1. 사실관계

○ ’08. 01. A주택 취득

○ ’18. 12. 주택재개발 사업시행계획 인가

○ ’19. 12. 정비사업 조합에 A주택에 대하여 수용재결 신청을 할 것을 청구

○ ’20. 04. B주택 취득

○ ’21. 04. A주택 관리처분계획 인가

○ ’23. 09. 정비사업조합이 수용재결 신청

○ ’24. 05. 토지수용위원회 재결

○ ’24. 09. A주택 수용

2. 질의내용

○ 토지등소유자가 사업시행자인 주택재개발정비사업조합을 상대로 종전주택의 수용재결 신청을 청구하였으나 조합원입주권 외 1주택을 취득한 날로부터 3년이 지난 후에 재개발 정비사업조합의 수용재결 신청이 있는 경우 소득령§155⑱에 따른 비과세 양도기한의 제한을 받지 않는 사유에 해당하는지 여부

3. 관련법령 및 관련사례

□ 소득세법 제89조 【비과세 양도소득】

① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 "양도소득세”라 한다)를 과세하지 아니한다.

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(주택 및 이에 딸린 토지의 양도 당시 실지거래가액의 합계액이 12억원을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 "주택부수토지”라 한다)의 양도로 발생하는 소득

 가. 1세대가 1주택을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 주택

 나. 1세대가 1주택을 양도하기 전에 다른 주택을 대체취득하거나 상속, 동거봉양, 혼인 등으로 인하여 2주택 이상을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 주택

4. 조합원입주권을 1개 보유한 1세대[「도시 및 주거환경정비법」제74조에 따른 관리처분계획의 인가일 및 「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」제29조에 따른 사업시행계획인가일(인가일 전에 기존주택이 철거되는 때에는 기존주택의 철거일) 현재 제3호가목에 해당하는 기존주택을 소유하는 세대]가 다음 각 목의 어느 하나의 요건을 충족하여 양도하는 경우 해당 조합원입주권을 양도하여 발생하는 소득. 다만, 해당 조합원입주권의 양도 당시 실지거래가액이 12억원을 초과하는 경우에는 양도소득세를 과세한다.

 가. 양도일 현재 다른 주택 또는 분양권을 보유하지 아니할 것

 나. 양도일 현재 1조합원입주권 외에 1주택을 보유한 경우(분양권을 보유하지 아니하는 경우로 한정한다)로서 해당 1주택을 취득한 날부터 3년 이내에 해당 조합원입주권을 양도할 것(3년 이내에 양도하지 못하는 경우로서 대통령령으로 정하는 사유에 해당하는 경우를 포함한다)

□ 소득세법 시행령 제155조 【1세대1주택의 특례】

⑱ 법 제89조제1항제4호나목에서 "대통령령으로 정하는 사유”란 다른 주택을 취득한 날부터 3년이 되는 날 현재 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 「한국자산관리공사 설립 등에 관한 법률」에 따른 한국자산관리공사에 매각을 의뢰한 경우

2. 법원에 경매를 신청한 경우

3. 「국세징수법」에 따른 공매가 진행 중인 경우

4. 재개발사업, 재건축사업 또는 소규모재건축사업등의 시행으로 「도시 및 주거환경정비법」제73조 또는 「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」제36조에 따라 현금으로 청산을 받아야 하는 토지등소유자가 사업시행자를 상대로 제기한 현금청산금 지급을 구하는 소송절차가 진행 중인 경우 또는 소송절차는 종료되었으나 해당 청산금을 지급받지 못한 경우

5. 재개발사업, 재건축사업 또는 소규모재건축사업등의 시행으로 「도시 및 주거환경정비법」제73조 또는 「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」제36조에 따라 사업시행자가 「도시 및 주거환경정비법」제2조제9호 또는 「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」제2조제6호에 따른 토지등소유자(이하 이 호에서 "토지등소유자”라 한다)를 상대로 신청ㆍ제기한 수용재결 또는 매도청구소송 절차가 진행 중인 경우 또는 재결이나 소송절차는 종료되었으나 토지등소유자가 해당 매도대금 등을 지급받지 못한 경우

□ 소득세법 시행규칙 제72조 【1세대1주택의 특례】

③ 영 제155조제18항을 적용받으려는 자는 다음 각 호의 어느 하나의 서류를 제출해야 한다.

1. 매각의뢰를 신청한 경우에는 부동산매각의뢰신청서접수증

2. 법원에 경매를 신청한 경우에는 그 사실을 입증하는 서류

3. 법원에 현금청산금 지급소송을 제기한 경우에는 소제기일을 확인할 수 있는 서류 등 해당 사실을 입증하는 서류

4. 법원에 매도청구소송이 제기된 경우에는 소제기일을 확인할 수 있는 서류 등 해당 사실을 입증하는 서류

5. 관할 토지수용위원회에 수용재결이 신청된 경우에는 신청일을 확인할 수 있는 서류 등 해당 사실을 입증하는 서류

□ 도시 및 주거환경정비법 제2조 【정의】

이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

9. "토지등소유자”란 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 자를 말한다. 다만, 제27조제1항에 따라 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」제8조제7항에 따른 신탁업자(이하 "신탁업자”라 한다)가 사업시행자로 지정된 경우 토지등소유자가 정비사업을 목적으로 신탁업자에게 신탁한 토지 또는 건축물에 대하여는 위탁자를 토지등소유자로 본다.

 가. 주거환경개선사업 및 재개발사업의 경우에는 정비구역에 위치한 토지 또는 건축물의 소유자 또는 그 지상권자

 나. 재건축사업의 경우에는 정비구역에 위치한 건축물 및 그 부속토지의 소유자

□ 도시 및 주거환경정비법 제63조 【토지 등의 수용 또는 사용】

사업시행자는 정비구역에서 정비사업(재건축사업의 경우에는 제26조제1항제1호 및 제27조제1항제1호에 해당하는 사업으로 한정한다)을 시행하기 위하여 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」제3조에 따른 토지ㆍ물건 또는 그 밖의 권리를 취득하거나 사용할 수 있다.

□ 도시 및 주거환경정비법 제65조 【「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」의 준용】

① 정비구역에서 정비사업의 시행을 위한 토지 또는 건축물의 소유권과 그 밖의 권리에 대한 수용 또는 사용은 이 법에 규정된 사항을 제외하고는 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」을 준용한다. 다만, 정비사업의 시행에 따른 손실보상의 기준 및 절차는 대통령령으로 정할 수 있다.

② 제1항에 따라 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」을 준용하는 경우 사업시행계획인가 고시(시장ㆍ군수등이 직접 정비사업을 시행하는 경우에는 제50조제9항에 따른 사업시행계획서의 고시를 말한다. 이하 이 조에서 같다)가 있은 때에는 같은 법 제20조제1항 및 제22조제1항에 따른 사업인정 및 그 고시가 있은 것으로 본다.

③ 제1항에 따른 수용 또는 사용에 대한 재결의 신청은 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」제23조 및 같은 법 제28조제1항에도 불구하고 사업시행계획인가(사업시행계획변경인가를 포함한다)를 할 때 정한 사업시행기간 이내에 하여야 한다.

④ 대지 또는 건축물을 현물보상하는 경우에는 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」제42조에도 불구하고 제83조에 따른 준공인가 이후에도 할 수 있다.

□ 도시 및 주거환경정비법 제73조 【분양신청을 하지 아니한 자 등에 대한 조치】

① 사업시행자는 관리처분계획이 인가ㆍ고시된 다음 날부터 90일 이내에 다음 각 호에서 정하는 자와 토지, 건축물 또는 그 밖의 권리의 손실보상에 관한 협의를 하여야 한다. 다만, 사업시행자는 분양신청기간 종료일의 다음 날부터 협의를 시작할 수 있다.

1. 분양신청을 하지 아니한 자

2. 분양신청기간 종료 이전에 분양신청을 철회한 자

3. 제72조제6항 본문에 따라 분양신청을 할 수 없는 자

4. 제74조에 따라 인가된 관리처분계획에 따라 분양대상에서 제외된 자

② 사업시행자는 제1항에 따른 협의가 성립되지 아니하면 그 기간의 만료일 다음 날부터 60일 이내에 수용재결을 신청하거나 매도청구소송을 제기하여야 한다.

③ 사업시행자는 제2항에 따른 기간을 넘겨서 수용재결을 신청하거나 매도청구소송을 제기한 경우에는 해당 토지등소유자에게 지연일수(遲延日數)에 따른 이자를 지급하여야 한다. 이 경우 이자는 100분의 15 이하의 범위에서 대통령령으로 정하는 이율을 적용하여 산정한다.

□ 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률 제28조 【재결의 신청】

① 제26조에 따른 협의가 성립되지 아니하거나 협의를 할 수 없을 때(제26조제2항 단서에 따른 협의 요구가 없을 때를 포함한다)에는 사업시행자는 사업인정고시가 된 날부터 1년 이내에 대통령령으로 정하는 바에 따라 관할 토지수용위원회에 재결을 신청할 수 있다.

② 제1항에 따라 재결을 신청하는 자는 국토교통부령으로 정하는 바에 따라 수수료를 내야 한다.

□ 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률 제30조 【재결 신청의 청구】

① 사업인정고시가 된 후 협의가 성립되지 아니하였을 때에는 토지소유자와 관계인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 서면으로 사업시행자에게 재결을 신청할 것을 청구할 수 있다.

② 사업시행자는 제1항에 따른 청구를 받았을 때에는 그 청구를 받은 날부터 60일 이내에 대통령령으로 정하는 바에 따라 관할 토지수용위원회에 재결을 신청하여야 한다. 이 경우 수수료에 관하여는 제28조제2항을 준용한다.

③ 사업시행자가 제2항에 따른 기간을 넘겨서 재결을 신청하였을 때에는 그 지연된 기간에 대하여 「소송촉진 등에 관한 특례법」제3조에 따른 법정이율을 적용하여 산정한 금액을 관할 토지수용위원회에서 재결한 보상금에 가산(加算)하여 지급하여야 한다.

□ 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률 시행령 제14조 【재결 신청의 청구 등】

① 토지소유자 및 관계인은 법 제30조제1항에 따라 재결 신청을 청구하려는 경우에는 제8조제1항제1호에 따른 협의기간이 지난 후 국토교통부령으로 정하는 바에 따라 다음 각 호의 사항을 적은 재결신청청구서를 사업시행자에게 제출하여야 한다.

1. 사업시행자의 성명 또는 명칭

2. 공익사업의 종류 및 명칭

3. 토지소유자 및 관계인의 성명 또는 명칭 및 주소

4. 대상 토지의 소재지ㆍ지번ㆍ지목 및 면적과 토지에 있는 물건의 종류ㆍ구조 및 수량

5. 협의가 성립되지 아니한 사유

② 법 제30조제3항에 따라 가산하여 지급하여야 하는 금액은 관할 토지수용위원회가 재결서에 적어야 하며, 사업시행자는 수용 또는 사용의 개시일까지 보상금과 함께 이를 지급하여야 한다.