1. 사실관계

○ 2015년 8월 A아파트 준공

○ 2015년 10월 신청인 A아파트 취득

○ 2018년 4월 A아파트 최초 공동주택가격 공시

○ 2018년 6월 신청인 A아파트를 준공공임대주택으로 등록

○ 2026년 6월 신청인 A아파트 양도

2. 질의내용

○ 「조세특례제한법」제97조의3에 따른 장기보유특별공제율을 적용하기 위한 임대기간 중 양도차익을 산정하는 경우로서 신축 아파트 취득 이후 공동주택가격이 최초 공시된 경우 취득당시 기준시가 산정방법(소득령§164⑦ vs 소득령§164⑪)

  * 소득령§164⑦: 최초 공시된 공동주택가격을 기준으로 환산

** 소득령§164⑪: 납세지 관할 세무서장이 평가한 금액

3. 관련법령 및 관련사례

□ 소득세법 제99조【기준시가의 산정】

① 제100조 및 제114조제7항에 따른 기준시가는 다음 각 호에서 정하는 바에 따른다.

1. 제94조제1항제1호에 따른 토지 또는 건물

 가. 토지

　　「부동산 가격공시에 관한 법률」에 따른 개별공시지가(이하 "개별공시지가”라 한다). 다만, 개별공시지가가 없는 토지의 가액은 납세지 관할 세무서장이 인근 유사토지의 개별공시지가를 고려하여 대통령령으로 정하는 방법에 따라 평가한 금액으로 하고, 지가(地價)가 급등하는 지역으로서 대통령령으로 정하는 지역의 경우에는 배율방법에 따라 평가한 가액으로 한다.

 나. 건물

　　건물(다목 및 라목에 해당하는 건물은 제외한다)의 신축가격, 구조, 용도, 위치, 신축연도 등을 고려하여 매년 1회 이상 국세청장이 산정ㆍ고시하는 가액

 다. 오피스텔 및 상업용 건물

　　건물에 딸린 토지를 공유로 하고 건물을 구분소유하는 것으로서 건물의 용도ㆍ면적 및 구분소유하는 건물의 수(數) 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 오피스텔(이에 딸린 토지를 포함한다) 및 상업용 건물(이에 딸린 토지를 포함한다)에 대해서는 건물의 종류, 규모, 거래상황, 위치 등을 고려하여 매년 1회 이상 국세청장이 토지와 건물에 대하여 일괄하여 산정ㆍ고시하는 가액

 라. 주택

　　「부동산 가격공시에 관한 법률」에 따른 개별주택가격 및 공동주택가격. 다만, 공동주택가격의 경우에 같은 법 제18조제1항 단서에 따라 국세청장이 결정ㆍ고시한 공동주택가격이 있을 때에는 그 가격에 따르고, 개별주택가격 및 공동주택가격이 없는 주택의 가격은 납세지 관할 세무서장이 인근 유사주택의 개별주택가격 및 공동주택가격을 고려하여 대통령령으로 정하는 방법에 따라 평가한 금액으로 한다.

2. 제94조제1항제2호에 따른 부동산에 관한 권리

 가. 부동산을 취득할 수 있는 권리

　　양도자산의 종류, 규모, 거래상황 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 방법에 따라 평가한 가액

 나. 지상권ㆍ전세권 및 등기된 부동산임차권

　　권리의 남은 기간, 성질, 내용 및 거래상황 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 방법에 따라 평가한 가액

 3. 제94조제1항제3호가목에 따른 주식등(대통령령으로 정하는 주권상장법인의 주식등은 대통령령으로 정하는 것만 해당한다)

   「상속세 및 증여세법」제63조제1항제1호가목을 준용하여 평가한 가액. 이 경우 "평가기준일 이전ㆍ이후 각 2개월”은 "양도일ㆍ취득일 이전 1개월”로 본다.

 4. 제3호에 따른 대통령령으로 정하는 주권상장법인의 주식등 중 제3호에 해당하지 아니하는 것과 제94조제1항제3호나목에 따른 주식등

   「상속세 및 증여세법」제63조제1항제1호나목을 준용하여 평가한 가액. 이 경우 평가기준시기 및 평가액은 대통령령으로 정하는 바에 따르되, 장부 분실 등으로 취득 당시의 기준시가를 확인할 수 없는 경우에는 액면가액을 취득 당시의 기준시가로 한다.

 5. 제94조제1항제3호에 따른 신주인수권

   양도자산의 종류, 규모, 거래상황 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 방법에 따라 평가한 가액

 6. 제94조제1항제4호에 따른 기타자산

　 양도자산의 종류, 규모, 거래상황 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 방법에 따라 평가한 가액

 7. 제94조제1항제5호에 따른 파생상품등

   파생상품등의 종류, 규모, 거래상황 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 방법에 따라 평가한 가액

 8. 제94조제1항제6호에 따른 신탁 수익권: 「상속세 및 증여세법」제65조제1항을 준용하여 평가한 가액. 이 경우 평가기준시기 및 평가액은 대통령령으로 정하는 바에 따른다.

② 제1항제1호가목 단서에서 "배율방법”이란 양도ㆍ취득 당시의 개별공시지가에 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 계산한 금액에 따라 평가하는 방법을 말한다.

③ 다음 각 호의 기준시가 산정에 필요한 사항은 건물의 종류, 거래상황, 기준시가 고시여부 등을 고려하여 대통령령으로 정한다.

1. 제1항에 따라 산정한 양도 당시의 기준시가와 취득 당시의 기준시가가 같은 경우 양도 당시의 기준시가

2. 「부동산 가격공시에 관한 법률」에 따라 개별공시지가, 개별주택가격 또는 공동주택가격이 공시 또는 고시되기 전에 취득한 토지 및 주택의 취득 당시의 기준시가

3. 제1항제1호나목에 따른 기준시가가 고시되기 전에 취득한 건물의 취득 당시의 기준시가

4. 제1항제1호다목 또는 같은 호 라목 단서에 따른 기준시가가 고시되기 전에 취득한 오피스텔(이에 딸린 토지를 포함한다), 상업용 건물(이에 딸린 토지를 포함한다) 또는 공동주택의 취득 당시의 기준시가

④ 제1항제1호다목에 따라 국세청장이 기준시가를 산정하였을 때에는 이를 고시하기 전에 인터넷을 통한 게시 등 재정경제부령으로 정하는 방법에 따라 공고하여 20일 이상 소유자나 그 밖의 이해관계인의 의견을 들어야 한다.

⑤ 국세청장은 제4항에 따라 소유자나 그 밖의 이해관계인으로부터 의견을 제출받았을 때에는 의견 제출기간이 끝난 날부터 30일 이내에 그 처리 결과를 알려야 한다.

⑥ 제4항에 따른 공고에는 기준시가 열람부의 열람 장소, 의견 제출기간 등 대통령령으로 정하는 사항이 포함되어야 한다.

□ 소득세법 시행령 제164조 【토지ㆍ건물의 기준시가 산정】

⑦ 「부동산 가격공시에 관한 법률」에 따른 개별주택가격 및 공동주택가격(이들에 부수되는 토지를 포함한다)이 공시되기 전에 취득한 주택의 취득당시의 기준시가는 다음 산식에 의하여 계산한 가액으로 한다. 이 경우 당해 주택에 대하여 국토교통부장관이 최초로 공시한 주택가격 공시당시 또는 취득당시의 법 제99조제1항제1호 나목의 가액이 없는 경우에는 제5항의 규정을 준용하여 계산한 가액에 의한다.

⑪ 법 제99조제1항제1호라목 단서에서 "대통령령으로 정하는 방법에 따라 평가한 금액”이란 다음 각 호에 따른 가액을 말한다. 이 경우 납세지 관할세무서장은 「지방세법」제4조제1항 단서에 따라 시장ㆍ군수가 산정한 가액을 평가한 가액으로 하거나 둘 이상의 감정평가법인등에게 의뢰하여 해당 주택에 대한 감정평가법인등의 감정가액을 고려하여 평가할 수 있다.

1. 「부동산 가격공시에 관한 법률」에 따른 개별주택가격이 없는 단독주택의 경우에는 당해 주택과 구조ㆍ용도ㆍ이용상황 등 이용가치가 유사한 인근주택을 표준주택으로 보고 같은 법 제16조제6항에 따른 비준표에 따라 납세지 관할세무서장(납세지 관할세무서장과 당해 주택의 소재지를 관할하는 세무서장이 서로 다른 경우로서 납세지 관할세무서장의 요청이 있는 경우에는 당해 주택의 소재지를 관할하는 세무서장)이 평가한 가액

2. 「부동산 가격공시에 관한 법률」에 따른 공동주택가격이 없는 공동주택의 경우에는 인근 유사공동주택의 거래가격ㆍ임대료 및 당해 공동주택과 유사한 이용가치를 지닌다고 인정되는 공동주택의 건설에 필요한 비용추정액 등을 종합적으로 참작하여 납세지 관할세무서장(납세지 관할세무서장과 당해 주택의 소재지를 관할하는 세무서장이 서로 다른 경우로서 납세지 관할세무서장의 요청이 있는 경우에는 당해 주택의 소재지를 관할하는 세무서장)이 평가한 가액

□ 조세특례제한법 제97조의3【장기일반민간임대주택 등에 대한 양도소득세의 과세특례】

① 대통령령으로 정하는 거주자가 「민간임대주택에 관한 특별법」제2조제2호에 따른 민간건설임대주택으로서 같은 조 제4호 또는 제5호에 따른 공공지원민간임대주택 또는 장기일반민간임대주택을 2027년 12월 31일까지 등록[2020년 7월 11일 이후 장기일반민간임대주택으로 등록 신청한 경우로서 「민간임대주택에 관한 특별법」(법률 제17482호로 개정되기 전의 것을 말한다) 제2조제6호에 따른 단기민간임대주택을 2020년 7월 11일 이후 같은 법 제5조제3항에 따라 공공지원민간임대주택 또는 장기일반민간임대주택으로 변경 신고한 주택은 제외한다]한 후 다음 각 호의 요건을 모두 갖추어 그 주택을 양도하는 경우 대통령령으로 정하는 바에 따라 임대기간 중 발생하는 양도소득에 대해서는 「소득세법」제95조제1항에 따른 장기보유 특별공제액을 계산할 때 같은 조 제2항에도 불구하고 100분의 70의 공제율을 적용한다.

1. 10년 이상 계속하여 임대한 후 양도하는 경우

2. 대통령령으로 정하는 임대보증금 또는 임대료 증액 제한 요건 등을 준수하는 경우

② 제1항에 따른 과세특례는 제97조의4에 따른 장기임대주택에 대한 양도소득세의 과세특례와 중복하여 적용하지 아니한다.

③ 제1항에 따라 과세특례를 적용받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 주택임대에 관한 사항을 신고하고 과세특례 적용의 신청을 하여야 한다.

④ 제1항에 따른 임대주택에 대한 임대기간의 계산과 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

□ 조세특례제한법 시행령 제97조의3【장기일반민간임대주택등에 대한 양도소득세의 과세특례】

① ~ ④ 생략

⑤ 「소득세법」제95조제1항에 따른 장기보유 특별공제액을 계산할 때 법 제97조의3제1항에 따라 100분의 70의 공제율을 적용하는 경우에는 임대기간 중에 발생한 양도차익에 한정하여 적용하며, 임대기간 중 양도차익은 기준시가를 기준으로 다음 계산식에 따라 산정한다. 이 경우 새로운 기준시가가 고시되기 전에 취득 또는 양도하거나 제1항에 따른 임대기간의 마지막 날이 도래하는 경우에는 직전의 기준시가를 적용하여 계산한다.

□ 부동산가격공시에 관한 법률 제17조【개별주택가격의 결정ㆍ공시 등】

① 시장ㆍ군수 또는 구청장은 제25조에 따른 시ㆍ군ㆍ구부동산가격공시위원회의 심의를 거쳐 매년 표준주택가격의 공시기준일 현재 관할 구역 안의 개별주택의 가격(이하 "개별주택가격"이라 한다)을 결정ㆍ공시하고, 이를 관계 행정기관 등에 제공하여야 한다.

② 제1항에도 불구하고 표준주택으로 선정된 단독주택, 그 밖에 대통령령으로 정하는 단독주택에 대하여는 개별주택가격을 결정ㆍ공시하지 아니할 수 있다. 이 경우 표준주택으로 선정된 주택에 대하여는 해당 주택의 표준주택가격을 개별주택가격으로 본다.

③ 제1항에 따른 개별주택가격의 공시에는 다음 각 호의 사항이 포함되어야 한다.

1. 개별주택의 지번

2. 개별주택가격

3. 그 밖에 대통령령으로 정하는 사항

④ 시장ㆍ군수 또는 구청장은 공시기준일 이후에 토지의 분할ㆍ합병이나 건축물의 신축 등이 발생한 경우에는 대통령령으로 정하는 날을 기준으로 하여 개별주택가격을 결정ㆍ공시하여야 한다.

⑤ ~ ⑨ 생략

□ 부동산가격공시에 관한 법률 제18조【공동주택가격의 결정ㆍ공시 등】

① 국토교통부장관은 공동주택에 대하여 매년 공시기준일 현재의 적정가격(이하 "공동주택가격"이라 한다)을 조사ㆍ산정하여 제24조에 따른 중앙부동산가격공시위원회의 심의를 거쳐 공시하고, 이를 관계 행정기관 등에 제공하여야 한다. 다만, 대통령령으로 정하는 바에 따라 국세청장이 국토교통부장관과 협의하여 공동주택가격을 별도로 결정ㆍ고시하는 경우는 제외한다.

② 국토교통부장관은 공동주택가격을 공시하기 위하여 그 가격을 산정할 때에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 공동주택소유자와 그 밖의 이해관계인의 의견을 들어야 한다.

③ 제1항에 따른 공동주택의 조사대상의 선정, 공시기준일, 공시의 시기, 공시사항, 조사ㆍ산정 기준 및 공시절차 등에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

④ 국토교통부장관은 공시기준일 이후에 토지의 분할ㆍ합병이나 건축물의 신축 등이 발생한 경우에는 대통령령으로 정하는 날을 기준으로 하여 공동주택가격을 결정ㆍ공시하여야 한다.

□ 부동산가격공시에 관한 법률 시행령 제41조【국세청장이 별도로 공동주택가격을 고시하는 경우】

법 제18조제1항 단서에 따라 국세청장이 공동주택가격을 별도로 결정ㆍ고시하는 경우는 국세청장이 그 시기ㆍ대상 등에 대하여 국토교통부장관과의 협의를 거쳐 「소득세법」 제99조제1항제1호라목 단서 및 「상속세 및 증여세법」 제61조제1항제4호 각 목 외의 부분 단서에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 공동주택의 기준시가를 결정ㆍ고시하는 경우로 한다.

1. 아파트

2. 건축 연면적 165제곱미터 이상의 연립주택