대 전 지 방 법 원

제 3 행 정 부

판 결

사 건 2024구합203197 부가가치세부과처분취소

원 고 1. A

             2. B

피 고 C세무서장

변 론 종 결 2025. 4. 17.

판 결 선 고 2025. 6. 26.

주 문

1. 원고들의 청구를 모두 기각한다.

2. 소송비용은 원고들이 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2023. 7. 19. 원고들을 주식회사 D(이하 ‘이 사건 법인’이라 한다)의 제2차 납세의무자로 지정하여 ① 원고 A에 대하여 한 2021년 제2기분 부가가치세 1,079,140원과 납부지연가산세 145,380원의, 2022년 제1기분 부가가치세 446,420원과 납부지연가산세 38,020원의, 2022년 제2기분 부가가치세 757,300원과 납부지연가산세 32,140원의, 2023년 제1기분 부가가치세 345,600원과 납부지연가산세 13,300원의, ② 원고 B에 대하여 한 2021년 제2기분 부가가치세 5,395,730원과 납부지연가산세 769,490원의, 2022년 제1기분 부가가치세 48,300원과 납부지연가산세 1,430원의, 2022년 제1기분 부가가치세 2,232,150원과 납부지연가산세 212,270원의, 2022년 제2기분 부가가치세 3,786,510원과 납부지연가산세 183,500원의, 2023년 제1기분 부가가치세 1,728,000원과 납부지연가산세 78,820원의 각 납부통지 및 납부부과처분은 모두 무효임을 확인한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 이 사건 법인은 자본금을 1억 원(발행주식 2만 주)으로 하는 법인으로 망 E(2023. 3. 31. 사망, 이하 ‘망인’이라 한다)이 2018년에 배우자인 원고 A를 대표자로 하여 설립하여 운영하였고, 망인의 모인 원고 B은 이 사건 법인이 발행한 주식 중 2,000주를 보유한 주주이며, 원고 A는 이 사건 법인이 발행한 주식 10,000주를 보유한 주주이다.

나. 이 사건 법인은 2021년 제2기부터 2023년 제1기까지 귀속 부가가치세를 체납하였고, 피고는 원고들이 이 사건 법인의 과점주주로서 제2차 납세의무자에 해당하는 것으로 보아 2023. 7. 19. 이 사건 법인의 체납세액에 관하여 원고들을 제2차 납세의무자로 각 지정하면서 원고들에 대하여 아래 표 기재와 같이 납부통지를 하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 3호증, 을 제1 내지 5호증(가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 주장 및 판단

가. 원고들의 주장

망인이 원고들의 동의 없이 이 사건 법인의 주주명부에 원고들을 주주로 등재한 것으로, 원고들은 이 사건 주식의 형식주주에 불과하고 실질주주는 망인이라고 보아야 한다. 원고들은 이 사건 법인의 경영에 참여하는 등 그 법인의 운영을 지배할 수 있는 지위에 있지도 아니하였다. 원고들이 이 사건 주식의 실질주주이자 이 사건 법인의 과점주주라는 전제에서 원고들을 제2차 납세의무자로 지정한 이 사건 처분에는 중대‧명백한 하자가 있다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 이 사건 처분에 중대‧명백한 하자가 있는지 여부

1) 관련 법리

가) 2020. 12. 22. 법률 제17650호로 개정되기 전의 국세기본법 제39조 제2호 및 국세기본법 시행령 제20조가 법인의 발행주식 총수의 50%를 초과한 주식에 관한 권리를 실질적으로 행사하는 주주집단의 일원을 과점주주라고 하여서 그에 대하여 법인의 체납국세에 대한 제2차 납세의무를 지우는 것은, 그 소유주식수에 따라 주주총회에서의 의결권의 행사 등을 통하여 회사경영을 사실상 지배할 가능성이 있는 지위에 있다고 보기 때문이므로, 위 규정에서 말하는 50%를 초과한 주식에 관한 권리 행사는 반드시 현실적으로 주주권을 행사할 것을 요구하는 것은 아니고, 국세의 납세의무 성립일 현재 소유하고 있는 주식에 관하여 주주권을 행사할 수 있는 지위에 있으면 족하며(대법원 2004. 10. 15. 선고 2003두8418 판결), 2020. 12. 22. 법률 제17650호로 개정되어 2021. 1. 1. 시행된 개정 국세기본법 제39조 제2호에서 말하는 ‘법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사’하는 경우도 마찬가지로 법인 경영에 지배적인 영향력을 행사할 수 있는 지위에 있으면 족하다고 봄이 상당하다. 한편 국세기본법 제39조 제2호 소정의 과점주주에 해당하는지 여부는 과반수 주식의 소유집단의 일원인지 여부에 의하여 판단하여야 하고, 구체적으로 회사경영에 관여한 사실이 없다고 하더라도 그것만으로 과점주주가 아니라고 판단할 수 없으며, 주식의 소유사실은 과세관청이 주주명부나 주식이동상황명세서 또는 법인등기부등본 등 자료에 의하여 이를 입증하면 되고, 다만 위 자료에 비추어 일견 주주로 보이는 경우에도 실은 주주명의를 도용당하였거나 실질소유주의 명의가 아닌 차명으로 등재되었다는 등의 사정이 있는 경우에는 단지 그 명의만으로 주주에 해당한다고 볼 수는 없으나 이는 주주가 아님을 주장하는 그 명의자가 입증하여야 한다(대법원 2004. 7. 9. 선고 2003두1615 판결 참조). 나) 과세처분이 당연무효라고 하기 위하여는 그 처분에 위법사유가 있다는 것만으로는 부족하고, 그 하자가 중요한 법규에 위반한 것이고, 객관적으로 명백한 것이어야 하며, 하자가 중대하고도 명백한 것인가의 여부를 판별하는 데에는 그 과세처분의 근거가 되는 법규의 목적, 의미, 기능 등을 목적론적으로 고찰함과 동시에 구체적 사안 자체의 특수성에 관하여도 합리적으로 고찰할 필요가 있는 것인바, 이러한 관점에서 볼 때 과세대상이 되는 법률관계나 사실관계가 전혀 없는 사람에게 한 과세처분은 그 하자가 중대하고도 명백하나, 과세대상이 되지 아니하는 어떤 법률관계나 사실관계에 대하여 이를 과세대상이 되는 것으로 오인할 만한 객관적인 사정이 있어 그것이 과세대상이 되는지의 여부가 그 사실관계를 정확히 조사하여야 비로소 밝혀질 수 있는 경우라면, 그 하자가 중대한 경우라도 외관상 명백하다고는 할 수 없으므로 이처럼 과세요건 사실을 오인한 과세처분을 당연무효라고는 할 수 없고, 또한 그러한 하자들이 취소사유에 불과한 이상, 이들 하자가 경합된다 하더라도 달리 볼 것은 아니다. 과세처분의 조사결정절차에 단순한 과세대상의 오인, 조사방법의 잘못된 선택, 세액산출의 잘못 등의 위법이 있음에 그치는 경우에는 취소사유로 될 뿐이다(대법원 1998. 6. 26. 선고 96누12634 판결 참조). 과세처분의 당연무효 확인을 구하는 소송에 있어서는 그 무효확인을 구하는 원고들에게 그 과세처분에 존재하는 하자가 중대하고 명백하다는 것을 주장‧입증할 책임이 있다.

2) 판단

앞서 인정한 사실에 앞서 든 증거 및 을 제6, 7호증의 각 기재를 더하여 알 수 있는 다음 사정에 비추어 보면, 원고들이 제출한 증거만으로는 원고들이 이 사건 법인의 과점주주에 해당한다고 보아 원고들을 제2차 납세의무자로 지정한 이 사건 처분에 어떠한 중대‧명백한 하자가 있다고 인정하기 부족하고, 달리 이를 인정할 증거가 없다.

① 이 사건 법인이 신고하여 국세청 전산자료에 등재된 주주명부에 의하면 원고들은 2020년 사업연도 이전부터 50%(원고 A)와 10%(원고 B)의 주주로서 2020년 사업연도에 유상증자된 주식을 포함하여 이 사건 처분일까지 50%와 10%에 해당하는 이 사건 주식을 계속하여 보유하고 있었고, 위 기간 중 이 사건 법인이 이 사건 주식의 변동상황에 대한 수정신고 등을 하였다고 볼 만한 자료가 없다.

② 위와 같이 친족관계에 있는 원고들 명의의 이 사건 주식 지분을 모두 합하면 지분율이 합계 60%에 이르고, 이 사건 법인이 2018년(원고 B은 2019년)부터 2022년까지 원고들에게 급여를 지급하였음을 전제로 근로소득세를 원천징수하여 납부하였고, 50%의 주식을 보유한 원고 A는 이 사건 법인의 대표자로 등재되어 있으므로, 과세관청으로서는 원고들이 이 사건 주식의 실질주주로서 이 사건 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하는 구 국세기본법(2024. 12. 31. 법률 제20611호로 개정되기 전의 것) 제39조 제2호가 정한 과점주주라고 판단할 만한 객관적인 사정이 존재한다.

③ 이에 대하여 원고들은, 원고 B에 대한 급여 지급은 서류상으로만 이루어졌을 뿐 원고 B 명의의 계좌에 급여가 실제로 입금된 적 없고, 원고 A 명의의 계좌에 급여가 입금되기는 하였으나 망인이 위 계좌를 관리하면서 위 급여를 이 사건 법인 또는 망인 명의의 계좌로 임의로 다시 이체하였다고 주장한다. 그러나 이는 과세관청이 그 사실관계를 정확히 조사하여야 비로소 밝혀질 수 있는 사정이므로, 설령 원고들 주장대로 원고들에게 실질적으로 급여가 지급되지 않았다고 하더라도 그러한 사정만으로는 망인이 이 사건 주식의 실질주주이고 원고들은 형식주주에 불과하여 이 사건 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사할 수 있는 지위에 있지 않다는 점이 외관상 명백하다거나 과세관청이 과세요건을 오인한 것에 중대‧명백한 하자가 있다고 보기 어렵다.

3. 결론

원고들의 청구는 이유 없으므로 이를 모두 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.