주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2024. 7. 1. 원고에 대하여 한 2019 사업연도 법인세 7,435,486,550원 중7,184,414,752원을 초과하는 부분(가산세 제외), 2019 사업연도 법인세 가산세71,075,157원, 2020 사업연도 법인세 274,214,597원 중 65,815,108원을 초과하는 부분(가산세 포함), 2021 사업연도 법인세 825,227,097원 중 639,453,101원을 초과하는 부분(가산세 포함), 2022 사업연도 법인세 595,461,870원 중 420,427,883원을 초과하는 부분(가산세 포함), 2023 사업연도 법인세 293,100,980원 중 128,195,873원을 초과하는 부분(가산세 포함)의 각 부과처분을 모두 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 전원공급장치, 전기변환장치의 제조 및 판매, 신재생 에너지 사업 등을 목적으로 하는 회사이다.

나. 원고는 1999. 2. 25. 경기도 ○○군 ○○읍 ○○리 ○○○-○ 소재 연구소에 대해 한국산업기술진흥협회로부터 구 기술개발촉진법(2000. 1. 12. 법률 제6125호로 개정되기전의 것) 제8조의3 제1항 제2호에 따른 기업부설연구소로 인정받았고, 그 연구소 소재지를 2010. 8. 9. ’○○시 ○○면 ○○리 ○○산업단지 ○○블럭○-○‘로, 2013. 4. 16. ’○○시 ○○구 ○○동 ○○○-○번지 디○○○○○○ ○동 ○○○○호‘로 각 변경하는 신고를 하여 변경된 소재지 연구소에 대해 기업부설연구소로 인정받았다.

다. 원고는 2024. 7. 11. 연구소의 주소재지를 ’○○시 ○○구 ○○동 ○○○-○번지 디○○○○○○ ○동 ○○○○호‘(이하 주소재지 연구소를 ’수원 연구소‘라고 한다), 부소재지를 ’○○시 ○○면 ○○○○로 76‘(이하 부소재지 연구소를 ’이 사건 연구소‘라고 한다)로 변경신고하여 각 연구소에 대해 한국산업기술진흥협회로부터 「기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률」(이하 ’기초연구법‘이라고 한다) 제14조의2 제1항에 따른 기업부설연구소로 인정받았다.

라. 원고는 2019 사업연도부터 2023 사업연도까지 법인세 신고 시 구 조세특례제한법(2023. 12. 31. 법률 제19936호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제10조 제1항 제3호에 따라 세액공제 대상 일반 연구․인력개발비 49,804,936,544원을 신고하여 세액공제를 받았다.

마. ○○지방국세청장은 2024. 4. 30.부터 2024. 6. 26.까지 원고에 대한 법인통합조사를 실시하고, 이 사건 연구소가 기초연구법에 따른 기업부설연구소로 인정받지 않은연구소로서 관련 법령에서 정한 세액공제 요건이 갖추어지지 않은 것으로 보아 이 사건 연구소의 인건비와 재료비 등 총 8,891,876,444원(이하 ‘이 사건 연구개발비’라고 한다)을 세액공제 대상에서 제외하는 내용 등의 세무조사결과를 원고에게 통지하였다.

바. 위 세무조사결과에 따라 피고는 2024. 7. 1. 원고에게 2019 사업연도부터 2023사업연도까지 법인세 총 2,474,889,210원을 납부고지하였다(이하 ‘당초 부과처분’이라고

한다).

사. 원고는 당초 부과처분에 대해 국세청장에게 심사청구를 하였고, 국세청장은 2024. 12. 11. 위 심사청구 중 일부 쟁점에 대하여는 과세표준과 세액을 경정하거나 재조사하도록 결정하였으나, 이 사건 연구개발비에 대하여는 이를 세액공제 대상으로 인정하기 어렵다고 보아 위 쟁점에 관한 원고의 심사청구를 기각하였다. 위 심사청구 결과에 따라, 피고는 당초 부과처분에 대해 2025. 1. 14. 과세표준과 세액을 경정하고, 2025. 3. 25. 재조사 결정된 부분에 따라 일부 금액을 취소하였다.

아. 원고는 2025. 4. 3. 당초 부과처분 중 피고가 이 사건 연구개발비를 세액공제 대상에서 제외함에 따라 증액된 부과처분 총 1,056,259,534원 부분(이하 ‘이 사건 처분’이라고 한다)의 취소를 구하는 이 사건 소를 제기하였다.

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 3 내지 10, 20호증, 을 제1, 2호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 원고의 주장 요지

이 사건 연구개발비는 구 조세특례제한법 제10조 제1항에 따른 연구․인력개발비로서의 세액공제 요건을 모두 갖추고 있으므로, 이를 세액공제 대상에서 제외한 이 사건 처분은 위법하다.

가. 이 사건 연구소는 일정한 자격을 갖춘 연구전담요원이 연구개발과제를 직접 수행하고, 고정벽체와 별도의 출입문으로 다른 부서와 구분하여 독립적인 공간을 확보하는 등 관련 법령이 정한 연구․인력개발비 세액공제의 인적요건 및 물적요건을 모두 갖추었다.

나. 이 사건 연구소는 세액공제 대상이 되는 적법하게 인정받은 기업부설연구소에 해당한다. 비록 이 사건 연구소에 대하여 2024년경 뒤늦게 부소재지 연구소로 변경신고 한 것은 사실이지만, 이는 기업부설연구소로 적법하게 인정받은 ○○연구소의 일부 연구개발인력을 부소재지 연구소로 이전한 것에 불과하고, 변경신고 지연 내지 해태로 인하여 원고의 기업부설연구소가 인정취소 된 사실이 없다.

3. 관계 법령

별지 ‘관계 법령’ 기재와 같다.

4. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 관련 규정

1) 구 조세특례제한법 제10조 제1항은 연구개발 및 인력개발을 위한 비용 중 대통령령으로 정하는 비용이 있는 경우에는 같은 항 제3호가 정한 일반연구ㆍ인력개발비 등의 금액을 해당 과세연도의 법인세에서 공제하도록 정하고 있다. 구 조세특례제한법 시행령(2025. 2. 28. 대통령령 제35347호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제9조 제1항, [별표 6]은 위 ‘대통령령으로 정하는 비용’이란 연구개발 및 인력개발을 위한 비용으로서 연구개발 등을 위한 기획재정부령으로 정하는 연구소 또는 전담부서에서 근무하는 직원 등의 인건비 및 위 연구소 또는 전담부서 등이 연구용으로 사용하는 견본품ㆍ부품ㆍ원재료와 시약류구입비 등을 말한다고 정하고 있다. 그리고 구 조세특례제한법 시행규칙(2023. 12. 29. 기획재정부령 제1035호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제7조 제1항은 위 ‘기획재정부령으로 정하는 연구소 또는 전담부서’란 기초연구법 제14조의2 제1항에 따라 과학기술정보통신부장관의 인정을 받은 기업부설연구소 또는 연구개발전담부서 등을 말한다고 정하고 있다.

2) 기초연구법 제14조의2 제1항은 ‘과학기술정보통신부장관은 연구 인력 및 시설 등 대통령령으로 정하는 기준을 충족하는 기업부설 연구기관 또는 기업의 연구개발부서를 기업부설연구소 또는 연구개발전담부서로 인정할 수 있다.’고 정하고 있다. 그리고 기초연구법 제20조는 ‘관계 중앙행정기관의 장은 이 법에 따른 권한의 일부를 대통령령으로 정하는 바에 따라 기초연구진흥 및 기술개발지원 관련 업무를 수행하는 기관 등에 위탁할 수 있다.’고 정하고 있고, 구 기초연구법 시행령(2025. 10. 1. 대통령령 제35801호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제27조 제1항은 ‘법 제20조에 따라 과학기술정보통신부장관은 기업부설연구소 등 인정 신청의 수리 및 인정에 관한 사무, 기업부설연구소 등의 변경신고의 수리에 관한 사무 등을 한국산업기술진흥협회에 위탁한다.’고 정하고 있다.

나. 관련 법리

1) 조세법률주의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고, 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다(대법원 2020. 6. 11. 선고 2017두36953 판결 등 참조).

2) 과세처분 취소소송에서 비과세요건이나 공제요건 등에 대한 증명책임은 원칙적으로 납세의무자에게 있다(대법원 2009. 7. 9. 선고 2007두4049 판결 등 참조). 조세특례제한법상 연구․인력개발비 세액공제의 경우 과세소득 자체에 부수되는 것이 아닐 뿐만 아니라 법인세 과세가액결정에 예외적으로 영향을 미치는 특별한 사유에 속하므로 그 존재사실, 즉 이 사건 연구개발비가 세액공제 대상이 되는 연구개발비에 해당한다는 점에 대한 증명책임은 납세의무자인 원고에게 있다.

다. 구체적 판단

1) 앞서 본 관련 규정에 의하면, 구 조세특례제한법 제10조 제1항이 정한 연구ㆍ인력개발비로서 법인세 세액공제 대상이 되기 위해서는 연구개발 및 인력개발을 위한비용으로서 ‘기초연구법 제14조의2 제1항에 따라 과학기술정보통신부장관의 인정을 받은 기업부설연구소’에서 근무하는 직원 등의 인건비 또는 위 기업부설연구소에서 연구용으로 사용하는 견본품 구입비 등의 비용에 해당하여야 한다.

2) 그런데 이 사건 연구소는 원고가 이 사건 연구개발비에 대해 세액공제를 신청한 해당 과세연도(2019 내지 2023 사업연도)에는 기업부설연구소로 인정된 바 없고, 이후인 2024. 7. 11.에야 비로소 부소재지 연구소로서 신고되어 기초연구법 제14조의2 제1항에 따른 기업부설연구소로 인정받았음은 앞서 본 것과 같다. 따라서 이 사건 연구개발비는 ‘기초연구법 제14조의2 제1항에 따라 과학기술정보통신부장관의 인정을 받은 기업부설연구소’의 연구ㆍ인력개발비라고 볼 수 없다. 결국 이와 같은 이유에서 이사건 연구개발비가 구 조세특례제한법 제10조 제1항에 따른 법인세 세액공제 대상에 해당하지 않는다고 본 이 사건 처분은 적법하고, 원고의 주장은 더 살필 필요 없이 이유 없다.

3) 이에 대하여 원고는, 기업부설연구소로 적법하게 인정받은 수원 연구소에서 일부 연구개발인력을 부소재지 연구소인 이 사건 연구소로 이전한 것은 소재지 변경에 따른 변경신고사항에 불과하고, 원고가 변경신고를 해태한 것은 사실이지만, 변경신고 해태는 임의적 인정취소 사유인데(기초연구법 제14조의3 제1항), 원고의 기업부설연구소가 인정취소 된 사실이 없으므로, 이 사건 연구소는 여전히 적법하게 인정된 기업부설연구소로 보아야 하고, 이 사건 연구개발비는 세액공제 대상에 해당한다고 보아야한다는 취지로 주장한다.

그러나 위 인정사실, 앞서 든 증거들, 을 제5호증의 기재 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정들을 종합하면, 원고의 위 주장은 받아들일 수 없다.

① 원고가 이 사건 연구개발비에 대해 세액공제를 신청한 해당 과세연도(2019 내지 2023 사업연도) 당시 원고는 수원 연구소에 대해서만 기초연구법 제14조의2 제1항에 따른 기업부설연구소로 인정받았을 뿐이므로, 이 사건 연구소에 대해서 기업부설연구소로 인정을 받았다고 볼 수 없다.

② 기초연구법 제14조의2 제3항, 구 기초연구법 시행규칙(2026. 1. 30. 과학기술정보통신부령 제163호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제5조 제1항, [별표 1]에 의하면 기업부설연구소의 ‘소재지’는 변경신고 사항에 해당한다. 그러나 구 기초연구법 시행령제17조 제1항 제2호는 원칙적으로 기업부설연구소는 하나의 주소지에 두어야 하나, 연구의 원활한 수행을 위하여 필요한 경우 ‘각 주소지에 독립된 연구시설을 갖추고 있을것’, ‘각 주소지에 기업부설연구소 등의 연구전담요원 또는 연구보조원 1명 이상이 상시 근무할 것’이라는 요건을 갖춘 경우에 주소재지와 부소재지로 구분하여 2개의 장소에 둘 수 있다고 정하고 있다. 따라서 부소재지에 연구소를 두는 내용의 변경신고는 위와 같은 요건을 갖춘 경우에 한하여 수리가 이루어지고, 부소재지 연구소는 위 변경신고가 수리된 경우에야 비로소 인정을 받은 기업부설연구소에 해당한다고 봄이 타당하다. 이에 의하면 부소재지 연구소에 대한 변경신고의 수리는 위 연구소에 대하여는실질적으로 새로운 기업부설연구소로서의 인정 신청에 대한 수리의 의미를 가진다.

③ 원고 대표이사 김재만은 2024. 6.경 원고에 대한 법인통합조사 과정에서 “당사는 연구인력개발비 세액공제를 적용받기 위하여 독립된 공간에 연구소를 설치 및 KOITA(한국산업기술진흥협회)로부터 인증받은 후 연구를 수행하여야 하나, KOITA로부터 인정받지 않은 장소(본사 3층)에서 연구 및 개발 업무를 수행하고 본사 소재 발생연구․개발비 합계 8,891,876,444원에 대해 세액공제를 신청한 사실이 있습니다.”라는 내용의 확인서를 작성한 바 있다(을 제5호증).

5. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.