1. 사실관계
○ ‘14.1월 경기도 안산시 소재 주택(A주택) 취득하고 준공공임대사업자 등록
○ ‘14.2월 기존 세입자와 기존 임대차계약서 상 잔존기간에 대하여 계약
○ ‘14.9월 동일한 임차인과 임대료 동결하여 갱신계약
○ ‘16.9월 동일한 임차인과 임대료 9.7% 증액 계약
○ ‘18년 이후 2년 단위로 5% 증액 계약
○ ‘24.2월 임대사업자 자동말소 후 26.2월 해당 주택 양도
2. 질의요지
○준공공임대주택으로 등록한 장기일반민간임대주택을 임대하던 중 임대료를 직전 계약 대비 5% 이상 인상한 경우 조특법§97의3의 과세특례가 적용 가능한지 여부
3. 관련 법령
□ 조세특례제한법 제97조의3【장기일반민간임대주택 등에 대한 양도소득세의 과세특례】
① 대통령령으로 정하는 거주자가「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조제2호에 따른 민간건설임대주택으로서 같은 조 제4호 또는 제5호에 따른 공공지원민간임대주택 또는 장기일반민간임대주택을 2027년 12월 31일까지 등록[2020년 7월 11일 이후 장기일반민간임대주택으로 등록 신청한 경우로서 「민간임대주택에 관한 특별법」(법률 제17482호로 개정되기 전의 것을 말한다) 제2조제6호에 따른 단기민간임대주택을 2020년 7월 11일 이후 같은 법 제5조제3항에 따라 공공지원민간임대주택 또는 장기일반민간임대주택으로 변경 신고한 주택은 제외한다]한 후 다음 각 호의 요건을 모두 갖추어 그 주택을 양도하는 경우 대통령령으로 정하는 바에 따라 임대기간 중 발생하는 양도소득에 대해서는「소득세법」 제95조제1항에 따른 장기보유 특별공제액을 계산할 때 같은 조 제2항에도 불구하고 100분의 70의 공제율을 적용한다.
1. 10년 이상 계속하여 임대한 후 양도하는 경우
2. 대통령령으로 정하는 임대보증금 또는 임대료 증액 제한 요건 등을 준수하는 경우
② 제1항에 따른 과세특례는 제97조의4에 따른 장기임대주택에 대한 양도소득세의 과세특례와 중복하여 적용하지 아니한다.
③ 제1항에 따라 과세특례를 적용받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 주택임대에 관한 사항을 신고하고 과세특례 적용의 신청을 하여야 한다.
④ 제1항에 따른 임대주택에 대한 임대기간의 계산과 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
□ 조세특례제한법 시행령 제97조의3【장기일반민간임대주택 등에 대한 양도소득세의 과세특례】
③ 법 제97조의3제1항제2호에서 "대통령령으로 정하는 임대보증금 또는 임대료 증액 제한 요건 등"이란 다음 각 호의 요건을 말한다.
1. 임대보증금 또는 임대료(이하 이 호에서 "임대료등"이라 한다)의 증가율이 100분의 5를 초과하지 않을 것. 이 경우 임대료등 증액 청구는 임대차계약 또는 약정한 임대료등의 증액이 있은 후 1년 이내에는 하지 못하고, 임대사업자가 임대료등의 증액을 청구하면서 임대보증금과 월임대료를 상호 간에 전환하는 경우에는 「민간임대주택에 관한 특별법」제44조제4항에 따라 정한 기준을 준용한다.
2. 「주택법」제2조제6호에 따른 국민주택규모 이하의 주택(해당 주택이 다가구주택일 경우에는 가구당 전용면적을 기준로 한다)일 것
3. 장기일반민간임대주택등의 임대개시일부터 10년 이상 임대할 것
4. 장기일반민간임대주택등 및 이에 부수되는 토지의 기준시가의 합계액이 해당 주택의 임대개시일 당시 6억원(수도권 밖의 지역인 경우에는 3억원)을 초과하지 아니할 것
□ 조세특례제한법 시행령 제97조의3【장기일반민간임대주택 등에 대한 양도소득세의 과세특례】<2020.2.11. 대통령령제30390호로 개정되기 전의 것>
③ 법 제97조의3제1항제2호에서 "대통령령으로 정하는 임대보증금 또는 임대료 증액 제한 요건 등"이란 다음 각 호의 요건을 말한다.
1. 임대보증금 또는 임대료의 연 증가율이 100분의 5를 초과하지 아니할 것
2. 「주택법」제2조제6호에 따른 국민주택규모 이하의 주택(해당 주택이 다가구주택일 경우에는 가구당 전용면적을 기준로 한다)일 것
3. 장기일반민간임대주택등의 임대개시일부터 8년 이상 임대할 것
4. 장기일반민간임대주택등 및 이에 부수되는 토지의 기준시가의 합계액이 해당 주택의 임대개시일 당시 6억원(수도권 밖의 지역인 경우에는 3억원)을 초과하지 아니할 것
□ 민간임대주택에 관한 특별법 제44조【정의】
① 임대사업자가 민간임대주택을 임대하는 경우에 최초 임대료(임대보증금과 월임대료를 포함한다. 이하 같다)는 다음 각 호의 임대료와 같다.
1. 공공지원민간임대주택의 경우: 주거지원대상자 등의 주거안정을 위하여 국토교통부령으로 정하는 기준에 따라 임대사업자가 정하는 임대료
2. 장기일반민간임대주택 및 단기민간임대주택의 경우: 임대사업자가 정하는 임대료. 다만, 제5조에 따른 민간임대주택 등록 당시 존속 중인 임대차계약(이하 "종전임대차계약"이라 한다)이 있는 경우에는 그 종전임대차계약에 따른 임대료
② 임대사업자는 임대기간 동안 임대료의 증액을 청구하는 경우에는 임대료의 5퍼센트의 범위에서 주거비 물가지수, 인근 지역의 임대료 변동률, 임대주택 세대 수 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 증액 비율을 초과하여 청구해서는 아니 된다.
③ 제2항에 따른 임대료 증액 청구는 임대차계약 또는 약정한 임대료의 증액이 있은 후 1년 이내에는 하지 못한다.
④ 임대사업자가 제2항에 따라 임대료의 증액을 청구하면서 임대보증금과 월임대료를 상호 간에 전환하는 경우의 적용기준은 국토교통부령으로 정한다.
□ 민간임대주택에 관한 특별법 제44조【임대료】(2018.8.14. 법률 제15730호로 개정되기 전의 것)
① 민간임대주택의 최초 임대료(임대보증금과 월임대료를 포함한다. 이하 같다)는 임대사업자가 정한다. 다만, 공공지원민간임대주택의 최초 임대료는 국토교통부령으로 정하는 기준에 따라야 한다.
② 임대사업자가 임대의무기간 동안에 임대료의 증액을 청구하는 경우에는 연 5퍼센트의 범위에서 주거비 물가지수, 인근 지역의 임대료 변동률 등을 고려하여야 한다. 다만, 공공지원민간임대주택은 임대의무기간을 넘는 임대기간 동안에 임대료의 증액을 청구하는 경우에도 이를 적용한다.
③ 임대사업자가 제2항에 따라 임대료의 증액을 청구하면서 임대보증금과 월임대료를 상호 간에 전환하는 경우의 적용기준은 국토교통부령으로 정한다.
