1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

피고가 2023. 11. 7. 원고에 대하여 한 2020년도 귀속 양도소득세 307,689,810원 부과처분을 취소한다.

1. 처분의 경위

 가. 원고는 ‘□□시 □□면 □□로 □□□□-□□ 공장용지 1,837㎡ 및 건물 785.56㎡(이하 ’이 사건 부동산‘이라 함)’에서 ‘BBBB’ 상호로 제조업을 영위하다가 2020. 9. 24. 법인 전환을 위해 ‘CCCC 주식회사(이하 ’전환법인‘이라 함)’와 사업포괄양수도 계약을 체결하였다(이하 ‘이 사건 양도’라 한다).

 나. 원고는 2020. 9. 24. 이 사건 양도에 따라 사업용 고정자산인 이 사건 부동산을 전환법인에 포괄 양도한 후, 전환법인의 자본금 5천만 원이 소멸하는 BBBB의 순자산가액 33,987,139원 이상에 해당한다고 보아, 「조세특례제한법」 제32조 및 같은 법 시행령 제29조에 따라 법인전환에 대한 양도소득세 이월과세를 적용하여 2020. 10. 30. 2020년 귀속 양도소득세를 신고하였다. 다시 원고는 이 사건 부동산과 함께 양도한 영업권을 기타소득으로 보아 총수입금액을 4억 원으로 하여 2021. 6. 22. 2020년 귀속 종합소득세를 신고하였으나, 이후 양도소득으로 보아 이 사건 영업권의 양도가액을 398,339,701원으로 하여 2023. 7. 27. 양도소득세를 수정신고 하였다.

 다. 한편 원고는 이 사건 양도일인 2020. 9. 24. 금융기관으로부터 2억 5,000만 원을 대출받아 이를 부채로 계상하였는데, 피고는 2023. 7. 17.부터 2023. 8. 5.까지 원고에 대한 양도소득세 조사를 실시한 결과 위 대출금을 사업과 직접 관련 없는 부채로 보고 이를 순자산가액에서 제외하면 전환법인의 자본금 5천만원이 이 소멸 사업장인 BBBB의 순자산가액 283,987,000에 미달하여 이월과세 요건을 충족하지 않는다고 판단하였고, 이월과세 적용을 배제하여 2023. 11. 7. 원고에게 2020년 귀속 양도소득세 307,689,810원을 처분하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).

 라. 원고는 2024. 1. 15. 조세심판원에 이 사건 처분의 취소를 구하는 심판을 청구하였고, 2024. 5. 20. 기각재결을 받고, 2024. 8. 12. 이 사건 소를 제기하였다.

[인정근거] 갑 제1 내지 7호증의 각 기재, 을 제1 내지 4호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

 가. 원고의 주장

법인으로 전환하는 사업장의 순자산가액이란 기존사업장의 순자산가액이 아니라 사업양수도 대상에 포함된 것의 순자산가액이므로, 이 사건 차입금을 전환법인에게 이전하였기에, 이 사건 차입금을 제외하여 순자산가액을 계산해서는 아니된다.

주식회사 CCCC 설립 직전에 차입금을 인출함으로써 소멸하는 사업장의 부채와 자산 구성이 일부 변경되었다고 하더라도 원고에게 양도되는 영업이 유기적 일체로서의 동일성, 동질성이 유지되고 있어 위 전환법인에게 사업에 관한 모든 권리와 의무를 포괄적으로 양도한 경우에 해당하므로, 양도소득세 이월과세가 적용되어야 함에도 그 적용을 배제하고 이 사건 처분을 한 것은 위법하므로 취소되어야 한다.

 나. 관계법령

 별지 기재와 같다.

 다. 판단

  (1) 별지 양도소득세의 이월과세 관련 법률조항에서, 양도소득세 이월과세 요건에서 새로 설립되는 법인의 자본금이 법인으로 전환하는 사업장의 순자산가액 이상일 것을 규정한 이유는, 개인사업장을 법인으로 전환하여 기업의 조직 형태를 변경하는 것은 실질적으로 동일한 사업주가 사업의 운영 형태만 바꾸는 것에 불과한데 이처럼 실질적으로 동일한 사업주가 사업의 운영 형태만 바꾼 것으로 평가되기 위해서는 현물출자 대상의 순자산가액이 신설 법인에 그대로 승계되어야 하는 바(대법원 2012. 12. 13. 선고 2012두17865 판결), 이는 이월과세의 요건으로 ‘새로 설립되는 법인의 자본금이 법인으로 전환하는 사업장의 순자산가액 이상일 것’을 규정함으로써, 개인사업장을 그대로 법인으로 전환하는 것을 장려하되 그 과정에서 개인사업자가 출자금액을 부당하게 축소시키는 것을 방지하고자 함에 있다(대법원 1994. 11. 18. 선고 93누20160 판결 참조).

(2) 앞서 인정한 사실 및 원고가 추가로 제출한 증거들, 변론 전체의 취지 등을 통해 인정되는 다음과 같은 사정들을 종합하면, 이 사건 사업장의 순자산가액을 산정함에 있어 이 사건 차입금채무는 부채에 포함되지 않는다고 봄이 타당하다.

① 원고는 포괄양수도 당일 전체 부채의 36%에 해당하는 고액의 부채를 발생시켜 순자산가액을 축소시키고 이를 바탕으로 자본금을 출자한 것으로 보이는 바, 이는 사업의 동일성을 유지하며 운영형태를 변경한 것으로 보기 어렵다.

② 포괄양수도 당일에 실행된 이 사건 차입금 2억 5,000만 원은 원고 개인 계좌로 입금되었고, 다시 2020. 9. 27. 원고의 다른 개인계좌로 입금되었다. 이월과세 요건인 순자산가액의 그 자산이나 부채는, 해당 사업장의 사업에 직접 사용되는 고정자산과 사업과 직접 관련하여 발생하였고 승계된 부채로 한정하고 있으나, 위 대출 당시 이 사건 대출금은 소멸 사업장인 BBBB과 직접 관련 있는 부채라는 점을 인정하기에 부족하다. 이에 대하여 원고는 이 사건 차입금이 거래처 미수금 등 변제에 사용되었다며 계좌이체내역 등 자료(갑 제18 내지 26호증)을 제출하면서, 사용처 등을 봤을 때 이 사건 사업장의 사업과 직접 관련하여 발생한 부채라는 취지로 주장한다.

  위 이체내역에 의하면, 원고 개인명의 계좌로 입금된 차입금이 ‘김AA 차입’ 등 명목으로 법인 계좌로 이체된 바 있고, 2020. 9. 28.부터 10월까지 사이에 부채(미수금)로계상된 거래처 등에 약 1억 6,000만 원의 돈이 이체된 것으로 보이기는 한다.

  그런데 원고의 주장대로라면, 이 사건 차입금은 이미 순자산가액에서 부채(미수금)로계상된 채무의 변제에 사용된 것으로 금액이 중복된다. 이를 부채로 인정한다면, 대출 실행 및 채무변제시기를 조정함으로써 중복된 금액만큼 대출금과 미수금을 병존시키고 그 만큼 부채를 늘려 순자산가액을 축소시켜 원고의 출자금액을 감소하는 것을 용인하는 결과가 되므로1), 이는 법인전환에 따른 양도소득세 이월과세의 특례의 입법취지를 몰각시킬 우려가 있다.

(3) 결국 이 사건 차입금을 부채에서 제외하고 순자산가액을 계산하면, 새로 설립되는 전환법인의 자본금은 5천만 원이고, BBBB의 순자산가액은 283,987천원으로, 새로 설립되는 법인의 자본금이 법인으로 전환하는 사업장의 순자산가액보다 미달하여 조세특례제한법 제32조 제1항에서 정한 양도소득세 이월과세의 적용 요건을 충족하지 못하였으므로, 이를 이유로 한 이 사건 처분은 적법하다.

3. 결론

  원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.