1.사실관계

-본인은 소유하고 있는 오피스텔을 ’18.2월 매입임대주택 등록(지자체)하고, ’18.3월 주택임대업으로 사업자 등록(세무서)함

-종합부동산세 합산배제 혜택을 받고 있으며, ’24.6월 해당 오피스텔을 매도할 예정임

2.질의내용

-종합부동산세법 시행령 제3조제1항제2호에 따라 ’18.4.2.까지 주택임대 등록 및 사업자 등록하고, 임대의무기간 경과 후 합산배제 주택을 매도할 경우 종합부동산세 추징되는지 여부

3. 관련법령

□종합부동산세법 제17조【결정과 경정】

⑤ 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 경감받은 세액과 이자상당가산액을 추징하여야 한다.

 1. 제8조제2항에 따라 과세표준 합산의 대상이 되는 주택에서 제외된 주택 중 같은 항 제1호의 임대주택, 같은 항 제2호의 가정어린이집용 주택 등 종합부동산세를 부과하는 목적에 적합하지 아니한 것으로서 대통령령으로 정하는 주택이 추후 그 요건을 충족하지 아니하게 된 경우

 2. 제8조제4항제2호에 따라 1세대 1주택자로 본 납세의무자가 추후 그 요건을 충족하지 아니하게 된 경우

□종합부동산세법 시행령 제3조【합산배제 임대주택】

①법 제8조제2항제1호에서 "대통령령으로 정하는 주택"이란 ｢공공주택 특별법｣ 제4조에 따른 공공주택사업자(이하 "공공주택사업자"라 한다) 또는 ｢민간임대주택에 관한 특별법｣ 제2조제7호에 따른 임대사업자(이하 "임대사업자"라 한다)로서 과세기준일 현재 ｢소득세법｣ 제168조 또는 ｢법인세법｣ 제111조에 따른 사업자등록(이하 이 조에서 "사업자등록"이라 한다)을 한 자가 과세기준일 현재 임대(제1호부터제3호까지,제5호부터제8호까지,제10호또는제11호의 주택을 임대한 경우를 말한다)하거나 소유(제4호또는제9호의 주택을 소유한 경우를 말한다)하고 있는 다음 각 호의 주택(이하 "합산배제 임대주택"이라 한다)을 말한다. 이 경우 과세기준일 현재 임대를 개시한 자가 법 제8조제3항에 따른 주택의 보유현황 신고기간 종료일까지 임대사업자로서 사업자등록을 하는 경우에는 해당 연도 과세기준일 현재 임대사업자로서 사업자등록을 한 것으로 본다.

 2. ｢민간임대주택에 관한 특별법｣ 제2조제3호에 따른 민간매입임대주택과 ｢공공주택 특별법｣ 제2조제1호의3에 따른 공공매입임대주택(이하 이 조에서 "매입임대주택"이라 한다)으로서 다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 주택. 다만, 공공주택사업자 중 한국토지주택공사 또는 지방주택공사가 소유하고 있는 주택의 경우에는 가목을 적용하지 않고, ｢공공주택 특별법｣ 제49조제4항에 따라 임대료등을 증액하는 경우에는 다목 전단을 적용하지 않으며, ｢민간임대주택에 관한 특별법｣ 제2조제3호에 따른 민간매입임대주택의 경우에는 2018년 3월 31일 이전에 사업자등록등을 한 주택으로 한정한다.

  가. 다음의 구분에 따른 공시가격이 그 구분에 따른 금액 이하일 것

   1) 30호 미만의 주택을 임대하는 경우: 해당 주택의 임대를 개시한 날 또는 최초로 제9항에 따른 합산배제신고를 한 연도의 과세기준일을 기준으로 하여 다음의 구분에 따른 금액

    가) 해당 주택의 소재지가 ｢수도권정비계획법｣ 제2조제1호에 따른 수도권(이하 "수도권"이라 한다)인 경우 : 6억원

    나) 해당 주택의 소재지가 수도권 밖의 지역인 경우 : 3억원

   2) 30호 이상의 주택을 임대하는 경우 : 30호 이상의 주택의 임대를 개시한 날(30호 이상의 주택의 임대를 개시한 날 이후 임대를 개시한 주택의 경우에는 그 주택의 임대를 개시한 날) 또는 최초로 제9항에 따른 합산배제신고를 한 연도의 과세기준일을 기준으로 하여 다음의 구분에 따른 금액

    가) 해당 주택의 소재지가 수도권인 경우 : 9억원

    나) 해당 주택의 소재지가 수도권 밖의 지역인 경우 : 6억원

  나. 5년 이상 계속하여 임대하는 것일 것

  다. 임대료등의 증가율이 100분의 5를 초과하지 않을 것. 이 경우 임대료등 증액 청구는 임대차계약의 체결 또는 약정한 임대료등의 증액이 있은 후 1년 이내에는 하지 못하고, 임대사업자가 임대료등의 증액을 청구하면서 임대보증금과 월임대료를 상호 간에 전환하는 경우에는 ｢민간임대주택에 관한 특별법｣ 제44조제4항 및 ｢공공주택 특별법 시행령｣ 제44조제3항에 따라 정한 기준을 준용한다.

□부칙〈제85645호, 2018.2.13.〉

제1조(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 제3조제1항제7호 및 제8호, 제3조제5항 및 제7항의 개정규정(같은 조 제1항제7호 및 제8호와 관련된 것으로 한정한다)은 2018년 4월 1일부터 시행한다.

제2조(일반적 적용례) 이 영은 이 영 시행 이후 납세의무가 성립하는 분부터 적용한다.

□종합부동산세법 시행령 제10조【추징액 등】

① 법 제17조제5항제1호에 따라 추징해야 하는 경감받은 세액은 제1호의 금액에서 제2호의 금액을 뺀 금액으로 한다.

 1. 합산배제 임대주택, 어린이집용 주택 또는 제4조제1항제21호에 따른 주택(이하 "합산배제 임대주택등"이라 한다)으로 보아 왔던 매 과세연도마다 해당 주택을 종합부동산세 과세표준 합산의 대상이 되는 주택으로 보고 계산한 세액

 2. 합산배제 임대주택등으로 보아 왔던 매 과세연도마다 해당 주택을 종합부동산세 과세표준 합산의 대상에서 제외되는 주택으로 보고 계산한 세액

② 법 제17조제5항제1호에 따라 추징해야 하는 이자상당가산액은 제1항에 따라 계산한 금액에 제1호의 기간과 제2호의 율을 곱하여 계산한 금액으로 한다.

 1. 합산배제 임대주택등으로 신고한 매 과세연도(제3조제9항 단서 및 제4조제5항 단서에 따라 신고하지 않은 과세연도를 포함한다)의 납부기한 다음 날부터 법 제17조제5항제1호에 따라 추징할 세액의 고지일까지의 기간

 2. 1일당 10만분의 22

③ 제1항에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 경감받은 세액과 이자상당가산액을 추징하지 않는다.

 1. 제3조제1항제1호나목, 같은 항 제2호나목, 같은 항 제7호나목, 같은 항 제8호가목2), 같은 항 제10호나목 및 같은 항 제11호가목2)에 따른 최소 임대의무기간이 지난 후에 같은 항 제1호다목, 같은 항 제2호다목, 같은 항 제7호다목, 같은 항 제8호가목3), 같은 항 제10호다목 및 같은 항 제11호가목3)의 요건을 충족하지 않게 된 경우

 2. ｢민간임대주택에 관한 특별법｣ 제6조제1항제11호 또는 같은 조 제5항에 따라 임대사업자 등록이 말소된 경우

 3. ｢도시 및 주거환경정비법｣에 따른 재개발사업ㆍ재건축사업, ｢빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법｣에 따른 소규모주택정비사업으로 당초의 합산배제 임대주택이 멸실되어 새로 취득하거나 ｢주택법｣에 따른 리모델링으로 새로 취득한 주택이 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 요건을 갖춘 경우. 다만, 새로 취득한 주택의 준공일부터 6개월이 되는 날이 2020년 7월 10일 이전인 경우는 제외한다.

  가. 새로 취득한 주택에 대하여 2020년 7월 11일 이후 종전의 ｢민간임대주택에 관한 특별법｣(법률 제17482호 민간임대주택에 관한 특별법 일부개정법률로 개정되기 전의 것을 말한다) 제2조제5호에 따른 장기일반민간임대주택 중 아파트를 임대하는 민간매입임대주택 또는 같은 조 제6호에 따른 단기민간임대주택으로 같은 법 제5조제1항에 따라 등록 신청(같은 조 제3항에 따라 임대할 주택을 추가하기 위해 등록사항의 변경신고를 한 경우를 포함한다)을 했을 것

  나. 새로 취득한 주택이 아파트(당초의 합산배제 임대주택이 단기민간임대주택인 경우에는 모든 주택을 말한다)인 경우로서 해당 주택에 대하여 임대사업자 등록을 하지 않았을 것

4. 관련 해석사례

□서면-2022-부동산-5645, 2023.2.6.

 ’18.4.3. 이후 등록한 단기민간임대주택은 종부령 §3①(2),(8)에 따른 합산배제 임대주택에 해당하지 않음

□서면-2023-부동산-2171, 2024.6.17.

민간임대주택법상 임대의무기간 종료 후에도 임대사업자의 지위에서 계속 임대하는 경우 합산배제 적용 가능함

□기획재정부 재산세제과-1415, 2023.12.22.

2018.3.31.이전에 사업자등록 등을 완료하고 2018.3.31.이후에 주택임대를 개시한 오피스텔의 경우 종부세법 시행령 제3조 제1항 제2호에 따라 합산배제 가능한 것임

□서면인터넷방문상담5팀-1657, 2007.5.25.

 합산배제되는 매입임대주택으로 적용을 받아왔던 당해 주택을 10년 이상 임대기간을 충족하지 아니하고 멸실하는 경우 경감받은 종합부동산세를 추징하는 것임