1. 피고의 항소를 기각한다.

2. 항소비용은 피고가 부담한다.

1. 청구취지

피고가 2020. 12. 10. 원고에 대하여 한 2019년 1기 부가가치세 143,634,380원(가산세 포함), 2019년 2기 부가가치세 105,916,300원(가산세 포함)의 각 부과처분을 취소한다.

2. 항소취지

제1심판결 중 피고 패소 부분을 취소하고, 그 취소부분에 해당하는 원고의 청구를 기각한다.

이 유

1. 이 법원의 심판대상 및 제1심판결의 인용

이 법원의 심판대상은 제1심판결 별지 1 매입세금계산서의 각 거래(이하 ‘전체 매입 거래’) 중 아래 각 매입세금계산서(을 제28호증의 1, 을 제26호증의 1, 을 제27호증의1, 이하 ‘각 매입세금계산서’) 거래에 한정되고(이하 ‘심판대상 각 거래’), 이 법원의 심판대상에 관하여 이 법원이 적을 이유는 아래 2.항 기재와 같이 피고의 주장에 대하여 이 법원의 판단을 추가하는 이외에는 제1심판결 이유 해당 부분 기재와 같으므로 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 의하여 이를 그대로 인용한다.

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2. 이 법원이 추가하는 판단

가. 관련 법리

1) 부가가치세법 제1조 제1항 제1호는 부가가치세 과세대상으로서 ‘재화의 공급’을 규정하고 있고, 제6조 제1항은 “재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에의하여 재화를 인도 또는 양도하는 것으로 한다”고 규정하고 있는바, 부가가치세가 다단계 거래세로서의 특성이 있는 점 등에 비추어 볼 때, 부가가치세법 제6조 제1항 소정의 ‘인도 또는 양도’는 실질적으로 얻은 이익의 유무에 불구하고, 재화를 사용·소비할 수 있는 권한을 이전하는 일체의 원인행위를 모두 포함하고, 이 경우 어느 일련의 거래과정 가운데 특정 거래가 부가가치세법 소정의 재화의 공급에 해당하는지 여부는 각 거래별로 거래당사자의 거래의 목적과 경위 및 태양, 이익의 귀속주체, 대가의 지급관계 등 제반 사정을 종합하여 개별적·구체적으로 판단하여야 하며, 그 특정 거래가 실질적인 재화의 인도 또는 양도가 없는 명목상의 거래라는 이유로 그 거래과정에서 수취한 세금계산서가 매입세액의 공제가 부인되는 부가가치세법 제17조 제2항 제1의2호가 규정하고 있는 ‘사실과 다른 세금계산서’에 해당한다는 점에 관한 증명책임은 과세관청이 부담함이 원칙이다(대법원 2008. 12. 11. 선고 2008두9737 판결).

2) 일반적으로 세금부과처분취소소송에 있어서 과세요건사실에 관한 입증책임은 과세권자에게 있다 할 것이나, 구체적인 소송과정에서 경험칙에 비추어 과세요건사실이 추정되는 사실이 밝혀지면, 상대방이 문제로 된 당해 사실이 경험칙 적용의 대상적격이 되지 못하는 사정을 입증하지 않는 한, 당해 과세처분을 과세요건을 충족시키지 못한 위법한 처분이라고 단정할 수는 없다(대법원 2002. 11. 13. 선고 2002두6392 판결).

나. 피고의 주장

심판대상 각 거래는 전체 매입거래의 1.4%로서 전체 매입거래의 98.6%가 실물거래 없이 이루어진 거래(이하 ‘가공거래’)이고, 제1심판결 별지 2 매출세금계산서의 각 거래는 모두 가공거래인데 그 중 아래 기재 원고가 ○○인터내셔널에 대하여 발급한 매출세금계산서(을 제28호증의 2, 을 제26호증의 2, 을 제27호증의 2, 이하 ‘각 매출세금계산서’)의 각 거래(이하 ‘각 매출거래’)는 각 그 공급가액이 심판대상 각 거래의 각 공급가액에 각 그 공급가액의 2%(앞서 본 물품공급계약서 제4조 제2호)를 더한 각 금액에 해당하여 원고는 각 매출거래로 심판대상 각 거래로부터 이어지는 거래 단계를 취하였으므로, 경험칙에 비추어 심판대상 각 거래가 가공거래라고 추정되는 사실이 밝혀졌다.

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다. 판단

살피건대 앞서 인정한 사실 및 앞서 든 각 증거에 의하여 알 수 있는 다음과 같은 사정에 의하면 피고가 주장하는 사실만으로는 경험칙에 비추어 심판대상 각 거래가 개별적․구체적으로 가공거래라고 추정되는 사실이 밝혀졌다고 볼 수 없으므로 피고의 주장은 이유 없다.

1) 전체 매입거래의 98.6%에 해당하는 매입거래와 각 매출거래가 가공거래라고 하더라도 심판대상 각 거래가 가공거래인지 여부는 각 거래별로 개별적․구체적으로 판단하여야 한다.

2) 피고가 심판대상 각 거래가 가공거래에 해당하는지 여부에 관하여 제출한 자료는 ① 아래 가) 1차 서면 심문조서(을 제4호증) ② 아래 나) 피고의 2025. 6. 20. 자 참고서면 첨부 14 제○○○○ 거래사실 확인서(제○○○○○○○○날) ③ 아래 다) 피고의 2025. 6. 20. 자 참고서면 제10면 각 기재로서, 아래 기재 각 자료에 의하더라도 심판대상 각 거래가 가공거래에 해당한다고 볼 수 없다.

 가) 1차 서면 심문조서(을 제4호증) 중 제12면 내지 제13면

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 나) 피고의 2025. 6. 20. 자 참고서면 첨부 14 제○○○○ 거래사실 확인서

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 다) 피고의 2025. 6. 20. 자 참고서면 제10면

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3) 원고는 심판대상 각 거래에 관하여 각 매입세금계산서에 기재된 각 공급자(대표자) 계좌로 각 공급가액과 세액을 합한 각 금액을 각 이체하여 각 그 대금을 지급하였다[주식회사 ○○인터내셔날과 에○○○○무역에 대하여 각 그 매입세금계산서 기재 각 공급일 다음날인 2019. 1. 8. 및 2019. 1. 9. 각 대금을 이체한 것으로 보인다(갑 제26호증 제1면, 제4면)].

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4) 원고가 각 매입세금계산서가 허위의 세금계산서라는 이유로 형사 조사를 받았다는 자료가 없고, 이 사건 형사판결에도 각 매입세금계산서가 허위의 세금계산서라는 판단이 없으며, 피고가 각 매입세금계산서가 허위의 세금계산서라는 이유로 각 매입세금계산서의 각 발급자를 상대로 조사한 자료도 없다.

5) 원고 및 원고 대표자 박○○는 각 매출세금계산서가 발급된 시기가 포함된 아래 기재 피의사실에 관하여 서울중앙지방검찰청으로부터 2024. 10. 10. 불기소처분(혐의 없음)을 받았고(갑 제42호증), 이 사건 형사판결에도 각 매출세금계산서가 허위의 세금계산서라는 판단이 없다.

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3. 결론

그렇다면 제1심판결은 정당하므로 피고의 항소는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.