주 문

1. 피고가 2022. 3. 24. 원고에 대하여 한 2018사업연도 법인세(가산세 포함) 부과처분 중 77,435,469원 부분, 2019사업연도 법인세(가산세 포함) 부과처분 중 582,490,374원 부분, 2020사업연도 법인세(가산세 포함) 부과처분 중 198,205,387원 부분을 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다.

청 구 취 지

주문과 같다.

이유

1. 처분의 경위

가. 원고의 지위

원고는 자동차용 에어백 및 안전벨트의 제조 및 판매업을 영위하는 법인으로서, 다국적 차량안전장치 전문 제조기업인 BB 그룹의 계열사이고, 스웨덴 소재 법인인 CC가 원고 지분 전부를 보유하고 있다.

나. CC에 대한 자금 대여거래

1) 원고는 2018. 9. 7. CC와 사이에, 2018. 9. 21.부터 2018. 12. 21.까지 CC에 미화 40,000,000달러를 이자 연 ×%에 대여하기로 하는 계약(이하 ‘1차 대여계약’이라 한다)을 체결하였고, 변경계약을 통해 1차 대여계약의 만료일을 2019. 3. 21.로 연장하였다.

2) 원고는 2019. 1. 16. CC와 사이에, 2019. 3. 2.부터 CC에 미화 50,000,000달러 범위 내에서 기한의 정함이 없이 수시로 대여가 가능하도록 하는 내용의 통합 한도 대여계약(이하 ‘2차 대여계약’이라 한다)을 체결하였는데, 이율을 ‘3개월 CD기준금리 + 0.9%’로 약정하였다.

3) CC는 2019. 3. 21. 1차 대여계약에 만료에 따라 원고에게 미화 40,000,000달러를 상환함과 동시에 2차 대여계약에 기하여 같은 금액을 원고로부터 차용하였다(이하 원고의 CC에 대한 위와 같은 자금 대여거래를 일괄하여 지칭할 시 ‘이 사건 대여거래’라 한다).

다. DD와의 경영자문거래

원고는 2019. 1. 1. DD와 서면계약을 체결하였고, 2019사업연도 중 DD에게 2018사업연도 경영자문거래(이하 ‘이 사건 경영자문거래’라 한다)에 대한 비용 명목으로 1,204,000,000원(이하 ‘이 사건 경영자문료’라 한다)을 지급하였다.

라. 법인세 부과처분 및 재조사결정에 따른 경정처분 등

1) 피고는 2022. 3. 24. ●●지방국세청장이 2021. 4. 20.부터 2021. 7. 28.까지 원고에 대하여 한 법인통합조사의 결과에 관하여 통보한 과세자료에 따라 아래와 같은 이유로 원고에게 2018사업연도 귀속 법인세(가산세 포함, 이하 별도로 명시하지 않는 한 같다) 1,469,045,274원, 2019사업연도 귀속 법인세 3,402,516,912원, 2020사업연도 귀속 법인세 250,343,172원을 각 경정, 고지하였다.

① 원고가 2016 및 2018 내지 2020사업연도에 EE(중국 법인)와 FF(중국 법인)로부터 부품을 매입한 거래는 부품매입대가를 정상가격보다 과다하게 지급한 것이므로 이전가격 과세 조정을 하여 합계 11,444,000,000원을 각 사업연도 손금에 불산입하여야 한다(이하 ‘제1쟁점’이 라 한다)

② 원고가 GG(스웨덴 법인)와 체결한 상표사용계약은 실제 상표사용 없이 조세회피를 목적으로 체결한 것이므로 2019사업연도에 GG에게 지급한 상표사용료 5,441,000,000원을 전액 손금 불산입하여야 한다(이하 ‘제2쟁점’이라 한다).

③ 원고는 2018년 9월 및 2019년 3월에 CC에 미화 40,000,000달러를 대여하고 연이율 ×%의 이자를 수취하였으나, 이는 과소수취한 경우에 해당하므로 정상이자율을 구 국제조세조정에 관한 법률 시행령(2021. 2. 17. 대통령령 제31448호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 국제조세조정법 시행령’이라 한다)에 따라 간주이자율인 4.6%로 적용하여 합계 1,879,000,000원을 2018 내지 2020사업연도 익금에 각 산입하여야 한다(이하 ‘제3쟁점’이라 한다).

④ 원고는 2019사업연도 중에 DD에게 2018사업연도의 경영자문비용 1,204,000,000원(이하 ‘이 사건 경영자문료’라 한다)을 지급하였으나, DD와의 경영지원서비스에 대한 계약은 2019. 1. 1. 체결되어 이 사건 경영자문료는 사전약정 없이 지급한 경우에 해당하므로 2019사업연도의 손금에 불산입하여야 한다(이하 ‘제4쟁점’이라 한다).

2) 피고는 2022. 4. 11. 원고의 재료비 누락에 따른 연구인력개발비 세액공제 경정청구를 인용하여 2018사업연도 법인세 중 150,692,063원, 2019사업연도 법인세 중 58,837,381원을 각 환급해 주었고, 2022. 5. 30. 경정청구(오류수정) 인용 등을 이유로 2018사업연도 법인세 중 53,336,701원, 2019사업연도 법인세 중 15,456,286원을 각 환급해 주었다.

3) 원고는 피고가 적용한 정상가격 산출방법에 따라 HH 및 II와의 부품매입거래의 이전가격을 조정하면 환급세액이 발생한다는 이유로, 2022. 5. 12. 2017 내지 2020사업연도 합계 17,452,000,000원을 손금 산입하여 법인세 합계 3,987,736,303원의 환급을 구하는 등의 경정청구를 제기하였으나, 피고는 2022. 8. 8. 이를 거부하는 처분을 하였다.

4) 원고는 피고의 위 1), 3)항의 각 처분에 불복하여 2022. 6. 21. 및 2022. 9. 8. 조세심판원에 심판청구하였는데, 조세심판원은 2024. 4. 9. 피고의 위 각 처분 중 제1쟁점에 관하여 부품매입거래에 대해서는 정상가격을 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준, 세액 및 이전소득금액을 각 경정하도록 하고, 제2쟁점에 관하여 상표, 특허기술의 사용거래에 대해서는 원고의 거래가격이 정상가격에 해당하는 것으로 보아 그 과세표준, 세액 및 이전소득금액을 각 경정하도록 하고, 제3, 4쟁점에 관한 원고의 나머지 심판청구는 기각하는 결정을 하였다.

5) ●●지방국세청장은 위 조세심판결정의 취지에 따라 재조사를 하였고, 그에 따라 피고는 2024. 5. 10. 및 2024. 7. 2. 2018 내지 2020 사업연도 귀속 법인세를 아래와 같이 감액하여 경정, 고지하였다(이하 피고의 2022. 3. 24.자 법인세 부과처분 중 위 감액경정에 따라 감액되고 남은 아래 표의 ‘최종 부과세액’ 란 기재 부분을 통틀어 ‘이 사건 처분’이라 한다).

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 5, 7, 11호증(가지번호가 있는 경우 각 가지번호 포함, 이하 같다), 을 제1 내지 5호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 원고 주장의 요지

가. 제3쟁점 관련하여, 납세자가 간주정상이자율을 선택하지 않은 이상 과세관청은 정상이자율 산정을 위한 적극적이고 합리적인 노력을 다하였음에도 이를 산정하지 못한 경우에 한하여 이를 정상이자율로 적용할 수 있는데, 피고는 과세 편의를 위하여 각 정상가격 산출방법에 대한 충분한 검토 없이 간주정상이자율을 적용한 것이어서 이 사건 금전대여거래에 대한 정상가격이 적법하게 산정된 것으로 볼 수 없다.

나. 제4쟁점 관련하여, 구 국세조세조정법 시행령 제6조의2 제1항은 정상가격 인정요건일 뿐 독립적인 손금불산입 사유는 아니라고 해석되므로, ‘사전에 약정을 체결할 것’의 요건을 갖추지 못하였더라도 해당 거래가격이 정상가격으로 인정되지 않는 것에 그치고 그로 인하여 곧바로 손금 산입이 전면적으로 배제된다고 볼 수 없고, 설령 위 규정이 손금산입 요건을 규율한다고 보더라도 사전약정의 요건을 손금불산입 사유로 삼는 것은 모법 위임 범위를 초과한 것으로서 무효이다. 이 사건 경영자문거래는 그 실재성이 인정되고, 이 사건 경영자문료는 사업 관련성과 통상성을 모두 갖춘 것으로서, 법인세법 제19조 제2항의 손금 일반 요건을 충족한다.

다. 따라서 이 사건 처분 중 제3, 4쟁점과 관련된 2018사업연도 법인세 중 77,435,469원 부분, 2019사업연도 법인세 중 582,490,374원 부분, 2020사업연도 법인세 중 198,205,387원 부분은 위법하여 취소되어야 한다.

3. 관계 법령

별지 기재와 같다.

4. 판단

가. 제3쟁점에 관한 주장에 대한 판단

1) 관련법리

과세관청이 거주자의 국외특수관계인과의 거래에 대하여 구 국세조세조정에 관한 법률(2021. 1. 1. 법률 제17651호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 국세조세조정법’이라 한다) 제4조 제1항을 적용하여 정상가격을 기준으로 과세처분을 하기 위해서는 납세의무자에 대한 자료제출 요구 등을 통하여 수집한 자료를 토대로 비교가능성 등을 고려하여 가장 합리적인 정상가격 산출방법을 선택하여야 하고, 비교되는 상황 간의 차이가 비교되는 거래의 가격이나 순이익에 중대한 영향을 주는 경우에는 그 차이를 합리적으로 조정하여 정상가격을 산출하여야 하며, 과세처분의 기준이 된 정상가격이 이와 같은 과정을 거쳐 적법하게 산출되었다는 점에 대한 증명책임은 과세관청에 있다(대법원 2001. 10. 23. 선고 99두3423 판결, 대법원 2012. 12. 26. 선고 2011두6127 판결 등 참조).

구 국제조세조정법 제4조 제1항에 규정된 ‘정상가격’이란 거주자, 내국법인 또는 국내사업장이 국외특수관계인이 아닌 자와의 통상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격을 말한다(같은 법 제2조 제1항 제10호). 그리고 구 국제조세조정법 제5조 제1항에서는, 정상가격은 국외특수관계인이 아닌 자와의 통상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 재화 또는 용역의 특성, 기능 및 경제환경 등 거래조건을 고려하여, 비교가능 제3자 가격방법(제1호), 재판매가격방법(제2호), 원가가산방법(제3호), 이익분할방법(제4호), 거래순이익률방법(제5호) 중 가장 합리적인 방법으로 계산한 가격으로 하되, 대통령령으로 정하는 그 밖의 합리적이라고 인정되는 방법(제6호)은 제1호부터 제5호까지의 방법으로 정상가격을 산출할 수 없는 경우에만 적용하도록 규정하고 있다. 구 국제조세조정법 시행령 제4조 제4항에서는 위 제6호의 방법이란 ‘법에서 정한 산출방법 외에 거래의 실질 및 관행에 비추어 합리적이라고 인정되는 방법을 말한다’라고 규정하고 있다. 따라서 구 국제조세조정법 제5조 제1항 제6호가 정한 ‘대통령령으로 정하는 그 밖에 합리적이라고 인정되는 방법’은 구 국제조세조정법 제5조 제1항 제1호부터 제5호가 정한 방법으로 정상가격을 산출할 수 없는 경우에만 보충적으로 적용할 수 있음이 그 문언상 명백하다고 할 것이다.

한편, 2017. 2. 7. 대통령령 제27837호로 개정된 구 국제조세조정법 시행령 제6조 제7항은 ‘거주자와 국외특수관계인의 국제거래에서 적용되는 자금거래의 정상이자율은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 이자율로 한다.’라고 규정하면서, 기존의 ‘특수관계인이 아닌 자 간의 통상적인 자금거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 이자율로서 다음 각 목의 사항(채무액, 채무의 만기, 채무의 보증 여부, 채무자의 신용정도)을 고려하여 계산된 이자율’(제1호)에 더하여 ‘거래 금액 및 국제금융시장의 실세(實勢)이자율을 고려하여 기획재정부령으로 정하는 바에 따라 정상이자율로 간주되는 이자율’(제2호)을 추가로 신설하였고, 부칙 제2조는 ‘제6조 제7항 제2호의 개정규정은 이 영 시행 이후 거주자와 국외특수관계인이 자금거래하는 분부터 적용한다.’라고 규정하고 있다. 구 국제조세조정법 시행령 제6조 제7항 제2호의 위임에 따라 구 국제조세조정법 시행규칙(2019. 3. 20. 기획재정부령 제717호로 개정되기 전의 것) 제2조의2 제2항은 ‘영 제6조 제7항 제2호에서 “기획재정부령으로 정하는 바에 따라 정상이자율로 간주되는 이자율”이란 다음 각 호의 구분에 따른 이자율을 말한다.’라고 규정하면서, 제1호에서 ‘거주자가 국외특수관계인에게 자금을 대여하는 경우: 법인세법 시행규칙 제43조 제2항에 따른 당좌대출이자율’이라고 규정하였고, 법인세법 시행규칙 제43조 제2항은 당좌대출이자율을 연 4.6%로 규정하고 있다.

2) 구체적 판단

앞서 든 증거들, 갑 제8호증, 을 제6호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 더하여 알 수 있는 다음과 같은 사실들 및 사정들에 비추어 보면, 이 사건 대여거래에 관하여 적용된 당좌대출이자율은 구 국제조세조정법 제5조 제1항에 따라 산정된 정상이자율이라고 보기 어렵다. 따라서 이 사건 처분 중 제3쟁점에 관한 부분은 위법하고, 이를 지적하는 원고의 주장은 이유 있다.

가) 구 국제조세조정법 제4조 제1항은 정상가격에 의해서만 과세조정이 허용된다고 규정하고 있고, 구 국제조세조정법 시행령 제6조 제7항은 거주자와 국외특수관계인의 국제거래에서 적용되는 자금거래의 정상이자율은 특수관계인이 아닌 자 간의 통상적인 자금거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 이자율로서 채무액, 채무의 만기, 채무의 보증 여부, 채무자의 신용 정도를 고려해 계산하도록 하여 독립기업의 원칙에 따라 정상이자율을 산정하도록 규정하고 있다. 그런데 과세관청이 독립기업의 원칙에 따른 정상이자율을 산정하기 위한 노력 없이 국외특수관계인과의 자금거래에 대하여 일률적으로 특정 이자율을 적용하여 과세할 수 있다고 한다면, 이는 독립기업의 원칙에 따른 정상가격 산출을 규정한 위 구 국제조세조정법령을 형해화하는 것이다.

나) 구 국제조세조정법 시행령 제6조 제7항 제2호는 거주자와 국외특수관계인간의 자금거래에 대하여 독립기업의 원칙에 따라 산정되는 통상적인 이자율(제1호) 이 외에도 기획재정부가 정한 정상이자율로 간주되는 이자율을 정상가격으로 볼 수 있도록 규정하였는데, 이와 같은 개정 취지에 대해 기획재정부는 납세자의 편의 제고를 위하여 정상이자율 산출방법을 다양화한 것으로, 간주정상이자율을 거주자와 국외특수관계인의 자금거래에 대하여 납세자가 선택하여 적용할 수 있다고 설명하고 있다. 이러한 규정 형식 및 개정취지에 비추어 간주정상이자율 규정은 일정한 거래에 적용되는 이전가격 산정에 있어 정상가격에 대한 대안으로 ‘납세자의 선택에 따라’ 간주정상이자율을 적용할 수 있게 함으로써 과세당국에 의하여 정상가격이 달리 산정될 위험을 배제하는 형식의 규정으로 해석함이 상당하고, 이러한 경우에도 과세관청으로서는 해당거래에 관하여 구 국제조세조정법령상 정상이자율을 산정하기 위한 노력을 다하여야할 것이다.

다) 그런데 원고가 세무조사 당시 제시한 무디스 리스크칼크 모델로 선정한 11개의 비교대상채권¹⁾을 기초로 한 정상가격 산출방법은 구 국제조세조정법 제5조 제1항 제1호에 해당하지 않는다는 ●●지방국세청의 조사 의견만으로는 피고가 구 국제조세조정법령상 정상이자율을 산정하기 위한 노력을 다하였다고 볼 수 없다. 결국 피고는 구 국제조세조정법 시행령에 규정된 제반항목을 모두 검토하여 최대한 정상이자율을 산정하였어야 함에도 이에 대한 충분한 노력 없이 당좌대출이자율을 적용하였다고 할 것이고, 해당 거래일 당시의 USD LIBOR(London Interbank Offered Rate) 3개월 만기 이자율(2018년 9월 2.327%, 2019년 3월 2.607%, 2019년 6월 2.386%, 2019년 9월 2.155%, 2019년 12월 1.908%, 2020년 3월 1.115%, 2020년 6월 0.316%, 2020년 9월 0.227%, 2020년 12월 0.238%)이므로, 2차 대여계약에 만기가 없기에²⁾ 통상적인 대여계약보다 가산금리가 높게 책정될 필요가 있다는 점을 감안하더라도 간주정상이자율 연 4.6%는 원고에게 지나치게 높다고 판단된다.

나. 제4쟁점에 관한 주장에 대한 판단

1) 법인세법 제19조 제1항은 ‘손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손실 또는 비용[이하 “손비”(損費)라 한다]의 금액으로 한다’고 규정하고, 제2항은 ‘손비는 이 법 및 다른 법률에서 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다’고 규정하며, 제19조의2 이하에서 손금불산입 항목 및 손금산입 항목을 열거하여 규정하고 있다. 법인세법 제19조 제4항은 ’손비의 범위 및 구분 등에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다‘고 규정하고, 그 위임에 따라 구 법인세법 시행령(2020. 2. 11. 대통령령 제30396호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제19조에서는 법인세법상의 손비에 해당하는 비용에 대해 제1호에서 제21호까지 구체적으로 규정하고, 제22호에서 “그 밖의 손비로서 그 법인에 귀속되었거나 귀속될 금액”으로 일반적으로 규정하고 있다.

한편, 구 국세조세조정법 제5조는 제1항 내지 제3항에서 정상가격의 산출방법에 관하여 일반적인 사항을 규정하면서 제4항에서 ‘제1항부터 제3항까지의 규정에 따른 정상가격 산출방법에 관한 구체적인 사항은 대통령령으로 정한다’고 규정하였고, 그 위임에 따른 구 국세조세조정법 시행령 제6조의2 제1항은 ‘거주자와 국외특수관계인 간의 용역거래(경영관리, 금융자문, 지급보증, 전산지원 및 기술지원, 그 밖에 사업상 필요하다고 인정되는 용역의 거래를 말한다. 이하 이 조에서 같다)의 가격이 다음 각 호의 요건을 모두 충족하는 용역거래의 가격인 경우에는 그 거래가격을 정상가격으로 보아 손금(損金)으로 인정한다’라고 규정하면서 제1호에서 ‘용역 제공자가 사전에 약정을 체결하고 그 약정에 따라 용역을 실제로 제공할 것’, 제2호에서 ‘용역을 제공받은 자가 제공받은 용역으로 인하여 추가적으로 수익이 발생하거나 비용이 절감되기를 기대할수 있을 것’, 제4호에서 ‘제1호부터 제3호까지의 사실을 증명하는 문서를 보관, 비치하고 있을 것’을 규정하고 있다.

위 각 규정의 문언과 체계, 취지 등을 종합하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들, 즉, ① 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손실 또는 비용은 법인세법 및 ‘다른 법률’에서 손금불산입 대상으로 정하고 있지 않는 한 사업관련성과 통상성 또는 수익관련성이 인정되면 손금이 된다고 보아야 할 것인 점(대법원 2009. 6. 23. 선고 2008두7779 판결의 취지 참조), ② 거주자와 국외특수관계인 간의 용역거래의 가격은 구 국세조세조정법은 제14조 내지 제16조에서 규정하는 손금불산입 항목에 해당하지 아니하고, 구 국세조세조정법 제5조 제4항은 ‘정상가격 산출방법에 관한 구체적인 사항’을 정하도록 대통령령에 위임하고 있을 뿐 ‘손금산입 또는 불산입에 관한 사항’을 정하도록 대통령령에서 위임하고 있지 않으며, 달리 구 국세조세조정법이나 법인세법에서 거주자와 국외특수관계인 간의 용역거래의 가격의 손금 산입 또는 불산입에 관하여 직접 규정하거나 하위법령에서 정하도록 위임하고 있는 규정이 없는 점,

③ 하위법령은 그 규정이 상위법령의 규정에 명백히 저촉되어 무효인 경우를 제외하고는 관련 법령의 내용과 입법 취지 및 연혁 등을 종합적으로 살펴서 의미를 상위법령에 합치되는 것으로 해석하여야 하는데(대법원 2016. 6. 10. 선고 2016두33186 판결 등 참조), 피고의 주장처럼 구 국세조세조정법 시행령 제6조의2 제1항을 각 호의 요건 중 하나라도 충족하지 못하는 경우 그 용역거래의 가격 전액을 손금불산입 하는 독자적인 손금 요건에 관한 규정이라고 해석하는 경우 모법의 위임 범위를 벗어나 무효라고 볼 수밖에 없는 점 등에 비추어 보면, 구 국세조세조정법 시행령 제6조의2 제1항은 각 호의 요건을 모두 충족하는 용역거래의 가격을 정상가격으로 간주하여 손금으로 인정하는 규정일 뿐 이를 넘어 각 호의 요건의 하나라도 충족하지 못하는 경우 그 용역거래의 가격 전액을 손금불산입하는 독자적인 손금 요건에 관한 규정은 아니라고 보는 것이 모법에 합치되는 해석이라 할 것이므로(대법원 2014. 1. 16. 선고 2011두6264 판결의 취지 참조), 구 국세조세조정법 시행령 제6조의2 제1항 제1호의 ‘사전에 약정을 체결할 것’의 요건을 갖추지 못하였더라도 법인세법 제19조 제2항의 손금 일반 요건을 충족하는 경우 구 국세조제조정법 제5조에 따라 산출된 정상가격 범위 내라면 손금으로 산입될 수 있다고 봄이 타당하다.

2) 위 법리에 비추어 이 사건에 관하여 보건대, 앞서 든 증거들 및 갑 제6, 9, 10, 12호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 더하여 알 수 있는 다음과 같은 사실들 및 사정들에 비추어 보면, 이 사건 경영자문료는 원고의 사업 수행을 위하여 DD로부터 경영자문서비스를 제공받고 지급한 비용으로서 그 거래의 실재성과 사업관련성이 인정된다고 할 것이고, 이 사건 경영자문료의 통상성 역시 인정되므로 구 국세조제조정법 제5조에 따라 산출된 정상가격 범위 내에서 손금으로 산입될 수 있다고 판단된다.

가) 원고가 2006. 1. 1. CC와 법무, IT, 회계, 재무 등에 대한 경영지원서비스 계약을 체결하고 그 이후 CC로부터 경영자문용역을 제공받아 왔고, 이에 대한 월별 인보이스 발행에 의하여 정기적 비용 지급이 이루어졌다.

나) 원고가 2016사업연도 및 2017사업연도에 CC에게 지급한 경영자문료는 각각 3,687,908,100원, 3,607,471,680원이나, 2018사업연도 및 2019사업연도에 CC에게 지급한 경영자문료는 각각 2,060,489,150원, 1,818,578,030원으로 현격하게 감소한 반면, 원고가 제출한 DD와의 경영자문거래 내역에 의하면 원고가 2018사업연도 및 2019사업연도에 DD에게 지급한 경영자문료는 각 1,204,363,893원, 1,549,840,118원이고, 2018사업연도 및 2019사업연도의 CC 및 DD에 지급한 경영자문료 합계액이 각 3,264,853,043원, 3,368,418,148원이 되므로, 원고가 2016사업연도 및 2017사업연도에 CC에게 지급한 경영자문료에 근접한 액수가 된다.

다) 원고는 2018년

그룹 내의 사업구조를 개편하는 과정에서 아시아 지역 차원의 경영자문서비스에 대하여 종전 CC가 제공하던 것을 DD가 제공하는 것으로 이관하게 되었고, 이러한 이관 과정에서 DD와의 서면 계약 체결이 지연되면서, 2018사업연도에 DD가 제공한 서비스의 대가(이 사건 경영자문료)가 서비스 종료 후인 2019년 12월에 일괄 정산되어 청구된 것이라는 주장하고 있고, 앞서 본 사정들을 고려할 때 원고의 위 주장이 허위로 보이지는 않는다.

라) 또한 원고가 2006년경부터 CC 회사와 경영지원서비스 계약을 체결하고 계속 경영자문료를 지급해왔고, 피고가 문제삼는 2019년을 제외한 나머지 전후 사업연도에 원고가 CC에 지급한 경영자문료나 DD에 지급한 경영자문료를 모두 손금 산입한 것에 대해 피고가 별달리 부인하지 않았던 것을 볼 때, 이 사건 경영자문료는 적어도 통상성 있는 비용의 지출임이 인정되고, 피고가 이와 같이 계속적으로 지급된 경영자문료에 대해 통상성이나 수익관련성을 부정하고 있지도 않다.

3) 그런데 피고는 구 국세조세조정법 시행령 제6조의2 제1항 제1호의 ‘사전에 약정을 체결할 것’의 요건을 갖추지 못하였다는 이유만으로 이 사건 경영자문료를 2019사업연도의 손금에 불산입한 다음 이 사건 처분을 하였으므로 이 사건 처분 중 제4쟁점에 관한 부분은 위법하고, 이를 지적하는 범위 내에서 원고의 주장은 이유 있다.

다. 취소의 범위

과세처분 취소소송에서 처분의 적법 여부는 정당한 세액을 초과하느냐의 여부에 따라 판단하는 것으로서, 당사자는 사실심 변론종결 시까지 객관적인 과세표준과 세액을 뒷받침하는 주장과 자료를 제출할 수 있고, 이러한 자료에 의하여 적법하게 부과될 정당한 세액이 산출되는 때에는 그 정당한 세액을 초과하는 부분만 취소하여야 할 것이지만, 그렇지 아니한 경우에는 과세처분 전부를 취소할 수밖에 없으며, 그 경우 법원이 직권에 의하여 적극적으로 부과할 정당한 세액을 계산할 의무까지 지는 것은 아니다(대법원 2015. 9. 10. 선고 2015두622 판결 등 참조).

앞서 본 바와 같이 이 사건 처분 중 제3, 4쟁점에 관한 부분이 위법하나, 이 법원에 제출된 자료들만으로는 이 사건 처분 중 제3, 4쟁점에 관한 부분만을 제외하여 원고에 대한 정당한 법인세의 과세표준을 확정할 수 없으므로, 이 사건 처분을 원고가 취소를 구하는 범위 내에서 전부 취소하기로 한다.

5. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

1)원고가 무디스 리스크칼크를 통해 차입자인 CC의 신용등급(Ba2)을 산출한 다음 차입자 신용등급(Baa), 차입자 소재지(유럽), 거래통화(USD), 자금사용용도(산업용), 채권 만기(7년 이하), 채권 지급 순위(무담보 선순위), 채권 상환방법(만기일 일시금 납부) 등 7가지 조건을 주어 11개의 비교가능 채권을 ●●지방국세청에 제시하였으나, ●●지방국세청은 채무액 차이가 크고 만기가 일치하지 않으며 신용정도에 차이가 있고, 블룸버그 회사채 통계자료의 값을 이용해 차이조정한 조정 채권금리의 사분위값으로 정상가격을 산출하는 방법은 구 국제조세조정법 제5조 제1항 제1호에서 규정하고 있는 ”비교가능 제3자 가격방법“에 해당하지 않는다고 판단하였다(을 제6호증 이전가격보고서 참조).