1. 피고가 원고에 대하여 한 별지 1 [표] 기재 법인세 경정거부처분 중 ‘청구 인용부분’란 기재 부분을 각 취소한다.

2. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

3. 소송비용의 10%는 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다.

피고가 원고에 대하여 한 별지 1 [표] 기재 법인세 경정거부처분 중 ‘취소를 구하는 세액’란 기재 각 법인세 경정거부처분을 각 취소한다.

1. 처분의 경위

가. 원고는 자동차 전장부품 제조 및 판매업을 주로 영위하는 회사로서 원고가 개발‧제조한 자동차 전장부품을 중국, 슬로바키아, 베트남 등 해외에 있는 원고의 자회사와 해외 사업장(이하 ‘외국 자회사’라 한다)에 판매하고, 외국 자회사와의 라이선스 계약에 따른 사용료 소득을 얻는 방식으로 영업하였다.

나. 원고는 20xx 내지 20xx 각 사업연도 법인세 신고를 하면서, 외국 자회사로부터 받은 사용료 소득, 배당, 대여금 이자 등을 국외원천소득(이하 ‘이 사건 국외원천소득’이라 한다)으로 과세표준에 포함시키고, 위 국외원천소득에서 ① 원고가 외국 자회사에 파견한 해외주재원에게 지급한 급여(이하 ‘이 사건 해외주재원 급여’라 한다) 및 ② 위 각 사업연도에 지출한 연구개발비(이하 ‘이 사건 연구개발비’라 한다) 중 ‘국가별로 투입한 시간을 기준으로 안분한 금액’을 위 국외원천소득에 대한 직‧간접 경비로서 차감하는 방법으로 외국납부세액 공제한도를 산정하였다(이하 ‘이 사건 법인세 신고’라 한다).

다. 원고는 20xx. x. xx. 피고를 상대로 ‘이 사건 법인세 신고 당시 외국납부세액 공제한도금액을 산정함에 있어, 이 사건 해외주재원 급여는 라이선스 소득과 직접적인 관련성이 없어 국외원천소득 산정 시 차감대상이 아님에도 이를 차감하고, 이 사건 연구개발비는 원고가 임의로 계산한 국가별 투입시간을 기준으로 안분하여 과다하게 차감함으로써 외국납부세액 공제한도금액이 과소하게 산정되었는바, 따라서 공제한도금액 초과를 이유로 공제받지 못한 외국납부세액을 추가로 공제해 달라.’는 취지의 경정청구를 하였다.

라. 피고는 20xx, 20xx 각 사업연도에 지출된 연구개발비에 대하여는 2019. 2. 12. 대통령령 제29529호로 개정된 구 법인세법 시행령(이하 ‘개정 법인세법 시행령’이라 한다)이 적용되므로, 위 시행령 제94조 제2항, 제15항 및 2019. 3. 20. 기획재정부령 제730호로 개정된 구 법인세법 시행규칙 제47조에 따른 ‘국가별 매출액’ 기준으로 안분한 금액만을 국외원천소득에서 차감하여 외국납부세액 공제한도금액을 산정함이 타당하다고 보아 이 부분 원고의 경정청구를 인용하였다. 그러나 피고는 20xx, 20xx 각 사업연도에 지출된 연구개발비에 대하여는 개정 법인세법 시행령이 적용되지 않아서 이 사건 법인세 신고와 같이 외국납부세액 공제한도를 산정하는 것이 타당하고, 이 사건 해외주재원 급여에 대하여는 그 전액이 국외원천소득에서 차감되는 직접경비에 해당하는 것으로 보아, 20xx. x. xx. 20xx 사업연도 법인세 경정청구 중 x,xxx,xxx,xxx원을, 같은 해 x. x. 20xx 사업연도 법인세 경정청구 중 xxx,xxx,xxx원 부분을 각 거부하였다(이하 ‘이 사건 각 처분’이라 한다).

마. 원고는 이에 불복하여 20xx. x. xx. 조세심판원에 심판청구를 제기하였으나, 조세심판원은 20xx. x. xx. 원고의 심판청구를 기각하였다.

2. 원고 주장의 요지

가. 이 사건 해외주재원 급여

 1) 원고가 파견한 해외주재원은 외국 자회사가 원고의 사업전략 및 생산‧판매계획에 맞게 운영되도록 하여 외국 자회사들의 운영과 수익창출에 기여함으로써 그 실적을 통해 원고의 부품판매 매출에 기여하는 역할을 하고, 이 사건 국외원천소득 중 사용료소득은 라이선스 계약에 따른 원고의 지적재산권, 노하우 등 사용에 대한 대가로서 외국 자회사의 매출에 비례하여 산정되므로 해외주재원의 업무와 무관한 소득이다. 따라서 이 사건 해외주재원 급여는 그 전액이 원고의 국내원천소득인 원고의 부품판매와 관련된 비용으로 보아야 하므로, 국외원천소득 산정 시 이를 차감할 수 없다.

 2) 가사 이 사건 해외주재원 급여가 이 사건 국외원천소득과 관련성이 있다고 하더라도, 위 비용은 원고의 국내원천소득과 이 사건 국외원천소득에 공통적으로 대응되는 간접경비에 해당하므로 국외원천소득 산정시 그 소득에 대응되는 부분만큼 안분한 금액만이 차감되어야 한다.

나. 이 사건 연구개발비

개정 법인세법 시행령은 외국납부세액 공제한도금액 산정 시 차감되는 공통경비 안분기준을 명확하게 하여 과세 불확실성을 해소하기 위하여 개정된 것으로서, 확인적 규정일 뿐 새로운 규정이 창설된 것이 아니므로 그 시행 전 사업연도의 연구개발비 안분기준에도 적용될 수 있고, 따라서 이 사건 연구개발비는 국가별 매출액을 기준으로 안분하여 차감하는 방식으로 산정하는 것이 타당하다.

3. 관련 법령

별지 2 기재와 같다.

4. 이 사건 각 처분의 적법 여부

가. 관련 법리

 1) 구 법인세(2018. 12. 24. 법률 제16008호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 법인세법’이라 한다) 제57조 제1항 제1호는 국제적인 이중과세를 조정하기 위하여 외국법인세액을 해당 사업연도의 법인세액에서 공제할 수 있도록 하면서, 그 공제한도를 ‘해당 사업연도의 법인세액에 국외원천소득금액이 해당 사업연도의 과세표준에서 차지하는 비율을 곱하여 산출한 금액’으로 정하여, 국외원천소득에 대하여 우리나라에 납부하여야 할 법인세액의 범위 내에서만 외국법인세액의 공제를 허용하고 있다. 이는 국외원천소득이 발생한 원천지국에서 우리나라보다 높은 법인세율을 규정하고 있는 경우 그에 따른 외국법인세액을 전부 공제할 수 있도록 허용하게 되면 국내원천소득에 대하여 납부하여야 할 법인세의 일부로 외국법인세액을 납부하도록 하는 결과가 되므로 이를 막기 위한 것이다.

 이와 같은 구 법인세법 제57조 제1항 제1호의 문언 내용과 취지, 구 법인세법 제14조 제1항이 내국법인의 각 사업연도의 소득은 그 원천이 국내인지 아니면 국외인지를 묻지 않고 그 사업연도에 속하는 익금의 총액에서 그 사업연도에 속하는 손금의 총액을 공제한 금액으로 하도록 규정하고 있는 점 등에 비추어 보면, 구 법인세법 제57조 제1항 제1호에 따라 외국납부세액 공제한도액을 산정할 때 ‘국외원천소득금액’은 내국법인의 해당 사업연도에 속하는 국외에 원천을 둔 익금 총액에서 그와 관련된 손금 총액을 공제하여 계산하여야 한다.

 2) 외국납부세액 공제한도액을 산정함에 있어 국외원천소득금액을 계산하는 경우에 법인의 당해 사업연도 과세표준금액계산상 손금에 산입한 비용 중 외국지점의 영업에 관련된 부분은 그것이 외국지점에서 직접 지출되지 아니하였다고 하더라도 그 발생원인에 따라 적정하게 안분하여 당해 외국지점의 손금으로 계산하여야 한다(대법원 1987. 2. 24. 선고 86누219 판결, 대법원 2011. 2. 24. 선고 2007두21587 판결 등 참고).

 3) 구 법인세법 시행령(2019. 2. 12. 대통령령 제29529호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘개정 전 법인세법 시행령’이라 한다) 제94조 제15항은 ‘국외원천소득금액의 계산에 관하여 각 사업연도 소득의 계산에 관한 규정을 준용하고 특히 외국납부세액 공제한도액 산정의 전제가 되는 국외원천소득금액의 계산에 있어서는 당해 사업연도의 손금으로서 국외원천소득금액에 직접 또는 간접으로 대응하는 금액이 있는 경우에는 이를 차감한 금액으로 한다’고 규정하고, 개정 법인세법 시행령 제94조 제2항은 ‘국외원천소득금액의 계산에 있어서는 당해 사업연도의 손금으로서 국외원천소득금액에 간접으로 대응하는 간접비용은 해당 국외원천소득과 그 밖의 소득에 공통적으로 관련된 비용 중 기획재정부령으로 정하는 방법에 따라 계산한 국외원천소득 관련 비용을 차감한다’고 규정하며, 그 위임에 따라 2019. 3. 20. 신설된 법인세법 시행규칙 제47조는 국외원천소득과 그 밖의 소득의 업종이 동일한 경우의 공통손금은 국외원천소득과 그 밖의 소득별로 수입금액 또는 매출액에 비례하여 안분계산하고, 국외원천소득과 그 밖의 소득의 업종이 다른 경우의 공통손금은 국외원천소득과 그 밖의 소득별로 개별 손금액에 비례하여 안분계산하도록 규정한다.

 4) 손금은 ‘그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것’을 의미하고(구 법인세법 제19조 제2항), 앞서 본 것처럼 소득은 익금의 총액에서 손금의 총액을 차감한 것으로 정의되므로, 소득이란 익금의 총액에서 법인의 사업활동과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용을 차감한 것이다.

 결국 외국납부세액 공제한도액 산정의 전제가 되는 국외원천소득이란 국외에 원천을 둔 수입에서 국외 사업활동과 관련하여 지출한 비용 등을 차감한 금액이라고 이해함이 타당하다.

 5) 그렇다면 사업활동과 관련하여 지출한 비용 등이 국외원천수입과 합리적인 관련성이 있는지 여부에 관해서 구체적으로 판단해야 하는데, 우선 특정 국내·외수입에만 직접적인 관련성을 가지는 경우 그 비용 등은 그 원천에 해당하는 소득의 계산에만 반영하는 것이 타당하다. 이와 마찬가지로 국·내외의 사업활동 중 어느 한쪽의 사업활동에만 관련되는 비용은 해당 원천의 소득금액의 계산에만 반영하여야 한다.

 구 법인세법 제43조에서 “내국법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 그 법인이 익금과 손금의 귀속사업연도와 자산·부채의 취득 및 평가에 관하여 일반적으로 공정·타당하다고 인정되는 기업회계기준을 적용하거나 관행을 계속 적용하여 온 경우에는 이 법 및 ｢조세특례제한법｣에서 달리 규정하고 있는 경우를 제외하고는 그 기업회계의 기준 또는 관행에 따른다.”고 규정하고 있으므로, 해당 법인이 그 지출비용(손금) 및 그로 인해 얻은 수익(익금)을 어떠한 기준으로 회계처리를 하였는지도 위와 같은 판단에 중요한 참고사항이 될 수 있다.

나. 이 사건 해외주재원 급여와 이 사건 국외원천소득의 관련성 여부에 관한 판단

갑 제7호증의 기재 및 변론 전체 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사정들을 종합하면, 이 사건 해외주재원 급여는 외국 자회사 영업을 위하여 지출된 것으로서 이 사건 국외원천소득과 직접적인 관련성이 있다고 봄이 타당하다. 따라서 이 사건 해외주재원 급여가 원고의 국내원천소득과 관련된 것을 전제로 한 원고의 이 부분 주장은 더 나아가 살펴볼 필요 없이 이유 없다.

 1) 이 사건 국외원천소득 대부분은, 외국 자회사가 원고의 지적재산권, 노하우 등을사용하고 그에 대한 대가를 지급하는 내용의 라이선스 계약에 따라 원고에게 지급한 사용료이고, 그 사용료 액수는 외국 자회사 매출액 중 위 계약에서 정한 비율(2.5 내지 3%)로 산정된다.

 2) 외국 자회사는 현지에서 자동차 전장부품을 생산‧유통하는 영업을 영위하고 있으며, 원고는 외국 자회사와의 라이선스 계약에 따라 외국 자회사가 원활하게 제품을 생산‧판매할 수 있도록 기술지도 등의 역할을 하는 해외주재원을 파견하고 있다. 이러한 해외 주재원의 역할에 파견의 근거가 된 계약이 라이선스 계약라는 점을 종합하여 보면, 이 사건 해외주재원 급여는 외국 자회사의 영업 또는 그 운영을 위해 지출한 비용으로 봄이 타당하다. 이러한 해외주재원 급여를 국내원천소득에서 차감할 경우 국외원천소득을 그 실질소득보다 많게 하여 외국납부세액 공제한도액 계산에 있어서 그 공제한도액을 부당하게 높이는 결과가 된다.

 3) 원고가 이 사건 법인세 신고 당시 이 사건 국외원천소득에서 이 사건 해외주재원 급여 전액을 공제하는 방식으로 전체 과세표준을 산정한 점에 비추어 보면, 위 해외주재원 급여를 원고의 국내원천소득에 대한 손금으로 회계처리하지 않았을 것으로 보인다. 해외주재원들이 원고와 긴밀하게 연락하는 업무를 수행하였다는 사정만으로는 이 사건 해외주재원 급여를 원고의 국내원천소득과 관련성 있는 비용이라고 보기 어렵다.

 4) 외국납부세액 공제제도는 우리나라 법인세법에 따라 계산할 경우 그 법인이 납부하여야 할 국외원천소득도 국내원천소득과 동일하게 보고 법인세액 중 외국에 납부할 법인세액을 공제하여 주는 제도이지, 우리나라 법인세법에 따라 납부하여야 할 법인세액과 무관하게 외국에 세금을 납부하였다는 사실만으로 그 해당액을 공제하는 제도는 아니다. 따라서 소득의 원천을 결정하는 기준뿐만 아니라 소득의 금액을 결정하는 기준도 우리나라 법인세법에 따라야 하므로, 해외 주재원 급여 중 일부를 원고가 지급하였다거나 원고가 지급한 급여 부분을 외국 자회사가 해당 국가의 법인세 신고시 손금으로 산입하지 않았다는 사정만으로 이 사건 해외주재원 급여가 원고의 국내원천소득과 관련성 있는 비용이라고 볼 수 없다.

다. 이 사건 연구개발비의 합리적인 배분방법에 관한 판단

앞서 본 사실과 앞서 든 증거 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정들을 앞서 본 법리에 비추어 보면, 피고가 이 사건 연구개발비를 ‘원고가 임의로 산정한 국가별로 투입한 시간’을 기준을 배분하여 국외원천소득을 계산한 것은 적정하지 않고, 이 사건 연구개발비를 개정 법인세법 시행령에 따라 ‘국가별 매출액’을 기준으로 안분하는 것이 합리적이라고 봄이 타당하다.

 1) 원고가 전적으로 자동차 전장부품의 연구개발을 하고, 그러한 연구개발에 따른 지적재산권 및 노하우 등은 원고에게 귀속되며, 외국 자회사는 원고와의 라이선스 계약에 따라 원고의 지적재산권 및 노하우 등을 사용하면서 그 대가를 원고에게 지급할 뿐이다. 이 사건 연구개발비는 연구개발을 전담하는 원고가 20xx, 20xx 각 사업연도에 지출한 비용이고, 이 사건 국외원천소득은 원고의 지적재산권 등을 사용한 데 대한 대가로서 지급된 것이므로, 국내‧외원천소득에 공통적으로 대응되는 공통경비로서 간접경비에 해당하여 일정기준에 따라 국외원천소득에 대응되는 금액을 차감하여야 한다(이 부분은 피고도 다툼이 없다).

 2) 피고는 이 사건 법인세 신고에 따라 ‘원고가 임의로 산정한 국가별로 투입한 시간’을 기준으로 이 사건 연구개발비를 배분하여 국외원천소득을 산정하였다. 그러나 원고가 전적으로 연구개발을 하고 외국 자회사는 연구개발에 투입한 시간이 없으므로 위와 같은 기준에 따른 배분은 사실상 임의로 원고가 위 비용을 배분한 것이나 마찬가지인 점, 위와 같이 원고가 임의로 안분할 경우 과세관청으로서는 그 타당성을 검증하는것이 사실상 불가능한 점 등에 비추어 보면, 피고의 이러한 산정방법은 타당하지 아니

하다.

 3) 20xx, 20xx 각 사업연도 당시에도 적용되었던 법인세법 시행규칙 제76조 제6항은 비영리법인의 구분경리에 관하여 수익사업과 기타 사업의 공통손금은 업종이 동일한 경우에는 수입금액 또는 매출액에 비례하여 안분계산하고, 업종이 다른 경우에는 개별 손금액에 비례하여 안분계산한다고 규정한다. 과세연도 당시의 구 법인세법이 국외원천소득을 계산하는 경우 공통경비의 배분기준에 관하여 명시적인 규정을 두고 있지 않으므로, 배분기준의 합리성을 판단함에 있어 위 시행규칙의 규정을 참작할 수 있다고 할 것인데, 업종이 동일한 원고와 외국 자회사는 위 시행규칙에 의할 때 수입금액 또는 매출액에 비례하여 공통경비인 이 사건 연구개발비를 배분하는 것이 합리적이다. 개정 법인세법 시행령, 시행규칙은 앞서 본 비영리법인의 구분경리에 관한 위 시행규칙의 내용과 동일하게 개정되었다는 점에서 위 배분방식의 합리성이 일반적으로 확인되었다고 볼 수 있다.

 4) 이 사건 국외원천소득은 라이선스에 따른 사용료 소득이 대부분인데 이와 관련해서는 직접 비용이 존재하지 않으므로, 각 거래의 개별 손금액이나 개별 손금액 중 특정 비용을 기준으로 이 사건 공통경비를 안분하는 것은 원칙적으로 불가능하다(원고도 이러한 점을 고려하여 임의로 연구개발비를 배분한 것으로 보인다). 나아가 수입금액 또는 매출액을 기준으로 안분하는 것 외의 다른 직관적이고 합리적인 배분 방법을 상정하기 어렵다.

라. 소결론

 1) 경정거부처분 취소소송에서 그 거부처분의 적법 여부는 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 정당한 과세표준 및 세액을 초과하느냐의 여부에 따라 판단되는 것으로서 당사자는 사실심 변론종결시까지 객관적인 조세채무액을 뒷받침하는 주장과 자료를 제출할 수 있고 이러한 자료에 의하여 정당한 세액이 산출되는 때에는 감액을 구하는 세액 중 당초 신고한 세액에서 정당한 세액을 차감한 부분만 취소하여야 할 것이고 전체를 취소할 것이 아니다(대법원 2008. 12. 24. 선고 2006두13497 판결).

 2) 앞서 본 바와 같이 피고가 이 사건 해외주재원 급여에 대하여 그 전액이 국외원천소득에서 차감되는 직접경비에 해당하는 것으로 보아 이 사건 국외원천소득에서 차감한 것은 정당하나, 이 사건 연구개발비에 대하여 ‘국가별 매출액’ 기준이 아니라 이 사건 법인세 신고 당시의 기준과 같이 외국납부세액 공제한도를 산정한 것은 정당하지 아니하며, 이에 따라 이 사건 각 처분 중 경정되어야 할 취소세액은 별지 1 [표] 중‘청구 인용부분’란 기재와 같다. 따라서 이 사건 각 처분 중 별지 1 [표] 중 ‘청구 인용부분’란 기재 금액 부분은 위법하므로 취소되어야 한다.

5. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있어 이를 인용하고, 나머지 청구는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.