로 산정하였다. 다만, 쟁점PG대행사는 매출 극대화를 위한 가맹점(병․의원) 확보를 목적으로 ㈜J 등 쟁점특수관계인과 병원 알선․중개, 사후관리, 지속적인 마케팅․광고 및 병원의 불만처리 등의 용역을 제공받는 영업협력계약을 체결하고, 영업수수료(5%)를 지급하였다.

<그림1> 이 건 거래흐름도

○○○

   2) 청구인은 <별지3>와 같은 “의료기관 매출조회시스템 자료” 및 “PG단말기 고객 무이자할부 서비스(가맹점 분담 무이자할부 서비스)” 자료를 제출하였다.

   3) 청구인은 여신금융협회 홈페이지에서 발췌한 카드할부수수료율을 제출하였는데, 해당 자료에 의하면 최저 할부수수료율은 4.9%(OOO)이고, 최고 할부수수료율은 20.0%(OOO)인 것으로 나타난다. 한편, 쟁점PG사 중 ㈜A(기본 3.45%, 해외카드는 4.5%)과 B㈜(3.2%)의 홈페이지상 신용카드 수수료는 이 건 결제대행용역에 대한 기본 수수료율(3%)보다 높게 안내되는 것으로 나타나는데, 처분청들은 이 건 결제대행수수료(8%)가 일반적인 병․의원이 부담하는 결제대행수수료(2∼3%)에 비해 과도하게 높다고 설명하면서, 아래 <표2>와 같은 예시를 제시하였다.

<표2> 이 건 결제대행수수료와 일반적인 결제대행수수료의 비교

(단위 : 백만원, %)

○○○

   4) 쟁점PG사인 ㈜A이 조사청 중 OO지방국세청장에게 회신한 공문의 주요 내용과, ㈜A과 유사한 사업을 영위하는 K이 OO지방국세청장에게 회신한 공문의 첨부자료 중 “결제병원별 장기무이자 상세내용”은 아래 <표3>과 같다.

<표3> ㈜A과 K이 과세당국에 회신한 공문의 주요 내용

○○○

   5) 처분청들은 쟁점PG사가 결제대행수수료율이나 영업수수료 등에 대한 어떠한 관여를 하고 있지 않다고 설명하면서, <별지4>와 같은 쟁점PG사의 각종 계약서를 제출하였다.

   6) 쟁점PG대행사 중 하나인 ㈜G의 홍보자료는 <별지5>와 같은데, 해당 자료에는 ‘매출의 10%를 경비로 만들어드린다’거나 ‘세금절세효과’, ‘소득분산’ 등의 문구가 기재되어 있고, 이 건과 같은 구체적인 흐름도와 함께 카드 매출의 5%를 결제대행수수료로 하는 경우 구체적인 소득분산 금액, 경비합계, 절세금액과 함께 광고예산 관련 집행비용(6%)과 소득분산 금액(94%)에 따른 절세금액이 산정되어 예시로 기재되어 있을 뿐만 아니라, 자주하는 질문 항목에서 “Q. 세무조사 시 안전한가요? A. 압구정동 모 성형외과 이용 당시 연 매출 OOO원 규모이었으나 세무조사 진행 과정에서 세금계산서 발행부분은 언급되지 않았습니다”라는 내용이 명시되어 있다.

   7) 쟁점PG대행사 중 하나인 ㈜D가 작성한 “병․의원 세무경영 세미나 자료”는 <별지6>과 같은데, 해당 자료상 ㈜D의 연혁에는 ㈜D가 2009년 10월경 ㈜G을 설립하였다는 내용이 기재되어 있고, ‘㈜D의 적격증빙 만들기’라는 항목에서는 ‘전체 매출에 대비하여 비용을 많이 만들어야 소득세를 줄일 수 있다’면서 단말기 지급수수료, 교육훈련비, 광고선전비, 기부금의 기타경비 마련으로 소득 분산 및 절세를 한다는 내용과 함께 기존 VAN 수수료와의 비교자료로 8%의 결제대행수수료를 비용처리하고 4.7%를 법인 또는 개인의 수당으로 지급하는 경우의 절세효과를 계산한 예시 자료가 기재되어 있다.

   8) 쟁점PG대행사 중 하나인 ㈜D와 쟁점특수관계인 중 하나인 ㈜J 간 영업협력계약의 주요 내용은 아래 <표4>와 같다.

<표4> ㈜D와 ㈜J 간 영업협력계약 내용

○○○

   9) 쟁점PG사의 대표이사 등에 대한 각종 심문조서 및 각 진술서는 <별지7>과 같은데, 쟁점PG대행사 중 하나인 ㈜F의 대표이사 f은 2024.1.31. ‘PG사에서는 ㈜F 등과 거래를 한다는 이유로 가맹점에 추가적으로 제공하고 있는 부분이 있는 건가요?’라는 질문에 ‘㈜F와 거래를 한다고 하여 PG사에서 추가로 제공하고 있는 부분은 없다’고 답변한 것으로 나타난다.

  (나) 이 건 광고대행수수료 수수 거래와 관련한 주요 내용은 다음과 같다.

   1) 쟁점PG대행사는 쟁점특수관계인과 영업협력계약을 하여 병․의원을 유치한 대가(영업수수료)로 광고대행수수료의 약 93∼94% 이상을 지급하였다.

   2) 청구인은 쟁점PG대행사 및 H㈜로부터 병원의 광고용역을 제공받았다면서 <별지8>과 같은 자료를 제출하였다.

   3) H㈜는 아래 <그림2>와 같이 광고비용의 90%를 ‘병원장’이 지정한 법인에게 관리수당으로 지급함으로써 절세를 할 수 있다는 내용의 ‘절세단말기 홍보’를 한 것으로 나타난다.

<그림2> H㈜의 절세단말기 홍보 자료

○○○

   4) 조사청들은 H㈜가 광고비의 90%를 특정 인터넷 사이트(OOO)를 통해 OOO 포인트로 적립(1차)해주고, 해당 OOO 포인트를 L(현 M)이라는 PG사가 운영하는 OOO 포인트로 전환(2차)하게 한 뒤, 청구인이 원하는 계좌번호를 등록하여 현금출금(3차)하도록 하는 다단계 방식으로 페이백을 하였다고 설명하면서, 아래 <표5>와 같은 자료를 제출하였다.

<표5> H㈜의 포인트를 활용한 페이백 관련 자료

○○○

   5) “OOO 사이트”에 의하면, 2023년 8∼10월 H㈜의 홈페이지 방문자 수는 각각 2,200여명, 700여명, 1,500여명이었던 것으로 나타난다. 한편, OOO 광고단가표에 의하면, “PC 라이트형 일반” 상품 기준으로 OOO 광고 단가는 조회수 0∼8,000회 기준 OOO원이고, 22,101∼29,100회 기준 OOO원인 것으로 나타난다.

   6) 관련자들의 심문조서 및 진술서의 주요 내용은 아래 <표6>과 같다.

<표6> 관련자들 심문조서의 주요내용

○○○

   7) 그 밖에도 청구인은 영업수수료 명목으로 페이백을 하는 것은 여러 업계에서 활용하는 일반적인 방법이라고 주장하면서, 각종 신문기사 및 프로모션 홍보 자료를 제출하였다.

  (다) 이 건 ㈜I와의 어학교육용역 공급거래와 관련한 주요 내용은 다음과 같다.

   1) 청구인은 2020.11.10. ㈜I와 (어학)인터넷원격훈련 위탁계약을 체결하였는데, 해당 계약서 및 “원격교육훈련 위탁 신청서”에 의하면 ‘㈜I는 2020.11.10.∼2021.10.31. 기간 동안 위탁 훈련과정의 개설, 훈련과정 제공, 훈련생 학사관리, 학습평가 리포트의 첨삭지도 등 어학 원격훈련운영에 필요한 사항에 대한 이행, 훈련종료에 따른 훈련 결과보고서 제출 등 제반사항에 대해 협조하고, 훈련 진행사항을 홈페이지에 수시로 업데이트하여 청구인이 확인할 수 있도록 관리하며, 훈련종료 후 교육 전반에 대한 결과보고서를 작성하여 청구인에게 제공’하고, 교육비는 기본적으로 과정당 “수강금액 × 인원 × 제공과정수”로 계산하는 것을 원칙으로 하나, 이 건의 경우 “OOO” 등 영어 52개 과정, “OOO” 등 중국어 29개 과정, “OOO” 등 일본어 16개 과정 및 “OOO” 등 베트남어 3개 과정 중 30개과정을 1년에 합계 OOO원에 일괄 제공하는 것으로 되어 있다.

   2) ㈜I의 온라인 학습관리시스템(LMS)상 청구인이 운영하는 병원 소속 직원들의 강의수강내역은 아래 <그림3>과 같은데, 이에 의하면 모든 수강 내역이 “어학입과대기”인 것으로 나타난다.

<그림3> ㈜I의 교육 관련 시스템상 청구인 소속 직원들의 강의수강내역

○○○

   3) ㈜I의 대표이사 e은 2023.11.21. 과세당국에 “2023.11.8. 제출한 ‘사업주별 교육과정 수강현황’ 목록 중 과정명이 ‘어학입과대기’ 상태인 건은, ㈜I에서 LMS상에 각 사업주가 제출한 수강생 명단을 등록하였으나 ㈜I에서 제공한 기간 내에 수강생이 교육과정을 신청하지 않아, 교육수강이 이루어지지 않은 것입니다”라고 기재한 확인서를 제출하였다.

  (라) 청구인은 수사당국이 g와 ㈜G, e과 ㈜D 및 ㈜I에 대하여 수사하였으나 최종적으로 불송치 결정을 하였다고 설명하면서 수사당국의 각 결정서를 제출하였다.

  (마) 청구인은 2026.3.17. 개최된 조세심판관회의에 참석하여 ‘설령 페이백된 금액에 대한 매입세액을 불공제하는 것이 타당하다고 하더라도, 페이백되지 않은 금액에 상응하는 용역은 실제로 공급되었으므로 「부가가치세법」 제60조 제3항에 따라 부과되는 세금계산서 불성실가산세의 경우 재화․용역을 공급받지 않고 세금계산서를 수수한 경우에 적용하는 3%가 아니라 실제보다 과다하게 기재된 공급가액에 대하여 적용하는 2%가 적용되어야 한다’고 주장하였다.

 (2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여, 이 건에 대하여 살펴본다.

  (가) 먼저 쟁점①에 대하여 보건대, 청구인은 거래당사자들과 정상적으로 결제대행용역 및 광고대행용역에 대한 계약을 체결하고 그 계약 내용에 따라 용역을 공급받으면서 거래대금을 수수한 이상, 해당 세금계산서는 사실과 다른 세금계산서가 아니고 수수한 대금 또한 적법한 경비라고 주장하나, 세금계산서상 필요적 기재사항이 사실과 다른지 여부는 실제 공급 내용을 기준으로 판단하는 것으로, 실제 재화․용역의 공급거래 없이 또는 실제 거래사실과 다른 내용으로 계약서를 작성한 후 계약서상 내용에 맞춰 세금계산서를 발급하였다고 하여 해당 세금계산서를 적법한 것으로 볼 수는 없는 것인 점, 한편, 청구주장에 의하면 결제대행용역 수수료(8%)는 사실상 실제 결제대행용역에 대한 대가와 그 외 부가서비스에 대한 대가로 구분되는데, 기타 부가서비스 수수료(5%)가 청구인이 사실상 페이백받은 금액과 유사한 상황에서 부가서비스에 대한 내용이 기재된 계약서는 달리 확인되지 않고, 쟁점PG사 중 하나인 ㈜A은 조사당국에 공문을 제출하여 ‘무이자할부 서비스는 카드사에서 최종 확인․적용하는 것이어서 무이자할부 적용 여부 및 청구되는 할부수수료를 파악할 수 없을 뿐만 아니라, 당사는 의료기관용 장기 무이자할부 서비스를 판매 및 제공하고 있지 않다’는 내용의 진술을 한 것으로 나타나며, 쟁점PG대행사 중 하나인 ㈜F의 대표이사 f은 2024.1.31. 조사당국과의 2차 심문 당시 ‘본인 등과 거래를 한다는 이유로 쟁점PG사에서 가맹점에 추가로 제공하는 부분은 없다’는 내용의 진술을 하였을 뿐만 아니라 주된 결제대행용역 수수료(약 3%)보다 부가서비스 수수료(약 5%)가 더 많다는 것은 선뜻 이해하기 어려운 점, 또한 쟁점PG대행사 및 H㈜의 홍보자료에는 ‘매출의 10%를 경비로 만들어 드린다’는 문구가 기재되어 있고 ‘결제대행수수료 중 5%를 쟁점PG대행사에 입금하면 쟁점PG대행사가 병원장의 가족에게 사업소득 형식으로 페이백’하는 내용의 구체적인 거래 흐름도와 카드매출액 기준 절세금액 계산내역, ‘CPC광고를 통한 소득분산 및 절세’라는 이름의 광고예산 관련 절세금액 계산내역, ‘광고선전비 등 기타 경비 마련을 통한 소득분산․절세의 내용 및 효과 등이 명시되어 있으며, “자주 하는 질문에 대한 대답”으로서 ‘타 성형외과의 연 매출액이 OOO원에 달했으나 세무조사 진행 과정에서 세금계산서 발행 부분은 언급되지 않았다’는 내용도 기재되어 있는 점, 그렇다면 처분청들이 청구인이 각 업체들과 수수한 수수료 중 페이백된 금액에 한하여 실제 용역의 공급거래가 없었다고 보아 매입세액 불공제 및 필요경비 부인을 한 것에 달리 위법이 있다고 보기도 어려운 점, 나아가 청구인은 각 업체들로부터 용역의 공급을 받은 사실 자체는 확인되므로 실제 용역의 공급거래 없이 세금계산서를 수수한 경우에 적용되는 3% 세율의 세금계산서 불성실가산세를 부과하는 것은 부당하다고도 주장하나, 앞서 살펴본 바에 의하면 청구인이 결제대행용역 등의 명목으로 수취한 매입세금계산서는 사실상 용역별로 구분되어져야 하는 것이고 페이백된 금액에 대한 거래분을 가공거래로 보는 이상 이러한 경우에 대해서까지 단순히 공급가액이 실제보다 과다하게 기재된 경우에 적용되는 2%의 가산세율을 적용해야 한다고 보기에는 무리가 있는 점 등에 비추어, 위 청구주장은 받아들이기 어렵다.

  (나) 다음으로 쟁점②에 대하여 보건대, 청구인은 ㈜I와 작성한 계약서, 수사당국의 불송치 결정 등을 근거로 ㈜I와의 거래가 실제 용역의 공급이 있는 진성거래라고 주장하나, ㈜I의 온라인 학습관리시스템(LMS)상 청구인이 운영하는 병원 소속 직원들의 어학교육 수강 이력은 모두 “어학입과대기” 상태로 표시되어 있고, ㈜I의 대표이사 e은 어학입과대기란 수강생들이 교육과정을 신청하지 않은 것이라고 설명하는 점, 한편 청구인과 ㈜I가 작성한 2020.11.10.자 계약서에 의하면 ㈜I는 훈련생 학사관리, 학습평가 리포트의 첨삭지도 등 어학 원격훈련운영에 필요한 사항을 이행하고, 청구인이 확인할 수 있도록 훈련진행사항을 홈페이지에 수시로 업데이트하여 관리하여야 하며, 훈련이 종료된 이후에는 교육 전반에 대한 결과보고서를 작성하여 청구인에게 제공하는 것으로 되어 있으나, 실제로 이러한 행위를 하였다는 사실은 확인되지 않는 점, 나아가 ㈜I는 청구인의 처남 d에게 해당 교육용역대금의 90%를 사업소득 명목으로 지급하였으나 달리 d으로부터 용역을 제공받은 사실도 확인되지 않는바, ㈜I가 제공하였다고 주장하는 어학교육 과정은 병원장의 소득 분산을 위한 명목상의 교육과정에 불과하다고 볼 수 있는 점, 그렇다면 ㈜I가 실제로 청구인에게 어학교육용역을 제공하였다거나 제공할 목적으로 계약을 체결하였다고 보기 어렵고 이 경우 처분청들이 어학교육용역 대금에서 페이백된 금액에 한하여 필요경비 부인을 한 것에 달리 위법이 있다고 보기도 어려운 점 등에 비추어, 위 청구주장도 받아들이기 어렵다.

  (다) 다음으로 쟁점③에 대하여 보건대, 청구인은 본인에게 적극적 은닉의 의도가 없어 부정행위를 행하였다고 볼 수 없으므로 부정과소신고가산세(40%)를 부과하는 것은 부당하다고 주장하나, 「국세기본법」 제47조의3 제1항에 의하면 부정행위로 국세의 과세표준을 과소신고한 경우에는 부정행위로 인한 과소신고납부세액의 40%가 가산세로 부과되는 것이고, 이 때 부정행위란 「국세기본법」 제26조의2 제2항 제2호 및 같은 법 시행령 제12조의2 제1항에 따라 「조세범 처벌법」 제3조 제6항 각 호를 말하는 것으로, 조세의 부과와 징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하는 적극적 행위로서 거짓 증빙의 작성ㆍ수취, 거래의 조작 및 세금계산서․계산서의 조작 등이 이에 포함되는 점, 그런데 청구인은 앞선 쟁점들에서 살펴본 바와 같이 소득분산 등의 방법을 이용한 세금 축소를 목적에서 쟁점PG대행사 등 이 건 거래 당사자들로부터 사실과 다른 세금계산서 및 계산서를 수취하였고, 이러한 행위는 거짓 증빙의 작성․수취, 거래 및 세금계산서․계산서의 조작 등을 통해 과세관청의 조세의 부과․징수를 현저히 곤란하게 하는 적극적인 행위에 해당한다고 볼 수 있는 점 등에 비추어, 위 청구주장도 받아들이기 어렵다 하겠다.

  (라) 마지막으로 쟁점④에 대하여 보건대, 처분청들은 청구인이 부정행위를 하였으므로, 부가가치세․종합소득세 및 지방소득세 모두 10년의 장기부과제척기간을 적용하는 것이 타당하다는 의견이나, 「국세기본법」(부과제척기간 도과 여부가 문제되는 2017∼2019년 기간에 시행된 법률로, 이하 2016.12.20. 법률 제14382호로 일부개정된 것을 기준으로 한다) 제26조의2 제1항 제1호․제3호 및 「지방세기본법」 제38조 제1항 제1호․제3호에 의하면, 국세 및 지방세의 부과제척기간은 5년이 원칙이나, 납세자가 부정행위로 조세를 포탈하거나 환급․공제받은 경우에 10년의 부과제척기간을 적용하는 것이고, 부가가치세와 관련해서는 납세자가 허위의 세금계산서에 의하여 매입세액의 공제 또는 환급을 받은 경우 그러한 행위가 부정행위로서 국세를 포탈하거나 환급․공제받은 경우에 해당하려면 납세자에게 허위의 세금계산서로 매입세액의 공제 또는 환급을 받는다는 인식 외에, 허위의 세금계산서를 발급한 자가 세금계산서상의 매출세액을 제외하고 부가가치세의 과세표준 및 납부세액을 신고․납부하거나 또는 세금계산서상의 매출세액 전부를 신고․납부한 후 경정청구를 하여 이를 환급받는 등의 방법으로 세금계산서상의 부가가치세 납부의무를 면탈함으로써 납세자가 매입세액의 공제를 받는 것이 결과적으로 국가의 조세수입 감소를 가져오게 될 것이라는 점에 대한 인식이 있어야 하는 점(대법원 2014.2.27. 선고 2013두19516 판결, 같은 뜻임), 그런데 쟁점③에서 청구인이 이 건 거래관계에서 부정행위를 하였다고 보았고, 그에 따라 소득금액을 과소계상하여 종합소득세 및 지방소득세가 과소신고․납부된 이상 부정행위로 조세를 포탈한 경우에 해당하므로 이 건 종합소득세 및 지방소득세에 대해서는 10년의 부과제척기간이 적용되는 반면, 청구인에게 매입세금계산서를 발급한 사업자들이 그 세금계산서상 부가가치세액을 신고․납부하지 않았다거나 신고․납부 후 경정청구하여 환급받았다는 사정은 달리 확인되지 않으므로, 이 건 부가가치세에 대해서는 5년의 부과제척기간을 적용하는 것이 타당한 점 등에 비추어, 종합소득세 및 지방소득세와 달리, 10년의 부과제척기간을 적용하여 청구인에게 부가가치세를 부과한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

    다만 부가가치세 본세액의 포탈이 없다 하더라도 납세자가 부정행위를 하여 「부가가치세법」 제60조 제3항에 따라 부과되는 세금계산서불성실가산세에 대 해서는 「국세기본법」 제26조의2 제1항 제1호의2에 따라 10년의 부과제척기간을 적용하는 것이므로, 처분청이 10년의 부과제척기간을 적용하여 세금계산서불성실가산세를 부과한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

  (마) 따라서, 이 건 과세처분들 중 2017년 제1기∼2019년 제1기 부가가치세 과세처분은 「부가가치세법」 제60조 제3항에 따라 부과된 세금계산서불성실가산세를 각 제외하여 이를 취소하는 것이 타당하다 하겠다.

4. 결론

  이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 「국세기본법」 제80조의2, 제65조 제1항 제2호․제3호 및 「지방세기본법」 제96조 제7항에 의하여 주문과 같이 결정한다.

<별지1> 결의서상 이 건 과세처분 세부 내역

(단위 : 원)

○○○

<별지2> 관련 법령

 (1) 국세기본법(2016.12.20. 법률 제14382호로 일부개정된 것)

제26조의2 [국세 부과의 제척기간] ① 국세는 다음 각 호에 규정된 기간이 끝난 날 후에는 부과할 수 없다. <단서 생략>

1. 납세자가 대통령령으로 정하는 사기나 그 밖의 부정한 행위(이하 “부정행위”라 한다)로 국세를 포탈(逋脫)하거나 환급ㆍ공제받은 경우에는 그 국세를 부과할 수 있는 날부터 10년간[「국제조세조정에 관한 법률」 제2조 제1항 제1호에 따른 국제거래(이하 “국제거래”라 한다)에서 발생한 부정행위로 국세를 포탈하거나 환급ㆍ공제받은 경우에는 15년간]. 이 경우 부정행위로 포탈하거나 환급ㆍ공제받은 국세가 법인세이면 이와 관련하여 「법인세법」 제67조에 따라 처분된 금액에 대한 소득세 또는 법인세에 대해서도 그 소득세 또는 법인세를 부과할 수 있는 날부터 10년간(국제거래에서 발생한 부정행위로 법인세를 포탈하거나 환급ㆍ공제받아 「법인세법」 제67조에 따라 처분된 금액에 대한 소득세 또는 법인세의 경우에는 15년간)으로 한다.

1의2. 납세자가 부정행위로 다음 각 목에 따른 가산세 부과대상이 되는 경우 해당 가산세는 부과할 수 있는 날부터 10년간

  가. 「소득세법」 제81조 제3항 제4호

  다. 「부가가치세법」 제60조 제2항 제2호ㆍ제3항 및 제4항

3. 제1호ㆍ제1호의2 및 제2호에 해당하지 아니하는 경우에는 해당 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년간

제47조의3 [과소신고․초과환급신고가산세] ① 납세의무자가 법정신고기한까지 세법에 따른 국세의 과세표준 신고(예정신고 및 중간신고를 포함하며, 「교육세법」 제9조에 따른 신고 중 금융ㆍ보험업자가 아닌 자의 신고와 「농어촌특별세법」 및 「종합부동산세법」에 따른 신고는 제외한다)를 한 경우로서 납부할 세액을 신고하여야 할 세액보다 적게 신고(이하 이 조에서 “과소신고”라 한다)하거나 환급받을 세액을 신고하여야 할 금액보다 많이 신고(이하 이 조에서 “초과신고”라 한다)한 경우에는 과소신고한 납부세액과 초과신고한 환급세액을 합한 금액(이 법 및 세법에 따른 가산세와 세법에 따라 가산하여 납부하여야 할 이자 상당 가산액이 있는 경우 그 금액은 제외하며, 이하 “과소신고납부세액등”이라 한다)에 다음 각 호의 구분에 따른 산출방법을 적용한 금액을 가산세로 한다.

1. 부정행위로 과소신고하거나 초과신고한 경우 : 다음 각 목의 금액을 합한 금액

  가. 부정행위로 인한 과소신고납부세액등의 100분의 40(국제거래에서 발생한 부정행위로 인한 경우에는 100분의 60)에 상당하는 금액

  나. 과소신고납부세액등에서 부정행위로 인한 과소신고납부세액등을 뺀 금액의 100분의 10에 상당하는 금액

2. 제1호 외의 경우 : 과소신고납부세액등의 100분의 10에 상당하는 금액

 (2) 국세기본법 시행령(2017.2.7. 대통령령 제27833호로 일부개정된 것)

제12조의2 [부정행위의 유형 등] ① 법 제26조의2 제1항 제1호에서 “대통령령으로 정하는 사기나 그 밖의 부정한 행위”란 「조세범 처벌법」 제3조 제6항 각 호의 어느 하나에 해당하는 행위를 말한다.

 (3) 조세범 처벌법(2016.3.2. 법률 제14049호로 일부개정된 것)

제3조 [조세포탈 등] ⑥ 제1항에서 “사기나 그 밖의 부정한 행위”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 행위로서 조세의 부과와 징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하는 적극적 행위를 말한다.

1. 이중장부의 작성 등 장부의 거짓 기장

2. 거짓 증빙 또는 거짓 문서의 작성 및 수취

3. 장부와 기록의 파기

4. 재산의 은닉, 소득ㆍ수익ㆍ행위ㆍ거래의 조작 또는 은폐

5. 고의적으로 장부를 작성하지 아니하거나 비치하지 아니하는 행위 또는 계산서, 세금계산서 또는 계산서합계표, 세금계산서합계표의 조작

6. 「조세특례제한법」 제5조의2 제1호에 따른 전사적 기업자원 관리설비의 조작 또는 전자세금계산서의 조작

7. 그 밖에 위계(僞計)에 의한 행위 또는 부정한 행위

 (4) 소득세법(2017.12.19. 법률 제15225호로 일부개정된 것)

제27조 [사업소득의 필요경비의 계산] ① 사업소득금액을 계산할 때 필요경비에 산입할 금액은 해당 과세기간의 총수입금액에 대응하는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것의 합계액으로 한다.

 (5) 부가가치세법(2016.12.20. 법률 제14387호로 일부개정된 것)

제32조 [세금계산서 등] ① 사업자가 재화 또는 용역을 공급(부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역의 공급은 제외한다)하는 경우에는 다음 각 호의 사항을 적은 계산서(이하 “세금계산서”라 한다)를 그 공급을 받는 자에게 발급하여야 한다.

1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

2. 공급받는 자의 등록번호. 다만, 공급받는 자가 사업자가 아니거나 등록한 사업자가 아닌 경우에는 대통령령으로 정하는 고유번호 또는 공급받는 자의 주민등록번호

3. 공급가액과 부가가치세액

4. 작성 연월일

5. 그 밖에 대통령령으로 정하는 사항

제39조 [공제하지 아니하는 매입세액] ① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

2. 세금계산서 또는 수입세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서 또는 수입세금계산서에 제32조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 “필요적 기재사항”이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

제60조 [가산세] ② 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하면 각 호에 따른 금액을 납부세액에 더하거나 환급세액에서 뺀다. 이 경우 제1호 또는 제2호가 적용되는 부분은 제3호부터 제5호까지를 적용하지 아니하고, 제5호가 적용되는 부분은 제3호 및 제4호를 적용하지 아니한다.

5. 세금계산서의 필요적 기재사항의 전부 또는 일부가 착오 또는 과실로 적혀 있지 아니하거나 사실과 다른 경우 그 공급가액의 1퍼센트. 다만, 대통령령으로 정하는 바에 따라 거래사실이 확인되는 경우는 제외한다.

③ 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하면 그 공급가액(제1호 및 제2호의 경우에는 그 세금계산서등에 적힌 금액을 말한다)의 2퍼센트를 납부세액에 더하거나 환급세액에서 뺀다.

2. 재화 또는 용역을 공급받지 아니하고 세금계산서등을 발급받은 경우

 (6) 부가가치세법 시행령(2017.2.7. 대통령령 제27838호로 일부개정된 것)

제75조 [세금계산서 등의 필요적 기재사항이 사실과 다르게 적힌 경우 등에 대한 매입세액 공제] 법 제39조 제1항 제2호 단서에서 “대통령령으로 정하는 경우”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

2. 법 제32조에 따라 발급받은 세금계산서의 필요적 기재사항 중 일부가 착오로 사실과 다르게 적혔으나 그 세금계산서에 적힌 나머지 필요적 기재사항 또는 임의적 기재사항으로 보아 거래사실이 확인되는 경우

 (7) 부가가치세법(2017.12.19. 법률 제15223호로 일부개정된 것)

제60조 [가산세] ③ 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 각 호에 따른 금액을 납부세액에 더하거나 환급세액에서 뺀다.

2. 재화 또는 용역을 공급받지 아니하고 세금계산서등을 발급받은 경우 : 그 세금계산서등에 적힌 금액의 3퍼센트

5. 재화 또는 용역을 공급하고 세금계산서등의 공급가액을 과다하게 기재한 경우 : 실제보다 과다하게 기재한 부분에 대한 공급가액의 2퍼센트

6. 재화 또는 용역을 공급받고 제5호가 적용되는 세금계산서등을 발급받은 경우 : 실제보다 과다하게 기재된 부분에 대한 공급가액의 2퍼센트

 (7) 부가가치세법(2019.12.31. 법률 제16845호로 일부개정된 것)

제39조 [공제하지 아니하는 매입세액] ① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

2. 세금계산서 또는 수입세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서 또는 수입세금계산서에 제32조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 “필요적 기재사항”이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액(공급가액이 사실과 다르게 적힌 경우에는 실제 공급가액과 사실과 다르게 적힌 금액의 차액에 해당하는 세액을 말한다). 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

<별지3> 청구인이 제출한 부가서비스 관련 자료

○○○

<별지4> 쟁점PG사의 각종 계약서

① ㈜C-K(OOO) 업무대행계약서(2020.6월)

○○○

 ② B㈜와 ㈜C 간 업무대행계약서(2021.8.12.)

○○○

③ ㈜A-㈜C 간 업무대행계약서(2018.11.12.)

○○○

④ L과 ㈜C 간 업무대행계약서(2019.1.28.)

○○○

<별지5> ㈜G의 홍보자료(발췌)

○○○

<별지6> ㈜D가 작성한 병․의원 세무경영 세미나 자료

○○○

<별지7> 쟁점PG사의 대표이사 등 이 건 관련인들에 대한 심문조서 및 각 진술서의 주요내용

○○○

<별지8> 청구인이 제공받았다는 광고용역 관련 증빙자료

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사실과 다른 세금계산서(결제대행수수료 및 광고대행수수료 명목) 수수 여부 등