[주 문]

심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

가.청구인은 2024년 아래와 같은 부동산거래를 하고 관련한 양도소득세 예정신고 및 수정신고를 하였다.

 (1)청구인은 2003.1.17. 경상북도 포항시 OOO(이하 “쟁점토지”라 한다)를 취득한 후, 2003.10.15. 쟁점토지와 그 인접토지의 지상에 건물(연면적이 971.73㎡이고, 이하 “쟁점건물”이라 하며, 쟁점토지와 합하여 “쟁점부동산”이라 한다)을 신축하여 유치원으로 운영하다가, 2024.3.7. 쟁점부동산과 위 인접토지(이하 “쟁점부동산등”이라 한다)를 OOO원에 양도하였다.

 (2)청구인은 2024.5.31. 아래 <표1> 기재와 같이 쟁점부동산등의 취득가액을 실지거래가액인OOO원(이 중 쟁점토지분은 OOO원, 쟁점건물분은 OOO원이다)으로 하여 2024년 귀속 양도소득세 예정신고‧납부를 하였다가, 2024.7.9. 아래 <표2> 기재와 같이 쟁점부동산의 취득가액을 「소득세법」 제97조 제1항 제1호 나목에 따른 환산취득가액인 OOO원으로 감액하는 등 양도소득세액을 OOO원으로 하는 수정신고를 하였다.

<표1> 청구인의 2024년 귀속 양도소득세 예정신고 내역

○○○

<표2> 청구인의 2024년 귀속 양도소득세 수정신고 내역

○○○

나.청구인은 2025.4.3. 쟁점부동산의 취득가액을 실지거래가액인 OOO원(쟁점토지분은 OOO원이고, 쟁점건물분 OOO원이며, 이하 그 합계액을 “쟁점금액”이라 한다)으로 하여 2024년 귀속 양도소득세 OOO원의 환급을 구하는 취지의 경정청구를 하였으나, 처분청은 2025.6.5. 쟁점금액이 쟁점부동산의 실지거래가액인지를 확인하기 어렵다는 이유로 이를 거부하였다.

다.청구인은 이에 불복하여 2025.7.30. 이의신청을 거쳐 2025.12.8. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

  쟁점부동산의 취득가액은 실지거래가액인 쟁점금액으로 보아야 한다.

 (1)쟁점토지의 실지취득가액은 OOO원임이 확인된다.

   당초 쟁점토지를 매입한 경위는 청구인과 배우자인 A이 아래 <표3> 기재와 같이 공동으로 2002.12.11. A 명의의 예금계좌에서 OOO원을 계약금 명목으로 전 소유자에게 지급하고, 이후 A이 금융기관(H) 대출금을 받아 2003.1.17. 해당 금융기관 계좌에서 수표로 인출한 OOO원을 위 전 소유자에게 지급하였다.

<표3> 청구인과 배우자 A의 쟁점토지 취득 대금 지급 내역

○○○

   한편 청구인이 쟁점토지를 매입하게 된 목적은 그 지상에 유치원을 신축‧운영하기 위함이었는데, 2003.1.17. 배우자인 A과 공동으로 쟁점토지를 매입하였다가, 부속토지와 그 지상의 건물이 동일인인 설립자 명의이어야 한다는 법령 규정을 확인하고 2003.10.23. A의 보유지분을 매입(매입가액은 아래와 같이 당초 A이 매입한 금액과 같다)하였다.

   이러한 사실관계 및 다음의 사정, 즉 ①당초 쟁점토지 양수대가의 지급 내역이 통상의 부동산 매입시 자금흐름과 같은 점(계약대금의 10% 상당을 계약금으로 지급하고 1개월 상당이 지난 후에 쟁점토지를 담보로 한 금융기관 대출금으로 잔금을 지급한 것), ②청구인은 쟁점토지의 취득 후 1년 상당이 지난 2004.10.29. 쟁점건물의 신축 대금 중 잔금의 지급을 위해 금융기관(OOO) 대출금을 받았는데, 그 당시인 2004.10.27. 해당 금융기관이 감정기관으로부터 받은 감정평가서[이하 “쟁점감정평가(서)”라 한다]를 보면 아래 <표4> 기재와 같이 쟁점토지분이 OOO원으로 기재되어 있고, 해당 금액은 쟁점금액 중 쟁점토지분(OOO원)과 유사하였던 점, ③쟁점토지의 취득 시기는 20년 이상 전으로, 그 당시에는 통상적으로 부동산 거래대금을 수표로 지급하였고, 비록 청구인은 쟁점토지의 취득 당시 매매계약서를 찾지 못하였으나, 청구인이 전 소유자에게 잔금 명목으로 지급한 위 수표금액의 출금일자가 쟁점토지의 등기부상 청구인과 A의 그 소유권 취득일(등기접수일인 2003.1.17.이다)과 일치하는 점 등을 감안할 때, 청구인이 쟁점토지의 취득 당시 전 소유자에게 OOO원을 지출한 사실이 확인되는 것으로 보아야 함에도, 쟁점토지의 취득 당시 실지거래가액이 인정 또는 확인되지 않는 것으로 보아 이 건 경정청구를 거부한 이 건 처분은 위법‧부당하다.

<표4> 쟁점감정평가서의 감정평가표 내역

○○○

   한편 처분청은 쟁점토지의 검인계약서에 쟁점토지의 취득가액이 OOO원으로 기재되어 있음을 이유로 청구인이 제시한 OOO원을 실지취득가액으로 볼 수 없다는 의견이나, 청구인이 쟁점토지를 취득할 당시의 1㎡ 개별공시지가는 OOO원으로 이를 쟁점토지의 면적에 적용하면 OOO원으로, 위 검인계약서상의 취득가액과 상당히 일치하는바, 청구인은 쟁점토지의 취득세 신고시 그 당시 토지의 취득가액을 개별공지시가로 하여 신고하는 관행에 따라 위 검인계약서를 작성하였을 뿐, 청구인이 실제로 그 취득 당시 쟁점토지의 취득대가로 실제 지급한 OOO원과는 차이가 크다고 할 것이므로, 위 처분청의 의견은 부당하다.

 (2)쟁점건물의 실지취득가액은 OOO원임이 확인된다.

   앞서 제시하였듯이 청구인은 어린이집을 신축‧운영하기 위하여 쟁점토지를 취득하였고, 2003.3.18. 주식회사 B(대표자는 C이고, 이하 “쟁점시공사”라 한다)과 사이에, 청구인이 쟁점시공사로 하여금 2003.3.18.∼2003.8.20. 중 계약금액 OOO원(계약금은 OOO원, 중도금은 OOO원, 잔금은 OOO원이다)에 쟁점토지의 지상에 쟁점건물을 신축하도록 하는 내용의 공사계약서[이하 “쟁점계약(서)”라 하고, 관련한 공사를 “쟁점공사”라 한다]를 작성하였다. 한편 쟁점공사는 쟁점계약 상의 기간보다 지연된 2003년 10월 완료되었고, 추가공사대금의 발생으로 총 공사대금은 OOO원이 지출되었는데, 당초 청구인은 쟁점계약 대금 중 잔금을 종전 임차주택의 전세보증금을 반환받아 지급하고자 할 계획이었으나 해당 계획에 차질이 생겨서, 앞서 제시하였듯이 2004.10.27. 금융기관의 대출금 OOO원을 받아 쟁점계약 대금 중 잔금을 지급하였는데, 쟁점감정평가서를 보면 쟁점건물의 감정가액이 OOO원으로, 청구인이 쟁점시공사에게 지급한 공사대금 OOO원과 상당히 일치한다(쟁점감정평가는 청구인의 쟁점부동산 취득 후 불과 1∼2년 정도 지난 때에 이루어진 것으로, 그 사이에 가격변동의 특별한 사정이 없었다면 쟁점부동산의 취득 당시 실지거래가액과 유사하다고 보아야 하는 반면에, 처분청이 적용한 환산가액과 사이에는 큰 차이가 있다).

   청구인은 이처럼 자금을 조달하여 쟁점공사의 대금을 지급하였는데, 그 구체적인 지급 과정은 아래 <표5> 기재와 같이 2003.3.18.∼2004.12.27. 중 쟁점시공사의 대표자인 C 또는 C의 자녀인 D에게 각 수표 지급 또는 계좌이체의 방법으로 쟁점공사 대금 합계 OOO원을 지급하였다. 청구인은 C의 요청에 따라 그 자녀인 D에게 쟁점공사 대금 중 계약금 OOO원을 지급하였고, 그 이후에도 지속적인 C의 요청에 따라 쟁점공사 대금의 일부를 지급하였는데, 청구인이 C에게 이에 대해 문제를 제기하였으나 C의 배려(쟁점공사 대금 중 잔금을 쟁점계약 기간 이후에 지급하도록 해 준 것)에 대한 고마움으로 C의 요청을 거부할 수 없었다(청구인은 추후에 C이 다수의 채무 문제로 금융거래를 할 수 없고 쟁점시공사의 쟁점공사에 관한 수익을 사적으로 유용하고자 위 요청을 하였음을 알았다).

<표5> 청구인 또는 배우자 A의 쟁점공사 대금 지급 내역

○○○

   요컨대 청구인은 쟁점건물의 실지취득가액을 입증하기 위하여 20년 이상 지난 시점에서 최선을 노력을 다하여 처분청에게 증빙자료, 즉 쟁점건물의 시공에 관한 쟁점계약서, 그 시공자인 쟁점시공사 대표자의 확인서, 관련한 금융증빙 등을 제출하였음에도, 쟁점건물의 취득 당시 실지거래가액이 인정 또는 확인되지 않는 것으로 보아 이 건 경정청구를 거부한 이 건 처분은 위법‧부당하다.

   한편 ①처분청은 쟁점계약서 및 C의 확인서를 사인 간에 임의로 작성 가능하다는 이유로 신뢰할 수 없다는 의견이나, 사인 간에 정상적으로 작성된 이들 문서의 증명력을 아무런 이유 없이 부인하는 것은 부당하다(청구인은 쟁점시공사를 수소문 끝에 어렵게 찾아내어 쟁점계약서를 제공받아 이 건 경정청구를 하였다). ②처분청은 위 <표5> 기재와 같이 청구인이 쟁점공사 대금으로 지급한 내역 중 수취인이 D인 것에 대해서는 쟁점시공사와 무관하다는 이유로, 수표로 C에게 지급된 것(OOO원)에 대해서는 실제 지급 사실을 확인할 수 없다는 이유로 각 쟁점공사 대금으로 인정할 수 없다는 의견이나, D은 쟁점시공사의 C의 자녀임에도 막연히 제3자에 해당하는 것으로 보아 쟁점공사 대금과의 관련성을 부인하는 것은 부당하고, 앞서 제시하였듯이 지금으로부터 20년 이상 전인 ‘쟁점공사 대금의 지급 당시’에는 부동산의 취득대금을 수표로 지급하는 것이 일반적이었고, 위 수표 지급 전에 지속적으로 위 D에 대한 쟁점공사 대금 명목의 계좌이체가 있었음을 감안하면 해당 수표 지급도 쟁점공사의 대금으로 지급되었음을 미루어 짐작할 수 있으며, 이들 금액의 합계는 앞서 제시한 쟁점감정평가서 상 쟁점건물의 감정가액과 유사함을 통하여 쟁점건물의 신축 대금으로 인정될 수 있다 할 것이므로, 위 처분청의 의견도 부당하다.

   또한 ③처분청은 쟁점계약서 상의 쟁점시공사와 쟁점건물의 건축물관리대장 상의 쟁점건물 시공사 명의(주식회사 E)가 서로 다르고 이들 간에 공사 하도급 여부가 확인되지 않는다는 이유로 쟁점계약서를 신뢰할 수 없다는 의견이나, 쟁점시공사는 쟁점건물의 면적(971.73㎡) 때문에 종합건설면허가 필요하여 주식회사 E의 해당 면허를 임차하여 쟁점공사를 하였을 뿐 이를 두고 발주자인 청구인에게 책임을 물을 수 없다(처분청은 쟁점시공사의 건설면허 임차 사실이 불법임을 이유로 쟁점계약서를 신뢰할 수 없다는 의견이나 그 불법성과 청구인이 쟁점시공사에게 쟁점공사의 대금을 지급한 사실 간에는 관련성이 없다). ④처분청은 쟁점공사의 계약기간을 1년 2개월 상당이 지나서 공사대금의 일부(위 <표4>의 ㉠∼㉢ 합계 OOO원)가 지급된 것을 비정상적으로 보았으나, 앞서 제시하였듯이 당초 쟁점계약의 체결시 청구인이 종전 임차주택의 전세보증금을 반환받아 계약대금 중 잔금을 지급할 계획에 차질이 생겨서 계약기간을 지나서야 쟁점건물을 담보로 받은 금융기관 대출금으로 그 잔금을 지급한 것인 점 등을 감안할 때, 위 처분청의 의견은 부당하다(대금지급이 지연된 이유는 청구인이 유치원 인가를 신청해 둔 상황에서 쟁점건물을 담보로 제공할 수는 없어서 가급적 다른 방법으로 잔금 지급의 재원을 조달하고자 하였으나, 그 인가가 지체되어 어린이집으로 운영하던 중 계약기간이 1년 이상 지난 시점에 유치원 인가를 받는 것을 포기하고 쟁점건물을 담보로 금융기관 대출을 받아 쟁점공사 대금의 잔금을 지급했기 때문이다).

나. 처분청 의견

  쟁점부동산의 취득가액은 실지거래가액을 인정 또는 확인할 수 없는 경우에 적용되는 환산가액으로 보아야 한다.

 (1)쟁점토지의 실지취득가액이 인정 또는 확인되지 않는다.

   ①처분청이 쟁점토지에 대한 취‧등록세의 관할 지방자치단체의 장(OOO)으로부터 제공받은 2003.1.17. 제출분 부동산매매검인계약서에 따르면 아래 <표6> 기재와 같이 쟁점토지의 실지거래가액은 OOO원(양도소득금액 계산시 포함되는 필요경비인 등록세 3% 상당을 포함하더라도 OOO원이다)으로 확인되는 점, ②청구인이 제출한 금융증빙을 보면 2002.12.11.자 OOO원은 청구인의 배우자인 A(1999.3.7. 개업한 F의 대표자이다)이 A 본인 명의의 금융계좌에서 출금한 금전으로, 쟁점토지 매매대금의 계약금으로 하여 전 소유자에게 지급되었음이 입증되지 않았고(위 출금 이후인 2003.1.22. A 명의의 예금계좌로 OOO원이, 2003.1.24. 청구인 명의의 예금계좌로 OOO원이 각 입금되었음이 확인되었다), A이 2003.1.17. 금융기관으로부터 대출받았다는 OOO원은 관련한 금융거래 내역에 따르면 그 출금내역만 기재되어 있을 뿐 거래상대방이 전 소유자인지 및 쟁점토지의 매매 대금으로 지급된 것인지에 대하여 입증되지 않은 점, ③청구인이 2003.10.23. A의 쟁점토지 공유지분(2분의 1 지분)을 양수하였다는 주장을 입증할 구체적‧객관적인 증빙자료가 제출되지 않은 점, ④청구인이 제시한 쟁점토지의 실지거래가액이 시가에 근접함을 입증하기 위해 제시된 쟁점감정평가서는 쟁점토지의 취득일로부터 1년 이상 지난 시점에 작성되어서 그 취득 당시 시가에 대한 자료로 삼기에 부족한 점(이러한 사정은 쟁점건물에 대해서도 같다) 등을 감안할 때, 청구인이 이 건 경정청구시 쟁점토지의 실지거래가액으로 제시한 OOO원은 쟁점토지의 취득 당시 실지거래가액으로 인정 또는 확인되는 것으로 볼 수 없으므로, 이 건 수정신고 당시의 환산가액을 쟁점토지의 취득가액으로 보아 이 건 경정청구를 거부한 처분은 적법‧정당하다.

<표6> 쟁점토지에 관한 부동산매매검인계약서의 주요 내용

○○○

 (2)쟁점건물의 실지취득가액도 인정 또는 확인되지 않는다.

   ①쟁점건물의 건축물관리대장을 보면 쟁점건물의 공사착공 및 준공자는 주식회사 E로 기재되어 있는 반면에, 청구인이 쟁점건물의 신축에 관한 증빙자료로 제출한 쟁점계약서의 거래상대방은 쟁점시공사(주식회사 B)로 기재되어 있고, 이들 업체 간에 쟁점건물의 시공에 관한 하도급공사 계약의 체결 사실도 확인되지 않는바, 쟁점계약서를 쟁점건물의 신축에 관한 객관적인 증빙자료로 인정할 수 없는 점, ②청구인이 제시한 위 <표4> 기재의 쟁점공사 대금의 지급 내역은 ㉠전체 금액(OOO원) 중 상당한 금액(OOO원)이 쟁점시공사와 무관한 D에게 지급되었고, ㉡쟁점건물의 공사완료일(건축물관리대상 상 사용승인일이 2003.10.15.로 기재되어 있다)로부터 1년 2개월 상당이나 지난 2004.12.21.∼2004.12.31. OOO원이 수표 발행 또는 현금(위 <표4> 기재의 ㉠‧㉡의 합계 OOO원은 현금으로 출금되고, ㉢OOO원은 수표로 발행되었다)으로 출금되어 그 수취한 상대방의 확인이 되지 않으며, ③쟁점시공사의 대표자인 C이 작성하여 청구인에게 주었다는 확인서는 사인 간에 작성된 문서이고(해당 확인서 중 C이 쟁점공사에 필요한 종합건설면허를 주식회사 E로부터 임차하였다고 기재되어 있는데, 처분청이 관련 업무를 하는 지방자치단체의 담당자에게 확인한 바에 따르면 이러한 면허의 임차 행위는 불법으로 확인된다), 이외에 쟁점건물의 신축에 관한 객관적인 증빙자료가 제출된 것으로 보기 어려운 점 등을 감안할 때, 청구인이 이 건 경정청구시 쟁점건물의 실지거래가액으로 제시한 OOO원도 쟁점토지의 취득 당시 실지거래가액으로 인정 또는 확인되는 것으로 볼 수 없으므로, 이 건 수정신고 당시의 환산가액을 쟁점건물의 취득가액으로 보아 이 건 경정청구를 거부한 처분은 적법‧정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

  쟁점부동산의 취득 당시 실지거래가액을 인정 또는 확인할 수 없다는 이유로 실지거래가액을 취득가액으로 하여 기납부한 양도소득세의 환급을 구하는 경정청구를 거부한 처분의 당부

나. 관련 법령 : <별지> 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청이 확인한 사실관계는 아래와 같다.

  (가)청구인은 2003년 쟁점토지를 취득한 후, 2003.10.15. 쟁점토지와 그 인접토지의 지상에 쟁점건물을 신축하여 유치원으로 운영하다가, 2024.3.7. 쟁점부동산등을 OOO원에 양도하였고, 2024.5.31. 위 <표1> 기재와 같이 쟁점부동산등의 취득가액을 실지거래가액인 OOO원으로 하여 2024년 귀속 양도소득세 예정신고‧납부를 하였다가, 2024.7.9. 위 <표2> 기재와 같이 쟁점부동산의 취득가액을 「소득세법」 제97조 제1항 제1호 나목에 따른 환산취득가액인 OOO원으로 감액하는 등 양도소득세액을 OOO원으로 하는 수정신고를 하였다. 한편 청구인은 2024.7.9. 쟁점부동산의 취득가액을 실지거래가액인 쟁점금액으로 하여 2024년 귀속 양도소득세 OOO원의 환급을 구하는 취지의 경정청구를 하였으나, 처분청은 2025.6.5. 쟁점금액이 쟁점부동산의 실지거래가액인지를 확인하기 어렵다는 이유로 이를 거부하였다.

  (나)청구인은 2002.2.9. 쟁점부동산에서 ‘G’이라는 상호로 유아교육기관 서비스업을 개업하여 쟁점부동산의 양도(2024.3.7.) 전인 2024.2.2. 폐업하였으며, 쟁점시공사는 2002.10.22. 경상북도 포항시에 설립되어 주택건설업을 영위하다가 2010.9.28. 폐업하였고, 그 대표이사는 C이었다.

  (다)처분청이 경상북도 포항시 OOO청장으로부터 회신받은 공문에 따르면, 쟁점부동산에 대한 취‧등록세 과세표준은 쟁점토지의 경 OOO원(청구인의 2분의 1 지분에 대한 것), 쟁점건물은 OOO원이고, 처분청이 경상북도 포항시 OOO청장으로부터 회신받은 ‘2003.1.17. 제출분 부동산매매검인계약서’에 따르면 쟁점토지의 실지거래가액이 OOO원(양도소득금액 계산시 포함되는 필요경비인 등록세 3% 상당의 포함시 OOO원)으로 확인되는 것으로 보았다.

  (라)처분청은 쟁점건물의 건축물관리대장에 쟁점건물의 공사착공 및 준공자가 주식회사 E로 기재되어 있는 반면에, 청구인이 쟁점건물의 신축에 관한 증빙자료로 제출한 쟁점계약서의 거래상대방은 쟁점시공사이고, 이들 업체 간에 쟁점건물의 시공에 관한 하도급공사 계약의 체결 사실도 확인되지 않는다는 이유로 쟁점계약서를 쟁점건물의 신축에 관한 객관적인 증빙자료로 볼 수 없다고 보았다.

 (2) 청구인이 제출한 심리자료는 아래와 같다.

  (가)청구인은 청구인과 배우자인 A이 위 <표2> 기재와 같이 공동으로 2002.12.11. A 명의의 예금계좌에서 OOO원을 계약금 명목으로 전 소유자에게 지급하고, 이후 A이 금융기관(H) 대출금을 받아 2003.1.17. 해당 금융기관 계좌에서 수표로 인출한 OOO원을 위 전 소유자에게 지급하였고, 해당 금액이 그 지급 당시의 시가와 유사하였다고 주장하면서, 쟁점토지의 등기부등본, 관련한 금융거래 내역, 쟁점감정평가서를 제출하였다.

  (나)청구인은 쟁점토지에서 어린이집을 신축‧운영하기 위하여 2003.3.18. 쟁점시공사와 사이에, 청구인이 쟁점시공사로 하여금 2003.3.18.∼2003.8.20. 중 계약금액 OOO원(계약금은 OOO원, 중도금은 OOO원, 잔금은 OOO원이다)에 쟁점토지의 지상에 쟁점건물을 신축하도록 하는 내용의 쟁점계약서를 작성한 후에, 2003년 10월 쟁점공사가 완료되었는데, 추가공사대금의 발생으로 총 공사대금이 OOO원이 지출되었으며, 당초 계획(쟁점계약 대금 중 잔금을 종전 임차주택의 전세보증금을 반환받아 지급하고자 한 것)에 차질이 생겨서, 2004.10.27. 금융기관의 대출금 OOO원을 받아 그 잔금을 지급하였고, 위 OOO원은 쟁점감정평가서의 쟁점건물 감정가액 OOO원과 상당히 일치하는데, 위 <표4> 기재와 같이 2003.3.18.∼2004.12.27. 중 쟁점시공사의 대표자인 C 또는 C의 자녀인 D에게 각 수표 지급 또는 계좌이체의 방법으로 지급하였다고 주장하면서, 쟁점계약서, 쟁점시공사의 대표자인 C의 확인서, 쟁점시공사의 홍보자료, 관련한 금융거래 내역 등을 각 제출하였다.

 (3)이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다.

  (가)「소득세법」 제97조 제1항에서 양도가액에서 공제되는 필요경비 중 하나로서 취득가액을 열거하면서 원칙적으로 실지거래가액을 적용하되 그 확인을 할 수 없는 경우에는 “대통령령으로 정하는 매매사례가액, 감정가액 및 환산취득가액을 순차적으로 적용”하도록 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제163조 제12항에서 “대통령령으로 정하는 매매사례가액, 감정가액 및 환산취득가액”이란 같은 영 제176조의2 제2항부터 제4항까지의 규정에 따른 가액을 말한다고 규정하고 있다. 한편 「소득세법」 제114조 제2항 및 제4항에서 양도소득세 예정신고 및 확정신고를 한 자의 신고 내용에 탈루 또는 오류가 있는 경우에는 그 양도소득과세표준과 세액을 경정하되 같은 법 제97조를 따르도록 규정하고 있고, 「소득세법」 제114조 제7항에서 취득가액을 실지거래가액에 따라 정하는 경우로서 “대통령령으로 정하는 사유로 장부나 그 밖의 증빙서류에 의하여 그 취득 당시 실지거래가액을 인정 또는 확인할 수 없는 경우”에는 “대통령령으로 정하는 바에 따라 취득가액을 매매사례가액, 감정가액, 환산취득가액 또는 기준시가에 따라 추계조사하여 경정할 수 있다”라고 규정하고 있으며, 같은 법 시행령 제176조의2 제1항 제1호에서 “대통령령으로 정하는 사유” 중 하나로 취득 당시의 실지거래가액의 확인을 위하여 필요한 장부‧매매계약서‧영수증 기타 증빙서류가 없거나 그 중요한 부분이 미비된 경우를 열거하고 있고, 같은 조 제3항에서 「소득세법」 제114조 제7항에 따라 취득가액을 추계경정하는 경우에는 매매사례가액, 감정가액, 환산취득가액 및 기준시가를 순차적으로 적용하도록 규정하고 있는바, 납세자가 당초 신고 또는 수정신고시 기준시가 등으로 취득가액을 적용한 후 경정청구를 통하여 과세관청으로 하여금 실지거래가액으로 취득가액을 증액경정하도록 하려면 「소득세법」 제114조 제7항 및 같은 법 시행령 제176조의 제1항의 해석상 “취득 당시의 실지거래가액의 확인을 위하여 필요한 장부‧매매계약서‧영수증 기타 증빙서류를 갖추거나 그 중요한 부분을 구비”하여야 한다 할 것이다. 이 경우 과세표준은 필요경비를 공제하여 산정하는 것으로 필요경비 등의 입증책임도 원칙적으로 과세관청에 있다 할 것이나, 필요경비는 납세의무자에게 유리한 것일 뿐 아니라 필요경비를 발생시키는 사실관계의 대부분은 납세의무자가 지배하는 영역 안에 있는 것이어서 과세관청으로서는 그 입증이 곤란한 경우가 있으므로, 그 입증의 곤란이나 당사자 사이의 형평 등을 고려하여 납세의무자로 하여금 입증케 하는 것이 합리적인 경우에는 납세의무자에게 입증의 필요성을 인정하는 것이 공평의 관념에 부합하다 할 것이고(대법원 2004.9.23. 선고 2002두1588 판결, 같은 뜻임), 양도소득세액을 산출하는 기초가 되는 자산의 실지거래가액이라 함은 거래 당시 자산을 취득 또는 양도하고 그 대가로 수수한 금액으로서 매매계약 기타 증빙자료에 의하여 객관적으로 인식되는 가액을 말한다 할 것이다(대법원 2012.2.9. 선고, 2010두27592 판결 등, 같은 뜻임).

  (나)청구인은 쟁점금액(쟁점토지 및 쟁점건물에 대하여 각 제시한 OOO원 및 OOO원의 합계인 OOO원)이 쟁점부동산의 취득 당시 실지거래가액으로 인정 또는 확인되는 것으로 보아야 한다고 주장하나,

    쟁점토지의 경우 등기부등본 상의 취득일(2003.1.17.)까지 청구인의 배우자인 A 명의의 예금계좌에서 청구인이 실지거래가액이라 주장하는 OOO원의 출금 사실만 확인될 뿐, 전 소유자에게 지급되었음을 입증할 구체적‧객관적인 증빙자료가 제출되지 않았고(청구인이 제시한 지급 당시 매매대금을 수표로 지급한다는 관행 및 청구인과 A의 쟁점토지 취득 후 1년 이상이 지나 감정기관으로부터 받은 쟁점감정평가서 상의 감정가액이 위 금액과 유사하다는 사정은 쟁점토지의 취득 당시 실지거래가액에 대한 직접적인 지급증빙으로 인정하기 어렵다), 자금출처와 관련하여 위 OOO원 중 청구인이 부담한 금액이 얼마인지에 대하여 제시되지 않은 점,

    쟁점건물의 경우 청구인이 쟁점건물의 시공자로 제시한 쟁점시공사(B)는 쟁점건물의 건축물관리대장 상의 공사시공자 명의(주식회사 E)와 달라서 쟁점공사의 시공(쟁점공사) 주체로 인정하기 어려울 뿐만 아니라(주식회사 E과 쟁점시공사 사이에 하도급공사계약이 체결되는 등 쟁점시공사를 쟁점공사의 실질적인 공사 주체로 인정할 만한 증빙자료도 제출되지 않았다), 청구인이 쟁점건물의 실지거래가액이라고 주장하는 OOO원이 쟁점시공사에게 지급되었다고 보기도 어려우며(해당 금액 중 OOO원 상당이 쟁점시공사 대표이사 C의 자녀인 D을 거쳐 쟁점시공사 또는 C에게 귀속되었거나, 나머지 금액이 수표 또는 현금으로 출금되어 쟁점시공사 또는 C에게 귀속되었음을 입증할 구체적‧객관적인 증빙자료가 제출되지 않았다), 자금출처와 관련하여 위 OOO원 중 청구인이 실제로 부담한 금액이 얼마인지에 대하여 제시되지 않은 점(쟁점토지의 경우와 동일하게, 쟁점건물의 취득 후 1년 상당 지나 감정기관으로부터 받은 쟁점감정평가서 상의 감정가액이 위 청구인이 제시한OOO원과 유사하다는 사정은 쟁점건물의 취득 당시 실지거래가액에 대한 직접적인 지급증빙으로 인정하기 어렵다) 등에 비추어, 위 청구인의 주장을 받아들이기는 어렵다 하겠다.

    따라서 청구인이 제시한 쟁점금액을 쟁점부동산의 취득 당시 실지거래가액으로 인정 또는 확인하기 어렵다고 보아, 이 건 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 ｢국세기본법｣ 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

<별지> 관련 법령

 (1) 국세기본법

  제16조(근거과세) ①납세의무자가 세법에 따라 장부를 갖추어 기록하고 있는 경우에는 해당 국세 과세표준의 조사와 결정은 그 장부와 이와 관계되는 증거자료에 의하여야 한다.

 (2) 소득세법

  제97조(양도소득의 필요경비 계산) ① 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다.

1.취득가액(「지적재조사에 관한 특별법」 제18조에 따른 경계의 확정으로 지적공부상의 면적이 증가되어 같은 법 제20조에 따라 징수한 조정금은 제외한다). 다만, 가목의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에 한정하여 나목의 금액을 적용한다.

 가. 제94조 제1항 각 호의 자산 취득에 든 실지거래가액

 나.대통령령으로 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산취득가액을 순차적으로 적용한 금액

2. 자본적지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것

3. 양도비 등으로서 대통령령으로 정하는 것

②제1항에 따른 양도소득의 필요경비는 다음 각 호에 따라 계산한다.

1.취득가액을 실지거래가액에 의하는 경우의 필요경비는 다음 각 목의 금액에 제1항제2호 및 제3호의 금액을 더한 금액으로 한다.

 가. 제1항 제1호 가목에 따르는 경우에는 해당 실지거래가액

③ 제2항에 따라 필요경비를 계산할 때 양도자산 보유기간에 그 자산에 대한 감가상각비로서 각 과세기간의 사업소득금액을 계산하는 경우 필요경비에 산입하였거나 산입할 금액이 있을 때에는 이를 제1항의 금액에서 공제한 금액을 그 취득가액으로 한다.

  제100조(양도차익의 산정) ① 양도차익을 계산할 때 양도가액을 실지거래가액(제96조 제3항에 따른 가액 및 제114조 제7항에 따라 매매사례가액ㆍ감정가액이 적용되는 경우 그 매매사례가액ㆍ감정가액 등을 포함한다)에 따를 때에는 취득가액도 실지거래가액(제97조 제7항에 따른 가액 및 제114조 제7항에 따라 매매사례가액ㆍ감정가액ㆍ환산취득가액이 적용되는 경우 그 매매사례가액ㆍ감정가액ㆍ환산취득가액 등을 포함한다)에 따르고, 양도가액을 기준시가에 따를 때에는 취득가액도 기준시가에 따른다.

② 제1항을 적용할 때 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 따라 산정하는 경우로서 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우에는 이를 각각 구분하여 기장하되 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명할 때에는 취득 또는 양도 당시의 기준시가 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산(按分計算)한다. 이 경우 공통되는 취득가액과 양도비용은 해당 자산의 가액에 비례하여 안분계산한다.

  제114조(양도소득과세표준과 세액의 결정ㆍ경정 및 통지) ②납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제105조에 따라 예정신고를 한 자 또는 제110조에 따라 확정신고를 한 자의 신고 내용에 탈루 또는 오류가 있는 경우에는 양도소득과세표준과 세액을 경정한다.

③납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 양도소득 과세표준과 세액을 결정 또는 경정한 후 그 결정 또는 경정에 탈루 또는 오류가 있는 것이 발견된 경우에는 즉시 다시 경정한다.

④ 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제1항부터 제3항까지의 규정에 따라 양도소득 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 제96조, 제97조 및 제97조의2에 따른 가액에 따라야 한다.

⑦제4항부터 제6항까지의 규정을 적용할 때 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 따라 정하는 경우로서 대통령령으로 정하는 사유로 장부나 그 밖의 증명서류에 의하여 해당 자산의 양도 당시 또는 취득 당시의 실지거래가액을 인정 또는 확인할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 양도가액 또는 취득가액을 매매사례가액, 감정가액, 환산취득가액 또는 기준시가 등에 따라 추계조사하여 결정 또는 경정할 수 있다.

 (3) 소득세법 시행령(2026.2.27. 대통령령 제36129호로 일부개정되기 전의 것)

  제163조(양도자산의 필요경비) ①법 제97조 제1항 제1호 가목에 따른 취득에 든 실지거래가액은 다음 각 호의 금액을 합한 것으로 한다.

1.제89조 제1항을 준용하여 계산한 취득원가에 상당하는 가액(제89조 제2항 제1호에 따른 현재가치할인차금과 「부가가치세법」 제10조 제1항 및 제6항에 따라 납부하였거나 납부할 부가가치세를 포함하되 부당행위계산에 의한 시가초과액을 제외한다)

3.제1호를 적용할 때 당사자 약정에 의한 대금지급방법에 따라 취득원가에 이자상당액을 가산하여 거래가액을 확정하는 경우 당해 이자상당액은 취득원가에 포함한다. 다만, 당초 약정에 의한 거래가액의 지급기일의 지연으로 인하여 추가로 발생하는 이자상당액은 취득원가에 포함하지 아니한다.

⑫법 제97조 제1항 제1호 나목에서 "대통령령으로 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산취득가액"이란 제176조의2 제2항부터 제4항까지의 규정에 따른 가액을 말한다.

  제176조의2(추계결정 및 경정) ①법 제114조 제7항에서 “대통령령으로 정하는 사유”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1.양도 또는 취득당시의 실지거래가액의 확인을 위하여 필요한 장부ㆍ매매계약서ㆍ영수증 기타 증빙서류가 없거나 그 중요한 부분이 미비된 경우

2.장부ㆍ매매계약서ㆍ영수증 기타 증빙서류의 내용이 매매사례가액, 「감정평가 및 감정평가사에 관한 법률」에 따른 감정평가법인등(이하 이 조에서 “감정평가법인등”이라 한다)이 평가한 감정가액 등에 비추어 거짓임이 명백한 경우

②법 제114조 제7항에서 “대통령령으로 정하는 방법에 따라 환산한 가액”이란 다음 각 호의 방법에 따라 환산한 가액을 말한다.

2.법 제94조 제1항 제1호 및 제2호 가목에 따른 토지ㆍ건물 및 부동산을 취득할 수 있는 권리의 경우에는 다음 계산식에 따른 금액. 이 경우 「부동산 가격공시에 관한 법률」에 따른 개별주택가격 및 공동주택가격(이들에 부수되는 토지의 가격을 포함한다)이 최초로 공시되기 이전에 취득한 주택과 부수토지를 함께 양도하는 경우에는 다음 계산식 중 취득당시의 기준시가를 제164조 제7항에 따라 계산한 가액으로 한다.

 양도당시의 실지거래가액, 매매사례가액 또는 동항 제2호의 감정가액 × [취득당시의 기준시가 ÷ 양도당시의 기준시가(제164조 제8항의 규정에 해당하는 경우에는 동항의 규정에 의한 양도당시의 기준시가)]

③법 제114조 제7항에 따라 양도가액 또는 취득가액을 추계결정 또는 경정하는 경우에는 다음 각 호의 방법을 순차적으로 적용(신주인수권의 경우에는 제3호를 적용하지 않는다)하여 산정한 가액에 따른다. (단서 생략)

1.양도일 또는 취득일 전후 각 3개월 이내에 해당 자산(주권상장법인의 주식등은 제외한다)과 동일성 또는 유사성이 있는 자산의 매매사례가 있는 경우 그 가액

2.양도일 또는 취득일 전후 각 3개월 이내에 해당 자산(주식등을 제외한다)에 대하여 둘 이상의 감정평가법인등이 평가한 것으로서 신빙성이 있는 것으로 인정되는 감정가액(감정평가기준일이 양도일 또는 취득일 전후 각 3개월 이내인 것에 한정한다)이 있는 경우에는 그 감정가액의 평균액. 다만, 기준시가가 10억원 이하인 자산(주식등은 제외한다)의 경우에는 양도일 또는 취득일 전후 각 3개월 이내에 하나의 감정평가법인등이 평가한 것으로서 신빙성이 있는 것으로 인정되는 경우 그 감정가액(감정평가기준일이 양도일 또는 취득일 전후 각 3개월 이내인 것에 한정한다)으로 한다.

3. 제2항의 규정에 의하여 환산한 취득가액

4. 기준시가