1. 사실관계

○1980.10.26. 경기도 소재 농지(이하 “쟁점토지”)를 상속으로 취득함

 -1980년부터 2009년 쟁점토지를 임대하기 전까지 8년 이상 재촌자경한 것으로 전제함

○2009년부터 2026년 토지수용시까지 ○○시에 쟁점토지 임대

 -○○시는 쟁점토지를 준설토 적치장(농지 外)으로 사용

 -토지사용이 완료된 후 농지로 복구한 후 반환하기로 계약서에 명시함

○2026.01월 토지를 ○○시에 임대하는 중 쟁점토지가 수용됨(사업시행자 : 국가철도공단)

 -쟁점토지 취득시부터 수용시까지 공부상 지목은 답으로 되어있음

2. 질의요지

○공부상 지목인 농지(답)를 ○○시에 준설토 적치장으로 임대하고 있는 중에 국가에 수용된 경우

 -임대차계약 시점에 농지였음을 사유로 자경농지에 대한 감면을 적용받을 수 있는지 여부

3. 관련 법령

□조세특례제한법 제69조 【자경농지에 대한 양도소득세의 감면】

①농지 소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자가 8년 이상[대통령령으로 정하는 경영이양 직접지불보조금의 지급대상이 되는 농지를 ｢한국농어촌공사 및 농지관리기금법｣에 따른 한국농어촌공사 또는 농업을 주업으로 하는 법인으로서 대통령령으로 정하는 법인(이하 이 조에서 “농업법인”이라 한다)에 2026년 12월 31일까지 양도하는 경우에는 3년 이상] 대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작한 토지 중 대통령령으로 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 해당 토지가 주거지역등에 편입되거나 ｢도시개발법｣ 또는 그 밖의 법률에 따라 환지처분 전에 농지 외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 경우에는 주거지역등에 편입되거나, 환지예정지 지정을 받은 날까지 발생한 소득으로서 대통령령으로 정하는 소득에 대해서만 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다.

②농업법인이 해당 토지를 취득한 날부터 3년 이내에 그 토지를 양도하거나 대통령령으로 정하는 사유가 발생한 경우에는 그 법인이 그 사유가 발생한 과세연도의 과세표준신고를 할 때 제1항에 따라 감면된 세액에 상당하는 금액을 법인세로 납부하여야 한다.

③제1항을 적용받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 감면신청을 하여야 한다.

□조세특례제한법 시행령 제66조 【자경농지에 대한 양도소득세의 감면】

④법 제69조제1항 본문에서 “대통령령으로 정하는 토지”란 취득한 때부터 양도할 때까지의 사이에 8년(제3항의 규정에 따른 농지이양은퇴보조금의 지급대상이 되는 농지를 한국농어촌공사 또는 제2항의 규정에 의한 법인에게 양도하는 경우에는 3년) 이상 자기가 경작한 사실이 있는 농지로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 제외한 것을

⑤제4항의 규정을 적용받는 농지는 ｢소득세법 시행령｣제162조(양도 또는 취득시기)에 따른 양도일 현재의 농지를 기준으로 한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 다음 각 호의 구분에 따른 기준에 따른다.

 1.양도일 이전에 매매계약조건에 따라 매수자가 형질변경, 건축착공 등을 한 경우: 매매계약일 현재의 농지 기준

 2.환지처분 전에 해당 농지가 농지 외의 토지로 환지예정지 지정이 되고 그 환지예정지 지정일부터 3년이 경과하기 전의 토지로서 토지조성공사의 시행으로 경작을 못하게 된 경우: 토지조성공사 착수일 현재의 농지 기준

 3.｢광산피해의 방지 및 복구에 관한 법률｣, 지방자치단체의 조례 및 지방자치단체의 예산에 따라 광산피해를 방지하기 위하여 휴경하고 있는 경우: 휴경계약일 현재의 농지 기준

□조세특례제한법 시행규칙 제27조 【농지의 범위등】

①영 제66조제4항 및 제67조제3항의 규정에 의한 농지는 전ㆍ답으로서 지적공부상의 지목에 관계없이 실지로 경작에 사용되는 토지로 하며, 농지경영에 직접 필요한 농막ㆍ퇴비사ㆍ양수장ㆍ지소ㆍ농도ㆍ수로 등을 포함하는 것으로 한다.