1.처분개요

가. 청구인은 2021.7.1. 사업자등록을 한 후 경기도 화성시 OOO에서 “D”(이하 “쟁점종전사업장”이라 한다)라는 상호로 ‘제조업/철구조물 및 기계 가공업’을 영위하다 2022.10.13. 사업장을 경기도 화성시 OOO로 이전하고 상호를 “E”(이하 “쟁점변경사업장”이라 하고, 쟁점종전사업장과 합하여 “쟁점사업장”이라 한다)로 변경한 후, 2025.12.31. 쟁점사업장을 폐업하였다. ¹⁾

청구인은 쟁점사업장에서 발생한 소득에 대하여「조세특례제한법」(이하 “조특법”이라 한다) 제8조에 따른 창업중소기업에 대한 세액감면을 적용하여 2021년～2023년 귀속 종합소득세를 신고‧납부하였다.

나. 중부지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 2025.7.8.부터 2025.8.16.까지 청구인에 대한 개인통합조사(조사대상기간 : 2021년～2023년)을 실시하여, 청구인은 부친 a이 50%의 지분을 보유한 와이엘티 주식회사(이하 “쟁점법인”이라 한다)의 소재지와 동일한 장소에서 쟁점사업장을 개업하면서 쟁점법인이 사용한 자산을 인수하고 거래처도 승계받았으므로 쟁점사업장의 창업은 원시적인 사업의 창출로 볼 수 없다고 보아 관련 과세자료를 통보하였고, 이에 처분청은 2025.10.13. 청구인에게 2021년～2023년 귀속 종합소득세 합계 OOO원(2021년 귀속분 OOO원, 2022년 귀속분 OOO원, 2023년 귀속분 OOO원)을 경정‧고지하였다.²⁾

라. 청구인은 이에 불복하여 2026.1.9. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

 (1) 이 건과 관련된 사실관계는 다음과 같다.

  (가) 청구인은 2021.7.1. 철구조물, 기계가공업을 영위하기 위하여 경기도 화성시 OOO에서 쟁점사업장에 대한 사업을 개시한 후, 2022.10.13. 경기도 화성시 OOO로 쟁점사업장의 소재지를 이전하면서, 상호도 변경하였다.

  (나) 청구인은 쟁점사업장을 영위하기 전, 2016년 2월 G대학교 기계공학과를 졸업하고, 2016년 11월부터 2019년 12월까지 부친 a이 운영하는 H에서 근무하였고, 이후 2020년 1월 철구조물, 기계가공업을 주업종으로 하는 쟁점법인으로 이직하여 설계, 업체관리, 생산관리 등의 업무를 수행하였으나, 청구인의 설계 및 업체 대응 능력을 높게 평가한 거래처의 제안과 급여에 대한 불만족 등을 이유로 2021년 7월 쟁점법인에서 퇴사하였다.

  청구인은 퇴사 이후 쟁점법인과 쟁점법인의 사업장 일부(외부 컨테이너)를 임차하는 임대차계약을 체결하고, 쟁점사업장에 대한 사업자등록을 하였는데, 초기에는 자금여력이 부족하여 기계장치 등이 없이 발주받은 주문에 대한 설계에 집중하고, 제조는 쟁점법인 등 외주업체에 의뢰하였다.

  (다) 쟁점사업장은 조특법 제6조 제3항 제2호에 따른 제조업으로 창업한 중소기업으로 청구인은 쟁점사업장의 사업을 개시한 2021.7.1. 기준 만 27세로서 조특법 시행령 제5조 제1항 제1호에 따른 청년이었고, 쟁점사업장이 ‘조세특례제한법 집행기준 2-0-1’에 따른 수도권과밀억제권역 외의 지역에서 위치하여, 청구인은 조특법 제6조 제1항에 따른 창업중소기업 감면 요건을 모두 충족하였다고 판단하여 2021년부터 2023년까지 창업중소기업 등에 대한 세액감면을 적용하였다.

 (2) 쟁점사업장은 청구인이 원시적인 사업창출의 효과가 있는 새로운 사업을 최초로 개시한 사업장으로, 조특법 제6조 제10항에 따른 창업에 해당한다.

  (가) ‘창업’의 개념에 관한 규정이 조특법에 없어, 「중소기업창업 지원법」에 따라 그 의미를 해석하면, 「중소기업창업 지원법」 제2조 제2호는 ‘창업’을 ‘대통령령으로 정하는 바에 따라 중소기업을 새로 설립하는 것’으로 정의하는 한편, 같은 법 시행령 제2조 제1항은 같은 항의 각 호에 창업에 해당하지 않는 사유를 나열하는 네거티브(Negative) 방식으로 창업의 의미를 설명하고 있는데, 쟁점사업장은 「중소기업창업 지원법 시행령」 제2조 제1항 각 호의 어디에도 해당하지 아니하므로, 쟁점사업장은 「중소기업창업 지원법」상 ‘창업’의 요건을 충족한다.

  (나) 사실관계에서 본 바와 같이 청구인은 쟁점법인을 퇴사한 후, 쟁점법인과의 임대차계약을 통해 별도의 사업장을 확보한 후, 자신의 설계 역량을 바탕으로 발주처로부터 철구조물 등을 직접 수주하고, 외주 제작하는 방식으로 사업을 영위하였는데, 설계 업무는 제한된 예산 내에서 발주처의 요구사항에 부합하는 구조를 설계하고 내구성을 확보할 소재를 선정하는 것이 핵심으로, 청구인은 관련 전공과 종전 근무지에서의 근무경험을 통해 독자적인 경쟁력을 축적하였으며, 이를 기반으로 원천적인 새로운 사업을 개시하게 된 것이다.

  (다) 처분청은 청구인에게 아래 <표1>과 같이 조특법 제6조 제10항 각 호의 창업으로 보지 않는 사유가 없음에도, 설계 후 제조를 외주에 맡기는 사업형태가 원시적인 사업창출의 효과가 없다고 전제하여 이 건 처분을 하였는데, 이는 제조업에서 ‘설계’ 공정이 갖는 고용창출 및 매출발생 등의 경제적 부가가치를 무시한 잘못된 전제에 따른 처분이고, 초기 자본이 부족한 창업자가 선택할 수밖에 없는 사업방식의 특수성과 경제적 합리성을 고려하지 않은 처분으로, 청구인은 쟁점사업장의 사업을 개시하는 과정에서 쟁점법인으로부터 사업용자산을 매입하거나, 근로자를 승계하는 등 쟁점법인의 사업을 승계하였다고 볼 만한 어떠한 사실관계가 없음에도 무리하게 과세한 처분이다.

<표1> 조특법 제6조 제10항 각 호의 창업으로 보지 않는 경우 해당 여부

  (라) 한편, 처분청은 청구인에게 이 건 처분의 근거로 국세청 해석례 등을 제시하였으나, 해당 해석례 등은 다음과 같이 이 건과 사실관계를 전혀 달리하여 이 건에 원용하는 것은 부적절하다.

   1) 이 건과 국세청 유권해석(사전-2021-법령해석법인-OOO)과 차이는 다음과 같다.

    가) 국세청 유권해석의 요지는 감면대상인 A법인과 다른 내국법인인 B법인의 대표자가 동일한 경우로, A법인이 사업개시일부터 B법인의 사업장에서 사업을 영위하면서 B법인의 인력 중 일부를 영입하고, B법인의 납품거래처도 승계를 받았으며, ‘B법인’의 생산시설을 임차하여 사용하고 있어 ‘새로운 사업을 최초로 개시하는 것’으로 보기 곤란하여 창업중소기업 등에 대한 세액감면을 부인한 것이다.

    나) 이 건의 사실관계와 국세청 해석례의 차이점을 보면, 청구인은 쟁점법인의 대표이사 b(쟁점법인 지분 50% 보유)과 특수관계인이 아니고, 청구인과 쟁점법인은 각각 별개의 인격을 가졌는바 쟁점사업장의 사업이 쟁점법인의 사업이라는 확정적인 증거가 없는 한 청구인과 쟁점법인은 각각 별개의 사업자이므로, 청구인이 영위하는 사업을 쟁점법인의 사업으로 보는 것은 법률상 허용될 수 없고, 처분청이 제시한 사례와 달리 청구인은 쟁점법인으로부터 사업용 자산을 매입하거나 근로자를 승계한 사실이 전혀 없으므로, 해당 법령해석을 쟁점처분의 근거로 삼는 것은 타당하지 않다.

   2) 이 건과 조세심판원 결정례(조심 2017중4685, 2017.12.28.)와의 차이점은 다음과 같다.

    가) 심판결정례의 요지는 감면대상 A법인이 다른 내국법인 B법인의 임대차계약을 승계하여 사업을 개시한 것으로 조사된 점, 설립 당시 A법인의 직원 00명이 설립일 전일까지 B법인에서 근무하였던 것으로 확인된 점, 사업개시 후 약 3개월간 고가의 기계장치 매입사실이 확인되지 않으며, 재무상태표상 유형자산은 bb뿐인 것으로 확인되는 점 등을 근거로 창업중소기업 등에 대한 세액감면을 부인한 것이다.

    나) 이 건과 심판결정례의 차이점을 살펴보면, 청구인은 쟁점법인의 사업장 일부(외부 컨테이너)를 임차하는 임대차계약을 체결하여 별도의 공간을 확보하여 사업을 개시한 점, 직원 c는 청구인의 동생으로 쟁점법인에서 단기근무한 이력만 있는 점, 사업초기에는 자금여력이 부족하여 기계장치 등이 없이 발주받은 주문에 대한 설계에 집중하고, 제조는 외주업체에 의뢰한 후 이에 따른 세금계산서를 수취한 점 등을 보면, 쟁점사업장은 창업으로 보지 않는 사업의 승계에 해당하지 않는다.

   3) 이 건과 판례(의정부지방법원 2017.2.9. 선고 2016구합9690 판결)와의 차이점은 다음과 같다.

    가) 판례의 요지는 감면대상 A법인은 제어장치기계 제작 등을 목적으로 2008.11.20. 설립된 회사로서, A법인 대표이사의 배우자인 ‘CCC’가 산업용콘트롤시스템 (제어장치기계) 도소매업을 하는 개인사업체 ‘AA’를 2005.9.21.부터 2008.12.31.까지 운영하였던 점, A법인의 상호가 앞선 개인사업체 ‘AA’의 상호와 상당 부분 일치한 점, 거래처 중 상당수가 ‘AA’의 거래처였던 점 등을 근거로 하여 실질적으로 CCC가 종전에 영위하던 기존 사업을 품목을 확장하거나 다른 사업을 추가하여 법인형태로 전환한 것에 불과하다고 할 것이므로, ‘창업’에 해당하지 않는다고 판시하며 창업중소기업 등에 대한 세액감면을 부인한 것이다.

    나) 이 건과 판례의 사실관계의 차이점을 살펴보면, 판례는 법인설립 등과 같은 ‘창업’의 외형만을 갖추었을 뿐, 경제공동체인 배우자의 기존 사업장을 법인으로 전환한 것에 불과하여 창업으로 보지 않는 경우에 해당하지만, 쟁점사업장은 사업의 연속성을 가졌다고 볼만한 종전의 사업 자체가 없어, 위 판례가 적용될 여지가 없다.

 (3) 청구인이 2022년 쟁점사업장의 주업종을 변경한 후, 토지 및 건물을 매입하여 사업장을 이전하고, 상호도 변경한 것에 대한 원시적인 사업 창출 효과를 인정하여, 새로운 쟁점변경사업장에서 발생한 소득은 창업중소기업 등에 대한 세액감면이 적용되어야 한다.

  (가) 2021.7.1. 쟁점종전사업장에서의 개업은 조특법 제6조에 따른 세액감면 요건을 실질적으로 충족함에도 불구하고 처분청이 사실관계가 상이한 판례 등을 원용하여 감면을 부인한 것은 조세법규 엄격해석의 원칙을 위반한 위법·부당한 처분이나, 설령 처분청 의견과 같이 쟁점종전사업장의 사업개시가 감면요건을 충족하지 못한다고 가정하더라도, 개인사업자의 경우 국세청 유권해석(사전-2021-법령해석소득-OOO)에서 볼 수 있듯이 각 사업장별로 창업의 단위를 개별 판단하여야 하므로, 이에 2022년 이전한 쟁점변경사업장의 독자적인 인적·물적 시설 확보 및 원시적 사업 창출효과에 대하여 아래 <표2>와 같이 창업으로 보아 이 부분에 대해서라도 창업중소기업 등에 대한 세액감면을 적용해야 한다. ³⁾

<표2> 변경사업장 소재지로 이전과 관련된 내용 정리

  (나) 청구인은 2022년 7월 쟁점사업장의 주업종을 변경한 후, 대출 등을 활용하여 쟁점변경사업장의 토지 및 건물을 매입하였고, 쟁점종전사업장에서 쟁점변경사업장으로 사업장을 이전하면서 상호도 변경하였다. 이는 인적·물적시설을 별도로 확보·보유하여 독립된 사업을 영위하는 것으로 이에 따른 고용창출 및 매출발생을 통한 부가가치의 창출효과가 명확하므로 현사업장에서의 사업개시는 원시적인 사업창출효과가 있는 창업에 해당하는 것이다.

<표3> 2021년～2023년 쟁점사업장의 고용 및 매출 발생내역

(단위 : 명, 원)

OOO

  (다) 감면요건을 충족하였음에도, 쟁점종전사업장에서 발생한 소득에 대한 감면이 부인된 것은 청구인의 입장에서는 도저히 납득할 수 없으나, 최소한 쟁점변경사업장에서 이뤄진 원시적인 사업창출효과라도 인정하여 창업중소기업 등에 대한 세액감면을 적용하는 것이 창업중소기업 지원이라는 동 제도의 입법취지에 부합함은 물론, 세법상 평등의 원칙에도 부응하는 합리적인 처분이라 할 것이다.

나. 처분청 의견

 (1) 청구인은 쟁점사업장의 사업개시는 원시적인 사업창출의 효과가 있는 새로운 사업을 최초로 개시한 것이므로, 이는 조특법 제6조 제10항에 따른 창업에 해당한다고 주장하나, 이는 다음과 같은 이유로 받아들이기 어렵다.

  (가) 쟁점사업장은 사업용 자산을 매입하는 등 쟁점법인의 종전 사업을 승계하였다고 볼 만한 어떠한 사실관계가 존재하지 않는다는 청구주장은 잘못된 주장이다.

   1) 조특법 제6조 제10항 제1호 단서는 종전의 사업에 사용되던 자산을 인수 또는 매입하여 같은 종류의 사업을 하는 경우에는 창업으로 보지 않는다고 규정하고 있는데, 청구인은 쟁점법인에서 근무하며 얻은 주요 거래처를 기반으로 2021.7.1. 쟁점법인의 사업장과 동일장소에서 동일업종(업태,종목,업종코드 동일⁴⁾)으로 개업하였는바, 쟁점사업장을 개업할 당시 쟁점법인으로부터 사업용자산을 매입한 내역이 없다는 청구주장은 전혀 사실과 다르다.

  2) 청구인은 쟁점종전사업장의 사업개시 당시 쟁점법인의 사업장 소재지 일부에 대한 임대차계약을 체결하여 사업장소재지로 사용하였는데, 해당 부동산은 쟁점법인의 소유로 청구인은 매월 쟁점법인에 임대료를 지급하고 세금계산서를 발급받았다.

  쟁점종전사업장 소재지의 부동산은 조특법 제6조 제10항 제1호 가목에서 규정한 ‘건물’로서 사업용자산에 해당하고, 건물의 소유자가 사업을 영위하던 중 이를 타인에게 임대하고 그 타인이 동종사업을 영위하는 경우 ‘종전의 사업에 사용되던 자산을 인수 또는 매입한 경우’에 해당한다고 봄이 타당하며, 여기에서 말하는 ‘자산을 인수한 경우’에는 자산을 임차하여 사용하는 경우도 포함(대법원 2014.3.27. 선고 2011두11549 판결)되는 한편, 조특법 제6조 제10항 제1호 가목 및 같은 법 시행령 제5조 제20항에서는 종전의 사업에 사용되던 자산가액의 합계가 사업용자산의 총 가액에서 차지하는 비율이 30% 이하인 경우에만, 창업으로 본다고 규정하고 있다.

창업 당시, 청구인의 사업용자산은 쟁점종전사업장의 부동산에 대한 임차권이 유일하여 사업용자산의 총 가액에서 종전에 쟁점법인이 사업에 사용한 자산가액이 차지하는 비율이 100%에 해당한다.

임차의 방식으로 인수한 사업용자산은 사업장 그 자체이므로, 사업용자산의 가액을 산정하기 위해서는 사업장 자체의 가액을 기준으로 함이 원칙이고(서울고등법원 2020.11.4. 선고 2019누67489 판결 참조), 쟁점종전사업장의 부동산임차권은 시가가 없으므로 「소득세법 시행령」 제98조 제3항, 「법인세법 시행령」 제89조 제2항, 「상속세 및 증여세법」 제61조 제5항, 「상속세 및 증여세법 시행령」 제50조 제7항⁵⁾ 및 「상속세 및 증여세법 시행규칙」 제15조의2에 따라 평가할 경우 쟁점종전사업장 부동산임차권의 시가는 150백만원이다.

  3) 설사 그 이후에 취득한 사업용자산을 고려한다 하더라도 쟁점법인이 사업에 사용한 자산가액이 차지하는 비율은 30% 이하에 해당하지 않는다.

  2021년 쟁점사업장의 표준재무상태표를 살펴보면, 사업용자산은 OOO원으로 세부적으로 차량운반구 OOO원과 공구 및 기구 OOO원으로 구성되어 있다.

  쟁점종전사업장의 사업개시 당시 자산으로 계상되어 있던 차량운반구는 승용차인데, 청구인은 쟁점법인으로부터 동 차량을 구매하였고, 표준재무상태표상 쟁점법인이 사업에 사용한 자산가액이 차지하는 비율은 86.13%(OOO원/OOO원)이며, 쟁점종전사업장 부동산임차권 가액을 포함할 경우 쟁점법인이 사업에 사용한 자산가액이 차지하는 비율은 97.48%(OOO원/OOO원)로 30%를 초과한다

또한, 조특법 제6조 제10항 제1호 나목 및 같은 법 시행령 제5조 제21항은 사업의 일부를 분리하여 해당 기업의 임직원이 사업을 개시하는 경우로서, 기업과 사업을 개시하는 해당 기업의 임직원 간에 사업분리에 대한 계약을 체결하는 경우에는 창업으로 본다고 규정하고 있는데, 청구인과 쟁점법인 간에는 사업분리에 대한 계약을 체결한바 없다.

  따라서 쟁점사업장은 조특법 제6조 제10항에서 규정한 ‘창업’의 요건을 충족하지 못한 것으로 판단된다.

  (나)청구인이 쟁점사업장을 설립한 경위, 쟁점법인의 사업과 신설되 쟁점사업장의 실질적인 목적사업의 동일성 여부, 매입처 및 매출처의 승계여부 등을 종합적으로 고려하였을 때, 쟁점사업장의 사업개시는 창업에 해당하지 않는다.

   1)판례 및 다수의 심판례에서는 ‘창업’으로 볼 수 있는지 여부는 개별 법인의 설립과 같은 ‘창업’의 외형뿐 아니라 그 설립경위, 종전 사업과 신설 중소기업의 실질적인 목적사업의 동일성 여부, 대표이사 및 주주의 구성, 매입처 및 매출처의 승계여부 등을 종합적으로 고려하여 판단하여야 한다고 판시하고 있다(서울행정법원 2024.4.18. 선고 2023구합58008 판결, 조심 2013구4077, 2013.12.13., 같은 뜻임).

  2)청구인의 사업자등록신청서를 살펴보면, 사업장 전화번호(OOO), 이메일주소(OOO)는 쟁점법인과 동일한 것으로 파악되고, 상호도 쟁점법인과 유사한 D이다.

  3) 쟁점종전사업장과 쟁점법인의 전자세금계산서 발급자료를 살펴보면 전자세금계산서 발급 IP주소 및 랜카드 고유번호까지 일치한다.

  4) 청구인의 2021년～2023년 기간 동안 매출의 약 89% 이상이 쟁점법인의 기존매출처이고, 매입처도 대다수 중복되는바, 쟁점종전사업장은 쟁점법인의 매출처 및 매입처를 승계하였다.

  5)청구인과 쟁점법인이 특수관계인에 해당하지 않는다는 청구주장도 사실이 아니다. 청구인의 부친 a은 쟁점법인의 출자임원(지분율 50%)으로 청구인과 쟁점법인은 「법인세법 시행령」 제2조 제8항 3호에 따른 특수관계인에 해당한다.

  6) 따라서 쟁점사업장의 설립 경위, 쟁점법인의 사업과 쟁점사업장의 실질적인 목적사업의 동일성 여부, 매입처 및 매출처의 승계여부 등을 종합적으로 고려할 때 ‘새로운 사업을 최초로 개시함으로써 원시적인 사업 창출의 효과가 있는 경우’로 볼 수 없어 이 건 처분은 정당하다.

 (2) 2022년 주업종을 변경한 후, 청구인이 사업장을 이전하고 상호를 변경하여 원시적인 사업창출 효과가 있다는 청구주장은 다음과 같은 이유로 받아들이기 어렵다.

  (가) 청구인이 쟁점변경사업장으로 이전한 것 등은 원시적인 사업창출에 해당하지 않는다

   1) 청구인은 2022년 7월 토지 및 건물을 매입하여 쟁점변경사업장으로 이전하고 상호를 변경한 것은 인적․물적 시설을 별도로 확보․보유하여 독립사업을 영위하는 것이므로 창업중소기업에 대한 세액감면이 적용되어야 한다고 주장하나, 구 「중소기업창업 지원법 시행령」 제2조 제1항은 ‘창업’에 관하여 중소기업을 새로 설립하여 ‘사업을 개시하는 것’이라고 규정하고 있는바, 창업의 요건 구비 여부 역시 그와 같이 ‘사업을 개시’하는 당시를 기준으로 판단하여야 할 것이고, 사업 개시 이후 상당 기간이 지나 영업이 확장되거나 그 매출이 증대되었다는 사정만으로, 그 이전에 이루어진 사업 개시를 ‘창업’이라고 단정할 수 없다(서울고등법원 2020.11.4.선고 2019누67489 판결 참조).

   2) 사업장 이전 전후의 주요 매출처인 주식회사 I의 매출의존도를 살펴보면 2022년 74.6%, 2023년 72.1%로 큰 변동이 없고, 쟁점변경사업장의 매입처도 상당수 쟁점종전사업장의 매입처들이며, 주요 사업내역도 쟁점종전사업장과 유의미한 차이가 없어 사업장을 이전하기 전과 후의 연속성․동일성이 인정되어, 쟁점변경사업장은 단지 사업의 확장에 불과하므로, 원시적인 사업창출에 해당하는 ‘창업’으로 보기 어렵다.

  (나) 따라서 당초 사업을 개시하는 당시를 기준으로 ‘창업’ 여부를 판단한다는 점, 사업장 이전 후에도 사업내용의 연속성․동일성이 인정된다는 점에서 기존 사업의 연장으로 보아 창업중소기업에 대한 세액감면을 배제한 이 건 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

  ① 쟁점사업장에 대한 창업중소기업 등에 대한 세액감면을 적용하지 않고 종합소득세를 부과한 처분의 당부

  ② 쟁점사업장을 이전한 장소에서 새로운 사업장(쟁점변경사업장)을 열어 사업을 개시한 것을 ‘창업’으로 보고 창업중소기업 등에 대한 세액감면을 적용해야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령 : <별지> 기재

다. 사실관계 및 판단

 (1) 청구인이 제출한 심리자료는 다음과 같다.

  (가) 청구인은 쟁점종전사업장 및 쟁점변경사업장의 사업자등록증을 다음과 같이 제출하였다.

<쟁점종전사업장의 사업자등록증>

OOO

<쟁점변경사업장의 사업자등록증>

OOO

  (나) 청구인은 자신의 대학교 졸업증명서(2025.11.21. 발급)를 제출하였는데, 청구인은 2012.3.2.(입학일)～2016.2.19.(졸업일) 기간 동안 G대학교 기계공학과에 재학하여 기계공학심화 공학사학위를 취득한 것으로 나타난다.

  (다) 청구인은 쟁점법인의 주주명부를 아래 <표4>와 같이 제출하였다.

<표4> 쟁점법인 주주명부

(단위 : 주, 원)

OOO

  (라) 청구인은 쟁점법인에 재직하면서 받은 급여에 대한 근로소득지급명세서를 제출하였는데, 근로소득 지급명세서에 따른 청구인의 근로소득은 아래 <표5>와 같다.

<표5> 청구인이 근로소득 지급명세서

(단위 : 원)

OOO

  (마) 청구인이 쟁점법인에 쟁점종전사업장 부동산 임대료로 지급한 내역은 아래 <표6>과 같다.

<표6> 청구인 지급 쟁점종전사업장 부동산 임대료 지급내역

(단위 : 원)

OOO

  (바) 쟁점사업장 직원(c)의 건강보험자격득실확인서(2025.12.29. 발급)를 제출하였고, 이에 따른 건강보험자격득실 내역은 아래 <표7>과 같다.

<표7> 청구인의 건강보험 자격득실 내역

OOO

  (사) 청구인이 쟁점법인과 작성한 쟁점종전사업장 부동산 임대차계약서는 아래와 같이 임대보증금 없이 월임대료는 OOO원으로 나타난다(쟁점법인이 사업장으로 사용한 부동산을 청구인이 임차하여 쟁점 종전사업장을 개설함).

OOO

  (아) 청구인은 쟁점변경사업장 부동산에 대한 부동산매매계약서를 아래와 같이 제출하였다.

OOO

  (자) 청구인은 쟁점사업장에 대한 사원명부를 아래와 같이 제출하였다.

OOO

 (2) 처분청이 제출한 심리자료는 다음과 같다.

  (가) 쟁점종전사업장의 개업당시 자산상태 등을 살펴보면 다음과 같다.

   1) 처분청은 쟁점종전사업장의 2021년 표준재무상태표를 아래와 같이 제출하였는데, 사업용자산은 OOO원이 계상되어 있는 것으로 나타나며, 이 중 차량운반구는 OOO원, 공구 및 기구 OOO원으로 나타난다.

OOO

   2) 쟁점종전사업장의 차량운반구는 쟁점법인으로부터 구매하였던 것으로 나타나며, 그 취득가액 구성의 세부내용(<표8>)과 차량운반구를 취득할 때 쟁점법인이 발행한 세금계산서는 아래와 같다.

<표8> 차량운반구 취득가액 구성

(단위 : 원)

OOO

<매입세금계산서>

OOO

  (나) 청구인이 제출한 쟁점종전사업장의 사업자등록신청서 및 쟁점법인의 기본사항을 보면, 사업자등록신청서 상의 전화번호(OOO)와 전자우편의 주소(OOO)가 동일한 것으로 나타난다.

<쟁점종전사업장의 사업자등록신청서>

OOO

<쟁점법인의 기본사항>

OOO

  (다) 처분청은 쟁점사업장과 쟁점법인의 전자세금계산서 발급자료가 아래 <표9>와 같이 동일한 IP주소와 랜카드 고유번호를 갖고 있는 것으로 나타난다는 자료를 제출하였다.

<표9> 전자세금계산서 발급 IP주소 및 랜카드 번호

OOO

  (라) 처분청은 쟁점사업장이 쟁점법인의 매입․매출처를 승계한 자료로 아래 <표10>, <표11>과 같이 쟁점사업장과 쟁점법인의 2021년～2023년 주요 매출처 및 매입처를 비교한 표를 제출하였다.

<표10> 쟁점사업장 및 쟁점법인의 매출처 비교

(단위 : 백만원)

OOO

<표11> 쟁점사업장 및 쟁점법인의 매입처 비교

(단위 : 백만원)

OOO

 (3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 다음과 같이 살펴본다.

  (가) 쟁점①과 관련하여, 청구인은 쟁점사업장은 조특법 제6조 제1항에 따른 창업중소기업에 대한 세액감면 요건을 갖춘 사업장에 해당한다고 주장하나, 청구인의 부친 a은 쟁점법인의 지분 50%를 보유한 대주주이자 과거 대표를 역임한 자로 쟁점법인에 지배적인 영향력을 행사할 수 있는 자로 보이는 한편, 청구인이 쟁점법인의 사업장 소재지에서 임대보증금 없이 월 OOO원에 해당 부동산을 임차하여 쟁점종전사업장에 대한 사업을 개시하면서, 쟁점법인과 동일한 업종[제조업(철구조물 등)]으로 사업자등록을 하고 사업을 영위하였고, 사업자등록 신청서에 기재된 연락처(전화 및 전자우편주소)가 쟁점법인의 연락처와 동일하며, 쟁점법인에서 발급한 전자세금계산서와 같은 랜카드 고유번호 및 IP주소로 쟁점사업장에서 전자세금계산서를 발급하였고, 쟁점사업장의 유형자산 중 대부분(80% 이상)을 차지하는 차량운반구도 쟁점법인으로부터 취득한 것으로 나타나 청구인이 쟁점법인의 인적‧물적 기반을 사용하여 쟁점사업장을 개설하여 사업을 영위하였다고 보는 것이 합리적인 반면, 청구인은 쟁점사업장을 설립한 초기에는 설계만 하고 제작은 외주를 하는 방식으로 사업을 영위하여 쟁점사업장은 조특법상 세액감면 대상인 창업에 해당한다고 하였으나, 오히려 위 <표10> 및 <표11>에서 볼 수 있듯 쟁점사업장의 사업개시부터 쟁점법인과 거래해온 거래처가 신규 개설된 쟁점사업장과 거래를 개시하고 시간이 경과할수록 쟁점법인과 거래는 줄고 쟁점사업장과 거래가 늘어나 사실상 쟁점법인의 사업을 승계하여 사업을 운영한 것으로 보이는바, 청구인이 쟁점사업장의 사업을 개시한 것을 창업중소기업 세액감면 대상으로 보기 어려운 것으로 판단된다.

  (나) 쟁점②와 관련하여, 청구인은 쟁점종전사업장에서의 사업의 개시를 창업으로 보지 않더라도 쟁점변경사업장에서의 사업의 개시는 창업으로 보아야 한다고 주장하나, 쟁점종전사업장과 쟁점변경사업장은 청구인이 동일한 업종으로 영위한 사업으로, 단지 사업장 소재지가 바뀌고 일부 사업활동 내역이 추가되는 등 변화가 있었다고 하더라도 이를 새로운 창업으로 볼 수 있을 만큼 이전과 다른 사업으로 보기 어려운바 이 부분에 대한 청구주장도 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 ｢국세기본법｣ 제80조의2, 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2026. 6. 5.

<별지> 관련 법령

 (1) 국세기본법

 제14조(실질과세) ① 과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의(名義)일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.

② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식과 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.

③ 제3자를 통한 간접적인 방법이나 둘 이상의 행위 또는 거래를 거치는 방법으로 이 법 또는 세법의 혜택을 부당하게 받기 위한 것으로 인정되는 경우에는 그 경제적 실질 내용에 따라 당사자가 직접 거래를 한 것으로 보거나 연속된 하나의 행위 또는 거래를 한 것으로 보아 이 법 또는 세법을 적용한다.

 (2) 조세특례제한법(2024.12.31. 법률 제20617호로 개정되기 전의 것)

 제6조(창업중소기업 등에 대한 세액감면) ① 대통령령으로 정하는 중소기업(이하 "중소기업"이라 한다) 중 2024년 12월 31일 이전에 제3항 각 호에 따른 업종으로 창업한 중소기업(이하 이 조에서 "창업중소기업"이라 한다)과 「중소기업창업 지원법」 제53조 제1항에 따라 창업보육센터사업자로 지정받은 내국인(이하 이 조에서 "창업보육센터사업자"라 한다)에 대해서는 해당 사업에서 최초로 소득이 발생한 과세연도(사업 개시일부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 해당 사업에서 소득이 발생하지 아니하는 경우에는 5년이 되는 날이 속하는 과세연도를 말한다. 이하 제6항에서 같다)와 그 다음 과세연도의 개시일부터 4년 이내에 끝나는 과세연도까지 해당 사업에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세에 다음 각 호의 구분에 따른 비율을 곱한 금액에 상당하는 세액을 감면한다.

1. 창업중소기업의 경우 : 다음 각 목의 구분에 따른 비율

 가. 수도권과밀억제권역 외의 지역에서 창업한 대통령령으로 정하는 청년창업중소기업(이하 "청년창업중소기업"이라 한다)의 경우 : 100분의 100

 나. 수도권과밀억제권역에서 창업한 청년창업중소기업 및 수도권과밀억제권역 외의 지역에서 창업한 창업중소기업의 경우 : 100분의 50

③ 창업중소기업과 창업벤처중소기업의 범위는 다음 각 호의 업종을 경영하는 중소기업으로 한다. <개정 2019.12.31, 2021.8.17>

2. 제조업(제조업과 유사한 사업으로서 대통령령으로 정하는 사업을 포함한다. 이하 같다)

⑤ 제1항, 제2항 및 제4항에도 불구하고 2024년 12월 31일 이전에 수도권과밀억제권역 외의 지역에서 창업한 창업중소기업(청년창업중소기업은 제외한다), 2024년 12월 31일까지 벤처기업으로 확인받은 창업벤처중소기업 및 2024년 12월 31일까지 에너지신기술중소기업에 해당하는 경우로서 대통령령으로 정하는 신성장 서비스업을 영위하는 기업의 경우에는 최초로 세액을 감면받는 과세연도와 그 다음 과세연도의 개시일부터 2년 이내에 끝나는 과세연도에는 소득세 또는 법인세의 100분의 75에 상당하는 세액을 감면하고, 그 다음 2년 이내에 끝나는 과세연도에는 소득세 또는 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다.

⑥ 제1항 및 제5항에도 불구하고 2024년 12월 31일 이전에 창업한 창업중소기업(청년창업중소기업은 제외한다. 이하 이 항에서 같다)에 대해서는 최초로 소득이 발생한 과세연도와 그 다음 과세연도의 개시일부터 4년 이내에 끝나는 과세연도까지의 기간에 속하는 과세연도의 수입금액(과세기간이 1년 미만인 과세연도의 수입금액은 1년으로 환산한 총수입금액을 말한다)이 8천만원 이하인 경우 그 과세연도에 대한 소득세 또는 법인세에 다음 각 호의 구분에 따른 비율을 곱한 금액에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 제2항 또는 제4항을 적용받는 경우는 제외한다.

1. 수도권과밀억제권역 외의 지역에서 창업한 창업중소기업의 경우 : 100분의 100

2. 수도권과밀억제권역에서 창업한 창업중소기업의 경우 : 100분의 50

⑩ 제1항부터 제9항까지의 규정을 적용할 때 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우는 창업으로 보지 아니한다.

1. 합병ㆍ분할ㆍ현물출자 또는 사업의 양수를 통하여 종전의 사업을 승계하거나 종전의 사업에 사용되던 자산을 인수 또는 매입하여 같은 종류의 사업을 하는 경우. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우는 제외한다.

 가. 종전의 사업에 사용되던 자산을 인수하거나 매입하여 같은 종류의 사업을 하는 경우 그 자산가액의 합계가 사업 개시 당시 토지ㆍ건물 및 기계장치 등 대통령령으로 정하는 사업용자산의 총가액에서 차지하는 비율이 100분의 50 미만으로서 대통령령으로 정하는 비율 이하인 경우

 나. 사업의 일부를 분리하여 해당 기업의 임직원이 사업을 개시하는 경우로서 대통령령으로 정하는 요건에 해당하는 경우

2. 거주자가 하던 사업을 법인으로 전환하여 새로운 법인을 설립하는 경우

3. 폐업 후 사업을 다시 개시하여 폐업 전의 사업과 같은 종류의 사업을 하는 경우

4. 사업을 확장하거나 다른 업종을 추가하는 경우 등 새로운 사업을 최초로 개시하는 것으로 보기 곤란한 경우

 (3) 조세특례제한법 시행령(2025.2.28. 대통령령 제35347호로 개정되기 전의 것)

 제5조(창업중소기업 등에 대한 세액감면) ① 법 제6조 제1항 제1호 가목에서 "대통령령으로 정하는 청년창업중소기업"이란 대표자[「소득세법」 제43조 제1항에 따른 공동사업장의 경우에는 같은 조 제2항에 따른 손익분배비율이 가장 큰 사업자(손익분배비율이 가장 큰 사업자가 둘 이상인 경우에는 그 모두를 말한다. 이하 이 조에서 같다)를 말한다. 이하 이 조에서 같다]가 다음 각 호의 구분에 따른 요건을 충족하는 기업(이하 이 조에서 "청년창업중소기업"이라 한다)을 말한다.

1. 개인사업자로 창업하는 경우: 창업 당시 15세 이상 34세 이하인 사람. 다만, 제27조 제1항 제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는 병역을 이행한 경우에는 그 기간(6년을 한도로 한다)을 창업 당시 연령에서 빼고 계산한 연령이 34세 이하인 사람을 포함한다.

② 법 제6조 제1항 제1호 가목을 적용할 때 수도권과밀억제권역 외의 지역에서 창업한 청년창업중소기업의 대표자가 감면기간 중 제1항 제2호 나목의 요건을 충족하지 못하게 되거나 개인사업자로서 손익분배비율이 가장 큰 사업자가 아니게 된 경우에는 법 제6조 제1항 제1호 가목에 따른 감면을 적용하지 아니하고, 해당 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도부터 남은 감면기간 동안 법 제6조 제1항 제1호 나목에 따른 감면을 적용한다.

⑥ 법 제6조 제3항 제2호에서 "대통령령으로 정하는 사업"이란 자기가 제품을 직접 제조하지 아니하고 제조업체에 의뢰하여 제품을 제조하는 사업으로서 기획재정부령으로 정하는 사업을 말한다.

⑲ 법 제6조 제10항 제1호 가목에서 "토지ㆍ건물 및 기계장치 등 대통령령으로 정하는 사업용자산"이란 토지와 「법인세법 시행령」 제24조의 규정에 의한 감가상각자산을 말한다.

⑳법 제6조 제10항 제1호 가목에서 "대통령령으로 정하는 비율"이란 100분의 30을 말한다.

㉑ 법 제6조 제10항 제1호 나목에서 "대통령령으로 정하는 요건에 해당하는 경우"란 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 경우를 말한다.

1. 기업과 사업을 개시하는 해당 기업의 임직원 간에 사업 분리에 관한 계약을 체결할 것

2. 사업을 개시하는 임직원이 새로 설립되는 기업의 대표자로서 「법인세법 시행령」 제43조 제7항에 따른 지배주주등에 해당하는 해당 법인의 최대주주 또는 최대출자자(개인사업자의 경우에는 대표자를 말한다)일 것