주 문

1. 원고의 청구를 모두 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

주위적으로, 피고가 2024. ○○. ○○. 원고에 대하여 한 2021년 귀속 양도소득세 000,000,000원(가산세 포함)의 부과처분을 취소한다. 예비적으로, 피고가 2024. ○○. ○○. 원고에 대하여 한 2021년 귀속 양도소득세 000,000,000원(가산세 포함)의 부과처분을 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 1998. ○. ○○. ○○ K 대 330.6㎡를 매매로 취득한 후 2000. ○. ○○. 그 지상에 7층의 건물을 신축하였고(이하 ‘이 사건 건물’이라 하고, 토지와 건물을 합쳐 ‘쟁점 부동산’이라 한다), 2021. ○○. ○○. 쟁점 부동산을 주식회사 H에 매매대금 ○○억 원에 양도하였다(이하 ‘이 사건 양도’라 한다).

나. 원고는 2022. ○. ○○. 2021년 귀속 양도소득세를 신고하면서 장기보유 특별공제

000,000,000원을 적용하여 양도소득세 과세표준 000,000,000원 및 세액 000,000,000원을 신고·납부하였다.

다. Q지방국세청 감사관은 종합감사를 실시한 후 피고에게 ‘이 사건 건물은 용도가 근린생활시설(의원)로 되어 있으나 양도 당시 다세대주택으로 사용되었으므로, 양도 당시 시행되던 조정지역 내 3주택자 양도소득세 중과규정을 적용하고 장기보유 특별공제를 배제하여 양도소득세를 추가 고지하라’고 처분지시를 하였고, 이에 따라 피고는 원고에게 2024. ○○. ○○. 2021년 귀속 양도소득세를 경정·고지하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).

라. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 국세청장에게 심사청구를 하였으나, 국세청장은

2025. ○. ○. 이를 기각하는 결정을 하였다.

【인정 근거】다툼 없는 사실, 갑 제1, 2호증, 을 제1, 3 내지 5호증(가지번호가 있는

것은 각 가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 관계 법령

별지 ‘관계 법령’ 기재와 같다.

3. 본안 전 항변에 대한 판단

가. 피고의 주장

피고가 원고에 대하여 한 이 사건 처분은 2021년 귀속 양도소득세 000,000,000원(가산세 포함)임에도 원고의 주위적 청구는 이를 초과한 000,000,000원에 대한 부과처분의 취소를 구하고 있으므로, 이는 존재하지 않는 행정처분을 대상으로 한 것으로서소의 이익이 없어 부적법하다.

나. 판단

 1) 관련 법리

 과세처분이 이루어진 후에 증액경정처분이 있는 경우 그 증액경정처분은 당초 처분을 그대로 둔 채 당초 처분에서의 과세표준과 세액을 초과하는 부분만을 추가로 확정하는 것이 아니라 당초 처분에서의 과세표준과 세액을 포함시켜 전체로서 하나의 과세표준과 세액을 다시 결정하는 것이고, 당초 처분은 증액경정처분에 흡수되어 당연히소멸해서 그 증액경정처분만이 항고소송의 대상이 되며, 납세의무자는 그 항고소송에서 당초의 과세처분에 대한 위법사유도 함께 주장할 수 있고, 증액경정처분의 취소를구하는 항고소송에서의 소송물은 증액경정처분의 위법 여부, 즉 증액경정처분에서 정하여진 세액이 정당한 세액을 초과하는지 여부이다(대법원 2013. 4. 18. 선고 2010두11733 전원합의체 판결 등 참조).

  과세처분은 추상적으로 성립되어 있는 조세채무를 구체적으로 확정하는 행정처분으로, 여기서 확정이라는 것은 과세관청이 각 세법에서 정한 과세요건을 조사, 확인하여 과세표준과 그 세액을 특정하는 것을 의미하는바 과세관청이 납세고지를 함에 있어과세표준과 세액을 결정한 다음 그 세액에서 이미 납부한 자진납부액을 공제한 차액만을 납세고지하더라도, 그 부과처분은 결정세액 총액을 확정한 처분으로 보아야 하고그 나머지 납세고지한 차액만의 부과처분이라고 할 수 없다(대법원 1999. 12. 10. 선고99다44526 판결 등 참조).

 2) 구체적 판단

  위와 같은 법리에 비추어 이 사건에 관하여 보건대, 앞서 본 사실에 의하면 피고의 이 사건 처분에 의하여 결정된 2021년 귀속 양도소득세액은 000,000,000원이고, 원고가 주위적 청구로서 취소를 구하는 금액이 이 사건 처분에 따른 부과처분 범위 내의것인 점은 계산상 명백하므로, 이 사건 주위적 청구가 존재하지 않는 행정처분을 대상으로 한 것이라고 볼 수 없다. 따라서 이와 다른 전제에 선 피고의 본안 전 항변은 이유 없다.

4. 주위적 청구에 대한 판단

가. 원고의 주장

 이 사건 양도는 장기임대주택에 대한 양도소득세 감면에 관한 조세특례제한법 제97조(이하 ‘이 사건 감면규정’이라 한다) 제1항 제1호의 요건(신축시기, 주택규모, 임대개시 기한, 임대기간)을 모두 충족하였다. 피고는 이 사건 건물이 공부상 근린생활시설로 등재된 점을 이유로 이 사건 감면규정을 적용하지 않았으나, 이 사건 감면규정의‘주택’에는 ‘사실상 주거용으로 사용하는 건물’이 포함되는 것으로 해석되고, 원고는 주거용에 적합한 구조로 이 사건 건물을 신축하여 실제로 이 사건 건물 총 56개 호실 중49개 호실(면적 기준으로 87.5%)을 주거용으로 사용하였는바, 이 사건 감면규정을 적용하지 않고 2021년 귀속 양도소득세를 결정·부과한 이 사건 처분은 위법하다. 이 사건 감면규정을 적용하여 계산한 정당세액은 갑 제6호증의 기재와 같이 00,000,000원이므로, 이 사건 처분에 의해 부과된 양도소득세 중 위 정당세액을 초과한 000,000,000원(= 000,000,000원5) – 00,000,000원) 부분에 대하여 취소를 구한다.

나. 관련 규정 및 법리

 1) 이 사건 감면규정은 대통령령으로 정하는 거주자가 각 호의 어느 하나에 해당하는 국민주택을 임대한 후 양도하는 경우 요건에 따라 양도소득세에 대하여 감경 또는 면제하도록 규정한다.

 2) 장기임대주택에 대한 양도소득세 감면은 1986. 12. 26. 법률 제3865호로 조세감면규제법이 개정될 때 신설되어 1998. 12. 28. 조세감면규제법이 조세특례제한법으로전부개정되면서 그 적용대상을 2000. 12. 31.까지 신축된 임대주택으로 제한하는 등의변경이 있었고, 이후 감면율과 일부 자구 수정을 거쳐 현재까지 이르고 있는데, 일정한요건을 갖춘 임대주택의 건설을 촉진하고 무주택 서민의 주거생활 안정을 도모한다는정책적 목적을 가지고 만들어진 규정이다(헌법재판소 2015. 4. 30. 2011헌바269 결정참조).

 3) 이 사건 감면규정에 의하면, 일정 요건을 갖춘 거주자가 ‘국민주택’을 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세가 면제된다. 한편, 조세특례제한법 제55조의2 제4항에 의하면 ‘국민주택’이란 ‘대통령령으로 정하는 규모 이하의 주택’으로 정하고 있고, 구 조세특례제한법 시행령(2025. 12. 30. 대통령령 제35947호로 개정되기 전의 것) 제51조의2 제3항은 위 규모를 ‘주택법에 따른 국민주택 규모’라고 정하고 있다.

 그리고 「주택법」제2조 제6호는 ‘국민주택 규모’를 ‘주거의 용도로만 쓰이는 면적이 1호(戶) 또는 1세대당 85제곱미터 이하인 주택(수도권정비계획법 제2조 제1호에 따른 수도권을 제외한 도시지역이 아닌 읍 또는 면 지역은 1호 또는 1세대당 주거전용면적이 100제곱미터 이하인 주택을 말한다)’으로 정하고 있고, 같은 조 제1호는 ‘주택’을 ‘세대의 구성원이 장기간 독립된 주거생활을 할 수 있는 구조로 된 건축물의 전부 또는 일부 및 그 부속토지’로 정의하면서 이를 단독주택과 공동주택으로 구분한다고 규정하고 있다.

 4) 대법원은「구 조세감면규제법(1991. 12. 27. 법률 제4451호로 개정되기 전의것)」 제74조 제1항 제1호 소정의 부가가치세가 면제되는 ‘국민주택’에 해당하는지 여부가 문제된 사건에서, ‘위 법의 목적 등에 비추어 적어도 주택의 용도로 적법하게 건축허가를 받아 그에 따라 건축된 건물만 해당되고, 근린생활시설로 건축허가를 받아준공검사까지 마친 다음 용도변경의 허가를 받음이 없이 주택으로 개조한 경우에는,설사 그 면적이 국민주택 규모에 해당한다고 하더라도 위 규정 소정의 부가가치세가면제되는 국민주택에 해당한다고 할 수 없다(대법원 1996. 10. 11. 선고 96누8758 판결)’고 판시하였다.

 5) 조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석 하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가 운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의원칙에도 부합한다(대법원 2009. 8. 20. 선고 2008두11372 판결 등 참조).

다. 인정사실

 1) 원고가 이 사건 건물의 사용승인을 받기 위해 D구청에 제출한 2000. ○. ○○.자 사용승인신청서, 사용승인조사 및 검사조서에는 이 사건 건물의 주용도가 ‘근린생활시설(의원)’이고, 규정에 적법하게 시공되어 있음이 기재되어 있다. 이 사건 건물의 건축물대장에는 1층 계단실을 제외한 나머지 층(2층 내지 7층)의 용도가 ‘근린생활시설(의원)’로 등재되어 있다,

 2) 원고는 2002년 과세연도부터 2021년 과세연도까지 ‘주거용건물임대’ 업종으로종합소득세를 신고하였고, 이 사건 건물의 등기사항전부증명서에는 2004. ○. ○○. 및 2017. ○○. ○○. 각 접수된 주택임차권이 등기되어 있는 점이 확인된다. 국세청의 재산세부과내역상 이 사건 건물은 2006년부터 2013년까지는 의료시설로, 2014년부터 2021년은 사무실로 분류되었다.

 3) D구청장은 2021. ○. ○. 원고에게 이 사건 건물을 무단 용도변경(근린생활시설 → 주택 사용)한 것에 대하여 ‘위반건축물에 대한 시정명령 및 건축물대장상 위반사항 기재’에 관한 사전통지를 하였으나, 이 사건 건물이 2024. ○. ○○. 멸실되어 후속 행정처분은 이루어지지 않았다.

【인정 근거】앞서 든 증거, 을 제2호증의 기재

라. 구체적 판단

위 인정사실 및 변론 전체의 취지를 더하여 알 수 있는 다음과 같은 사정을 앞서본 법리에 비추어 살펴보면, 이 사건 건물은 이 사건 감면규정의 대상인 ‘국민주택’에 해당한다고 볼 수 없다. 따라서 이와 다른 전제에 선 원고의 주장은 이유 없다.

 ① 조세특례제한법에는 ‘주택’에 관하여 별도의 정의규정을 두고 있지 않았으나, 앞서 본 바와 같이 이 사건 감면규정이 장기임대주택에 대한 양도소득세를 감면하는 입법 취지가 주택공급이나 거래를 활성화하고 서민의 주거생활 안정을 지원하기 위해 일정한 과세혜택을 주고자 하는 것임을 감안하면, 이 사건 감면규정의 ‘국민주택’의 해당 여부는 신축 당시 건축물의 용도 및 건축허가서, 사용승인서, 건축물관리대장 등의공부상 용도에 따라 객관적으로 판단해야 하는바, 이 사건 건물은 ‘근린생활시설(의원)’로 건축허가 및 사용승인을 받았으므로 이 사건 감면규정의 대상인 ‘주택’에 해당하지 않는 것으로 봄이 상당하다.

 ② 이 사건 감면규정은 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정에 해당하므로엄격 하게 해석하는 것이 타당하고, 그 혜택의 정도가 일부 감경 또는 양도소득세를 면제 하는 상당한 혜택인 점을 고려하면, 이 사건 감면규정의 ‘국민주택’의 범위를 공부상용도를 중심으로 엄격하게 제한할 필요성이 크다. 원고가 이 사건 건물을 근린생활시설 용도로 건축허가를 받아 준공 이후 일정 시점부터 주거용으로 임대하여 사용한 사정이 인정되나, 이와 같이 다른 용도로 건축허가를 받아 건축한 다음 불법으로 용도를변경하여 주택의 요건을 충족한 경우까지 이 사건 감면규정의 대상인 ‘국민주택’에 개념에 포함시킬 수 없다고 할 것이다.

 ③ 이에 대하여 원고는 조세특례제한법에 주택의 정의규정이 없는 이상 소득세법제88조에 따라 ‘사실상 주거용으로 사용하는 건물’까지 이 사건 감면규정의 대상인 ‘주택’에 포함시켜야 한다고 주장하나, 조세특례에 관한 사항을 포괄하는 조세특례제한법이 ‘조세의 감면 또는 중과 등 조세특례와 이의 제한에 관한 사항을 규정하여 과세의공평을 도모하고 조세정책을 효율적으로 수행함으로써 국민경제의 건전한 발전에 이바지함’을 목적으로 하고 있어(같은 법 제1조), 소득세법과는 그 입법 취지나 목적이 상이하므로 소득세법의 주택의 개념에 따라 이 사건 감면규정을 해석하여야 한다는 원고의 위 주장은 받아들이기 어렵다.

 한편 조세특례제한법이 주택의 개념에 관하여 별도의 규정을 두고 있지 않는이상 주택에 관한 기본법인 주택법 제2조의 주택의 개념에 따라 해석하는 것이 합리적이고, 조세특례제한법과 입법 목적이 유사한 지방세특례제한법에서도 주택에 관하여주택법상 개념을 따르도록 규정하고 있다(지방세특례제한법 제2조 제2호의2). 이에 따라 이 사건에 관하여 보더라도, 건축법 시행령 [별표 1] 제3호의 제1종 근린생활시설로건축허가 및 사용승인을 받은 이 사건 건물은 주택법상 ‘주택’ 또는 ‘준주택’의 개념에포함되지 않으므로, 이 사건 양도에 이 사건 감면규정이 적용되는 것으로 볼 수 없다.

마. 소결

따라서 이 사건 양도에 이 사건 감면규정이 적용됨을 전제로 하는 원고의 주위적청구는 이유 없다.

5. 예비적 청구에 대한 판단

가. 원고의 주장

 1) 다음의 이유로 이 사건 양도에 1세대 3주택 이상의 경우 적용되는 양도소득세 중과규정인 소득세법 제104조 제7항 제3호가 적용되지 않는다.

  가) 이 사건 양도 시점, 즉 잔금 지급일을 기준으로 이 사건 건물의 현황 및 용도는 근린생활시설이었다. 원고는 위 시점에는 이 사건 건물의 모든 임차인을 퇴거시켜 공부상 용도와 현황의 불일치를 해소하였고, 이 사건 양도의 당사자의 의사도 이사건 건물이 근린생활시설(의원)임을 전제로 쟁점 부동산을 매매한 것이었으며, 실제로 이 사건 양도 직후 매수인이 이 사건 건물을 철거하기도 하였다.

  나) 이 사건 양도에는 이 사건 감면규정이 적용되므로 소득세법 시행령 제167조의3 제1항 제3호에 따라 주택의 수를 계산할 때 이 사건 건물이 제외되고 결국 1세대 3주택 요건에 해당하지 않는다.

 2) 설령 이 사건 양도에 1세대 3주택자 양도소득세 중과규정이 적용된다고 하더라도, 원고는 이 사건 건물을 공부상 용도인 근린생활시설(의원)로 인식하고 그에 따른재산세를 납부하였고, 주식회사 하랑엠앤디와 쟁점 부동산의 매매계약을 체결한 뒤 이사건 건물의 임차인을 모두 퇴거시키는 등 원고가 이 사건 건물이 소득세법이 정한 주택이라고 인식하지 못한 것에는 상당한 이유가 있으므로, 이 사건 처분 중 가산세 부분은 위법하여 취소되어야 한다.

나. 관련 규정 및 법리

 1) 구 소득세법(2023. 12. 31. 법룰 제19933호로 개정되기 전의 것) 제88조 제7호에 따르면 ‘주택’은 허가 여부나 공부상의 용도구분과 관계없이 사실상 주거용으로 사용하는 건물을 말하고, 이 경우 그 용도가 분명하지 아니하면 공부상의 용도에 따른다고 규정하고 있다.

 대법원은 구 소득세법(2002. 12. 18. 법률 제6781호로 개정되기 전의 것) 제89조 제3호, 같은 법 시행령(2001. 12. 31. 대통령령 제17456호로 개정되기 전의 것) 제154조 제1항에서 정한 '주택'에 해당하는지 여부가 문제된 사건에서, ‘주택에 해당하는지 여부는 건물공부상의 용도구분에 관계없이 실제 용도가 사실상 주거에 공하는 건물인가에 의하여 판단하여야 하고, 일시적으로 주거가 아닌 다른 용도로 사용되고 있다고 하더라도 그 구조․기능이나 시설 등이 본래 주거용으로서 주거용에 적합한 상태에있고 주거기능이 그대로 유지․관리되고 있어 언제든지 본인이나 제3자가 주택으로 사용할 수 있는 건물의 경우에는 이를 주택으로 보아야 한다(대법원 2005. 4. 28. 선고2004두14960 판결)’고 판시하였다.

 2) 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고․납세의무 등을 위반한 경우에 법이 정하는 바에 의하여 부과하는 행정상의 제재로서 납세자의 고의․과실은 고려되지 아니하고 법령의 부지 또는 오인은 그 의무위반을 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당한다고 볼 수 없다(대법원 2004. 6. 24. 선고 2002두10780 판결 등 참조).

 다. 구체적 판단

  1) 1세대 3주택 양도소득세 중과규정 적용 여부

  앞서 든 증거 및 변론 전체의 취지를 더하여 알 수 있는 다음과 같은 사정을 앞서본 법리에 비추어 살펴보면, 이 사건 처분이 1세대 3주택 이상의 경우 적용되는 양도 소득세 중과규정인 소득세법 제104조 제7항 제3호를 적용하여 원고에게 2021년 귀속양도소득세를 부과한 것은 정당한 것으로 볼 수 있다. 따라서 이와 다른 전제에 선 원고의 주장은 이유 없다.

  ① 이 사건 건물이 세대별로 구분된 각각의 공간마다 별도의 출입문, 화장실, 취사 시설이 설치되어 있는 구조로서, 원고가 이 사건 양도 직전까지 이 사건 건물의 총56개 호실 중 49개 호실을 주거용으로 임대한 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나변론 전체의 취지에 의하여 인정된다. 그렇다면 이 사건 건물은 실제 용도가 사실상주거에 공하는 건물로서 소득세법상 ‘주택’에 해당하는 것으로 볼 수 있다.

  ② 주거용으로서 이 사건 건물의 구조․기능이나 시설 등이 이 사건 양도 시점에 이 르러 반영구적으로 다른 용도로 변경되었다는 사정을 발견할 수 없고, 그렇다면 이사건 건물의 양도 당시의 현황은 주거용으로서 구조나 기능이 그대로 유지․관리되고있었던 것으로 볼 수 있다. 이 사건 양도 시점 전후로 이 사건 건물의 임차인들이 모두 퇴거하였다거나, 이 사건 양도에 관한 부동산매매계약서에 이 사건 건물을 근린생활시설로 표시하였다는 등의 원고가 주장하는 사정만으로는 앞서 인정한 사실을 뒤집고 이 사건 건물이 주거용으로서 구조나 기능을 상실하였다고 볼 수는 없다.

  ③ 소득세법 시행령 제167조의3 제1항 제3호는 이 사건 감면규정이 적용되는 주택의 양도를 전제로, 소유 주택의 수를 계산할 때 그 양도 주택을 산입하지 않음을 규정하고 있고, 앞서 본 바와 같이 이 사건 양도는 이 사건 감면규정이 적용되지 않는주택의 양도인 이상, 이 사건 양도에 위 소득세법 시행령 규정이 적용될 여지가 없다.

 2) 가산세 부과 적법성

 앞서 든 증거 및 변론 전체의 취지를 더하여 알 수 있는 다음과 같은 사정, 즉 ① 양도소득세는 납세의무자의 자진신고에 의해 납세의무가 확정되는 신고납부 방식의조세로서, 세금 신고 및 납부에 대한 최종 책임은 납세의무자에게 있는 점, ② 원고가이 사건 양도에 대하여 장기보유 특별공제를 적용하고 양도소득세 중과세율 72%가 아닌 다른 세율을 적용하여 양도소득세를 신고·납부한 것은 조세법령의 부지 또는 착오에서 비롯되었다고 보아야 하는 점, ③ 위와 같이 원고가 양도소득세를 신고·납부한 것에 관한 세법상의 해석상 견해의 대립 등이 있다고 할 수 없음에도 원고가 나름의 해석에 의하여 잘못 판단하여 한 것에 지나지 않는바(원고가 담당 공무원이나 전문가로부터 위와 같이 신고·납부하더라도 세법상 문제가 없다는 취지의 답변을 받았다고 인정할 아무런 자료도 없다), 이는 가산세를 감면할 정당한 사유에 해당한다고 보기 어려운 점 등에 비추어 보면, 원고에 대하여 가산세를 부과한 이 사건 처분이 위법하다고인정하기 어렵다. 따라서 원고의 이 부분 주장 역시 이유 없다.

라. 소결

따라서 원고의 예비적 청구는 이유 없다.

6. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 모두 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.