대 전 지 방 법 원

제 1 행 정 부

판 결

사 건 2024구합200594 양도소득세부과처분취소

원 고 A

피 고 B세무서장

변 론 종 결 2025. 8. 13.

판 결 선 고 2025. 9. 24.

주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2022. 11. 22. 원고에 대하여 한 양도소득세 부과처분 185,319,589원을 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 2009. 12. 30. 서울 동작구 ○○동 ○○ 토지(이하 ‘이 사건 토지’라 한다)를 취득하고 2010. 3. 5. 위 토지 지상에 주용도를 ‘제2종 근린생활시설(소매점, 고시원)’로 하는 건축허가를 받아 5층 건물(이하 ‘이 사건 건물’이라 하고, 이 사건 토지와 함께 ‘이 사건 부동산’이라 한다)을 신축한 후 2010. 11. 18. 위 건물에 대한 소유권보존등기(지분 5분의 4)를 마쳤다.

나. 원고는 2021. 9. 2. 이 사건 부동산을 ○○억 원에 양도(이하 ‘이 사건 양도’라 한다)한 후 이 사건 건물 전체를 근린생활시설로 보아 2021. 11. 30. 2021년 귀속 양도소득세 646,345,730원을 신고·납부하였다.

다. 피고는 이 사건 건물 중 2층 내지 5층의 총 56개 호실(층별 14개 호실, 이하 ‘이 사건 각 호실’이라 한다)이 공부상 용도인 근린생활시설(고시원)과는 달리 주거용인 원룸형 주택으로 사용된 것으로 보아 위 각 호실을 1주택으로 산정하여 2022. 11. 22. 원고에게 양도소득세 682,855,040원을 경정·고지하였다.

라. 원고는 이에 불복하여 이의신청을 거쳐 2023. 6. 14. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2023. 10. 31. 이를 기각하였다.

마. 한편 피고는 2024. 5. 30. 위 2022. 11. 22.자 부과처분 중 497,535,451원을 감액경정하고 원고에게 환급가산금을 가산한 금액을 환급하였다(이하 위 2022. 11. 22.자 682,855,040원의 부과처분 중 497,535,451원이 감액경정 되고 남은 185,319,589원 부분을 ‘이 사건 처분’이라 한다).

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 5 내지 7, 10 내지 13호증, 을 제1, 3호증의 각 기재

2. 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장 요지

양도소득세를 부과하는 경우 양도한 시점을 기준으로 판단하여야 하는데, 이 사건 양도 이전에 이 사건 각 호실 일부에 설치되어 있던 취사시설을 모두 철거하였으므로 이 사건 각 호실이 주택에 해당한다고 할 수 없다. 또한 이 사건 건물은 처음부터 고시원으로 사용되기 위한 구조로 신축되어 이 사건 각 호실은 3평 내지 4평 정도의 협소한 규모로 독립된 출입문 등을 구비하지 않아 다중이 단기간 생활하기 위해 적합한 시설에 불과할 뿐 세대 구성원이 장기간 독립된 주거생활을 영위하기에 적절하지 않은 구조이다. 원고는 이 사건 각 호실이 고시원에 해당한다는 인식 아래 사업자등록, 광고 및 부가가치세 납부 등을 하였으므로 원고의 사용 목적 또한 이 사건 각 호실을 고시원으로 사용하는 것이었다. 따라서 이 사건 각 호실을 각 1주택으로 산정하여 한 이 사건 처분은 위법하다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

1) 관련 법리

어떤 건물이 소득세법에서 정한 ‘주택’에 해당하는지 여부는 건물공부상의 용도 구분에 관계없이 실제 용도가 사실상 주거에 공하는 건물인가에 의하여 판단하여야 한다[구 소득세법(2023. 12. 31. 법률 제19933호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘소득세법’이라 한다) 제88조 제7호]. 구 소득세법 및 같은 법 시행령 등에 정한 ‘주택’에 해당하는지 여부는 건물공부상의 용도구분에 관계없이 실제 용도가 사실상 주거에 공하는 건물인가에 의하여 판단하여야 하고, 일시적으로 주거가 아닌 다른 용도로 사용되고 있다고 하더라도 그 구조·기능이나 시설 등이 본래 주거용으로서 주거용에 적합한 상태에 있고 주거기능이 그대로 유지·관리되고 있어 언제든지 본인이나 제3자가 주택으로 사용할 수 있는 건물의 경우에는 이를 주택으로 보아야 할 것이다(대법원 2006. 10. 26. 선고 2005두4304 판결 등 참조). 조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세요건, 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법규의 문언대로 해석할 것이며, 합리적 이유 없이 이를 확장하거나 유추하여 해석하는 것은 허용할 수 없고, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격히 해석함이 조세공평의 원칙에도 부합한다(대법원 2004. 5. 28. 선고 2003두7392 판결 등 참조). 또한 과세처분 취소소송에서 비과세요건이나 감면요건, 공제요건 등에 대한 증명책임은 원칙적으로 납세의무자에게 있다(대법원 2000. 7. 7. 선고 98두16095 판결, 대법원 2008. 10. 23. 선고 2008두7830 판결 등 참조).

2) 구체적 판단

앞서 인정한 사실과 앞서 든 증거들, 갑 제3, 4, 9, 14 내지 23호증(가지번호 포함), 을 제2, 4 내지 6호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하여 알 수 있는 아래의 사실 내지 사정들을 종합하여 보면, 이 사건 각 호실은 소득세법상 주택에 해당하고, 원고가 제출한 증거들만으로는 이 사건 각 호실이 주택이 아닌 근린생활시설인 고시원에 해당한다고 인정하기에 부족하며 달리 이를 인정할 만한 증거가 없다. 원고의 주장은 받아들이지 않는다.

가) ‘고시원업’은 ‘구획된 실 안에 학습자가 공부할 수 있는 시설을 갖추고 숙박 또는 숙식을 제공하는 형태의 영업’으로서(다중이용업소의 안전관리에 관한 특별법 시행령 제2조 제7호의2), 각 실별 취사시설 및 욕조를 설치하지 말아야 하고, 시설 내 공용시설(세탁실, 휴게실, 취사시설 등)을 설치하도록 규정하고 있다(건축법 시행령 제3조의5 [별표 1], 국토교통부고시 다중생활시설 건축기준 제2조).

그런데 이 사건 건물에는 공용시설로서 세탁실, 취사시설 등이 설치되어 있지 않고, 오히려 이 사건 각 호실에 개별적으로 세탁기, 싱크대, 인덕션, 냉장고 등과 화장실을 갖추고 있었다[원고는 서울 동작구청장의 위반건축물 표기 및 시정명령에 따라 이 사건 양도 전인 2019. 2. 20.경에 이 사건 각 호실에 구비된 취사시설을 모두 철거하였다고 주장하나, ① 이 사건 양도의 매매계약서(갑 제10호증, 을 제3호증)에 따르면 매매목적물에 ‘세탁기, 냉장고, 싱크대, 인덕션’ 등도 포함되어 있고, 이 사건 각 호실에 대한 임대차계약서 등에도 임대인이 ‘냉장고, 드럼세탁기, 인덕션, 전자렌지’ 등을 제공하는 것으로 기재되어 있는 점, ② 원고는 2012. 1.경 일반건축물대장에 개별취사시설 설치를 이유로 위반건축물로 표기되었다가 2012. 6.경 위 위반건축물 표기가 해제되었고, 2012. 9.경 다시 개별취사시설 설치를 이유로 위반건축물로 표기되기도 했던 점, ③ 원고는 2018. 1.경 일반건축물대장에 취사시설 설치를 이유로 위반건축물로 표기되었다가 2019. 2.경 위반건축물 표기 해제를 받기도 하였는데, 원고가 제출한 ‘싱크대 철거’사진들(갑 제23호증의 1 내지 56)은 이 사건 각 호실 내부에서 일시적으로 싱크대를 분리하여 놓은 사진들로 보이는데 이는 위와 같이 위반건축물 표기 해제를 받기 위해 임시로 싱크대 등을 이 사건 각 호실 밖으로 옮겨 놓을 경우에도 가능한 사진들이어서 위 사진들만으로는 철거하였다고 인정하기 어려운 점 등에 비추어 보면, 이 사건 각 호실은 이 사건 양도 당시 전후로 계속하여 인덕션, 전자렌지, 싱크대 등의 취사시설을 갖추고 있었다고 봄이 상당하고, 원고가 제출한 증거들만으로는 이 사건 각 호실에 취사시설을 철거하였다거나 그 철거로 인하여 이후 이 사건 각 호실에 취사시설이 구비되어 있지 않다고 인정하기 어렵다.

따라서 이 사건 건물 및 이 사건 각 호실은 앞서 본 법령에서 정한 고시원의 시설기준에 부합하지 않는다.

나) 위와 같이 이 사건 각 호실은 개별적으로 인덕션, 싱크대 등 취사시설을 갖추고 있고, 세탁기도 별도로 구비하고 있는바, 이 사건 각 호실의 임차인이 다른 호실의 임차인과 독립하여 주거생활을 할 수 있는 구조를 갖추고 있었다. 나아가 이 사건 각 호실의 임차인은 각 호실별로 설치된 전기계량기를 통해 그 사용량에 따라 전기세를 개별적으로 부담하였고, 일반적인 고시원과 달리 이 사건 각 호실마다 수도, 인터넷, 케이블, 도시가스 포함 등의 관리비로 8만 원을 부담하였다.

다) 이 사건 각 호실의 임차인들은 2019년부터 2021년까지 사이 임대인에게

300만 원 내지 500만 원의 보증금을 지급하였고, 각자 개별적으로 전입신고를 하여 거주하였으며, 일부 임차인들은 확정일자를 부여받기도 하였다. 이와 같이 임차인들은 주택임대차보호법이 정한 절차와 양식에 따라 이 사건 각 호실을 임차하였던 것으로 보인다.

라) 피고가 이전에 원고가 이 사건 건물에서 고시원업을 운영하는 것으로 보아 부가가치세 납부를 받았다고 하더라도, 이는 과세관청이 이 사건 건물의 실체를 파악하지 못한 데 따른 것으로 보이는바, 이전에 이 사건 건물이 고시원에 해당함을 전제로 부가가치세가 부과되었다는 사정만으로 양도소득세의 부과에 있어 이 사건 각 호실을 고시원으로 보아야 한다고 볼 수 없고, 그 실제 용도가 사실상 주거에 공하여지고 있는 것으로 보이는 이상 이 사건 각 호실을 주택으로 봄이 타당하다.

3. 결론

원고의 청구는 이유 없으므로 기각한다.